Submitted by HELSI MARIA ISIDRO CRISTOBAL null (helmar2009@live.com.mx) on 2017-10-25T12:25:09Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Helsi_final.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-10-31T15:36:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cristobal_hmi_me_jabo.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-31T15:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cristobal_hmi_me_jabo.pdf: 975344 bytes, checksum: bb2e31aa42ebcacbcd49b7790b75ac33 (MD5) Previous issue date: 2017-09-26 / Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) / Os programas de melhoramento em espécies aquícolas apresentam, no geral, um número restrito de famílias e um pequeno tamanho efetivo populacional, levando ao acasalamento de animais aparentados e, consequentemente, ao aumento da endogamia. Por sua vez, maiores níveis de endogamia tendem a ocasionar queda no desempenho dos animais causada pela depressão endogâmica. O objetivo deste estudo foi estimar os níveis de endogamia e depressão endogâmica sobre as características de peso à despesca, comprimento à despesca e resistência a Piscirickettsia salmonis em uma população de salmão coho. A resistência a Piscirickettsia salmonis foi definida como o dia da morte de cada peixe após desafio conduzido em dois anos, com média de 42 dias em 2012 e 14 dias no ano de 2014. Foi utilizado um banco de dados composto por 53.504 observações, provenientes de nove gerações e 930 famílias. A estimação dos componentes de variância e endogamia foram obtidas utilizando o programa computacional AIREMLF90 e os valores de depressão endogâmica foram estimados a partir de um modelo animal. Os valores observados para o coeficiente de endogamia foram crescentes ao longo das gerações, com uma taxa média máxima de 8,75% no ano de 2014. A depressão endogâmica afetou em maior nível as características de peso à despesca e dia de morte, com redução de 6,4 e 9,2% no desempenho dos animais, respectivamente, para o nível máximo de endogamia observado (30%). Os resultados indicam a necessidade de uso de estratégias mais efetivas de controle da endogamia para a manutenção do progresso genético do programa de melhoramento de salmão coho. / Aquaculture breeding programs present, in general, low number of families and reduced effective population size, resulting in mating of related animals and, consequently, increased level of inbreeding. High inbreeding coefficient may negatively impact the animals’ performance due to inbreeding depression. The objective of this study was to estimate inbreeding coefficient and inbreeding depression on growth traits and resistance against Piscirickettsia salmonis in a coho salmon population. Resistance against P. salmonis was defined as days to death of each fish after being challenged in two different years, with an average of 42 days in 2012 and 14 days in 2014. Data of 53,504 animals from 930 families was analyzed. Variance components were estimated using the software AIREMLF90, and inbreeding depression was estimated under an animal model. An increasing rate of inbreeding was observed, attaining an average of 8.75% in 2014. Inbreeding depression was more pronounced for harvest weight (PD) and days to death (DM), in comparison with harvest length. At the highest observed inbreeding level (30%), the estimated reduction caused by inbreeding depression was equal to 6,4% for PD and 9,2% for DM. The results indicate the necessity to control inbreeding more effectively for the studied coho salmon population, to guarantee genetic progress in the long term. / CONACYT: 579741/410470

Orientador: Ricardo da Fonseca / Resumo: As raças ovinas deslanadas são parte do patrimônio genético do Brasil, formado por animais adaptados ao semiárido nordestino e com potencial de produção de carne e pele. No entanto tratam-se de raças de recente formação, ainda com poucos programas de melhoramento genético, e consequentemente, carente de estudos da estrutura populacional, variabilidade genética, endogamia e grau de conservação. Diante disso este trabalho teve dois objetivos: 1) analisar a variabilidade genética da raça Santa Inês no Brasil com base em informações de pedigree utilizando registros de animais da raça Santa Inês, provenientes da Associação Sergipana de Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) criados na Região Nordeste do Brasil e 2) avaliar a estrutura genética e variabilidade genética do núcleo de conservação da Embrapa Caprinos e Ovinos, localizada na cidade de Sobral, região do norte do estado do Ceará, controlado pelo Sistema de Gerenciamento de rebanho (SGR) dentro do dentro do programa de melhoramento genético de caprinos e ovinos de corte – GENECOC®. O arquivo de pedigree da raça Santa Inês (ASCCO) continha 29080 animais e os arquivos de dados genealógicos pertencentes ao GENECOC 904 indivíduos da raça Santa Inês, 972 indivíduos da raça Somalis e 1372 indivíduos da raça Morada Nova. Para a primeira análise dos animais Santa Inês a média da integridade do pedigree nas últimas quatro gerações foi maior que 50% e o número de gerações completas equivalente foi igual a 4,89. O valor do coeficient... