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Determinantes da eficiência técnica na agroindústria sucroenergética brasileira: uma abordagem por fronteira estocástica / Determinants of technical efficiency in Brazilian sugarcane agroindustry: a stochastic frontier approach

Danelon, André Felipe 26 January 2018 (has links)
Nos anos 2000, o desenvolvimento de veículos automotores flex-fuel no Brasil e a alta no preço das commodities no mercado internacional permitiram que o setor sucroenergético apresentasse rápido crescimento. Além dos incentivos econômicos, a produção do etanol como biocombustível é alinhada com as diretrizes internacionais, sendo de interesse político e ambiental. Contudo, o avanço do setor ocorreu principalmente pela expansão das áreas cultivadas com cana-de-açúcar. A produtividade agrícola apresentou baixo crescimento no período, assim como a produtividade agroindustrial. Na primeira metade da década de 2010, a baixa rentabilidade econômica do setor evidenciou a necessidade de elevar a produtividade das usinas brasileiras. O objetivo desse trabalho é estimar o nível de eficiência técnica das usinas, a partir de modelos de fronteira estocástica, bem como identificar quais seus determinantes na produção industrial de açúcar e etanol. A base de dados utilizada corresponde a um painel desbalanceado composto por 121 usinas das principais regiões produtoras, ou seja, Centro-Sul e Nordeste, ao longo das safras 2013/2014 a 2016/2017, totalizando 315 observações. Os dados utilizados na pesquisa foram obtidos pelo projeto \"Campo Futuro\" da Confederação da Agricultura e Pecuária do Brasil (CNA). Por meio de um acordo com o Programa de Educação Continuada em Economia e Gestão Empresarial (PECEGE ESALQ USP), um grupo de extensão da Escola de Agricultura \"Luiz de Queiroz\" (ESALQ / USP), os dados foram coletados através de pesquisas e visitas às usinas. O melhor ajuste econométrico foi a partir do modelo de dados em painel com efeitos aleatórios com forma funcional translog. Os resultados para o modelo mais apropriado indicam que a amostra apresenta, relativamente, um elevado nível de eficiência técnica geral, sendo 92% em média, e que não há níveis persistentes de ineficiência, ou seja, as oscilações na eficiência técnica geral ocorrem por variações conjunturais. As usinas mais eficientes da amostra estão localizadas na região Centro-Sul do Brasil. Não há evidências consistentes de que o acesso à crédito e certificações estejam relacionadas a um maior nível de eficiência técnica industrial. / In the 2000s, the development of flex-fuel vehicles in Brazil and the rise of commodities prices in the international market allowed the sugar-energy sector to grow rapidly. In addition to the economic incentives, the production of ethanol as biofuel is aligned with international guidelines, being of political and environmental interest. However, the advance of the sector was mainly due to the expansion of the areas cultivated with sugarcane. Agricultural productivity showed low growth in the period, as well as agroindustrial productivity. In the first half of the 2010, the low profitability of the sector evidenced the need to increase the productivity of the Brazilian mills. The objective of this paper is to estimate the technical efficiency level of the mills, based on stochastic frontier models, as well to identify their determinants in the industrial production of sugar and ethanol. The database used corresponds to an unbalanced panel composed of 121 plants from the main producing regions, ie, Central-South and Northeast, during the seasons 2013/2014 to 2016/2017, totaling 315 observations. The data used in the research were obtained from the \"Campo Futuro\" Project of the Confederation of Agriculture and Livestock of Brazil (CNA). Based on an agreement with the Continuing Education Program in Economics and Business Management (PECEGE ESALQ USP), an extension group of the \"Luiz de Queiroz\" School of Agriculture (ESALQ / USP), the data were collected through surveys and visits to the mills. The best econometric adjustment was from the panel data model with random effects with translog functional form. The results for the most appropriate model indicate that the sample has a relatively high level of general technical efficiency, being 92% on average, and that there are no persistent levels of inefficiency, that is, the oscillations in general technical efficiency occur due to conjunctural variations. The most efficient plants in the sample are located in the Center-South region of Brazil. There is no consistent evidence that access to credit and certifications is related to a higher level of industrial technical efficiency.
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Determinantes de eficiência técnica da agricultura: um estudo para as culturas de milho e soja no Brasil / Determinants of technical efficiency in agriculture: a study for corn and soybean crops in Brazil

