Thesis (M.Sc.)(Microbiology)--University of Pretoria, 2005. / Includes summary. Includes bibliographical references. Available on the Internet via the World Wide Web.

Composting trials were undertaken to study the feasibility of using crucifer or carrot residues with straw or sawdust for composting. Compost temperature and moisture were monitored regularly, and compost samples were analyzed for physico-chemical characteristics at the beginning in the fall, before turning in spring, and at the end of each composting cycle. A geotextile cover was tested. Compost leachate volumes were measured throughout the two composting cycles. In addition, the leachate was submitted to phytotoxicity tests and physico-chemical analyses. Selected phytopathogens were introduced in the compost in order to assess their potential for survival during the composting process. Three pathogens having resistant survival structures were included: Plasmodiophora brassicae, Fusarium oxysporum f.sp. cucumerinum , and Sclerotinia sclerotiorum. Greenhouse growth trials were performed with compost-enriched media and a commercial mix. (Abstract shortened by UMI.)

Levando-se em conta as vantagens dos FMA, este trabalho foi desenvolvido tendo por objetivo avaliar a utilização destes microrganismos no desenvolvimento vegetativo e no controle biológico da fusariose, em porta-enxertos de videira oriundos de micropropagação.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:20:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 332314.pdf: 1573375 bytes, checksum: bff58997fb8a8d0eb5d2ed9710dc1790 (MD5) Previous issue date: 2014 / O mal-do-panamá, causado por Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), é uma doença endêmica em todas as regiões produtoras de banana, sendo citado como uma das seis doenças mais importantes de plantas cultivadas e responsável por grandes perdas econômicas. O cultivo da bananeira em Santa Catarina sofre com essa doença e uma das estratégias usadas no seu controle é a substituição das cultivares do subgrupo Prata, consideradas suscetíveis ao fungo, pelas cultivares do subgrupo Cavendish, devido a sua maior resistência. Nos últimos anos, no entanto, essa estratégia vem sendo questionada em função da ocorrência de focos de Foc nos bananais de cultivares do subgrupo Cavendish. Tendo em vista a importância da bananicultura no Sul do Brasil, região subtropical, a constatação do avanço da doença e o aumento de focos do mal-do-panamá em bananais de cultivares do subgrupo Cavendish nessa região, este trabalho teve como objetivo caracterizar isolados de Fusarium oxysporum f. sp. cubense coletados de cultivares de bananeira dos subgrupos Prata e Cavendish e desenvolver um marcador SCAR associado à suscetibilidade ao mal-do-panamá. Avaliou-se uma população de 152 isolados de Foc coletados em 13 regiões produtoras de banana do Estado de Santa Catarina por meio de características morfológicas, níveis de agressividade, utilização de marcadores moleculares microssatélites e intermicrossatélites (SSR, ISSR) e também pelo sequenciamento do fator de alongação TEF 1a. A patogenicidade foi confirmada para todos os isolados, e os critérios morfológicos confirmaram a identidade do fungo. Em relação aos níveis de agressividade, foi possível classificar os isolados em três grupos distintos, considerados como pouco agressivo moderadamente agressivo e agressivo. Quando utilizamos as técnicas moleculares, observou-se que os resultados de ISSR, SSR e sequenciamento TEF 1a revelaram uma menor variação entre os isolados analisados, sendo que, a maioria apresentou 100% de similaridade interna. Entre esses marcadores, ISSR + SSR foi o mais polimórfico, sendo capaz de diferenciar mais indivíduos e com uma maior percentagem de dissimilaridade. Na segunda etapa desse trabalho, aplicando-se 78 iniciadores arbitrários