Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Redan under 1880-talet beskrevs i USA symtom som liknar de som idag relateras till multipel kemisk känslighet (MCS). MCS innebär en överkänslighet för väldigt låga doser av ett okänt antal kemikalier som finns i vår omgivning. Det är en icke allergisk kronisk störning som karaktäriseras av ospecifika symtom (en akut hypersensitivitet) kopplade till exponering av vanligt förekommande flyktiga kemikalier, exempelvis från parfymerade produkter, tobaksrök och nytryckta tidningar och magasin. Det finns indikationer på att inflammation är en bakomliggande orsak till hypersensitiviteten hos patientgruppen med MCS. Syftet med denna litteraturstudie var att redogöra för symtom och bakomliggande mekanismer kopplade till MCS, och se huruvida det finns grund att tro att inflammation bidrar till sjukdomsutveckling. Information har insamlats både från böcker och vetenskapliga artiklar. I många studier beskrivs symtom hos MCS-patienter som liknar symtomen vid infektionssjukdomar (trötthet, mjukvävnadsmärta, koncentrationssvårigheter), och andra symtom som påminner om astma. Vissa MCSpatienters astmaliknande symtom har även kunnat lindrats av antihistaminer, nässpray med kortikosteroider eller utspädda lokalanestetika. Det finns även en symtombild som kan associeras med inflammation. Med förbättrade vetenskapliga studier är det troligt att det i framtiden går att få fram en mer exakt inflammatorisk profil. Detta skulle kunna bidra till en ökad förståelse om några av de bakomliggande mekanismerna för vissa av symtomen hos denna patientgrupp.

Prostatacancer är en vanlig form av cancer som blivit ett mänskligt såväl som medicinskt problem världen över, orsakerna är ännu inte kartlagda och man letar kontinuerligt efter adekvata biomarkörer. Cutibacterium acnes är en bakterie som ingår i vår normalflora som visat kontroversiella bevis på att kunna ha en inverkan på makrofagers produktion av cytokiner, så som CCL2, som i sin tur kan påverka progression av prostatacancer. Syftet med denna undersökning är att se om makrofager producerar förhöjda nivåer av CCL2 vid närvaro av C. acnes. Undersökningen utfördes genom användandet av immunoassay metoden ELISA för att detektera proteinnivåerna av CCL2 hos makrofager behandlade med typ I och typ II av C. acnes jämfört med obehandlade makrofager. Resultatet visade att det fanns en signifikant skillnad mellan de makrofager som var obehandlade och de som var behandlade med typ I av C. acnes men inte mellan de obehandlade och de som var behandlade med typ II av C. acnes över alla givare. Medelvärdena för de makrofager som var behandlade med någon typ av C. acnes var dock högre än hos de obehandlade för alla givare, trots att ingen signifikant skillnad uppvisades. Det behövs därmed mer forskning innan man kan se om CCL2 kan vara en adekvat biomarkör för prostatacancer men att närvaro av C. acnes typ I i makrofager kommer leda till en överproduktion av CCL2. / Prostate cancer is a common form of cancer worldwide; the reasons behind this disease are still largely unknown, and scientist are looking for informative biomarkers that are indicative of this disease. Cutibacterium acnes, a bacterium commonly found in human tissue, including prostate cancer tissue, has shown controversial evidence on its effects on macrophages and their consecutive production of cytokines such as CCL2, which potentially could contribute to cancer progression. The purpose of this paper is to examine if macrophages in contact with this bacterium will increase the production of CCL2. This was done by using the ELISA immunoassay method to detect the level and CCL2 production in macrophages treated with type I and type II forms of C. acnes and to compare this with untreated macrophages. The results showed that there was a significant difference between the untreated macrophages and those treated with type I of C. acnes but not between those untreated and those treated with type II of C. acnes across all donors. The average of CCL2 production was increased on those macrophages treated with any type of C. acnes compared to the untreated macrophages, even though no significant difference was shown statistically, on all donors. In conclusion the results show that it is evident that more research is needed to determine whether CCL2 are an adequate biomarker for prostate cancer but that infiltration of C. acnes type I in macrophages will contribute to an overproduction of the cytokine CCL2.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala univeritet, 2008. / Härtill 5 uppsatser.

