Ce travail de thèse propose d'utiliser Fanalyse fonctionnelle dans le processus de conception des structures de convertisseurs statiques. L'analyse fonctionnelle permet d'obtenir un niveau de raisonnement relativement détaché d'une technologie de réalisation. Ainsi, elle permet de guider le concepteur vers l'obtention de plusieurs structures à partir d'un même cahier des charges. L'approche présentée ici est restreinte aux convertisseurs statiques mais peut être étendue aux entraînements électriques. Un modèle est proposé pour représenter les fonctions et les agencer sous forme de graphes fonctionnels. En complément, une analyse de cohérence de ces derniers a été élaborée afin d'aider le concepteur tout au long de sa démarche de conception, en lui signalant des problèmes éventuels de construction des graphes et en lui proposant même parfois des éléments de solution. A partir de là, nous avons mis en œuvre un prototype informatique afin de valider tous ces concepts. Cet outil ne réalise que la vérification de la cohérence et laisse à la charge du concepteur le choix des fonctions et le passage fonction-structure.

La mémoire de travail (MT) est un ensemble de processus cognitifs permettant la mise en représentation mentale d'informations et leur utilisation pour agir. Elle permet l'émergence de fonctions élaborées telles que le raisonnement ou la planification. La MT repose, entre autres, sur les propriétés du cortex préfrontal latéral (CPFL). Les théories actuelles proposent une division de cette structure en différentes régions fonctionnelles, spécifiques soit des informations à traiter (domaine visuel ou verbal) soit du traitement à effectuer (maintien en mémoire, manipulation, action). Ainsi notre objectif est de préciser dans quels processus de MT le CPFL est spécifiquement impliqué et quel est le principe d'organisation fonctionnelle de cette région. Les travaux de cette thèse s'appuient sur une approche multimodale combinant études lésionnelles modernes et IRM fonctionnelle. Les résultats montrent que le CPFL est impliqué dans la manipulation des informations et leur utilisation pour l'action, et que pour cela il est organisé en régions spécialisées pour un domaine d'information et d'autres qui ne le sont pas.Ces résultats posent la question de la connectivité entre ces régions et de son lien avec les fonctions cognitives élaborées.

Les marais littoraux de Charente Maritime représentent des systèmes hydrauliques sur lesquels les données existantes sur la qualité de l'eau sont limitées. Ce déficit d'information représente un frein à la bonne gestion de ces écosystèmes. Leur situation intermédiaire entre continent et océan leur confère un rôle prépondérant au sein de ces entités. Par ailleurs, les marais représentent un patrimoine écologique majeur où le suivi du compartiment aquatique est indispensable en vue d'améliorer la connaissance et d'apprécier l'évolution de ces milieux.Dans ce cadre, un réseau de suivi de la qualité des eaux des marais a été mis en place sur la base du SEQ-Eau (système d'évaluation de la qualité des cours d'eaux) en 2003 par l'UNIMA (Union des Marais de Charente-Maritime) dans le but de créer un référentiel " marais "répondant aux exigences de la DCE (Directive Cadre sur l'Eau européenne). Mais avant d'apprécier la qualité des eaux des marais, il est nécessaire de comprendre leur fonctionnement. Les objectifs de la thèse sont de trois ordres. Le premier était de dégager une typologie de nature d'eau des marais en valorisant les données issues du suivi patrimonial de l'UNIMA. Dans un deuxième temps, le suivi analytique des eaux et du fonctionnement a été approfondi (ajout de paramètre chimique, biologique et géographique) sur un nombre restreint de stations.Une typologie, basée sur une méthode statistique permettant d'appréhender à la fois les variabilités spatiale et temporelle dans le classement des stations en groupes, est composé de 7 groupes en marais doux et de 5 en marais salés. Le suivi des marais pendant prés de 1,5ans par les paramètres de la matière organique, de l'ensemble des compartiments planctoniques constituant les réseaux trophiques planctoniques et la diversité fonctionnelle du phyto- et du méso-zooplancton, ont permis de confirmer un certain nombre d'hypothèses sur le fonctionnement des marais et sur la typologie de nature d'eau, concernant notamment : (i)le rôle écologique des marais, (ii) l'influence des écosystèmes adjacents du méta-écosystème Pertuis-charentais