La taille efficace des populations, Ne, est un paramètre central en biologie de la conservation et en biologie évolutive et peut être estimée avec des méthodes démographiques et génétiques. L'objectif de cette thèse a été l'analyse des effets de l'histoire de vie sur Ne dans des espèces à générations chevauchantes en utilisant des modèles démographiques. Un modèle démographique et deux estimateurs génétiques ont été utilisés pour dériver Ne dans des population d' Eryngium alpinum, une plante pérenne et menacée. Les trois méthodes ont donné des estimations considérablement différentes. Les différences ont pu être attribuées à la difficulté d'obtenir toutes les données nécessaires au modèle démographique, mais aussi à la faible précision des estimateurs génétiques quand ils sont appliqués à des jeux de données limités. Les modèles démographiques ont cependant permis l'identification des effets de l'histoire de vie sur Ne à travers des analyses de sensibilité et d'élasticité. L'élasticité numérique a été utilisée pour étudier les effets sur Ne de taux vitaux stadespécifiques dans E. alpinum et dans Dracocephalum austriacum, une plante alpine pérenne et menacée. Les patrons d'élasticité dérivés étaient souvent, mais pas toujours, similaires dans des populations à démographie comparable. Ensuite, un modèle démographique a été analysé en détail pour dériver analytiquement une expression pour la sensibilité de Ne/N aux taux vitaux âgespécifiques. Cette expression a été utilisée pour étudier Ne/N dans trois espèces qui diffèrent dans leur patron de courbe de survie (humains, bruants et balanes). Les différences des patrons de sensibilité entre ces trois espèces ont pu être ainsi attribuées à des composantes spécifiques du cycle de vie. Cette thèse montre que les modèles démographiques sont des méthodes utiles pour comprendre les effets de l'histoire de vie sur Ne et qu'ils pourraient être des outils puissants pour complémenter les estimateurs génétiques quand des données écologiques et démographiques sont disponibles en quantité suffisante. L'étape suivante sera la généralisation des patrons de sensibilité et d'élasticité observés en utilisant une approche comparative sur un grande nombre de populations, ce qui sera possible grâce à la rapide accumulation de grandes quantités des données démographiques et génétiques sur un grand nombre d'espèces.

Aedes caspius est un moustique très largement distribué en Europe qui se reproduit dans une grande variété de milieux. Il génère une forte nuisance, parfois plus de 300 piqûres en 15 minutes, qui peut avoir des conséquences économiques importantes. Depuis près de 50 ans, ces populations de moustiques sont contrôlées le long de la côté méditerranéenne française avec des insecticides chimiques et biologiques entraînant une diminution significative de la nuisance. Cependant, les densités larvaires restent très élevées en dépit de l'absence de résistance aux insecticides. Ainsi cette espèce a pu développer des mécanismes démographiques pour compenser les effets des traitements.<br />La démographie d'Aedes caspius est décrite et son évolution sous pression insecticide est estimée. Les cycles de vie de deux populations, respectivement de la zone traitée et non traitée, sont comparés. Pour cela, des traits d'histoire de vie, tels que la mortalité, la durée de développement et la fécondité, ont été mesurés en laboratoire et sur le terrain. La durée de développement des différents stades larvaires, leur mortalité mais aussi la probabilité de passage d'un stade au suivant sont dépendantes du stade larvaire. La durée de développement, la sex-ratio et la fécondité sont densité dépendantes. Les traitements insecticides induisent une diminution d'abondance qui entraîne une augmentation de la fécondité et un changement de la sex-ratio en faveur des mâles. Ces mécanismes densité dépendants peuvent expliquer les fortes densités larvaires encore observées aujourd'hui.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les études effectuées sur l’intégration économique des migrants au Canada ont jusqu’ici été réservées aux migrants internationaux. Le présent document fait état des résultats et des caractéristiques des migrants ayant effectué une migration à l’intérieur de leur propre province entre 1996 et 2007. En opposition aux difficultés d’intégration économique des migrants internationaux, notre recherche démontre que les migrants intraprovinciaux s’intègrent dans leur nouvel environnement à un niveau économique légèrement supérieur à la population d’accueil. Les résultats obtenus à l’aide du volet longitudinal de l’Enquête sur la dynamique du travail et du revenu (EDTR) dévoilent que les migrants intraprovinciaux ont un revenu annuel médian de 38 017$, soit un revenu légèrement supérieur à celui des non-migrants. Notre étude permet toutefois de constater que les caractéristiques personnelles des migrants sont des déterminants bien plus importants du revenu. Les hommes gagnent en moyenne un peu plus de 10 000$ de plus par année que les femmes, et ce, autant chez les migrants que chez les non-migrants. Le niveau d’éducation est aussi une variable significative du revenu. L’écart entre le revenu médian des migrants ayant complété le secondaire et ceux ayant un niveau universitaire est de près de 12 000$. Finalement, on remarque que le groupe d’âge des 46-55 ans est celui qui affiche les plus hauts revenus alors que le groupe de 16-25 ans est celui qui présente les plus bas revenus. Cette recherche démontre que l'expérience de la