Cette thèse se place dans le cadre de l'analyse des forces évolutives qui génèrent les polymorphismes et les divergences entre les génomes d'une même espèce. Le cadre théorique utilisé dans la majorité des domaines de l'évolution moléculaire est la théorie neutraliste, proposée par Motoo Kimura en 1968. Ce modèle est caractérisé par les hypothèses de neutralité, de taille constante de la population étudiée, et de panmixie. Dans un premier temps nous avons cherché à comprendre comment ce cadre théorique est utilisé en pratique et quelles peuvent être les conséquences de ces hypothèses sur les inférences et les prédictions faites dans ce cadre théorique. Pour cela nous avons mené deux études confrontant des données à des méthodes existantes d'inférence démographique. Une première étude a montré que les méthodes utilisées fréquemment pour l'inférence démographique microbienne, basées sur la reconstruction d'un arbre phylogénétique unique, sont biaisées par la sélection, la recombinaison et les biais d'échantillonnage. Nous avons ensuite comparé plusieurs méthodes d'inférence démographique en les appliquant à une population humaine africaine, les Yoruba. Cette étude a montré les limites d'une méthode existante, et elle illustre le problème d'identifiabilité des histoires démographiques lorsque l'inférence est basée sur le spectre de fréquence. Enfin, dans un troisième temps nous avons analysé plusieurs jeux de données de polymorphisme génétique avec un modèle de référence alternatif à coalescences multiples avec démographie. Nous avons comparé comment le modèle de référence actuel et ce modèle alternatif pouvaient expliquer les données observées de diversité génétique. / The general setting of this thesis is the analysis of evolutionary forces that generate polymorphisms and divergence between genomes within a species. The theoretical framework used in the majority of disciplines of molecular evolution is the neutral theory, formulated by Motoo Kimura in 1968. This model is characterized by the hypotheses of neutrality, constant population size and panmixia. First, we investigated how this theoretical framework is used in practice and what are the consequences of these hypotheses on the inferences and predictions made in this framework. To this end, we carried out two studies confronting existing demographic inference methods with data. A first study demonstrated that methods frequently used for bacterial demographic inference, based on a single reconstructed phylogenetic tree, are biased by selection, recombination and sampling bias. We then compared several demographic inference methods, by applying them to an African human population, the Yoruba. This study showed the limits of an existing method, and illustrates the issue of identifiability of demographic histories, when the inference is based on the site frequency spectrum. Finally, in a third study we analyzed several genetic polymorphism datasets with an alternative reference model comprising multiple mergers and demography. We compared how the current reference model and this alternative model can explain the observed genetic diversity.

Doctorat en sciences sociales, politiques et économiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Doctorat en sciences sociales, politiques et économiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le sanglier (Sus scrofa) est une espèce chassée emblématique en Europe. Comme la plupart des ongulés de zones tempérés, l'espèce sanglier s'est étendue en Europe au cours des dernières décennies. Le nombre de sangliers tués chaque année en France est passé de 36429 en 1973 à 526709 en 2011. Cette situation unique du sanglier parmi les ongulés est pourtant très commune en Europe, et a conduit à une augmentation du montant des indemnisations des dégâts occasionnés par le sanglier. Les indemnisations sont alors passées de 2 à 18 millions d'euros entre 1973 et 2001. Contrôler les populations de sangliers est donc devenu un objectif majeur pour les gestionnaires. Évaluer les paramètres démographiques qui pilotent les dynamiques de populations est nécessaire afin d'améliorer notre connaissance du sanglier. Mais s'intéresser à l'évolution des traits d'histoire de vie du sanglier est également indispensable pour mieux comprendre cette espèce. Par conséquent, contrôler les populations de sangliers en intégrant des considérations évolutives est essentiel pour permettre une gestion durable de cette espèce. Le temps est donc venu de mieux comprendre cette espèce dans un contexte de démographie évolutive, grâce à un suivi à long-terme unique d'une