Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-29T16:13:32Z No. of bitstreams: 1 Maria de Fatima de Oliveira de Carvalho.pdf: 1750177 bytes, checksum: 434251d1fa8e44554548cb4f8c1ee5cd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T16:13:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria de Fatima de Oliveira de Carvalho.pdf: 1750177 bytes, checksum: 434251d1fa8e44554548cb4f8c1ee5cd (MD5) Previous issue date: 2008-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Codium Stackhouse is a genus exclusively marine which is represented by 125 taxa and it is distributed in the seas of almost the whole world, except for the polar regions. The highest infrageneric diversity is found in the temperate and subtropical zone seas. In Brazil, there are few informations about the genus, and the majority of the studies deals with floristic surveys from many localities, with just few publications. The aim of this work is to present the survey of this genus with emphasis to its taxonomy and the distribution of its representatives. The morphological studies were based in material collected from many Brazilian states (PB, PE, BA, ES, RJ, SP, SC and RS), in the intertidal region, during the low tides, with the help of spatulas and when necessary through diving in the reef ponds. The specimens were preserved with formalin (4%). For a better comprehension of the phenotypical variations and aiming to contemplate a number of samples as high as possible in the Brazilian states, the material of Codium was studied in the following indexed national herbaria: JPB, PEUFR, ALCB, HUEFS, RB, R, HB, RFA, SP, SPF and FLOR. They were also analyzed the exsiccates of the specimens collected by the Almirante Saldanha, Canopus and Recife Commission oceanographic expeditions. Besides, wereanalyzed as exsiccates of Codium from Brazil deposited in the Herbarium of the University of California, Berkeley (UC). All the exsiccates were carefully analyzed and confirmed and/or corrected as for the identifications. The identification of the taxa was based in morphological characters (habit, ramification pattern and the dimensions of the stalks), anatomical (diameter of the medular filaments, morphology and dimensions of the utricula and disposition of the hairs or scars) and reproductive (morphology, dimentions and insertions of the gametangia). In the Brazilian coast, it was registered the occurrence of seven infrageneric taxa, distributed in the following sections: Adhaerentia (C. Intertextum), Spongiosa (C. spongiosum), Tomentosa (C. isthmocladum, C. repens and Codium sp.) and Elongata (C. decorticatum and C. taylorii). From this work, C. tomentosum is considered as a doubtful species to the Brazilian littoral and C. profundum as “nome nudum” and because of this, cited as Codium sp. As for the great morphological plasticity the species C. decorticatum, C. isthmocladum and C. taylorii were those which showed the greatest difficulties in the taxonomical identification. Three species of straight habit as C. isthmocladum, C.decorticatum and C. taylorii and prostrate habit C. intertextum were those which presented the highest distribution in the Brazilian coast. Through the present study,some species had their geographical distribution increased to the Brazilian coast, as C. decorticatum (Ceará, Paraíba and Alagoas); C. intertextum (Alagoas), C. isthmocladum (Alagoas, Sergipe and Paraná) and C. taylorii (Ceará, Paraíba, Alagoas and Paraná). Besides the taxonomy based in morphological and reproductive characters the DNA sequencing was performed aiming the comprehension of the polymorphism found in some species. In the moment, the DNA sequencing is the most powerful technique to detecting the polymorphism in the genotype and it has been very used in comparing the different taxonomical levels. Sequences of the first exon of the large subunity RUBISCO (rbcL) has been used in the molecular delimitation and phylogeny of the species. To the present study, samplings were obtained from Codium in many localities of Brazil (PB, PE, BA, RJ, SP and SC), besides Fernando de Noronha Islands. The extraction process, amplification, sequencing and analysis of data were performed in the University of São Paulo (USP) in the laboratory of Marine Algae Edson J. de Paula (LAM). In this study, the sequences for the exon 1 of the gene rbcL were obtained from 24samplings of six species found in the Brazilian coast: C. decorticatum, C. intertextum, C. isthmocladum, C. spongiosum, C. taylorii and C. repens. The exon 1 of the rbcL showed 788 pairs of the base for all samplings. From the 24 sequenced samplings, ten unique sequences were obtained, which were phylogenetically analyzed with other sequences from GenBank, using different methods of inferences. The resulting trees were similar and they showed three principal monophyletic groupings. The grouping A, composed by non-ramificated prostrated habit species and in the majority with grouped and small utricules; the grouping B, consisting in the great majority, species with erect habit, cylindrical stalk, with individual utricules with intermidiary sizes. The Brazilian species group with similar from other geographical localities and they are between the main monophyletic groupings. These results indicate that the colonization of the South American Atlantic occurred many times possibly of species which came from Indo-Pacific. / Codium Stackhouse é um gênero exclusivamente marinho, engloba 125 táxons e encontra-se distribuído nos mares de quase todo o mundo, com exceção para as regiões polares. A maior diversidade infragenérica encontra-se nos mares da zona temperada e subtropical. No Brasil, são poucas as informações sobre o gênero, sendo que a maioria dos estudos refere-se a levantamentos florísticos de diversas localidades, se restringindo a um pequeno número de publicações. O objetivo deste trabalho é apresentar o levantamento do referido gênero no litoral brasileiro com ênfase na taxonomia e distribuição de seus representantes. Os estudos morfo-anatômicos foram baseados em material coletado em diversos estados brasileiros (PB, PE, BA, ES, RJ, SP, SC e RS), na região entre-marés, durante as baixas marés, com auxílio de espátulas, e quando necessário, através de mergulhos livres nas poças recifais. Os exemplares foram conservados em solução de formaldeído a 4%. Para uma melhor compreensão das variações fenotípicas e visando contemplar um maior número possível de amostras nos estados brasileiros, foi consultado o material de Codium depositado nos seguintes herbários nacionais indexados: JPB, PEUFR, ALCB, HUEFS, RB, R, HB, RFA, SP, SPF e FLOR. Também foram analisadas as exsicatas dos exemplares coletados pelas expedições oceanográficasAlmirante Saldanha, Akaroa, Canopus e Comissão Recife. Além disso, foram analisadas as exsicatas de Codium procedentes do Brasil depositadas no Herbário da Universidade da Califórnia, Berkeley (UC). Todas as exsicatas foram cuidadosamente analisadas, se procedendo à confirmação e/ou correção das identificações. A identificação dos táxons foi baseada em caracteres morfológicos (hábito, padrão de ramificação e dimensões dos ramos), anatômicos (diâmetro dos filamentos medulares, morfologia e dimensões dos utrículos e disposição de pêlos ou cicatrizes) e reprodutivos (morfologia, dimensões e inserção dos gametângios). Na costa brasileira, foi registrada a ocorrência de sete táxons infragenéricos, distribuídos nas seguintes seções: Adhaerentia (C. intertextum), Spongiosa (C. spongiosum), Tomentosa (C. isthmocladum, C. repens e Codium sp.) e Elongata (C. decorticatum e C. taylorii). C. tomentosum está sendo considerada como espécie duvidosa para o litoral brasileiro e C. profundum como “nome nudum” e, por isto, citada como Codium sp. Devido à marcada plasticidade morfológica, as espécies