Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 451414.pdf: 10722032 bytes, checksum: b8263340ed1091c069ea4b99a9f81848 (MD5) Previous issue date: 2013-09-09 / Conepatus (Mammalia: Carnivora) comprises one of the least known groups of Neotropical mammals. Despite its broad distribution, ranging from southern North America to southernmost South America, few studies have been conducted on this genus. The lack of knowledge regarding the ecology, morphology and distribution of different populations hampers comparative studies, resulting in much of the group's diversity remaining unknown. The most basic problem, however, seems to be the lack of studies regarding the evolutionary history and phylogenetic relationships among its populations, which are the main grounds for modern taxonomic classifications. A solid taxonomic arrangement is critical, since it is the principie that guides the description of ali other aspects of a given population. Finaily, understanding the evolutionary history of a taxon is important not only due to taxonomic concerns, but also because it is the cumulative knowledge on the diversification of different groups that allows the description of major biogeographic patterns. Attempting to shed light on several of these aspects, this study investigated phyiogenetic patterns, evolutionary history, population structure, morphological variation and general distribution of Conepatus, which altogether led to a taxonomic revision. To accomplish this, molecular analyses were performed, based on 1,902 base pairs of the mitochondrial DNA and eight microsatellite loci. We also conducted two types of morphological surveys. The first one was based on a panel of 29 craniodental measurements, while the second one investigated the differentiation of external body features among previousiy identified populations. Finally, we performed an extensive search for geographic records in original publications and scientific collection databases. Overall, the results indicated that Conepatus is a highly structured genus, encompassing at least 10 distinct geographic groups. In addition, at least some of these groups presented a noticeabie levei of morphological differentiation in terms of general body aspects, which reinforces the identified population structure. With respect to distributional aspects, Conepatus seems to inhabit almost exclusively open habitats and dry forests, rarely being found in moist dense forests. Some distributional discontinuities could be identified, which may be directly linked to the complete or partial isolation between groups. The evolution of the genus is complex, and appears to be linked to broad biogeographic patterns. The coalescence of Central and South American groups was estimated in ca. 3.2 million years ago (MYA), supporting the hypothesis that this genus colonized South America right after the complete closure of the Panama Isthmus, ca. 2.8 MYA, during the Great American Biotic Interchange. The coalescence of the South American populations, however, is far more recent (ca. 0.85 MYA), suggesting a complex evolutionary history, possibiy linked to the peculiar vegetation dynamics that took place in South America during the cycles of Pleistocene ice ages. Finally, a new taxonomic arrangement is proposed, suggesting that ali 10 identified groups could be elevated to the rank of species, due to the observed pattern of differentiation among these lineages. / Conepatus (Mammalia: Carn?vora) compreende um dos grupos de mam?feros neotropicais menos conhecidos. Apesar de apresentar uma extensa ?rea de distribui??o, indo sul da Am?rica do Norte ao extremo sul da Am?rica do Sul, poucos estudos foram conduzidos at? o momento sobre o g?nero. A falta de conhecimento envolvendo ecologia, morfologia e distribui??o das diferentes popula??es dificulta estudos comparativos, fazendo com que grande parte da diversidade do grupo permane?a desconhecida. O problema mais b?sico, contudo, parece ser a falta de estudos envolvendo sua hist?ria evolutiva e rela??es filogen?ticas, disciplinas balizadoras da taxonomia moderna. Uma classifica??o taxon?mica s?lida ? primordial para o estudo de qualquer grupo, j? que ? o princ?pio que norteia a descri??o dos demais aspectos de uma determinada popula??o. Al?m das contribui??es taxon?micas, conhecer a hist?ria evolutiva de um t?xon ? importante tamb?m por que ? a partir do entendimento cumulativo da estrutura da diversidade de v?rios grupos que se pode entender grandes padr?es hist?ricos. Assim, para contribuir com o conhecimento relativo a essas quest?es fundamentais, este estudo procurou revisar v?rios aspectos deste g?nero. Entre eles est?o padr?es filogen?ticos, evolutivos, morfol?gicos, de distribui??o e de estrutura populacional, culminando assim em uma revis?o taxon?mica. Para tanto, foram realizadas an?lises moleculares baseadas em 1.902 pares de base pertencentes a tr?s fragmentos do DNA mitocondrial, al?m de oito tocos de microssat?lites nucleares. Tamb?m foram conduzidos dois tipos de an?lise morfol?gica. A primeira baseou-se em um painel de 29 medidas de cr?nio e dentes para identificar padr?es de estrutura populacional, enquanto a segunda procurou por diferen?as no padr?o corporal geral entre algumas das popula??es identificadas. Finalmente, realizou-se uma extensa busca por registros de ocorr?ncia geogr?fica do g?nero em publica??es originais e bases de dados de cole??es cient?ficas. Os resultados obtidos indicam que Conepatus ? um g?nero bastante