Cette thèse examine l'évolution du concept d'esprit dans la lignée humaine, en comparaison du développement de ce concept chez l’enfant, afin de déterminer quand les êtres humains auraient commencé à penser aux autres et à eux-mêmes en tant qu’esprit dans un corps. Une revue de la littérature sur le concept au travers l’histoire a permis de le définir comme un outil cognitif désignant les agents intentionnels ayant une influence sur la matière. Compte tenu de cette définition, le concept d'esprit est donc un précurseur du sens de l’agentivité et de la faculté cognitive permettant d'attribuer l'esprit à autrui, également appelée Théorie de l'Esprit (TdE). Il est suggéré que l’agentivité et la TdE se développent en trois stades dans la lignée, de la même manière qu’on l’observe chez l’enfant : 1) la conscience de soi et des autres, 2) l’attention conjointe et 3) la présence d'émotions sociales complexes telles que la compassion. Une revue systématique a ensuite été réalisée dans le but de sélectionner, sans biais, des données archéologiques infirmant ou confirmant cette hypothèse. La revue est basée sur l’impact annuel moyen des textes (nombre de citations) et utilise des combinaisons de mots-clés en lien avec les manifestations probable du concept de l’esprit, de l’agentivité et de la TdE durant la préhistoire. Les résultats de l'analyse portent à croire que : 1) l’agentivité et la TdE1 (conscience de soi et des autres) existeraient au moins depuis Homo habilis, mais probablement depuis l’ancêtre commun à Pan et Homo; 2) la TdE2 (attention conjointe) serait présente au moins depuis Homo erectus/ergaster, mais probablement depuis l’ancêtre commun à Pan et Homo si nous supposons que les trois stades ont évolué de manière consécutive tel qu’observé chez l’enfant; et 3) la TdE3 serait présente au moins depuis Homo erectus/ergaster mais probablement depuis l’ancêtre commun de Pan et Homo. Finalement, on peut aussi conclure que : 4) le volume du néocortex semble avoir augmenté en parallèle à la maîtrise et au développement de l’agentivité et de la TdE, et ce depuis au moins le début de la lignée Homo. Le rôle de l’esprit dans la complexité sociale et les raisons de son émergence sont explorés en détails dans la conclusion. / This thesis examines the evolution of the concept of mind in the human lineage, in comparison with the development of this concept in children, to determine when humans would have started to think of others and of themselves as a spirit in a body. A review of the literature on the concept throughout history has made it possible to define it as a cognitive tool enabling intentional agents to have an influence on matter. Given this definition, the concept of mind is therefore a precursor to the sense of agency and the cognitive ability to attribute mind to others, also known as Theory of Mind (ToM). It is proposed that agency and ToM evolve in three stages along the Homo line, like what is seen in children: 1) awareness of self and others, 2) joint attention, and 3) the presence of complex social emotions such as compassion. A systematic review was then carried out with the aim of selecting, without bias, archaeological data invalidating or confirming this hypothesis. The review was based on the average annual impact of the articles (number of citations) and used combinations of keywords related to the likely manifestations of the concept of mind, agency, and ToM during prehistory. The results of the analysis suggest that: 1) Agency and ToM1 (awareness of self and others) existed at least since Homo habilis, but probably since the common ancestor to Pan and Homo; 2) ToM2 (joint attention) was present at least in Homo erectus/ergaster, but probably since the common ancestor between Pan and Homo, if we assume that the three stages evolved consecutively as observed in children; and 3) the ToM3 (compex social emotions) was present at least since Homo erectus/ergaster but probably already in the common ancestor of Pan and Homo. Finally, we can also suggest that: 4) the volume of the neocortex seems to have increased in parallel with the mastery and development of agency and ToE, and this being the case since at least the beginning of the Homo lineage. The role of the mind in social complexity and the reasons for its evolution are explored further in the conclusion.

La sous-famille des Dialioideae (Fabaceae/Leguminosae) regroupe 17 genres et 90 espèces réparties sur la majorité des continents. Bien que ce clade soit composé d’un nombre restreint d’espèces, une grande diversité de caractères morphologiques floraux est retrouvée au sein de ce groupe. Malgré les informations moléculaires et morphologiques apportées par plusieurs études, les relations évolutives entre les genres et les espèces demeurent peu résolues. En utilisant des données génomiques de 152 gènes nucléaires issues du séquençage ciblé, cette étude vise à établir une phylogénie bien supportée pour les Dialioideae. Nos résultats renforcent la position de plusieurs taxons, dont l’emplacement était mal défini dans les études précédentes, et fournissent de nouvelles perspectives sur l'histoire évolutive du clade. Nos analyses proposent que Koompassia forme un clade avec Apuleia, avec Distemonanthus comme groupefrère. Un placement pour le clade Martiodendron et Zenia est également suggéré, en tant que groupe-frère des Dialioideae excluant le groupement Baudouinia et Eligmocarpus ainsi que Poeppigia procera. De nouvelles relations au sein du clade qui regroupe Kalappia, Storckiella, Labichea et Petalostylis sont également présentées. De plus, cette étude propose une phylogénie basée sur des séquences du génome chloroplastique (matK-trnK, rps16 et trnL), présentant les relations évolutives entre les genres, mais également entre 38 espèces de Dialioideae. Étant donné le nombre réduit de gènes et de taxons utilisés dans les études actuelles, nous cherchions à obtenir une phylogénie présentant les relations évolutives à plusieurs niveaux taxonomiques. Nos résultats exposent des relations évolutives bien supportées et soulèvent le besoin d’échantillonnage des genres Dialium et Labichea. De plus, cette recherche fournit de nouvelles informations génomiques sur la conservation de copies paralogues de gènes fonctionnels associés à la morphologie florale et foliaire chez les végétaux (DICH, DIV, FLO/LFY-like, KNOX1, LEGCYC2, PALM1, PHAN, RAD, UFO). Nos résultats contribuent à la création de nouveau matériel