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Desenvolvimento de marcadores microssatélites e sua aplicação em populações de Melanophryniscus dorsalis (Anura: Bufonidae)

Medeiros, Mayara Delagnelo January 2014 (has links)
Melanophryniscus dorsalis, conhecido popularmente por flamenguinho, pertence à família Bufonidae (Anura) e apresenta coloração aposemática, com uma linha vermelha médio-dorsal num fundo preto e manchas vermelhas na parte ventral. A espécie possui tamanho pequeno, hábito de vida diurno e reprodução explosiva ligada a grandes precipitações. Seu habitat é caracterizado por campos ou vegetação baixa de dunas em solo arenoso nas zonas costeiras do Rio Grande do Sul e sul de Santa Catarina. É considerada como vulnerável nas listas vermelhas da IUCN, brasileira e do estado do Rio Grande do Sul e em perigo no estado de Santa Catarina. Acredita-se que a espécie tenha sofrido declínios populacionais e sua principal ameaça seja a perda e degradação do habitat devido à urbanização. A fragmentação causada pela degradação do habitat pode levar a um isolamento das populações, e consequente diminuição na dispersão, aumento da endogamia e redução da variabilidade genética, podendo ocasionar diminuição do fitness, bem como a capacidade de adaptação a mudanças ambientais. Com o objetivo de avaliar a diversidade genética e estruturação populacional de M. dorsalis, foram desenvolvidos marcadores microssatélites e aplicados em populações da espécie ao longo de sua distribuição. Primers foram desenhados para nove loci de microssatélites desenvolvidos, e caracterizados em 35 indivíduos pertencentes a duas populações. Estes nove loci foram utilizados em 80 espécimes, oriundos de 10 locais amostrados entre Laguna (SC) e Rio Grande (RS) englobando toda a distribuição conhecida. A heterozigosidade média observada variou entre 0,47 e 0,64 e o número médio de alelos entre 3,33 e 6,44 nas populações amostradas. Os resultados obtidos mostraram um indício na estruturação genética influenciada por canais d’água como barreiras geográficas ao fluxo gênico, proporcional à distância entre as margens de cada rio ou canal avaliado. O isolamento por distância também foi um fator de diferenciação genética entre as populações amostradas. Foi observada evidência de endogamia em várias localidades, que pode estar relacionada ao modo de reprodução explosiva da espécie. Porém, as três populações testadas para gargalo de garrafa não apresentaram resultados significativos com exceção da localidade de Ilha dos Marinheiros para um dos modelos de mutação testados, podendo estar relacionado ao isolamento de uma pequena população num ambiente insular e a uma distância considerável das demais populações. Mesmo não demonstrando efeitos de gargalo, é necessária especial atenção à espécie pela constante degradação e fragmentação de seu habitat. As populações devem ser tratadas como diferentes unidades de manejo devido a sua estruturação genética apresentada e vê-se a necessidade da criação de mais unidades de conservação ao longo da distribuição de M. dorsalis, para a conservação efetiva da diversidade genética. / Melanophryniscus dorsalis, known as “flamenguinho”, belongs to the Bufonidae Family (Anura), has aposematic color with a red middorsal line in a black background and red spots on their ventral portion. The species has small body size, diurnal habits and explosive breeding during heavy rainfalls. Its habitat is characterized by restricted dunes environment with little vegetation cover, along the seacoast of Rio Grande do Sul and south of Santa Catarina states. The species is considered as vulnerable in IUCN’s, Brasilian’s and Rio Grande do Sul state’s Red Lists and endangered in the Red List of Santa Catarina state. It is believed that M. dorsalis has undergone population declines and is being threatened mainly for the loss and decline of its habitat due to urbanization. Fragmentation caused by these factors may lead to populations’ isolation and less migration between populations, higher levels of inbreeding and genetic variability reduction, and may cause lower fitness, as also less adaptability toward climate changes. The objective in this study was to evaluate genetic diversity and population structure of M. dorsalis, throughout its distribution. For that, microsatellite markers were developed and characterized into 35 individuals belonging to two populations. Primers were designed for nine microsatellite loci, which were used into 80 specimens from ten distinct localities between Laguna (SC) and Rio Grande (RS). Mean observed heterozygosity ranged from 0.47 to 0.64 while the mean number of alleles, from 3.33 to 6.44 on sampled populations. Results recovered showed an evidence of genetic structure influenced by water channels as geographic barriers for gene flow, according to their range between shores. Isolation by distance was also a factor of genetic differentiation among populations sampled. Evidence of inbreeding was observed in several localities, which might be related to species’ explosive breeding behavior. Although, the three populations tested for bottlenecks didn’t show significant results with exception of Ilha dos Marinheiros locality for one of mutational models tested. This may be connected to the isolation of a small population in an island. Even without demonstrating bottleneck effects, careful attention toward the species is necessary. Populations must be treated separately as different management units due to the genetic structure observed and there’s a need for the creation of more conservation units throughout M. dorsalis distribution in order to conserve genetic diversity effectively.