estruturado geograficamente, apresentando, no m?nimo, 10 grupos distintos. Tamb?m ? poss?vel afirmar que ao menos alguns dos grupos identificados apresentam um n?vel percept?vel de diferencia??o morfol?gica em termos de aspectos corporais gerais, o que refor?a a id?ia de estrutura??o neste grupo. A respeito dos padr?es de distribui??o, fica claro que o g?nero habita quase que exclusivamente ?reas de campo e florestas secas, sendo raramente encontrado em florestas densas. Algumas descontinuidades de distribui??o podem ser percebidas, podendo estar diretamente ligadas ao isolamento total ou parcial dos grupos. A hist?ria evolutiva do g?nero ? complexa, e parece estar ligada a padr?es biogeogr?ficos amplos. A coalesc?ncia dos grupos da Am?rica do Sul e Central ? de cerca de 3,2 milh?es de anos atr?s (MAA), apoiando a hip?tese de que o g?nero invadiu o continente sul-americano logo ap?s o fechamento do Istmo do Panam?, h? 2.8 MAA. A coalesc?ncia das amostras sul-americanas, contudo, ? bem mais recente (cerca de 0.85 MAA), sugerindo uma evolu??o complexa, possivelmente ligada ? din?mica vegetacional intrincada da Am?rica do Sul ao longo das eras glaciais do Pleistoceno. Finalmente, a revis?o taxon?mica proposta sugere que os 10 grupos identificados sejam elevados ? categoria de esp?cie, devido ao padr?o observado de diferencia??o entre estas linhagens.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 460186.pdf: 4588179 bytes, checksum: 4532da491a69ae539a460cd8e0108839 (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / The genus Rineloricaria Bleeker (1862) currently comprises 65 valid species that are distributed from Panama in Central America to northern Argentina. Three Rineloricaria species are currently recorded from Peru: Rineloricaria lanceolata, with type locality in the district of "Xeberos" in the department of Loreto, R. morrowi and R. wolfei both species with type locality in the r?o Ucayali basin in the district Contamana. Peruvian Rineloricaria species are reviewed based on external morphology, osteological features and color pattern. Six species are recognized. The three species were validated and Rineloricaria morrowi and R. wolfei were redescribed. Rineloricaria lanceolata is differentiated by having irregular dark blotches on on all fins and two parallel bands on dorsum of head, by having a higher number of post-rostral plates and the anterior ventral margin of pectoral girdle straight; its distribution mainly comprises r?o Madre de Dios, r?o Amazonas and r?o Ucayali basins and their tributaries. Rineloricaria morrowi is distinguished by having five longitudinal lateral plate series, a dark line along both sides on ventral area of caudal peduncle, a dark spot at anal-fin unbranched ray base and a dark band at the distal region of the caudal; its distribution is restricted to the r?o Amazonas basin and tributaries. Rineloricaria wolfei, has four longitudinal lateral plate series, triangular head profile and wide dark brown stripe covering the first half of the caudal fin, fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate wider with globular shape (vs. fifth ceratobranchial pharyngeal tooth plate narrow with triangular shape), a set of plates between insertions of pelvic fins anterior to the posterior complex irregularly arranged in more than one row (vs. arranged in one row). Additionally, three new species were described: Rineloricaria sp. "Loreto ", distinguished by a strongly convex snout profile with naked snout tip area reduced to a narrow line and type locality at r?o Morona basin in Loreto State. Rineloricaria sp. "Madre de Dios" is differentiated from all congeners except from R. fallax by having a conspicuous dar brown spot on nuchal plate (vs. nuchal plate without dark brown spot); it differs from R. fallax by having four longitudinal lateral plate series (vs. five longitudinal lateral plate series), having type locality in the quebrada Wiratkentsa in Loreto State. Rineloricaria sp. "Pasco" is distinguished by having the naked area of snout tip as a globular protuberance and a narrow body, with type locality in Puerto Bermudez at Pasco State. Illustrations of species and osteological characters are presented. The diagnostic characters of the genus are discussed, as well as geographical distribution of Rineloricaria species occurring in Peru and its relationship with highly diverse areas in the Neotropics. / O g?nero Rineloricaria Bleeker (1862) atualmente inclui 65 esp?cies v?lidas distribu?das desde o Panam? na Am?rica Central at? o norte da Argentina. O Peru atualmente registra tr?s esp?cies deste g?nero: Rineloricaria lanceolata, com localidade tipo no distrito de Xeberos no departamento de Loreto, R. morrowi e R. wolfei ambas com localidade tipo na bacia do r?o Ucayali no distrito de Contamana. As esp?cies de Rineloricaria que ocorrem no Peru foram revisadas com base em caracter?sticas morfol?gicas externasassim como tamb?m osteol?gicas e o padr?o de colorido, sendo reconhecidas seis esp?cies. As tr?s esp?cies registradas foram validadas e Rineloricaria morrowi e R. wolfei foram redescritas. Rineloricaria lanceolata ? diferenciada por possuir manchas escuras irregulares em todas as nadadeiras e duas faixas paralelas na regi?o dorsal da cabe?a, um maior numero de placas p?s-rostrais e pela margem anterior do cleitro reta; sua distribui??o compreende principalmente as bacias do r?o Madre de Dios, r?o Amazonas e r?o Ucayali e seus tribut?rios. Rineloricaria morrowi se