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The wooless sheep breeds are part of the genetic heritage of Brazil, formed by animals highly adapted to semi-arid Northeast and high capacity of production of meat and skin. However it is of recent formation breeds, still few breeding programs, and consequently lacking in studies of population structure, genetic variability, inbreeding and degree of conservation. Therefore this study had two objectives: 1) to analyze the genetic variability of Santa Ines in Brazil based on pedigree information using animal records Santa Ines, from the Goat Breeders of Sergipana Association and Sheep (ASCCO) created in Northeast of Brazil and 2) evaluate the genetic structure and genetic variability conservation nucleus of Embrapa goats and sheep, located in Sobral, northern region of the state of Ceará, compiled by Management System for Livestock, part of the within the Breeding Program of Goats and sheep - GENECOC® . Santa Inês breed pedigree file (ASCCO) contained 29080 animals and genealogical data files belonging to GENECOC 904 individuals Santa Ines, 972 individuals of Somalis breed and 1372 individuals of Morada Nova breed. For the first analysis of animal Santa Inês the average pedigree integrity in the last four generations was greater than 50% and the number of full generations equivalent was equal to 4.89. The value of endogamic coefficient (F) was 0.32% and the obtained relationship coefficient was 3.1%. The generation interval was 5.75 years. For the results of the parameters bas... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T13:24:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_ReneAlvarez_M.pdf: 1173301 bytes, checksum: 5aba68a3572ed5b79a802c158affd58a (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A estrutura genética de uma espécie é determinada pelo balanço entre deriva genética, fluxo gênico e seleção natural, que são processos fortemente influenciados pela demografia e distribuição espacial das populações. Utetheisa ornatrix é uma mariposa da família Arctiidae muito conhecida por seus mecanismos de defesa e sistema de acasalamento, mas a estrutura genética de suas populações é pouco estudada. Este trabalho investigou a estrutura genética de Utetheisa ornatrix de populações coletadas no Estado de São Paulo com base em três locos de DNA de microssatélite. Foram analisados os genótipos de 203 indivíduos de 10 populações. Os resultados encontrados mostram populações com grande deficiência de heterozigotos, baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas. Tais resultados indicam que mesmo sendo uma espécie cuja fêmea apresenta comportamento promíscuo, essa promiscuidade não reflete em diminuição da endogamia. Possivelmente a deficiência de heterozigotos se deve ao fato da fêmea não evitar acasalamento com machos aparentados, ser fecundada pelo esperma de poucos machos e haver forte seleção sexual na espécie, o que pode formar subgrupos dentro de uma população. A deficiência de heterozigotos também pode ser devido à dinâmica populacional da espécie: populações estão sujeitas à constantes diminuições de populações e fluxo gênico, o que pode resultar em populações formadas por subgrupos de indivíduos oriundos de diferentes manchas de plantas-hospedeiras, logo a freqüência de heterozigotos não corresponde as freqüências alélicas encontradas. A baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas indicam que U. ornatrix é uma espécie com alta capacidade de dispersão, o que é conflitante com a elevada endogamia encontrada. Os resultados revelam questões que podem ser respondidas em 2 trabalhos posteriores que estudem a dinâmica populacional e a variabilidade genética de cada população ao longo do tempo. Outra questão levantada é se a espécie hospedeira de Crotalaria em que o indivíduo nasce influencia na escolha de parceiros para acasalamento, visto que duas das três populações que mais contribuíram para o nível de estrutura genética encontrado estavam em locais onde haviam espécies diferentes de planta hospedeira. / Abstract: The genetic structure of a species is determined by the balance between genetic drift, gene flow and natural selection processes that are strongly influenced by demography and spatial distribution of population. Utetheisa ornatrix is a moth of the Arctiidae family well known for their defense mechanisms and mating system, but the genetic structure of their populations is little studied. This study investigated the genetic structure of Utetheisa ornatrix populations collected in the State of São Paulo, Brazil, based on three microsatellite loci. We analyzed the genotypes of 203 individuals from 10 populations. The results show populations with high inbreeding, low genetic structure and no correlation between geographic distance and genetic differences. These results indicate that even as a species whose female