Contexte: Depuis plusieurs années, la fréquence et l’amplitude des températures chaudes extrêmes ont augmenté partout dans le monde. Ces évènements de chaleur extrême ont d’importants effets sur la santé. Pour ne citer qu’un exemple, la canicule de l’été 2003 en Europe a causé plus de 70 000 décès supplémentaires. La pression sélective dans l’évolution humaine conduisant à l’adaptation au climat a été mise en évidence par l’étude de Wyckelsma et al. rapportant que la variante de fonction rs1815739 au niveau du gène ACTN3 offre une résilience au froid grâce à la génération de chaleur musculaire. Cela confirme la pertinence de notre étude pangénomique visant à identifier des facteurs génétiques modifiant le risque de décès lors de températures chaudes extrêmes. Méthodes: Nous avons mené une étude cas-témoins à partir des données de la UK Biobank, qui compte environ 500 000 participants, pour recueillir les génotypes et les informations sur les lieux et dates de décès essentiels à notre étude. Les données environnementales de 2006 à 2020 ont été extraites du Met Office Integrated Data Archive System UK Hourly Temperature. Pour chaque décès, 4 individus témoins ont été sélectionnés aléatoirement parmi les individus de la UK Biobank ayant survécu jusqu’à la fin de la période de suivi. Nous avons effectué une analyse de régression logistique conditionnelle pour évaluer l'effet d'interaction entre les variants génétiques et l’exposition à la chaleur (dépassement du seuil de température extrême). Résultats: Nous avons recensé 27 284 décès entre 2006 et 2020, dont 939 sont survenus lors de dépassement du seuil de température extrême. Notre analyse pangénomique a identifié les variants génétiques rs1851364 sur le chromosome 3 et rs147921336 sur le chromosome 18 modifiant l’effet du dépassement du seuil de chaleur extrême sur l’augmentation du risque de décès (P<5x10-8). La présence d’au moins un allèle C pour chacun de ces variants génétiques double le risque de moralité lors d’une exposition à la chaleur. Conclusion: La génétique semble moduler l’effet des températures chaudes extrêmes associé à une augmentation du risque de décès chez l’humain. Ces résultats contribuent à une meilleure connaissance des mécanismes biologiques impliqués dans la susceptibilité aux températures extrêmes. / Context In recent years, the frequency and amplitude of extreme heat events have increased worldwide. These extreme heat events have significant effects on health. To take just one example, the 2003 heatwave in Europe caused over 70,000 additional deaths. The selective pressure in human evolution leading to climate adaptation was highlighted by the study of Wyckelsma et al. reporting that the function variant rs1815739 at the level of the ACTN3 gene offers resilience to cold through muscle heat generation. This supports the relevance of our genome-wide study aimed at identifying genetic factors modifying the risk of death during extreme hot temperatures. Methods We conducted a case-control study using data from the UK Biobank, which includes over 500,000 participants, to obtain information on genotypes and locations and dates of deaths required for our study. Environmental data from 2006 to 2020 were extracted from the Met Office Integrated Data Archive System UK Hourly Temperature. For each death, 4 control individuals were selected randomly from the pool of individuals in the UK Biobank who survived to the end of our study’s follow-up period. We performed a conditional logistic regression analysis to assess the interaction effect between genetic variants and heat exposure (exceeding the extreme temperature threshold). Results There were 27,284 deaths that occurred between 2006 and 2020, 939 of which occurred when the extreme temperature threshold was exceeded. Our genome-wide analysis identified that genetic variants rs1851364 on chromosome 3 and rs147921336 on chromosome 18 modified the effect of exceeding the extreme heat threshold on the increased risk of death (P<5x10-8 ). The presence of at least one allele C for each of these genetic variants doubles the risk of morality during heat exposure. Conclusion Genetics seems to modulate the effect of extreme hot temperatures associated with an increased risk of death in humans. These results contribute to a better understanding of the biological mechanisms involved in susceptibility to extreme temperatures.

Problématique : Le tabagisme est un facteur de risque établi pour le cancer de l'ovaire mucineux. Cependant, son association avec d'autres types de cancers de l'ovaire demeure incertaine. Ce mémoire examine l'association entre le tabagisme et le risque de cancer de l'ovaire, et plus spécifiquement, selon le comportement et les sous-types histologiques. Méthodes : Nous avons utilisé les données de l'étude sur la prévention du cancer de l'ovaire au Québec (PROVAQ), une étude cas-témoins qui comprenait 498 cas et 908 témoins recrutés entre 2011 et 2016. Ces données ont permis de conceptualiser des variables qui représentent les comportements tabagiques au cours de la vie. La régression logistique inconditionnelle a été utilisée pour estimer les rapports de cotes ajustés (OR) et les intervalles de confiance à 95 %. Résultats : Le risque de cancer épithélial de l'ovaire était augmenté à la fois chez les anciennes fumeuses (OR = 1,3, IC à 95 % = 1,01–1,67) et chez les fumeuses actuelles (OR = 1,27, IC à 95 % = 0,92–1,72) par rapport à celles n'ayant jamais fumé. Bien qu'aucune association n'ait été observée avec les tumeurs invasives, nous avons observé un risque accru de cancers de l'ovaire dans les limites de malignité chez les fumeuses actuelles (OR = 2,11, IC à 95 % 1,29–3,44) et les anciennes fumeuses (OR = 1,76, IC à 95 % 1,12–2,76), en particulier parmi celles avec une plus grande intensité et durée d’exposition. En accord avec les études épidémiologiques précédentes, nous avons trouvé un risque