diferencia de seus cong?neres por ter cinco series longitudinais de placas laterais e colora??o ventral lateral do ped?nculo caudal, uma mancha escura na base do raio indiviso da nadadeira anal e uma banda escura na regi?o distal da nadadeira caudal; sua distribui??o est? restrita a bacia do r?o Amazonas e tribut?rios. Rineloricaria wolfei, possui quatro series longitudinais de placas laterais, perfil triangular da cabe?a e uma barra marrom escura que cobre a primeira metade da nadadeira caudal, placas que se contatam com a margem anterior do complexo posterior de placas abdominais, entre a inser??o das nadadeiras p?lvicas, dispostas irregularmente ocupando mais de uma fileira (vs. placas organizadas em uma ?nica fileira entre a inser??o das nadadeiras p?lvicas) e por possuir a placa dent?gera ventral do quinto ceratobranquial expandida e com forma globular (vs. placa dent?gera ventral do quinto ceratobranquial estreita e triangular). Adicionalmente foram descritas tr?s novas esp?cies: Rineloricaria sp. Loreto, diferenciada pelo focinho fortemente convexo com regi?o nua reduzida a uma linha e com localidade tipo na bacia do r?o Morona no departamento de Loreto; Rineloricaria sp. Madre de Dios diferenciada de todos os seus cong?neres exeto de R. fallax por possuir uma mancha marrom escura na placa nucal (vs. aus?ncia de mancha na placa nucal) e com localidade tipo na quebrada Wiratkentsa no r?o Mara??n no departamento de Loreto; e Rineloricaria sp. Pasco diferenciada por possuir a ponta do focinho com regi?o nua em forma de protuber?ncia globular e corpo estreito, com localidade tipo na quebrada Ataz em Puerto Bermudez no departamento de Pasco. Ilustra??es de todas as esp?cies e caracteres osteol?gicos analisados s?o apresentadas. Os caracteres diagn?sticos do g?nero s?o discutidos, como tamb?m a distribui??o das esp?cies de Rineloricaria que ocorrem no Peru e sua rela??o com ?reas de grande diversidade Neotropical.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-05-25T12:04:26Z No. of bitstreams: 1 TES_MAURICIO_RIVERA_CORREA_COMPLETO.pdf: 14714374 bytes, checksum: 1b12b0d41d76ab26f7ac240e8865add4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T12:04:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TES_MAURICIO_RIVERA_CORREA_COMPLETO.pdf: 14714374 bytes, checksum: 1b12b0d41d76ab26f7ac240e8865add4 (MD5) Previous issue date: 2016-03-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Understanding the evolutionary relationships has increased significantly in recent years for different groups of neotropical amphibians, mainly based on well-supported phylogenetic hypotheses with molecular and morphological evidence. Recently, new taxonomic classifications, patterns and processes of speciation, reinterpretation of the evolution of phenotypic traits and evidence of various taxa traditionally regarded as a single species, were inferred by phylogenetic advances. However, only recently the Andean frogs associated with streams have been recognized as a monophyletic unit and grouped in the genus Hyloscirtus. Although there some previous studies on the systematics of Hyloscirtus, the phylogenetic relationships among many of its species still remain unresolved. Therefore here I present five chapters that provide the most important and systematic revision and comprehensive phylogenetic analysis for 29 of the 34 species using a maximum of 6,859 base pairs for four mitochondrial genes and seven nuclear genes from 157 specimens, considering the entire geographical distribution of the genus in the Neotropical Andes and Central America. Using maximum parsimony criterion and implementation of reconstruction of dynamic homology, phylogenetic analysis corroborate the monophyly of Hyloscirtus and recovered as closely related to Aplastodiscus, Bokermannohyla and Hypsiboas. The evolution of some phenotypic characters by in the context of the most parsimonious topology obtained here, show that the evolutionary history is more complex than previously suspected. From revision of 1420 specimens of 136 localities, the results suggest a diversity of species previously unknown to Hyloscirtus of which at least 15 lines are candidates for new species, and nine are formally defined and described from morphology, bioacoustics and molecular evidence. Additionally a new taxonomic rearrangement of the genus is proposed to include a definition of four species groups. The phylogenetic relationships inferred and knowledge generated here for Hyloscirtus open a window for understanding the evolutionary history and diversity of Neotropical tree frog. / A compreens?o das rela??es evolutivas tem aumentado significativamente nos ?ltimos anos para diferentes grupos de anf?bios neotropicais, principalmente baseada em hip?teses filogen?ticas bem suportadas com evid?ncia molecular e morfol?gica. Recentemente, novas classifica??es taxon?micas, padr?es e processos de especia??o, reinterpreta??o da evolu??o de caracteres fenot?picos e evid?ncia da exist?ncia de v?rios t?xons tradicionalmente consideradas como uma ?nica esp?cie foram inferidos pelos avances filogen?ticos. No entanto, s? recentemente as r?s andinas associadas a riachos foram reconhecidas como uma unidade monofil?tica e agrupadas no g?nero Hyloscirtus. Apesar de estudos anteriores sobre a sistem?tica de Hyloscirtus, a rela??es filogen?ticas entre muitas de suas esp?cies ainda permanecem n?o resolvidas. Por isso aqui eu apresento cinco cap?tulos que fornecem a revis?o mais importante na sistem?tica