has promiscuous behavior, promiscuity does not reduce inbreeding. Possibly the heterozygote deficiency is due to the fact that females did not avoid mating with related males, are fertilized by sperm from few males, and sexual selection is very strong in this species, which can form subgroups within a population. The heterozygote deficiency may also be due to its population dynamics: populations are subject to constant reductions and gene flow, which can result in populations composed of subgroups of individuals from different patches of host plants, so the frequency of heterozygotes does not match the allele frequencies found. The low genetic structure and lack of correlation between geographic distance and genetic differences indicate that U. ornatrix is a species with high dispersal ability, which is conflicting with the high inbreeding found. The results show questions that can be answered in further studies to examine the population dynamics and genetic variability of each population over time. Another question is if the host species of Crotalaria in which the individual was born influences the choice of mating partners, because two of the three 4 populations that most contributed to the level of genetic structure were found in locals with presence of different species of host plant. / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar geneticamente os zebuÃnos da raÃa Guzerà de corte do Nordeste brasileiro, nascidos entre 1976 e 2007, por meio do estudo da estrutura populacional, estimaÃÃo dos parÃmetros genÃticos aos 205(P205), 365(P365) e 550(P550) dias de idade e anÃlise do comportamento das linhas de tendÃncia genÃtica, fenotÃpica e de ambiente. O programa ENDOG foi utilizado para a anÃlise do pedigree e a estimaÃÃo dos parÃmetros baseados na probabilidade de origem do gene, tamanho efetivo (Ne), intervalo de geraÃÃes e coeficiente de endogamia. Os componentes de (co)variÃncia foram obtidos por meio da metodologia da MÃxima VerossimilhanÃa Restrita, utilizando o programa computacional MTDFREML. O modelo utilizado para P205 incluiu os efeitos aleatÃrios genÃticos, direto e materno, e de ambiente permanente, alÃm do efeito fixo de grupo de contemporÃneo. Para P365 e P550, foram considerados os mesmos efeitos fixos, porÃm, apenas o efeito genÃtico direto como efeito aleatÃrio. A estimativa das tendÃncias genÃtica, fenotÃpica e de ambiente para as caracterÃsticas foram obtidas pela regressÃo linear ponderada da mÃdia da variÃvel dependente (valores genÃticos, pesos observados e soluÃÃo dos GC) sobre o ano de nascimento. Os intervalos de geraÃÃes por passagem gamÃtica foram: 7,5Â4,5 (Pai-Filho), 7,9Â4,8 (Pai-Filha), 7,8Â4,2 (MÃe-Filho), 7,9Â3,9 anos (MÃe-Filha), com intervalo mÃdio de 7,9  4,4 anos. O tamanho efetivo sofreu um incremento entre os perÃodos 1976-78 a 1986-90 de 240% atingindo 674. Em seguida, houve uma reduÃÃo de 110% atingindo 318 em 1994, a partir do qual houve nova ascensÃo, chegando a 532 em 2006. O coeficiente de endogamia apresentou o maior crescimento da segunda para a sÃtima geraÃÃo, quando aumentou de 0,17% para 2,06%, contudo, a mÃdia de endogamia para animais endogÃmicos diminuiu de 15,66% para 6,75% durante o mesmo perÃodo. As herdabilidades diretas foram iguais a 0,11Â0,02(P205), 0,18Â0,02(P365) e 0,18Â0,02(P550). A herdabilidade materna para P205 foi igual a 0,01Â0,02. A tendÃncia genÃtica direta para P205, significativa (p<0,01) e igual a 0,0094 kg por ano, enquanto a tendÃncia genÃtica materna foi significativa (p<0,01) e igual a -0,0013 kg/ano. P365 e P550 apresentaram tendÃncias genÃticas direta altamente significativas (p<0,001) e iguais a 0,0214 kg/ano e 0,0255 kg/ano, respectivamente. As tendÃncias fenotÃpica e de ambiente foram altamente significativas (p<0,001) e respectivamente iguais a: 1,6584 e 1,6287(P205); 2,0829 e 2,0175 (P365); 3,3364 e 3,2237(P550) kg/ano. Existe baixa possibilidade de se selecionar os animais para o P205 devida a baixa herdabilidade, no entanto, P365 e P550 apresentaram herdabilidades moderadas, apresentando possibilidade de ganho. Os ganhos apesar de significativos devem ser atribuÃdos Ãs melhorias no ambiente. O tamanho efetivo à Ãtimo e a populaÃÃo nÃo apresenta riscos de extinÃÃo. Os intervalos de geraÃÃo foram altos, o que ocasionou perdas genÃticas, logo, a utilizaÃÃo de jovens touros avaliados por tempo limitado pode proporcionar reduÃÃo nos intervalos de geraÃÃo e consequentemente, aumento nos ganhos genÃticos / This research was carried out to assess genetically the breed Zebu Guzera beef cattle in Northeast of Brazil, borned between 1976 and 2007, through the estimation of genetic parameters for 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, behavior analysis of the trend lines of genetic, phenotypic and environmental and interrelationship of population structure with genetic progress. The components of (co)variance were obtained by the method of restricted maximum likelihood using the computer program MTDFREML. The model used for the W205 include random