Soares, Pedro 19 January 2017 (has links)
O setor agropecuário brasileiro apresentou nas últimas décadas elevadas taxas de crescimento da produtividade total dos fatores (PTF). Conforme dados da Companhia Nacional de Abastecimento (CONAB, 2016), as culturas de milho e soja situam-se entre as principais cadeias produtivas da agropecuária brasileira, caracterizando o Brasil como um dos principais produtores mundiais dessas culturas. Entretanto, as produtividades médias das culturas de milho e soja observadas em diversas regiões do território nacional apresentam-se aquém daquelas observadas em outros países produtores, indicando que ganhos de eficiência produtiva ainda são possíveis. Nesse sentido, o presente trabalho, utilizando a metodologia de fronteira estocástica apresentada por Kumbhakar, Wang e Horncastle (2015), estimou a eficiência técnica dos produtores de milho e soja no Brasil incluindo na análise variáveis institucionais e agronômicas. Foram realizadas duas análises da eficiência técnica, uma considerando apenas os produtores do estado de São Paulo, a partir dos microdados do Levantamento Censitário das Unidades de Produção Agropecuária (LUPA), realizado pelo Instituto de Economia Agrícola no ano safra 2007/2008, e a segunda análise examinando a eficiência técnica em todo o país, utilizando os microdados do Censo Agropecuário 2006 do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística - IBGE. Os principais resultados estimados revelaram que os produtores de milho são, na média, tecnicamente menos eficientes que os produtores de soja. Foi observado, também, a importância de técnicas modernas de manejo, como plantio direto, colheita mecanizada e manejo integrado de pragas, e do nível de instrução do produtor como determinantes da eficiência na produção de ambas as culturas no país. / In the last decades, the Brazilian agricultural sector presented high rates of growth of total factor productivity (TFP). According to data from the National Supply Company (CONAB, 2016), corn and soybean crops are among the main productive chains of Brazilian agriculture, characterizing Brazil as one of the main producers of these crops worldwide. However, the average yields of corn and soybean crops observed in several regions of the national territory are lower than those obtained in the other producing countries, indicating that gains in productive efficiency are still possible. In this sense, the present work, using the stochastic frontier methodology presented by Kumbhakar, Wang and Horncastle (2015), analyzed the technical efficiency of corn and soybean producers in Brazi, including in the analysis institutional and agronomic variables . Two analyzes of the technical efficiency were carried out, the first one considering only the producers within the state of São Paulo, based on the microdata of the Censitary Survey of Agricultural Production Units (LUPA), conducted by the Institute of Agricultural Economics in the 2007/2008 crop year, and the second was an analysis to estimate the technical efficiency throughout the country, using the microdata of the Agricultural Census 2006 of the Brazilian Institute of Geography and Statistics - IBGE. The main estimated results showed that corn producers are, on average, technically less efficient than soybean producers. It was also observed the importance of modern management techniques such as tillage, mechanized harvesting and integrated pest management, and the producer level of education for the agricultural efficiency gains in the country.
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Uma abordagem estocástica para aumento de produtividade em linhas de montagem : o problema de balanceamento de produção /