e um an?lise filogen?tica abrangente para 29 das 34 esp?cies usando um m?ximo de 6.859 pares de bases para quatro genes mitocondriais e sete genes nucleares provenientes de 157 esp?cimes, considerando toda a distribui??o geogr?fica do g?nero nos Andes neotropicais e Am?rica central. Usando crit?rio da m?xima parcim?nia e implementa??o de reconstru??o de homologia din?mica, an?lise filogen?tica corroboram a monofilia de Hyloscirtus e recuperado como intimamente relacionado com Aplastodiscus, Bokermannohyla e Hypsiboas. Se discute a evolu??o de alguns caracteres fenot?picos mediante a optimiza??o no contexto da topologia mais parcimoniosa obtidas aqui, revelando que a historia de origem independente mais complexa do previamente valorado. A partir da revis?o de 1420 esp?cimes de 136 localidades, os resultados revelam uma diversidade de esp?cies antes desconhecida para Hyloscirtus dos quais pelo menos 15 linhagens s?o candidatas para novas esp?cies, e nove s?o formalmente delimitadas e descritas a partir da evid?ncia morfol?gica, bioac?stica e molecular. Adicionalmente um novo rearranjo taxon?mico do g?nero ? proposto que inclui a defini??o de quatro grupos de esp?cies. As rela??es filogen?ticas inferidas aqui para o g?nero Hyloscirtus abrem uma janela para a compreens?o da hist?ria evolutiva e diversidade dos hil?deos neotropicais.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-11-22T11:48:56Z No. of bitstreams: 1 CarolinaRodriguesChanesDissertacao2018.pdf: 2882728 bytes, checksum: 9c589bc58e82d7391f2534b1161bc575 (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2018-11-22T11:49:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CarolinaRodriguesChanesDissertacao2018.pdf: 2882728 bytes, checksum: 9c589bc58e82d7391f2534b1161bc575 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-22T11:49:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolinaRodriguesChanesDissertacao2018.pdf: 2882728 bytes, checksum: 9c589bc58e82d7391f2534b1161bc575 (MD5) Previous issue date: 2018-08-24 / Zika virus is an emergent flavivirus transmitted by mosquitos of Aedes genus, was first isolated in 1947 from Zika forest in Africa of the sentinel?s monkeys. The virus spread to other continents and was related with congenital and neurological syndromes in South America and became a public health issue. The genomic sequencing arouses as a crucial tool to obtain answers in real time about infections diseases outbreaks and has helped to understand the origin, phylogeny and trace Zika virus propagation. The main goals of this work are to obtain the complete Zika virus genome sequences that circulated in three different states of Brazil, DF, MT and TO, using the amplification technic multiplex PCR, the MinION portable platform of Oxford Nanopore. Besides that, we had the goal to generate the phylogenetic tree by maximum likelihood to better understand the origin, propagation and dissemination of the virus in these states, and consequentially, in Brazil. The sequences obtain in this present work shown high coverage, 94% to 100% was the coverage of the completeness of the genomes, that presented four distinct lineages, two different clades and related with Northeast samples of Brazil. Finally, our study provides new complete genome sequences of Zika virus in the state of Mato Grosso, demonstrate the relationship of the genome sequences of MT with sequences of Northeast of Brazil and suggests two possible entrances of Zika virus in the state of MT. / Zika virus ? um flaviv?rus emergente transmitido por mosquitos do g?nero Aedes, primeiramente isolado em 1947 de macacos sentinelas na floresta de Zika na ?frica. O v?rus se espalhou para outros continentes at? ser relacionado com s?ndromes neurol?gicas e cong?nitas na Am?rica do Sul sendo taxado como um problema de sa?de p?blica. O sequenciamento gen?mico emergiu como uma ferramenta crucial de respostas em tempo real a surtos de doen?as infecciosas e tem ajudado a entender a filogenia, origem e delinear a propaga??o do Zika virus. Este trabalho tem como objetivos obter a sequ?ncia completa do Zika virus circulante em tr?s diferentes estados do Brasil, DF, MT e TO, utilizando a t?cnica de amplifica??o por PCR multiplex, a plataforma port?til MinION da Oxford Nanopore. Al?m disto, tivemos como objetivo realizar a ?rvore filogen?tica por m?xima verossimilhan?a a fim de compreender melhor a origem, propaga??o e dissemina??o do v?rus nestes estados e, consequentemente, no Brasil. As sequ?ncias obtidas no presente trabalho apresentaram alta cobertura, foi poss?vel cobrir entre 94% e 100% dos genomas que se apresentaram em quatro linhagens distintas e se associaram em dois clados diferentes relacionados as amostras do Nordeste do Brasil. Finalmente, nosso estudo fornece novas sequ?ncias completas do Zika virus no estado do Mato Grosso, demonstra a rela??o das sequencias do MT com as sequ?ncias do Nordeste do Brasil e sugere duas poss?veis entradas do Zika virus no estado do MT.