genetic effects, direct and maternal, and permanent environment, beyond the fixed effect of contemporary group. For W365 and W550, they were considered fixed effects, however, only the direct genetic effect as random effect. The trend estimate genetic, phenotypic and environmental characteristics were obtained for the linear regression weighted average of the dependent variable (genetic values, weights and solution of the observed GC on the year of birth. The ENDOG program was used for the analysis of pedigree and parameters estimation based on the probability of gene origin, effective size (Ne), generation interval and coefficient of inbreeding. Direct heritability were estimated equal to 0.11  0.02 (W205), 0.18  0.02 (W365) and 0.18  0.02 (W550). The maternal heritability for W205 was to 0.01  0.02. The genetic trend for direct W205, significant (p<0.01) and equal to 0.0094 kg/year, while the maternal genetic trend was significant (p <0.01) and equal to -0.0013 kg/year. W365 and W550 showed highly significant direct genetic trends (p <0.001) and equal to 0.0214 kg/year and 0.0255 kg/year, respectively. The phenotypic and environmental trends were highly significant (p <0.001) and respectively: 1.6584 and 1.6287 (W205), 2.0829 and 2.0175 (W365), 3.3364 and 3.2237 (W550) kg/year. The intervals of generations: 7.5Â4.5 (Father-Son), 7.9Â3.9 (Father-Son), 7.8Â4.2 (Mother-Son), 7,9 Â4.8 (Mother-Daughter),with a mean interval of 7.9  4.4 years. The effective size has increased between the periods 1976-78 to 1986-90 from 240% to reach 674. Then there was a reduction of 110% reaching 318 in 1994, from which there was another rise, reaching 532 in 2006. The inbreeding coefficient showed the greatest growth from the second to the seventh generation, when increased from 0.17% to 2.06%, however, the average inbreeding in inbred animals decreased from 15.66% to 6.75% during the same period. There is low possibility to select the animals for the W205 due to low heritability, however, W365 and W550 showed moderate heritability, presenting opportunity for gain. The significantly gains should be attributed to improvements in the environment. The effective size is great and the population has no risk of extinction. The ranges of generation were high, which caused losses genetic. The use of young bulls evaluated for a limited time can provide reduction in the intervals of generation and increases in genetic gains

O presente estudo teve como objetivo avaliar a estrutura populacional, estimar parâmetros (coeficientes de herdabilidade e correlações) e determinar as tendências genéticas e fenotípicas de características de crescimento e adaptação em bovinos da raça Nelore, linhagem Lemgruber. O banco de dados utilizado nas análises constituiu-se de 39.290 animais no arquivo de pedigree e de 24.353 animais no arquivo de produção. Os parâmetros populacionais foram obtidos por meio dos softwares POPREP (GROENEVELD et al., 2009) e ENDOG v 3.2 (GUTIÉRREZ e GOYACHE, 2005). As estatísticas descritivas e os parâmetros genéticos para cada característica estudada foram estimadas por meio de quatro análises hepta-característica utilizando o programa VCE-6 (KOVAC & GROENEVELD, 2003) sob modelo animal completo. As tendências genéticas e fenotípicas foram obtidas pela regressão dos valores genéticos e fenotípicos respectivamente sobre o ano de nascimento dos animais e os coeficientes da regressão foram estimados por meio do método de quadrados mínimos. Apesar da endogamia média do rebanho ser considerada moderada verificou-se alta porcentagem de indivíduos endogâmicos e reduzido tamanho efetivo populacional. Além disso, o incremento contínuo de endogamia ao longo dos anos demonstra a necessidade de intervenção na seleção dos indivíduos para reprodução, de modo que, problemas futuros possam ser evitados. Os coeficientes de herdabilidade direta foram estimados em 0,24, 0,31, 0,31, 0,21, 0,19, 0,30, 0,41, 0,19 e 0,17 respectivamente para peso ao nascimento (PN), peso aos 120 dias de idade (P120), peso à desmama (PD), peso ao ano (PES12), ganho de peso pós desmama, de 205 aos 550 dias (GP345), ganho de peso na prova à pasto da ABCZ, em 224 dias (GP224), perímetro escrotal (PE), temperamento (TEMP), e repelência (REP) e indicam que a variabilidade genética aditiva existente é suficiente para a obtenção do ganho genético em resposta à seleção desde que sejam realizados ajustes, tanto nas estratégias de seleção adotadas para a obtenção de maiores ganhos nos valores genéticos, como também nos fatores ambientais que possam possibilitar ao máximo, a expressão do potencial genético dos animais. / The present study had as objective to evaluate the population structure, to estimate parameters (coefficients of heritability and correlation) and to determine the phenotypic and genetic trends for growth and adaptability traits in Nellore cattle, Lemgruber line. The database used in the analysis consisted of 39,290 animals in the pedigree and 24,353 animals in the production file. The population