accru de cancers de l'ovaire mucineux chez les fumeuses actuelles. En outre, nous avons également trouvé une augmentation significative du risque de cancer ovarien séreux dans les limites de malignité chez les anciennes fumeuses (OR = 2,42, IC à 95 % 1,35–4,36). Conclusion : Tout en confirmant les associations rapportées dans les études précédentes, les résultats de ce mémoire suggèrent la nécessité d’appliquer des techniques histopathologiques plus avancées pour mieux comprendre l’effet du tabagisme sur le risque de cancer de l'ovaire. / Background: Cigarette smoking is an established risk factor for mucinous ovarian cancer. However, the association of smoking with other types of epithelial ovarian cancers remains unclear. This thesis examines the association between cigarette smoking and ovarian cancer risk, and more specifically, according to tumors behavior and histological subtype. Methods: We used data from the Prevention of Ovarian Cancer in Quebec (PROVAQ) study, a population-based case-control study that included 498 cases and 908 controls recruited from 2011 and 2016. Information on smoking behaviors was extracted and used to conceptualize various metrics that represent lifetime smoking behaviors. Unconditional logistic regression was used to estimate adjusted odds ratios (ORs) and 95% confidence intervals (CIs). Results: The risk of epithelial ovarian cancer was increased in both former smokers (OR = 1.3, 95% CI = 1.01–1.67) and current smokers (OR = 1.27, 95% CI = 0.92–1.72) compared to never smokers. While no association was observed with invasive ovarian cancers, we observed an increased risk of borderline ovarian tumors among both current (OR=2.11, 95% CI 1.29–3.44) and former smokers (OR=1.76, 95% CI1.12–2.76), particularly among those with greater intensity and duration of exposure. In agreement with previous epidemiological studies, we found an increased risk of mucinous ovarian cancers among current smokers. In addition, a strong association between the risk of borderline serous with past smoking (OR=2.42, 95% CI 1.35–4.36) was also observed. Conclusion: While confirming associations reported in previous studies, the results from this thesis suggest the need to continue applying more advanced histopathology techniques to better understand the effect of smoking on ovarian cancer risk.

Contexte : La sclérose tubéreuse de Bourneville (STB) affecte approximativement une naissance vivante sur 6000. Les principales sources de morbidité chez les enfants sont des manifestations cliniques affectant le cerveau et le cœur. Quant aux adolescents et aux adultes, ils sont à plus haut risque de développer des angiomyolipomes rénaux (AML) et la lymphangioléiomyomatose pulmonaire (LAM). Objectif : Ce projet de recherche a pour principal objectif de déterminer la capacité du fardeau de la maladie chez l’enfant à prédire le développement futur d’AML et de LAM chez l’adolescent et l’adulte. Méthodes : Les données sur 2420 participants de la TSC (Tuberous sclerosis complex) Alliance Natural History Database ont été utilisées pour développer des modèles de régression logistique afin de prédire les AML et la LAM. Ces modèles comptaient comme variables dix manifestations cliniques de la STB en plus du sexe biologique et de la mutation génétique. Les modèles développés ont été convertis en scores de risque clinique et une validation interne a ensuite été effectuée avec rééchantillonage par bootstrap afin d’évaluer leur performance prédictive à l’aide de mesures de discrimination et de calibration. Résultats : 1000 participants ont été diagnostiqués avec un AML, alors que la LAM a été détectée chez 107 participants. Les scores de risque clinique les moins élevés prédisaient des risques d’AML et de LAM de 0 % et de 5 %, tandis que les scores les plus élevés pouvaient prédire des risques allant jusqu’à 96 % et 54 %, respectivement. La performance prédictive des modèles allait de bonne à excellente (C-Index variant de 0,75 à 0,85). Conclusion : Les scores de risque clinique développés indiquent une bonne capacité des manifestations cliniques sélectionnées à prédire le risque futur des tumeurs, principalement pour les AML. Une validation externe devra cependant être menée afin de confirmer les résultats obtenus dans la présente étude. / Background: Tuberous sclerosis complex (TSC) affects approximately 1/6000 live births. The primary sources of childhood morbidity and mortality are manifestations affecting the brain and heart. Adolescents and adults, on the other hand, are at the greatest risk of developing renal angiomyolipoma (AML) and pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM). Objective: The main objective of this research project is to determine the ability of the burden of TSC in children to predict the risk of developing AML and LAM in adults. Methods: Data from 2420 participants in the TSC Natural History Database were used to develop logistic regression models to predict AMLs and LAM. Variables used for the models included 10 clinical manifestations of TSC, in addition to biological sex and genetic mutation. The models were converted into clinical risk scores and were internally validated using bootstrap resampling to evaluate their predictive performance with the help of discrimination and calibration measures. Results: 1000 participants were diagnosed with AML, while LAM was seen in 107 participants. The lowest clinical risk scores predicted a risk of AML and LAM of 5% and 0%, while the highest scores predicted a risk of 96% and 54%, respectively. The predictive performance of the models ranged from good to excellent (C-Indexes of 0.75 to 0.85). Conclusions: The clinical risk scores indicated a good ability for the selected clinical manifestations to predict the future risk of tumours, particularly of AML. External validation of the risk scores will be important to confirm the robustness of our findings.