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-11-09T17:46:02Z No. of bitstreams: 1 DIS_CAMILA_CAMARGO_DE_SOUZA_COMPLETO.pdf: 3948791 bytes, checksum: c827f34181e47b84d2dc6c25fa596df9 (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-11-09T17:46:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIS_CAMILA_CAMARGO_DE_SOUZA_COMPLETO.pdf: 3948791 bytes, checksum: c827f34181e47b84d2dc6c25fa596df9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-09T17:46:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_CAMILA_CAMARGO_DE_SOUZA_COMPLETO.pdf: 3948791 bytes, checksum: c827f34181e47b84d2dc6c25fa596df9 (MD5) Previous issue date: 2016-03-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Gymnophiona M?ller, 1832?with 206 currently recognized species?is the least studied order within Amphibia. The phylogenetic relationships among its members have been historically unstable, with frequent taxonomic changes at the family level due to the recurrent presence of paraphyletic taxa. However, an increase of studies based on morphological and molecular data has built a scaffold of information about the evolutionary relationships among caecilians; even though, a phylogenetic classification of the order has remained a challenge. In 2011 a new taxonomy of Gymnophiona was proposed, where genera were arranged in nine families supposedly monophyletic. This taxonomy was not based on a phylogenetic analysis but on a consensus of the understanding of the evolutionary relationships of the group as inferred by previous studies. However, important conflicts exits among the results and type of analyses performed on these studies. Furthermore, only one study has included the known fossil taxon of Gymnophiona, which despite being fragmented is a valid source of evidence. Due to several and continuous efforts to generate data on caecilians, there is a wealth of hereditary characters available for phylogenetic studies. Thus, it has become crucial to perform a combined analysis of all these data (complete mitochondrial genomes, nuclear DNA sequences, phenotypic characters of extant and fossil taxa) to obtain a phylogenetic hypothesis that maximizes explanatory power. The objective of this study is to infer the evolutionary relationships of Gymnophiona based on a total evidence analysis using parsimony and dynamic homology to evaluate the current taxonomy of the group. Additionally, we also evaluate the effect of different types of alignment (tree versus similarity approaches), the influence of phenotypic characters on a dataset dominated by molecular characters, and the effect of coding indels as missing data. We compiled previously published phenotypic characters, DNA sequences available from GenBank of 47 nuclear and mitochondrial genes of all available taxa, and produced 42 new sequences. When comparing the results obtained from the tree-alignment analysis in POY with those of the similarity alignment in TNT, both recover Rhinatrematidae as sister of Ichthyophiidae + Teresomata. Within Rhinatrematidae, Epicrionops is paraphyletic in all analyses and the relationships within Ichthyophis are unsolved (a polytomy in the strict consensus). POY does not recovered Scolecomorphidae as the sister taxon of all other Teresomata but Typhlonectidae + Caeciliidae. Caecilia is paraphyletic with respect to Oscaecilia and Typhlonectes in relationship to Potamotyphlus. Scolecomorphidae is sister of Herpelidae + Chikilidae. The results of TNT recover a paraphyletic Herpelidae, with Herpele squalostoma sister of Chikilidae. Also, Siphonopidae is non-monophyletic. Indotyphlidae is non-monophyletic in both analyses and Idiocranium is consistently recovered as sister taxon of Dermophiidae. Dermophis is recovered as paraphyletic in the POY analysis, while both Dermophis and Gymnopis are paraphyletic in the TNT analysis. The strict consensus of the molecular dataset is highly congruous with that of the total evidence dataset; however, the former is better resolved (less polytomies), mainly within Indotyphlidae. The analysis of the phenotypic data alone resulted in a complete polytomy, illustrating the need of more research in this avenue. Coding indels as missing data did not cause important topological changes. The main conclusions derived from this study are: (i) the type of alignment of DNA sequences have an evident impact on the phylogenetic hypotheses of Gymnophiona; (ii) the apparent resolution on the evolutionary relationships of the extant supraspecific taxa of Gymnophiona and their monophyly presented in other studies are dependent on the exclusion of relevant evidence?taxa and characters?or the partial presentation of the optimal hypotheses; (iii) only a total evidence analysis allowed us to discover some of the potential cases of paraphyly or misidentification of vouchers; (iv) the phenotypic data currently used in the study of the evolutionary relationships of Gymnophiona contain important levels of non-congruent information and are not sufficient to place the fossil Eocaecilia micropodia within caecilians. This study reveals the need of detailed revision of the taxonomy and phylogeny of Gymnophiona. / Gymnophiona M?ller, 1832 ? a ordem menos estudada dentro de Amphibia, com 206 esp?cies conhecidas. As rela??es filogen?ticas do grupo permaneceram inst?veis por muito tempo, sofrendo com mudan?as no n?mero de fam?lias, devido ? constante presen?a de t?xons parafil?ticos. Uma crescente de estudos com produ??o de evid?ncias moleculares e morfol?gicas tem formado um arcabou?o de informa??es sobre as rela??es evolutivas do grupo. Mesmo assim, uma classifica??o filogen?tica de toda a ordem n?o representava uma tarefa f?cil. Em 2011, foi proposta uma classifica??o ao n?vel de fam?lia, onde os g?neros foram distribu?dos em nove fam?lias supostamente monofil?ticas. Essa proposta n?o foi baseada em uma an?lise filogen?tica, mas sim em um consenso do entendimento das rela??es filogen?ticas inferidas em estudos pr?vios, sendo muitos deles discordantes, tanto