parameters were obtained from the software POPREP (Groeneveld et al., 2009) and ENDOG v 3.2 (Gutierrez and GOYACHE, 2005). The descriptive statistics and genetic parameters for each characteristic studied were estimated by four seven-traits analysis using the program VCE-6 (Kovac & GROENEVELD, 2003) which uses the animal model. The phenotypic and genetic trends were obtained by means of phenotypic and genetic values respectively on the year of birth of the animals and the regression coefficients were estimated by the method of least squares. Although the average inbreeding of the herd being considered moderate, there was high percentage of inbred individuals and small effective population size. Furthermore, the continuous increase in inbreeding over the years demonstrates the need for intervention in the selection of individuals for reproduction, so that future problems can be avoided. Direct heritability coefficients were estimated as 0.24, 0.31, 0.31, 0.21, 0.19, 0.30, 0.41, 0.19 and 0.17 respectively for birth weight (PN), weight 120 days of age (P120), weaning weight (PD), weight at 12 months of age (PES12), weight gain after weaning from 205 to 550 days (GP345), weight gain during the pasture test of ABCZ in 224 days (GP224), scrotal circumference (PE), docility (TEMP) and repellency (REP) and indicate that the additive genetic variability is sufficient to obtain genetic gain in response to selection as far as adjustments in selection strategies are adopted to achieve larger gains in breeding values, and environmental factors that may allow the expression of the genetic potential of the animals.

O objetivo deste trabalho foi analisar a estrutura genética populacional e os efeitos do programa de melhoramento genético em um rebanho Nelore comercial, que visa a venda de reprodutores avaliados geneticamente. O banco de dados era composto pelos registros de produção de 417.552 animais, nascidos entre 1984 e 2007, e o de pedigree de 483.748 animais. Com o intuito de estudar a estrutura populacional, foram utilizados os softwares ENDOG v. 4.6 e POPREPORT para se calcular o coeficiente de endogamia (F), o coeficiente médio de parentesco individual (AR), numero efetivo de ancestrais e de fundadores, numero de ancestrais que contribuem com 50% da variabilidade genética da população e intervalo de gerações. O coeficiente de endogamia calculado para a população em estudo foi igual a 0,12% e o AR a 0,18%. Os números efetivos de ancestrais (fa) e de fundadores (fe) foram iguais a 64 e 147, respectivamente. Para a população estudada, 70 indivíduos explicam sua variabilidade genética. O intervalo de geração calculado para os quatro passos gaméticos pai-filho, pai-filha, mãe-filho, mãe-filha foram de 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 anos, respectivamente, quando se considera somente as progênies que se tornaram reprodutores no programa de melhoramento, e de 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 anos, respectivamente, quando se considera todas as progênies nascidas. O progresso genético esperado para as características peso a desmama (PD), ganho de peso da desmama ao sobreano (GP345), perímetro escrotal (PE) e musculatura era de 1,10 kg/ano, 1,05 kg/ano, 0,28 cm/ano e 0,04 un/ano, respectivamente. Entretanto, o progresso genético observado para as mesmas características foram iguais a 0,51 kg/ano, 1,03 kg/ano, 0,11 cm/ano e 0,03 un/ano, respectivamente. / The objective of the present research was to analyze the population genetic structure and the effects of breeding program in a Nellore commercial herd, aimed at the sale of breeders genetically evaluated. The database was composed by production records by 417552 animals, born between 1984 and 2007, and the pedigree records by 483748. For describe the population structure, to ENDOG v. 4.6 and POPREPORT were used to calculate inbreeding coefficient (F), average relatedness coefficients (AR), effective number of ancestors and founders, number of ancestors that contribute with 50% of genetic variability of population and generation intervals. The inbreeding coefficient calculated to the population in study is 0.12% and AR is 0.18%. The effective number of ancestors (fa) and founders (fe) was 64 and 147, respectively. For the population in study, 70 individuals explain 50% of genetic variability. The generation\'s intervals for the four paths genetic, sire-son, siredaughter, dam-son, dam-daughter, was 9,26, 7,30, 9,29 e 5,83 years, respectively, when considered only progenies kept reproduction, and was 7,45, 7,40, 6,02, 5,93 years, respectively, when all born progenies are considered. The genetic progress waited to the characteristics weaning weight (WW), weight gain from weaning to 18 months (WG345), scrotal circumference (CE) and muscle were 1.10 kg.year-1, 1.05 kg.year-1, 0.28 cm.year-1 and 0.04 unit.year-1, respectively. However, the genetic progress observed to the same characteristics was 0.51 kg.year-1, 1.03 kg.year-1, 0.11 cm.year-1 and 0.03 unit.year-1, respectively.

