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A estrutura do mycobacterium tuberculosis catalase-peroxidase e os mecanismos de ação da isoniazida : um estudo para novos ligantesBastos, Daniel January 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2006. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-11-03T10:43:25Z
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Previous issue date: 2006 / A tuberculose é um mal que aflige a humanidade há séculos, e durante certo tempo pareceu ser uma doença controlável. No entanto, nos últimos anos houve uma recrudescência assustadora da tuberculose, principalmente em países em desenvolvimento e que apresentam deficiências sanitárias. Para combatê-la são usados antimicrobianos efetivos contra seu causador, o Mycobacterium tuberculosis, tais como a isoniazida, o etambutol, a rifampicina e a pirazinamida. Este medicamento, um pró-fármaco, necessita ser oxidado para se transformar em recurso metabólico. Esta oxidação pode ser proveniente da ação de enzimas catalíticas como as Catalase-Peroxidases (CP's). Baseando-se na estrutura cristalina da proteína Mycobacterium Tuberculosis Catalase-Peroxidase, mtCP, elucidada por Bertrand et al.,(16) cálculos computacionais foram efetuados para se verificar as interações entre a isoniazida e um potencial sítio ativo da proteína, com o intuito de se obter resultados que contribuam para a compreensão do mecanismo de ação deste ligante com seu receptor. Os métodos matemáticos utilizados foram principalmente a mecânica molecular, a dinâmica molecular, o docking (ou acoplamento, ou ancoramento) rígido e o docking flexível. Estes cálculos estão inclusos no que se conhece genericamente por modelagem molecular. O acoplamento teórico da isoniazida pode fornecer indícios da posição que este composto assume na cavidade receptora da proteína. Quando flexível este tem a característica de indicar possíveis modelos quanto à orientação do ligante no sítio ativo. Este trabalho é facilitado pela existência da protoporfirina (grupo heme) na cavidade receptora do mtCP e a prévia determinação de sua posição por difração de raios-X. Há várias propostas quanto aos aminoácidos que compõem o sítio ativo do mtCP, mas, de fato, este ainda não está bem determinado. Pretendemos, através deste trabalho, propor um sítio ativo baseado nos resultados teóricos obtidos, e compará-los àqueles da literatura. As comparações entre os modelos teóricos por nós obtidos conduziram a duas posições preferenciais da isoniazida na cavidade receptora do mtCP e, portanto, a dois diferentes modos de interações com aminoácidos localizados em torno da cavidade receptora e com o cofator heme. Além disto, um terceiro modo de interação foi analisado, através da introdução de um segundo composto, o óxido nítrico (NO), para verificar novas propostas que foram recentemente publicadas, quanto à contribuição dada por peróxidos para a estabilização da isoniazida e subseqüente ativação da proteína. Os resultados iniciais obtidos parecem indicar que o óxido nítrico é um agente promissor e essencial à estabilização da isoniazida com o ferro da protoporfirina e os aminoácidos do sítio ativo. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The tuberculosis is one of the diseases afflicting the humanity during centuries. For certain moment it seemed to be controllable. However, during the last years it had a frightful of the tuberculosis, mainly in countries in development and presenting sanitary deficiencies. To fight it, effective antibiotics against its causer, the Mycobacterium tuberculosis, are being used, such as isoniazid, ethambutol, rifampicin and pyrazinamide. This compound, a pro-drug, needs to be oxidized to change itself into a metabolic resource. This oxidation can be proceeding from the catalytic enzyme action as the Catalase-Peroxidases (CP's). Based on the crystalline structure of the protein Mycobacterium Tuberculosis Catalase-Peroxidase, mtCP, elucidated by Bertrand et al.,(16) computational calculations had been carried out to verify the interactions between isoniazid and the active site of the protein, in the aim to get results contributing for the understanding of the mechanism of action of this ligand with its receptor. The used mathematical methods had been mainly the molecular mechanics, the molecular dynamics, the rigid docking and flexible docking. These calculations are among the ones generically known as molecular modeling. The theoretical coupling between isoniazid and the active site could give important indications about the amino acids composing the active site. Moreover, they could indicate how they are interacting together. When flexible, the docking has the characteristics to indicate all possible orientations