Made available in DSpace on 2018-08-01T23:27:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10791_79_IZABELA FERREIRA_RIBEIRO.pdf: 1965993 bytes, checksum: c59b45ea261ce10053dd800e8c1652ea (MD5) Previous issue date: 2017-04-06 / Aechmea blanchetiana (Baker) L. B. Smith. é uma espécie endêmica dos estados do Espírito Santo e Bahia, tendo valor econômico devido a sua exuberância. É utilizada em ornamentação de jardins e interiores. Além do seu valor econômico, apresenta funções ecológicas chaves como reservatório de água, formação de micro-hábitats e manutenção de guildas de polinizadores. O presente estudo objetivou avaliar a diversidade genética em populações de A. blanchetiana, em áreas de restingas no Espírito Santo. Para este estudo foram amostrados 148 indivíduos georreferenciados entre seis áreas naturais, sendo três áreas dentro de unidades de conservação (UC's): Parque Estadual de Itaúnas, Reserva Natural Vale e Reserva Biológica de Comboios; e três áreas externas às unidades de conservação: Guriri, Linhares e Regência. Para avaliar a diversidade genética foram utilizados 11 marcadores Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) que geraram 102 bandas polimórficas (65,8%). A partir destes resultados foram calculados os índices de diversidade genética para cada área de estudo e para todas as populações juntas. As áreas que apresentaram menor e maior diversidade genética foram, respectivamente, Guriri (H = 0,2795 e I = 0,4140) e Linhares (H = 0,3389 e I = 0,5020), ambas externas às unidades de conservação. Dentro das unidades de conservação o menor valor de diversidade está presente no Parque Estadual de Itaúnas (H = 0,300 e I = 0,4452) e o maior na Reserva Natural Vale (H = 0,338 e I = 0,5020). Quando todos os indivíduos amostrados foram incluídos na análise, o índice de Nei e de Shannon foram, respectivamente, H = 0,402 e I = 0,580. A dissimilaridade genética entre indivíduos variou de 0,13 a 1,0, permitindo a formação de 19 agrupamentos genéticos. A partir da análise bayesiana foram formandos quatro grupos geneticamente distintos (K = 4) e os valores de ɸST (0,2081) e de GST (0,2063) indicaram a existência de uma alta estruturação genética entre as populações. A AMOVA foi realizada a fim de medir a diferenciação das populações acima (Parque Estadual de Itaúnas, Guriri, Reserva Natural Vale e Linhares grupo 1) e abaixo (Regência e Reserva Biológica de Comboios grupo 2) do rio Doce, com intuito de testá-lo como uma barreira genética para a espécie. Este índice apresentou valor de 79,1% dentro dos grupos, 1,18% entre os grupos e 19,6% entre as populações dentro dos grupos, indicando que a maior diversidade a ser explorada está dentro dos grupos e não entre os grupos. Este resultado somado ao de fluxo gênico (Nm = 1,924) refutam a hipótese do rio Doce atuar como barreira genética para a espécie. Com este estudo foi possível verificar que os marcadores ISSR foram eficientes para caracterizar a diversidade genética de A. blanchetiana, mostrando que a espécie apresenta alta diversidade genética no norte do Espírito Santo e que as UC's estão mantendo o seu papel de manutenção e conservação do material genético da espécie.

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2015-05-21T18:14:52Z No. of bitstreams: 1 Tese_Carlos.pdf: 1883623 bytes, checksum: dedcccb704c7766cb80549e293aa33a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-21T18:14:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Carlos.pdf: 1883623 bytes, checksum: dedcccb704c7766cb80549e293aa33a3 (MD5) Previous issue date: 2015-03-13 / Calliphoridae é uma família de moscas de considerável importância médica e sanitária com espécies que ocorrem em lixos, fezes e carcaças, e também podem atuar como agentes de miíases. Dentro desta família destaca-se a espécie cosmopolita C. megacephala que é de grande importância forense, pois se alimentam, cruzam e fazem oviposição sobre os cadáveres. Tendo em vista a importância destes organismos, este estudo visou analisar e desenvolver marcadores genéticos que fossem úteis para identificação molecular de larvas de califorídeos e informativos para estudos de dispersão populacional de C. megacephala. Os organismos de estudo foram coletados em quatro localidades do estado de Pernambuco e uma no estado do Ceará. Os espécimes foram identificados e devidamente triados. As PCRs foram realizadas com primers amplificadores de marcadores mitocondriais e nuclear descritos na literatura e primers desenvolvidos no presente estudo a partir de análises in silico. As sequências foram confirmadas por Blastn como pertencentes às espécies correspondentes. As análises genética populacionais de C. megacephala indicaram um baixo grau de polimorfismo e consequentemente ausência de estruturação nas populações estudadas. Sugerindo que esta espécie foi introduzida no Brasil recentemente, e que não existem barreiras genéticas entre as populações. O resultado das análises in silico evidenciaram que o marcador Tag-CYTB, desenvolvido neste estudo fornece resultados mais robustos para taxonomia molecular que o utilizado pelo método barcode para família Calliphoridae.