et (iii) leur capacité de résilience.Le fonctionnement des marais salés semble contrôlé par un double mécanisme : la marée et le type d'activité anthropique dans les bassins déterminant le taux de renouvellement des eaux qui conditionne le type de réseaux trophiques en place et leur succession. Dans les marais doux, un schéma 'classique' de la succession des réseaux trophiques planctoniques aété dégagé. La dominance du phytoplancton et des réseaux trophiques herbivores et multivores, semblerait cohérent avec les fonctions écologiques d'épuration et d'habitat/nourricerie caractéristiques des zones humides. Ce fonctionnement classique peut être altéré par différents mécanismes : le renouvellement de l'eau ou le développement des macrophytes. D'une part, le faible renouvellement d'eau de certains marais peut conduire à l''emballement' du système et provoquer des phénomènes d'eutrophisation, altérant les propriétés de l'écosystème (injection d'azote atmosphérique ou efficacité écotrophique). Enfin, les macrophytes sont plus compétitrices que le phytoplancton dans les milieux peu profond tel que les canaux de marais. Leur capacité a utilisé les nutriments des sédiments permette leur développement et empêche celui du phytoplancton (limitation par la lumière). La dégradation importante de la biomasse macrophytique par les bactéries en période estivale peut engendrer de fortes hypoxies.Quelques indicateurs basés sur des paramètres simples sont proposés pour suivre l'état trophique du système (chlorophylle par classe de taille, biomasse bactérienne), ou bien de repérer un état susceptible de virer sur une eutrophisation (espèces de rotifère spécifiques des périodes pré-eutrophisation).

Depuis leur radiation après le Carbonifère, il y a 325 millions d'années, les insectes ont colonisé la majorité des milieux terrestres. Ce grand pouvoir colonisateur est en partie dû à leur association avec des bactéries symbiotiques intracellulaires, nommés endosymbiotes. Ces derniers complémentent le régime alimentaire de l'insecte et lui permettent de survivre sur des milieux nutritionnellement pauvres ou déséquilibrés. Les endosymbiotes sont transmis maternellement, ce qui assure la pérennité de l'association au cours des générations. Ils sont maintenus dans des cellules spécialisées, les bactériocytes, qui forment à leur tour un organe, le bactériome. L'étude des spécificités moléculaires et cellulaires des bactériocytes est un enjeu majeur dans la compréhension des mécanismes de régulation des endosymbiotes. Toutefois, la caractérisation de ces spécificités reste peu élucidée. Afin d'approcher les spécificités moléculaire, cellulaire et immunitaire du bactériome, ainsi que la réponse immunitaire systémique du charançon dirigée contre un pathogène, nous avons construit et séquencé 7 banques d'ADNc provenant du charançon des céréales : Sitophilus oryzae (Coléoptère, Curculionide). L'analyse in silico des banques, appuyée par une étude transcriptomique, a montré que le bactériome présente une forte expression de gènes impliqués dans la survie et le développement cellulaire, et dans le trafic vésiculaire. Le bactériome présente aussi une réponse immunitaire spécifique et modulée, puisqu'à l'exception d'un peptide antimicrobien, la coléoptéricine-A, les effecteurs de l'immunité ne sont pas (ou peu) exprimés. Par ailleurs, nous avons montré que la réponse immunitaire des larves de charançon aux infections bactériennes serait modulée en présence des endosymbiotes. Le deuxième volet de cette thèse s'est focalisé sur le stade adulte du charançon, chez qui les bactéries symbiotiques sont hébergées dans des bactériomes situés à l'apex des caeca mésentériques qui tapissent l'intestin moyen de l'insecte. Cette association est éphémère chez l'adulte qui perd ses endosymbiotes 15 jours après la mue imaginale. Nous avons recherché les mécanismes moléculaires et cellulaires responsables de cette élimination, ainsi que les causes écophysiologiques et évolutives sous-jacentes. Par des approches histologiques et transcriptomiques, nous avons démontré que l'élimination des symbiotes est la conséquence de l'activation simultanée de l'apoptose et de l'autophagie. Par ailleurs, nous avons montré que l'élimination du symbiote survient après la formation ultime de la cuticule par l'insecte adulte, et que cette élimination symbiotique était corrélée à une diminution des besoins nutritionnels de l'insecte, notamment en acides aminés aromatiques.