Objectif : Un portrait limité de l’endométriose touchant la santé maternelle est actuellement connu. Ce mémoire vise à mettre en lumière une perspective exhaustive et empirique de la problématique de l’endométriose. Cette étude porte sur l’impact de l’endométriose sur la morbidité maternelle sévère chez les femmes enceintes au Québec afin de cibler des recommandations en santé publique. Méthodologie : Une étude de cohorte rétrospective basée sur une population constituée de 2 412 823 accouchements survenus en milieu hospitalier au Québec, Canada entre 1989 et 2019 a été effectuée. La variable d’exposition est l’endométriose confirmée par laparoscopie. L’issue d’intérêt est la morbidité maternelle sévère. L’association entre l’endométriose et le risque de morbidité maternelle sévère, ainsi que les risques associés individuellement aux conditions spécifiques constituant la morbidité maternelle sévère, ont été calculés à partir de modèles de régression log-binomiale. Les associations ont été présentées à partir de rapports de risque (RR) et des intervalles de confiance à 95% (IC95%). Résultats : Au total, 74 587 cas de morbidité maternelle sévère ont été rapportés durant la période de suivi. Les femmes atteintes d’endométriose avaient 1,24 (IC95% 1,20-1,28) fois le risque de morbidité maternelle sévère comparé aux femmes sans l’endométriose. L’endométriose était associée à l’hystérectomie (RR 1,62 ; IC95% 1,36-1,94), l’état septique (RR 1,53 ; IC95% 1,44-1,62) et l’embolie et le choc et de coagulation intravasculaire disséminée (RR 1,27 ; IC95% 1,10-1,47). Conclusion Les femmes enceintes atteintes d’endométriose sont plus à risque de morbidité maternelle sévère, comparativement aux femmes sans l’endométriose. / Objective A limited portrait of endometriosis affecting maternal health is currently known. This thesis aims to highlights an exhaustive and empirical perspective of the problem of endometriosis. This study focuses on the impact of endometriosis on severe maternal morbidity among pregnant women in Quebec in order to target public health guidelines. Methods A population-based retrospective cohort study of 2,412,823 deliveries occurring in hospital settings in Quebec, Canada between 1989 and 2019 was realized. The exposure variable was laparoscopically-confirmed endometriosis. The outcome variable was severe maternal morbidity. The association between endometriosis and the risk of severe maternal morbidity, as well as the individual risks associated with specific adverse outcomes were calculated using log binomial regression models. The associations were presented using risk ratios (RR) and 95% confidence intervals (95% CI). Results A total of 74,587 events of severe maternal morbidity were reported during the follow-up period. Women with endometriosis had 1.24 times (95% CI 1.76-2.12) the risk of severe maternal morbidity compared to women without endometriosis. The most severe maternal morbidity outcomes associated with endometriosis were hysterectomy (RR 1.62; 95% CI 1.36-1.94), sepsis (RR 1.53; 95% CI 1.44-1.62), and embolism, shock and disseminated intravascular coagulation (RR 1.27; 95% CI 1.10-1.47). Conclusion Pregnant women with endometriosis are more at risk of severe maternal morbidity, compared to women without endometriosis

Contexte : La surveillance de la charge virale (CV) et les dépistages des infections sexuellement transmissibles et par le sang (ITSS) sont indispensables à la prise en charge du VIH. L’utilisation de ces soins pendant la pandémie de la Covid-19 au Québec reste largement inconnue. Objectif : Mesurer et comparer les taux de surveillance de la CV et des dépistages des ITSS en période pré et per-pandémique chez les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Montréal. Méthodes : Dans une étude de cohorte avec devis pré-post, 1702 PVVIH ont été retenues. Des modèles de régression de Poisson avec effet aléatoire sur l'individu ont estimé les taux, les ratios de taux d'incidence (IRR), leurs intervalles de confiance à 95 % (IC95%) ainsi que des termes d’interaction entre la variable de la période et les covariables. Résultats : La période pré-pandémique était associée à une diminution du taux de surveillance de la CV (IRR=0,58, IC95% 0,55-0,60) et du taux de dépistage des ITSS (IRR=0,65, IC95% 0,62-0,68). La diminution de la surveillance de la CV pendant la période per-pandémique était plus importante avec l’utilisation de drogues par injection, une augmentation de la distance et une CV détectable au début de l’étude. La diminution de dépistage des ITSS était plus importante avec une augmentation d’âge et de la distance. La suppression virologique et les pourcentages de positivité des ITSS sont demeurés constants au cours des périodes. Les taux d'incidence des ITSS ont diminué en période per-pandémique. Conclusion : Une diminution du suivi a été observée en période per-pandémique. Nos résultats suggèrent que ces réductions n'ont pas eu d'impact sur la suppression virologique ou l’incidence des ITSS. / Context: Routine viral load (VL) monitoring and sexually transmitted infections (STI) screenings are integral parts of HIV care. In Québec, the effects of the Covid-19 pandemic on accessibility to care and resulting inequalities remain widely unknown. Objective: We aimed to measure and compare rates of VL monitoring and STI screenings before and during the COVID-19 pandemic amongst people living with HIV (PLWHIV) in Montréal. Methods: A cohort study with pre-post design followed 1702 PLWHIV. Poisson regression models with individual clustering were used to estimate testing rates, incidence rate ratios (IRR), their 95 % confidence intervals (95%CI) and interaction terms between the period variable and other covariates. Results: The per-pandemic period was associated with a decrease in VL monitoring (IRR=0.58, 95%CI 0.55-0.60) and STI screening (IRR=0.65, 95%CI 0.62-0.68). The per-pandemic period intensified VL monitoring gaps with intravenous drug use, distance from the testing center and a detectable VL at the beginning of the study. STI screening gaps were amplified during the per-pandemic period by an increase in age and in distance. VL suppression and STI positivity percentages remained unchanged while STI incidence rates decreased. Conclusion: A significant decline in VL monitoring and STI screening was observed during the per-pandemic period. Our findings suggest that these reductions had no impact on the virological suppression or STI incidence in PLWHIV.