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Desenvolvimento de marcadores microssatélites e sua aplicação em populações de Melanophryniscus dorsalis (Anura: Bufonidae)

Medeiros, Mayara Delagnelo January 2014 (has links)
Melanophryniscus dorsalis, conhecido popularmente por flamenguinho, pertence à família Bufonidae (Anura) e apresenta coloração aposemática, com uma linha vermelha médio-dorsal num fundo preto e manchas vermelhas na parte ventral. A espécie possui tamanho pequeno, hábito de vida diurno e reprodução explosiva ligada a grandes precipitações. Seu habitat é caracterizado por campos ou vegetação baixa de dunas em solo arenoso nas zonas costeiras do Rio Grande do Sul e sul de Santa Catarina. É considerada como vulnerável nas listas vermelhas da IUCN, brasileira e do estado do Rio Grande do Sul e em perigo no estado de Santa Catarina. Acredita-se que a espécie tenha sofrido declínios populacionais e sua principal ameaça seja a perda e degradação do habitat devido à urbanização. A fragmentação causada pela degradação do habitat pode levar a um isolamento das populações, e consequente diminuição na dispersão, aumento da endogamia e redução da variabilidade genética, podendo ocasionar diminuição do fitness, bem como a capacidade de adaptação a mudanças ambientais. Com o objetivo de avaliar a diversidade genética e estruturação populacional de M. dorsalis, foram desenvolvidos marcadores microssatélites e aplicados em populações da espécie ao longo de sua distribuição. Primers foram desenhados para nove loci de microssatélites desenvolvidos, e caracterizados em 35 indivíduos pertencentes a duas populações. Estes nove loci foram utilizados em 80 espécimes, oriundos de 10 locais amostrados entre Laguna (SC) e Rio Grande (RS) englobando toda a distribuição conhecida. A heterozigosidade média observada variou entre 0,47 e 0,64 e o número médio de alelos entre 3,33 e 6,44 nas populações amostradas. Os resultados obtidos mostraram um indício na estruturação genética influenciada por canais d’água como barreiras geográficas ao fluxo gênico, proporcional à distância entre as margens de cada rio ou canal avaliado. O isolamento por distância também foi um fator de diferenciação genética entre as populações amostradas. Foi observada evidência de endogamia em várias localidades, que pode estar relacionada ao modo de reprodução explosiva da espécie. Porém, as três populações testadas para gargalo de garrafa não apresentaram resultados significativos com exceção da localidade de Ilha dos Marinheiros para um dos modelos de mutação testados, podendo estar relacionado ao isolamento de uma pequena população num ambiente insular e a uma distância considerável das demais populações. Mesmo não demonstrando efeitos de gargalo, é necessária especial atenção à espécie pela constante degradação e fragmentação de seu habitat. As populações devem ser tratadas como diferentes unidades de manejo devido a sua estruturação genética apresentada e vê-se a necessidade da criação de mais unidades de conservação ao longo da distribuição de M. dorsalis, para a conservação efetiva da diversidade genética. / Melanophryniscus dorsalis, known as “flamenguinho”, belongs to the Bufonidae Family (Anura), has aposematic color with a red middorsal line in a black background and red spots on their ventral portion. The species has small body size, diurnal habits and explosive breeding during heavy rainfalls. Its habitat is characterized by restricted dunes environment with little vegetation cover, along the seacoast of Rio Grande do Sul and south of Santa Catarina states. The species is considered as vulnerable in IUCN’s, Brasilian’s and Rio Grande do Sul state’s Red Lists and endangered in the Red List of Santa Catarina state. It is believed that M. dorsalis has undergone population declines and is being threatened mainly for the loss and decline of its habitat due to urbanization. Fragmentation caused by these factors may lead to populations’ isolation and less migration between populations, higher levels of inbreeding and genetic variability reduction, and may cause lower fitness, as also less adaptability toward climate changes. The objective in this study was to evaluate genetic diversity and population structure of M. dorsalis, throughout its distribution. For that, microsatellite markers were developed and characterized into 35 individuals belonging to two populations. Primers were designed for nine microsatellite loci, which were used into 80 specimens from ten distinct localities between Laguna (SC) and Rio Grande (RS). Mean observed heterozygosity ranged from 0.47 to 0.64 while the mean number of alleles, from 3.33 to 6.44 on sampled populations. Results recovered showed an evidence of genetic structure influenced by water channels as geographic barriers for gene flow, according to their range between shores. Isolation by distance was also a factor of genetic differentiation among populations sampled. Evidence of inbreeding was observed in several localities, which might be related to species’ explosive breeding behavior. Although, the three populations tested for bottlenecks didn’t show significant results with exception of Ilha dos Marinheiros locality for one of mutational models tested. This may be connected to the isolation of a small population in an island. Even without demonstrating bottleneck effects, careful attention toward the species is necessary. Populations must be treated separately as different management units due to the genetic structure observed and there’s a need for the creation of more conservation units throughout M. dorsalis distribution in order to conserve genetic diversity effectively.