Sammanfattning Introduktion: Hepatit C är en inflammation av levern orsakad av hepatit C-viruset. Runt 71 miljoner människor världen över är drabbade av den kroniska formen. Effektiva läkemedel finns för att bota sjukdomen, men dessa är dyra och således behövs ett vaccin. Problemet med viruset är den stora variationen av genotyper och subtyper, vilket försvårar vaccinutvecklingen eftersom vaccinet framför allt kommer vara effektivt för en viss grupp smittade. En rad prekliniska studier har gjorts på olika djurslag, där fokus oftast ligger på att generera både antikroppar och att framkalla effektiva T-celler. Tyvärr har dock ingen större framgång gällande vaccinutvecklingen setts till ännu.  Syfte: Litteraturstudiens syfte gick ut på att analysera olika hepatit C-vacciners effekter med avsikten att försöka få en insikt i hur dessa kommer att tillverkas i framtiden för att de ska ge en fullgod effekt hos människor och förhindra smittspridning.   Material och metod: Databasen PubMed användes för att hitta fem olika vetenskapliga artiklar att analysera. Sökorden som användes för att hitta samtliga av dessa studier var ”vaccines hepatitis c”. Endast prekliniska studier valdes ut för analys.  Resultat: Över lag sågs kraftiga responser från immunförsvarets sida till följd av stimulering med olika typer av vacciner. Responserna förmedlades av antikroppar samt cytotoxiska T-celler och T-hjälparceller, ofta genom en produktion av interferon gamma respektive tumörnekrosfaktor alfa. I processen skapades även minnesceller som snabbt kunde reagera vid återexponering av samma antigen.   Slutsats: Fler prekliniska experiment kommer att behöva genomföras innan vaccinen kan ta sig vidare till klinisk fas. Exakt när i framtiden ett vaccin kommer hittas, och om det kommer hittas, är svårt att förutspå. Under tiden finns antivirala läkemedel att tillgå i brist på en mer effektiv lösning. / ABSTRACT Background: Hepatitis C is an inflammation of the liver caused by the hepatitis C virus. Around 71 million people worldwide are affected by the chronic form of the infection. Effective drugs are available to cure the disease, but these are expensive and thus a vaccine is needed. The problem with the virus is the wide variety of genotypes and subtypes, which complicates vaccine development since the vaccine will be especially effective for a particular group of infected individuals. A number of preclinical studies have been conducted on different animal species, where the focus is usually on generating both antibodies and producing efficient T lymphocytes. Unfortunately, no major success regarding vaccine development has yet been seen.  Aim: The purpose of this literature study was to analyze the effects of various hepatitis C vaccines with the intention of trying to gain an insight into how these will be manufactured in the future in order to generate an adequate effect in humans and prevent the spread of infection. Materials and methods: The database PubMed was used to find five different scientific articles to analyze. The keywords used to find each of these studies were "vaccines hepatitis c". Only preclinical studies were selected for evaluation. Results: Overall, strong responses were seen from the immune system as a result of stimulation with different types of vaccines. Responses were mediated by antibodies as well as cytotoxic T cells and T helper cells, often through the production of interferon gamma and tumor necrosis factor alpha. In the process, memory cells were also generated that could react rapidly upon re-exposure of the same antigen. Conclusion: More preclinical experiments will need to be carried out before the vaccines can move forward to clinical trials. Exactly when in the future a vaccine will be found, and if it will be found, is difficult to predict. Meanwhile, antiviral drugs are available in the absence of a more effective solution.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2007. / Härtill 5 uppsatser.