C. decorticatum, C. isthmocladum e C. taylorii foram as que apresentaram maioresdificuldades na identificação taxonômica. Três espécies de hábito ereto como C. isthmocladum, C. decorticatum e C. taylorii e a de hábito prostrado C. intertextumforam as que apresentaram maior distribuição na costa brasileira. Algumas espécies tiveram sua distribuição geográfica ampliada para a costa brasileira, como C. decorticatum (Ceará, Paraíba e Alagoas); C. intertextum (Alagoas), C. isthmocladum (Alagoas, Sergipe e Paraná) e C. taylorii (Ceará, Paraíba, Alagoas e Paraná). Além da taxonomia baseada em caracteres morfológicos e reprodutivos foi feito o sequenciamento de DNA visando entender melhor o polimorfismo encontrado em algumas espécies. No momento, o sequenciamento de DNA é a técnica mais poderosa para detectar polimorfismo no genótipo e tem sido bastante utilizada na comparação de diferentes níveis taxonômicos. Seqüências do primeiro éxon da grande subunidade RUBISCO (rbcL) têm sido usadas na delimitação molecular e filogenia de espécies. Para o presente estudo, foram obtidas amostras de Codium em diversas localidades do Brasil (PB, PE, BA, RJ, SP e SC), além do Arquipélago de Fernando de Noronha. As amostras foram preservadas em álcool a 70% e sílica gel. O processo de extração, amplificação, sequenciamento e análise dos dados foram realizados na Universidade de São Paulo (USP) no laboratório de AlgasMarinhas Edson J. de Paula (LAM). Neste estudo, as seqüências para o éxon 1 do gene rbcL foram obtidas de 24 amostras de seis espécies ocorrentes na costa brasileira: C. decorticatum, C. intertextum, C. isthmocladum, C. spongiosum, C. taylorii e C. repens. O éxon 1 do rbcL apresentou 788 pares de base para todas as amostras. Das 24 amostras seqüenciadas, dez seqüências únicas foram obtidas, as quais foram filogeneticamente analisadas com outras seqüências do GenBank, usando diferentes métodos de inferências. As árvores resultantes foram similares, apresentando três principais agrupamentos monofiléticos. O agrupamento a, composto por espécies de hábito prostrado, não ramificado e na maioria com utrículos agrupados e pequenos; o agrupamento b, consistindo na sua maioria, espécies de hábito ereto, ramo cilíndrico, com utrículos grandes individuais e finalmente o agrupamento c composto por espécies de hábito ereto, ramo cilíndrico a levemente achatado, utrículos individuais, com tamanhos intermediários. As espécies brasileiras agruparam com similares de outras localidades geográficas e aparecem entre os principais agrupamentos monofiléticos. Estes resultados indicamque a colonização do Atlântico sul americano ocorreu muitas vezes, possivelmente de espécies provenientes do Indo-Pacífico.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-07-05T11:42:41Z No. of bitstreams: 1 Suellen Gomes Brayner.pdf: 3249387 bytes, checksum: 0c9c6ee5f554c69b7a829c1ee6e6d119 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T11:42:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Suellen Gomes Brayner.pdf: 3249387 bytes, checksum: 0c9c6ee5f554c69b7a829c1ee6e6d119 (MD5) Previous issue date: 2011-02-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Order is represented by Nemaliales cylindrical or slightly flattened, branched, and multiaxial organization. These organisms are distributed mainly between the Tropics of Cancer and Capricorn (Atlantic, Indian and Pacific Oceans). The highest number for species the Brazilian coast is located in the Northeast (19 species), followed by the Southeast (16 species) and southern (3 species). Aiming to validate the species included in this order, this study focused on the morphological characters combined with molecular biology. The material was collected in the intertidal area during daytime low tides, from October 2007 to December 2009. The collections were supplemented by examination of herbarium collections of national, assisting in the understanding of morphological variability and phytogeographical distribution of species on the coast of northeastern Brazil. Were identified 12 species of the order Nemaliales to the coast of northeastern Brazil: Ganonema farinosum (J.V. Lamour.) K.C. Fan & Yung C. Wang, Liagora ceranoides J.V. Lamour., Nemalion helminthoides (Velley) Batters, Titanophycus validus (Harvey) Huisman, G.W. Saunders & R.A. Sherwood and Trichogloea requienii (Dub.) Kütz. (Liagoraceae); Dichotomaria marginata (J. Ellis & Sol.) J.V. Lamour, D. obtusata (J. Ellis & Sol.) J.V. Lamour, Galaxaura rugosa (J. Ellis & Sol.) J.V. Lamour, Tricleocarpa cylindrica (J. Ellis & Sol) Huisman & Borow., T. fragilis (L.) Huisman & A. R. Townsed. and Galaxaura sp. (Galaxauraceae) and S. furcellata (Turner) J. Agardh (Scinaiaceae). Of these 12 species, DNA extractions were performed for 40 samples, however it was possible to obtain PCR product to 27. We generated sequences of plastid Universal Amplicon (UPA) for 27 samples and the gene that encodes the large subunit (rbcL) of the enzyme ribulose - 1,5 - bisphosphate carboxylase-oxygenase (Rubisco) for 11 samples. Among the samples selected for amplification of rbcL, just for the taxon Galaxaura sp. collected on the beach of Beef, Pernambuco, it was not possible to amplify. For the other samples amplified and sequenced the size of the UPA and rbcL gene, including the PCR primers was 411 nucleotides and 1362, respectively. From the morphology combined with molecular biology, this study suggests three new species, besides the delimitation of the others. / A Ordem Nemaliales possui representantes com talos cilíndricos ou ligeiramente achatados, ramificados, e com organização multiaxial. Esses organismos estão distribuídos, principalmente, entre os trópicos de Câncer e Capricórnio (Oceanos Atlântico, Índico e Pacífico). O maior registro para o litoral brasileiro encontra-se no Nordeste (19 espécies), seguido pelo Sudeste (16 espécies) e sul (3 espécies). Com o objetivo de validar as espécies incluídas nesta ordem, o presente estudo enfocou os caracteres morfológicos aliados à biologia molecular. O material foi coletado na região entre-marés, durante as marés baixas diurnas, no período de outubro de 2007 a dezembro de 2009. As coletas foram complementadas com exame de exsicatas de herbários nacionais, auxiliando na compreensão da variabilidade morfológica e distribuição fitogeográfica das espécies no litoral do nordeste brasileiro. Foram identificadas 12 espécies da ordem Nemaliales para a costa do nordeste brasileiro: Ganonema farinosum (J.V. Lamour.) K.C. Fan & Yung C. Wang, Liagora ceranoides J.V. Lamour., Nemalion helminthoides (Velley) Batters, Titanophycus validus (Harvey) Huisman, G.W. Saunders & A.R. Sherwood e Trichogloea requienii (Mont.) Kütz. (Liagoraceae); Dichotomaria marginata (J. Ellis & Sol.) J.V. Lamour , D. obtusata (J. Ellis & Sol.) J.V. Lamour, Galaxaura rugosa (J. Ellis & Sol.) Lamour, Tricleocarpa cylindrica (J. Ellis & Sol.) Huisman & Borow., T. fragilis (L.) Huisman & R.A. Townsed. e Galaxaura sp. (Galaxauraceae) e S. furcellata (Turner) J. Agardh (Scinaiaceae). Destas 12 espécies, foram feitas extrações de DNA para 40 amostras, entretanto foi possível obter produto de PCR para 27. Foram geradas sequências de Universal Plastid Amplicon (UPA) para 27 amostras e do gene que codifica a subunidade grande (rbcL) da enzima ribulose - 1,5 - bifosfato carboxilase-oxigenase (rubisco) para 11 amostras. Dentre as amostras selecionadas para amplificação do rbcL, apenas para o táxon Galaxaura sp. coletado na Praia de Carne de Vaca, Pernambuco, não foi possível amplificar. Para as demais amostras amplificadas e seqüenciadas o tamanho do gene UPA e rbcL, incluindo os primers de PCR foi de 411 nucleotídeos e 1.362, respectivamente. A partir da morfologia aliada a biologia molecular, o presente estudo sugere três novas espécies, além da correta delimitação das demais.