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Desenvolvimento de marcadores microssatélites e sua aplicação em populações de Melanophryniscus dorsalis (Anura: Bufonidae)

Medeiros, Mayara Delagnelo January 2014 (has links)
Melanophryniscus dorsalis, conhecido popularmente por flamenguinho, pertence à família Bufonidae (Anura) e apresenta coloração aposemática, com uma linha vermelha médio-dorsal num fundo preto e manchas vermelhas na parte ventral. A espécie possui tamanho pequeno, hábito de vida diurno e reprodução explosiva ligada a grandes precipitações. Seu habitat é caracterizado por campos ou vegetação baixa de dunas em solo arenoso nas zonas costeiras do Rio Grande do Sul e sul de Santa Catarina. É considerada como vulnerável nas listas vermelhas da IUCN, brasileira e do estado do Rio Grande do Sul e em perigo no estado de Santa Catarina. Acredita-se que a espécie tenha sofrido declínios populacionais e sua principal ameaça seja a perda e degradação do habitat devido à urbanização. A fragmentação causada pela degradação do habitat pode levar a um isolamento das populações, e consequente diminuição na dispersão, aumento da endogamia e redução da variabilidade genética, podendo ocasionar diminuição do fitness, bem como a capacidade de adaptação a mudanças ambientais. Com o objetivo de avaliar a diversidade genética e estruturação populacional de M. dorsalis, foram desenvolvidos marcadores microssatélites e aplicados em populações da espécie ao longo de sua distribuição. Primers foram desenhados para nove loci de microssatélites desenvolvidos, e caracterizados em 35 indivíduos pertencentes a duas populações. Estes nove loci foram utilizados em 80 espécimes, oriundos de 10 locais amostrados entre Laguna (SC) e Rio Grande (RS) englobando toda a distribuição conhecida. A heterozigosidade média observada variou entre 0,47 e 0,64 e o número médio de alelos entre 3,33 e 6,44 nas populações amostradas. Os resultados obtidos mostraram um indício na estruturação genética influenciada por canais d’água como barreiras geográficas ao fluxo gênico, proporcional à distância entre as margens de cada rio ou canal avaliado. O isolamento por distância também foi um fator de diferenciação genética entre as populações amostradas. Foi observada evidência de endogamia em várias localidades, que pode estar relacionada ao modo de reprodução explosiva da espécie. Porém, as três populações testadas para gargalo de garrafa não apresentaram resultados significativos com exceção da localidade de Ilha dos Marinheiros para um dos modelos de mutação testados, podendo estar relacionado ao isolamento de uma pequena população num ambiente insular e a uma distância considerável das demais populações. Mesmo não demonstrando efeitos de gargalo, é necessária especial atenção à espécie pela constante degradação e fragmentação de seu habitat. As populações devem ser tratadas como diferentes unidades de manejo devido a sua estruturação genética apresentada e vê-se a necessidade da criação de mais unidades de conservação ao longo da distribuição de M. dorsalis, para a conservação efetiva da diversidade genética. / Melanophryniscus dorsalis, known as “flamenguinho”, belongs to the Bufonidae Family (Anura), has aposematic color with a red middorsal line in a black background and red spots on their ventral portion. The species has small body size, diurnal habits and explosive breeding during heavy rainfalls. Its habitat is characterized by restricted dunes environment with little vegetation cover, along the seacoast of Rio Grande do Sul and south of Santa Catarina states. The species is considered as vulnerable in IUCN’s, Brasilian’s and Rio Grande do Sul state’s Red Lists and endangered in the Red List of Santa Catarina state. It is believed that M. dorsalis has undergone population declines and is being threatened mainly for the loss and decline of its habitat due to urbanization. Fragmentation caused by these factors may lead to populations’ isolation and less migration between populations, higher levels of inbreeding and genetic variability reduction, and may cause lower fitness, as also less adaptability toward climate changes. The objective in this study was to evaluate genetic diversity and population structure of M. dorsalis, throughout its distribution. For that, microsatellite markers were developed and characterized into 35 individuals belonging to two populations. Primers were designed for nine microsatellite loci, which were used into 80 specimens from ten distinct localities between Laguna (SC) and Rio Grande (RS). Mean observed heterozygosity ranged from 0.47 to 0.64 while the mean number of alleles, from 3.33 to 6.44 on sampled populations. Results recovered showed an evidence of genetic structure influenced by water channels as geographic barriers for gene flow, according to their range between shores. Isolation by distance was also a factor of genetic differentiation among populations sampled. Evidence of inbreeding was observed in several localities, which might be related to species’ explosive breeding behavior. Although, the three populations tested for bottlenecks didn’t show significant results with exception of Ilha dos Marinheiros locality for one of mutational models tested. This may be connected to the isolation of a small population in an island. Even without demonstrating bottleneck effects, careful attention toward the species is necessary. Populations must be treated separately as different management units due to the genetic structure observed and there’s a need for the creation of more conservation units throughout M. dorsalis distribution in order to conserve genetic diversity effectively.
