Les systèmes logiciels évoluent pour ajouter de nouvelles fonctionnalités, corriger des bugs ou refactoriser du code source. Durant ce processus, certains problèmes peuvent survenir provoquant l'inconsistance ou l'échec des systèmes en évolution et avec leurs clients, ce qui aboutit finalement à une baisse de la qualité du code. Pour faire face à ces problèmes, il est possible d'utiliser des règles. Ces règles peuvent être créées par des experts ou extraites de précédentes versions du code source. Nous soutenons que les approches existantes : (i) n'analysent pas précisément les avantages des règles créées par des experts; (ii) gagneraient à mieux utiliser les dépôt de codes sources pour extraire des règles basées sur l'historique, et (iii) devraient analyser à grande échelle et sur des cas réels l'impact de l'évolution du code source sur les clients. Dans cette thèse, nous proposons d'analyser et d'améliorer les règles pour aider les développeurs à mieux suivre l'évolution du code source. Pour cela, nous étudions trois aspects différents :- Les avantages prévus par les règles créées par des experts : nous analysons précisément ces règles pour comprendre si elles valent la peine d'être adoptées malgré le coût pour les produire.- L'amélioration des règles basées sur l'historique : nous proposons deux solutions pour extraire de meilleures règles à partir du dépôt de codes sources.- L'impact de l'évolution du code source sur un écosystème logiciel : nous étudions les conséquences de l'évolution de code source sur des systèmes clients dans le contexte d'un écosystème de grande échelle.Les résultats que nous avons obtenus démontrent l'utilité de nos approches. / Software systems evolve by adding new features, fixing bugs or refactoring existing source code. During this process, some problems may occur causing evolving systems and their clients to be inconsistent or to fail, decreasing code quality. One solution to deal with such maintainability problems is the usage of rules to ensure consistency. These rules may be created by experts or extracted from source code repositories, which are commonly evaluated in small-scale case studies. We argue that existing approaches lack of: (i) a deep understanding of the benefits provided by expert-based rules, (ii) a better use of source code repositories to extract history-based rules, and (iii) a large-scale analysis of the impact of source code evolution on the actual clients.In this thesis we propose to analyze and improve rules to better support developers keeping track of source code evolution. We cover three aspects: - The benefits provided by expert-based rules: we report on an investigation of rules created based on expert opinion to understand whether they are worthwhile to be adopted given the cost to produce them.- The improvement of history-based rules: we propose two solutions to extract better rules from source code history.- The impact of source code evolution on a software ecosystem: we undergo an investigation, in a large-scale ecosystem, on the awareness of the client systems about source code evolution. We evaluated the proposed approaches qualitatively and quantitatively. The results we obtained demonstrate the usefulness of our approaches.

L'émergence et la propagation des technologies de communication à travers le monde ont facilité l'accélération du rythme de l'innovation dans une multitude de domaines. Avec un accès quasi-continu aux flux de l'information, la façon dont les humains vivent a changé, et avec elle ont évolué la structure et la fonction des entreprises, des marchés et de leurs composants. Dans cette thèse, nous explorons la co-évolution des entreprises et des marchés et analysons la création d'une nouvelle architecture organisationnelle qui résulte de cette co-évolution.Dans le chapitre 1, nous explorions les nombreuses branches de la littérature sur la théorie de la firme et la confrontons au phénomène de platformization des marchés au travers de l'étude d'eBay. Suite à l'analyse détaillée de cette étude de cas, le chapitre 1 conclut que le concept de l'entreprise a subi une métamorphose et que ses contours se redéfinissent aujourd'hui au-delà des définitions traditionnelles et contemporaines de l'entreprise. Pour résoudre ce problème, nus proposons la notion d'équivalence firme / marché. Ce concept sera ensuite utilisé dans les trois autres chapitres de la thèse.Quand les économistes voient une défaillance de marché, les entrepreneurs voient une opportunité d'affaire. Les entreprises d'aujourd'hui sont un entrelacement complexe d'interactions qui répondent aux défaillances du marché. Dans ce chapitre 2, nous expliquons comment les entreprises adressent ces opportunités de marchés grâce à des stratégies d'intermédiation passant par la création de plates-formes. Non seulement les entreprises facilitent l'activité du marché en fournissant aux autres participants des ressources de base, mais elles prennent également un rôle de premier plan dans la régulation de l'ensemble des activités économiques ainsi générées. L'objectif du chapitre 2 est d'explorer le phénomène de la double fonction de l'entreprise (création de marchés et soutien du marché) grâce à la notion d'équivalence firme / marché. Nous expliquons le rôle des entreprises qui choisissent de se positionner comme intermédiaire et qui prennent à leur charge la construction, le fonctionnement et le