em tipos de an?lises, quanto em resultados. Apenas um estudo incluiu um t?xon f?ssil, que apesar de ser pouco representativo em quantidade, representa uma fonte v?lida de evid?ncia. Devido ao grande esfor?o para gerar dados e obter informa??es acerca dos Gymnophiona, existem in?meros caracteres heredit?rios dispon?veis. Dessa forma, percebe-se uma import?ncia em unir todos esses dados (genomas mitocondriais completos, sequ?ncias de genes nucleares, caracteres fenot?picos dos t?xons viventes e f?ssil) para compor uma nova proposta filogen?tica com o maior poder explicativo. Assim, o objetivo principal deste estudo foi inferir as rela??es evolutivas da ordem Gymnophiona em um contexto de evid?ncia total, sob an?lises de parcim?nia e homologia din?mica e avaliar a taxonomia atual de Gymnophiona com base na(s) ?rvore(s) mais parcimoniosa(s). Adicionalmente, avaliar o efeito de diferentes tipos de alinhamento, a influ?ncia de caracteres fenot?picos em um dataset dominado por dados gen?ticos e o efeito de codificar os indels como dados faltantes. Para isso foram compilados caracteres morfol?gicos de estudos pr?vios, sequ?ncias dispon?veis no GenBank, referentes a 47 genes (nucleares e mitocondriais) de todas as esp?cies dispon?veis, al?m da produ??o de 42 novas sequ?ncias. Comparando os resultados gerados a partir do alinhamento por ?rvore (POY) e do alinhamento por similaridade (TNT) encontramos Rhinatrematidae como grupo-irm?o de Ichthyophiidae + Teresomata. Dentro de Rhinatrematidae, Epicrionops foi recuperado parafil?tico em todas as an?lises e as rela??es dentro de Ichthyophiidae s?o uma politomia. A an?lise do POY n?o recupera Scolecomorphidae como t?xon-irm?o dos demais Teresomata, e sim Typhlonectidae + Caeciliidae. Caecilia ? parafil?tica a Oscaecilia, assim como Typhlonectes com rela??o a Potamotyphlus. Na an?lise via TNT, Herpelidae foi recuperada parafil?tica, com Herpele squalostoma agrupado com Chikilidae. Na an?lise do TNT, Siphonopidae n?o foi recuperada monofil?tica. A fam?lia Indotyphlidae foi n?o-monofil?tica em ambas as an?lises e Idiocranium foi recuperado como o t?xon-irm?o de Dermophiidae. Dermophis surge parafil?tico na an?lise do POY, enquanto que pelo TNT tanto Dermophis quanto Gymnopis surgen parafil?ticos. A topologia da ?rvore constru?da apenas com sequ?ncias de DNA, mostrou-se altamente semelhante ao consenso gerado pelo TNT, embora com alguns poucos clados melhor resolvidos, principalmente em Indotyphlidae. J? a an?lise unicamente morfol?gica restringiu-se a uma politomia total, o que pode ser justificado pela falta de caracteres morfol?gicos ?teis, e que tamb?m pode ser um reflexo da falta de conhecimento acerca deste tipo de evid?ncia. Quanto ? codifica??o de indels como quinto estado ou como dados faltantes, n?o foi observada vantagem sobre nenhum dos testes em rela??o ? topologia do consenso estrito. As principais conclus?es derivadas dos resultados obtidos s?o: (i) o tipo de alinhamento das sequ?ncias de DNA tem um impacto evidente nas hip?teses filogen?ticas; (ii) a aparente resolu??o da hist?ria evolutiva dos atuais t?xons supraespec?ficos de Gymnophiona e sua monofilia, apresentada em outros estudos, dependem da exclus?o de evid?ncia relevante das an?lises ou da apresenta??o parcial das hip?teses ?timas; (iii) s? a an?lise de evid?ncia total permitiu descobrir casos potenciais de parafilia ou identifica??o errada de terminais; (iv) os dados fenot?picos atualmente usados no estudo das rela??es evolutivas de Gymnophiona t?m altos n?veis de informa??o n?o congruente e n?o s?o suficentes para a inclus?o do t?xon f?ssil Eocaecilia micropodia dentro de Gymnophiona. O presente estudo revela a necessidade de uma revis?o detalhada da taxonomia e filogen?tica de Gymnophiona.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NathaliaMCM_DISSERT.pdf: 2544480 bytes, checksum: eab320fea2fc6e6b04c8d45099041a93 (MD5) Previous issue date: 2014-03-21 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The genome of all organisms constantly suffers the influence of mutagenic factors from endogenous and/or exogenous origin, which may result in damage for the genome. In order to keep the genome integrity there are different DNA repair pathway to detect and correct these lesions. In relation to the plants as being sessile organisms, they are exposed to this damage frequently. The Base Excision DNA Repair (BER) is responsible to detect and repair oxidative lesions. Previous work in sugarcane identified two sequences that were homologous to Arabidopsis thaliana: ScARP1 ScARP3. These two sequences were homologous to AP endonuclease from BER pathway. Then, the aim of this work was to characterize these two sequence using different approaches: phylogenetic analysis, in silico protein organelle localization and by Nicotiana tabacum transgenic plants with overexpression cassette. The in silico data obtained showed a duplication of this sequence in sugarcane and Poaceae probably by a WGD event. Furthermore, in silico analysis showed a new localization in nuclei for ScARP1 protein. The data obtained with transgenic plants showed a change in development and morphology. Transgenic plants had slow development when compared to plants not transformed. Then, these results allowed us to understand better the potential role of this sequence in sugarcane and in plants in general. More work is important to be done in order to confirm the protein localization and protein characterization for ScARP1 and ScARP3 / O