that the ligand can assume to activate the enzyme. This work is facilitated by the existence of the protoporphyrin (heme group) in the reception pocket of mtCP and the previous determination of its position by X-Ray diffraction. It has some proposals about the amino acids composing the mtCP active site, but, in fact, this is still not well defined. We intend, through our theoretical results, to also propose an active site, and to compare them with those found in the scientific literature. Our models had lead to two preferential ways for those interactions. The first model is constituted by the isoniazid it self, analyzed in relation to the active pocket and the protoporphyrin cofator (heme). In the second model, another cofactor, a NO molecule, was added to this complex and it seems to be essential for the isoniazid stabilization with the iron of the protoporphyrin. The comparisons among the gotten theoretical models had lead to two preferential positions of the isoniazid in the receiving pocket of mtCP and, therefore, two different interaction ways of the amino acids located around the pocket and its heme cofactor. Moreover, one third way of interaction was analyzed, through the introduction of a compound, the nitric oxide, to verify new proposals that are been published, about the contribution given by peroxides to the isoniazid stabilization and the subsequent protein activation. The gotten initial results seem to indicate that the nitric oxide is a promising and essential agent to induce that stabilization.
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Utilização de um eletrodo poroso percolado pulsado para a recuperação de prata em banhos fotográficosSchweickardt, Andrei Rangel 28 August 2006 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2006. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-11-05T10:26:37Z
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2006_Andrei Rangel Schweickardt.pdf: 8417159 bytes, checksum: 13feac2ffa570a23725b2e5108ee2b52 (MD5) / Neste trabalho, a prata é recuperada de soluções de banhos fotográficos mediante a utilização de um reator eletroquímico munido de um eletrodo poroso percolado pulsado. Os parâmetros que influenciam o sistema eletroquímico são otimizados a fim de se obter o máximo rendimento possível na recuperação de prata. As características da solução apresentam uma condutividade iônica, k=5,012 + 0,008 W-1 m-1, viscosidade cinemática, μ=1,22x10-6 + 1,633x10-8 m2 s-1, a concentração de prata varia de 1000 a 1300 ppm. Os parâmetros hidrodinâmicos otimizados são: velocidade de percolação, V=1,31x10-3 m s-1; amplitude de pulsação, a=15x10-3m; a freqüência de pulsação, f=2 Hz e o Número de Reynolds correspondente, Re=5,8x105. A faixa de potencial ideal onde a reação desejada é específica de –900 a –600 mV/ECS, e o valor máximo do coeficiente médio de transferência de massa é km=2,75x10-6 m s-1. Efetuou-se também o estudo da transferência de cargas: distribuição do potencial ao longo do eletrodo poroso percolado pulsado. Nestas condições otimizadas, o rendimento do reator eletroquímico é 99,7% para 48 h de eletrólise, ocorrendo o depósito de 19,952 g de prata. Estimou-se o gasto de energia elétrica em R$ 283,6 para depositar 1 Kg de prata, sendo que o valor comercial deste metal, dependendo do grau de pureza, pode chegar a R$15.000,00. Assim, verificou-se que é técnica e economicamente viável recuperar prata de banhos fotográficos utilizando-se um reator eletroquímico munido de um eletrodo poroso percolado. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work, silver is recovered from photographic fixing baths using a electrochemical reactor with a percolating porous electrode pulsed. The solution were percolated through of the electrochemical reactor with a percolating porous electrode pulsed, the chemical characteristics of fixing solutions are: iônic conductivity, k=5,012 + 0,008 W-1 m-1, the kinematic viscosity, μ=1,22x10-6 + 1,633x10-8 m2 s-1 and the silver concentration of 1000-1300 ppm. The hydrodynamics characteristics are: flow velocity is 1,31x10-3 m s-1; the pulsation amplitudes, a, is 15x10-3 m and the pulsation frequêncy, f, is 2 Hz. For this hydrodynamics characteristics, the Reynolds Number is 5,8x105. Besides, were studied here the kinetics characteristics of silver reaction when the electrode voltage is maintained between –900 mV/ECS and -600 mV/ECS, it is possible to recover silver selectively from fixing solution, the mass transfer coefficients mean, km, is 2,75x10-6 m s-1 and the reactor yeld, Rr, is 99,7%. The profile of the distribution potencial throughout a percolating porous electrode is studied. Then for the studied sistem, the silver recovery from photographic fixing solution is optimized.