support de la plate-forme. Dans la littérature, ces entreprises sont appelées entreprises centrales, keystones, catalyseurs, ou tout simplement plates-formes. Ces entreprises sont capables d'attirer à elles une multitude de partenaires qui forment ce qu'une partie de la littérature appelle des écosystèmes d'affaires.Le chapitre 3 propose un regard différent sur la stratégie de création d'une plate-forme. Alors que dans le chapitre 2 nous nous sommes concentrés sur les entreprises qui créent et soutiennent les plates-formes, dans ce troisième chapitre, nous examinons de plus près les autres participants. Nous abordons ces participants comme des entreprises-satellites en raison de leur tendance à graviter vers les créateurs et les opérateurs de plate-forme. Nous étudions le rôle de ces entreprises-satellites dans les écosystèmes à base de plate-forme et observons que certaines entreprises-satellites peuvent potentiellement faire peser des menaces sur les détenteurs de plate-forme. Nous discutons ensuite les questions des clusters et du multi-homing, ainsi que la façon dont ces phénomènes affectent les entreprises centrales et leurs écosystèmes d'affaires. Nous concluons que ces comportements sont une source de pression concurrentielle entre les détenteurs de plateforme. Le chapitre 4 traite de la dynamique de l'équivalence entreprise / marché. Idéalement, l'équivalence entreprise / marché présente deux dimensions : l'innovation et le développement commercial. Dans ce modèle, la plate-forme est un artefact socio-technique central qui soutient les stratégies d'ouverture par rapport à ces deux dimensions. Elle facilite le partage et les échanges entre les participants. Ces systèmes ne sont pas statiques. / Emergence and spread of telecommunication technologies throughout the world facilitated acceleration in the pace of innovationin multitude of domains. Having access to the ongoing stream of information, the way human live has changed, and with it evolved the appearance and function of firms, markets, and their constituents. In this thesis we explore the co-evolution of firms and markets and observe the creation of new organizational architecture that resultas from this co-evolution. In chapter 1 we explore the numerous branches of the theory of the firm lterature and confront it to the phenomenon of platformization of markets through the study of the eBay case. Following the detailed annalysis of this case study, chapter 1 concludes that the concept of firm has undergone metamorphosis and has been redefined beyond the traditional and contemporary definitions of the firm. To adress this, we hence propose the concept of film / market equivalency. This concept is thoroughly explained ans discussed in the three chapters that follow. What the economists call a market failure, the entrepreneurs call a market opportunity. Firms today are the intricate interlacing of interactons, which arise in response to market failures. In chapter 2 we describe how the market opportunities that emerge as a result are adressed by the firms through market support strategy, i.e through creation of platforms. Not only do the firms facilitate marketa ctivity by providing participants with basic ressources, firm also take up a leading role in the regulation of all of their creation's activities. The purpose of chapter 2 is to explore the phenomenon of concurrent double function of firm, market creation and market support, through the concept of film / market equivalency. We explain the role of firms that that choose to position themselves as intermediaries and take charge over platform construction, operation and support. In the literature, ssuch firms are referred to as central partners who form what the management calls business ecosystems. Chapter 3 discusses a different take on the platform creation strategy. Whereas in chapter 2 we focused on the types of firms that create and support the platforms,in the third chapter we take a closer look at the constituents of platforms : the small players. In text we adress these players as "firms-satellites" due to their tendency to gravitate toward creators and operators of platforms. We study the role of these firms-staellites in the platform-based ecosystems and identify that some of firms-satellites may potentially bear threats to the platform owners. We then discuss the issues of clustering and multi-homing as welle as how these issues affect central firms, their business ecosystems and whether or not these behaviors are a source of competitive pressure. Chapter 4 discusses the dynamics of firm / market equivalency. Ideally, firm / market equivalency has two dimensions : innovation and business development. In this model, the platfform is a central sociotechnical artefact that supports openness strategies in both dimensions. It facilitates sharing and exchanges among participants. Such systems are not static. They co-evolve with their constituents : the participants and the platform owner. This chapter explores the dynamics involved in firm / market equivalency models. For each stage of development (birth, expansion, leadership, renewal), we study the architecture of the platform, the behaviour of participants and the strategic responseof the platform owner. We conclude the thesis with discussion ofa ntitrust issues that do or may arise as the result of employment of amrket creation and support strategies.

Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La finalité de l’étude est d’explorer la gestion des écosystèmes aquatiques d’Europe et d’Afrique à travers le prisme de l’approche systémique. Cette approche est fondée sur la recherche de solutions générales et globales aux problèmes y afférents, sans sacrifier les particularités et spécificités propres à chaque écosystème. A la différence d’une gestion cloisonnée, fragmentée et sectorielle, l’intérêt d’une gestion globale et intégrée des ressources en eau rares, est de permettre une meilleure rationalisation de cette gestion, par la prise en compte de l’ensemble des contraintes et des opportunités y relatives, de façon qu’elle soit plus pertinente et soutenable. Dans cette optique, la comparaison entre les systèmes européens, globalement plus avancés et les systèmes africains, vise, d’une part, à souligner que quelque soit le système considéré, les problèmes sont quasiment les mêmes et que l’approche globale et intégrée reste le meilleur gage d’efficacité et d’efficience en vue de les résorber ; d’autre part, à montrer que ces systèmes peuvent être mutuellement bénéfiques, notamment en termes d’échanges de bons procédés ou de bonnes pratiques.On entend par écosystème aquatique, l’ensemble des eaux douces de toutes origines, superficielles, souterraines ou autres. Ces écosystèmes aquatiques entretiennent des interactions avec la terre, la mer et d’autres éléments de l’environnement global, qu’il importe de bien maîtriser, pour sacrifier aux exigences d’une gestion globale pertinente et intégrée desdits écosystèmes. / This study attempts to examine the management of freshwater resources in Africa and Europe, from an ecosystemic view point, and aims at global and appropriate solutions to problems, without neglecting local or regional specificities. Contrary to territorial and sector approaches, integrated water resource management is a better way to ensure a sustainable management of freshwater resources, taking into consideration all problems and opportunities pertaining thereto. In this regard, the first interest of comparing advanced European systems with African systems is to bring up global problems, in spite of regional or continental peculiarities, and to stress on the global and integrated approach as the best way of solving them effectively. The second interest is to show that managing these systems can be mutually beneficial if their respective advantages and weaknesses are considered.Freshwater resources comprise superficial or deep water of various origins, and interact with elements of the global environment (earth, sea). Their mastery is of utmost importance as it will permit the global, adequate and integrated management of such ecosystems.

Les changements climatiques et socio-économiques dans la région méditerranéenne constituent une menace importante pour les écosystèmes forestiers en affectant leur fonctionnement direct (augmentation de la sècheresse) et le régime des perturbations (incendies). Les interactions entre végétation, sécheresse, régime des feux et activités anthropiques ont été étudiées à l'échelle régionale sur la région Languedoc-Roussillon (LR) à partir des observations durant les dernières décennies (1971-2006) et de scénarios climatiques pour la fin du 21ième siècle (2071-2100). Les résultats montrent que l'évolution récente du climat dans la région LR est caractérisée par une augmentation des conditions de sècheresse présentant une variabilité spatiale importante. Ces tendances climatiques ont entrainé des modifications des caractéristiques de la période de sècheresse des écosystèmes (augmentation de l'intensité, décalage de la saisonnalité). Malgré cette augmentation des conditions favorables à l'occurrence et au développement des incendies, un nouvelle politique de suppression des incendies initié en 1987 a entrainé une diminution du nombre de départs de feux et des surfaces brulées. Cette politique a également modifié les facteurs explicatifs du développement des feux qui, auparavant majoritairement contrôlés par l'état hydrique de la végétation, sont désormais déterminés par la cooccurrence de la sècheresse et d'épisodes venteux. D'autre part, nos résultats ont pu quantifier la contribution relative des caractéristiques spatiales des activités humaines (densité des infrastructures, interface habitat forêt), de la végétation (composition, continuité) et des conditions météorologiques sur la distribution spatiale des incendies. Ainsi, les prédictions de l'évolution du régime des feux sur le siècle prochain sont fortement dépendantes des futures trajectoires de l'activité anthropique, des stratégies d'occupation du territoire mais également de l'incertitude liée à la régionalisation des modèles climatiques. / Climate and socio-economic changes in the Mediterranean region are expected to affect the functioning of forested ecosystems (increased drought) and the disturbance regime (wildfire). The interactions between vegetation, drought, fire regime and human activities were studied at regional scale in the Languedoc-Roussillon region (LR; Southern France) from observations over recent decades (1971-2006) and climate scenarios for the end of the 21st century (2071-2100). Recent climate changes in the LR region are characterized by an increase in drought conditions with a high spatial variability. These climate changes modified the features of the major drought period in forested ecosystems (increasing intensity, shifting seasonality). However, despite this increase in fire prone conditions, a new policy of fire suppression started in 1987 led to a decrease in the number of fire starts and burnt areas in LR region. This policy also changed the relative contribution of factors explaining fire spread, which previously mainly controlled by the water status of vegetation, are now determined by the co-occurrence of drought and windy events. Furthermore, our results could quantify the relative contribution of the spatial patterns of human activities (infrastructure density, forest habitat interface), vegetation (composition, fuel continuity) and weather on the regional distribution of fires. Thus, predictions on the future fire regime in the region should be mainly controlled by changes in human activities and settlements, as well as climate forecasts and their related uncertainty in downscaling methods, which have a significant impact on predictions of drought of forested ecosystems.