em DNA genômico de genótipos resistentes e suscetíveis, uma banda de RAPD associada à susceptibilidade foi selecionada e usada para gerar o iniciador SCAR SuscPD-F/SuscPD-R. Este marcador foi validado em 28 cultivares de bananeira e os resultados indicaram um elevado grau de especificidade do marcador, o qual foi capaz de discriminar entre os dois grupos de contraste resistentes ou suscetíveis com um poder12discriminatório de 93%. Os resultados obtidos poderão apoiar os trabalhos de melhoramento genético da cultura, acelerando a seleção e o desenvolvimento de cultivares com maior nível intrínseco de resistência às infecções e melhorias nas técnicas de controle à doença. Esse trabalho representa uma contribuição na caracterização de Foc e no estudo de resistência da bananeira em áreas subtropicais, onde há até o momento uma carência de resultados e ferramentas nesta área.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-graduação em Ciência e Engenharia de Materiais, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:26:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 318871.pdf: 5262527 bytes, checksum: b14f7098a3be34f09eee783f21caaba0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Neste trabalho, avaliou-se uma nova rota biológica a temperatura e pressão ambiente para biotransformação da sílica contida na cinza da casca de arroz (CCA) usando o fungo Fusarium oxysporum. Ensaios foram realizados para caracterização do bioprocesso através do seguimento de parâmetros como produção de biomassa, consumo de substrato, pH, produção de ácidos orgânicos e concentração de CCA. A sílica solúvel foi analisada em diversos meios de cultura: malte-glicose (MG), malte-levedo-glicose (MYG), batata-glicose (PG) e arroz-glicose (RG). As proteínas extracelulares produzidas pelo fungo foram analisadas por SD-PAGE e métodos colorimétricos. A CCA e as nanopartículas foram analisadas por DRX, IV, potencial zeta, BET, MEV e MET antes e depois do bioprocesso. Os resultados mostraram que algumas proteínas com tamanhos entre 24, 55 e 70 kDa, e o metabolismo do fungo são provavelmente responsáveis pela dissolução e transformação da sílica a partir da CCA. Os meios de cultura MG e PG apresentaram melhores resultados com relação à transformação cristalina da sílica e com a dissolução da mesma. Foi verificado que há uma transformação da CCA em nanopartículas de sílica quase esféricas de tamanhos entre 6 a 10 nm, área de superfície de 177 m2/g e com estrutura cristalina <br> / Abstract: In this study a biological route at room temperature for the biotransformation of rice husk ash (RHA) in silica nanoparticles using the fungus Fusarium oxysporum was evaluated. Tests were carried out by monitoring the fungal biomass production, substrate consumption, pH, organic acids production. Solubilized silica was analyzed in different culture media: malte-glucose (MG), malte-yeast-glucose (MYG), potato-glucose (PG) and rice-glucose (RG). Extracellular proteins were analyzed by SD-Page and colorimetric methods. RHA and silica nanoparticles were analyzed by XRD, FTIR, zeta potential, BET, SEM and TEM, before and after bioprocessing. The results showed that the production of organic acids was not totally related to the solubility of silica and some proteins that are (24, 55 and 70 kDa) and the metabolism of the fungus with the exposure of RHA that contribute to this. MG and PG media were selected for F. oxysporum growth and production of silica nanoparticles. Zeta potential, XRD and SEM results showed a transformation of silica nanoparticles in RHA. The results indicated that through a biological process at room temperature a biotransformation of rice husk ash is reached by bioleaching and enzymatic action allowing the synthesis of silica quasi-spherical nanoparticles with size between 6 and 40 nm, surface area of 177 m2/g, and crystalline structure.