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T00:56:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salloum_PriscilaMadi_M.pdf: 769704 bytes, checksum: d9254ea3504160fbbd563282b7d46eb7 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A estrutura genética de populações marinhas pode ser avaliada de dois modos: espacial e temporal. Nesse ambiente, fatores diferentes funcionam como barreiras ao fluxo gênico para espécies distintas, apesar da expectativa de que animais com grande capacidade de dispersão apresentem populações panmíticas ao longo de sua distribuição. Echinolittorina lineolata (D¿Orbigny 1840) é um gastrópode comum na costa brasileira e que apresenta larvas com elevada capacidade de dispersão, sendo um interessante modelo para avaliar estrutura genética em ambiente marinho. Este trabalho utilizou abordagens espacial e temporal para avaliar a variabilidade genética e a estrutura populacional de E. lineolata em duas praias do estado de São Paulo. Quatro coletas de juvenis dessa espécie foram feitas em intervalos de 40 dias; três regiões do DNA mitocondrial foram utilizadas como marcadores moleculares, sendo duas regiões do gene citocromo-b (Cyt-b) e uma do gene citocromo oxidase I (CO-1). Os índices de diversidade haplotípica e nucleotídica foram baixos, o que é semelhante a outras espécies marinhas. Redes de haplótipo, análises de variância molecular e a estatística FST evidenciaram estrutura genética entre amostras das duas praias (espacial) e entre amostras das quatro coletas (temporal). Dois fatores foram considerados como prováveis geradores da estrutura genética observada nesses juvenis de E. lineolata: variações geográficas ou oceanográficas locais e variância no sucesso reprodutivo / Abstract: The genetic structure of marine populations can be evaluated by two modes: spatial and temporal. In this environment, different factors work as barriers to gene flow for different species, although animals with high dispersal ability are expected to present panmitic populations along their range. Echinolittorina lineolata (D¿Orbigny 1840) is a common gastropod on the Brazilian coast and has larvae with high dispersal ability, being an interesting model to evaluate genetic structure in the marine environment. This work used spatial and temporal approaches to evaluate the genetic variability and population structure of E lineolata in two beaches of the São Paulo state. Four collections of juveniles were done in 40-days intervals; three regions of the mitochondrial DNA were used as molecular markers: two from cytochrome-b gene (Cyt-b) and one from cytochrome oxidase I gene (CO-1). The haplotype and nucleotide diversity indexes were low, similar to other species. Haplotype networks, analyses of molecular variance and FST statistics indicated genetic structure among the two beaches¿ samples (spatial) and among the four collections¿ samples (temporal). Two factors were considered as likely drivers of the observed genetic structure on these juveniles: local geographic or oceanographic variations and variance in the reproductive success / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-11-04Bitstream added on 2014-06-13T21:01:18Z : No. of bitstreams: 1 suganuma_ch_dr_jabo.pdf: 2851427 bytes, checksum: 03ed93e6b51f4af5d916613162e4b58b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho teve como objetivo principal ampliar o conhecimento sobre a estrutura genética e obter informações para a conservação de pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), provenientes de populações selvagens dos rios da Bacia do Alto Paraguai. Esta espécie possui grande valor comercial e imenso potencial para exploração em pisciculturas. Os marcadores moleculares do tipo microssatélite utilizados neste estudo, resultaram em muitas informações sobre a estrutura populacional desta espécie, permitindo uma possível caracterização dos bancos genéticos para esta espécie. Exemplares provenientes de nove sub-bacias do Pantanal Matogrossense foram coletados para a realização da extração de DNA visando à análise do material genômico. Para isto, foram retirados pequenos fragmentos de nadadeira de cada indivíduo. A amplificação dos locos microssatélites foi realizada num termociclador de PCR utilizando oligonucleotídeos marcados com fluorescência, conforme descrito na literatura. A genotipagem foi realizada no seqüenciador automático MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), pertencente ao Centro de Estudos do Genoma Humano da Universidade de São Paulo. Os tamanhos dos alelos obtidos