migration peut être très différente selon les points d'origine et de destination. Toutefois, les caractéristiques personnelles telles que le sexe, l’âge et le niveau d’éducation ont un impact significatif sur le revenu. / Studies on the economic integration of migrants in Canada have so far been oriented on international migrants. This paper is focusing on the results and characteristics of migrants who migrated within their own province between 1996 and 2007. In contrast to the difficulties of economic integration of international migrants, our research shows that intraprovincial migrants integrate into their new environment at an economic level slightly higher than the host population. The results obtained using the longitudinal component of the Survey of Labour and Income Dynamics (SLID) reveal that intraprovincial migrants have a median annual income of 38 017$, an income slightly higher than that of non-migrants. Our study demonstrates that personal characteristics of migrants are much more important determinants of income. Men earn on average just over 10 000$ more per year than women, and this, among both migrants and non-migrants. The level of education is also a significant variable of income. The difference between the median income of migrants who have completed high school and those who have completed university is nearly 12 000$. Finally, we note that the age group 46-55 is the one that has the highest income while the age group 16-25 is the one with the lowest income. This research shows that the experience of migration can be very different depending on the point of origin and destination. However, personal characteristics such as gender, age and education level have a significant impact on income.

Le mémoire suivant se concentre sur l’impact de l’introduction de femmes, dites « à marier », issues de France sur la stabilité du milieu colonial. Celles-ci se sont vues choisies et amenées, de gré ou de force, dans les colonies du Canada et de la Louisiane, afin d'y stabiliser une population mâle adulte. Les objectifs étant d’éviter ce qu'on qualifiait alors d'ensauvagement et de promouvoir le développement démographique par des mariages entre couples d'origine française. Nous comparerons donc la mesure de cet impact à Montréal (Canada) de 1663 à 1690 et à La Nouvelle-Orléans (Louisiane), de 1710-1730, soit deux milieux où l’introduction de femmes à marier a mené à des résultats différents sur le terrain, mais surtout dans la représentation. Au Canada, la venue de ces femmes a accéléré l'atteinte d'un ratio hommes-femmes équilibré tout en assurant une descendance nombreuse. Le débat sur leur vertu fut vigoureux, les uns leur accordant le statut de « mères de la nation », alors que la culture populaire fait régulièrement référence à un passé sordide. En Louisiane, l'impact démographique de ces femmes fut moins spectaculaire. Si leur réputation de libertinage ne fait plus partie des discours académiques, leur faible descendance au sein de la population louisianaise actuelle permet plus facilement de maintenir leur association au libertinage de La Nouvelle-Orléans dans la culture populaire.

A la fin du XVIe siècle, Toulon, port de pêche et de commerce sur la Méditerranée, n’est qu’une bourgade de quelques milliers d’habitants ; Charles VIII et Henri IV le transforment en une ville tournée maintenant vers l’abri et la réparation des galères, puis, avec un rudiment d’arsenal, vers la construction navale. La ville s’agrandie pour accueillir une population nouvelle venant participer à son essor aux côtés de ses habitants. Sous Louis XIV, Vauban et Colbert dotent la ville d’un arsenal, et transforment Toulon en place-forte en l’entourant, de puissantes fortifications. Les habitants sont confrontés à des habitudes héritées du passé, et d’autres venant de l’extérieur. L’étude démographique de cette population, dans la deuxième moitié du XVIIe siècle et au début du XVIIIe, est l’occasion de proposer une approche méthodique originale, séquencée, des paramètres de la fécondité des couples, fondée sur l’étude statistique des intervalles entre deux naissances consécutives. Les résultats cités montrent une population urbaine dynamique, participant pleinement à l’essor démographique de la ville, avec une forte natalité et une fécondité relativement faible freinée par l’adoption quasi unanime de l’allaitement maternel. / At the end of the 16th century, Toulon a fishing and trading port on the Mediterranean sea is only a small town of a thousand inhabitants, Charles VIII and Henri IV have the city centered on shelter and repair of galleys, then with a rudimentary arsenal, toward the shipbuilding industry. The city grows to welcome a new population coming to participate to its rise together with its inhabitant. Under the reign of Louis XIV, Vauban and Colbert grant the city an arsenal, and transform Toulon into a stronghold by surrounding it with solid fortification. The inhabitant are used to custom coming from the past and from the outside. The demographic study of this population, in the second half of the 17th century and the biginning of the 18th, is the occasion to propose a genuine methodical approach-sequenced- of conjugal fertility’s settings, based on the statistical study of intervals between two consecutive births. The results are revealing a dynamical urban population, taking fully part in demographical rise of the city, with a strong natality and a fertility relatively low slowed down by the almost unanimos choise of the maternal breasteeding.