La littérature sur la sécurité cycliste présente des résultats parfois contradictoires, car l’utilisation des mesures d’exposition est peu fréquente. Ce mémoire de maîtrise cherche à décrire les mesures d’exposition et la méthodologie associée dans le calcul du risque de blessures chez les cyclistes dans le contexte québécois, ainsi que montrer l’impact de leur utilisation. D’abord une revue narrative quasi-systématique sur les mesures d’exposition aidant à préciser leur utilisation dans le calcul du taux d’incidence de blessures chez les cyclistes est effectuée en incluant les concepts de sécurité, du vélo et des mesures d’exposition. Puis, des mesures d’exposition sont utilisées pour comparer les taux d’incidence de blessures à vélo obtenus dans deux régions du Québec, soit l’Outaouais et Laval, qui se distinguent considérablement au regard de la proportion de port du casque chez les cyclistes et au regard de la quantité d’infrastructures cyclables totales disponibles. Des taux d’incidence des blessures à la tête et blessures totales chez les cyclistes sont calculés pour ces deux régions en utilisant au dénominateur une mesure de fréquence populationnelle et des mesures d’exposition (distance, déplacements, nombre de cyclistes). Les régions sont comparées entre elles en calculant les ratios de taux d’incidence. Les ratios de taux d’incidence utilisant les mesures de fréquence populationnelle montrent peu de différence pour les blessures chez les cyclistes entre les deux régions, alors que les ratios calculés avec les trois mesures d’exposition montrent la région de Laval comme étant plus à risque. Ceci montre l’impact de l’utilisation des mesures d’exposition dans les études de sécurité cycliste. / Cyclists’ safety literature often presents contradictory findings. Infrequent use of exposure in those studies is one reason why. This work aims to describe how to use exposure variables to calculate cyclists’ injury incidence rate in the province of Quebec. A quasi-systematic narrative review on exposure variable in the context of safety of bicyclists was conducted to guide their use. Then, exposure variables were used to compare the incidence rates of head and total injuries between the regions of Outaouais and Laval. These two regions were chosen because they differ in helmet usage and quantity of cycling infrastructures. Incidence rates for head and total injuries were calculated for both regions by controlling population frequency and three exposure variables (distance, trips and number of cyclists). Both regions were compared with incidence rate ratios. The incidence rate ratios using population frequency showed little to no difference in safety between both regions, while those using exposure variables showed that Laval presented greater risks for cyclists. These results show the importance of using exposure in safety studies for cyclists.

Bien qu'il s'agisse d'une maladie évitable par la vaccination, la grippe cause annuellement environ 3 à 5 millions de cas de maladie grave et environ 290 000 à 650 000 décès dans le monde. Pour prévenir l'infection et ses complications, la vaccination antigrippale est généralement recommandée pour toutes les personnes de 6 mois et plus. La vaccination annuelle est nécessaire en raison des perpétuels changements antigéniques des virus de la grippe; par conséquent, les souches incluses dans les vaccins antigrippaux sont régulièrement mises à jour. Ainsi, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux (EV) varie d'une saison à l'autre, ce qui nécessite une surveillance constante pour évaluer l'impact des programmes de vaccination contre la grippe saisonnière au fil du temps. Les données médico-administratives sont une riche source d'informations qui pourraient être exploitées pour estimer l'efficacité réelle des vaccins antigrippaux. De plus, des études récentes ont rapporté que la réponse immunitaire à l'infection grippale et à la vaccination peut être altérée par des expositions antérieures, ce qui pourrait affecter l’efficacité de terrain des vaccins antigrippaux. Cette thèse visait à déterminer si les données médico-administratives fournissent des estimations valables de l'EV et à évaluer l'impact de la vaccination répétée et d’une infection antérieure par les virus de la grippe sur l'EV contre le syndrome d’allure grippale (SAG). Nous avons d'abord effectué une revue systématique de la littérature pour évaluer l'impact de la vaccination antigrippale sur la réduction des visites médicales pour un SAG, des hospitalisations pour un SAG, des hospitalisations pour la grippe confirmée en laboratoire (LCI) et des hospitalisations toutes causes confondues. Nous avons identifié que la spécificité des résultats joue un rôle crucial dans l'estimation de l'EV et que la propension à utiliser des soins de santé peut introduire un biais dans les études d'EV si la propension à consulter pour un SAG est influencée par le statut vaccinal, mais également si la capacité à capturer le statut vaccinal et l’issue (SAG) est tributaire de la propension à consulter. Par la suite, nous avons constaté que les courbes d'incidence des consultations médicales liées à un SAG spécifique, dérivées des codes de diagnostic clinique spécifiques à l'infection grippale, étaient très similaires aux données de surveillance des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis pour le LCI, suggérant ainsi qu'il est plus approprié d'utiliser la définition de SAG spécifique à l’infection grippale pour une surveillance des cas de grippe plutôt qu'une définition large du SAG, lorsque seuls les codes de diagnostic clinique sont disponibles pour l'évaluation de l’infection grippale. Ensuite, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux de 2018-2019 à prévenir les consultations médicales pour un SAG (spécifique à l’infection grippale) a été évaluée dans une cohorte d'individus américains ayant au moins un enregistrement pertinent par année, entre 2015 et 2019, dans leur dossier de santé électronique (DSE). Les rapports de cotes ajustés (aOR) ont été dérivés de modèles de régression logistique multivariés et les EVs ajustées ont été calculées à l'aide de 100x(1-aOR). Les estimations d’EVs dérivées des données médico-administratives étaient toutes plus petites que celles rapportées par les CDC américains, suggérant ainsi que l’utilisation secondaire de ces données médico-administratives a mené à une sous-estimation de l’EV probablement due à des biais de détection et de mauvaise classification corrélés avec la propension à utiliser des soins de santé. Lorsque les EVs sont stratifiées sur le nombre de visites médicales, les estimations d'EVs et la couverture vaccinale augmentent avec le nombre de visites médicales, atteignant des estimations similaires à celles obtenues par les CDC américains et la couverture vaccinale nationale des États-Unis pour les personnes ayant au moins 6 visites médicales lors des 12 mois précédents. Les résultats suggèrent ainsi que l'utilisation secondaire des données médico-administratives ne