Le service intentionnel est décrit par le but métier que le service permet de réaliser. Les utilisateurs effectuent ainsi une découverte, dirigée par les buts, des services correspondant à leurs exigences fonctionnelles. Le service atomique est exécutable par des services logiciels, alors que le service agrégat introduit de la variabilité, en décrivant les différentes variantes permettant de réaliser le but du service. La description du service intentionnel est étendue à la qualité (QoiS-Quality of intentional Service), qui peut être une QoiS simple associée au service atomique ou une QoiS globale correspondant au service agrégat. La QoiS simple est définie comme étant les buts qualité que le service atomique permet de satisfaire partiellement. La QoiS permet ainsi d'établir la correspondance entre les exigences non-fonctionnelles des utilisateurs et la qualité des services logiciels. Afin de traiter la variabilité métier du service intentionnel, des contraintes de dépendances entre les services sont définies. Elles permettent de préciser que le choix d'une variante peut entrainer le choix ou l'exclusion d'une autre variante. Pour améliorer le consensus sur la qualité, le référentiel qualité est proposé. Celui-ci est utilisé par les fournisseurs pour décrire la qualité de leurs services, et par les utilisateurs pour décrire leurs exigences non-fonctionnelles. La méthode multicritères d'aide à la décision TOPSIS est adaptée pour sélectionner parmi les services agrégats ou parmi les configurations exécutables ceux qui correspondent le mieux au contexte qualité de l'utilisateur. Aussi, un outillage est proposé pour démontrer la faisabilité de la méthode de sélection proposée.

Le thème principal de cette thèse est l'annotation fonctionnelle, qui consiste à associer à une protéine sa ou ses fonctions biologiques. Nous nous sommes intéressés à deux aspects. Dans un premier temps, nous avons testé l'hypothèse biologique selon laquelle l'ordre des domaines dans une protéine pourrait jouer un rôle dans la fonction biologique de celle-ci. Pour cela, nous avons introduit la notion de pépites séquentielles de connaissance comme une association séquentielle entre séquence d'items et une cible déterminée. Nous avons conçu et implémenté SNK, un algorithme pour rechercher ces pépites. Pour répondre à un besoin de nos collaborateurs, nous avons étendu l'algorithme SNK en lui donnant une spécification plus adaptée à la biologie, puis nous avons utilisé avec succès SNK pour l'étude d'une famille protéique. Dans un second temps, nous avons travaillé sur les ontologies biologiques et les hiérarchies fonctionnelles que les experts biologistes utilisent pour l'annotation. Il existe plusieurs de ces vocabulaires contrôlés et structurés exprimant chacun un point de vue sur l'annotation. Pour permettre de travailler avec l'ensemble de ces données d'annotation dans le cadre de travaux de génomique comparative. Il est apparu nécessaire de mettre en correspondance des ontologies biologiques. Nous avons choisi de développer une méthode de mapping, O'Browser, prenant en compte les spécificités des ontologies biologiques, en introduisant un matcher utilisant les relations d'homologie entre les protéines annotées par ces ontologies et la notion de pondération adaptative des ces matchers. Cette méthode a été utilisée pour l'alignement de deux hiérarchies fonctionnelles.