foram organizados para a montagem das matrizes de dados que foram submetidas aos programas computacionais para verificar a variabilidade genética nas populações. Os parâmetros que permitiram a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional foram o número de alelos por loco, riqueza alélica, heterozigosidade observada e esperada, equilíbrio de Hardy Weinberg, índices Fst e Rst, análise de variância molecular (AMOVA), índice de fixação, desequilíbrio de ligacão e o número de migrantes. Também foi feita uma análise bayesiana para verificar a estrutura populacional e um dendrograma foi gerado a partir da matriz de distância baseada... / This work aimed to obtain information about the genetic structure of pacu (Piaractus mesopotamicus Holmberg, 1887), from wild populations of Alto Paraguai Basin Rivers. This specie has a greatly commercial importance, with huge potential for hatcheries. The pacu has a wide distribution in the Prata Basin, formed by Paraguay, Paraná and Uruguay rivers and their tributaries Microsatellites markers offer relevant information about this specie, allowing the characterization of genetic stocks. Individuals from nine sampling sites in the Pantanal Matogrossense were analysed in this study. DNA extraction methods did not required killing the samples, we used fin clippings from each individual. The amplification of microsatellites loci was carried out via polymerase chain reaction (PCR) using oligonucleotide marked with fluorescent labels. The amplified fragments were analysed on the automatic DNA sequencer MegaBACETM 1000 (Amersham Biosciences), belonged to Centro de Estudos do Genoma Humano from Universidade de São Paulo. Allele sizes were organized in an input file that was submitted statistical analysis to verify the genetic variability of populations. The parameters used to estimate the genetic diversity intra and interpoulation were number of allele per locus, allele richness, observed and expected heterozygosities, Hardy Weinberg equilibrium, molecular variance analyses (AMOVA), fixation index, linkage disequilibrium and gene flow. Bayesian estimates were used to verify the populacional structure and a dendogram was calculated by the distances matrix based on chord distances values. The results showed no population structuring and intense gene flow. The most probable causes are the hight migratory capacityof this fish and the climatic and geographic characteristics of the Pantanal Matogrossense.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:23:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 3984574 bytes, checksum: 2df3a13ad3914f0ccfb6ebaee0951f3a (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:23:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Danielle de Jesus Gama Maia.pdf: 3984574 bytes, checksum: 2df3a13ad3914f0ccfb6ebaee0951f3a (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE / Cardisoma guanhumi é um caranguejo terrestre intensamente explorado como alimento e considerado um importante recurso econômico no Brasil. A espécie tem experimentado um acentuado declínio populacional, influenciado pela sobrepesca aliada à perda e/ou degradação do habitat natural. A definição de “stocks” ou unidades de manejo são essenciais para a conservação destes recursos. Objetivou-se investigar a variação genética e a conectividade de C. guanhumi a partir de 154 exemplares amostrados em cinco estuários com diferentes níveis de conservação. Nove primers ISSRs foram utilizados para acessar a constituição genética da espécie. A diversidade genética observada em C. guanhumi foi alta, corroborando a condição de resiliente designado para a espécie, e atestam para um bom estado de conservação deste recurso no litoral de Pernambuco. A hipótese de panmixia foi rejeitada em favor de uma distribuição heterogênea dos genótipos ao longo da região estudada (ФST=0,19) apesar do alto fluxo gênico observado. Tal diferenciação é atribuída a loci candidatos a estarem sob seleção positiva e distribuídos diferencialmente entre as regiões geográficas, evidenciando uma estruturação genética em fina escala geográfica, compatível com padrões de clina geográfica mediada por seleção. Análises de agrupamento e loci candidatos a estarem sob seleção positiva apontam que as populações de C. guanhumi do litoral Norte e Sul de Pernambuco comportam-se como diferentes Unidades de Manejo, e devem ser gerenciadas de forma independente, uma vez que, a sua pesca é totalmente dependente dos estoques naturais, que se exauridos, implicarão em graves impactos ecológicos e socioculturais.