Diversos estudos filogenéticos moleculares em Iridaceae confirmam o monofiletismo de Trimezieae. Entretanto, a tribo é pobremente caracterizada e carece de sinapomorfias morfológicas que a sustentem. Por outro lado, o gênero Pseudotrimezia, apesar de morfologicamente bem caracterizado, nunca teve seu monofiletismo investigado. Estudos envolvendo a tribo Trimezieae demonstram que caracteres anatômicos podem contribuir para a taxonomia do grupo além de auxiliar na sua reconstrução filogenética. No presente estudo foram realizados estudos filogenéticos envolvendo caracteres morfológicos e moleculares, separadamente e em análise de evidência total. Foram levantados 50 caracteres morfológicos, incluindo anatomia foliar, em Pseudotrimezia e nos gêneros relacionados, Neomarica e Trimezia. Os caracteres moleculares foram obtidos de três regiões plastidias (trnG, trnH-psbA e trnK) e uma nuclear (ITS). A análise de parcimônia com os dados morfológicos resultou em uma filogenia com Pseudotrimezia monofilético, sem sustentação, enquanto Neomarica e Trimezia emergem como polifiléticos. Assim, os caracteres morfológicos mostraram-se insuficientes para a compreensão da história evolutiva do grupo. A análise de evidência total apresenta Pseudotrimezia monofilético em um clado bem caracterizado morfologicamente sustentado por 10 sinapomorfias homoplásticas. Não obstante, Trimezia e Neomarica emergem agrupados em quatro clados distintos, a maioria sem sustentação, revelando que os gêneros reconhecidos na tribo Trimezieae não correspondem a grupos monofiléticos. As análises filogenéticas fornecem um arcabouço para discutir a sistemática de Pseudotrimezia, gênero endêmico dos campos rupestres da porção mineira da Cadeia do Espinhaço. Apesar de sua distribuição restrita e morfologia floral relativamente uniforme, 24 nomes surgiram desde sua criação em 1945, e muitas das espécies são endêmicas de localidades restritas. É apresentada a revisão de 16 espécies reconhecidas, respectivos mapas de distribuição, ilustrações e chave de identificação / Several molecular phylogenetic studies focusing on Iridaceae contribute to confirm Trimezieae as a monophyletic group. Despite that, the tribe is poorly characterized and lacks morphological synapomorphies as support. On the other hand, Pseudotrimezia is morphologically well characterized, but its monophyly has never been investigated. Anatomical studies carried out with tribe Trimezieae indicates that this kind of data can be a good source for taxonomic and phylogenetic analyses. This study performed phylogenetic analysis using morphological and molecular data, separately and combined in a total evidence approach. Molecular data were obtained from three plastid regions (trnG, trnH-psbA and trnK), and one nuclear (ITS). Fifty morphological characters, including leaf anatomy, were selected within Pseudotrimezia and the related genera Neomarica and Trimezia. Parsimony morphological analysis results in a monophyletic Pseudotrimezia with no support, and, Neomarica and Trimezia aspolyphyletic; therefore, morphological characters were insufficient to help understand the evolutionary history of this group.The total evidence analysis shows Pseudotrimezia monophyletic in a morphologically well-characterized clade, suppported by 10 homoplastic synapomorfies. Nevertheless, Trimezia and Neomarica arise mixed together in four distinct clades, most of them with no support, suggesting that tradicionally recognized genera in the tribe do not correspond to monophyletic groups. Neverthless, phylogenetic analyses provide an important framework for systematic studies of Pseudotrimezia (Iridaceae), an endemic genus from \"campos rupestres\" in Espinhaço Range, Minas Gerais State, Brazil. Despite its restricted distribution and quite uniform morphology, 24 names have been created since the genus was first described in 1945, and many species are endemic of particular localities. The revision of 16 recognized species, their distribution maps, illustrations, and identification key are presented.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-04-13T14:16:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 00 Santelmo Vasconcelos Tese Final.pdf: 5907295 bytes, checksum: f9f2150b754187a5591b2d05cd74670d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-13T14:16:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 00 Santelmo Vasconcelos Tese Final.pdf: 5907295 bytes, checksum: f9f2150b754187a5591b2d05cd74670d (MD5) Previous issue date: 2015-02-13 / CAPES / CNPq / FACEPE / O gênero Philodendron, um dos principais componentes da flora Neotropical, é o segundo maior da família Araceae, contando com aproximadamente 500 espécies e uma enorme diversidade ecológica. Assim como vários outros grupos vegetais da América tropical, ainda há uma grande defasagem de estudos para o gênero, principalmente no que concerne à sistemática filogenética e à evolução cariotípica das espécies de Philodendron. Desta forma, foram realizadas análises de filogenia molecular baseadas em marcadores plastidiais (rpl32-trnL, trnQ-5’-rps16 e trnV-ndhC) e nucleares (ITS), bem como contagens cromossômicas e estimativas do conteúdo de DNA, levando em consideração espécies das principais subdivisões do gênero e dos grupos irmãos. Ao todo, foram realizadas contagens cromossômicas para 48 espécies, sendo 38 novas, assim como uma revisão de todos os números diploides disponíveis, totalizando 69 espécies, onde a maioria (32 spp.) apresentou 2n = 32, seguido de 2n = 34 (20 spp.). Nas análises filogenéticas foi confirmada a hipótese de parentesco dos subgêneros de Philodendron, onde P. subg. Philodendron e P. subg. Pteromischum apareceram como grupos irmãos e P. subg. Meconostigma como a primeira linhagem a divergir, com os três formando um grupo monofilético. Adicionalmente, foram realizadas estimativas de conteúdo de DNA para 163 acessos, incluindo 108 espécies de Philodendron, bem como 17 espécies de grupos relacionados, onde foi observada uma grande diversidade no tamanho genômico no gênero, variando entre 2,48 e 7,58 pg, indicando uma maior importância da amplificação/eliminação de DNA repetitivo para a evolução cariotípica do grupo, em vez das alterações drásticas nos números cromossômicos, como poliploidizações. / Philodendron, one of the most important components of the Neotropical flora, is the second largest genus within Araceae, which presents approximately 500 species and a huge ecologic diversity. As well as it is observed for other plant groups from tropical America, one can still note a remarkable lack of studies on the evolution of the genus, mainly regarding to phylogenetic systematics and karyotype evolution analyses among Philodendron species. Thus, a molecular phylogeny based on chloroplast (rpl32-trnL, trnQ-5’-rps16 e trnV-ndhC) and nuclear (ITS) markers, as well as chromosome counts and DNA C-value estimations were performed, with species from the main subdivisions within the genus and sister groups. Fortyeight chromosome numbers were described herein, from which 38 were new. Besides, all the available diploid numbers were revised, totalizing 69 species with known chromosome numbers, from which the major part (32 spp.) presented 2n = 32, followed by 2n = 34 (20 spp.). In the phylogenetic analyses, the morphological hypothesis of relationship among the subgenera was confirmed, in which P. subg. Philodendron and P. subg. Pteromischum were recovered as sister groups and P. subg. Meconostigma as the first diverging lineage of the monophyletic group. In addition, DNA content estimations were performed for 163 accessions, including 108 species from Philodendron and 17 from related groups, in which a wide variation of genome sizes were observed, ranging from 2.48 to 7.58 pg. Therefore, it was indicated that the mechanisms of amplification/elimination of repetitive DNA might be more important for the karyotype evolution within the group, in comparison to drastic numeric changes in chromosome numbers such as polyploidization.