genoma de todos os organismos sofre constantemente a influ?ncia de fatores mutag?nicos que podem ser de origem end?gena e/ou ex?gena, estes podem resultar em danos ao material gen?tico. Se esses danos n?o forem corrigidos pode levar ao aparecimento de muta??es. As plantas por serem organismos sesseis est?o continuamente expostas a estes fatores. Considerando isto, os organismos (animais e vegetais) possuem diferentes vias de reparo de DNA para manter a integridade do material gen?tico. Dentro destas vias, h? a via de Reparo por Excis?o de Bases (BER) que ? composta por diferentes enzimas, e dentro dessa via h? a enzima AP endonuclease que ? alvo deste estudo. Trabalhos anteriores em cana-de-a??car identificaram duas sequ?ncias de cDNA hom?logas a esta prote?na que foram denominadas ScARP1 e ScARP3. Com isso, o objetivo deste trabalho foi caracterizar estas duas sequ?ncias por meio de an?lises filogen?ticas utilizando sequ?ncias presentes dentro do reino Plantae, e de an?lises estruturais dos genes de AP endonuclease por an?lise in silico e por plantas transg?nicas contendo cassetes de super-express?o. Al?m disso, foi realizado transforma??es e a obten??o plantas transg?nicas de Nicotiana tabacum contendo cassetes de super-express?o em orienta??o anti-senso. Foi tamb?m analisado a rela??o filogen?tica de genes DNA ligase I presentes no organismo vegetal de estudo. Os resultados obtidos permitiram verificar que as sequ?ncias ScARP1 e ScARP3 correspondem a uma duplica??o, provavelmente devido a um processo de duplica??o do genoma como um todo (WGD) que deve ter ocorrido no grupo das gram?neas (Poaceae). Refor?ando estes dados, foi verificado um poss?vel direcionamento da prote?na para organelas diferentes, sendo que a ScARP1 pode ser encontrada no n?cleo e a ScARP3 em mitocondrias e/ou cloroplasto. Com rela??o as plantas transg?nicas contendo o cassete em orienta??o anti-senso foi observado que estas apresentaram crescimento lento quando comparado com a planta selvagem (n?o transformada). Al?m disso, seu fen?tipo abrange altera??es morfol?gicas no crescimento foliar, baixa estatura e diminui??o na produ??o de sementes. Entretanto, ainda se faz necess?rio a obten??o da linhagem homozigota para aprofundar essas observa??es. Desta forma, estes resultados permitem compreender um pouco melhor do poss?vel papel da enzima AP endonuclease em cana-de-a??car e em plantas

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-04-03T14:48:30Z No. of bitstreams: 1 HannalyWanaBezerraPereira_DISSERT.pdf: 2518932 bytes, checksum: 2d0f7247523a10a3475dd41f16e8f017 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-04-10T20:00:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 HannalyWanaBezerraPereira_DISSERT.pdf: 2518932 bytes, checksum: 2d0f7247523a10a3475dd41f16e8f017 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-10T20:00:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HannalyWanaBezerraPereira_DISSERT.pdf: 2518932 bytes, checksum: 2d0f7247523a10a3475dd41f16e8f017 (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / A febre Chikungunya ? uma s?ndrome febril com grave artralgia debilitante, podendo evoluir para casos at?picos, como manifesta??es neurol?gicas e mucocut?neas. Geralmente ? transmitida por mosquitos do g?nero Aedes. O agente etiol?gico ? o v?rus Chikungunya (CHIKV) que pertence ? fam?lia Togaviridae e ao g?nero Alphavirus. At? pouco tempo essa doen?a era negligenciada no Brasil, por?m com o surto epid?mico que houve no ano de 2016, essa arbovirose se tornou um desafio para a sa?de p?blica. O objetivo do presente estudo foi realizar a caracteriza??o gen?tica do CHIKV identificado no Estado do Rio Grande do Norte (RN), no bi?nio 2016-2017. Um total de 10 amostras de soro, l?quor ou conte?do de ves?culas-bolhosas foram analisadas pela metodologia de qRT-PCR para detec??o do CHIKV e todas se apresentaram positivas. Foi realizada a filogenia e a caracteriza??o gen?tica do v?rus, por meio do sequenciamento da regi?o codificadora da poliprote?na estrutural, com posterior an?lise da estrutura da prote?na por meio da modelagem. A an?lise filogen?tica indicou que o gen?tipo circulante no Estado do Rio Grande do Norte ? o Leste-Centro-Sul Africano II (ECSA II). A compara??o entre as sequencias dos CHIKV deste estudo com aquelas de seu ancestral da linhagem ECSA II identificado em Uganda em 1982 (GenBank: HM045812) revelou a presen?a de 21 muta??es n?o sin?nimas. O sequenciamento dos CHIKV do soro e do l?quor de um mesmo paciente revelou duas muta??es n?o sin?nimas potencialmente associadas a neurovirul?ncia viral: N606K e P677L. Adicionalmente, a an?lise da modelagem de prote?nas mostrou que o v?rus circulante no Rio Grande do Norte n?o apresenta a muta??o na posi??o A226V, que determina uma maior infectividade do v?rus para o Aedes albopictus. Em conclus?o, esse estudo revela a origem do CHIKV circulante no Estado do Rio Grande do Norte e poss?veis marcadores de neurovirul?ncia viral, informa??es ?teis para compreender a evolu??o viral e a patog?nese da doen?a. / Chikungunya fever is a febrile syndrome with severe debilitating arthralgia, which may progress to atypical cases, such as neurological and mucocutaneous manifestations. It is usually transmitted by mosquitoes of the genus Aedes. The etiological agent is the Chikungunya virus (CHIKV) that belongs to the family Togaviridae and to the genus Alphavirus. Until recently this disease was neglected in Brazil, but with the epidemic outbreak that occurred