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DNA sequences differentially represented in males and females of the oriental fruit fly Bactrocera dorsalis

Lai, Janice Su Yin 12 1900 (has links)
The objective of this dissertation is the isolation of DNA sequences that are differentially represented in males and females of the Oriental fruit fly Bactrocera dorsalis, specifically by initiating a molecular characterization of Y chromosome sequences in this species. Cytological observations have established the presence of a diminutive Y chromosome in B. dorsalis males. To isolate DNA sequences from the Y chromosome, a special method of genomic DNA isolation known as Representational Difference Analysis (RDA) was utilized to obtain DNA sequences unique to the B. dorsalis male genome. Genomic DNA from B. dorsalis males served as the "tester" DNA and female genomic DNA as the "driver" DNA. Six distinct RDA products were obtained following two complete rounds of DNA hybridization and difference enrichment via the Polymerase Chain Reaction (PCR). One ofthese products (RDA product 1) was used to isolate a genomic DNA clone (3.1a) from a B. dorsalis male genomic DNA minilibrary. This sequence shows similarity to the reverse transcriptase of R1 retrotransposable elements. The presence of R1 elements in the Tephritid insects has heretofore been undescribed, although these elements have been previously described in the genomes of other Dipteran species. Oligonucleotide primers for PCR were designed for the 3.1a clone. These primers consistently produce different amplification patterns in PCRs ofgenomic DNA from B. dorsalis males vs. females. Amplification using male genomic DNA produces 325 bp and 2.6 kb products while only a 2.6 kb product is obtained from female DNA. The amplification products obtained with these primers are also produced in PCRs of genomic DNA from B. dorsalis embryos and third instar larvae, suggesting the ability of this method to infer sex at pre-adult stages ofthe B. dorsalis life cycle. Similar amplification products have also been obtained in other Bactrocera species. Both the 325 bp male PCR product and the 2.6 kb products have regions of sequence similarity to R1 elements. The 2.6 kb product contains a putative 1.7 kb open reading frame (ORF) encoding 583 amino acids. Three amino acid motifs found in Drosophila R1 element reverse transcriptases are present in comparable locations within the hypothetical ORF product. Both of these sequences are also repetitively represented in the B. dorsalis male and female genomes. However, the 325 bp male product produces some bands that are male specific when used as a probe for Southern blots of B. dorsalis male and female genomic DNA. The amplification pattern produced by the 3.1a primers is consistent with what would be expected if the 2.6 kb and 325 bp PCR products originated from the B. dorsalis X and Y chromosomes, respectively. Thus, the cloned male-specific sequence recovered here is potentially useful both as a gateway into the relatively uncharacterized B. dorsalis Y chromosome and as a tool for the characterization of other aspects of the B. dorsalis genome.
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Urbanisation and Shifting Phenotypes Behavioural, Physiological and Cognitive Strategies of the Indian Rock Agama Psammophilus Dorsalis

Batabyal, Anuradha January 2017 (has links) (PDF)
Humans directly or indirectly cause changes in the environment, and urbanisation is currently one of the most important threats to biodiversity. Urbanisation exposes organisms to novel pressures that are drastically different from those in their native habitats, as human modification rapidly and dramatically changes natural environments, alters habitats as well as shifts resources and predator communities. Organisms can cope with the novel challenges by modifying their behaviour, physiology, morphology and cognition. To understand the impacts of urbanisation on phenotypic traits, the goal of my research was to study the social and survival strategies of the Indian rock agama, Psammophilus dorsalis. Using a combination of field and laboratory-based experiments, I examined differences in signal-receiver dynamics in communication, anti-predator strategies, stress physiology, and spatial learning. Social interactions in this species involve rapid physiological colour changes and behavioural displays. My work shows that colour patterns are diametrically different between courtship and aggressive interactions. Males change their dorsal body region to red, and their lateral body region to black when courting females, whereas these regions turn yellow and orange respectively when fighting with competitive males. Regardless of social context, suburban males express lower colour contrast and are also slower to change colours than rural males. Using robotic lizard stimuli, I found that receiver responses match the population-specific intensity of male signals. For the first time in any lizard species, I find that perception and responsiveness to motion and colour are lateralized in different ways. Psammophilus dorsalis is left visual field dominant when responding to social display colours, but motion stimuli elicit similar responses from both visual field. Along with shifts in colour signalling strategies, stress physiology and social behavioural display was also affected by urbanisation. Suburban males had significantly higher circulating corticosterone levels during both control conditions and immediately following social interactions compared to rural males. Proportion and rate of courtship displays was also significantly lower in suburban males compared to rural males. In the field, escape strategies of males, but not females differed between suburban and rural populations, such that suburban males were more tolerant of simulated predator attacks than rural males. As expected from their cryptic body patterns, females, regardless of habitat, relied more heavily on crypticity rather than flight to minimize predation risk. Suburban males also had stronger cognitive skills, as spatial learning and reversal learning in suburban males was faster than in rural males. In sum, differences in these behavioural, physiological, and cognitive responses of suburban and rural populations of lizards demonstrated in my thesis, indicate human-induced changes in selective pressures that support shifted survival and reproductive strategies. Psammophilus dorsalis promises to be an excellent system to further examine the specific selective pressures that shift in urban landscapes. The study of multiple integrated phenotypic traits in response to urbanisation gives a broader perspective as to how a species can flexibly adapt to rapid environmental disturbances, which is currently one of the greatest threats to biodiversity worldwide.