Linhagens endogâmicas (F@1,0) são usualmente utilizadas para a produção de híbridos de milho. Devido a elevada depressão por endogamia no milho, as linhagens endogâmicas apresentam baixa produtividade, encarecendo o custo das sementes de híbridos simples e tornando-os inacessíveis para grande parte dos agricultores dos países em desenvolvimento. Uma alternativa para contornar o problema seria utilizar linhagens parcialmente endogâmicas (0,0 < F < 1,0), selecionadas para capacidade de combinação e uniformidade. Relatos de literatura mostram que (a) híbridos simples de linhagens S3 (F=0,875) devem apresentar performances superiores as de híbridos triplos e duplos de linhagens endogâmicas; (b) a correlação genética entre híbridos simples de linhagens S3 e de linhagens endogâmicas (F@1,0) é elevada (r=0,94); e (c) a produtividade de linhagens S3 é em média 20% superior a de linhagens endogâmicas. Entretanto, a maior dificuldade em se produzir híbridos simples de linhagens parcialmente endogâmicas refere-se à manutenção destas, por apresentarem variabilidade genética. Devido a isto, o objetivo deste estudo foi avaliar a viabilidade de se produzir e utilizar híbridos simples de linhagens parcialmente endogâmicas S3. Para isso, oito linhagens S3 da população BR-105 e dez linhagens da população BR-106, as quais estão alocadas em grupos heteróticos distintos, selecionadas para capacidade de combinação e uniformidade, originais e mantidas por intercruzamentos e seleção moderada por cinco gerações, foram utilizadas. Durante as gerações de manutenção, pelo menos 50 plantas foram usadas. Estas linhagens e cruzamentos destas com dois testadores de grupos heteróticos diferentes, foram avaliados em quatro ambientes no ano agrícola de 1999/2000. Além disso, as linhagens originais e mantidas foram genotipadas utilizando o marcador molecular AFLP para estimar a similaridade genética entre elas. Os resultados obtidos mostraram que, excetuando-se uma linhagem da população BR-105 em que provavelmente ocorreu contaminação, apenas dois caracteres nas linhagens per se e apenas um caráter nos cruzamentos apresentaram alterações positivas e significativas, de treze caracteres avaliados. Entretanto estas alterações são muito pequenas para serem detectadas visualmente. Os resultados das similaridades genéticas entre as linhagens originais e mantidas, mostraram valores elevados, sendo que o limite superior do intervalo de confiança para a maioria das linhagens atingiu o valor 1,0, indicando que a manutenção das linhagens da forma como foi conduzida as suas integridades genéticas foram mantidas. Estes resultados permitiram concluir que seria viável a utilização de linhagens parcialmente endogâmicas S3 para a produção comercial de híbridos simples de milho. / Inbred lines (F@1.0) are usually used for the production of maize single-crosses. Because of the high inbreeding depression in maize, the inbred lines are lower yielding, which causes the seed prices to be costly and then inaccessible for most of the farmers in the developing countries. One way to circumvent the problem would be the use of partly inbred lines (0.0< F<1.0) selected for combining ability and for uniformity within the lines. Reported results have shown that: (a) theoretically, single-crosses from S3 lines (F=0.875) are expected to have superior performance than that of three-way and double-crosses; (b) the genetic correlation of single-crosses from S3 lines and from their inbred lines (F@1.0) counterparts is fairly high (r=0.94); and (c) S3 lines are on the average 20% higher yielding than highly inbred lines. However, the main difficulty in the production of single-cross from partly inbred lines is the maintenance of their genetic integrity because of the variability within them. Therefore, the ob-jective of this research was to study the feasibility of the development and the production of single-crosses from S3 lines. The genetic material included eight original S3 lines from the BR-105 population, and ten original S3 lines from the BR-106 population, selected for combining ability and for uniformity within them, and their counterparts maintained by sib-mating and mild selection for five generations. During the generations of maintenance at least 50 plants per line were used. The populations BR-105 and BR-106 have been assigned to distinct heterotic groups. The original, the maintained lines and their crosses with testers from different heterotic groups were evaluated in four environments in the growing season of 1999/2000. Also, the S3 lines were genotyped with the AFLP molecular marker in order to estimate the genetic similar-ity between the original and their maintained counterparts. The results showed that out of the 13 traits evaluated only two traits in the lines per se, and only one trait in the crosses changed significantly from the original lines to the maintained counterparts. However those changes are too low to be visually detected. The estimates of the genetic similarities between the original and their maintained counterparts S3 lines were high, and the upper bound of the confidence interval for most of the lines reach the limit value, i.e., 1.0. These results showed that the ap-proach uses for the maintenance of the S3 lines was effective and thus the genetic integrity of the lines were maintained. The results of this research could allow one to expect that would be feasible the use of partly inbred S3 lines for the commercial production of maize single-crosses.