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T23:42:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013Bitstream added on 2014-09-24T20:28:57Z : No. of bitstreams: 1 320150.pdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / O declínio e morte das videiras, causados pelo fungo Fusarium oxysporum f. sp. herbemontis, é um dos principais problemas fitossanitários da viticultura no Sul do Brasil. A erradicação das plantas contaminadas é a principal forma de controle desta doença, por não haver controle químico eficiente. A inoculação com fungos micorrízicos arbusculares é uma alternativa para reduzir ou neutralizar efeitos de patógenos de solo, mas são necessários estudos sobre os mecanismos envolvidos na resposta das plantas nesse processo. Com o objetivo de compreender tais mecanismos um experimento trifatorial foi conduzido com os porta-enxertos de videira SO4, P1103 e R110, suscetível, tolerante e resistente ao patógeno, respectivamente. Eles foram inoculados ou não com o fungo micorrízico arbuscular (FMA) Rhizophagus irregularis e inoculados ou não com Fusarium oxysporum f. sp. herbemontis. Avaliaram-se o crescimento e sintomas de fusariose das plantas, o perfil protéico das raízes foi caracterizado por eletroforese bidimensional, e as proteínas foram identificadas por espectrometria de massa MALDI-TOF. Os porta-enxertos inoculados com R. irregularis apresentaram maior desenvolvimento e melhor estado nutricional, além de possuírem menor índice de doença quando inoculados com o fungo patogênico. O porta-enxerto R110 regulou a expressão de 73 proteínas enquanto que SO4 regulou 59 proteínas. No porta-enxerto SO4 foram identificadas nove proteínas relacionadas à indução de resistência, enquanto que no porta-enxerto R110 foram identificadas seis proteínas. Os resultados, além de confirmar a melhora no crescimento e no estado nutricional das plantas, inoculadas com Rizophagus irregulares, também mostram o potencial de micorrizas no controle biológico de doença radicular e evidenciam diferenças na interação dos porta-enxertos frente ao patógeno, ao FMA e à combinação de ambos <br>

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. / Made available in DSpace on 2012-10-21T05:51:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 190175.pdf: 571082 bytes, checksum: 0319f824ddf597e41a4465d85acdccef (MD5) / Uma das causas do declínio dos vinhedos catarinenses é o ataque pelo fungo de solo Fusarium oxysporum f. sp. herbemontis. Para reposição dos vinhedos têm potencial a micropropagação e o controle biológico da doença. Para isso pode ser feita a introdução de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) e de antagonistas aos patógenos. Faz-se necessário, portanto, determinar as condições favoráveis ao estabelecimento das plantas e ao uso, conjunto ou isolado, desses agentes de controle biológico. Foram conduzidos experimentos em câmara de crescimento com o objetivo de selecionar substratos que promovam a micorrização; avaliar o enraizamento in vitro e ex vitro na aclimatização; verificar a compatibilidade entre os FMAs e os antagonistas e testar o uso em conjunto desses microrganismos no controle da fusariose. Foram testados seis substratos, à base de solo e aditivos, com e sem inoculação micorrízica, para aclimatização de dois porta-enxertos. Após 12 semanas as melhores combinações para produção de biomassa vegetal e colonização micorrízica (%M) foi o substrato à base de solo, composto termofílico e areia, para o porta-enxerto Paulsen 1103; enquanto para o porta-enxerto SO4 destacou-se o substrato à base de solo, composto e vermiculita. O substrato comercial usado proporcionou o aumento na biomassa vegetal, mas causou baixa %M. As raízes formadas in vitro sobreviveram e se mostraram necessárias à sobrevivência das