Recentes análises filogenéticas, baseadas em dados moleculares, indicaram que Didiereaceae s.s. é filogeneticamente relacionada a gêneros tradicionalmente pertencentes à Portulacaceae s.l.. Sendo incluídos os gêneros Ceraria, Portulacaria e Calyptrotheca em Didiereaceae e essa dividida em três subfamílias: Didieroideae (11 espécies), Portulacarioideae (7 espécies) e Calyptrothecoideae (1espécie). Análises moleculares apresentaram alto suporte para o monofiletismo da família e circunscrição das três subfamílias, contudo, nenhuma dessas análises elucidou completamente as relações entre os gêneros. Com a expansão de sua circunscrição, a família se tornou mais heterogênea, surgindo assim, a necessidade da investigação de características para o estabelecimento de sinapomorfias ou para corroborar suas relações dentro de Portulacineae. Diante disso, o presente trabalho realizou análises de Inferência Bayesiana e Máxima Parcimônia para sete sequências diferentes do DNA do cloroplasto, trnA-trnB, trnL-trnF, trnT-trnL, trnS-trnG, trnQUUG-rps16, rps16 e rpl16, para todas as 19 espécies de Didiereaceae e investigou a ontogênese foliar e da região de sua axila para Didieroideae e Portulacarioideae. Os resultados das análises filogenéticas corroboraram o monofiletismo da família e de suas três subfamílias, além de elucidar as relações internas em Didieroideae e Portulacarioideae. Os dois gêneros de Portulacarioideae, Portulacaria e Ceraria, não são monofiléticos e as espécies de Ceraria foram transferidas para Portulacaria. Também foi caracterizado o desenvolvimento dos diferentes padrões de variações morfológicas da folha e das folhas modificadas em espinhos e profilos. A partir dos resultados do desenvolvimento e da filogenia molecular, foi feita uma análise de reconstrução da região da axila foliar para o ancestral de Didiereaceae, que indicou a presença de braquiblastos portadores de profilos na axila foliar do ancestral comum. Como consequência, foram estabelecidas homologias entre esses profilos e os profilos de Talinaceae e espinhos de Cactaceae / Recent phylogenetic analysis, based on molecular data, indicated that Didiereaceae s.s. is phylogenetic related to former Portulacaceae s.l. genera. The genera Ceraria, Portulacaria and Calyptrotheca were included in Didiereaceae and the family was divided in three subfamilies: Didieroideae (11 species), Portulacarioideae (7 species) and Calyptrothecoideae (1specie). Molecular analyses presented high statistical support to the monophyletism of the Didiereaceae and its division in three subfamilies, however, none of these analyses elucidated the relations among genera. With the expansion of its circumscription, the family became rather heterogenic, resulting in the need to investigate characteristics to the establishment of synapomorphies to the family or corroborate its relations inside Portulacineae. Therefore, we performed Bayesian Inference and Maximum Parsimony analyses for seven different chloroplast DNA regions, trnA-trnB, trnL-trnF, trnT-trnL, trnS-trnG, trnQUUG-rps16, rps16 and rpl16, for all 19 species of Didiereaceae and investigated the leaf and leaf axil region ontogenesis for Didieroideae and Portulacarioideae. Our analyses corroborated the monophyly of the Didiereaceae and of its three subfamilies and elucidated internal relationships between the Didieroideae and the Portulacarioideae. The two genera of the Portulacarioideae, Portulacaria and Ceraria, are not monophyletic and the 5 accepted species for Ceraria are transferred to Portulacaria. Also, the ontogenesis for different morphological patterns of leaf and spines and prophyll were characterized. Based on the ontogenetical results and the molecular phylogeny, was made the reconstruction to the ancestor character for the leaf axil of Didiereaceae. This analysis indicated the presence of brachyblasts bearing prophylls in the leaf axil of the common ancestor. As a consequence, homologies between these prophylls and Talinaceae prophylls and Cactaceae spines were established

O projeto abordou a detecção de polimorfismos genéticos num Complexo formado por algumas espécies de ampla ocorrência no Sudeste-Sul do Brasil, cuja delimitação ainda não está muito bem estabelecida, por apresentar grande polimorfismo morfológico que suscita dúvidas quanto a se tratar de uma única ou de várias espécies. Foram estudadas as seguintes espécies: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus e C. splendidus. A proposta do presente trabalho foi avaliar a consistência das espécies estudadas, por meio de análise filogenética baseada em sequências de ITS e duas regiões do DNA do cloroplasto (trnL-F e rps16), e por meio de marcadores AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Como grupo externo foi utilizado C. urucurana. Como objetivo adicional procurou-se estudar filogeograficamente as espécies do Complexo, por meio de análises de populações disjuntas, distribuídas desde o Sudeste até o Sul do país. Inferências filogenéticas foram realizadas a partir das seqüências de DNA, realizadas através dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). Os resultados foram uma grande união da maioria das espécies do Complexo em uma politomia; as populações de C. Dichrous e C. aff. Erythroxyloides surgiu separadamente em um clado, assim como duas populações de C. Pallidulus var. glabrus com C. Myrianthus, além de três populações de C. Pallidulus var. pallidulus e outras espécies do Complexo emergirem em outro clado. Pela técnica de AFLP, obtiveram-se fragmentos polimórficos, utilizados como caracteres nas relações de afinidade genética através da análise Neighbor-Joining (realizada no programa PAUP). Observou-se que as duas variedades de C. pallidulus emergem em clados diferentes, enquanto as duas populações de C. pallidulus var. glabrus emergem em um mesmo clado. C. pallidulus var. pallidulus apresentou-se como táxon parafilético, na medida em que aparece agrupada com diferentes espécies, resultado este que confirma a natureza distinta destas duas variedades. C. erythroxyloides e C. aff. erythroxyloides mostraram, através dos dois métodos de análises moleculares, ser espécies distintas. C. splendidus, C. ceanothifolius e C. myrianthus não estão bem resolvidas, misturando-se, muitas vezes com C. pallidulus var. pallidulus. Por fim, foi verificada a congruência entre as topologias obtidas com a análise baseada na combinação dos dados de sequenciamento com aquela obtida por AFLP. O estudo de biogeografia indicou que a área de distribuição ancestral do grupo provavelmente é ampla, localizando-se entre Minas Gerais e Santa Catarina, uma vez que a distribuição das espécies do complexo se dá preferencialmente nestes estados / The project addressed the detection of genetic polymorphisms in a Complex formed by some species of widespread occurrence in southeast of Brazil, whose limits are not yet well established, by presenting great morphological polymorphism that raises doubts as to whether it is a single or various species. The following species were studied: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus and C. splendidus. The purpose of this study was to evaluate the consistency of the species studied by means of phylogenetic analysis based on sequences of ITS and two chloroplast DNA regions (trnL-F and rps16), and by AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism). Was used as outgroup C. urucurana. As additional objectives, we tried to study the phylogeography of the species complex, through analysis of disjunct populations distributed from the Southeast to the South. Phylogenetic inferences were made from DNA sequences, performed