L'objectif du travail est la mise en place d'un pôle intégré d'excellence pour l'énergie solaire en Afrique de l'Ouest. Trois pays y ont été identifiés comme territoires d'expérimentation (Burkina Faso ; Côte d'Ivoire ; Sénégal). Les enquêtes de terrain dans ces territoires suivies d'une analyse de filière a permis de mettre en évidence les interactions entre les acteurs de la filière solaire dans les trois pays (pouvoirs publics ; recherche et formation ; entreprises ; société civile ; utilisateurs). La réalisation de matrices d'influences directes à partir des résultats de l'analyse de la filière solaire dans les pays a permis de comprendre le faible niveau de relations entre les acteurs interdépendants. Les résultats révèlent que les pouvoirs publics demeurent les acteurs dominants de la filière solaire dans les trois pays, malgré la faiblesse de leur volonté. Les entreprises privées et les organisations non gouvernementales sont des acteurs relais (entre les pouvoirs politiques et les utilisateurs) qui jouent un rôle d'installation d'équipements solaires et de développement de projets surtout en milieux ruraux. Les utilisateurs (consommateurs) de la filière solaire sont des acteurs " dominés " qui n'ont pas d'influence sur les autres acteurs notamment les pouvoirs politiques. La recherche et la formation dont les résultats se limitent à des formations théoriques ou des expérimentations non diffusées restent des acteurs isolés. Le pôle intégré construit permet de stabiliser, régulariser et faire circuler entre eux les connaissances produites et les capacités développées par les acteurs en interactions au sein d'un écosystème

Dans un contexte de changement global qui continue de menacer les espèces et l’intégrité des écosystèmes à travers le monde, l’étude de la stabilité des écosystèmes n’a jamais été aussi importante. Jusqu’à aujourd’hui, la plupart des études sur la stabilité des écosystèmes se sont centrées sur des écosystèmes simples et des perturbations individuelles, en focalisant généralement sur le comportement de propriétés écosystémiques particulières, comme les indices de productivité et de diversité. Cependant, les écosystèmes sont soumis simultanément à de multiples perturbations. De plus, à grande échelle spatiale, différents écosystèmes se succèdent, chacun répondant différemment à une perturbation donnée. L’étude de la stabilité des écosystèmes doit donc progresser vers des approches plus intégratives qui seront informatives à des échelles pertinentes pour la gestion des écosystèmes. Cette thèse est un pas en avant dans cette direction. Ici, j’ai utilisé plusieurs approches pour évaluer la façon dont de multiples facteurs de changement global, tels que les changements climatiques graduels et extrêmes et les changements d’usage du sol, affectent la stabilité des écosystèmes à grande échelle spatiale, du point de vue d’un seul niveau trophique à un point de vue multitrophique.Je commence par souligner l’importance de considérer les interactions entre les changements climatiques graduels et extrêmes, en conjonction avec les changements de l’usage du sol, pour la gestion de paysages hétérogènes, comme les Alpes européennes. En utilisant un modèle de végétation dynamique et spatialement explicite, je montre qu’une augmentation de la fréquence et de l’intensité de la sécheresse pourrait drastiquement changer les tendances d’embroussaillement des habitats ouverts alpins et subalpins qui sont généralement prévues par les projections ne prenant pas en compte ces évènements extrêmes dans le futur. J’ai ensuite étudié si la sécheresse et le réchauffement climatique progressif amenaient les communautés végétales à souffrir des transitions différentes, en utilisant une approche innovatrice dans laquelle les états des communautés sont décrits d’une façon multidimensionnelle. Je montre que bien que les effets de la sécheresse sur la structure des forêts et des pâturages ne devraient pas trop affecter les trajectoires à long terme causées