Souza, Yuri Prado. January 2018 (has links)
Orientador: Edson Luiz França Senne / Banca: José Roberto Dale Luche / Banca: Luiz Leduino Neto / Resumo: Neste trabalho propõe-se uma abordagem para o Problema de Balanceamento de Linhas de Montagem (do inglês, Assembly Line Balancing Problem - ALBP) para aumentar a eficiência de uma indústria montadora de veículos. O ALBP caracteriza-se como um problema de sequenciamento de tarefas em estações de trabalho classificado como um problema de Otimização Combinatória NP-difícil e, portanto, a solução exata do problema em ambientes reais geralmente implica em elevado custo computacional. Para resolver o ALBP, foram formulados um modelo matemático de otimização inteira mista para obtenção de soluções determinísticas e um modelo estocástico com recurso que considera a incerteza dos tempos de execução das tarefas pelos operadores. A motivação para o desenvolvimento do presente trabalho decorre da observação de interrupções constantes do fluxo de produção nesta indústria, atribuídas às mais diversas naturezas, e que causavam transtornos e elevados níveis de estresse aos trabalhadores. Ambos os modelos, determinístico e estocástico, aumentaram a capacidade de produção de 196 unidades/dia para 245 e 233 unidades/dia, respectivamente. O modelo estocástico aumentou o tempo de ciclo CT em 5,6% quando comparado ao modelo determinístico, embora diminua a capacidade efetiva em 4,8% Porém, não considerar a incerteza no tempo de execução das tarefas pode diminuir a quantidade produzida em até 10,6%. Contrariamente ao entendimento comum em linhas de montagem, este trabalho conclui que reduzir os tem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work proposes solution approaches to the Assembly Line Balancing Problem (ALBP) to increase the efficiency of a vehicle assembler industry. The ALBP is characterized as a task sequencing in workstations which is classified as a NP-hard Combinatorial Optimization problem and, therefore, the exact solution of the problem in real environments usually implies a high computational cost. In order to solve the ALBP, a mathematical model of mixed integer optimization to obtain deterministic solutions and a stochastic model with resource that considers the uncertainty of the execution times of the tasks by the operators were formulated. The motivation for the development of this work stems from the constant interruptions of the production flow in this industry, attributed to the most diverse natures, which cause disorders and high levels of stress to the workers. The deterministic and stochastic models increased the production capacity from 196 units / day to 245 and 233 units / day, respectively. The stochastic model increased the cycle time by 5.6% when compared to the deterministic model, although it reduced the effective capacity by 4.8%, which is equivalent to 12 vehicles / day. However, not considering the uncertainty in task execution times can decrease the amount produced by up to 10.6% or 26 vehicles / day. Contrary to the most acceptable idea, this work concludes that reducing idle times to minimum levels is detrimental to assembly line productivity. This is due to the ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Estudo dos fatores de riscos técnico-econômico da operação de derrubada de árvores com feller-buncher utilizando o método de Monte Carlo /

Pereira, Gilberto. January 2019 (has links)
Orientador: Paulo Torres Fenner / Coorientador: Danilo Simões / Banca: Gislaine Cristina Batistela / Banca: Rogério Antonio Oliveira / Resumo: Em operações de colheita florestal mecanizada, a execução do método de simulação de Monte Carlo, permite a obtenção de uma amostra de valores, com vistas ao cálculo de probabilidades técnica-econômica por meio de distribuições que descrevem as incertezas e, conseguinte, a otimização dos modais de colheita. Diante disso, objetivou-se uma abordagem estocástica da derrubada de Eucalyptus sp. com uma máquina autopropelida e cabeçote de corte feller-buncher acoplado, para a análise das incertezas e riscos envolvidos em torno de situações reais. Foram ponderados dados históricos sobre valores monetários incorridos, volume de madeira derrubada e o tempo efetivo de trabalho, consideradas variáveis sob condições de incertezas, as quais foram ajustadas por meio de modelos de distribuição. O método de Monte Carlo foi aplicado aos modelos matemáticos para incorporar soluções estocásticas, com 100.000 iterações. Os resultados permitiram concluir que os valores monetários demandados para a substituição de peças da máquina possui o maior grau de associação com o custo por hora programada; há uma relação não linear forte negativa entre os valores monetários necessários para a aquisição de óleos lubrificantes e graxas e, entre o custo por hora programada da máquina, evidenciando que quanto maior o investimento em lubrificação menor será o custo por hora programada da máquina; o valor médio do custo de produção para a derrubada de Eucalyptus sp. é explicado por 46% em termos de variância da pr... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In mechanized forest harvesting operations, the execution of the Monte Carlo simulation method permits the obtaining of a sample of values, in order to the calculation of technical-economic distributions that describe the uncertainty and consequently, the optimization of harvesting models. Thus, the goal was a stochastic approach of the Eucalyptus species with a self-propelled machine and coupled feller-buncher cutter head, to analyze the uncertainties and risks involved in real situations. It was weighted historical data on monetary values incurred, felled timber volume, and the effective time of work, which are variables considered under uncertainty conditions and were adjusted through distribution models. The Monte Carlo method was applied to the mathematical models to incorporate stochastic solutions, with 100,000 iterations. The results lead to conclude that the monetary expenditure with replacement parts of machine have a strong degree of association with the cost per scheduled machine hour; there is a strong negative nonlinear relationship between the monetary values required for the acquisition of lubricating oils and greases and, between the hourly cost per scheduled machine hour, evidencing that the higher the investment in lubrication the lower the cost per scheduled machine hour; the average value of the cost of production for the felling of Eucalyptus species is explained by 46% in terms of productivity variance per productive machine hour. / Mestre
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FLUTUACOES ELETROMAGNETICAS DE PONTO ZERO, REACAO DE RADIACAO E OS ESTADOS COERENTES DO OSCILADOR / Zero Point Electromagnetic Fluctuations, Radiation Reaction, and the Coherent States of the Oscillator