by the criteria of maximum parsimony and posterior probabilities (Bayesian analysis). The results were a great union of most species of the Complex in a polytomy; the populations of C. dichrous and C. aff. erythroxyloides emerged separately in a clade, apart from two populations of C. pallidulus var. glabrus with C. myrianthus, besides the three populations of C. pallidulus var. pallidulus and other species of Complex emerging in another clade. For the AFLP technique, we obtained polymorphic fragments used as characters in the genetic affinity relationships through the neighbor-joining analysis (performed using the PAUP). It was observed that the two varieties of C. pallidulus emerge in different clades, while the two populations of C. pallidulus var. glabrus emerge in the same clade, C. pallidulus var. pallidulus appeared as a paraphyletic taxon, as it appears grouped with different species, a result that confirms the distinct nature of these two varieties. C. erythroxyloides and C. aff. erythroxyloides shown by the two methods of molecular analysis, to be distinct species. C. splendidus, C. ceanothifolius and C. myrianthus are not well resolved, blending, often with C. pallidulus var. pallidulus. Finally, there was congruence between the topologies obtained with the analysis based on combined sequencing data with that obtained by AFLP. The study of biogeography indicated that the distribution area of the ancestral group is probably wide, situated between Minas Gerais and Santa Catarina, since the distribution of species of the complex occurs preferentially in those states

O projeto abordou a detecção de polimorfismos genéticos num Complexo formado por algumas espécies de ampla ocorrência no Sudeste-Sul do Brasil, cuja delimitação ainda não está muito bem estabelecida, por apresentar grande polimorfismo morfológico que suscita dúvidas quanto a se tratar de uma única ou de várias espécies. Foram estudadas as seguintes espécies: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus e C. splendidus. A proposta do presente trabalho foi avaliar a consistência das espécies estudadas, por meio de análise filogenética baseada em sequências de ITS e duas regiões do DNA do cloroplasto (trnL-F e rps16), e por meio de marcadores AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Como grupo externo foi utilizado C. urucurana. Como objetivo adicional procurou-se estudar filogeograficamente as espécies do Complexo, por meio de análises de populações disjuntas, distribuídas desde o Sudeste até o Sul do país. Inferências filogenéticas foram realizadas a partir das seqüências de DNA, realizadas através dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). Os resultados foram uma grande união da maioria das espécies do Complexo em uma politomia; as populações de C. Dichrous e C. aff. Erythroxyloides surgiu separadamente em um clado, assim como duas populações de C. Pallidulus var. glabrus com C. Myrianthus, além de três populações de C. Pallidulus var. pallidulus e outras espécies do Complexo emergirem em outro clado. Pela técnica de AFLP, obtiveram-se fragmentos polimórficos, utilizados como caracteres nas relações de afinidade genética através da análise Neighbor-Joining (realizada no programa PAUP). Observou-se que as duas variedades de C. pallidulus emergem em clados diferentes, enquanto as duas populações de C. pallidulus var. glabrus emergem em um mesmo clado. C. pallidulus var. pallidulus apresentou-se como táxon parafilético, na medida em que aparece agrupada com diferentes espécies, resultado este que confirma a natureza distinta destas duas variedades. C. erythroxyloides e C. aff. erythroxyloides mostraram, através dos dois métodos de análises moleculares, ser espécies distintas. C. splendidus, C. ceanothifolius e C. myrianthus não estão bem resolvidas, misturando-se, muitas vezes com C. pallidulus var. pallidulus. Por fim, foi verificada a congruência entre as topologias obtidas com a análise baseada na combinação dos dados de sequenciamento com aquela obtida por AFLP. O estudo de biogeografia indicou que a área de distribuição ancestral do grupo provavelmente é ampla, localizando-se entre Minas Gerais e Santa Catarina, uma vez que a distribuição das espécies do complexo se dá preferencialmente nestes estados / The project addressed the detection of genetic polymorphisms in a Complex formed by some species of widespread occurrence in southeast of Brazil, whose limits are not yet well established, by presenting great morphological polymorphism that raises doubts as to whether it is a single or various species. The following species were studied: C. ceanothifolius, C. dichrous, C. erythroxyloides, C. aff. erythroxyloides, C. myrianthus, C. pallidulus var. pallidulus, C. pallidulus var. glabrus and C. splendidus. The purpose of this study was to evaluate the consistency of the species studied by means of phylogenetic analysis based on sequences of ITS and two chloroplast DNA regions (trnL-F and rps16), and by AFLP markers (Amplified Fragment Length Polymorphism). Was used as outgroup C. urucurana. As additional objectives, we tried to study the phylogeography of the species complex, through analysis of disjunct populations distributed from the Southeast to the South. Phylogenetic inferences were made from DNA sequences, performed by the criteria of maximum parsimony and posterior probabilities (Bayesian analysis). The results were a great union of most species of the Complex in a polytomy; the populations of C. dichrous and C. aff. erythroxyloides emerged separately in a clade, apart from two populations of C. pallidulus var. glabrus with C. myrianthus, besides the three populations of C. pallidulus var. pallidulus and other species of Complex emerging in another clade. For the AFLP technique, we obtained polymorphic fragments used as characters in the genetic affinity relationships through the neighbor-joining analysis (performed using the PAUP). It was observed that the two varieties of C. pallidulus emerge in different clades, while the two populations of C. pallidulus var. glabrus emerge in the same clade, C. pallidulus var. pallidulus appeared as a paraphyletic taxon, as it appears grouped with different species, a result that confirms the distinct nature of these two varieties. C. erythroxyloides and C. aff. erythroxyloides shown by the two methods of molecular analysis, to be distinct species. C. splendidus, C. ceanothifolius and C. myrianthus are not well resolved, blending, often with C. pallidulus var. pallidulus. Finally, there was congruence between the topologies obtained with the analysis based on combined sequencing data with that obtained by AFLP. The study of biogeography indicated that the distribution area of the ancestral group is probably wide, situated between Minas Gerais and Santa Catarina, since the distribution of species of the complex occurs preferentially in those states