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T11:25:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bertagna_Maina_M.pdf: 3610709 bytes, checksum: 15a2936742bc15364c08a56eed4dbbeb (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A fragmentação do habitat é o processo pelo qual uma área contínua pode ser tanto reduzida quanto dividida em áreas menores, chamadas de fragmentos. Conforme as paisagens florestais tornam-se fragmentadas, as populações são reduzidas, diminuindo a diversidade de espécies. A perda de espécies pode ser devido à redução da área, à perda de heterogeneidade ambiental e à perda de variabilidade genética. Em plantas, as conseqüências genéticas da fragmentação do habitat são mais complexas devido a características da história de vida de cada espécie. Em espécies arbóreas pioneiras, a extinção e a recolonização podem aumentar o fluxo gênico e reduzir a diferenciação entre as populações. Assim, estudos de genética de populações de ambientes fragmentados permitiriam entender quais são os mecanismos que envolvem desde a dinâmica destas populações nestes ambientes e o fluxo gênico entre elas. Através da eletroforese de isozimas, Croton floribundus (Euphorbiaceae) foi estudada em seis remanescentes de Mata Atlântica, pertencentes à Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídio, Campinas, SP. Os objetivos deste trabalho foram investigar e comparar a variabilidade genética entre e dentro de fragmentos, de adultos e jovens de C. floribundus, fazendo inferências sobre o fluxo gênico e sua importância em uma paisagem fragmentada. Amostras de adultos e jovens foram coletadas e analisadas através das estimativas de variabilidade genética intrapopulacional e dos níveis de estruturação populacional a partir das estatísticas-F de Wright (parâmetro q). Os altos índices de diversidade genética e pouca diferenciação genética entre as amostras estudadas indicam que C. floribundus consiguiu manter a variabilidade genética de suas populações em curto prazo, sob condições de paisagem antropizada. Foi observada uma alta variabilidade genética e um alto índice de endocruzamento que podem ser explicados pelas características da história de vida de C. floribundus. A fragmentação recente, o número limitado de gerações transcorridas após a fragmentação, a dominância na paisagem, a alta densidade de indivíduos e à ocorrência de fluxo gênico entre fragmentos mais próximos podem ter facilitado a manutenção da variabilidade genética e a baixa diferenciação entre as amostras de adultos e jovens de C. floribundus estudadas / Abstract: Habitat fragmentation is the process during which a large and continuous area is reduced or divided in small patches, called remnants. As forest landscapes are fragmented, their populations are reduced, so the species diversity. The loss of species may be due to the reduction of the area, of the environmental heterogeneity and of the genetic variability. In plants, the genetic consequences of habitat fragmentation are complex due to the particularities of the of each species¿ life history. In pioneer species, recurrent events of extinction and recolonization can promote gene flow and reduce the differentiation between populations. Thus, genetic studies of fragmented populations may help to understand the mechanisms involved in the dynamics of these populations as well as the levels of gene flow among them. Through electrophoretic procedures, Croton floribundus (Euphorbiaceae) was studied in six remnants of Atlantic Forest, belonging to the Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídio, Campinas, SP. The objectives of this study were to investigate and compare the genetic variability within and among samples of adults and juveniles of C. floribundus, making inferences about the levels of gene flow and its importance in a fragmented landscape. Samples were collected and analyzed through estimates of intrapopulacional genetic variability and levels of population estrutucture. The high populational genetic diversity and the low genetic differentiation between the studied samples indicate that populations of C. floribundus keep their genetic variability in a short term, under the conditions of a disturbed landscape. The high genetic variability and the high levels of inbreeding can be explained by the life history characteristics of C. floribundus. The recent fragmentation, with a limited number of generations, the abundance of this species in the landscape, the high density of individuals and the occurrence of gene flow between close remnants may mantain of the high genetic variability and the low differentiation among the studied samples of adults and juveniles of C. floribundus / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-03T18:04:36Z No. of bitstreams: 2 Tese Gondolo ppgba 2012.pdf: 13206403 bytes, checksum: 031790e8079da8f2469064fa538a3223 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-03T18:04:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Gondolo ppgba 2012.pdf: 13206403 bytes, checksum: 031790e8079da8f2469064fa538a3223 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / FACEPE / Os padrões de estruturação populacional podem ser entendidos pela dinâmica das populações, e tal entendimento passa pela distinção de unidades evolutivas