Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-15T17:47:24Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 315529 bytes, checksum: a7356a6cb2109a90e8e46c6fece9a4dd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-15T17:47:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 315529 bytes, checksum: a7356a6cb2109a90e8e46c6fece9a4dd (MD5) Previous issue date: 1999-08-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Geminiviridae é constituída por vírus de plantas que possuem genomas de DNA circular de fita simples. Atualmente, está dividida em três gêneros, Mastrevirus, Curtovirus e Begomovirus, de acordo com o inseto transmissor, o tipo de hospedeiro e a organização do genoma, possuindo um ou dois componentes. A presença de geminivírus em plantas de Sida rhombifolia com sintomas de infecção viral foi detectada, em nível molecular, por PCR e “Southern blot”. O vírus proveniente de uma das amostras de Sida rhombifolia foi propagado em Nicotiana benthamiana via biolística, induzindo o sintoma de mosqueado. O componente A desse vírus foi clonado, seqüenciado e submetido à análise de comparação de seqüências, a qual indicou tratar-se de um novo Begomovirus. Pela análise filogenética, esse componente foi classificado como pertencente a um Begomovirus do hemisfério ocidental, que foi denominado vírus do mosqueado de Sida, SMoV. Entretanto, o componente B cognato desse vírus não foi encontrado. Uma segunda amostra de Sida rhombifolia com sintoma de mosaico foi utilizada para clonagem direta do componente A, por meio de amplificação do componente genômico completo, utilizando-se iniciadores específicos. O componente A foi clonado e seqüenciado, e a análise da seqüência indicou a classificação como Begomovirus do hemisfério ocidental, sendo denominado vírus do mosaico amarelo de Sida, SYMV. Ambos os vírus (SMoV-A e SYMV-A) foram inoculados em plantas indicadoras por biolística, mas nenhuma planta apresentou sintoma de infecção viral. Tais resultados foram coerentes com a classificação filogenética dos dois novos Begomovirus, indicando que, provavelmente, SMoV e SYMV possuem dois componentes, embora o componente B de SYMV e SMoV não tenham sido detectado em amostras de Sida com sintomas. Ensaios de infecção mista evidenciaram que SMoV-A é funcional e se move sistemicamente em Nicotiana benthamiana na presença de proteínas de movimento heterólogas, fornecidas in trans. SMoV-A foi detectado por “Southern blot” em folhas apicais de N. benthamiana infectada com TGMV-A, TGMV-B e SMoV-A. A identificação de pelo menos dois novos Begomovirus em Sida rhombifolia indicou que esses vírus são facilmente adaptados a essas plantas. A ocorrência de ambos os vírus em uma mesma planta pode facilitar a recombinação interespécie, contribuindo para o processo evolutivo dessa família de fitovírus. / The Geminiviridae family comprises a group of plant viruses that are packaged as single-stranded circular DNA in virions. The species of this family fall into three genus, Mastrevirus, Curtovirus and Begomovirus, based on the insect vector, host range and genome organization which can be either monopartite or bipartite. We have detected geminivirus in Sida rhombifolia plants by PCR and Southern Blots. The virus from one of the Sida samples has been successfully propagated in Nicothiana benthamiana using a biolistic infection assay and developed a mottle symptom phenotype in these plants. I have cloned and sequenced the A-component of the Sida rhombifolia mottle geminivirus and showed by sequence comparison analysis that it is a new species of Begomovirus from West Hemisphere. The taxonomy of the new virus was confirmed by phylogenetic analysis and the virus was named SMoV, Sida mottle virus. However, attempts to clone its B component have not been succeeded. A second sample of DNA from infected Sida rhombifolia showing mosaic symptoms was directly used to amplify the full genome of the virus with specific primers, which were designed from partial sequencing analysis. Sequence comparison and phylogenetic analyses of the cloned viral component classified the Sida rhombifolia mosaic geminivirus as new specie of the Begomovirus genus, also from the West Hemisphere, named SYMV, Sida yellow mosaivc virus. The cloned components of the viruses SMoV and SYMV failed to infect and develop symptoms in several plants, including S. rhombifolia and N. benthamiana. These results are consistent with the taxonomic classification of the new viruses, indicating that most likely these viruses are bipartite, even though previous results have failed to detect a SYMV B-component in infected Sida. Multiple infection assays demonstrated that the cloned SMoV-A component is infectious, if compatible movement functions are provided in trans. In fact, SMoV-A DNA was detected in young non-inoculated leaves of N. benthamiana, which were infected with the combination of TGMV-A, TGMV-B and SMoV-A. The detection of at least two new Sida rhombifolia-infecting geminivirus indicated that these viruses are well adapted to this host. Therefore, the possible co-existence of the two viruses in the same host may facilitate interspecies recombination, which has been proposed to contribute majority to the evolution and emergence of new species of geminivirus. / Não foi localizado o cpf do autor.