In this work, the integrative taxonomy approach was performed to understand species limits and patterns of diversification in two genera of orizomyine rodents (Cerradomys and Oligoryzomys). Therefore, molecular markers with distinct evolutionary rates were used with different approaches (phylogeny, coalescent-based species delimitation, DNA barcoding, phylogeography, molecular dating). Classic and molecular cytogenetic analyzes were performed, contributing to cytotaxonomy and revealing chromosomal evolution. This work is divided into four chapters, including a brief introduction (Chapter 1). In Chapter 2, the integrative taxonomy approach was used to study the genus Cerradomys, based on cytogenetic and molecular data. The results revealed that cytogenetics is important in the recognition of all described species (cytotaxonomy). Phylogenetic reconstruction showed that internal relationships are well supported, with the exception of C. subflavus and C. goytaca, which are not reciprocally monophyletic. Following the integrative taxonomy, in which species limits are based on the congruence of methods, this work recognizes and reiterates the eight Cerradomys species described so far. We suggest a taxonomic revision in C. langguthi and C. subflavus, since both may represent species-complex or in process of speciation. Times of divergence show that Cerradomys is a recent genus, with speciation events occurred mainly in the Pleistocene. In Chapter 3, classic and molecular cytogenetics (Fluorescence in situ hybridization - FISH with telomeric and Oligoryzomys moojeni probes) were used to study chromosomal evolution in Cerradomys, based on the molecular phylogeny obtained in Chapter 2. Chromosome painting revealed extensive chromosome reshuffling in Cerradomys. Species with the highest diploid numbers showed exclusively telomeric signals whereas interstitial telomeric signals (ITS) were observed in the species with the lowest diploid numbers. Comparisons of chromosome painting with molecular phylogeny data corroborate the hypothesis that ITS, in this case, are remnants of telomeres. Nevertheless, other chromosomal rearrangements were detected with absence of ITS, indicating that these sequences may have been lost in the process of chromosomal breakages, evidencing that there was both retention and loss of ITS along the karyotypic evolution of the genus. In addition, complex rearrangements were detected between the karyotypes of C. goytaca and C. subflavus, reiterating that these two species are distinct, since hybrids probably would not be viable due to meiotic problems. In Chapter 4, aiming to recover the evolutionary history and species limits of Oligoryzomys, molecular phylogeny studies were integrated into cytogenetic data. The genus was monophyletic, but the internal relations had low support. The compilation of phylogenetic, chromosomal data and geographic distribution (interdisciplinarity) was important to understand species boundaries. Four lineages could not be related to any name and may be new species (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens was recovered paraphyletic in respect to O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis and O. nigripes were recovered in two well-structured clades each. In the case of the last two species, the subclades are probably related to exclusive karyotypes. In O. microtis, one subclade is composed of samples from the western Amazon region and the other with samples distributed in southern Amazon region, transition with Cerrado (2n=64, FN=64). In O. nigripes, one of the clades is composed of specimens from northeastern Brazil (2n=62, FN=78) and the other from central-south-southeast Brazil, Argentina, Paraguay and Uruguay (2n=62, FN=80-82). Phylogeographic results corroborate phylogenetic and cytogenetic data, revealing two distinctive phylogroups, consistent with incipient species. Chromosome data corroborate previous work and could be associated to the following names: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. nigripes and O. flavescens, although the last two species should be reassessed. In addition, an undescribed karyotype is being reported for Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, FN=72), as well as new records in Brazil for four species. We suggest a taxonomic revision in O. microtis, O. flavescens and O. nigripes, as these species probably represent incipient or species-complex. In addition, samples related to Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris and Oligoryzomys aff. Utiaritensis should be evaluated morphologically to confirm their identities. The results of this work corroborate the importance of interdisciplinary studies, since the rates of evolution differ according to each character / Neste trabalho, utilizou-se a abordagem de taxonomia integrativa para compreender os limites das espécies e padrão de diversificação em dois gêneros de roedores orizominos (Cerradomys e Oligoryzomys). Para tanto, marcadores moleculares com taxas evolutivas distintas foram utilizados em diferentes abordagens (filogenia, delimitação de espécies baseada em coalescência, DNA barcoding, filogeografia, datação). Análises de citogenética clássica e molecular foram realizadas, contribuindo como um marcador citotaxonômico e revelando padrões de evolução cromossômica. Os dados moleculares e citogenéticos, combinados à dados de distribuição geográfica, tornaram esse trabalho interdisciplinar. Esta tese está dividida em quatro capítulos, incluindo uma breve introdução (Capítulo 1). No capítulo 2, a abordagem de taxonomia integrativa foi utilizada para estudar o gênero Cerradomys, a partir dos dados citogenéticos e moleculares. Os resultados revelaram que a citogenética é importante no reconhecimento de todas as espécies descritas (citotaxonomia). A reconstrução filogenética mostrou que as relações internas são bem suportadas, com exceção de C. subflavus e C. goytaca, que não são reciprocamente monofiléticos. De acordo com a taxonomia integrativa, em que a delimitação de espécies é baseada na congruência entre a maioria dos dados, esse trabalho reconhece e reitera as oito espécies de Cerradomys descritas até o momento. Sugerimos uma revisão taxonômica em C. langguthi e C. subflavus, uma vez que ambas podem representar complexos de espécies ou casos de especiação em curso. Os tempos de divergência mostram que Cerradomys é um gênero recente, cujos eventos de especiação ocorreram preponderantemente no Pleistoceno. No capítulo 3, estudos de citogenética clássica e molecular (hibridação in situ fluorescente - FISH com sondas teloméricas e cromossomo-específicas de Oligoryzomys moojeni) foram realizados para compreender a evolução cromossômica de Cerradomys, com base na filogenia obtida no capítulo anterior. A pintura cromossômica mostrou que um grande número de rearranjos ocorreu ao longo da evolução cariotípica de Cerradomys. As espécies com os maiores números diplóides mostraram sinais exclusivamente teloméricos enquanto que sinais teloméricos intersticiais (ITS) foram observados nas espécies com menores números diplóides. Comparações dos dados de pintura cromossômica com os dados de filogenia molecular corroboram a hipótese de que as ITS, neste caso, são remanescentes de telômeros. No entanto, outros rearranjos cromossômicos foram detectados com ausência de ITS, de modo que essas sequências podem ter sido perdidas no processo das quebras cromossômicas, evidenciando que houve tanto retenção quanto perda das ITS ao longo da evolução cariotípica do gênero. Além disso, rearranjos complexos foram detectados entre os cariótipos de C. goytaca e C. subflavus, reiterando que essas duas espécies são distintas, uma vez que provavelmente os híbridos não seriam viáveis devido a problemas meióticos. No capítulo 4, com o objetivo de recuperar a história evolutiva e os limites das espécies de Oligoryzomys, estudos de filogenia molecular foram integrados a dados citogenéticos. O gênero mostrou-se monofilético, mas as relações internas tiveram baixo suporte. A compilação dos dados filogenéticos, cromossômicos e de distribuição geográfica (interdisciplinaridade) foram importantes para compreender os limites das espécies. Quatro linhagens não puderam ser relacionadas a nenhum nome, sendo prováveis espécies novas (Oligoryzomys A-D). Oligoryzomys flavescens foi recuperado parafilético em relação à O. fornesi. Oligoryzomys