seulement par le réchauffement climatique graduel, ils devraient rendre les communautés forestières plus instables que les prairies dans le futur. Cependant, l’analyse des réponses de la végétation reste limitée à un seul niveau trophique. Vu que les réseaux trophiques représentent les flux d’énergie dans un écosystème, l’étude de leur stabilité aux perturbations devrait fournir des informations plus précises sur la stabilité globale de l’écosystème. Donc, j’ai aussi étudié la stabilité des réseaux trophiques dans les aires protégées européennes face à des scénarios futurs d’usage du sol et de climat. Mes résultats montrent que ces réseaux trophiques peuvent être très sensibles aux changements climatiques, même s’ils ne sont soumis à aucun changement d’usage du sol. Notamment, je montre que la prise en compte des phénomènes de dispersion des espèces aura un impact important sur la robustesse des réseaux, et je souligne l’importance de leur prise en compte pour la gestion des écosystèmes.Dans ma thèse, je démontre que les concepts de stabilité de l’écosystème peuvent et doivent être appliqués à des échelles pertinentes pour la gestion des écosystèmes, tout en adoptant la nature multidimensionnelle des écosystèmes. / As global change threatens ecosystems worldwide with biodiversity loss, studying ecosystem stability has never been so important. Most ecosystem stability studies have heretofore focused on single ecosystems and disturbances, usually following the behaviour of particular ecosystem properties, such as productivity and diversity indices. However, ecosystems are subjected to multiple disturbances simultaneously and at large spatial scales different ecosystems co-occur, each responding specifically to any given disturbance. Hence, the study of ecosystem stability needs to move towards approaches that can be informative at broad scales that are relevant for ecosystem management. This thesis is a step forward in this direction. Here, I used several approaches to assess how multiple global change drivers, such as climate change, extreme whether events, and land-use changes, affect ecosystem stability at landscape and larger spatial scales, and from single to multi-trophic level perspectives.I begin by highlighting the importance of considering the interactions between gradual and extreme climate changes, in conjunction with land-use changes, for the management of highly diverse landscapes, such as the European Alps. Using a spatially explicit dynamic vegetation model, I show that increasing drought frequency and intensity will likely change the trends of treeline movement expected under future gradual climate warming scenarios. I then investigated whether drought and gradual climate warming caused plant communities to shift in different ways, using n-dimensional hypervolumes to describe community states in multidimensional space. Drought effects on forest and grassland structure did not greatly change the long-term trajectories caused by gradual climate warming alone, but showed that forest communities became more unstable than grasslands in the future. However, focusing on vegetation dynamics remains limited to a single trophic level. Because trophic networks represent energy flows in an ecosystem, studying their stability to disturbances should provide more accurate information on overall ecosystem stability. Hence, I also investigated trophic network stability in European protected areas to future scenarios of land-use and climate changes. My results show that these trophic networks may be highly sensitive to climate changes, even if no land-use changes occur. Importantly, I show that considering different dispersal limitations will greatly impact network robustness, and stress the importance of accounting for these processes in ecosystem management.In my thesis, I demonstrate that ecosystem stability concepts can and should be applied at scales that are relevant for management, while embracing the multidimensional nature of ecosystems.