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-04-19T17:29:27Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1046673 bytes, checksum: 303cdb874bd37b4e599895a7138301a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-19T17:29:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1046673 bytes, checksum: 303cdb874bd37b4e599895a7138301a8 (MD5) Previous issue date: 2017-07-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Recentemente, uma nova camada de defesa antiviral foi caracterizada em Arabidopsis thaliana, que é mediada pelo receptor NIK (NSP-Interacting Kinase) e protege a planta contra begomovirus. Quando a planta é infectada por um vírus, NIK1 oligomeriza com outro receptor imune ou com NIK1 para transfosforilar um ao outro e consequentemente, ativar o domínio cinase de NIK1. NIK1 é capaz de se ligar a proteína ribossomal L10 (RPL10), e é capaz de mediar sua fosforilação e subsequente translocação ao núcleo, onde RPL10 interage com LIMYB (L10-interacting Myb domain-containing protein) para regular negativamente a expressão de genes de proteínas ribossomais, levando a supressão global da tradução. Os mRNAs virais não são capazes de escapar ao mecanismo de regulação de tradução do hospedeiro, aumentando assim a resistência contra begomovirus. A proteína viral NSP interage com NIK1 e inibe sua atividade cinase, aumentando a patogenicidade do begomovírus em seu hospedeiro. Foi demonstrado em trabalhos anteriores que o mutante NIK1-T474D é um excelente alvo para engenharia genética, pois é constitutivamente ativada em linhagens transgênicas. Nesse trabalho, primeiramente foi realizado a reconstrução in silico da via de sinalização antiviral mediada por NIK1 em tomateiro, identificando possíveis componentes homólogos dessa via. Em seguida, foi examinada a possibilidade do duplo mutante T474D-T469A de conferir resistência contra begomovírus em linhagens transgênicas de tomateiro. Além disso, a linhagem transgênica NIK1-T474D-T469A foi transformada com o componente a jusante da via de sinalilzação antiviral, LIMYB de Arabidopsis, e examinamos o efeito da reconstituição dessa via de defesa durante a infecção viral. Os resultado dessa investigação indicam que a expressão de NIK1-T474D/T469A em linhagens transgênicas de tomateiro foi efetiva para suprimir a expressão de genes ribossomais, indicando que o duplo mutante é constitutivamente ativado em tomateiro. Além disso, a expressão de LIMYB em combinação com NIK1-T469A/T474D promoveu um efeito aditivo na repressão dos genes de proteínas ribossomais, possivelmente revelando uma melhorestratégia para obtenção de resistência a begomovírus. Para averiguar essa hipótese, as linhagens transgênicas foram desafiadas com os begomovírus de tomateiro ToYSV e ToSRV e a infecção foi monitorada por meio de sintomatologia e quantificação do DNA viral. Os resultados demonstraram que a expressão de NIK1-T469A/T474D em combinação com LIMYB é potencialmente um alvo melhor para modificar geneticamente genótipos suscetíveis. / Recently, a new layer of antiviral defenses was characterized in Arabidopsis thaliana, which is mediated by the immune receptor NIK (NSP-Interacting Kinase) and protects plants against begomoviruses. Upon virus infection, NIK1 oligomerizes with itself or another immune receptor to transphosphorylate one another and to activate the NIK1 kinase domain. Activated NIK1 mediates the phosphorylation of the ribosomal protein L10 (RPL10) and subsequent translocation to the nucleus, where RPL10 interacts with LIMYB (L10-interacting Myb domain-containing protein) to down-regulate the expression of ribosomal protein genes, leading to global translation suppression. The viral mRNAs are not able to escape this host translation regulatory mechanism enhancing host resistance against begomoviruses. The viral protein NSP interacts with NIK1 and inhibits its kinase activity, increasing the pathogenicity of begomoviruses by their hosts. We have previously demonstrated that the NIK1 mutant T474D is an excellent target for engineering begomovirus resistance because it is constitutively activated in transgenic lines. In this investigation, we first reconstructed in silico the NIK1-mediated antiviral