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Cálculo das constantes espectroscópicas dos sistemas diatômicos CH, CN e NH via ajuste de curvas de energia potencialMoura, Fabio Vieira 26 August 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2007. / Submitted by Priscilla Brito Oliveira (priscilla.b.oliveira@gmail.com) on 2009-12-11T13:27:57Z
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Previous issue date: 2007-08-26 / O objeto central desse trabalho é a obtenção das constantes espectroscópicas vibracionais dos sistemas diatômicos CH, CN e NH. Para tanto foi necessário resolver a equação de Schrödinger eletrônica para várias configurações nucleares, gerando assim as curvas de energia potencial (CEP) desses sistemas. Para resolver a equação eletrônica dos sistemas estudados foram utilizados vários níveis de cálculos e bases diferentes. Em seguida, estas CEPs foram ajustadas para forma analítica do tipo Rydberg generalizada e polinômios em coordenadas Bond Order, de graus 3, 4, 5 e 6. As constantes espectroscópicas obtidas para os sistemas em estudo, obtidas a partir das CEPs ajustadas, concordam muito bem com os resultados experimentais disponíveis da Literatura. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The main goal of this work was to determine the vibrational spectroscopic constants of the CH, CN and NH diatomic systems. It was necessary to evaluate the electronic SchrÄodinger equation to several nuclear con¯guration (potencial energy curves) of these systems. To solve this equation it was used several levels and basis set functions. Following, these potential energy curves were ¯tted considering the Bond Order and Rydberg analytic functions. The CH, CN and NH spectroscopic constants were obtained through these ¯tting and they are in good agreement with the data found in the literature.
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Cálculo mecânico quântico multidimensionalAbade, Maíra Coelho 13 April 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2007. / Submitted by Rosane Cossich Furtado (rosanecossich@gmail.com) on 2009-12-14T15:51:48Z
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Previous issue date: 2007-04-13 / Neste trabalho serão apresentadas metodologias numéricas para o estudo da dinâmica dos núcleos de uma molécula. Utilizando a aproximação adiabática de Born-Oppenheimer, é possível estudar, como uma boa aproximação, o movimento dos elétrons e dos núcleos de uma molécula, separadamente. Utilizando o método variacional, que funciona como uma ponte entre a mecânica ondulatória e a mecânica matricial, é possível tratar a equação de Schrödinger nuclear numericamente. As metodologias estudadas, que têm como objetivo tornar viável o cálculo de sistemas com muitas dimensões, foram testadas para potenciais unidimensionais e bidimensionais, largamente conhecidos na literatura. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work, will be presented numerical methods for the study of the nuclear dynamic of a molecule. Using the Born-Oppenheimer approximation is possible to study, as a good approach, the movement of electrons and the nuclei, separately. Using the variacional method, that provides a bridge frow wave mechanics to matrix mechanics, is possible to deal with the nuclear Schrodinger equation numerically. The methods and the performance of the programs are examined in one two-dimensional potentials, well Know in the literature.