population de sangliers fortement chassée dans la forêt de Châteauvillain-Arc-en-barrois, France. Tout d'abord, d'un point de vue démographique, nous proposons un outil de gestion afin de contrôler le taux de croissance des populations de sangliers. Ensuite, nous replaçons le sanglier au sein des mammifères en nous intéressant plus particulièrement à des comparaisons inter spécifiques de tactiques d'histoire de vie, grâce à de récents développements méthodologiques en dynamique de population. Nous trouvons alors que le sanglier présente une stratégie d'histoire de vie plus proche de celle de petits mammifères (comme l'écureuil) que de celle d'un ongulé de taille similaire. Puis, nous trouvons que, en réponse aux variations de disponibilité alimentaire, les femelles sangliers présentent différentes stratégies de reproduction afin de maximiser le nombre de petits viables / Wild boar (Sus scrofa) is an emblematic game species in Europe. As most ungulate populations in temperate areas, wild boar abundance and distribution has increased in most European countries over the last decades. The number of wild boar shot annually in France has increased from 36,429 in 1973 to 526,709 in 2011. This unique situation is common throughout Europe and has led to higher costs to agriculture because of damage to crops. Compensation for damage caused by wild boar in France rose from 2 to 18 million Euros between 1973 and 2001, a nearly tenfold increase. Controlling wild boar populations has thus become an important target for managers. Evaluating the vital rates that drive the population dynamics is necessary to improve our understanding of wild boar. But investigating the evolution of life history traits in wild boar is also required to improve our understanding of this species. As a consequence, controlling wild boar populations incorporating evolutionary considerations is essential to allow a sustainable management of this species. The time has thus come to better understand this species is an evolutionary demography context, taking advantage of a unique long-term monitoring of a heavily hunted wild boar population located in the Châteauvillain-Arc-en-barrois forest, France. First, from a demographic viewpoint, we provide a management tool to control population growth rate of wild boar population. Second, we put back the wild boar among mammals by focusing on inter-specific comparisons of life history tactics among mammals using recent developments in population dynamics. We found that wild boar exhibits a life history strategy close to small mammals such as squirrel rather than the life history strategy observed in similar-sized ungulates. Then, we found that, in response to changes in food availability, wild boar females are able to display different reproductive tactics to maximize the number of recruits at a given breeding event

Le vieillissement de la main-d’œuvre canadienne entraîne diverses conséquences sur le marché du travail et sur les parcours de fin de vie active. C’est pourquoi cette recherche s’intéresse à la problématique des fins d’emploi de carrière et du passage vers un emploi de transition vers la retraite. À l’aide des données longitudinales de l’Enquête sur la dynamique du travail et du revenu de 2002 à 2007, l’objectif est de mener une analyse descriptive de cette trajectoire selon la profession, ce qui ne semble jamais avoir été fait dans la littérature canadienne. Les résultats montrent que certaines professions ont enregistré proportionnellement plus de fins d’emploi de carrière durant cette période, dont les enseignants et les occupants d’un poste de direction. Des analyses supplémentaires ont calculé la part des travailleurs ayant effectué leur transition dans une profession différente. / In Canada, the ongoing aging of the labour force has direct effects on the labour market and the way workers live their transition to retirement. Thus many believe in the importance of studying the lifecourse of older workers. Using longitudinal data from the Survey of Labour and Income Dynamics, this study analyzes the older workers who left a career job between 2002 and 2007, and looks at their subsequent labour market activity in order to know if some of them entered a bridge job. This research focuses on occupational differences for the first time in the Canadian literature. In proportion, the results show higher than average rates of leaving their career job in some specific occupations, especially teachers and managers. Moreover this study aims to measure the proportion of older workers who found a bridge job in a different occupation.