A obtenção de genótipos superiores no melhoramento de plantas depende da existência de variabilidade genética. A existência de coleções de germoplasma representativas e a utilização de um tamanho adequado de amostra são fundamentais para a preservação das frequências alélicas e genotípicas, diminuindo a perda de variabilidade genética e postergando o aparecimento dos efeitos da deriva genética. Assim, teve-se como objetivo avaliar os efeitos da deriva genética em caracteres quantitativos em subpopulações de milho. Este estudo foi realizado a partir das populações originais BR-105 e BR-106, das quais 10 subpopulações foram obtidas em cada um dos cinco ciclos sucessivos de amostragem com tamanho efetivo reduzido, totalizando 50 subpopulações para cada população original, as quais foram posteriormente autofecundadas, gerando um nível a mais de endogamia. Os tratamentos foram constituídos de 10 amostras da população original sem autofecundação, 10 amostras com autofecundação, 50 subpopulações obtidas da população original e 50 subpopulações autofecundadas, totalizando 120 tratamentos para cada população, avaliados separadamente. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados no esquema de parcelas subdivididas em faixas hierárquico, em quatro ambientes com duas repetições por ambiente. Os caracteres avaliados foram produção de grãos (PG), prolificidade (PROL), comprimento e diâmetro de espigas (CE e DE), número de fileiras por espiga (NFE), número de grãos por fileira (NGF), altura de planta e espiga (AP e AE), florescimento masculino e feminino (FM e FF) e número de ramificações do pendão (NRP). Foram estimados os efeitos da deriva genética entre as médias das subpopulações nos dois níveis de endogamia e os efeitos da depressão por endogamia nas subpopulações dentro dos ciclos. Posteriormente, realizaram-se análises de regressão linear para as subpopulações nos dois níveis de endogamia, separadamente, e em conjunto. Foi verificada uma grande variação nas médias das subpopulações ao longo dos ciclos, indicando que a deriva genética causou diferenciação entre as mesmas e que estas se diferenciaram das populações originais. Detectaram-se efeitos significativos da deriva genética nas populações não autofecundadas para todos os caracteres avaliados, em maior número para PG, já que este caráter é mais sensível à deriva genética por possuir maior grau de dominância que os demais. Houve diminuição no número de estimativas de deriva significativas para as populações autofecundadas, incluindo mudanças na magnitude e no sinal das mesmas em relação às populações não autofecundadas. Para as estimativas de depressão por endogamia, os caracteres PG, NGF, FM e FF apresentaram maior quantidade de estimativas significativas que os demais. Para a maioria dos caracteres, a regressão linear explicou a maior parte da variação encontrada com o aumento dos coeficientes de endogamia. As populações BR-105 e BR-106, por terem estruturas genéticas distintas, apresentaram performances diferentes quanto aos efeitos da deriva genética. Enfim, como a deriva genética interfere na integridade genética das populações, torna-se importante considerar seus efeitos na coleta e manutenção dos bancos de germoplasma e nas populações utilizadas no melhoramento genético de plantas. / Obtaining superior genotypes in plant breeding depends on the existence of genetic variability. The existence of representative germplasm collections and the use of appropriate sample size are essential for preserving allelic and genotypic frequencies, reducing loss of genetic variability and delaying genetic drift effects. This study aimed to evaluate the effects of genetic drift in quantitative traits in subpopulations of maize. The original populations used were BR-105 and BR-106, of which 10 subpopulations were obtained in each five successive sample cycles with reduced effective size, accounting 50 subpopulations for each original population that were subsequently selfed to generate an additional level of inbreeding. The treatments consisted in 10 samples of the original population, 10 samples of the selfed original population, 50 non selfed subpopulations obtained from the original population and 50 selfed subpopulations, accounting 120 treatments for each population evaluated separately. It was used the randomized block strip-plot design, in four environments with two replications. The traits assessed were grain yield (GY), prolificacy (PROL), ear length and ear diameter (EL and ED), number of rows per ear (NRE), kernel-row number (KRN), plant and ear height (PH and EH), days to anthesis and silking (DA and DS), and number of tassel branches (NTB). It was estimated the effects of genetic drift between subpopulations means at both inbreeding levels, and the effect of the inbreeding depression in subpopulations within cycles. It was also performed linear regression analysis for subpopulations at both levels of inbreeding separately and together. A large variation was observed in the subpopulations means over cycles, indicating that genetic drift caused differentiation between them, and that they differed from the original populations. The effects of genetic drift were significant for all traits in the non selfed subpopulations, especially for GY, which is more sensitive to genetic drift effects by having a greater degree of dominance than the other traits. There was a decrease in the number of significant genetic drift estimates for selfed populations, including changes in magnitude and signs, compared to the non selfed populations. GY, KRN, DA and DS had higher number of significant inbreeding depression estimates than the other traits. Linear regression analysis explained most of the variation found with increasing homozygosity. As BR-105 and BR-106 populations have distinct genetic structures, they showed different performances regarding the effects of genetic drift. Therefore, genetic drift interferes in the genetic integrity of populations and it is important to consider its effect on the collection and maintenance of germplasm banks and populations used in plant breeding.