signaling in tomato by identifying the tomato homologs of the components of the signaling pathway. Then, we examined the property of the double mutant T474D-T469A to confer resistance against begomoviruses in tomato transgenic lines. Furthermore, we overexpressed the downstream component of NIK1 antiviral signaling, LIMYB from Arabidopsis, in the T474D-T469A transgenic lines and examined the effect of reconstituting the antiviral pathway on begomovirus infection. Our results indicated that expression of T474D/T469A in transgenic lines was effective to suppress the expression of ribosomal protein genes, indicating that this double mutant is constitutively activated in tomato. Furthermore, expression of LIMYB in combination with T469A/T474D promoted an additive effect in ribosomal protein gene repression, possibly uncovering a better strategy to acquire begomovirus resistance. To examine this hypothesis, we challenged the transgenic lines with the tomato-infecting begomoviruses ToYSV and ToSRV and monitored the infection by symptomatology and quantitation of viral DNA.Our results demonstrated that expression of T469A/T474D in combination with LIMYB holds the potential to be a better target for engineering begomovirus resistance in susceptible genotypes. / Ficha catalográfica com erro: Morais de Ávila, Larissa Gabriela.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-19T07:31:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6452406 bytes, checksum: 11a9270502dc083faeefb66ee407bd7f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-19T07:31:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6452406 bytes, checksum: 11a9270502dc083faeefb66ee407bd7f (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Fruteiras de clima temperado são de grande importância econômica mundial e são suscetíveis a diversos patógenos transmissíveis por insetos ou nematoides. Seu caráter perene e a propagação vegetativa resultam no aparecimento de diversas doenças complexas, algumas das quais ainda etiologicamente desconhecidas. Em pomares e vinhedos brasileiros frequentemente são observados sintomas de possível origem viral, mas os agentes não foram identificados. Com o objetivo de prospectar agentes virais associados a estas culturas, 74 amostras de fruteiras foram coletadas em diferentes regiões produtoras e avaliadas por PCR e RCA. Um novo vírus altamente divergente, monossegmentado, com genoma de ssDNA circular de aproximadamente 3.400 nucleotídeos, apresentando características moleculares semelhantes às de vírus classificadas nas famílias Circo-, Nano- e Geminiviridae foi detectado em plantas de macieira, pereira e videira. A associação com os hospedeiros foi confirmada e sua infectividade comprovada por meio de inoculação com um clone correspondente ao genoma completo. A análise de sequências e suas características moleculares indicam que este novo vírus poderá pertencer a um novo gênero ou família viral. Os begomovírus (família Geminiviridae) são patógenos de grande importância econômica em diversas culturas, principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Eles regulam, direta ou indiretamente, diversos mecanismos de defesa do hospedeiro, a exemplo da via dos pequenos RNAs (smRNAs), de forma a facilitar a infecção viral. O segundo objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil de smRNAs em plantas de Nicotiana benthamiana infectadas pelo begomovírus Tomato yellow spot virus (ToYSV). Utilizando sequenciamento de nova geração, bibliotecas de smRNAs de plantas de N. benthamiana, sadias e infectadas com o ToYSV, foram sequenciadas a fim de investigar sua complexidade e compreender os mecanismos regulatórios envolvidos na patogênese. Os resultados indicam que os begomovírus são alvo das vias de silenciamento de RNA (VSR) nas etapas iniciais da infecção e que suas proteínas supressoras de silenciamento atuam in trans para interferir com as VSRs. O sucesso da infecção viral e a indução de sintomas estariam assim, ao menos em parte, correlacionados com a regulação negativa das VSRs, com a mudança do perfil de smRNAs e com a regulação da expressão de diversos genes do hospedeiro que transcrevem mRNAs e miRNAs. A proteína de movimento (MP) dos begomovírus bissegmentados é responsável pelo movimento célula-a-célula, indução de sintomas e na determinação da gama de hospedeiros. O terceiro objetivo deste trabalho foi identificar proteínas de hospedeiros do ToYSV candidatas a interagirem com a MP. Complexos proteicos provenientes de plantas expressando constitutiva- ou transientemente NTAPi-MP foram purificados, seguido de identificação por espectrometria de massas. Entretanto, não foi possível encontrar proteínas que interagissem com MP do ToYSV. Ensaios de pull-down com a proteína MP