The Vagus nerve has shown to play an important role regarding inflammatory diseases, regulating the production of proteins that mediate inflammation. Two important such proteins are the pro-inflammatory cytokines, TNF and IL-1β. This thesis makes use of Vagus nerve recordings, where TNF and IL-1β are subsequently injected in mice, with the aim to see if cytokine-specific information can be extracted. To this end, a type of semi-supervised learning approach is applied, where the observed waveform-data are modeled using a conditional probability distribution. The conditioning is done based on an estimate of how often each observed waveform occurs and local maxima of the conditional distribution are interpreted as candidate-waveforms to encode cytokine information. The methodology yields varying, but promising results. The occurrence of several candidate waveforms are found to increase substantially after exposure to cytokine. Difficulties obtaining coherent results are discussed, as well as different approaches for future work. / Vagusnerven har visat sig spela en viktig roll beträffande inflammatoriska sjukdomar. Denna nerv reglerar produktionen av inflammatoriska protein, som de inflammationsfrämjande cytokinerna TNF och IL-1β. Detta arbete använder sig av elektroniska mätningar av Vagusnerven i möss som under tiden blir injicerade med de två cytokinerna TNF och IL-1β. Syftet med arbetet är att undersöka om det är möjligt att extrahera information om de specifika cytokinerna från Vagusnervmätningarna. För att uppnå detta designar vi en semi-vägledd lärandemetod som modellerar dem observerade vågformerna med en betingad sannolikhetsfunktion. Betingandet baseras på en uppskattning av hur ofta varje enskild vågform förekommer och lokala maximum av den betingade sannolikhetsfunktionen tolkas som möjliga kandidat-vågformer att innehålla cytokin-information. Metodiken ger varierande, men lovande resultat. Förekomsten av flertalet kandidat-vågformer har en tydlig ökning efter tidpunkten för cytokin-injektion. Vidare så diskuteras svårigheter i att uppnå konsekventa resultat för alla mätningar, samt olika möjligheter för framtida arbete inom området.

I ett försök att förstå orsakerna bakom de kardio-, metaboliska- och muskuloskeletala sjukdomar hos barn som överlevt akut lymfatisk leukemi (ALL) har vi studerat den adipogena differentieringen hos mesenkymala stromaceller från benmärg (BM MSCs). Det komplexa nätverket av faktorer som påverkar adipogenes är hittills inte helt kartlagt. Därför är vårt övergripande mål att få en bättre förståelse för den cellulära och molekylära grunden bakom utvecklingen av dessa tillstånd hos ALL-överlevare. Vi undersökte om behandling av BM MSC in vitro med cancerläkemedel, Doxorubicin och Dexamethason, kan påverka differentieringen mot adipogenes. BM MSCs analyserades med avseende på lipidackumulering, genuttryck och adipokinproduktion. Vår hypotes kunde inte bekräftas. Inga lipidackumuleringar kunde detekteras i cellerna. Vid analys av genuttryck av de adipogena transkriptionsfaktorerna PPARγ och C/EBPα sågs vissa förändringar; men på grund av brist på biologiska replikat kunde inga statistiska analyser tillämpas på resultaten. Slutligen sågs en liten ökning i den inflammation- och adipogenes-associerade cytokinen IL-6, medan cytokinerna IL-8 och TNF-a inte gick att detektera alls. / In an effort to understand the cause of late onset cardiac, metabolic, and musculoskeletal conditions in paediatric acute lymphoblastic leukaemia (ALL) survivors, the adipogenic differentiation of bone marrow (BM) mesenchymal stromal cells (MSCs) has been studied. There is a complex network of factors influencing adipogenesis, which to date is not completely understood. Hence, the overall aim is to better understand the cellular and molecular basis behind the development of these conditions in survivors. To this end, we asked whether treating BM MSCs in vitro with cancer drugs, Doxorubicin and Dexamethasone, will initiate a skewed differentiation towards adipogenesis. BM MSCs were analysed with respect to lipid accumulation, gene expression, and adipokine production. In general, our hypothesis was not confirmed. No lipid accumulations were detected in the cells. In analysis of gene expression of the adipogenic transcription factors PPARγ and C/EBPα, certain changes were seen; however, due to lack of biological replicates, no statistical analyses could be applied to the results. Lastly, the inflammation and adipogenesis associated cytokine IL-6 displayed a slight increase, whereas the cytokines IL-8 and TNF-α were undetectable.