e compreensão dos padrões de conectividade. A tainha (parati), Mugil curema, objeto do presente trabalho, apresentase como modelo para estudos de conectividade populacional, uma vez que existem evidências consolidadas acerca da existência de um potencial complexo de espécies ou de populações disjuntas. Revelar o patamar de variação genética-morfológica da espécie, bem como descobrir como e em que nível a variabilidade genética se apresenta ao longo da região é o objetivo central do presente estudo. A espécie foi estudada nos estuários dos rios Potengi/RN, Paraíba do Norte/PB, Canal de Santa Cruz/PE, Formoso/PE, São Francisco/AL e Ribeira de Iguape/SP. A variabilidade genética foi acessada por PCR, pelo uso de marcadores moleculares PCR-RFLP do gene Citocromo Oxidase Subunidade I e ISSRs, foram observadas as histórias genéticodemográfica da espécie na região, sendo desenvolvidas análises de agrupamento e mensurados parâmetros genético-populacionais. A diferenciação em tamanho e forma dos indivíduos foi realizada pela morfometria geométrica. Tanto os dados obtidos da região mitocondrial, assim como os colhidos da região nuclear do genoma da espécie evidenciaram alto grau de estruturação populacional. Em menor grau, mas também evidente, foi observada diferenciação morfológica entre os exemplares dos diferentes estuários. Pode-se concluir que as populações de Mugil curema encontram-se em processo de diversificação, sugerindo um possível complexo de espécies sob a denominação Mugil curema. Além disso, uma das populações deste complexo é genético-evolutivamente mais relacionada com Mugil hospes do que com duas outras populações da própria espécie. Perante os resultados obtidos, o manejo das populações de Mugil curema no litoral brasileiro deve ser abordado de forma muito cuidadosa e específica, uma vez que a diversificação populacional deste taxon é conspícua e de forma geral é notório que os seis estuários não podem ser regidos pelas mesmas ações e medidas para a conservação do estoque de tainhas.

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T13:24:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_ReneAlvarez_M.pdf: 1173301 bytes, checksum: 5aba68a3572ed5b79a802c158affd58a (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A estrutura genética de uma espécie é determinada pelo balanço entre deriva genética, fluxo gênico e seleção natural, que são processos fortemente influenciados pela demografia e distribuição espacial das populações. Utetheisa ornatrix é uma mariposa da família Arctiidae muito conhecida por seus mecanismos de defesa e sistema de acasalamento, mas a estrutura genética de suas populações é pouco estudada. Este trabalho investigou a estrutura genética de Utetheisa ornatrix de populações coletadas no Estado de São Paulo com base em três locos de DNA de microssatélite. Foram analisados os genótipos de 203 indivíduos de 10 populações. Os resultados encontrados mostram populações com grande deficiência de heterozigotos, baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas. Tais resultados indicam que mesmo sendo uma espécie cuja fêmea apresenta comportamento promíscuo, essa promiscuidade não reflete em diminuição da endogamia. Possivelmente a deficiência de heterozigotos se deve ao fato da fêmea não evitar acasalamento com machos aparentados, ser fecundada pelo esperma de poucos machos e haver forte seleção sexual na espécie, o que pode formar subgrupos dentro de uma população. A deficiência de heterozigotos também pode ser devido à dinâmica populacional da espécie: populações estão sujeitas à constantes diminuições de populações e fluxo gênico, o que pode resultar em populações formadas por subgrupos de indivíduos oriundos de diferentes manchas de plantas-hospedeiras, logo a freqüência de heterozigotos não corresponde as freqüências alélicas encontradas. A baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas indicam que U. ornatrix é uma espécie com alta capacidade de dispersão, o que é conflitante com a elevada endogamia encontrada. Os resultados revelam questões que podem ser respondidas em 2 trabalhos posteriores que estudem a dinâmica populacional e a variabilidade genética de cada população ao longo do tempo. Outra questão levantada é se a espécie hospedeira de Crotalaria em que o indivíduo nasce influencia na escolha de parceiros para acasalamento, visto que duas das três populações que mais contribuíram para o nível de estrutura genética encontrado estavam em locais onde haviam espécies diferentes de planta hospedeira. / Abstract: The genetic structure of a species is determined by the balance between genetic drift, gene flow and natural selection processes that are strongly influenced by demography and spatial distribution of population. Utetheisa ornatrix is a moth of the Arctiidae family well known for their defense mechanisms and mating system, but the genetic structure of their populations is little studied. This study investigated the genetic structure of Utetheisa ornatrix populations collected in the State of São Paulo, Brazil, based on three microsatellite loci. We analyzed the genotypes of 203 individuals from 10 populations. The results show populations with high inbreeding, low genetic structure and no correlation between geographic distance and