fusionada a uma etiqueta de seis histidinas (6His-MP) identificaram 64 proteínas da planta candidatas a interagirem com a MP. Destas, 25 foram selecionadas para avaliação da interação pelo sistema duplo-híbrido em levedura, contudo, os resultados foram negativos para todas as 25 proteínas. / Temperate fruit trees are of great economical importance worldwide and are susceptible to several insect or nematode-transmitted pathogens. Their perennial nature and vegetative mode of propagation result in the appearance of several complex diseases, some of which are aetiologically undetermined. In Brazilian orchards and vineyards, virus-like symptoms are often observed, but the causal agents have not been identified. With the objective of prospecting viral agents associated with these plants, 74 fruit tree samples were collected at different regions and evaluated by PCR and RCA. A novel, highly divergent virus with a monopartite circular ssDNA genome of approximately 3400 nucleotides, with molecular characteristics similar to viruses in the Circo-, Nano- and Geminiviridae families was identified in apple, pear tree and grapevine plants. Its association with the hosts was confirmed and its infectivity was proven by inoculation with a full-length genomic clone. Sequence analysis and molecular characteristics indicate that this novel virus will be classified in a new viral genus or family. Begomoviruses (Geminiviridae family) cause diseases of major economic importance in many crops, especially in tropical and subtropical regions. They regulate, directly or indirectly, several host defense mechanisms such as small RNA (smRNA) pathways so as to facilitate viral infection. The second objective of this work was to evaluate the profile of smRNAs in Nicotiana benthamiana plants infected by the begomovirus Tomato yellow spot virus (ToYSV). Using Next Generation Sequencing approaches, we sequenced smRNA libraries from healthy or ToYSV-infected N. benthamiana plants to understand their complexity and to explore the regulatory mechanisms involved in pathogenesis. The results indicate that begomoviruses are targets of RNA silencing pathways (RSP) early in the infection and that their silencing suppressor proteins act in trans to interfere with RSP. The success of viral infection and the appearance of ToYSV-induced symptoms may be correlated, at least in part, with RSP downregulation, smRNA profile change and regulation of expression of several host genes (mRNA- and miRNA-transcribing). The movement protein (MP) of bipartite begomoviruses is responsible for cell-to-cell movement, symptom induction and determination of host range. The third objective of this work was to identify host proteins that interact with the ToYSV MP. Protein complexes were purified from plants expressing NTAPi-MP either constitutively or transiently, followed by mass spectrometry-based identification. However, no candidate host proteins were identified. Pull-down assays using the MP with a six histidine tag (6His-MP) identified 64 candidate proteins, 25 of which were selected for evaluation of the interaction using the yeast two- hybrid system. However, results were negative for all 25 proteins.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-17T14:50:17Z No. of bitstreams: 1 Joyce Silva Lima.pdf: 2222741 bytes, checksum: 8a6c7b004633c1014edd4a6cdb6ce33f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T14:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joyce Silva Lima.pdf: 2222741 bytes, checksum: 8a6c7b004633c1014edd4a6cdb6ce33f (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The yam crop (Dioscorea spp.) has a great socioeconomic importance for the Northeast region of Brazil, due to the excellent nutritional quality and energy of its tubers, with potential for export, especially for Europe. However information about the occurrence and distribution of yam viruses are limited in Brazil, the major constraints to yam production, are the viral pathogens. In this study, surveys were conducted to detect the occurrence of viruses yam in produtive areas in northeastern Brazil. The analysis of sequences of virus in yam leaf samples from Alagoas, Pernambuco and Paraiba states were evaluated using the molecular techniques polymerase chain reaction (PCR) and rolling circle amplification (RCA) which revealed the occurrence of badnavirus and geminivirus. Analyzing the partial nucleotide sequence in the RT/RNaseH encoding region, was observed that the isolates of badnavirus correspond to the species Dioscorea alata bacilliform virus (DaBV) and presented nucleotide sequences identity with 50 isolates of DaBV varying between 78-97%. It was also observed that a group with four isolates unrelated to any species of Badnavirus genus, indicating