Décider, c'est sélectionner une alternative parmi l'ensemble des options possibles en accord avec nos buts. Les décisions perceptuelles, correspondant à la sélection d'une action sur la base d'une perception, résultent de l'accumulation progressive d'information sensorielle jusqu'à un seuil de décision. Aux niveaux comportemental et cérébral, ce processus est bien capturé par les modèles de décision par échantillonnage séquentiel. L'étude neurobiologique des processus de décision, guidée par l'usage de modèles computationnels, a permis d'établir un lien clair entre cette accumulation d'information sensorielle et un réseau cortical incluant le sillon intra-pariétal et le cortex dorso-latéral préfrontal. L'architecture des réseaux biologiques impliqués dans la prise de décision, la nature des algorithmes qu'ils implémentent et surtout, l'étude des relations entre structure biologique et computation est au cœur des questionnements actuels en neurosciences cognitives et constitue le fil conducteur de cette thèse. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés aux mécanismes neuraux et computationnels permettant l'ajustement du processus de décision perceptuelle à son contexte. Nous avons montré que l'information a priori disponible pour prédire nos choix diminue la distance au seuil de décision, régulant ainsi dynamiquement la quantité d'information sensorielle nécessaire pour sélectionner une action. Pendant la prise de décision perceptuelle, le cortex cingulaire antérieur ajuste le seuil de décision proportionnellement à la quantité d'information prédictive disponible et le cortex dorso-latéral préfrontal implémente l'accumulation progressive d'information sensorielle. Dans un deuxième temps, nous avons abordé la question de l'unicité, au travers des domaines cognitifs, des mécanismes neuro-computationnels implémentant la prise de décision. Nous avons montré qu'un modèle de décision par échantillonnage séquentiel utilisant la valeur subjective espérée de chaque option prédisait avec précision le comportement de sujets lors de choix économiques risqués. Pendant la décision, la portion médiale du cortex orbito-frontal code la différence entre les valeurs subjectives des options considérées, exprimées sur une échelle de valeur commune. Ce signal orbito-frontal médian sert d'entrée à un processus de décision par échantillonnage séquentiel implémenté dans le cortex dorso-latéral préfrontal. Pris ensemble, nos travaux précisent les contours d'une architecture fonctionnelle de la prise de décision dans le cortex préfrontal humain en établissant une cartographie des modules computationnels qu'il implémente, mais aussi en caractérisant la façon dont l'intégration fonctionnelle de ces régions cérébrales permet l'émergence de la capacité à prendre des décisions

La présente étude explore les constructions de la santé d'interprètes professionnels en danse contemporaine et tente de mieux comprendre comment la pratique professionnelle de la danse contemporaine participe de ces constructions. Cette étude qualitative, de type ethnographique, s'appuie sur les témoignages de quinze danseurs professionnels contemporains de la région de Montréal, recueillis lors d'entrevues individuelles semi-dirigées entre l'été 2004 et le printemps 2005. L'analyse a été réalisée conformément à la méthode de théorisation ancrée. Les propos des danseurs rencontrés pour l'étude témoignent de l'importance d'être en santé et fonctionnel afin d'être disponible à la danse, en dépit de l'omniprésence de la blessure et de l'inconfort dans leur vie, et témoignent de la responsabilité individuelle de la santé que portent les interprètes par une attention soutenue à leurs habitudes de vie, qu'elles soient générales (nourriture, repos) ou spécifiques à la danse (entraînement, soins du corps). Toutefois, leurs commentaires révèlent également que l'importance qu'ils accordent à la santé est sans cesse négociée en relation à trois aspects de la pratique professionnelle de la danse contemporaine, trois contextes imposant eux-mêmes leurs propres impératifs: le contexte esthétique, le contexte