plantas na aclimatização. A introdução dos antagonistas a patógenos Trichoderma sp., Gliocadium roseum e Bacillus sp. não interferiram na intensidade de colonização das raízes pelo FMA e no crescimento das plantas. Essas combinações antagonistas e FMAs foram testadas para o controle da fusariose. Após 30 dias da inoculação do patógeno observaram-se sintomas de fusariose no porta-enxerto susceptível. Dentre as combinações testadas a FMA/Bacillus sp. e FMA/Trichoderma sp. são mais promissora que a combinação FMA/G.roseum. Os FMAs são eficientes para o controle de fusariose nos porta-enxertos susceptíveis à doença, quando inoculados isoladamente.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-13. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:30:01Z : No. of bitstreams: 1 000851960_20160101.pdf: 357482 bytes, checksum: ae9894ea91df158c3f254d8712309980 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:50Z: 000851960_20160101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:39Z : No. of bitstreams: 1 000851960.pdf: 1986629 bytes, checksum: fd2eda9f5c5da698a200b6313ee03909 (MD5) / A indução de supressividade a Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) em bananeira por meio de produtos orgânicos foi avaliada pela incorporação ao solo, artificialmente infestado com o patógeno, de biocarvão de serragem de Eucalyptus (BC), casca de camarão (CC), composto de lodo de esgoto (LE), concha de marisco (CM), bio-óleo de casca de arroz (BA) e de serragem de Eucalyptus (BE), emulsão (EP) e hidrolisado de peixe (HP). Características químicas do solo; área abaixo da curva de progresso do índice da doença (AACPID); severidade final; descoloração interna do rizoma; respiração microbiana por meio da liberação de CO2; comunidade de F. oxysporum, fungos e bactérias totais; a inibição do crescimento micelial e da germinação de microconídios pelos extratos aquosos e pela liberação de compostos voláteis tóxicos foram os parâmetros avaliados. A CC e o LE reduziram a severidade externa (50 e 37%, respectivamente) e a descoloração interna do rizoma (56 e 36%, respectivamente). As CC e CM reduziram o desenvolvimento das plantas nas fases iniciais de cultivo, mostrando sintomas de fitotoxicidade. A elevação do pH, condutividade elétrica (CE), K, Mg, S, Na, Fe, Zn, CO2 e comunidade de bactérias foram as características que apresentaram maior influência na redução da severidade, enquanto que o aumento no pH, CE, CO2, P, Ca, S, Na e B também contribuíram para reduzir a população de F. oxysporum no solo. O BA, o BE e o HP reduziram em 94, 84 e 40% a AACPID, respectivamente. Os teores de Zn, a inibição do crescimento micelial e inibição da germinação dos microconídios pela ação de compostos voláteis e de extratos aquosos foram os mecanismos que mais explicaram o controle ... / The induction of suppressiveness to Fusarium wilt in banana by the incorporation of Eucalyptus sawdust biochar (BC), shrimp shells (CC), composted sewage sludge (LE), clamshell (CM), bio-oil of rice husk (BA) and bio-oil of Eucalyptus sawdust (BE), fish emulsion (EP) and fish hydrolyzate (HP) to soil was evaluated. Soil chemical characteristics; the area under the curve of progress of the disease index (AUPCDI), final severity and internal discoloration of the rhizome; microbial respiration through the release of CO2; the populations of F. oxysporum, fungi and total bacteria; and inhibition of mycelial growth and microconidia germination through the compounds volatile toxic and aqueous extracts were the parameters evaluated. The CC and LE reduced final severity (50 and 37%, respectively) and the internal discoloration of the rhizome (56 and 36%, respectively). The incorporation of CC and CM reduced plant development in the early stages of cultivation, showing symptoms of phytotoxicity. The increase in pH, electric ...