Dechoum, Kaled 04 December 1992 (has links)
A eletrodinâmica clássica estocástica pode ser entendida como sendo a teoria clássica de Maxwell, onde se inclui um novo elemento da realidade física: As flutuações eletromagnéticas de ponto zero. Sob esse enfoque, estudamos a interação de um \"ensemble\", de osciladores harmônicos carregados com a radiação térmica e de ponto zero (atérmica). Incluímos os efeitos de dissipação através da força de reação da radiação. Além disso estudamos também a excitação do oscilador por uma força determinística com dependência temporal arbitrária. Nossa análise estatística do sistema físico é baseada na solução exata da equação de Fokker-Planck adequada ao problema. Obtém-se a evolução temporal, no espaço de fase, para uma dada distribuição inicial que caracteriza um \"ensemble\" de osciladores forçados que apresentam estados excitados na forma de estados coerentes e estados coerentes comprimidos e pulsantes. A comparação direta com a formulação quântica do mesmo problema nos faz reconhecer que é possível obter da física clássica alguns resultados antes só obtidos pela teoria quântica. Identificamos na radiação de ponto zero o ingrediente que torna possível entender a estabilidade do estado fundamental e o princípio de incerteza. / Classical stochastic electrodynamics may be understood as classical electrodynamics theory, when a new element of physical reality is included: The zero point electrodynamics fluctuations. Under this approach, we study the interaction of a charged harmonic oscillator with the thermal radiation and zero point radiation. We include the effect of dissipation by the radiation reaction force. We also study the excitation of this oscillator by a deterministic force with arbitrary temporal dependence. Our statistical analysis of the physical system is based on the exact solution of the appropriate Fokker-Planck equation. We get the temporal evolution in phase space for a given initial distribution that characterizes one \"ensemble\" of forced oscillators that presents excited states in the coherent and squeezed states form. A direct comparison with the quantum formulation of the same problem make us recognize that it is possible to get some results from classical physics which were accomplished previously only by quantum theory. We identify in the zero point radiation the ingredient that makes it possible to understand the stability of the fundamental state and the uncertainty principle.
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Logística reversa: aplicação ao problema das embalagens da CEAGESP. / Reverse logistic: aplication to the problem of packs at CEAGESP.

Campos, Tatiana de 26 April 2006 (has links)
Este trabalho tem como objetivo caracterizar logística reversa e buscar ferramentas para a solução de problemas que surgem neste campo; um segundo objetivo, é contribuir para o dimensionamento do sistema de embalagens retornáveis do Entreposto Terminal São Paulo da Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (ETSP-CEAGESP), respeitando os conceitos e técnicas da literatura revisada. Nos últimos anos a logística reversa adquiriu maior importância, tanto no contexto internacional quanto no nacional. Motivado pelo potencial de crescimento nessa área, o presente trabalho apresenta, inicialmente, uma visão geral sobre logística reversa, seus conceitos, aplicações e delimitações. Foi realizado o estudo das embalagens no Entreposto Terminal São Paulo da Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (ETSP-CEAGESP), tendo sido tomado como foco o produto tomate, por sua alta representatividade comercial no entreposto. Para a estruturação do sistema de embalagens retornáveis foi escolhida a simulação como método de solução, pois ela permite levar em consideração a dinâmica do sistema. O modelo proposto foi elaborado utilizando o software ArenaÒ e, para uma melhor compreensão, foi dividido em três partes: a primeira, que contém o fluxo entre a central de embalagens e os pontos de comercialização intermediária; a segunda, com o fluxo entre os pontos de comercialização intermediária ao ponto de comercialização final; a terceira, que contêm o fluxo entre o ponto de comercialização final e a central de embalagens. / This work intends to characterize reverse logistics and explore tools to solve problems that might be related to this field; a secondary purpose is to contribute to structure the returnable packs system originated at the São Paulo’s Trading Terminal da Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (ETSP-CEAGESP), by respecting the concepts and techniques listed in the revised literature. In the recent years, reverse logistics has become more meaningful in both the international and national context. Motivated by the potential of growth in this segment, this work presents, initially, a general outlook on reverse logistics, its concepts, applications and delimitations. A research on packs generated at the Entreposto Terminal São Paulo da Companhia de Entrepostos e Armazéns Gerais de São Paulo (ETSP-CEAGESP) has been performed focusing on the tomato product, due to it high commercial substance. Since a simulation method takes into account the system’s dynamics, it has been selected to structure the returnable packs system. The proposed model has been developed using the Software ArenaÒ. For a better comprehension, the model has been divided into three segments. The first segment contains the flow between the packaging central and the intermediary retail markets; the following, the flow between intermediary retail markets and final markets; and the latest, comprises the final markets and the packaging central.
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Simulação geoestatística aplicada ao planejamento de pilhas de homogeneização : um estudo de caso de reconciliação