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Obtenção de precusores sintéticos do acetato de (3E,8Z,11Z)-3,8,11-tetradecatrienila, componente principal do feromônio sexual da mariposa Scrobipalpuloides absoluta, praga da cultura de tomatesSilva, Carlos Roberto da 29 September 2006 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, 2006. / Submitted by Érika Rayanne Carvalho (carvalho.erika@ymail.com) on 2010-05-15T00:57:14Z
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Previous issue date: 2006-09-29 / Uma nova rota sintética para obtenção do acetato de (3E,8Z,11Z)-3,8,11- tetradecatrienila (2), componente principal do feromônio sexual da mariposa Scrobipalpuloides absoluta ou Tuta absoluta, uma praga nociva às culturas de tomates, foi estudada em nosso laboratório. Nesse estudo, foram obtidos precursores importantes do acetato 2. Essa praga, também conhecida como traça do tomateiro, ataca os brotos terminais, as flores, as folhas, o caule na inserção dos ramos e os frutos, tornando-os assim imprestáveis para a comercialização. A metodologia foi iniciada pela alquilação do di-hidro-resorcinol (54) com (Z)-1-cloro-2- penteno (55). O composto alquilado 56, clorado com cloreto de sulfurila, foi submetido à expansão de anel com metóxido de sódio para gerar quantitativamente o cloro-ceto-éster 58. A conversão das funções cloro–cetona do composto 58 na ligação tripla foi promovida pela tosil-hidrazina sob condições controladas. O grupo éster do produto 59 pode ser reduzido ao aldeído 60 com hidreto de lítio e alumínio em excesso de di-etilamina em THF para ser acoplado ao ilídeo 61. O éster insaturado 62 pode ter a ligação tripla hidrogenada parcialmente, em condições catalítica ou química, para formar o componente feromonal 2. Para se ter um melhor controle da pureza estereoquímica do produto almejado 2, foi importante a preparação de precursores sintéticos com estruturas mais rígidas. Com esses propósitos, a mesma sequência de reações descritas foi realizada usando como material de partida o alquilante 1-bromo-2-pentino (48). _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / A new synthetic route to obtain (3E,8Z,11Z)-3,8,11-tetradecatrienyl acetate (2), the main component of the sexual pheromone of the moth, Scrobipalpuloides absoluta or Tuta absoluta, a harmful pest from cultures of the tomatoes, was developed in our laboratory. This plague, also known as tomato trace, attacks the sprout, the flowers, the leaves, the joints of the branches of the stem and the fruits, thus turning them unavailable for commercialization. To have a better control of the stereochemical purity of the product (2), the preparation of a rigid synthetic precursor was important. The methodology was initiated by the alkylation of the dihydroresorcinol (54) with (Z)- 1-cloro-2-pentene (55). The product 56, chlorinated with sulfuryl chloride, was submitted to a ring expansion with sodium methoxide to generate quantitatively the product 58. The conversion of the chloro-ketone functions of the compound 58 in to the triple bond was promoted by tosylhidrazine under controlled conditions. The ester group of product 59 was reduced to the aldehyde 60 with lithium aluminum hydride and excess of diisopropylamine in THF, to give an intermediate for coupling with ilide 61. Insaturated ester 62 can have the triple bond partially hydrogenated under catalytic or chemical conditions, to form pheromonal component 2. The same sequence of desired reactions was also realized with the starting material, 1-bromine- 2-pentyne (48).