relationnel et le contexte de travail. Les danseurs doivent donc composer quotidiennement avec des exigences multiples et concilier les demandes d'un corps en santé à celles d'un corps poétique, sans l'existence d'un filet de sûreté adéquat en termes de conditions de travail, et ce, à l'intérieur de relations étroites entre les différents acteurs du milieu, desquelles fait partie l'enjeu du pouvoir. Une telle problématisation de la relation entre santé et danse n'est pas indépendante des questions de genre et d'âge. Une quatrième dimension de la pratique s'est également imposée sans toutefois représenter un contexte à proprement parler, celle de l'amour, voire de la passion du métier. Nos résultats nous permettent d'affirmer que la pratique de la danse contemporaine participe des constructions de la santé des interprètes qui elles-mêmes, participent des pratiques artistiques du milieu. L'étude a permis de mettre en lumière que les impératifs contradictoires que vivent les interprètes rendent complexe et problématique l'association de la santé et de la danse telle que ceux-ci l'expérimentent au quotidien, alors que privilégier la santé (par exemple) peut être perçu comme une transgression des critères du milieu contemporain en danse mais comme un signe de conformité au discours dominant de la santé. En présentant un vaste portrait de la question de la santé dans le milieu de la danse contemporaine, l'étude met en relief plusieurs aspects de la problématique de la santé en danse et ouvre ainsi la voie à plusieurs possibilités de travaux futurs reliés à la question du genre, de la douleur, de l'identité ou encore du processus de syndicalisation au sein du milieu artistique de la danse contemporaine qui met en relation le «travail» de la danse et la «passion» de la danse.

La qualité de vie des personnes présentant une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) est souvent compromise par l'incapacité de fournir un effort physique continu même s'il est de faible durée ou de faible intensité. De plus, ils sont soumis à plusieurs limitations fonctionnelles dues à une capacité ventilatoire réduite. Lors d'efforts physiques ou même d'accomplissement d'activités de la vie quotidienne, il y a une rapide apparition des symptômes d'essoufflement. Cette inactivité physique prolongée provoque une dégradation importante des muscles périphériques ainsi qu'une atrophie musculaire: moins ils en accomplissent, plus leur état physique se détériore et plus les efforts physiques deviennent presque impossibles à réaliser. Au cours des années, les programmes de réadaptation pulmonaire ont démontré une certaine efficacité pour briser ce cercle vicieux. Plusieurs patients atteints de MPOC sévère en sont toutefois exclus en raison de leur trop grande faiblesse musculaire et d'autres abandonnent le programme puisqu'ils ont peine à suivre ce dernier. Si l'on veut que l'accessibilité à ce type de programme soit augmentée, il faut penser à une nouvelle approche d'entraînement, qui pourrait être bénéfique pour les patients atteints de MPOC sévère. L'électrostimulation (ÉSM) devient donc une technologie intéressante à utiliser avec ce type de patient. L'ÉSM peut diminuer les irritants associés à l'entraînement traditionnel ce qui devrait réduire le nombre de cas d'abandon et s'assurer d'une plus grande participation à la réadaptation pulmonaire classique. Plusieurs avantages résident dans l'utilisation de l'ÉSM comme la réduction au minimum des symptômes d'hypoxie ou de dyspnée, la facilité à contrôler les paramètres d'entraînement, l'enrayement du risque de blessures causées par le matériel traditionnel (poids, poulies, etc.), la facilité à cibler un groupe musculaire ou même un muscle et finalement l'appareil est petit et peu encombrant. Est-ce que l'ÉSM pourrait augmenter la force musculaire des muscles en périphérie et par le fait même augmenter la capacité fonctionnelle des patients atteints de MPOC? L'ÉSM pourra augmenter la force des muscles en périphérie, soit les quadriceps et les mollets, des sujets MPOC. L'ÉSM devrait aussi contribuer à améliorer leur force