A comparação de genomas, genes ou até sequências de nucleotídeos não condificantes é uma importante tarefa na qual a bioinformática pode ser aplicada, uma vez que ela auxiliar em diversas atividades, por exemplo, análises filogenéticas. Análise filogenética, por sua vez, busca analisar a relação evolutiva de cada espécie, considerando suas características genéticas. Esses processos e as técnicas que os implementam se baseiam em sequências de nucleotídeos sequenciadas e armazenadas em bancos de dados de genomas públicos. Com análise filogenética também é possível identificar possíveis origens de um gene. Essa tarefa é de grande importância, pois auxilia na identificação da origem de genes patogênicos, podendo auxiliar no combate e prevenção do surgimento de doenças. Um problema potencial dessas sequências é a possibilidade de haver erros nas anotações (marcações de sequências como genes). Esses erros são pouco explorados por pesquisadores atualmente. Outro tema pouco explorado é a análise filogenética de genes exclusivos, que são genes que se manifestam em apenas uma espécie, considerando um grupo de espécies próximas. A identificação de genes exclusivos de alguma espécie pode servir para a correta identificação de, por exemplo, a espécie que causa uma doença, de forma a permitir o uso do tratamento mais específico e adequado. A importância da descoberta de filogenias de genes exclusivos e a dificuldade de garantir a consistência nas anotações genéticas motivaram este trabalho, que teve como objetivo implementar ferramentas para interpretar dados de comparação genética, identificando potenciais erros em anotação de genes exclusivos e criando estratégias para identificar a origem desses genes. As origens de genes exclusivos exploradas neste trabalho envolvem a possibilidade dos genes exclusivos terem derivado de outras famílias de genes do próprio organismo, ou, os genes exclusivos se diferenciaram muito dos genes ancestrais. Essas hipóteses, juntamente com a hipótese da existência de erros de anotação, foram exploradas em experimentos utilizando as ferramentas desenvolvidas. Os experimentos visaram a analisar a aplicabilidade da estratégia desenvolvida. Foram utilizados genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, que contém um grande grupo de bactérias que causam doenças em plantas. Os resultados obtidos demonstram que existe uma quantidade considerável de potenciais erros de anotação nos genomas considerados, provando a hipótese de que a inconsistência nas anotações genômicas possui grande influência para a dificuldade na identificação de filogenias (tanto de genes exclusivos como para não exclusivos). Os resultados também demonstraram que boa parte dos genes exclusivos possivelmente se originaram de outras famílias de genes do próprio genoma. Ou ainda, que esses genes sofreram modificações em relação aos genes ancestrais, mas ainda possuem certas semelhanças com sequências de nucleotídeos que não codificam genes em outras espécies mais distantes. Por fim, a estratégia desenvolvida se mostrou útil na análise filogenética das bactérias estudadas, sendo este um forte indício de que a mesma abordagem pode ser utilizada para problemas similares com outras espécies de seres vivos / Comparison of genomes, genes or even non-coding nucleotide sequences is an important task in which bioinformatics can be applied, since it allows the application of phylogenetic analyses. Phylogenetic analysis, in its turn, seeks to analyze the evolutionary relation of each species, considering its genetic characteristics. These processes and the techniques that implement them are based on nucleotide sequences sequenced and stores in databases of public genomes. With phylogenetic analysis it is also possible to identify possible origins of a gene. This task has a great importance, because it allows the identification of the origin of pathogenic genes, which may help to combat or prevent deseases. A potencial problem of these sequences is the possibility of having annotation errors (sequences marking as genes). These errors are little explored by researchers nowadays. Another unexplored topic is the phylogenetic analysis of exclusive genes, which are genes thaht manifest in only one species, considering a group of nearby species. The identification of exclusive genes of a species may serve to correctly identify, for example, a desease, in order to allow the use of a more especific and appropriate treatment. The importance of discovering phylogenies of exclusive genes and the difficulty of guaranteeing the consistency of genetic annotations motivated this work, whose objective was to implement tools to interpret data of genetic comparison, identifying annotation errors in exclusive genes and creating strategies to identify the origin of these genes.The origins of exclusive genes explored in this work involve the possibility of the exclusive genes have derived of other gene families of the organism itself, or, the exclusive genes differed a lot from the ancestral genes. Theses hypotheses, with the hypotesis of the existance of annotation errors, were explored in experiments using the developed tools. The experiments aimed to analyse the applicability of the developed strategy. Genomes of bacteria of the genus Xanthomonas were used, which contains a large group of bacteria that cause diseases in