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Cálculo de taxas de reação dos sistemas colisionais reativos Na + HF --> Na + H e H+ + LiH --> H2+ + Li via teoria das estruturas de transiçãoCunha, Wiliam Ferreira da 26 February 2007 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Física, 2007. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-06-20T19:15:16Z
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2007_WilliamFerreira daCunha.pdf: 1032664 bytes, checksum: ce010e1dec7eeec43c33a4d1ac512332 (MD5) / O objeto central desse trabalho é a figura e manipulação da superfície de energia potencial (SEP) de dois diferentes sistemas reativos. Em particular nosso intuito é o de calcular taxas de reação utilizando para isso a teoria das estruturas de transição (TST). O trabalho está pois, dividido em duas frentes bem definidas. A primeira é o estudo da reação Na + HF NaF + H. A idéia nesse caso é um estudo comparativo de já conhecidas superfícies com uma nova superfície recém introduzida pelo grupo na literatura, gerada a partir de um algoritmo genético (AG). A segunda frente constitui-se no estudo da reação H+ + LiH H+2 + Li em seu primeiro estado eletrônico excitado, cuja superfície ainda não havia sido explorada até então no que concerne ao estudo da taxa de reação via TST. Para as duas frentes propomos a mesma abordagem, ainda que os intuitos sejam claramente tão diferentes quanto testar e introduzir novas SEPs. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The main object of this work is the picture and manipulation of potential energy surfaces (PES) for two di?erent colisional reactive systems. Our purpose is to calculate rate constants using the Transition State Theory (TST). The work is divide in two di?erent well defined ’fronts’. The first one is dedicated to the study of the reaction Na+HF ? NaF +H. In this case the idea is a comparative study between a new PES based in a genetic algorithm (GA) introduced by this research group with well known PES in the literature. The second front is relative to the + + H +LiH ? H +Li system in the first excited state system, which hadn’t been 2 studied concerning to rate constant studies through TST. For the both fronts we proposed the same procedure, despite the objetives are so clearly di?erent as to test and introduce new PES.
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Acessibilidade : os desafios ergonômicos à aplicação das normas de proteção do trabalho de pessoas portadoras de deficiência - PPD´sNormann, Atenante Ferreira Meyer January 2004 (has links)
Esta dissertação aborda a questão da dificuldade de emprego das pessoas portadoras de deficiências, as PPD´s, partindo de um estudo da realidade na cidade de Gravataí/RS, onde se detectou que o desemprego da PPD era muitas vezes maior que da sociedade em geral. Faz uma retrospectiva histórica da PPD na sociedade e apresenta um estudo sobre os dispositivos legais voltados à proteção das pessoas portadoras de deficiências físicas, sensoriais, mentais e múltiplas. A compreensão do panorama nacional e internacional da PPD, bem como dos fatores que geram tais deficiências, são trazidos nesta dissertação como elementos motivadores do compromisso social para com essas comunidades. O estudo parte da avaliação da influência de cinco possíveis fatores de desemprego da PPD, por diferentes grupos sociais. Por fim, são apresentadas duas propostas alternativas à legislação vigente.
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Efeitos do exercício físico no sistema hemostáticoRibeiro, Jerri Luiz January 2007 (has links)
O presente documento configura-se na tese de doutorado do aluno Jerri Luiz Ribeiro que foi orientada pelo Prof. Dr. Álvaro Reischak de Oliveira do Programa de Pós Graduação em Ciências do Movimento Humano na Escola de Educação Física da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. A tese está baseada nos trabalhos abaixo que estarão referidos no texto como estudos 1-4. Os estudos de números 2 e 3 foram desenvolvidos na Faculdade de Desporto da Universidade do Porto em Portugal contando com a co-orientação do Prof. Dr. José Alberto Duarte dentro do Convênio de Cooperação entre a Universidade do Porto, a Universidade de São Paulo e Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Estudos: 1. Ribeiro J., Oliveira A.R. Efeitos do exercício e do treinamento físico na hemostasia. Rev Bras Hematol Hemoter. 2005;27(3):213-220. (Estudo 1) 2. Ribeiro J., Almeida-Dias A., Ascensão A., Magalhães J., Oliveira A.R., Carlson J., Mota J., Appell H-J., Duarte J.A. Hemostatic response to acute physical exercise in healthy adolescents. J Sci Med Sport. 2006; Jul 14 (Estudo 2) 3. Ribeiro J., Almeida-Dias A., Oliveira A.R., Carlson J., Mota J., Appell H-J., Duarte J.A. Exhaustive exercise with high eccentric components induces prothrombotic and hypofibrinolytic responses in boys. Int J Sports Med. 2006;27:1-4. (Estudo 3) 4. Ribeiro J., Salton G.D., Bandinelli E., Oliveira A.R., Roisenberg I. The effect of ABO blood group on von Willebrand response to exercise. Clinical and Applied Thrombosis/Hemostasis (no prelo). (Estudo 4)