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Études écologiques des mouches des fruits (diptera tephritidae) nuisibles aux cultures fruitières aux Comores / Ecology of fruit fly flies (diptera tephritidae) that are harmful to fruit crops in the Comoros

Issa, Mze Hassani 19 January 2017 (has links)
De nombreuses invasions par les mouches des fruits de la famille des Tephritidae sont observées dans le monde. C'est notamment le cas aux Comores, de par sa position géographique et de ses importations de produits frais depuis les pays voisins. Afin de déterminer les stratégies nécessaires permettant de diminuer les populations de plusieurs espèces de cette famille, il est indispensable de disposer d'un état des lieux sur l'écologie et la distribution des espèces présentes dans l'archipel. Les objectifs de cette thèse étaient : i) d'inventorier les espèces de Tephritidae présentes aux Comores et d'analyser les fluctuations saisonnières des populations en lien avec les facteurs climatiques et la phénologie des principales plantes-hôtes, ii) de déterminer la gamme de plantes-hôtes des principales espèces et iii) d'inventorier les parasitoïdes indigènes des Tephritidae et de suivre l'acclimatation du parasitoïde Fopius arisanus introduit à partir de 2013. Afin de mener à bien ces objectifs, un suivi hebdomadaire d'un réseau de piégeage ainsi que la phénologie des plantes présentes dans les îles Grande-Comore, Mohéli et Anjouan, a été réalisé durant une période deux ans. De même, des fruits cultivés et sauvages ont été échantillonnés dans différentes régions de la diversité écoclimatique de l'île de la Grande-Comore durant une période de trois ans. Cinq espèces de mouches de fruits ont été retrouvées dans l'ensemble de l'archipel à partir du réseau de piégeage : Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacuspunctatifrons et Dacus ciliatus. Une forte dominance de l'espèce envahissante B. dorsalis a été observée à toutes les saisons et dans tous les sites. La densité des espèces de Tephritidae était plus importante durant la saison chaude et humide que pendant la saison fraiche et sèche. De plus, les résultats ont montré une forte abondance de B. dorsalis dans les régions humides de basses altitudes alors que C. capitata, subsiste dans les régions sèches et d'altitude plus élevée. Les résultats suggèrent un phénomène de séparation de niches entre ces deux espèces liée au climat. Parmi 42 espèces de fruits échantillonnées apparentant à 22 familles de plantes, 22 fruits de 11 familles étaient infestés par des Tephritidae. Six espèces de mouches des fruits ont émergées des fruits échantillonnés avec une large dominance (91%) de B. dorsalis. Cette dernière espèce occupe une large gamme de plantes-hôtes (16 espèces), utilisant des fruits préalablement infestés par C. capitata. Quatre espèces de parasitoïdes de la famille des Braconidae, sous-famille d'Opiinae ont émergés des fruits dont l'espèce introduite F. arisanus. Cependant très peu d'individus ont été retrouvés pour le moment et il sera nécessaire de suivre l'acclimatation du parasitoïde, en termes de taux de parasitisme, de distribution et de gamme de fruit et d'espèces de Tephritidae hôtes. / Numerous invasions by fruit flies of the Tephritidae family are observed worldwide. This is particularly the case in Comoros, because of its geographical position and its imports of fresh products from neighboring countries. In order to determine the strategies necessary to reduce the populations of several species of this family, it is essential to have a current status on the ecology and distribution of the species present in the archipelago. The objectives of this thesis were to: (i) inventory the Tephritidae species present in Comoros and analyze the seasonal fluctuations of populations in relation to climatic factors and phenology of the main host plants, (ii) determine the host plants range of the main species and (iii) inventory the Tephritidae indigenous parasitoids and follow the acclimatization of theparasitoid Fopius arisanus introduced since 2013. In order to achieve these objectives, a weekly monitoring of a trapping network as well as plants phenology present in Grande-Comore, Mohéli and Anjouan islands was carried out during a period of two years. Similarly,cultivated and wild fruits were sampled in different regions of the ecoclimatic diversity of Grande-Comore island during a period of three years. Five fruit fly species were found throughout the archipelago from the trapping network: Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacus punctatifrons and Dacus ciliatus. High dominance of the invasive species B. dorsalis was observed at all seasons and at all sites. The density of Tephritidae species was greater during the hot and wet season than during the cool and dry season. In addition, the results showed a high abundance of B. dorsalis in humid regions of low altitudes while C. capitata, persists in dry regions of higher elevation. The results suggest a niche separation phenomenon between these two species related to climate. Among 42 fruit species sampled from 22 plant families, 22 fruits belonging to 11 families were infested with Tephritidae. Six fruit fly species have emerged with a large dominance (91%) of B. dorsalis. The latter species occupies a wide range of host plants (16 species), using fruits previously infested with C. capitata. Four parasitoids species of Braconidae subfamily Opiinae have emerged in fruits including introduced species F. arisanus. However, very few individuals have been found at this timeand it will be necessary to follow acclimatization of the parasitoid in terms of parasitism rates, distribution and host fruit and Tephritidae species range.