plants. The results show that there is a considerable amount of annotation errors on the genomes, proving the hypothesis that the inconsistency in genomic annotations has a great influence on the difficulty in identifying phylogenies (both exclusive and non-exclusive genes). The results also show that much of exclusive genes possibly originated from other gene families of the genome itself. Furthermore, these genes may have sufferedmodifications in relation to the ancestral genes, but still have certain similarities with nucleotide sequences that don\'t encode genes in other more distant species. Finally, the strategy developed proved useful on phylogenetic analysis of the studied bacteria, which is a strong indication that the same approach can be used for similar problems with other species of living beings

A comparação de genomas, genes ou até sequências de nucleotídeos não condificantes é uma importante tarefa na qual a bioinformática pode ser aplicada, uma vez que ela auxiliar em diversas atividades, por exemplo, análises filogenéticas. Análise filogenética, por sua vez, busca analisar a relação evolutiva de cada espécie, considerando suas características genéticas. Esses processos e as técnicas que os implementam se baseiam em sequências de nucleotídeos sequenciadas e armazenadas em bancos de dados de genomas públicos. Com análise filogenética também é possível identificar possíveis origens de um gene. Essa tarefa é de grande importância, pois auxilia na identificação da origem de genes patogênicos, podendo auxiliar no combate e prevenção do surgimento de doenças. Um problema potencial dessas sequências é a possibilidade de haver erros nas anotações (marcações de sequências como genes). Esses erros são pouco explorados por pesquisadores atualmente. Outro tema pouco explorado é a análise filogenética de genes exclusivos, que são genes que se manifestam em apenas uma espécie, considerando um grupo de espécies próximas. A identificação de genes exclusivos de alguma espécie pode servir para a correta identificação de, por exemplo, a espécie que causa uma doença, de forma a permitir o uso do tratamento mais específico e adequado. A importância da descoberta de filogenias de genes exclusivos e a dificuldade de garantir a consistência nas anotações genéticas motivaram este trabalho, que teve como objetivo implementar ferramentas para interpretar dados de comparação genética, identificando potenciais erros em anotação de genes exclusivos e criando estratégias para identificar a origem desses genes. As origens de genes exclusivos exploradas neste trabalho envolvem a possibilidade dos genes exclusivos terem derivado de outras famílias de genes do próprio organismo, ou, os genes exclusivos se diferenciaram muito dos genes ancestrais. Essas hipóteses, juntamente com a hipótese da existência de erros de anotação, foram exploradas em experimentos utilizando as ferramentas desenvolvidas. Os experimentos visaram a analisar a aplicabilidade da estratégia desenvolvida. Foram utilizados genomas de bactérias do gênero Xanthomonas, que contém um grande grupo de bactérias que causam doenças em plantas. Os resultados obtidos demonstram que existe uma quantidade considerável de potenciais erros de anotação nos genomas considerados, provando a hipótese de que a inconsistência nas anotações genômicas possui grande influência para a dificuldade na identificação de filogenias (tanto de genes exclusivos como para não exclusivos). Os resultados também demonstraram que boa parte dos genes exclusivos possivelmente se originaram de outras famílias de genes do próprio genoma. Ou ainda, que esses genes sofreram modificações em relação aos genes ancestrais, mas ainda possuem certas semelhanças com sequências de nucleotídeos que não codificam genes em outras espécies mais distantes. Por fim, a estratégia desenvolvida se mostrou útil na análise filogenética das bactérias estudadas, sendo este um forte indício de que a mesma abordagem pode ser utilizada para problemas similares com outras espécies de seres vivos / Comparison of genomes, genes or even non-coding nucleotide sequences is an important task in which bioinformatics can be applied, since it allows the application of phylogenetic analyses. Phylogenetic analysis, in its turn, seeks to analyze the evolutionary relation of each species, considering its genetic characteristics. These processes and the techniques that implement them are based on nucleotide sequences sequenced and stores in databases of public genomes. With phylogenetic analysis it is also possible to identify possible origins of a gene. This task has a great importance, because it allows the identification of the origin of pathogenic genes, which may help to combat or prevent deseases. A potencial problem of these sequences is the possibility of having annotation errors (sequences marking as genes). These errors are little explored by researchers nowadays. Another unexplored topic is the phylogenetic analysis of exclusive genes, which are genes thaht manifest in only one species, considering a group of nearby species. The identification of exclusive genes of a species may serve to correctly identify, for example, a desease, in order to allow the use of a more especific and appropriate treatment. The importance of discovering phylogenies of exclusive genes and the difficulty of guaranteeing the