permet pas de produire des estimations valables de l’efficacité de terrain des vaccins antigrippaux, et ce, en l’absence de données complètes sur la vaccination et l'infection grippale. Cependant, ces données médico-administratives ont le potentiel d'évaluer l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux dans les populations considérées à haut risque de complications à la suite de l'infection, ce qui est difficile à faire avec une surveillance active, ainsi que dans les populations ayant des conditions de santé nécessitant un suivi médical soutenu; car la probabilité que le statut vaccinal et/ou l’infection grippale soient déclarés dans les données médico-administratives augmente avec le nombre de contacts avec le système de santé. Enfin, l'efficacité de terrain des vaccins antigrippaux de 2018-2019 à prévenir le SAG a été estimée en fonction de l’historique de la vaccination antigrippale et des antécédents de SAG chez les utilisateurs fréquents de soins de santé. Bien que l'EV semble diminuer avec l’augmentation du nombre de vaccinations précédentes, la vaccination antigrippale lors de la saison en cours offre probablement une protection contre le SAG, quels que soient les antécédents de vaccination, en particulier chez les enfants. Néanmoins, les antécédents de SAG pourraient atténuer l'effet négatif d'une vaccination antérieure sur l'EV, probablement en raison d’une immunité naturelle liée à l’infection grippale. Même si une vaccination antérieure peut atténuer l'EV de la saison en cours dans certaines circonstances, cet effet d'interférence est imprévisible et les antécédents de vaccination ou d'infection ne devraient pas influencer la décision de se faire vacciner contre la grippe. Jusqu'à ce que des vaccins antigrippaux universels efficaces soient disponibles et éliminent la nécessité d'une vaccination annuelle, la recommandation actuelle de la vaccination annuelle contre la grippe reste un bon moyen de se protéger et ainsi protéger les autres de l’infection et de ses complications, principalement pour les personnes à haut risque de complications. / Although a vaccine-preventable disease, influenza causes annually approximately 3 to 5 million cases of severe illness and about 290 000 to 650 000 deaths worldwide. To prevent the infection and its complications, influenza vaccination is recommended for all individuals 6 months and older. Annual vaccination is necessary because of continual antigenic changes of influenza viruses; hence, vaccine compositions are regularly updated. Consequently, vaccine effectiveness (VE) varies between seasons requiring ongoing measurement to assess the impact of seasonal influenza vaccination programs over time. Administrative healthcare databases are a rich source of information that could be leveraged to estimate real-world influenza VE. Recent studies have reported that immunologic response to influenza infection and vaccination may be altered by previous exposures. This thesis aimed to determine if administrative healthcare data provide accurate VE estimates and to evaluate the impact of repeated vaccination and previous infection on VE against medically attended influenza-like illness (MA-ILI). We first performed a systematic review of the literature to evaluate the impact of influenza vaccination to reduce outpatient visits for influenza-like illness (ILI), hospitalization for ILI, hospitalization for lab-confirmed influenza (LCI) and all-cause hospitalization. We identified that outcome specificity plays a crucial role in VE estimate and healthcare seeking behaviour can bias VE estimates if the propensity to seek care for ILI is influenced by vaccination status, but also if the ability to capture patients’ vaccination status and/or ILI is dependent on their propensity to seek care. Subsequently, we found that the incidence curves of influenza-related medical encounters, derived from clinical diagnostic codesspecific to influenza infection, were very similar to the United States (U.S.) Centers for Disease Control and Prevention (CDC) surveillance data for LCI; suggesting that it is more appropriate to use influenza case definition for specific surveillance rather than a broad ILI definition, when only clinical diagnostic codes are available for the evaluation of influenza. Then, the 2018-2019 influenza vaccine effectiveness against medically attended influenza-like illness (MA-ILI) was evaluated in a cohort of U.S. individuals who had at least one relevant record per year between 2015 and 2019 in their electronic medical record (EMR). Adjusted odds ratios (aORs) were derived from multivariate logistic regression models and adjusted VE (aVEs) were calculated using 100x(1-aORs). Estimated aVEs derived from administrative healthcare data were all lower than CDC-reported VE; results suggested that the secondary use of these administrative healthcare data led to an underestimation of influenza VE, likely due to detection and misclassification biases, correlated with healthcare seeking behaviour. When stratified by the number of primary care visits, aVE estimates and vaccine coverage increased with the number of primary care visits, reaching estimates similar to those obtained by the U.S. CDC and U.S. national vaccination coverage among those with at least 6 primary care visits in the previous 12 months. Results suggested that the secondary use of these administrative healthcare data cannot produce accurate influenza VE without comprehensive influenza vaccination and infection data. However, these databases have the potential to assess influenza VE in populations considered at high risk of complications following the infection, which is not easily achievable with active surveillance, as well as in populations with health conditions requiring constant medical follow-up since probabilities that vaccination and/or infection status are reported in administrative healthcare data increase with the number of contacts with the healthcare system. Finally, the 2018-2019 aVE against MA-ILI was estimated by previous vaccination status and previous history of MA-ILI in frequent healthcare users. Although VE appeared to decrease in relation to increasing numbers of previous influenza vaccinations, current season vaccination likely provides protection against MA-ILI regardless of vaccination history, especially in children. Nevertheless, previous MA-ILI could mitigate the negative effect of prior influenza vaccination on VE likely via infection-induced immunity. Even if prior influenza vaccination may attenuate current season VE in some circumstances, this interference effect is unpredictable and previous vaccination or infection history should not influence the decision to get vaccinated against influenza. Until effective universal influenza vaccines are available and eliminate the need for annual vaccination, the current recommendation for annual influenza vaccination remains important to protect ourselves and others from influenza infection and its complications, particularly in at-risk populations.