the possibility of being a new phytovirus genus or corresponding to endogenous sequence. Some samples showed the presence of a new begomovirus closely related to species that infect tomato and weeds. A curtovirus was also detected in yam samples and it was related to the described specie Beet mild curly top virus, not reported in Brazil in any host. These results suggest that DaBV is a widespread virus found in northeastern Brazil, the possible presence of endogenous sequences in yam and records the first report of geminivirus in yam and monocotyledonous in Brazil. / A cultura do inhame (Dioscorea spp.) apresenta grande importância socioeconômica para a região Nordeste do Brasil, devido à excelente qualidade nutritiva e energética de suas túberas, apresentando potencial de expansão via exportação de túberas, especialmente para a Europa. Patógenos virais estão entre os principais fatores que ameaçam a produção e produtividade de inhame e circulação segura de germoplasma, contudo informações sobre a ocorrência e distribuição de vírus de inhame são limitadas no Brasil. Neste estudo, as pesquisas foram conduzidas para detectar a ocorrência de viroses nas zonas produtoras do Nordeste do Brasil. A análise de um total de 425 amostras de folhas de inhame obtidas em áreas de cultivo, localizadas nos estados de Alagoas, Pernambuco e Paraíba foram avaliadas através das técnicas moleculares de reação em cadeia da polimerase (PCR) e amplificação em circulo rolante (RCA) que revelaram a ocorrência de badnavírus e geminivírus. Analisando a sequência parcial de nucleotídeos da região codificante RT/RNaseH observou-se que os isolados de badnavirus correspondem à espécie Dioscorea alata baciliforme virus (DaBV) e apresentam identidade de seqüências de nucleotídeos de 50 isolados de DaBV variando entre 78-97%. Constatou-se ainda um grupo de quatro isolados que não se relacionaram com nenhuma espécie do gênero Badnavirus, podendo constituir um novo gênero de fitovírus ou corresponder a sequências endógenas integradas. Em algumas amostras foi constatada a presença de um novo begomovirus estreitamente relacionado com espécies que infectam tomate e plantas daninhas. Um curtovirus também foi detectado nas amostras de inhame e relacionado com uma espécie já descrita Beet mild curly top vírus, ainda não relatada no Brasil em nenhum hospedeiro. Estes resultados sugerem a ampla disseminação do DaBV no Nordeste brasileiro e a possível presença de sequências endógenas em plantas de inhame e registra o primeiro relato de geminivírus na cultura do inhame e em monocotiledôneas em geral no Brasil.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-10T10:52:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3471654 bytes, checksum: 82ea26892b0d158adb1ef3c47fefcab1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T10:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3471654 bytes, checksum: 82ea26892b0d158adb1ef3c47fefcab1 (MD5) Previous issue date: 2016-07-25 / Geminivírus infectam uma ampla faixa de plantas monocotiledôneas e dicotiledô- neas e causam expressivas perdas econômicas. A família Geminividae é uma das mais importantes famílias de vírus de plantas. Atualmente está composta por sete gêneros, é reconhecida pelo tipo de inseto vetor, hospedeiro, organização genômica e reconstrução filogenética. A amplificação por ciclo rolante permitiu que milhares de sequências completas e parciais fossem depositadas em bases de dados públi- cas. Entretanto, tais bases de dados são limitadas em ferramentas avançadas que permitam responder perguntas sofisticadas. Ao contrário de outros importantes patógenos virais, nenhum banco de dados para geminivírus que integre todas as informações relevantes foi ainda sugerido. Neste trabalho, um Data Warehouse (DW) designado geminivirus.com é proposto. Um DW amplamente enriquecido por abordagens de aprendizado de máquina que vise garantir confiabilidade e qua- lidade das sequências genômicas e seus metadados associados. As metodologias de extração, transformação dessas sequências e seus metadados foram implemen- tadas em um processo ETL (Extract, Transform and Load) específico para dados de geminivírus. Além disso, neste processo, o uso de algoritmos de aprendizado de máquina como Multilayer Perceptron (MLP), Máquina de Vetores de Suporte (SVM) e Random Forest são utilizados como classificadores taxonômicos in silico para classificar as sequências completas. Ademais, modelos de aprendizado de máquina foram propostos para classificação de genes. Os modelos para ambos os fins superam 98% de acurácia e precisão, utilizando apenas atributos extraídos da sequência genômica completa, sequência CDS (Coding DNA Sequence) e sequên- cia de aminoácidos. Também técnicas de Processamento