Le défi de la protection des espèces menacées en Afrique est de concilier de façon durable les objectifs de conservation de la nature, et la nécessité de développement économique des populations humaines. Au Niger, survivent aujourd'hui les dernières girafes d'Afrique de l'Ouest (Giraffa camelopardalis peralta). Ces girafes sont unique à plusieurs titres : (i) elles constituent les seules représentantes de la sous espèce peralta (ii), elles vivent dans une région fortement anthropisée (iii) elles vivent dans une zone non protégée, (iv) et elles ne cohabitent avec aucun prédateur. En 1996, la population était au bord de l'extinction avec seulement 50 individus. Malgré des signes de restauration observés ces dernières années, la sous-espèce est inscrite depuis 2008 dans la liste rouge des espèces menacées de l'UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) avec le statut « en danger ». Quels sont les facteurs qui pourraient limiter le taux de croissance maximum récemment observé dans cette population? Est-ce que les conjonctures favorables à l'augmentation de la population sont durables? Aborder les questions de conservation des populations met en avant le besoin de connaitre les paramètres démographiques de la population concernée, et les paramètres environnementaux qui conditionnent sa distribution spatiale. Nous avons réalisé une analyse de l'historique des comptages, puis, nous avons déterminé les paramètres démographiques de la population grâce à une approche par Capture Marquage Recapture. Une analyse spatiale à plusieurs échelles nous a permis de caractériser la distribution des girafes aux niveaux de la population et du troupeau (à partir d'observations directes), et de mesurer la sélection de l'habitat au niveau individuel (à partir d'un suivi par colliers GPS) / One of the main challenges for endangered species protection in Africa is to find a sustainable way of integrating objectives of nature conservation with the economic development needs of the local human population. Last West African giraffe population, Giraffa camelopardalis peralta, lives in Niger. These giraffe are unique for several reasons: (i) they represent the only population of peralta sub-species, and (ii) they live in an area densely populated by humans, (iii) which is unprotected and (iv) without predators. In 1996, this giraffe population was almost extinct, with only 50 individuals remaining. Despite signs of population recovery, the sub-species has been classified as “endangered” according to the IUCN Red List assessment criteria. What are the limiting factors for the maximum annual growth rate that has been recorded over the last years in the population? Are favorable conjunctures to this population increasing sustainable? Assessing population conservation requires knowledge of demographic parameters and understanding of the environmental factors driving its spatial distribution. Census data from 1996 to 2009 were analyzed and then demographic parameters through a capture-markrecapture method were determined. A multi-scale spatial analysis allowed me to determine giraffe distribution at both population and herd level (through observations), and to measure habitat selection at the individual level (through GPS satellite collars). Census results, almost exhaustive from 2005 to 2008 highlited an annual growth rate of 12%. This is the maximum growth rate for a giraffe population, and fits with the theoretical maximum growth rate for the species. At the population and herd level, giraffe distribution patterns are driven by food availability. These food resources are seasonally distributed and impacted by human activities. Habitat selection shows that during dry season, giraffe avoid village proximity, where disturbance is high. However, at night giraffe move closer to villages where food resource quantity and quality are higher (tree density, granaries). The use of bean field crop suggests that some cultivated crops gain in attraction and even become favourable to giraffe. This might explain the increase of human-giraffe conflicts. My results clearly show the importance of taking human activities and perception into account, when assessing wildlife conservation strategies

Le but de ce travail est d’étudier une composante de la société de l’Afrique romaine, constituée par les allogènes originaires de la partie orientale de l’Empire. Le cadre de cette étude est le Haut-Empire romain, car l’essentiel de la documentation dont on dispose date de cette époque. L’épigraphie est la principale documentation. Avant de passer à l’étude de ce sujet, il était essentiel de déterminer les clés de sélection qui ont aidé à fixer l’origine de ces allogènes et à dégager le corpus des 260 notices épigraphiques qui constituent le support de ce travail. Le principal outil pris en considération est l’onomastique, tout en tenant compte du caractère parfois imprécis de cet indice. Ensuite, plusieurs aspects de la présence de ces Orientaux étaient étudiés. En premier lieu l’aspect démographique ainsi que la répartition sur le sol africain. Le second aspect est le volet social. Il a pour but d’étudier les diverses caractéristiques de la présence de cette communauté