Abichequer, Luciana Arnt January 2010 (has links)
A lucratividade da indústria mineira é diretamente dependente do planejamento adequado de todas as fases de extração e beneficiamento de minério. Cada passo deste processo por sua vez, também é dependente dos resultados da fase anterior. As usinas de beneficiamento, por exemplo, devem ser alimentadas por um material o mais homogêneo possível, o que é garantido por um planejamento adequado de lavra e de forma muito eficaz por pilhas de homogeneização. No entanto, os métodos de estimativa comumente utilizados para prever os teores dos blocos que formam esses sistemas, não medem adequadamente a incerteza associada a este processo de estimativa. Este estudo avalia a eficácia da simulação geoestatística na previsão da variabilidade in situ dos teores e planejamento de pilhas de homogeneização. O método gera múltiplos cenários equiprováveis para o depósito que devem reproduzir os parâmetros estatísticos das amostras, o histograma e o variograma do fenômeno. Para um dado plano de lavra, o conjunto de cenários simulados irá gerar um conjunto de valores equiprováveis para cada pilha de homogeneização. A metodologia proposta foi aplicada a um depósito de fosfato na região central do Brasil. Neste caso de estudo, os teores de P2O5 previstos pelo plano de lavra de curto prazo e amostrados na área industrial foram comparados com o grupo de valores gerados para as pilhas por meio da simulação. A reprodução dos resultados demonstrou a aplicabilidade da metodologia para o depósito em questão. Além disto, a simulação geoestatística demonstrou ser uma ferramenta muito eficiente na previsão da variabilidade in situ dos teores e planejamento de pilhas de homogeneização. / Profits in mineral industry strongly depend on proper planning at all stages of mining and ore processing, and every step of these processes depends on the results from the previous stage. These chains of events can be illustrated, for instance, by the processing plant. To maximize ore recovery, among various factors, the processing plant must be fed by a material as homogeneous as possible minimizing the variance of the head grades that can be achieved initially by a proper mining plan and optimal schedule and more effectively by homogenization piles. The key factor is to know the input grade variance to design a blending system capable of attenuating it. Estimation methods commonly used to predict block grades which form the geological model used for mine planning do not adequately measure the variance associated with these estimates. This study evaluates geostatistical simulation in predicting in situ grades variability and planning blending piles. The method generates multiple, equally probable grade scenarios for the deposit, which reproduce the values of the samples, the histogram, and the variograma of the attribute being simulated. For a given mining plan, the set of simulated scenarios will generate a group of equiprobable values for each homogenization pile. These results provide the means to assess a range of possible values each pile can have. To validate the suggested methodology, the contents of P2O5 obtained by the short-term mining plan and sampled at the processing plant from a large phosphate mine in central Brazil were compared against the simulated values. The results matched adequately demonstrating that geostatistical simulation and pile emulation methodology are efficient tools that could be applied in predicting grades in situ variability and in planning blending piles.
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Avaliação do Impacto do Desenvolvimento Infantil na Educação Primária nos Estados Brasileiros / Impact assessment of child development in Primary Education in the Brazilian states