genetic differences. These results indicate that even as a species whose female has promiscuous behavior, promiscuity does not reduce inbreeding. Possibly the heterozygote deficiency is due to the fact that females did not avoid mating with related males, are fertilized by sperm from few males, and sexual selection is very strong in this species, which can form subgroups within a population. The heterozygote deficiency may also be due to its population dynamics: populations are subject to constant reductions and gene flow, which can result in populations composed of subgroups of individuals from different patches of host plants, so the frequency of heterozygotes does not match the allele frequencies found. The low genetic structure and lack of correlation between geographic distance and genetic differences indicate that U. ornatrix is a species with high dispersal ability, which is conflicting with the high inbreeding found. The results show questions that can be answered in further studies to examine the population dynamics and genetic variability of each population over time. Another question is if the host species of Crotalaria in which the individual was born influences the choice of mating partners, because two of the three 4 populations that most contributed to the level of genetic structure were found in locals with presence of different species of host plant. / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientadores: Vera Nisaka Solferini, John Wakeley / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T07:06:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jesus_FlaviaFuchsde_D.pdf: 1710104 bytes, checksum: 93b6ea526e59cb2c39bdd80b1e9207ba (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A estrutura populacional é um dos principais fatores moldando os padrões de variabilidade genética no tempo e no espaço. Devido às flutuações climáticas que ocorreram durante o período Quaternário, muitas espécies podem ter sofrido redução e fragmentação populacional, ficando restritas a "refúgios" durante períodos glaciais e se expandindo novamente durante os interglaciais. Isto tem sido utilizado para explicar alguns padrões encontrados nas espécies atualmente. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento e estudo de modelos para auxiliar na compreensão das conseqüências genéticas de mudanças cíclicas na estruturação e tamanho populacionais, como as que teriam ocorrido ao longo das flutuações climáticas do Quaternário. A redução populacional é capaz de causar redução do tamanho efetivo populacional, do tempo médio de coalescência e da variabilidade genética, ao passo que um aumento na subdivisão populacional pode ter o efeito oposto. Para investigar estes efeitos opostos, foram estudados dois modelos, ambos com alternância de duas fases correspondendo aos períodos glaciais e interglaciais. Em ambos os modelos permitiram-se mudanças na estrutura populacional, além de mudanças no tamanho populacional, de uma maneira cíclica. No primeiro modelo, fases totalmente panmíticas alternaram-se com fases totalmente estruturadas. A partir deste modelo, obteve-se uma expressão para a esperança do tempo de coalescência de duas seqüências e, a partir desta, uma expressão para a esperança do número de sítios polimórficos. Tanto o aumento do número de demes quanto da duração das fases estrutura das causaram um aumento do tempo de coalescência e dos níveis de variabilidade genética. Os resultados obtidos foram comparados com os que seriam esperados para uma população panrnítica de tamanho constante. Verificou-se que a estruturação pode superar o efeito da redução populacional durante os períodos glaciais. Especificamente, o número médio de sítios polimórficos pode ser maior no modelo proposto, mesmo quando o támanho populacional é muito reduzido durante as fases estruturadas. No segundo modelo, permitiu-se subdivisão populacional de acordo com o modelo de finitas ilhas em ambas as fases, com migração. O tamanho populacional, a taxa de migração e o número de demes variaram entre as fases. Para este modelo, além de uma expressão para a o tempo médio de coalescência, obteve-se também uma expressão para a distribuição dos tempos de coalescência de duas seqüências. As distribuições observadas foram muito diferentes do que seria esperado para uma população panrnítica de tamanho constante. Um tamanho populacional reduzido durante os períodos glaciais causou descontinuidades e picos múltiplos na distribuição dos tempos de coalescência, bem como uma redução dos tempo médios. O aumento da estrutura populacional, através da redução da taxa de migração, aumentou os tempos médios e atenuou os picos da distribuição. O tempo médio de coalescência, em geral, também aumentou em decorrência de um maior número de demes durante os períodos glaciais. Os resultados encontrados ajudam na compreensão das conseqüências genéticas de ciclos glaciais e, em especial, da importância da estrutura populacional na manutenção da variabilidade genética. Além' disso, oferecem uma possível explicação para padrões genéticos observados em muitas espécies em que genealogias gênicas muito longas são econtradas, com o ancestral comum mais recente antecedendo em muito ao último período glacial / Abstract: Population structure is one of the major