stramineus, O. microtis e O. nigripes foram recuperados em dois clados bem estruturados cada. No caso das duas últimas espécies, os subclados provavelmente estão relacionados à cariótipos exclusivos. Em O. microtis, um dos clados é composto por exemplares do oeste da região amazônica e o outro, por exemplares distribuído ao sul da região amazônica, transição com Cerrado (2n=64, NF=64). Em O. nigripes, um dos clados é composto por exemplares do nordeste do Brasil (2n=62, NF=78) e o outro por exemplares da região centro-sul-sudeste do Brasil, Argentina, Paraguai e Uruguai (2n=62, NF=80-82). Os dados filogeográficos suportam os dados filogenéticos e cromossômicos, revelando dois filogrupos em O. nigripes, sugerindo que essas populações estejam em processo de especiação. Os dados cromossômicos corroboram as informações da literatura e puderam ser associados aos seguintes nomes: O. mattogrossae, O. moojeni, O. chacoensis, O. stramineus, O. flavescens e O. nigripes, embora as duas últimas devam ser reavaliadas. Adicionalmente, um novo cariótipo está sendo reportado para Oligoryzomys aff. utiaritensis (2n=70, NF=72), assim como novos dados de distribuição no Brasil para quatro espécies. Sugerimos uma revisão taxonômica em O. microtis, O. flavescens e O. nigripes, pois estas espécies provavelmente representam complexos de espécies ou estão em processo de especiação. Além disso, os exemplares relacionados à Oligoryzomys aff. delicatus, Oligoryzomys aff. chacoensis, Oligoryzomys aff. rupestris e Oligoryzomys aff. utiaritensis devem ser avaliados morfologicamente para confirmar suas identidades. Os resultados desse trabalho corroboram a importância dos estudos interdisciplinares, uma vez que as taxas de evolução para cada caráter são heterogêneas

Introduçaõ - Algumas espécies de Culex (Melanoconion) são consideradas vetores de vírus do complexo da Encefalite Equina Venezuelana e do Vírus do Nilo Ocidental. O subgênero Melanoconion é considerado grupo taxonômico diverso, amplamente distribuído nos países do continente americano, com exceção do Chile e Canadá. A diferenciação das espécies implica grande dificuldade taxonômica, dependendo de estudos dos caracteres morfológicos da genitália dos machos. Contudo o estudo da genitália masculina demanda destreza na dissecção das respectivas estruturas. A classificação atual do subgênero inclui 160 espécies distribuídas em dois grupos principais, a Seção Melanoconion e a Seção Spissipes. Estas seções estão subdivididas em agrupamentos não formais que foram propostos de maneira a englobar as espécies morfologicamente semelhantes, em especial por caracteres da genitália masculina. Objetivos - Investigar as relações filogenéticas entre as espécies do subgênero, e testar a classificação atual proposta por Sirivanakarn (1983). O estudo avaliou o monofiletismo das seções Melanoconion e Spissipes, e de alguns agrupamentos incluídos em cada uma. Métodos - A partir de amostra composta por 106 espécimes do subgênero (46 espécies) e empregando fragmentos de dois genes nucleares de cópia única (CAD, HB), e do gene mitocondrial (COI), foram propostas hipóteses sobre relações filogenéticas. As análises filogenéticas empregaram os métodos estatísticos de Máxima Verossimilhança e de análise Bayesiana. Resultados e Discussão - Apresenta-se a primeira hipótese filogenética de espécies do subgênero Melanoconion baseada informações de três genes. Os resultados obtidos corroboram o monofiletismo das duas seções. As espécies incluídas na Seção Spissipes estão subdivididas em grupos que refletem a história evolutiva e, portanto, correspondem a grupos naturais que compartilham ancestral comum. Portanto, propomos a revalidação do subgênero Helcoporpa Dyar transferindo para ele todas as espécies até agora incluídas na Seção Sipissipes, com exceção do Culex nicaroensis. Por outro lado, a Seção Melanoconion é formada por grupos monofiléticos e outros grupos polifiléticos ou parafiléticos. Este fato sugere que serão necessários rearranjos taxonômicos na Seção Melanoconion, além de estudos mais abrangentes tanto em relação à amostra de espécies como outros genes. Os resultados aqui descritos mostram que o gene COI pode ser utilizado como ferramenta complementar para facilitar a identificação taxonômica das espécies de Melanoconion. Adicionalmente, os genes nucleares, quando analisados em conjunto, proporcionaram informação suficiente na diferenciação de seções, grupos não formais e espécies do subgênero. O uso dos três marcadores moleculares é recomendado para estudo da filogenia de Culex (Melanoconion). Este estudo contribui com informação nova e útil para melhor compreender a classificação de Melanoconion e auxiliar na identificação das espécies. / Introduction - Some of the species of Culex (Melanoconion) Theobald are recognized as vectors of arboviruses such as Venezuelan Equine Encephalitis Virus complex and West Nile Virus. Melanoconion is considered taxonomically diverse and widely distributed in the Americas, with the exception of Chile and Canada. The species of this subgenus pose a real taxonomical challenge as the identification based on morphological traits focuses mainly on the male genitalia that require well-trained skills for dissection of the structures. The current classification of the subgenus recognizes 160 species divided in two major groups, Melanoconion Section and Spissipes Section. Each one of these sections are further divided into non-formal groupings proposed to include morphologically similar species, mainly based on male genitalia characters. Research objectives - To investigate phylogenetic relationships between species of the subgenus Melanoconion of Culex by testing the current classification by Sirivanakarn (1983). We intended to evaluate the monophyly of the two major sections of the subgenus and some of the non-formal groups included in each section. Methods - Our sample taxa included 106 specimens of Melanoconion (46 species), from which we used fragments of two single-copy nuclear genes (CAD, HB) and the mitochondrial gene COI. We raised phylogenetic hypotheses about the subgenus Melanoconion based on analyses that used statistical methods such as Maximum likelihood and Bayesian inference. Results and Discussion - We present the first molecular phylogeny of Melanoconion based on information provided by three genes. The obtained phylogenetic trees strongly support that both sections, Melanoconion and Spissipes, are monophyletic groups. Furthermore the Spissipes Section showed phylogenetic lineages consistent with morphological classification. Thus we strongly recommend the resurrection of subgenus Helcoporpa Dyar to include species until now considered as Spissipes Section, with the exception of Culex nicaroensis. As for the Melanoconion Section, several non-formal groupings corresponded to polyphyletic or paraphyletic groups, with only a few having monophyletic origins. This fact suggests that future taxonomic rearrangements should be consider for Melanoconion Section, as well as a wider sampling of species and molecular markers. Our results confirmed the use of COI gene as a complementary tool for taxonomical identifications. Additionally, the performance of nuclear genes, when analyzed together, was highly informative, showing resolution between the two sections and also for species level. As for tools to infer phylogeny, our data are in agreement with the use of multi loci approach, in order to propose a phylogenetic hypothesis. Our results contribute with new information that improves the classification of subgenus Melanoconion and provides useful data to help with the identification tasks.