Les écosystèmes forestiers jouent un rôle clé en régulant des cycles du carbone (C) et des nutriments et l’érosion en cours de la biodiversité peut affecter ces fonctions écosystémiques. Ces deux dernières décennies, un effort de recherche important a cherché à comprendre comment la biodiversité affecte la productivité primaire. Le processus inverse de minéralisation du C pendant la décomposition de la matière organique est en revanche beaucoup moins étudié. Dans cette thèse, j’ai cherché à démêler les différents mécanismes par lesquels la diversité des arbres et de leurs litières foliaires affecte la décomposition des litières dans les écosystèmes forestiers d’Europe, à travers trois approches.En utilisant un réseau de placettes forestières contenant des gradients de diversité dans six types de forêts à travers l’Europe, j’ai étudié les effets de la diversité des arbres sur la décomposition de la litière via (i) des modifications de l’environnement de décomposition et (ii) les conséquences directes de la diversité des litières foliaires, avec deux expériences en sachets de litière. A travers tous les sites, alors que la richesse spécifique des arbres a eu un effet limité, la fermeture de la canopée a positivement affecté la décomposition par une modification potentielle des conditions microclimatiques. De plus, les traits moyens de qualité physique et chimique de la chute de litière et la dissimilarité de traits entre les litières d’espèces différentes ont influencé les communautés de décomposeurs permettant dans une certaine mesure de prédire la décomposition de substrats standards. Une fois ces effets pris en compte, la qualité des litières en décomposition a eu un impact supplémentaire mais relativement plus faible sur la décomposition. Ces résultats suggèrent que les effets indirects de la diversité des arbres sur la modification des conditions microenvironnementales sont plus importants pour la décomposition que les effets directs de la qualité intrinsèque des litières en décomposition.J’ai ensuite exploré le rôle des composés solubles lessivés à partir de litière d’espèces différentes sur les processus microbiens du sol par une expérience en microcosmes. Les lessivats de litière d’arbres décidus étaient qualitativement et quantitativement différents de ceux des litières de conifères et ont induit une respiration microbienne du sol plus importante. Le mélange de lessivats des différentes espèces a donné lieu à des effets non-additifs sur les processus microbiens du sol, associés à la dissimilarité de stochiométrie des lessivats. Le lessivage étant un processus dominant pendant la phase initiale de décomposition, l’identité et la diversité des lessivats peut contribuer au contrôle du recyclage du C et des nutriments.Par une troisième approche, mon but a été de mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent les forts effets observées des détritivores du sol sur la décomposition des litières et les effets de diversité. J’ai cherché à comprendre si la transformation de litière en fèces par le détritivores Glomeris marginata stimulait les décomposeurs microbiens, et si cette stimulation dépendait de la qualité de la litière ingérée. L’activité microbienne était stimulée pour les fèces issues de litières récalcitrantes, mais pas pour les fèces issus de litières de meilleure qualité initiale. Ainsi, les conséquences de la transformation de litière en fèces de macroarthropodes pour les décomposeurs microbiens dépend de l’espèce de litières et peut contribuer aux effets de diversité des litières.Les données collectées durant cette thèse montre que la diversité fonctionnelle des arbres peut affecter la décomposition des litières à travers plusieurs mécanismes à différentes étapes de la décomposition. Du fait de cette complexité, les conséquences des changements de diversité pour le cycle du C et des nutriments dans les forêts d’Europe peuvent être importantes, mais sont actuellement difficiles à prédire et à généraliser. / Forest ecosystems play a key role in regulating the global carbon (C) and nutrient cycles, and the ongoing erosion of biodiversity is susceptible to modify these ecosystem functions. Over the past two decades, a strong research effort was put into the understanding of how changing biodiversity impacts primary productivity. The reverse process of respiratory C loss during organic matter breakdown however, remained much less studied. In this PhD thesis, I aimed at teasing apart the different mechanisms of how tree and associated leaf litter diversity may affect litter decomposition in European forest ecosystems using three distinct approaches.First, using a network of forest plots with tree diversity gradients in six major forest types across Europe, I studied the effects of tree diversity on litter decomposition through (i) modifications of the decomposition environment and (ii) the direct consequences of leaf litter diversity, with two litterbag experiments. Across all sites, while tree species richness had only a limited effect, forest canopy closure affected decomposition positively by potentially improving microclimatic conditions. In addition, mean chemical and physical quality traits of the litterfall, and trait dissimilarity in leaf litter from different species influenced decomposer communities in a way that decomposition of the common substrates was predictable to a reasonable degree. Once these effects were accounted for, the quality of decomposing litter showed an additional, but comparatively small impact. Collectively, these results suggest that the indirect effects of tree diversity on decomposition through microenvironmental controls are more important than the direct effects of the inherent quality of decomposing litter.With a second approach using microcosms under controlled-conditions, I aimed at assessing the role of soluble compounds leached from decomposing litter of different species for microbial-driven soil processes. Leachates from litter of broadleaved deciduous species differed in composition and quantity and induced stronger soil microbial respiration than those from litter of coniferous species. When the species-specific leachates were mixed, I observed non-additive mixing effects on soil microbial processes associated to the dissimilarity in leachate stoichiometry. Since leaching is the dominant process during the initial stage of decomposition, litter leachate identity and diversity may significantly contribute to the control of carbon and nutrient cycling.Finally, in a third approach my goal was to better understand the underlying mechanisms of the observed strong effects of soil detritivores on litter decomposition and diversity effects. I investigated whether the transformation of litter into feces by the detritivore Glomeris marginata stimulated microbial decomposers, and whether this stimulation depended on the quality of the ingested litter. Microbial activity was stimulated in feces derived from recalcitrant litter, but not in feces derived from litter of higher initial quality. In conclusion, the consequences of litter transformation into macroarthropod feces for microbial decomposers is litter species-specific which may further contribute to litter diversity effects.The data collected during my PhD thesis shows that the functional diversity of trees can affect litter decomposition through various mechanisms during different stages of decomposition. As a result of this complexity, the consequences of changes in biodiversity for the carbon and nutrient cycles in European forests can be substantial, but are presently difficult to predict and to generalize.