factors shaping the pattems of genetic variation across time and space. Due to the climatic fluctuations of the Qua terna ry, several species may have suffered population reduction and fragmentation, becoming restricted to refugia during glacial periods and expanding again during interglacials. This has been used to explain some patterns currently observed in several species. The present work consisted in the development and study of models to help understand the genetic consequences of cyclic changes in population structure and size, such as the ones that may have occurred throughout the climatic fluctuations of the Quatemary. Population reduction may cause reduction in population effective size, mean coalescence time and genetic variation; whereas an increase in population subdivision may have the opposite effect. In order to investigate these two opposite effects, two models were studied, both with two alternating phases, corresponding to the glacial and interglacial periods. Both models included changes in population structure, besides those in population size, in a cyclic manner. In the first model, completely panrnictic phases were alternated with completely structured ones. Based on this model, an expression was derived for the expectation of coalescence times of two sequences and, from this, an expression for the expectation of the number of segregating sites. Both an increase in the number of demes and in the duration of the structured phases caused an increase in coalescence times and levels of genetic variation. The results obtained were compared to what would be expected for a panrnictic population of constant size. It was verified that population structure may outhweigh the effect of population reduction during glacial periods. Specifically, the mean number of segregating sites can be greater in the proposed model, even when population size is quite reduced during the structured phases. In the second mode!, population subdivision was allowed in both phases' - according the finite island model with migration. Population size, migration rate and number of demes varied between phases. For this model, besides an expression for the mean coalescence time, an expression for the distribution of coalescence times was also obtained. The distributions observed were quite different from what would be expected for a panrnictic population of constant size. Population reduction during glacial periods caused discontinuities and multiple peaks in the distribution of coalescence times, as well as a reduction in the expected times. An increase in population structure, through reducing migration rates, increased the mean times and attenuated the peaks of the distribution. Mean coalescence times, in general, also increased with a greater number of demes during glacial periods. The results obtained help understand the genetic consequences of glacial cycles, and, especially, point to the importance of population structure for the maintenance of genetic varlation. Besides, they offer a potential explanation for the genetic pattems observed in several species, for which long gene genealogies are observed, with the most recent ancestor predating by far the last glacial period / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: João Aristeu da Rosa, Carlos Eduardo Almeida / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T07:28:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mendonca_VagnerJose_D.pdf: 2848231 bytes, checksum: 6e470eb55a7fddfe925c1a2be00db939 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Triatoma sherlocki, espécie primeiramente coletada por Cerqueira, 1975, tem distribuição registrada na região do município de Gentio do Ouro, Centro Norte do Estado da Bahia, Brasil. Populações intradomiciliares dessa espécie foram encontradas em um assentamento de garimpo em Gentio do Ouro, conhecido como Encantado. Em sua localidade tipo (Santo Inácio) invasões domiciliares são frequentes, mas não foi constatado qualquer indício de domiciliação, portanto informações sobre a sua biologia e aspectos epidemiológicos quanto à transmissão de Trypanosoma cruzi se fazem necessárias. O objetivo central deste trabalho foi verificar se o fator genético poderia estar envolvido no processo de domiciliação de T. sherlocki e se as populações provenientes de ambientes antropizados poderiam apresentar identidade genética. Coletas em ambientes estritamente silvestres e em áreas antropizados nas localidades Santo Inácio e Encantado foram efetuadas entre 2008 e 2009. A análise da variabilidade genética das populações coletadas de T. sherlocki foi verificada por meio de sequenciamento de um fragmento do gene mitocondrial Citocromo B e a estrutura genética foi avaliada utilizando Análise de Variância Molecular (AMOVA). Exemplares de T. sherlocki foram coletados em nove localidades, duas antrópicas, denominadas "Encantado 1" e "Santo Inácio 1", e as demais estritamente silvestres denominadas "Encantado 2", "Santo Inácio 2", "Gentio do Ouro 1", "Gentio do Ouro 2", "Gentio do Ouro 3", "Gentio do Ouro 4" e "Gentio do Ouro 5". Somente na localidade de "Encantado 1" existem registros de capturas de ninfas e adultos no intradomicílo. Em Santo Inácio 1, segundo a Secretaria de Saúde de Gentio do Ouro, casos de invasões esporádicas