Juliana Domiciano Cupti Madeira 28 September 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A teoria do capital humano preconiza que o conjunto de habilidades, conhecimento e aptidões contribuem para o aumento da produtividade, que por sua vez, aumenta a renda dos indivíduos, possibilitando uma melhora no nível de qualidade de vida e nas oportunidades profissionais e sociais. Uma forma de potencializar os investimentos realizados em desenvolvimento humano é o próprio investimento em desenvolvimento infantil. Devido ao reconhecimento da importância que a educação e saúde infantil têm para o crescimento econômico dos países, a literatura que trata desses temas já é bastante ampla. Com base nesse reconhecimento, buscamos avaliar o impacto que o desenvolvimento infantil tem na educação primária. Para tanto, foram utilizados modelos de fronteira estocástica com o auxílio do programa R, no qual as variáveis independentes representam o desenvolvimento infantil, as variáveis dependentes, a educação primária e as unidades tomadoras de decisão são os Estados brasileiros. / The human capital theory symbolizes that the abilities, knowledge and skills contribute to increase the productivity, in turn, increases individuals income, allowing an improvement in quality of life and professional and social opportunities. One way the enhance investments in human development is investing in child development. Due to the important acknowledgment of child health and education have for the economic growth of countries, the literature that deals with these issues is quite extensive. Based on this recognition, we try to evaluate the impact that child development has on primary education. For this, we used stochastic frontier models with help of R program, where the independent variables represents the child development, the dependent variable, primary education and decision-makers units are the Brazilian States.
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Otimização para simulação estocástica de reservatórios de petróleo

de Allan Fonseca, Liliane 31 January 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T17:38:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2443_1.pdf: 4391547 bytes, checksum: 668fe7c822e6ef77af7ec08e5e691c63 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Universidade Federal de Pernambuco / A engenharia de reservatórios de hidrocarbonetos oferece muitas oportunidades de aplicação de modernas técnicas de planejamento sob incertezas, tanto para o geren- ciamento quanto para o desenvolvimento de reservatórios. Recentemente, a indústria de óleo e gás tem desprendido esforços signi…cantes para desenvolver tecnologias e…- cientes de gerenciamento para a otimização da produção, principalmente as relativas a campos inteligentes. De outro lado, grandes esforços têm sido empreendidos no de- senvolvimento de metodologias para a determinação da quantidade e posicionamento ótimo dos poços; encontrar o número, a locação e o conjunto ótimo de controles, sob condições de incerteza, é um grande desa…o. Os problemas acima envolvem o controle e a otimização de funções objetivas não- lineares, como a produção acumulada de óleo (NP) e a esperança do valor presente líquido (EVPL), conjuntamente com a satisfação de restrições lineares e não lineares implícitas, físicas e econômicas. Do ponto de vista de otimização, são necessários algoritmos de otimização que sejam capazes de tratar variáveis contínuas e discretas, de resolverem milhares de variáveis de controle e de não …carem presos nos ótimos locais decorrentes de ruídos estocásticos e numéricos. Idealmente, os algoritmos não devem necessitar de derivadas, para que se possa usar os mais adequados simuladores de reservatórios disponíveis. Um dos obstáculos iniciais para o uso de diversas técnicas de planejamento sob incertezas é que os reservatórios são caracterizados geoestatisticamente. Em princípio, isso quer dizer que um número signi…cativo de realizações de propriedades do reser- vatório, tais como as petrográ…cas, devem ser simuladas. Esta dissertação estuda o comportamento de um algoritmo, e cria algumas vari- antes, pertencente a uma classe de algoritmos que faz aproximações estocásticas de gradientes por meio de diferenças randômicas simultâneas. Este estudo mostra apli- cações do SPSA na otimização de controles de vazões e de locação de poços com controle simultâneo de vazões, com e sem incertezas geológicas. Os resultados são expressivos, permitindo a solução de problemas de otimização com milhares de variáveis, e proble- mas de otimização inteiro-mista
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Transcrição cooperativa de genes ribossomais em Escherichia coli usando um modelo estocástico e dependente de sequência /

Nakajima, Rafael Takahiro. January 2015 (has links)
Orientador: Ney Lemke / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Antônio Sérgio Kimus Braz / Resumo: Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / Abstract: The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / Mestre

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