pertinent pouvant être utilisé dans de futures études s’intéressant à la variabilité de caractères morphologiques existante entre les genres du clade. / Subfamily Dialioideae (Fabaceae/Leguminosae) comprises 17 genera and 90 species distributed over Central and South America, Africa, Asia and Oceania. Although this clade groups a small number of taxa, an important diversity of floral morphological characters is found within this group. Despite the molecular and morphological information provided by several studies, the evolutionary relationships amongst genera and species remain poorly resolved. Using genomic data from targeted sequencing of 152 nuclear genes, this study aims to establish a well-supported phylogeny for the Dialioideae. Our results strengthen the position of several taxa and provide new insights into the evolutionary history of the clade. Our analyses provide a resolution for Koompassia, whose position was not clearly defined in previous studies, suggesting it forms a clade with Apuleia, sister to which is the genus Distemonanthus. A placement for the Martiodendron and Zenia clade is also suggested, as a sister group to all Dialioideae except the Baudouinia and Eligmocarpus lineage, and Poeppigia procera, the sister group to all Dialioideae. New relationships within the clade including Kalappia, Storckiella, Labichea and Petalostylis are also presented. Furthermore, this study proposes a phylogeny based on chloroplast sequences (matK-trnK, rps16 and trnL), presenting the evolutionary relationships amongst genera, but also amongst 38 species of Dialioideae. Our results highlight well-supported evolutionary relationships and raise the need for increased sampling of the genera Dialium and Labichea. Furthermore, this research provides new genomic information on the conservation of paralogous copies of functional genes associated with floral and leaf morphology in plants (DICH, DIV, FLO/LFY-like, KNOX1, LEGCYC2, PALM1, PHAN, RAD, UFO). Our results contribute to the creation of new relevant material that can be used in future studies to investigate variability in morphology observed in Dialioideae.

La convergence, soit l'acquisition indépendante de phénotypes similaires, est un aspect intéressant de la diversité qui peut fournir des informations importantes sur la nature du changement évolutif. Dans les systèmes végétaux, les syndromes de pollinisation – combinaisons de traits floraux adaptés à leurs pollinisateurs – constituent de bons exemples de convergence se produisant sur les fleurs. Nous avons utilisé une approche globale incluant la morphologie cellulaire et la transcriptomique pour analyser la convergence de formes florales de deux syndromes de pollinisation trouvés dans les genres frères non Gesneria et Rhytidophyllum (Gesneriaceae), un groupe antillais qui contient environ 81 espèces avec différentes morphologies et stratégies de pollinisation variables dans leur degré de spécialisation écologique. Il a déjà été démontré que la forme des fleurs joue un rôle important dans l’évolution de ce groupe, qui présente de nombreuses transitions entre les stratégies de pollinisation. Nous avons testé la présence de convergence dans les forms de cellules de la corolle et dans l’expression des gènes de la corolle en utilisant (1) une analyse pour mesurer la forme des cellules de pétales matures à l’aide d’un modèle phylogénétique mixte et (2) une approche transcriptomique comparative combinant l'expression différentielle des gènes (DESEq2) et l'analyse de co-expression (WGCNA) de gènes exprimés dans certaines regions précises des pétales. Toutes les analyses ont pris en compte les relations phylogénétiques entre les espèces. Nous avons trouvé une anisotropie cellulaire convergente se produisant dans les régions distales des pétales au sein des espèces du même syndrome (forme). Nous avons également constaté une plus grande similarité dans les modèles d'expression génique entre les espèces d’un même syndrome qu'entre les espèces apparentées et avons produit une liste de 203 gènes potentiellement associés aux formes de fleurs convergentes. La convergence morphologique florale observée dans les syndromes de pollinisation des espèces étudiées se retrouve tant au niveau cellulaire qu'au niveau de l'expression. Les résultats présentés ici amplifient les informations de base sur la famille des Gesneriaceae pour les études futures sur la convergence et la forme florale dans le groupe. / Convergence, the independent acquisition of similar phenotypes, is an important aspect of diversity that can provide valuable insights about the nature of evolutionary change. In plants, pollination syndromes - combinations of floral traits adapted to their pollinators - make good examples of convergence occurring on flowers. We used a comprehensive approach that includes cell morphology and transcriptomics to analyze the floral shape convergence of two pollination syndromes found in the sister genera Gesneria and Rhytidophyllum (Gesneriaceae), an Antillean group that contains approximately 81 species with different morphologies and pollination strategies varying in their degree of ecological specialization. Flower shape has already been found to play an important role in the evolution of this group, which shows many transitions between pollination strategies. We tested convergence in the corolla cell shapes and in gene expression for the pollination syndromes using (1) cell measurement statistical analysis (Phylogenetic Mixed Model) of mature petals and (2) a comparative transcriptomic approach that combined differential gene expression (DESEq2) and co-expression analysis (WGCNA) in genes expressed in specific regions of the petals. All analyses took the phylogenetic relationships of the species into account. We found convergent cellular anisotropy occurring in the distal regions of the petals within species of the same syndrome (form). We also found greater similarity in gene expression patterns occurring among species of the same syndromes than between more closely related species and produced a list of 203 genes potentially associated with convergent flower forms. The floral morphological convergence observed in the pollination syndromes of the investigated species is paralleled both at the cellular and expression levels. The results shown here amplify the background information of the Gesneriaceae family for future studies of convergence and floral form in the group.