Cette thèse utilise des approches de génétique des populations et de statistique pour étudier des événements anciens de démographie humaine, inférer de l’adaptation locale dans diverses populations et étudier le déterminisme du goût. En utilisant une approche bayésienne, j’évalue les preuves génétiques d’une réduction de population entre 190 000 et 130 000 ans avant notre ère. Je trouve que les données sont en faveur d’un modèle sans goulot d’étranglement durant cette période. Dans le second article, je développe une méthode destinée à la détection d’adaptation locale basée sur l’étude des haplotypes privés. Appliquée à des données de génotypage, cette méthode permet de détecter des signaux d’adaptation connus chez l’Homme mais aussi d’étendre nos connaissances en matière d’adaptation. J’étudie ensuite les signaux d’adaptation dans des données de génomes entiers de plusieurs populations et montre que le régime alimentaire et les pathogènes ont une influence majeure sur la variabilité adaptative des populations prises en compte. J’étudie dans un dernier article les perceptions gustatives de populations ayant différents modes de vie. Je présente les résultats phénotypiques de perception des goûts, et les associe à des données de génotypage. Je montre que les gènes impliqués dans la perception des goûts ont évolué avec le mode de vie. En effectuant une étude d’association, je montre aussi que les variations dans la perception des goûts impliquent plus de gènes que les seuls gènes codant pour les récepteurs gustatifs. Mes résultats montrent l’utilité des données génétiques denses pour mieux comprendre l’évolution humaine. / This thesis uses population genetics and statistical approaches to investigate early human demography, infer local adaptation in diverse sets of populations, and study the genetic basis for taste perception. Using a Bayesian approach, I evaluate the genetic evidence of a bottleneck between 190,000 and 130,000 years ago and find that the data is in favor of a model without bottleneck at this time point. I further develop a method to detect local adaptation based on frequencies of private haplotypes. Applied to large-scale human genotype data, this method detects known signals of positive selection but also permits to improve knowledge on potential adaptation events in humans. I further investigate patterns of adaptation in whole genome data based on a diverse set of African populations. The results from the regions potentially selected show that diet and pathogens are the common driving forces of adaptation in all studied populations. I last study taste perception in populations differing on lifestyle (hunter-gatherers, farmers and nomad herders). I present taste perception phenotypes for all tastes (sweet, bitter, sour, salty and umami) and relate them to high density genotype data. I show that taste and taste-involved genes have evolved with lifestyle. By performing an association study, I also show that variation in taste perception involves more genes than only the taste receptors genes.I covered several topics of human ancient demography and adaptation and show the utility of using large-scale genetic data to better understand human history.

La connectivité est supposée influencer fortement la dynamique et la pérennité des populations d’organismes marins. Ainsi, étudier l’évolution et le maintien des patrons de connectivité au sein des populations marines semble essentiel pour la planification spatiale, la création et la gestion des Aires Marines Protégées (AMP). Cependant, comprendre la complexité des processus régissant la connectivité entre les populations marines nécessite l’utilisation d’outils, qui associent des modèles biophysiques et des informations caractérisant les relations entre démographie et génétique, résultant des échanges larvaires entre les populations. L’objectif de cette thèse de doctorat est donc, d’évaluer les patrons de connectivité génétique au sein des populations de gorgones à une échelle régionale et d'explorer les processus induisant la connectivité observée, grâce à des simulations de modèles prenant en compte les connectivités hydrologique, démographique et génétique. Le premier chapitre présente un modèle de métapopulation spatialement explicite qui, grâce à l’utilisation de matrices de connectivité stochastique, permet d’évaluer l’effet de la démographie sur la fréquence des allèles dans une métapopulation d’espèces marines benthiques sessiles. Le modèle est alors utilisé pour déterminer l’effet des traits démographiques et de la structure de connectivité sur la diversité génétique de la métapopulation. Le deuxième chapitre présente une analyse des patrons de connectivité génétique de deux espèces communes et largement répandues de gorgones, à une échelle régionale : Paramuricea clavata en mer de Ligure et Eunicella singularis dans le Golfe du Lion. Les deux espèces présentent de forts patrons de structure génétique à l’échelle régionale, bien que leur capacité de dispersion ne semble pas limitante (>100m). Le troisième chapitre vise à tester si la dispersion larvaire seule permet d'expliquer la connectivité réalisée d’E. singularis dans le Golfe du Lion, en appliquant le modèle présenté dans le Chapitre 1, et en comparant les patrons de structure génétique modélisés, aux résultats obtenus