Les morsures de chien dans les communautés autochtones nordiques sont une préoccupation importante, considérant que la rage du renard est endémique au Québec au nord du 55e parallèle. Cette recherche visait à approfondir la compréhension des risques associés aux morsures de chien, en évaluant l’état actuel des connaissances sur ce sujet, puis en investiguant l’occurrence des morsures et les connaissances, attitudes et pratiques liées aux chiens et aux morsures dans deux communautés autochtones nordiques du Québec. D’abord, une revue de la portée a été réalisée et a montré que 0,61 à 59,6/10 000 habitants des communautés autochtones du nord sont mordus annuellement, et que 27 à 63% ont rapporté avoir subi une morsure de chien au cours de leur vie. Les résultats appuient les inquiétudes concernant un risque plus élevé dans ces communautés que dans le reste du Canada et soulignent le manque de connaissance sur les facteurs de risque contextuels et environnementaux. Puis, une étude a été effectuée dans les communautés Naskapi et Innu au nord du Québec et a montré que 21% des participants avaient subi une morsure de chien au cours de leur vie. L’étude a aussi révélé un manque de connaissance et de sensibilisation au risque de contracter la rage et aux mesures de prévention chez les résidents de ces communautés. Cette étude apporte des connaissances importantes pour développer et prioriser les mesures visant à réduire les risques associés aux morsures de chien et la transmission de la rage qui sont adaptées aux communautés autochtones nordiques. / Dog bites in northern Indigenous communities are a significant concern, considering that fox rabies is endemic north of the 55th parallel in the province of Quebec. This research aimed to deepen the understanding of risks associated with dog bites, by assessing the current state of knowledge on this subject, then by investigating the occurrence of dog bites and the knowledge, attitudes and practices related to dogs and bites in two northern Indigenous communities in Quebec. First, a scoping review was conducted and showed that 0.61 to 59.6/10,000 inhabitants of northern Indigenous communities are bitten annually, and that 27 to 63% reported being bitten by a dog during their lifetime. Results support concerns about a higher risk in these communities than the rest of the Canadian population and highlight the need for more research on the contextual and environmental factors that influence this risk. Second, a study was carried out in the Naskapi and Innu communities in northern Quebec and showed that 21% of participants had suffered a dog bite during their lifetime. The study also revealed a lack of knowledge and awareness on the risk of contracting rabies and on preventive measures among inhabitants of these two communities. This study provides important knowledge for developing and prioritizing measures aimed at reducing the risks associated with dog bites and rabies transmission that are adapted to northern Indigenous communities.

Contexte: La crise des surdoses d’opioïdes qui sévit actuellement est un problème majeur de santé publique. Les personnes faisant usage de drogues par injection (PUDI) avec un trouble d’usage d’opioïdes (TUO) sont particulièrement vulnérables aux méfaits des opioïdes. Le traitement par agonistes opioïdes (TAO) est une intervention clé pour contrer l’épidémie de surdoses. L’engagement à long terme en traitement est un facteur important dans l’atteinte d’issues favorables. Nous avons examiné les facteurs individuels, contextuels et programmatiques qui sous-tendent la rétention en TAO dans une population de PUDI à Montréal, Canada. Méthodes: Nous avons mené une étude transversale basée sur les données provenant du questionnaire initial d’une cohorte longitudinale de PUDI à Montréal (HEPCO). Les participants recrutés avaient ≥ 18 ans et s’étaient injectés des drogues dans les derniers 6 mois. L’éligibilité au TAO était définie par l’utilisation d’opioïdes dans les 6 derniers mois et/ou l’engagement récent ou actuel en TAO. La rétention en TAO a été définie par la mesure auto-rapportée du temps passé en traitement au moment de l’entrevue, catégorisée en 4 groupes (non-engagé en TAO, <1 an, 1-3 ans, ≥3 ans). Des analyses par régression logistique multinomiale ont été menées pour identifier les facteurs associés à la rétention en traitement. Résultats: Parmi les 805 participants recrutés entre mars 2011 et janvier 2020, 546 (68%) étaient éligibles au TAO (78% hommes, âge moyen 37 ans), desquels 255 (47%) étaient engagés en TAO. Parmi ceux-ci, 29% l’étaient depuis <1 an, 21% entre 1-3 ans et 50% ≥3 ans. Dans les analyses multivariées, être une femme, l’âge, la stabilité de logement et l’infection chronique par le virus de l’hépatite C (VHC) étaient positivement associés avec une plus longue durée d’engagement en TAO (comparé aux non-engagés), alors que des associations négatives étaient observées pour la consommation régulière d’opioïdes, de cocaïne et de cannabis. Parmi les participants engagés en TAO, ceux recevant davantage de doses non-supervisées et ceux non soumis à des dépistages urinaires réguliers étaient davantage retenus en traitement. Une dose de méthadone ≥ 60 mg/jour était associée à une cote 3 fois plus élevée d’être engagé en traitement pour ≥1 an (vs <1 an), mais cette association n’était pas statistiquement significative pour la rétention ≥ 3 ans. Conclusion: La moitié des participants éligibles au TAO étaient engagés en traitement. Parmi les PUDI en TAO, une grande proportion était engagée en traitement pour ≥ 3 ans. En plus des facteurs sociodémographiques, nous avons identifié des facteurs programmatiques associés à une plus longue durée d’engagement en traitement. Des approches plus flexibles dans les programmes de TAO pourraient contribuer à une plus longue rétention en traitement. En raison du devis transversal employé, la causalité inverse ne peut être exclue; des analyses longitudinales sont nécessaires. / Background: The ongoing opioid overdose crisis is a major public health issue. People who inject drugs (PWID) with opioid use disorder (OUD) are the most vulnerable to opioid-related harms. Opioid agonist therapy (OAT) is a safe and efficient