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Esp?cies de cocc?dios em Thraupidae (Aves: Passeriformes) do Parque Nacional do Itatiaia, RJ: morfologia e taxonomia / Coccidian species from Thraupidae (Aves: Passeriformes) in the Itatiaia National Park, RJ: Morphology and Taxonomy

Rodrigues, Mariana Bento 19 February 2016 (has links)
Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2016-10-20T10:49:41Z No. of bitstreams: 1 2016 - Mariana Borges Rodrigues.pdf: 10445208 bytes, checksum: 3b8788e9719ae12da12f01e329a82878 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T10:49:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Mariana Borges Rodrigues.pdf: 10445208 bytes, checksum: 3b8788e9719ae12da12f01e329a82878 (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Coccidia are obligate intracellular parasites, classified in Subphylum Apicomplexa and order Eucoccidiorida, which has different stages in their life cycles. In Passeriformes, the coccidian species of Isospora Schneider, 1881 are the most common, being the family Thraupidae one of the major families, with 12 host species described. The aim of this study was to identify, characterize and quantify the coccidian parasites of Thraupidae in the Itatiaia National Park. Isospora ramphoceli Berto, Flausino, Luz, Ferreira, Lopes, 2010 was identified in ruby-crowned tanagers Tachyphonus coronatus (Vieillot, 1822), which became a new host, and the Itatiaia National Park a new location for this coccidian species. The intensity of infection in different hosts were high, which can be justified by frugivorous feeding habits that favoring the feco-oral transmission of coccidia and by the positive hosts inhabit in disturbed areas susciptible to the effects of forest edge. The oocysts were characterized as uniform in T. coronatus and morphologically and morphometrically similar to the original description in Ramphocelus bresilius dorsalis Sclater, 1855 on the island of Marambaia, RJ. The specificity of I. ramphoceli occurred at the family level, because T. coronatus and R. b. dorsalis are included in the Thraupidae family. / Os cocc?dios s?o parasitas intracelulares obrigat?rios, classificados no Subfilo Apicomplexa e ordem Eucoccidiorida, que tem fases diferentes em seus ciclos de vida. Em Passeriformes as esp?cies de Isospora Schneider, 1881 s?o as mais comuns, sendo a fam?lia Thraupidae uma das principais fam?lias-hospedeiras com 12 esp?cies descritas. O objetivo deste estudo foi identificar, caracterizar e quantificar os cocc?dios parasitos de Thraupidae do Parque Nacional do Itatiaia. Isospora ramphoceli Berto, Flausino, Luz, Ferreira, Lopes, 2010 foi identificada em ti?s-pretos Tachyphonus coronatus (Vieillot, 1822), o qual se tornou novo hospedeiro e o Parque Nacional do Itatiaia nova localidade para este cocc?dio. As intensidades de infec??o em diferentes hospedeiros positivos foram altas, o que pode ser justificado pelo h?bito alimentar frug?voro que favorece a transmiss?o feco-oral dos cocc?dios e por parte dos hospedeiros positivos habitarem em ?reas antropizadas submetidas aos efeitos de borda de mata. Os oocistos foram caracterizados como uniformes em T. coronatus e morfologicamente e morfometricamente semelhantes a descri??o original em Ramphocelus bresilius dorsalis Sclater, 1855 na Ilha da Marambaia, RJ. A especificidade de I. ramphoceli ocorreu em n?vel de fam?lia, pelo fato de T. coronatus e R. b. dorsalis estarem classificados entre os traup?deos.
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História evolutiva e conservação de duas espécies de sapinho-da-barriga-vermelha Melanophryniscus dorsalis e Melanophryniscus montevidensis

Silva, Jorge Sebastião Bernardo January 2012 (has links)
O processo de especiação é lento e gradual e a não completa compreensão deste processo ao longo da história do conhecimento nos remete a problemas clássicos sobre a classificação dos organismos. Neste trabalho, conduzimos um estudo sobre os padrões filogeográficos e evolutivos de duas espécies irmãs parapátricas de sapinhos de barriga-vermelha Melanophryniscus dorsalis e M. montevidensis, listadas como mundialmente ameaçadas segundo a IUCN , além de um estudo aplicado com o uso de modelos de nicho ecológico identificando áreas de interesse a conservação para ambas as espécies. Através dos modelos consensos baseados nos algoritmos BIOCLIM, GARP e Máxima entropia e da análise de “Hotspot” áreas de alta adequabilidade ambiental foram identificadas para ambas as espécies. A validação em campo de modelos preliminares indicou a ausência de indivíduos em locais de alta adequabilidade. Expedições a campo também revelaram uma série de novos pontos de ocorrência, entre os limites da distribuição, e a confirmação de registros historicamente omitidos por listas regionais, nacional e mundial de espécies ameaçadas. Para este estudo propomos cinco “hotspots” de grande interesse na conservação e preservação de ambas as espécies. Os dados moleculares, obtidos através do Cytb e COI, indicam claramente um processo de especiação ocorrendo com M. dorsalis e M. montevidensis com um ancestral comum para ambas as espécies datando entre 3 e 3,5 milhões de anos. A rede da haplótipos, para ambas as espécies nos dois marcadores, é do tipo estrela com um haplótipo central e uma série de outros com uma ou poucas mutações partindo do haplótipo central, indicando expansão demográfica e também demonstrando alta variabilidade. A população mais ao norte de M. dorsalis, na localidade de Mar Grosso no município de Laguna (SC), merece uma atenção especial por se tratar de uma Unidade de Manejo (UM) por seus indivíduos apresentarem uma viii frequência única de alelos. Segundo a definição de UM, a estratégia indicada para esta população é a delimitação de uma área específica e monitoramento da população. Os resultados obtidos neste trabalho provêm um conjunto de informações importantes em nível específico para a implementação de um banco de dados nacional sobre espécies ameaçadas. Os dados gerados neste estudo também serão integrados ao Plano Nacional de Ação para a conservação e preservação dos anfíbios e répteis ameaçados de extinção da região sul do Brasil (PAN SUL) gerido pelo Instituto Chico Mendes de conservação da Biodiversidade. / The speciation process is commonly slow and gradual and the incompletely understand of this process throughout the history of knowledge leads us to the classic problems of the organism classification. In this work, we conducted a study on the phylogeographic and evolutionary patterns of two parapatric sister species of red-bellied-toads Melanophryniscus dorsalis and M. montevidensis, listed as globally threatened according to the IUCN, as well as an applied study using ecological niche models to identify areas for conservation interest for both species. Through consensus models based on algorithms BIOCLIM, GARP and Maximum Entropy and the hotspot analysis, areas of high environmental