de Linguagem Natural baseadas em teoria dos grafos foram propostas para extração de informação e co- nhecimento em resumos de artigos. Essa metodologia apresentou grande potencial para responder perguntas específicas. Explorando o grafo de texto buscando por palavras chaves que representam os mecanismos evolutivos, verificou-se que o tema recombinação é os mais estudado se comparado à mutação, migração, seleção na- tural e deriva genética. Tornando-se assim, uma técnica propicia para gerar novas hipóteses. Ao utilizar tal técnica, observou-se que ferramentas de predição de genes não foram mencionadas. Dessa oportunidade, sugerimos um método para predição e classificação de genes designado Fangorn Forest (F2). Além disso, como parte desse método sugerimos um algoritmo para predição de genes designado Millau Bridge (MB). Esse algoritmo testa todas as possíveis ORFs que uma sequência genômica completa pode codificar por meio de codons de iniciação e terminação. Além disso, identifica sítios de excisão de splicing. geminivrus.com tornou-se uma base de dados robusta capaz de proporcionar dados com boa qualidade, ferramen- tas avançadas enriquecidas por métodos de aprendizado de máquina que auxiliam pesquisadores em suas atividades de pesquisa e tomada de decisão. / Geminiviruses infect a wide range of monocot and dicot plants and cause sig- nificant economic losses. The Geminividae family is one of the most important plant virus families. Currently, it consists of seven genera and is recognized by the type of insect vector, host range, genome organization and phylogenetic re- construction. The rolling cycle amplification allowed thousands of complete and partial sequences to be made available in public databases. However, such databa- ses have limitations concerning advanced tools to answer sophisticated questions. Unlike other major viral pathogens, no database for geminiviruses that integrates all relevant information was suggested yet. In this work, a Data Warehouse (DW) designated geminivirus.org is proposed. It is a DW widely enriched by machine learning (ML) approaches designed to ensure reliability and quality of the genomic sequences and their associated metadata. The methods for extraction and trans- formation of these sequences and their metadata have been implemented using the ETL process (Extract, Transform and Load), specifically for geminivirus data. In addition, ML algorithms such as Multilayer Perceptron (MLP), Support Vector Machine (SVM), and Random Forest classifier are used as in silico taxonomic clas- sifiers to classify complete sequences. Furthermore, ML models are proposed for gene classification. All models exceed 98% accuracy and precision using only ex- tracted attributes of the complete genome sequence, Coding DNA Sequence (CDS) and protein sequence. Additionally, Natural Language Processing based on graph theory techniques have been proposed for extracting information and knowledge articles. This methodology presented great potential to answer specific questi- ons. While exploring the word graph by searching for keywords that represent evolutionary mechanisms, it was found that the subject of recombination is the most studied compared to the mutation, migration, natural selection and, genetic drift. The resulting method is demonstrated, thus, to be an interesting techni- que to generate new hypotheses. By using this technique, it was observed that gene prediction tools have not been mentioned. In this opportunity, we suggest a powerful method for prediction and classification of genes called Fangorn Forest (F2). Also as part of this method, we suggest a greedy algorithm for predicting genes designated Millau bridge (MB). This algorithm tests all possible ORFs that a complete genomic sequence can encode inspecting initiation and termination co- dons. Furthermore, it identifies splicing sites. geminivirus.org became a robust database capable of providing data with good quality, advanced tools enriched by machine learning methods that help researchers in their research activities and decision making.