treatment for OUD and is a key intervention to curb the epidemic. Longer-term engagement in OAT has been associated with better health and social outcomes. Retention in treatment is paramount. We sought to identify individual, contextual and treatment factors associated with retention in OAT in Montréal, Canada. Methods: We conducted a cross-sectional analysis of baseline data collected within a longitudinal cohort study of PWID in Montreal (HEPCO). Eligible participants were aged ≥18 years and had injected drugs in the previous 6 months. We restricted the analysis to those eligible for OAT, inferred from self-reported illicit opioid use or OAT receipt in the past-six months. The outcome variable, retention in OAT, was defined as self-reported time spent in treatment at baseline, categorized as not on OAT, < 1 year, 1-3 years, ≥3 years. Multinomial logistic regression analyses were conducted to identify factors associated with retention. Results: Of 805 cohort participants enrolled between March 2011 and January 2020, 546 (68%) were considered eligible for OAT (mean age: 37; 78% male) and included in analyses. Of those, 255 (47%) were currently enrolled in OAT (29% in treatment for <1 year, 21% for 1-3 years and 50% for ≥ 3 years). In multivariable analyses, female gender, older age, stable housing, and chronic hepatitis C infection were positively associated with longer stay in OAT (compared to not on OAT), whereas negative associations were noted for regular opioid, cocaine and cannabis use. Among PWID enrolled in OAT, those receiving take-home doses and those who did not have regular urine drug screening were more likely to have a longer stay in treatment. Methadone dose ≥ 60 mg/day was associated with over 3-fold odds of retention ≥ 1 year (vs < 1 year), but the association was not statistically significative for ≥ 3 years retention. Conclusion: Half of participants likely to be eligible for OAT were enrolled in treatment. Among active PWID receiving OAT, high prevalence of long-term engagement in treatment was observed. In addition to sociodemographic factors, we identified treatment-related factors associated with greater treatment duration, suggesting the need for flexible implementation approaches in OAT programmes. Due to our cross-sectional design, however, reverse causation cannot be excluded; findings should be confirmed in longitudinal samples.

Contexte : Le décès neurologique se caractérise par une perte permanente des fonctions cérébrales essentielles pour la vie, survenant suite à une lésion cérébrale majeure. Le décès isolé du tronc cérébral est une condition dans laquelle tous les critères cliniques du décès neurologique sont rencontrés, bien qu’il existe une circulation sanguine ou une perfusion tissulaire persistante au niveau du cerveau supratentoriel, tel que documenté par des tests paracliniques (communément appelés des « tests ancillaires »). Les trouvailles aux tests ancillaires soulèvent la possibilité de fonction cérébrale supratentorielle résiduelle, bien que leur réelle signification clinique demeure inconnue. Le décès isolé du tronc cérébral n’est pas considéré compatible avec le décès neurologique dans plusieurs jurisdictions à travers le monde, mais il existe peu de données sur sa prévalence, ses caractéristiques et son évolution parmi les patients admis aux soins intensifs suspectés de décès neurologique. De plus, aucun facteur de risque pour le décès isolé du tronc cérébral n’est actuellement connu. Dans le cadre de ce mémoire, deux projets ont été menés afin de caractériser la prévalence, les caractéristiques et l’évolution du décès isolé du tronc cérébral parmi les patients suspectés de décès neurologique, dans un premier temps, et d’estimer l’association entre l’accident vasculaire cérébral infratentoriel et le décès isolé du tronc cérébral dans cette population, dans un deuxième temps. Méthodes : Nous avons effectué une revue systématique et méta-analyse en suivant la méthodologie Cochrane et en interrogeant quatre répertoires d’articles scientifiques et la litérature grise. Nous avons sélectionné des études de cohorte, des études transversales, et des rapports de cas qui incluaient des patients suspectés de décès neurologique et qui rapportaient la prévalence, les caractéristiques ou l’évolution de patients avec une lésion cérébrale infratentorielle et de patients avec un décès isolé du tronc cérébral. Nous avons calculé la prévalence moyenne du décès isolé du tronc cérébral parmi les patients suspectés de décès neurologique avec une méta-analyse bayésienne hiérarchique à effet mixte. Nous avons aussi décrit les caractéristiques et l’évolution des cas de décès isolé du tronc cérébral publiés dans la litérature. Nous avons ensuite effectué une analyse de l’étude INDex, une étude observationnelle transversale, prospective et multicentrique, dans laquelle nous avons enrôlé de façon consécutive les patients adultes admis aux soins intensifs suite à une lésion cérébrale grave et suspectés de décès neurologique sur la base d’un coma profond. Nous avons identifié les patients avec l’exposition d’intérêt, soit un accident vasculaire cérébral infratentoriel, grâce à la base de données INDex et aux tomodensitométries cérébrales sans contraste. Tous les patients ont subi un examen clinique pour le décès neurologique, ainsi qu’un examen radiologique comportant une angiographie cérébrale et un scan de perfusion cérébrale par tomodensitométrie. Les issues primaires étaient le décès isolé du tronc cérébral basé sur la circulation (examen clinique compatible avec le décès neurologique et présence de circulation sanguine supratentorielle en absence de circulation sanguine infratentorielle à l’angiographie par tomodensitométrie) et le décès isolé du tronc cérébral basé sur la perfusion (examen clinique compatible avec le décès neurologique et présence de perfusion supratentorielle en absence de perfusion infratentorielle au scan de perfusion par tomodensitométrie). Nous avons estimé les associations entre l’accident vasculaire cérébral infratentoriel et les deux définitions de décès isolé du tronc cérébral grâce à des modèles de régression linéaire généralisée utilisant une fonction de liaison logit, un