suitability were identified for both species. Field validation of preliminary models also indicated the absence of individuals in areas of high suitability. Field expeditions also revealed new occurrence points within the boundaries of the distribution, and confirmation records historically omitted by regional, national and global lists of threatened species. For this study we propose five hotspots of great interest in the conservation and preservation of both species. Molecular data obtained through Cytb and COI, clearly indicate the speciation process occurring with M. dorsalis and M. montevidensis with a common ancestor to both species dated between 3 and 3.5 million years. The haplotype network for both markers in both species are star-like which consist of a center haplotype with a series of haplotyps with one or few mutations starting from the central haplotype indicates demographic expansion and also shows high variability. The north population found in M. dorsalis, at the locality of Mar Grosso in the city of Laguna, needs special attention because it is a Management Unit (MU) by his individuals present a single frequency alleles. According to the definition of MU, the strategy indicated for this population is the delimitation of a specific area and population monitoring. x The results obtained in this study provide important information set on specific level for the implementation of a national database on endangered species. The generated data in this study will also be integrated into the National Plan of Action for the conservation and preservation of reptiles and amphibians threatened by extinction in southern Brazil (PAN SUL) managed by the Chico Mendes Institute for Biodiversity Conservation.
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História evolutiva e conservação de duas espécies de sapinho-da-barriga-vermelha Melanophryniscus dorsalis e Melanophryniscus montevidensis

Silva, Jorge Sebastião Bernardo January 2012 (has links)
O processo de especiação é lento e gradual e a não completa compreensão deste processo ao longo da história do conhecimento nos remete a problemas clássicos sobre a classificação dos organismos. Neste trabalho, conduzimos um estudo sobre os padrões filogeográficos e evolutivos de duas espécies irmãs parapátricas de sapinhos de barriga-vermelha Melanophryniscus dorsalis e M. montevidensis, listadas como mundialmente ameaçadas segundo a IUCN , além de um estudo aplicado com o uso de modelos de nicho ecológico identificando áreas de interesse a conservação para ambas as espécies. Através dos modelos consensos baseados nos algoritmos BIOCLIM, GARP e Máxima entropia e da análise de “Hotspot” áreas de alta adequabilidade ambiental foram identificadas para ambas as espécies. A validação em campo de modelos preliminares indicou a ausência de indivíduos em locais de alta adequabilidade. Expedições a campo também revelaram uma série de novos pontos de ocorrência, entre os limites da distribuição, e a confirmação de registros historicamente omitidos por listas regionais, nacional e mundial de espécies ameaçadas. Para este estudo propomos cinco “hotspots” de grande interesse na conservação e preservação de ambas as espécies. Os dados moleculares, obtidos através do Cytb e COI, indicam claramente um processo de especiação ocorrendo com M. dorsalis e M. montevidensis com um ancestral comum para ambas as espécies datando entre 3 e 3,5 milhões de anos. A rede da haplótipos, para ambas as espécies nos dois marcadores, é do tipo estrela com um haplótipo central e uma série de outros com uma ou poucas mutações partindo do haplótipo central, indicando expansão demográfica e também demonstrando alta variabilidade. A população mais ao norte de M. dorsalis, na localidade de Mar Grosso no município de Laguna (SC), merece uma atenção especial por se tratar de uma Unidade de Manejo (UM) por seus indivíduos apresentarem uma viii frequência única de alelos. Segundo a definição de UM, a estratégia indicada para esta população é a delimitação de uma área específica e monitoramento da população. Os resultados obtidos neste trabalho provêm um conjunto de informações importantes em nível específico para a implementação de um banco de dados nacional sobre espécies ameaçadas. Os dados gerados neste estudo também serão integrados ao Plano Nacional de Ação para a conservação e preservação dos anfíbios e répteis ameaçados de extinção da região sul do Brasil (PAN SUL) gerido pelo Instituto Chico Mendes de conservação da Biodiversidade. / The speciation process is commonly slow and gradual and the incompletely understand of this process throughout the history of knowledge leads us to the classic problems of the organism classification. In this work, we conducted a study on the phylogeographic and evolutionary patterns of two parapatric sister species of red-bellied-toads Melanophryniscus dorsalis and M. montevidensis, listed as globally threatened according to the IUCN, as well as an applied study using ecological niche models to identify areas for conservation interest for both species. Through consensus models based on algorithms BIOCLIM, GARP and Maximum Entropy and the hotspot analysis, areas of high environmental suitability were identified for both species. Field validation of preliminary models also indicated the absence of individuals in areas of high suitability. Field expeditions also revealed new occurrence points within the boundaries of the distribution, and confirmation records historically omitted by regional, national and global lists of threatened species. For this study we propose five hotspots of great interest in the conservation and preservation of both species. Molecular data obtained through Cytb and COI, clearly indicate the speciation process occurring with M. dorsalis and M. montevidensis with a common ancestor to both species dated between 3 and 3.5 million years. The haplotype network for both markers in both species are star-like which consist of a center haplotype with a series of haplotyps with one or few mutations starting from the central haplotype indicates demographic expansion and also shows high variability. The north population found in M. dorsalis, at the locality of Mar Grosso in the city of Laguna, needs special attention because it is a Management Unit (MU) by his individuals present a single frequency alleles. According to the definition of MU, the strategy indicated for this population is the delimitation of a specific area and population monitoring. x The results obtained in this study provide important information set on specific level for the implementation of a national database on endangered species. The generated data in this study will also be integrated into the National Plan of Action for the conservation and preservation of reptiles and amphibians threatened by extinction in southern Brazil (PAN SUL) managed by the Chico Mendes Institute for Biodiversity Conservation.