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"Falando em sedentarismo..." : um estudo a partir das narrativas de praticantes de caminhadas orientadas em Porto AlegreTeixeira, Ivana dos Santos January 2009 (has links)
Esta dissertação trata de analisar o que um grupo de praticantes de caminhadas diz a respeito do sedentarismo e de que modo o que esse grupo diz se articula (corresponde ou destoa) com o discurso contemporâneo da vida ativa. Ancorada na perspectiva teórica dos estudos de cunho pós-estruturalistas (FRAGA, 2006; SILVEIRA, 2002; 2005; ARFUCH, 1995; 2002; CASTIEL, 2003; 2007; LOVISOLO, 2000; SILVA, 2001; LUPTON, 2000), procurei analisar e refletir sobre esta temática me valendo da análise de narrativas como principal ferramenta metodológica. A investigação foi delineada a partir de observações das atividades promovidas pelo programa Lazer e Saúde no Parque Humaitá, em Porto Alegre, das investigações anteriores desenvolvidas pelo Núcleo UFRGS da Rede Cedes, no mesmo local, das entrevistas com os sujeitos caminhantes ligados ao programa e da revisão de literatura sobre o tema sedentarismo. O texto está estruturado basicamente em cinco capítulos. As condições que me levaram ao tema e à escolha do lócus investigativo da pesquisa, assim como os consequentes ajustes de foco da dissertação, são descritos no capítulo chamado Percursos Investigativos. No capítulo seguinte, apresento as entrevistas e narrativas das pessoas que praticam caminhadas orientadas no Parque, as quais foram obtidas a partir de entrevistas gravadas e, posteriormente, transcritas. No Marco Teórico Conceitual, a fim de conhecer o que “se diz” sobre o sedentarismo em artigos científicos, apresento uma pesquisa sistemática de literatura na base de dados eletrônica BIREME, que foram entrecruzados com as falas dos entrevistados no processo de análise. Por meio das narrativas foi possível analisar que um sentimento de insegurança e responsabilização individual permeia a relação dos sujeitos entrevistados com o sedentarismo, bem como se percebe uma sensação de estar em “falta com o discurso da vida ativa” (FRAGA, 2006) quando deixam de praticar exercícios. A partir das análises realizadas é possível dizer que a forma como estes sujeitos caminhantes narram o sedentarismo em grande parte corresponde ao que vem sendo disseminado pelo discurso da vida ativa. Um estilo de vida sedentário é tido como um encurtamento da vida (associado à preguiça, à ignorância, ao desinteresse por uma vida mais saudável) e, por contraste, um estilo de vida ativo representa a garantia de boa saúde, longevidade e prevenção a diversas doenças.
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A influência do gramado molhado sobre o desempenho em um teste progressivo para jogadores de futebolMoreira, Geraldo Magela Delamore January 2001 (has links)
A performance esportiva de jogadores de futebol pode ser afetada por diversos fatores como a qualidade técnica individual, o nível de condicionamento físico, a motivação, o treinamento, o adversário, o clima e as condições da superfície de jogo. Neste estudo, 20 jogadores da categoria sub-20 (idade média 18,6 anos ± 0,94) foram submetidos a um teste progressivo para investigar a influência da umidade do gramado sobre alguns aspectos do rendimento físico. Os resultados mostraram uma diminuição na duração do teste sobre o gramado molhado, comparado ao resultado do teste sobre o gramado seco. Os parâmetros das freqüências cardíacas e as concentrações finais de lactato sangüíneo foram semelhantes nas situações de gramado seco e de gramado molhado. Entretanto, a percepção subjetiva ao esforço apresentou resultados mais acentuados a partir da segunda metade do teste progressivo sobre o gramado molhado. A umidade do gramado pareceu ter modificado a eficiência mecânica da corrida o que pode ter acelerado a instalação do processo de fadiga nos jogadores investigados.
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