in the year 2016, this arbovirose has become a challenge for public health. The objective of the present study was to perform the genetic characterization of the CHIKV identified in the State of Rio Grande do Norte (RN), in the biennium 2016-2017. A total of 10 serum samples, cerebrospinal fluid (CSF) or blister samples were analyzed by the qRT-PCR methodology for CHIKV detection and all were positive. Phylogeny and genetic characterization of the virus were performed by sequencing the coding region of the structural polyprotein, with subsequent analysis of the protein structure through modeling. Phylogenetic analysis indicated that the circulating genotype in the State of Rio Grande do Norte is East-Central-South-African II (ECSA II). The comparison between CHIKV sequenced in this study and its ancestor from ECSA II lineage identified in Uganda in 1982 (GenBank: HM045812) revealed the presence of 21 non-synonymous mutations. Sequencing of serum and CSF CHIKV from the same patient revealed two non-synonymous mutations potentially associated with viral neurovirulence: N606K and P677L. In addition, the analysis of the protein model showed the circulating non-RN virus has no mutation at position A226V which is the major part of virus infection for Aedes albopictus. In conclusion, this study reveals the origin of CHIKV circulating in the State of Rio Grande do Norte and possible markers of viral neurovirulence, useful information to understand the viral evolution and the pathogenesis of the disease.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:33:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TalitaFA_DISSERT.pdf: 2140188 bytes, checksum: 0083999c43d74876b9f2f21898381161 (MD5) Previous issue date: 2014-04-17 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Understand the origin, maintenance and the mechanisms that operate in the current biodiversity is the major goal of ecology. Species ecology can be influenced by different factors at different scales. There are three approaches about the ecological differences between species: the first brings that differences result from current processes on niche characteristics (e.g. diet, time, space); the second that species differences are explained by random patterns of speciation, extinction and dispersion, the third that historical events explain the formation and composition of species in communities. This study aims to evaluate the influence of phylogenetic relationships in determining ecological characteristics in amphibians (globally) and test with that, if ecological differences between species of frogs are the result of ancient pre-existing differences or as result of current interactions. Another objective of this study is to verify if ecological, historical or current characteristics determine the size of species geographical distribution. The diet data for analysis of trophic ecology were collected from published literature. We performed a non-parametric MANOVA to test the existence of phylogenetic effects in diet shifts on frogs history. Thus, it is expected to know the main factors that allow the coexistence of anuran species. We performed a phylogenetic regression to analyze if niche breadth, body size and evolutionary age variables determine the size of the geographical distribution of amphibians in the Amazon. In the present study, new contributions to knowledge of major ecological patterns of anurans are discussed under a phylogenetic perspective / Entender a origem, manuten??o e os mecanismos que operam na biodiversidade atual s?o um dos principais objetivos da Ecologia. A ecologia das esp?cies pode ser influenciada por diferentes fatores em diferentes escalas. Existem tr?s abordagens a cerca das diferen?as ecol?gicas entre as esp?cies: a primeira traz essas diferen?as resultam de processos atuais atuando sobre as caracter?sticas do nicho (dieta, tempo, espa?o, etc); a segunda que diverg?ncias no nicho das esp?cies s?o explicadas por padr?es rand?micos de especia??o, dispers?o e extin??o; a terceira que eventos hist?ricos explicam a forma??o e a composi??o das esp?cies nas comunidades. Este estudo tem como objetivo avaliar a influ?ncia das rela??es filogen?ticas na determina??o de caracter?sticas ecol?gicas em anf?bios (globalmente) e testar, com isso, se as diferen?as ecol?gicas entre as esp?cies de anuros s?o resultado de diferen?as antigas pr?-existentes ou como o resultado de intera??es ecol?gicas mais recentes. Outro objetivo deste estudo ? verificar que caracter?sticas ecol?gicas, hist?ricas ou atuais, determinam e influenciam o tamanho da distribui??o geogr?fica das esp?cies. Os dados de dieta para a an?lise da ecologia tr?fica dos anf?bios foram coletados a partir da literatura j? publicada. Realizamos uma MANOVA n?o param?trica para testar a exist?ncia de efeitos filogen?ticos nas principais diverg?ncias na dieta dos anuros. Com isso, espera-se conhecer os principais fatores que permitem a coexist?ncia das esp?cies de anf?bios anuros e quais os principais n?s da filogenia de anf?bios respons?veis pelas diferen?as observadas atualmente no nicho tr?fico das esp?cies. Realizamos uma regress?o filogen?tica para analisar se as vari?veis de largura de nicho, tamanho corporal e tempo de diverg?ncia determinam o tamanho da distribui??o geogr?fica dos anf?bios anuros da Amaz?nia. Neste trabalho, novas contribui??es ao conhecimento dos padr?es ecol?gicos apresentados pelos anuros s?o fornecidas e discutidas sob uma perspectiva filogen?tica