O objetivo dessa pesquisa foi avaliar aspectos genéticos que relacionados à produção in vitro de embriões na raça Guzerá. O primeiro estudo focou na estimação de (co) variâncias genéticas e fenotípicas em características relacionadas a produção de embriões e na detecção de possível associação com a idade ao primeiro parto (AFC). Foi detectada baixa e média herdabilidade para características relacionadas à produção de oócitos e embriões. Houve fraca associação genética entre características ligadas a reprodução artificial e a idade ao primeiro parto. O segundo estudo avaliou tendências genéticas e de endogamia em uma população Guzerá no Brasil. Doadoras e embriões produzidos in vitro foram considerados como duas subpopulações de forma a realizar comparações acerca das diferenças de variação anual genética e do coeficiente de endogamia. A tendência anual do coeficiente de endogamia (F) foi superior para a população geral, sendo detectado efeito quadrático. No entanto, a média de F para a sub- população de embriões foi maior do que na população geral e das doadoras. Foi observado ganho genético anual superior para a idade ao primeiro parto e para a produção de leite (305 dias) entre embriões produzidos in vitro do que entre doadoras ou entre a população geral. O terceiro estudo examinou os efeitos do coeficiente de endogamia da doadora, do reprodutor (usado na fertilização in vitro) e dos embriões sobre resultados de produção in vitro de embriões na raça Guzerá. Foi detectado efeito da endogamia da doadora e dos embriões sobre as características estudadas. O quarto (e último) estudo foi elaborado para comparar a adequação de modelos mistos lineares e generalizados sob método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) e sua adequação a variáveis discretas. Quatro modelos hierárquicos assumindo diferentes distribuições para dados de contagem encontrados no banco. Inferência foi realizada com base em diagnósticos de resíduo e comparação de razões entre componentes de variância para os modelos em cada variável. Modelos Poisson superaram tanto o modelo linear (com e sem transformação da variável) quanto binomial negativo à qualidade do ajuste e capacidade preditiva, apesar de claras diferenças observadas na distribuição das variáveis. Entre os modelos testados, a pior qualidade de ajuste foi obtida para o modelo linear mediante transformação logarítmica (Log10 X +1) da variável resposta. / The objective of this research was to evaluate genetic aspects permeating in vitro embryo production in Guzerá cattle. The first study aimed for estimating genetic and phenotypic (co)variances among embryo production traits and detecting possible genetic association with the age at first calving (AFC). Low and medium heritabilities were detected for oocyte and embryo production traits. A weak genetic association between artificial reproduction traits and AFC was identified. The second study evaluated genetic and inbreeding trends in the Brazilian Guzerá population. Female donors and in vitro produced embryos were considered as two subpopulations in order to perform comparisons and infer over differences in inbreeding and genetic annual variations. Embryos\' subpopulation showed higher genetic gains for age at first calving and milk production than donors\' subpopulation and the general population. Higher annual mean inbreeding values were also detected for the embryos\' subpopulation. The third study examined the effects of donor, sire (used for in vitro fertilization) and embryos\' inbreeding coefficient over in vitro embryo production traits in Guzerá cattle. Donors\' and embryos\' inbreeding effects over the analyzed traits were detected. Fourth and final study was designed to compare the performance of Linear and Generalized Linear Mixed Models under Restricted Maximum Likelihood method when fitting discrete variables. Four hierarchical models assuming different distributions for the response variable were fit to the (count) data. Inference was performed upon residual diagnostics and comparison of variance component ratios between models within each trait. Poisson models outperformed both linear (with and without variable transformation) and negative binomial models for goodness of fit and predictive ability despite clear differences in each trait\'s distribution. Logarithmic transformation (Log10 X +1) showed lowest goodness of fit among all models tested.

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