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-20T13:46:53Z No. of bitstreams: 1 Liliane Dias Nascimento.pdf: 4084810 bytes, checksum: 75a96b10bb37fdfc009fceb0465dd541 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-20T13:46:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Liliane Dias Nascimento.pdf: 4084810 bytes, checksum: 75a96b10bb37fdfc009fceb0465dd541 (MD5) Previous issue date: 2003-02-28 / The Begomovirus (family Geminiviridae) are characterized by infecting dicotyledonous plants, present twinned icosahedral particles with genomes composed of one or two components of circular single-stranded DNA (DNA-A and DNA-B). In addition to cultivated plants, the begomoviruses are also associated with a wide range of weeds. This study aimed to characterize the begomoviruses associated with weed families Malvaceae (Herissantia crispa, Waltheria indica, Sidastrum paniculatum, Sida rhombifolia e Triumfetta semitriloba), Solanaceae (Physalis sp.) and Lamiaceae (Hyptis sp.) In northeastern Brazil to assess their diversity and importance as sources of new virus to cultivated plants. Samples of weeds with symptoms typical of begomovirus infection were collected in the states of Alagoas, Pernambuco and Bahia during the years 2010-2012. We obtained a total of 28 genomic components (18 DNA-A and 10 DNA-B). Analysis of the sequences indicated the presence of eight species of begomovirus, six new species (HeYMV, TrYMV, PaYNV, PhYSV, HyRMV1 and HyRMV2). In phylogenetic analyzes between viruses obtained malvaceous weeds. indicate that all new species clustered with Brazilian begomoviruses. Evidence of recombination were detected manifold where the begomoviruses from Sida spp. and tomato were identified as parents. In weed Hyptis sp. and Physalis sp. Sequence analyzes indicated the presence of three new species of begomoviruses, the two found in the same sample Hyptis sp. (Mixed infection) and another found initially Physalis sp. and subsequently detected in Hyptis sp. In phylogenetic analyzes of these three new species formed a single monophyletic branch. The analyzes showed strong evidence of recombination between HyRMV1 and HyRMV2, and the like parental HyRMV1. The ToRMV was identified as a possible parental species HyRMV1 and PhYSV. Therefore, these results indicate that the weeds are important reservoirs of begomoviruses and that recombination events have apparently contributed to the emergence of new species in some hosts. / Os Begomovirus (família Geminiviridae) são caracterizados por infectarem plantas dicotiledôneas, apresentarem partículas icosaédricas geminadas, com genoma composto por um ou dois componentes de DNA circular de fita simples (DNA-A e DNA-B). Além de plantas cultivadas, os begomovírus estão também associados a uma ampla gama de plantas daninhas. Esse estudo teve como objetivo caracterizar os begomovírus associados a plantas daninhas das famílias Malvaceae (Herissantia crispa, Waltheria indica, Sidastrum paniculatum, Sida rhombifolia, Triumfetta semitriloba), Solanaceae Physalis sp.) e Lamiaceae (Hyptis sp.) no nordeste brasileiro para avaliar sua diversidade e importância como fontes de novos vírus para plantas cultivadas. As amostras de plantas daninhas com sintomas típicos de infecção por begomovírus foram coletadas nos estados de Alagoas, Pernambuco e Bahia durante os anos de 2010 a 2012. Foram obtidos um total de 28 componentes genômicos (18 DNA-A e 10 DNA-B). Análises das sequências indicaram a presença de oito espécies de begomovírus, sendo 6 novas espécies (HeYMV, TrYMV, PaYNV, PhYSV, HyRMV1 e HyRMV2). Nas análises filogenéticas entre os vírus obtidos das malváceas daninhas. indicam que todas as novas espécies se agruparam com begomovírus brasileiros. Evidências múltiplas de recombinação foram detectadas onde os begomovírus provenientes de Sida spp. e do tomateiro foram identificados como parentais. Nas daninhas Hyptis sp. e Physalis sp. análises das sequências indicaram a presença de três novas espécies de begomovírus, duas encontradas numa mesma amostra de Hyptis sp. (infecção mista) e a outra encontrada inicialmente em Physalis sp. e posteriormente detectada em Hyptis sp. Nas análises filogenéticas essas três novas espécies formaram um único ramo monofilético. As análises de recombinação indicaram uma forte evidência de recombinação entre HyRMV1 e HyRMV2, tendo o HyRMV1 como parental. O ToRMV foi identificado como possível parental para as espécies HyRMV1 e PhYSV. Portanto, esses resultados indicam que as plantas daninhas constituem importantes reservatórios de begomovírus e que eventos de recombinação tem aparentemente contribuído para o surgimento de novas espécies nessas hospedeiras.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-02T18:36:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465320 bytes, checksum: aef535b7b9e18085d72080d249710846 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T18:36:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 465320 bytes, checksum: aef535b7b9e18085d72080d249710846 (MD5) Previous issue date: 2005-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Geminiviridae é caracterizada pelo aspecto geminado da partícula viral e genoma composto por DNA circular de fita simples, com aproximadamente 2.600 nucleotídeos. É dividida em quatro gêneros, de acordo com o tipo de inseto vetor, gama de hospedeiros, organização do genoma e relacionamento filogenético. Os begomovírus