Submitted by NATÁLIA CAROLINA VIEIRA null (vieira_naty@hotmail.com) on 2016-03-21T18:33:32Z No. of bitstreams: 1 Dissertação de Mestrado - Natália Carolina Vieira.pdf: 4489683 bytes, checksum: bb278e0db97defa0e9b2982e4b2a0703 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-22T18:08:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vieira_nc_me_araiq.pdf: 4489683 bytes, checksum: bb278e0db97defa0e9b2982e4b2a0703 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T18:08:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vieira_nc_me_araiq.pdf: 4489683 bytes, checksum: bb278e0db97defa0e9b2982e4b2a0703 (MD5) Previous issue date: 2016-03-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A cada ano vem crescendo a busca por novas fontes de produtos naturais, na qual os micro-organismos recebem uma grande atenção, sendo eles de extrema importância na descoberta de compostos bioativos e promissores a novos fármacos. Esse trabalho teve como foco o estudo de fungos filamentosos da rizosfera de Senna spectabilis. Foram testadas suas viabilidades e após esse processo, dez fungos foram escolhidos para esse trabalho e submetidos aos testes biológicos como citotóxico, anticolinesterásico e antifúngico e também foram obtidos seus perfis cromatográficos e químicos por CLAE-DAD e RMN, além da identificação filogenética. Após esses resultados iniciais, dois fungos foram escolhidos para desenvolver o método de desreplicação, sendo eles Fusarium solani e F. oxysporum. Esses fungos apresentaram atividade antifúngica contra C. cladosporioides e C. sphaerospermun e também apresentaram atividade anticolinesterásica, além disso, F. oxysporum apresentou também atividade antitumoral contra câncer do colorretal. Através das técnicas CG-EM, CLAE-EM, CLAE-EM/EM e RMN foram propostas estruturas moleculares interessantes para substâncias produzidas por esses micro-organismos, sendo que para o extrato de Fusarium solani foram identificados 12 metabólitos: ácido fumárico, ácido málico, tirosol, ácido p-hidroxibenzóico, ácido azelaico, ácido fusárico, (-)-ácido jasmônico/ácido (+)-7-iso-jasmônico, 10-hidroxicaptotecina, C-16-esfinganina, xestoaminol C, armilarina/armilaripina e beauvericina e para o extrato do fungo Fusarium oxysporum foram observados 14 metabólitos: ácido succínico, ácido phidroxibenzóico, ácido hexadecanóico, ácido octadecanóico, ácido fusárico e três de seus derivados, integracídeo C, fusagerina C/D, C-16-esfinganina, xextoaminol C, armilarina/armilaripina e beauvericina. Além desses compostos, outros 5 metabólitos comuns às espécies solani e oxysporum foram observados, mas não puderam ser estruturalmente caracterizados por CLAE-EM/EM, no entanto, suas massas moleculares já foram relatadas para espécies de Fusarium. / The search for new sources of natural products has been increasing to the rational exploration of microorganisms as great sources for the discovery of bioactives and promising compounds as well as new drugs. This work focused on the study of filamentous fungi, isolated from Senna spectabilis’s rhizosphere from which were tested its viabilities. Thereon, ten fungi were chosen for this work and were submitted to biological tests, such as cytotoxic, anticholinesterase and antifungal. In addition, their chemical profiles were obtained for HPLC and NMR, besides phylogenetic identification. Finally, two fungi were chosen to develop dereplication method, being them Fusarium solani and F. oxysporum.These fungi howed anticholinesterase activity and antifungal activity against C. cladosporioides and C. sphaerospermun. Additionally, F. oxysporum showed antitumor activity against colorectal cancer. Through the GC-MS, HPLC-MS, HPLC-MS/MS and NMR, we were able to obtained interesting molecular chemotypes for these microorganisms; for F. solani we identified 12 metabolites, fumaric acid, malic acid, tyrosol, p-hydroxybenzoic acid, azelaic acid, fusaric acid, (+)-7-iso-jasmonic acid/(-)-jasmonic acid, 10- hydroxycamptotecin, C16-sphinganine, xestoaminol C, armillarin/armillaripin and beauvericin and for F. oxysporum was observed 14 metabolites, succinic acid, phydroxybenzoic acid, hexadecanoic acid, octadecanoic acid, fusaric acid and its three derivatives, integracide C, fusagerin C/D, C-16-sphinganine, xestoaminol C, armillarin/armillaripin and beauvericin. Besides these compounds, others 5 metabolites common to both species (solani and oxysporum) couldn’t be structurally characterized thorough LC-MS/MS, but they were accounted in several Fusarium species.

Levando-se em conta as vantagens dos FMA, este trabalho foi desenvolvido tendo por objetivo avaliar a utilização destes microrganismos no desenvolvimento vegetativo e no controle biológico da fusariose, em porta-enxertos de videira oriundos de micropropagação.