d’Orientaux. D’abord, la nature des activités qu’ils pratiquaient. Si le métier des armes était leur vocation majeure, ils exerçaient néanmoins plusieurs autres activités. L’étude de leur vie religieuse a montré qu’ils sont restés majoritairement fidèles aux cultes de leurs pays. L’onomastique ou encore les pratiques matrimoniales ont été des indices qui ont servi à étudier la nature des contacts qu’ils ont eu avec les Afro-romains et à évaluer leur intégration dans la société d’accueil. En dernier lieu, une partie du travail a été consacrée à l’étude du phénomène culturel qu’est l’hellénisme et du rôle que ces Orientaux ont joué dans la promotion de ce genre de culture. / The aim of the present work is to study a component of the Roman African society: the one constituted by the aliens originating from the Eastern part of the Roman Empire. The study is framed within the Early Roman Empire, as most of the documentation available dates back to that period. Epigraphy is the primary documentation for this work. Before turning to the study of this subject, it was essential to identify selection keys that helped fix the origin of these non-natives and come up with the body of 260 epigraphic records that constitute the corpus of this work. The main tool taken into consideration is onomastic, notwithstanding the vagueness sometimes inherent in this index. Thereafter, light was shed on the many aspects of the presence of these Orientals. First, the demographic layer: figuring, motives, conditions and structures of departure and the distribution on the African soil. The second layer concerns the social aspect. It aims to explore the various features of the presence of the Oriental community in Roman Africa. First, the nature of the activities they exercised. If the job of arms was their main vocation, they still exercised several other activities. The study of their religious life showed that they remained largely faithful to the worship practices of their home countries. Onomastic and also marriage practices were clues that were used to study the nature of the contacts they had with Africans and evaluate their integration within the host society. The last part of the work was devoted to the study of the cultural phenomenon of Hellenism and the role that these Orientals played in promoting this kind of culture in a predominantly Latin province.

Cette thèse porte sur la modélisation de la dynamique des populations et de ses applications, à la démographie et l’actuariat d’une part, et à l’étude des processus de Hawkes d’autre part. Ces travaux de thèse proposent d’explorer à travers différents points de vue comment se déforme la structure d’une population, tant concernant la répartition des âges que sa composition en terme de caractéristiques. À travers cinq chapitres, nous déclinons une même philosophie qui, pour comprendre comment évoluent des quantités agrégées, propose d’étudier la dynamique de la population à une échelle plus fine, celle de l’individu. Après un premier chapitre introductif en langue française, détaillant les motivations et les principales contributions, nous proposons d’abord dans le Chapitre 2 la description du cadre général de la modélisation dynamique aléatoire de populations structurées en caractéristiques et en âges, sur la base de Bensusan et al. (2010–2015), ainsi que plusieurs exemples motivés par les applications démographiques et actuarielles. Nous détaillons la construction mathématique de tels processus ainsi que le lien avec les équations déterministes classiques en démographie. Nous discutons également l’impact de l’hétérogénéité sur l’exemple d’un effet cohorte, ainsi que le rôle de l’environnement aléatoire. Les deux chapitres suivants mettent en avant l’importance de la pyramide des âges. Le modèle de population général issu du Chapitre 2 est décliné dans le Chapitre 3 pour étudier des processus de Hawkes avec immigrants généraux, pour lesquels nous exploitons le concept de pyramide des âges. Dans cette étude théorique, basée sur Boumezoued (2015b), nous établissons de nouveaux résultats sur leur distribution pour une classe de fonctions qui généralisent le cas exponentiel étudié jusqu’ici. Dans le Chapitre 4, qui reprend Arnold et al. (2015), nous analysons l’impact de changements dans la mortalité par causes de décès sur la dynamique de la pyramide des âges, et en particulier sur le ratio de dépendance qui est un indicateur crucial du vieillissement de la population. En incluant le jeu des naissances dans la dynamique, ce travail de simulations, basé sur les données de l’OMS, permet de compléter la littérature existante sur les causes de décès qui se focalise traditionnellement sur des indicateurs de mortalité. Les deux derniers chapitres étudient plus particulièrement l’hétérogénéité des populations. Le Chapitre 5, basé sur Boumezoued et al. (2015), propose de mesurer l’hétérogénéité de la mortalité dans les données de l’Échantillon Démographique Permanent de l’INSEE. Dans le cadre de cette contribution d’adaptation de méthodes statistiques et de sa mise en oeuvre sur données réelles, nous proposons une méthode d’estimation paramétrique par maximum de vraisemblance pour les modèles multi-états qui prend en