são frequentes apenas por exemplares adultos. Foram obtidas 292 sequências de 565 pares de bases do fragmento do gene mitocondrial Cit B e 63 haplótipos foram encontrados. Os valores de diversidade haplotípica variaram de 0.602 para a localidade "Gentio do Ouro 4" até 0.820 para a localidade "Gentio do Ouro 2". Os resultados obtidos por AMOVA demonstraram que o agrupamento de populações por distância geográfica variou mais entre os grupos (11.13%) do que entre populações dentro dos grupos (2.83%). As análises baseadas em agrupamentos ecológicos, isto é, silvestres versus antrópicos, variaram em 13.39% entre as populações dentro desses grupos, portanto, sem estruturação genética para esses agrupamentos. Esses resultados não suportam a hipótese de dispersão passiva para a formação de colônias intradomiciliares em Encantado 1 a partir de Santo Inácio 1 e sugerem que a colonização das habitações em Encantado 1 ocorre a partir de focos silvestres adjacentes. Como as populações de Encantado 1 e 2 apresentaram relativo grau de diferenciação genética quando comparadas às demais, a possibilidade do fator genético estar envolvido na colonização dos domicílios em Encantado deve ser considerada. As análises de populações de T. juazeirensis e de T. melanica, membros do complexo T. brasiliensis, foram conduzidas com a mesma abordagem utilizada para o estudo da estrutura genética de T. sherlocki. A variação entre as populações T. sherlocki e T. melanica são compatíveis com a diferenciação intraespecífica, ao passo que para T. juazeirensis encontrou-se alta diferenciação genética entre populações da Localidade Tipo (Juazeiro) em relação às populações da região Centro Norte do Estado da Bahia, indicando um possível processo de isolamento reprodutivo / Abstract: Triatoma sherlocki, a specie first collected by Cerqueira, 1975, it is registered in the municipality of Gentio do Ouro region North Central from Bahia State, Brazil. Household population of T. sherlocki were found in a small artisan quarry-mining community in the municipality of Gentio do Ouro, known as Encantado. From the type locality (Santo Inácio) home invasions are common, but did not report any evidence of domestication, therefore information about its biology and epidemiology aspects in relation to the transmission of Chagas disease are needed. The main objective of this study was to determine if the genetic factor might be involved in the process of domestication of this specie and if the populations from anthropized environments could present genetic identity. Collected from wild strictly and anthropized environmental in the localities Santo Inácio and Encantado were performed between 2008 and 2009. The analysis of genetic variability of populations collected was verified by sequencing of fragment of the mitochondrial gene Cytochrome B and the genetic structure was evaluated by using analysis molecular variance (AMOVA). Specimens of the T. sherlocki were collected in nine locations, two anthropogenics, denominated "Encantado 1" and "Santo Inácio 1", and the others wild strictly denominated "Encantado 2", "Santo Inácio 2", "Gentio do Ouro 1", "Gentio do Ouro 2", "Gentio do Ouro 3", "Gentio do Ouro 4" and "Gentio do Ouro 5". Only in the Encantado 1 locality were collected nymphs and adults in households. In Santo Inácio 1 according the Health Secretary from Gentio do Ouro, Bahia, sporadic invasions are frequent and only adults were collected in households. 292 sequences of 565 bases pairs of the fragment mitochondrial gene Cyt B were obtained and 63 haplotypes were founded. Haplotype diversity values ranged from 0.602 in the "Gentio do Ouro 4" locality to 0.820 in the "Gentio do Ouro 2" locality. The results of AMOVA showed that the population grouping based on geographical distance resulted in a greater variation between groups (11.13%) than among populations within groups (2.83%). When performed the analysis based on groupings ecologic, ie, localities wild strictly vs. anthropized localities, where specimens household are observed, there was no significance for the variation between groups, which showed 13.39% of variation among populations within groups. These results rule out the hypothesis of passive spread to formation of household colonies in Encantado 1 from Santo Inácio 1, suggesting that colonizations of houses in Encantado 1 occurs from adjacent foci wild. As the populations Encantado 1 and 2 presented relative degree of genetic differentiation when compared to other populations, the possibility that the genetic factor is involved in the colonization of houses in Encantado should be considered. Analysis of populations of T. juazeirensis and T. melanica, others members of the Triatoma brasiliensis complex that occur in the Bahia State, was also conducted with the same approach for the inferences about the genetic structure of T. sherlocki. The variation between T. sherlocki and T. melanica populations are consistent with intraspecific differentiation, whereas T. juazeirensis found a high genetic differentiation between populations from the Type Locality (Juazeiro) in relation to the populations of the North Central region of Bahia State, indicating a possible process of reproductive isolation / Doutorado / Parasitologia / Doutor em Parasitologia