Les biotechnologies mobilisées aujourd'hui dans les bioindustries requièrent des compétences qu'une entreprise ne peut plus maîtriser seule. L'aboutissement d'innovations disruptives implique une approche pluridisciplinaire nécessitant l'intervention de plusieurs secteurs industriels ce qui s'oppose à une logique d'innovation propriétaire. La transversalité nécessaire à ces rapprochements entre entreprises privées et secteurs public et ou entre industries issues de secteurs d'activités différents modifie profondément la nature des modèles d'organisation. Parmi l'ensemble des modèles adoptés, celui des écosystèmes d'affaires (EA) occupe une place de plus en plus centrale dans les bioindustries. L'optimisation des logiques d'innovation associées est devenue un enjeu auquel même les institutions tentent de répondre en soutenant l'adoption de logiques d'innovation ouverte (IO) et le développement d'EA. Pourtant la nature de ces deux notions restent discutées et leur combinaison théorique mal comprise. Bien que les études de cas montrent que les EA appuient leur développement sur l'IO dans les domaines dont le développement repose sur la connaissance, la nature et la séquence de mise en œuvre des concepts mobilisés restent à déterminer. De plus, le débat demeure concernant la nature ontologique et les limites épistémologiques des notions d'IO et d'EA. Cette thèse s'efforce de préciser ces éléments puis elle détermine quel rôle est joué par l'IO dans l'émergence des EA dans les bioindustries françaises.L'analyse ontologique de la notion d'EA révèle la valeur purement métaphorique des transpositions effectuées par Moore depuis l'écologie pour en établir la définition. Par conséquent, l'approche analogique adoptée par une partie des scientifiques ne peut être retenue pour établir les limites épistémologiques de la notion d'EA. La nature ontologique de la notion d'IO reste incertaine. Nature des flux d'informations inter-organisationnels et capacités dynamiques des firmes sont conjointement mobilisés. Cette incertitude n'étant pas permissive à la réalisation d'une analyse épistémologique, les capacités dynamiques sont ici choisies comme fondement théorique de l'IO. L'analyse épistémologique de la notion d'EA démontre l'application d'une boucle récursive dans sa construction. De plus, elle révèle l'existence d'une théorie substantive derrière la notion d'EA, théorie mobilisant une séquence de concepts mise en œuvre successivement dans l'émergence des EA. L'IO étant l'une des notions mobilisées.La posture épistémologique adoptée dans cette thèse est celle du réalisme critique. Elle permet la prise en compte de la boucle récursive, est adaptée à l'approche par les théories ancrées, et intègre les circonstances intrinsèques et extrinsèques justifiant la manière dont les mécanismes générateurs sont activés. Elle autorise la formulation d'hypothèses fondatrices d'ordre ontologique. Ce choix permet de conserver la posture épistémologique séminale implicite de Moore, de légitimer la valeur de sa démarche ancrée, d'assumer l'hypothèse ontologique formulée à propos des fondements de l'IO, et de tenir compte des facteurs tant environnementaux qu'organisationnels justifiant de l'émergence des EA. La méthodologie d'analyse qui en découle est qualitative. Elle passe par une comparaison de deux études de cas réalisées sur la base d'analyses de données secondaires. Les facteurs contextuels de chaque cas sont corrélés afin de dévoiler les mécanismes générateurs justifiant du rôle de l'IO dans l'émergence des EA.Les résultats confirment la séquence de mise en œuvre des concepts proposés par Moore dans l'émergence des EA pour les bioindustries françaises. Ils précisent la place de l'IO dans cette séquence en spécifiant son rôle dans le passage de la collaboration à la coévolution des firmes au sein de l'EA. Ils confirment que l'EA ne constitue pas un modèle d'organisation en soi mais une posture inter-firmes favorisant l'adoption de modèles adaptés. / Biotechnologies mobilized today in bio-industries require skills that companies can no longer control alone. The development of disruptive innovations involves a multidisciplinary approach requiring the intervention of several industrial sectors that is opposed to proprietary innovation logic. Transversality necessary for these collaborations between private companies and public sectors and or between industries from different business sectors profoundly changes the nature of organizational models chosen by firms. Among all the models adopted, the business ecosystem (BE) occupies a more and more central place in bio-industries. The optimization of the associated logical innovation has become a challenge that even the institutions are trying to respond by supporting the adoption of open innovation logics (OI) and the development of BE. Yet, the nature of these two notions is still discussed and there theoretical combination remains poorly understood. Although case studies show that BE support their