dans le Chapitre 2, par les méthodes empiriques d’analyse de données génétiques. Les patrons de structure génétique modélisés en ne prenant en compte que la structure spatiale de dispersion sont similaires à ceux observés entre les populations d’E. singularis dans cette région, suggérant le rôle prépondérant de la connectivité hydrologique dans la distribution régionale de l'espèce, tant au niveau démographique que génétique. La capacité d’évaluer le développement des structures génétiques entre populations, sous différents scénarios démographiques et hydrologiques, avec le modèle de paysage sous-marin présenté dans le Chapitre 1 s'avère donc un outil efficace pour la planification spatiale et la pérennité des populations marine. / Connectivity is expected to strongly influence the dynamics and persistence of marine populations. Studying the development and maintenance of connectivity patterns among marine populations is, thus, essential for spatial planning and the proper design and management of Marine Protected Areas (MPAs). However, understanding the complex processes driving marine population connectivity requires the use of tools that integrate bio-physical models with information regarding the demographic and genetic linkages resulting from the larval exchange among populations. Therefore, the aim of this PhD dissertation is to evaluate the patterns of genetic connectivity among gorgonian populations at a regional scale, and disentangle the processes that shape the observed connectivity by using model simulations accounting for hydrological, demographic and genetic connectivity. The first chapter presents a spatially explicit metapopulation model that, using stochastic connectivity matrices, assesses the effect of demography on allele frequencies in a marine metapopulation of sessile benthic species. The model is then used to evaluate the effect of demographic traits and connectivity structure on the genetic diversity of a marine metapopulation. The second chapter examines the patterns of genetic connectivity of two common and widely distributed gorgonian species at a regional scale: Paramuricea clavata in the Ligurian Sea, and Eunicella singularis in the Gulf of Lions. Both species exhibit strong patterns of genetic structure at a regional scale, although the dispersal capacity of each species does not seem limited (>100 m). The third chapter discerns among the potential processes shaping the realized connectivity of E. singularis in the Gulf of Lions by applying the model presented in Chapter 1, and comparing the modeled patterns of genetic structure to the results obtained from empirical genetic data in Chapter 2. Modeled and empirical results show similar patterns of genetic structure among populations of E. singularis in the region. Genetic and demographic differentiation among populations is demonstrated to result from the spatial structure of dispersal alone. The ability to evaluate the expected development of genetic structure among populations under different demographic and hydrological scenarios using the seascape model presented in Chapter 1 provides a useful tool with relevance for marine spatial planning and the persistence of marine populations.

Le 8 septembre 1760, la Nouvelle-France s’incline devant son opposant, la Grande-Bretagne, après six années de conflits armés. La fin des hostilités en Europe, concrétisée par la signature du traité de Paris le 10 février 1763, marque un tournant pour les habitants de la vallée du Saint-Laurent qui ont désormais un nouveau souverain. Le changement de régime est lourd de répercussions, particulièrement pour la noblesse canadienne. Étant donné qu’ils sont dépendants des dirigeants afin d’obtenir des postes de choix, les membres de ce groupe privilégié ayant décidé de rester dans la colonie doivent s’adapter s’ils désirent maintenir leur statut social. L’arrivée des nouvelles élites militaires, administratives et commerciales britanniques oblige la noblesse à se renouveler. Les familles nobles ont-elles usé de stratégies matrimoniales en mariant leurs enfants à des individus non francophones dans le but de se rapprocher des autorités? En contrepartie, ces alliances interethniques ont-elles permis aux conjoints « étrangers » de s’insérer dans les réseaux seigneuriaux? Les unions mixtes impliquant un membre de la noblesse sont peu nombreuses (38) et concernent surtout les filles nobles. La présence de fils nobles n’est pas pour autant inexistante, bien que les comportements de ceux-ci se distinguent de leurs compatriotes féminines. Ayant des caractéristiques hétérogènes, les mariages mixtes perpétuent tout de même les pratiques en place sous le régime français, notamment sur le plan sociodémographique. Les parcours religieux variés sont toutefois le reflet de la période de transition que constitue la deuxième moitié du XVIIIe siècle. Sur le plan socioprofessionnel, les conjoints non francophones ont relativement bien tiré profit de leur alliance avec une noble canadienne, contrairement aux pères nobles. Malgré leur nombre restreint, l’étude des mariages mixtes permet de documenter un phénomène jusque là méconnu, en plus d’approfondir les connaissances en histoire de la famille et du genre pour les quarante années qui suivent la Conquête.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.