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Silva, Jorge Sebastião Bernardo January 2012 (has links)
O processo de especiação é lento e gradual e a não completa compreensão deste processo ao longo da história do conhecimento nos remete a problemas clássicos sobre a classificação dos organismos. Neste trabalho, conduzimos um estudo sobre os padrões filogeográficos e evolutivos de duas espécies irmãs parapátricas de sapinhos de barriga-vermelha Melanophryniscus dorsalis e M. montevidensis, listadas como mundialmente ameaçadas segundo a IUCN , além de um estudo aplicado com o uso de modelos de nicho ecológico identificando áreas de interesse a conservação para ambas as espécies. Através dos modelos consensos baseados nos algoritmos BIOCLIM, GARP e Máxima entropia e da análise de “Hotspot” áreas de alta adequabilidade ambiental foram identificadas para ambas as espécies. A validação em campo de modelos preliminares indicou a ausência de indivíduos em locais de alta adequabilidade. Expedições a campo também revelaram uma série de novos pontos de ocorrência, entre os limites da distribuição, e a confirmação de registros historicamente omitidos por listas regionais, nacional e mundial de espécies ameaçadas. Para este estudo propomos cinco “hotspots” de grande interesse na conservação e preservação de ambas as espécies. Os dados moleculares, obtidos através do Cytb e COI, indicam claramente um processo de especiação ocorrendo com M. dorsalis e M. montevidensis com um ancestral comum para ambas as espécies datando entre 3 e 3,5 milhões de anos. A rede da haplótipos, para ambas as espécies nos dois marcadores, é do tipo estrela com um haplótipo central e uma série de outros com uma ou poucas mutações partindo do haplótipo central, indicando expansão demográfica e também demonstrando alta variabilidade. A população mais ao norte de M. dorsalis, na localidade de Mar Grosso no município de Laguna (SC), merece uma atenção especial por se tratar de uma Unidade de Manejo (UM) por seus indivíduos apresentarem uma viii frequência única de alelos. Segundo a definição de UM, a estratégia indicada para esta população é a delimitação de uma área específica e monitoramento da população. Os resultados obtidos neste trabalho provêm um conjunto de informações importantes em nível específico para a implementação de um banco de dados nacional sobre espécies ameaçadas. Os dados gerados neste estudo também serão integrados ao Plano Nacional de Ação para a conservação e preservação dos anfíbios e répteis ameaçados de extinção da região sul do Brasil (PAN SUL) gerido pelo Instituto Chico Mendes de conservação da Biodiversidade. / The speciation process is commonly slow and gradual and the incompletely understand of this process throughout the history of knowledge leads us to the classic problems of the organism classification. In this work, we conducted a study on the phylogeographic and evolutionary patterns of two parapatric sister species of red-bellied-toads Melanophryniscus dorsalis and M. montevidensis, listed as globally threatened according to the IUCN, as well as an applied study using ecological niche models to identify areas for conservation interest for both species. Through consensus models based on algorithms BIOCLIM, GARP and Maximum Entropy and the hotspot analysis, areas of high environmental suitability were identified for both species. Field validation of preliminary models also indicated the absence of individuals in areas of high suitability. Field expeditions also revealed new occurrence points within the boundaries of the distribution, and confirmation records historically omitted by regional, national and global lists of threatened species. For this study we propose five hotspots of great interest in the conservation and preservation of both species. Molecular data obtained through Cytb and COI, clearly indicate the speciation process occurring with M. dorsalis and M. montevidensis with a common ancestor to both species dated between 3 and 3.5 million years. The haplotype network for both markers in both species are star-like which consist of a center haplotype with a series of haplotyps with one or few mutations starting from the central haplotype indicates demographic expansion and also shows high variability. The north population found in M. dorsalis, at the locality of Mar Grosso in the city of Laguna, needs special attention because it is a Management Unit (MU) by his individuals present a single frequency alleles. According to the definition of MU, the strategy indicated for this population is the delimitation of a specific area and population monitoring. x The results obtained in this study provide important information set on specific level for the implementation of a national database on endangered species. The generated data in this study will also be integrated into the National Plan of Action for the conservation and preservation of reptiles and amphibians threatened by extinction in southern Brazil (PAN SUL) managed by the Chico Mendes Institute for Biodiversity Conservation.

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