development on OI in knowledge based industries, nature and implementation sequence of underlying concepts remain to be determined. Moreover, the debate remains regarding the ontological and epistemological limits of OI and BE notions. This thesis seeks to clarify these elements and determines what role is played by the OI in the emergence of BE in the French bio-industries.The ontological analysis of BE notion reveals the purely metaphorical transpositions made by Moore from ecology to establish its definition. Therefore, the analogical approach supported by a part of the scientific community can't be applied to establish the epistemological limits of BE notion. The ontological nature of OI notion remains uncertain. Nature of inter-organizational information flows and dynamic capabilities of firms are jointly mobilized. This uncertainty is not permissive to the achievement of an epistemological analysis, therefore dynamic capacities here were chosen as theoretical foundations of the OI notion. The epistemological analysis of the development of BE notion demonstrates the application of a recursive loop in its construction. Moreover, it reveals the existence of a substantive theory behind the BE notion, theory which mobilizes a sequence of concepts implemented successively in the emergence of BE. The OI is one of mobilized notions.The epistemological posture adopted in this thesis is that of critical realism. It allows the inclusion of the recursive loop. It is suitable for the approach by grounded theories. It integrates intrinsic and extrinsic circumstances justifying how generating mechanisms are activated. It allows the formulation of founding ontological assumptions. This choice preserves Moore's implicit epistemological posture, legitimizes the value of its grounded approach, assumes the ontological assumption made about the foundations of OI notion, and takes into account both environmental and organizational factors justifying the emergence of BE. The resulting methodology is qualitative. It goes through a comparison of two case studies based on secondary data analysis. Contextual factors of each case are correlated to reveal the generative mechanisms justifying the role of OI in the emergence of BE.The results confirm the implementation sequence of concepts proposed by Moore in the emergence of BE in the French bio-industries. They precise the place of OI in this sequence by specifying its role in the transition from collaboration to co-evolution of firms within BE. They confirm that BE is not an organizational model in itself, but an inter-organizational stance promoting the adoption of appropriate models.

La compréhension des facteurs susceptibles d'influencer la survie des larves dans la colonne d'eau est d'une importance capitale pour prévoir les fluctuations des abondances de poissons en un site donné. L'objectif de cette thèse est donc de décrire la composition et la diversité des assemblages de larves de poissons en fin de phase pélagique dans les baies et le lagon de Nouvelle-Calédonie, et de mettre en relation leur structure spatiale et temporelle avec divers facteurs abiotiques et biotiques de l'environnement. Les abondances et la diversité de larves sont apparues maximales pendant la saison chaude, entre septembre et février. La durée d'ensoleillement par jour suivie par les conditions de vent à l'échelle du site, et la température de surface de l'eau suivie par la concentration en chlorophylle à l'échelle de la station ont le mieux expliqué les variations d'abondance des larves de différentes familles. La hiérarchie de ces différents facteurs est apparue similaire dans des sites contrastés, suggérant que ces variables constituent de bons facteurs prédictifs pour de futurs modèles spatialisés de la structure des assemblages. Des similitudes de structure entre les assemblages d'adultes résidant dans les herbiers et les assemblages de larves collectés à proximité suggèrent que les communautés d'adultes peuvent également jouer un rôle. Comme l'alimentation constitue un processus essentiel de la survie des larves, le régime alimentaire de différents taxons a été analysé. Les densités et proportions relatives des catégories de proies zooplanctoniques préférées par les larves sont apparues plus élevées dans les baies que dans les zones lagonaires, mais aucune relation significative entre la distribution des larves et celle de leurs proies n'a pu être détectée au sein de ces baies. Pourtant, la structure des assemblages de larves et la densité de zooplancton ont varié de manière concomitante le long d'un gradient côte-large. Ce résultat suggère que la détection des relations liant la structure des assemblages de larves et celle de leurs proies dépend de l'échelle d'étude considérée. L'ensemble des résultats obtenus met en évidence l'importance des baies pour les abondances, la diversité et le succès de l'alimentation des larves de poissons en fin de phase pélagique dans le lagon de Nouvelle-Calédonie.