musculaire, leur capacité fonctionnelle et par conséquent leur qualité de vie. Cette technique devrait contribuer à diminuer les irritants associés à l'entraînement traditionnel. Dans cette étude, 9 sujets ont subi l'ÉSM. Les sujets choisis détiennent une moyenne du VEMS prédit de 28,44 ± 15,65 %, donc représente une catégorie sévère de la MPOC. Le programme d'ÉSM s'est déroulé au domicile des sujets pour un total de 5 séances par semaines pour un volume total de 15 séances. Lors de la séance, 20 minutes sont consacrées à l'ÉSM des quadriceps suivi de 20 minutes pour l'ÉSM des mollets. La fréquence de stimulation a été fixée à 50 Hertz (Hz). Chacune des impulsions a eu une durée 400 µs et l'intensité (courant) fût fixé, au départ, entre 10 et 20 mA. Par la suite, l'intensité a été augmentée au niveau le plus élevé pouvant être toléré par le sujet. La durée de chaque contraction a été de 10 secondes, suivi d'une période de récupération de 5 secondes entre chaque contraction. Les tests pré et post programme effectué afin de remarquer les bienfaits de l'ÉSM sont le test de lRM, le test de marche de 6 minutes ainsi que la force de préhension. Les fréquences cardiaques ainsi que la tension artérielle ont été mesurées tout au long des séances d'ÉSM. Les résultats obtenus sont significatifs quant à l'augmentation de la force au niveau des membres inférieurs au test de lRM (p < 0,004) ainsi qu'à l'augmentation de la capacité fonctionnelle au test de marche de 6 minutes (p < 0,019). De plus, il n'y aurait eu aucun effet significatif de l'ÉSM sur les signes vitaux des sujets (TA et FC). Les résultats confirment l'hypothèse voulant que l'ÉSM des muscles en périphérie permette l'augmentation de la force de ces derniers ainsi qu'une augmentation de la capacité fonctionnelle chez les patients présentant une MPOC de type sévère. Il est fort probable que l'augmentation de la force des membres inférieurs a contribué à l'augmentation de la capacité fonctionnelle et ainsi faire un lien avec l'augmentation de la qualité de vie. Ils ont maintenant plus de chance d'accéder au programme traditionnel de réadaptation. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Activité physique, Maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), Électrostimulation musculaire (ÉSM), Réadaptation pulmonaire, Dysfonction respiratoire, Qualité de vie.

Introduction : Le vieillissement modifie la composition corporelle, ce qui accélère la perte d'autonomie. L'activité physique pourrait être une intervention préventive pour contrer ce phénomène. Or, 62 % des femmes post ménopausées sont inactives (Institut de la statistique du Québec, 2009). Objectif : Évaluer l'effet de 12 semaines en tai chi chez des femmes post ménopausées sur la composition corporelle et la capacité fonctionnelle. Méthode : Quarante-six femmes post ménopausées ont été recrutées et divisées en 2 groupes (Novices : NO et expertes : EX en tai chi). Parmi ce nombre, 15 novices et 18 expertes en tai chi ont terminé l'étude. La composition corporelle, les capacités fonctionnelles ainsi que l'état de santé ont été mesurés pré et post tests. Résultats : Le score au test de la chaise s'est significativement amélioré (NO : p<0.001 vs EX : p=0.003) chez nos 2 groupes mais seul nos EX ont une amélioration significative au test de l'escalier (p=0.004). De plus, la perception de l'état de fatigue a diminué significativement dans nos 2 groupes (NO : p=0.002; EX : p=0.03). Seul le groupe NO a connu une augmentation significative de la force musculaire (Kincom; p=0.02). Finalement nous observons une diminution significative de l’IMC (p=0.03) et du tour de taille (p=0.007) chez le groupe EX. Conclusion : Le tai chi semble efficace pour améliorer la composition corporelle et les capacités fonctionnelles chez des femmes post ménopausées novices ou expertes et ce même si ces dernières étaient autonomes et n'avaient pas encore atteint l'âge de 70 ans. Ainsi, le tai chi devrait être considéré comme une avenue adaptée pour maintenir un vieillissement réussi. ______________________________________________________________________________