Studien utvärderar egenskaper hos mesenkymala stromaceller (MSC) i passage 2 och 3. I ett samarbete mellan Cellcolabs och Karolinska Institutet (KI) genomfördes projektet med Katarina Le Blancs forskargrupp. Genom att studera membranmarkörer från tre friska MSC-donatorer, tillsammans med deras förmåga att differentiera till osteoblaster, adipocyter och kondrocyter, samt deras förmåga att inhibera profileringen av CD8+ och CD4+ T-lymfocyter, och slutligen deras möjlighet att öka uttrycket av Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) och interleukin 6 (IL6), kunde en jämförelse mellan passage 2 och 3 göras. I korta drag kunde enbart en tydlig skillnad göras mellan de två passagerna. Skillnaden sågs i förmågan att differentiera till osteoblaster, där passage 3 inte kunde prestera på samma nivå som passage 2. Utöver detta var resultaten för de två typerna jämförbara och antydde inte till några större förändringar mellan passage 2 och 3. För att stärka tillförlitligheten av resultatet bör dock fler MSC-donatorer jämföras. / The study evaluates the characteristics and consistency of mesenchymal stromal cells (MSCs) in two different passages, specifically 2 and 3. In a collaboration between Cellcolabs and Karolinska Institutet (KI), the project was conducted with Katarina Le Blanc’s research group. Through studying the surface expression on cells from three distinct MSC donors, along with their differentiation ability into osteoblasts, adipocytes and chondrocytes, their capability to suppress the proliferation of CD8+ and CD4+ T lymphocytes, and finally their possibility to increase the expression of indoleamine 2,3-dioxygenase 1 (IDO1) and interleukin 6 (IL6), a comparison between passage 2 and 3 could be done. It was seen that a clear distinction could be made between the two passages while looking at their ability to differentiate into osteoblasts. The remaining results showed comparable outcomes between passage 2 and 3, suggesting minor changes with the increased passage number. However, to strengthen the reliability of the outcome, more MSC donors should be compared.

In this thesis we start by reproducing previous experiments by Zanos et al., where they have shown that it is possible to associate neural signals with specific cytokines. One future aim of this project is to send synthetic neural signals through the efferent arc of the vagus nerve and observe reactions without the corresponding catalyst of the symptoms. We use a variational autoencoder (VAE) in our experiment to create a model able to generate new neural signals, and we introduce a novel clustering technique called VAE-clustering, which will be used to cluster neural signals with their associated cytokines. The focus of this paper is the implementation of this method and applying it on the neural signals. Running VAE-clustering on the MNIST dataset shows it to be viable for finding detailed properties of a dataset. We also find that using a VAE as a generative model for neural signals is a good way for recreating detailed waveforms. / I detta examensarbete börjar vi med att reproducera tidigare experiment av Zanos et al., där dom visat att det är möjligt att associera nervsignaler med specifika cytokiner. Ett framtida mål med detta projekt är att skicka syntetiska nervsignaler till kroppen för att observera reaktioner utan motsvarande katalysator av symptomen. Vi använder en variational autoencoder (VAE) i våra experiment för att skapa en modell kapabel till att generera nya nervsignaler, och vi introducerar en ny klusterings-teknik kallad VAE-klustring, vilken kommer att användas för att klustra nervsignaler med dess associerade cytokiner. Fokuset i detta arbete ligger i implementationen av denna metod och applicerandet på nervsignaler. Efter att ha kört VAE-klustring på MNIST dataset fann vi att det det är användbart för att hitta detaljerade egenskaper hos ett dataset. Vi har även funnit att användningen av en VAE som en generativ modell för nervsignaler är ett bra sätt att återskapa detaljerade vågformer.