consistency of genetic annotations motivated this work, whose objective was to implement tools to interpret data of genetic comparison, identifying annotation errors in exclusive genes and creating strategies to identify the origin of these genes.The origins of exclusive genes explored in this work involve the possibility of the exclusive genes have derived of other gene families of the organism itself, or, the exclusive genes differed a lot from the ancestral genes. Theses hypotheses, with the hypotesis of the existance of annotation errors, were explored in experiments using the developed tools. The experiments aimed to analyse the applicability of the developed strategy. Genomes of bacteria of the genus Xanthomonas were used, which contains a large group of bacteria that cause diseases in plants. The results show that there is a considerable amount of annotation errors on the genomes, proving the hypothesis that the inconsistency in genomic annotations has a great influence on the difficulty in identifying phylogenies (both exclusive and non-exclusive genes). The results also show that much of exclusive genes possibly originated from other gene families of the genome itself. Furthermore, these genes may have sufferedmodifications in relation to the ancestral genes, but still have certain similarities with nucleotide sequences that don\'t encode genes in other more distant species. Finally, the strategy developed proved useful on phylogenetic analysis of the studied bacteria, which is a strong indication that the same approach can be used for similar problems with other species of living beings

Made available in DSpace on 2010-04-20T20:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 68070200631.pdf: 1777049 bytes, checksum: a2001ae04c3a4fc7b0214e96f2f177ab (MD5) Previous issue date: 2009-11-27T00:00:00Z / The main purpose of this paper is to study the hostile tender offer made by Sadia to takeover its main competitor Perdigão. This is a unique event in the Brazilian capital markets, once it has been made possible only due to the recent institutional e and legal reforms which created the 'Novo Mercado'. Agency Theory is the basic theoretical framework used to formulate hypothesis that would explain the refusal of the tender offer by Perdigão’s shareholders. Public information collected from the companies and in CVM are the only source of data used to analyze the adherence of the entrenchment' vs. convergence of interests' hypothesis as possible explanations to the refusal of the takeover attempt. / Este trabalho consiste em um estudo de caso de um evento único no mercado de capitais brasileiro, qual seja a oferta hostil pelo controle da Perdigão, lançada pela Sadia em julho de 2006. Recentes reformas legais e institucionais viabilizaram o surgimento de empresas com capital pulverizado, através do Novo Mercado, tornando possível o expediente da oferta hostil. Utilizando-se como base a Teoria de Agência formularam-se hipóteses que pudessem explicar a recusa à oferta por parte dos acionistas da Perdigão. Documentos públicos e trabalhos acadêmicos foram utilizados como fontes de dados para se elaborar um estudo de caso explicativo, definido como pesquisa documental e bibliográfica. As hipóteses de entrincheiramento e alinhamento de interesses são contrapostas como forma de análise das decisões tomadas pelos controladores da Perdigão. Ao longo do trabalho buscam-se evidências históricas e declarações públicas que possam fornecer respostas às questões de pesquisa propostas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / At present, exclusive horizontal condominiums (EHC's) are the subject of debate since they represent and signify the urban-regional space of contemporary cities. These type of gated condominiums are considered new forms of socio-spatial segregation. The Metropolitan Coast of Aracaju (MCA) is a complex geographic object, a hybrid character phenomenon due to the confluence between the living and the holiday, old and new, urban and rural, public and private. This thesis is based on the argument that these new urban habitats are an element that acts directly on the reconfiguration of the urban-regional space and represent one of the features of diffuse urbanization in recent decades. The following methodological procedures in the research were used: reading the literature related to the theme; collection and organization of secondary data: documentary research, mapping and statistics; EIA-RIMAs and Master Plans analysis, as well as visits to the property developers web sites in order to observe how they operate in the promotion of real estate products; observation and photographic record in loco; interviews to the shareholders; preparation of cartographic materials; analysis and interpretation of data. The qualitative approach was chosen to explain the reality based on the principle of movement and geographical totality, considering that the processes acquire meaning when they take form, the form-content. This thesis aimed to analyze the socio-spatial dynamics of MCA focusing on exclusive horizontal condominiums. He attempted to explain the origin, the meaning, the intentions and the socio-spatial consequences of this form of segregation and specific real estate product within the regional urban context. The government, the housing market and the investors represent the