O gênero Porphyra (Rhodophyta) apresenta uma considerável importância econômica, sendo extensivamente cultivado e consumido como alimento. O gênero é representado por mais de 70 espécies e apresenta ampla distribuição geográfica, desde regiões tropicais até polares. Sua taxonomia, baseada em poucos caracteres da fase macroscópica do seu ciclo de vida, é ainda bastante problemática. Para tentar entender melhor a taxonomia e a história evolutiva de Porphyra foram utilizadas metodologias de biologia molecular e características da fase conchocelis do ciclo de vida. Verificou-se que caracteres da fase microscópica podem ser utilizados para complementar os conhecimentos taxonômicos tradicionais. Para tentar elucidar a posição filogenética do gênero Porphyra na divisão Rhodophyta e, dentro do gênero, entre espécies do Atlântico, o gene nuclear que codifica para o RNA ribossomal da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) foi amplificado através de PCR, clonado e completamente sequenciado. Foram utilizadas três espécies de Porphyra da Nova Escócia (Canadá) e duas de São Paulo (Brasil). As sequências obtidas foram alinhadas com as de alguns eucariontes e de outras algas vermelhas, incluindo uma sequência publicada de \"Porphyra umbilicalis\" da França. As árvores filogenéticas foram construídas através dos métodos de parcimônia, distancia e máxima verossimilhança. As analises mostraram que o gênero Porphyra é monofilético para as cinco espécies estudadas e constitui um dos ramos mais antigos dentro das algas vermelhas já analisados. O gênero Porphyra, subclasse Bangiophycidae, apresentou uma diferença substancial em relação aos gêneros da subclasse Florrideophycidae, sustentando assim, a divisão de Rhodophyta em duas subclasses pela taxonomia tradicional. Entre os eucariontes, Porphyra divergiu ao mesmo tempo que o nuclemorfo de Cryptomonas. O alto grau de divergência genética encontrada entre espécies de Porphyra, além de indicações do registo fóssil, na literatura, sugerem que o gênero é bastante primitivo dentro das algas vermelhas. Surpreendentemente, a sequência publicada para \"Porphyra umbilicalis\" apresentou mais de 99% de identidade com uma espécie de Palmaria que pertence à subclasse Florideophycidae; neste caso, a biologia molecular serviu para comprovar a identificação errônea do exemplar cuja sequência foi publicada. Durante a análise filogenética, verificou-se a ocorrência de um intron do grupo ICI nos genes rDNA 18S de Porphyra spiralis var. amplifolia. Esse intron ocorre na mesma posição que os introns do grupo IC1 nos rDNA 18S dos fungos Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei e da alga verde Chlorella ellipsoidea, e apresenta identidade de sequências nos domínios P1 e P2, fora da região conservada, com o intron de Pn. Carinii. Três variantes, diferindo do tamanho da seqüencia do domínio P1, foram observados em três populações com distribuição geográfica diferente. O variante maior pode se auto-processar (\"self-splice\") in vitro. Quadros abertos de leitura estão presentes nos introns, mas não correspondem a nenhum gene conhecido. Introns estão presentes no rDNA 18S de outras espécies de Porphyra, que também podem apresentar variantes do rDNA 18S sem introns / The red algas genus Porphyra has considerable economic importance, and some species are extensively cultivated for human food. The genus is represented by more than 70 species, and occurs worldwide. Its taxonomy, based mainly on morphological characters of the macroscopic phase of its life-cycle is still unsettled. Alternatives to try to understand better the taxonomy and evolutive history of the genus were ascertained. It was verified that characters of the microscopic, filamentous phase, of the life-cycle of Porphyra may be used to complement the traditional taxonomic studies. To try to elucidate the phylogenetic position of Porphyra relative to the other red algae, and within the genus, among isolates from different locations, nuclear-encoded small-subunit ribosomal RNA genes (18S rDNAs) were PCR-amplified, cloned and completely sequenced. Three species of Porphyra from Nova Scotia and two species from Brasil were aligned with 18S sequences of other eukaryotes, including one published sequence of \"Porphyra umbilicalis\" from France. Phylogenetic trees were constructed by parsimony, distance and maximum-likelihood procedures. Analysis of our data revealed that these Porphyra species represented one of the deepest branches so far discovered within red algae. There was a great degree of primary sequence difference between Porphyra (subclass Bangiophycidae), and the other red algae belonging to the subclasses Florideophycidae. These results support the division of red algae into two subclasses by traditional taxonomy. Among eukaryotes Porphyra diverges at the same point as the Cryptomonas nucleomorph. The great among of sequence divergence, and the fossil record suggest that Porphyra, my indeed, be a very primitive red alga. Surprisingly, the 18S RNA sequence of the French \"Porphyra umbilicalis\" does not fit in our Porphyra category; instead, it has more than 99% identity with a species of Palmaria belonging to the subclass Florideophycidae. Therefore it was concluded that \"P. umbilicalis\" with the published sequence was actually a Palmaria palmate that was misidentified. During the phylogenetic analysis it was found that a group IC1 intron occurs in nuclear 18S rRNA genes of Porphyra spiralis var. amplifolia. This intron occurs at the same position of the group IC1 introns in 18S rDNAs of the fungus Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei and the green alga Chlorella ellipsoidea, and shares primary-structural identity with the Pn. Carinii intron in domains P1 and P2, outside the conserved core. Three size-variants, differing in amount of optimal sequence in P1, exist and are differentially distributed in geographically distinct populations. The largest variant can self-splice in vitro. Open reading frames are present, but do correspond to known genes. Introns are present in the 18S rDNAs of several other Porphyra species, that may also have intronless rDNA copies