effet aléatoire sur l’ordonnée selon le site participant et une pondération basée sur un score de propension incluant les facteurs de confusion potentiels. Résultats : Un total de 21 études ont été incluses dans la revue systématique et méta-analyse. La prévalence moyenne du décès isolé du tronc cérébral parmi les patients suspectés de décès neurologique était de 1,5% (intervalle de densité à 95% : 0,5-3,9%), bien que le degré de confiance de cet estimé était très bas compte tenu des limitations méthodologiques et de l’hétérogénéité des études regroupées. Dans l’étude observationnelle, la prévalence du décès isolé du tronc cérébral parmi les patients suspectés de décès neurologique était de 12,7% (intervalle de confiance à 95% : 9,1-17,3%) lorsque la condition était définie selon la circulation et de 1,8% (intervalle de confiance à 95% : 0,6-4,2%) lorsqu’elle était définie selon la perfusion. Dans cette étude, nous avons observé une association entre l’accident vasculaire cérébral infratentoriel et le décès isolé du tronc cérébral basé sur la circulation (rapport de cotes ajusté : 2,52; intervalle de confiance à 95% : 1,53-4,17) et entre l’accident vasculaire cérébral infratentoriel et le décès isolé du tronc cérébral basé sur la perfusion (rapport de cotes ajusté : 16,81; intervalle de confiance à 95% : 3,95-71,51). Discussion : Ces trouvailles suggèrent que le décès isolé du tronc cérébral est rare parmi les patients suspectés de décès neurologique et que l’accident vasculaire cérébral infratentoriel pourrait être un facteur de risque dans cette population. / Background: Death by neurologic criteria is characterized by the permanent loss of brain functions essential for life following a severe brain injury. Isolated brainstem death is a medical condition in which all clinical criteria of death by neurologic criteria are fulfilled, but there is persistant supratentorial cerebral blood flow or perfusion on paraclinical testing (“ancillary testing”). These paraclinical findings suggest the possibility that there may be residual supratentorial brain function in isolated brainstem death, although the actual clinical implications of these findings are uncertain. Isolated brainstem death is not considered compatible with death by neurologic criteria in many jurisdictions around the world, but there is little data on its prevalence, characteristics and evolution among patients admitted to the intensive care unit and suspected of neurological death. Furthermore, there are no known risk factors for isolated brainstem death. In this thesis, two projects were conducted in order to characterize the prevalence, caracteristics and evolution of isolated brainstem death among patients suspected of death by neurologic criteria, and to estimate the association between infratentorial stroke and isolated brainstem death in this same population. Methods: We conducted a systematic review and meta-analysis following guidance from the Cochrane group, conducting our searches in four databases and the grey literature. We selected cohort and cross-sectional studies, as well as case reports, including patients suspected of death by neurologic criteria and reporting the prevalence, the characteristics or the evolution of patients with an infratentorial brain injury and of patients with isolated brainstem death. We estimated the mean prevalence of isolated brainstem death among patients suspected by death by neurologic criteria with a hierarchial mixed-effects Bayesian meta-analysis. We decribed the characteristics and evolution of patients with isolated brainstem death published in the literature. We also performed an analysis of the INDex trial, which was an observational, cross-sectional, prospective and multicentric study, in which we enrolled consecutive adult patients admitted to the intensive care unit following a severe brain injury and suspected of death by neurologic criteria based on a deep coma. We identified patients with the exposure of interest, infratentorial stroke, using the INDex database and non-contrast brain CT scans. All patients underwent clinical evaluation for death by neurologic criteria as well as radiologic evaluation with cerebral CT-angiography and CT-perfusion scans. Primary outcomes were isolated brainstem death based on flow (clinical examination consistent with death by neurologic criteria and presence of supratentorial blood flow in the absence of infratentorial flow on CT-angiography) and isolated brainstem death based on perfusion (clinical examination consistent with death by neurologic criteria and presence of supratentorial perfusion in the absence of infratentorial perfusion on CT-perfusion). We estimated associations between infratentorial stroke and both definitions of isolated brainstem death using generalized linear regression models with a logit function, random effects in the intercept according to the participating site, and inverse probability weighting based on a propensity score including all potential confounders. Results: In total, 21 studies were included in the systematic review and meta-analysis. The mean prevalence of isolated brainstem death among patients suspected of death by neurologic criteria was 1.5% (95% highest density interval: 0.5-3.9%), although the level of certainty in this estimate was very low due to methodological limitations and heterogeneity in included studies. In the observational study, the prevalence of isolated brainstem death among patients suspected of death by neurologic criteria was 12.7% (95% confidence interval: 9.1-17.3%) when the condition was based on flow and 1.8% (95% confidence interval: 0.6-4.2%) when it was based on perfusion. In this study, we observed an association between infratentorial stroke and isolated brainstem death based on flow (adjusted odds ratio: 2.52; 95% confidence interval: 1.53-4.17) and between infratentorial stroke and isolated brainstem death based on perfusion (adjusted odds ratio: 16.81; 95% confidence interval: 3.95-71.51). Discussion: These findings suggest that isolated brainstem death is rare among patients suspected of death by neurologic criteria and that infratentorial stroke may be a risk factor for this condition in this population.