force that act more directly in the expansion and proliferation of homes for first or second residence in this type of habitat and nesting on the coast or in the MCA field. Two moments of EHC's phenomenon of the MCA were identified. First, in the 1990s, with the emergence and expansion of beach condos in the coastal sector of Aracaju Expansion Zone for the participation of local real estate capital. And later, in the early twenty-first century, and still in the process of expansion, the regional real estate market, national and international begins to operate in specific sectors of the metropolitan coast in beachy sector of Barra dos Coqueiros and in the countryside of São Cristóvão. These condominiums present forms and offer complex content of activities and services. The location of these developments close to major structural axes implemented by the government, as the bridge Construtor João Alves, BR 101 road, now doubled, and state highways SE 100 and SE 050, makes the phenomenon a vector in the (re)structuring of spaces scattered and disconnected from the urban center of the capital. Property developers, representatives of local capital, regional, national and international, play a crucial role in the sale and marketing of real estate product that becomes increasingly a dream of consumption and a symbol of self-realization of solvables of the population. From the view of residents, the living and spend the holidays in these closed residential spaces were clarified the changes in socio-spatial practices that have established in metropolitan coast, and further it helps to explain the self-segregation process. / Os condomínios horizontais exclusivos (CHE’s) são, na atualidade, motivo de discussão pelo que representam e significam no espaço urbano-regional das cidades contemporâneas. Recortados fisicamente no espaço, os condomínios são considerados como novas formas de segregação socioespacial. No Litoral Metropolitano de Aracaju (LMA), o caráter híbrido do fenômeno, pelo confluir do morar e do veranear, do velho e do novo, do urbano e do rural, do público e do privado, dá o tom da complexidade deste objeto geográfico. A presente tese baseia-se na discussão que esses novos habitats urbanos configuram-se como um elemento que atua diretamente na reconfiguração do espaço urbano-regional em questão e que se constitui como uma das feições da urbanização difusa que se desenha nas últimas décadas. No processo de investigação da pesquisa foram utilizados os seguintes procedimentos metodológicos: levantamento e leitura da produção bibliográfica referente ao tema proposto para pesquisa; coleta e organização dos dados secundários: pesquisa documental, cartográfica e estatística; análise de EIA – RIMAS e Planos Diretores, assim como visitas ao site de incorporadoras a fim de observar como estas atuam na promoção dos produtos imobiliários; observação e registro fotográfico in loco; realização de entrevistas aos condôminos; elaboração de material cartográfico; análise e interpretação dos dados. Partiu-se do princípio do movimento e da totalidade geográfica pela compreensão de que os processos adquirem significado quando tomam forma, a forma-conteúdo. A abordagem se fez de forma mais qualitativa com foco na explicação dos processos que caracterizam o fenômeno dos CHE’s. A presente tese teve por objetivo analisar a dinâmica socioespacial do LMA com enfoque nos condomínios horizontais exclusivos. Buscou-se explicar a gênese, o significado, as intencionalidades e os desdobramentos socioespaciais desta forma de segregação e produto imobiliário específico dentro do contexto urbano regional. O poder público, o mercado imobiliário e os condôminos representam a força que atua mais diretamente na expansão e proliferação de residências para primeira ou segunda residência dessa forma de habitat e assentamento no litoral ou no campo do LMA. Identificou-se dois momentos do fenômeno dos CHE’s no LMA. Primeiro, na década de 1990, com o surgimento e a expansão dos condomínios de praia no setor costeiro da Zona de Expansão de Aracaju pela participação do capital imobiliário local. E posteriormente, no início do século XXI, e ainda em processo de expansão, o mercado imobiliário regional, nacional e internacional passa a atuar em setores específicos do litoral metropolitano, no setor praiano da Barra dos Coqueiros e na zona rural do município de São Cristóvão com o lançamento de condomínios com formas e conteúdos mais complexos diante da gama de atividades e serviços que estes dispõem. A localização destes empreendimentos próximos a importantes eixos estruturantes implantados pelo poder público, como a ponte Construtor João Alves, a BR 101, agora duplicada, e as rodovias estaduais SE 100 e SE 050, faz do fenômeno um vetor na (re)estruturação dos espaços dispersos e desconectados do núcleo urbano da capital. Os promotores imobiliários, representantes do capital local, regional, nacional e internacional, desempenham papel crucial na venda e comercialização deste produto imobiliário que se torna cada vez mais um sonho de consumo e um símbolo da autorrealização das camadas solváveis da população. O olhar dos condôminos elucidou as mudanças nas práticas socioespaciais que o morar e o veranear nestes espaços residenciais fechados tem implantado no litoral metropolitano e ajuda a explicar a autossegregação que se processa.