compte à la fois la censure par intervalle, caractéristique des données longitudinales issues du recensement, et également le retour dans les états intermédiaires. Enfin, le Chapitre 6, tiré de Boumezoued (2015a), reprend le modèle général du Chapitre 2 dans lequel les individus peuvent donner naissance, changer de caractéristiques et décéder. La contribution de cette partie théorique est d’étudier le comportement de la population lorsque les caractéristiques individuelles changent fréquemment. Nous établissons un thèorème limite en grande population pour le processus de pyramide des âges, dont le comportement est alors décrit par des taux de naissance et mort agrégés sur la structure stable en terme de caractéristiques. / This thesis focuses on population dynamics models and their applications, on one hand to demography and actuarial science, and on the other hand to Hawkes processes. This work explores through several viewpoints how population structures evolve over time, both in terms of ages and characteristics. In five chapters, we develop a common philosophy which studies the population at the scale of the individual in order to better understand the behavior of aggregate quantities. The first chapter introduces the motivations and details the main contributions in French. In Chapter 2, based on Bensusan et al. (2010–2015), we survey the modeling of characteristic and age-structured populations and their dynamics, as well as several examples motivated by demographic issues. We detail the mathematical construction of such population processes, as well as their link with well known deterministic equations in demography. We illustrate the simulation algorithm on an example of cohort effect, and we also discuss the role of the random environment. The two following chapters emphasize on the importance of the age pyramid. Chapter 3 uses a particular form of the general model introduced in Chapter 2 in order to study Hawkes processes with general immigrants. In this theoretical part based on Boumezoued (2015b) we use the concept of age pyramid to derive new distribution properties for a class of fertility functions which generalize the popular exponential case. Chapter 4 is based on Arnold et al. (2015) and analyses the impact of cause-of- death mortality changes on the population age pyramid, and in particular on the dependency ratio which is crucial to measure population ageing. By including birth patterns, this numerical work based on WHO data gives additional insights compared to the existing literature on causes of death focusing only on mortality indicators. The last two chapters focus on population heterogeneity. The aim of Chapter 5, based on Boumezoued et al. (2015), is to measure mortality heterogeneity on French longitudinal data called Échantillon Démographique Permanent. In this work, inspired by recent advances in the statistical literature, we develop a parametric maximum likelihood method for multi-state models which takes into account both interval censoring and reversible transitions. Finally, Chapter 6, based on Boumezoued (2015a), considers the general model introduced in Chapter 2 in which individuals can give birth, change their characteristics and die. The contribution of this theoretical work is the analysis of the population behavior when individual characteristics change very often. We establish a large population limit theorem for the age pyramid process, whose dynamics is described at the limit by birth and death rates which are averaged over the stable population composition.

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L'étude des libraires parisiens, à partir des faillites, permet de mettre en évidence leurs réseaux de financement. En empruntant les méthodes caractéristiques de la démographie des entreprises, de la prosopographie ou encore de l'analyse de réseaux, nous montrons que les mutations de la production du livre s'accompagnent d'une diffusion des boutiques au sein de l'espace parisien et de l'ouverture de crédit auprès des banques. Si l'endogamie professionnelle diminue parallèlement au financement interne, l'escompte commercial entre professionnels qui domine jusqu'au milieu du XIXe siècle, tend, à partir de cette date, à être récupéré par les banques locales, dont l'activité reste néanmoins complémentaire de celle des institutions publiques, centralisées ou non. Le succès de ces banquiers repose sur le fait qu'eux-mêmes sont issus du secteur du livre, où ils ont acquis une position sociale certaine avant d'ambitionner intégrer, en se spécialisant dans la finance, les premiers rangs de la sphère politico-économique nationale. L'analyse des faillites de libraires et de leurs réseaux de crédit souligne finalement l'évolution d'une économie relativement localisée, au sein de laquelle l'organisation productive pèse financièrement sur les fournisseurs, mais cette " chaîne du livre " n'est pas la seule en jeu dans la hiérarchie professionnelle. L'ampleur et la diversité de l'espace social des libraires paraissent essentielles dans la détermination de leur position relative au sein de la communauté de métier et de la société. Cette étude participe indirectement à l'histoire de la banque locale.