possuem dois componentes genômicos, são transmitidos por mosca-branca e infectam espécies dicotiledôneas. No Brasil há diversos relatos de begomovírus causando sérias perdas nas culturas do feijoeiro e tomateiro. Embora a importância econômica dos begomovírus em soja seja secundária, a ocorrência desses patógenos nesta cultura é preocupante. Duas possíveis novas espécies de begomovírus, denominadas “vírus A” e “vírus B” foram isoladas e clonadas a partir de plantas de soja. Obteve-se a seqüência completa de nucleotídeos do DNA-B do “vírus A”, e uma seqüência parcial do DNA-A do “vírus B”. A comparação de seqüências e análise filogenética indica que o DNA-B do “vírus A” possui a máxima correspondência nucleotídica com o isolado B3 do Sida micrantha mosaic virus (SimMV), e o DNA-A do “vírus B” com o isolado A2 do SimMV. Entretanto os níveis de identidade são baixos, indicando que ambos os vírus realmente devem constituir novas espécies de begomovírus. Vírus de plantas, incluindo os begomovírus, têm sido utilizados com sucesso na construção de vetores para a indução de silenciamento gênico. Entretanto, existem poucos vetores eficientes para a inoculação em plantas de tomate e não há relatos para plantas de soja. Os dois componentes genômicos do Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) encontram-se completamente seqüenciados e, o DNA-A foi utilizado para a construção do vetor viral pToR- A1.4 CP. A estratégia utilizada foi a construção de um clone infeccioso sem o gene da proteína capsidial, substituído por um sítio múltiplo de clonagem para 9 enzimas de restrição derivado do vetor pKS+. Este vetor viral baseado no ToRMV será um complemento e uma alternativa em estudos de genômica funcional de tomateiro e de soja, na análise de genes envolvidos em vários processos biológicos. / The Geminiviridae is a family of plant viruses characterized by twinned icosahedral viral particles and a circular single-stranded DNA genome, with approximately 2.600 nucleotides. It is divided into four genera according to the type of insect vector, host range, genomic organization and phylogenetic relationships. Begomoviruses have two genomic components, are transmitted by whitefly and infect dicotyledoneous species. In Brazil, begomoviruses cause serious losses in tomato and bean crops. Although the economic importance of the begomoviruses in soybean is secondary, the presence of these pathogens in this crop is cause of concern. Two possible new begomovirus species, named “virus A” and “virus B”, were isolated and cloned from soybean plants. The complete nucleotide sequence of the DNA-B from “virus A” and a partial sequence of the DNA-A from “virus B” were obtained. Sequence comparisons and phylogenetic analysis indicated that the DNA-B from “virus A” has a maximum nucleotide identity with the isolate B3 from Sida micrantha mosaic virus (SimMV), and that the DNA-A from “virus B” with the isolate A2 from SimMV. However, identity levels are low, indicating that both viruses could actually comprise novel begomovirus species. Plant viruses, including begomoviruses, have been used with success for the construction of vectors for the induction of gene silencing. However, there are few effective vectors for inoculation into tomato plants and none for soybean plants. Both genomic components of Tomato rugose mosaic virus (ToRMV) have been completely sequenced and, the DNA-A was used for the construction of the viral vector pToR-A1.4 CP. The strategy used was the construction of an infectious clone without the capsid protein gene, replaced by a multiple cloning site for 9 restriction enzymes, derived from the pKS+ plasmid vector. This viral vector will be a complement and an alternative in functional genomics of tomato and soybean plants, in the analysis of genes involved in various biological processes. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:36:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1875030 bytes, checksum: 2c2c1497d43bb10ad7e10f009f941c57 (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Geminiviruses constitute a large group of plant virus whose genome is packed as single-stranded DNA circles in a small, twinned isometric particle and is converted to double- stranded forms in nuclei of differentiated plant cells. Members of the genus Begomovirus, such as Cabbage leaf curl virus (CaLCuV), possess two genomic components, DNA-A and DNA-B. The DNA-A has the potential to code for five gene products (AV1, AC1, AC2, AC3, AC4) and is involved in replication, transcriptional activation of viral genes and encapsidation of the viral genome. The DNA-B encodes two movement proteins, the movement protein MP (BC1) and the nuclear shuttle protein NSP (BV1), both required for systemic infection. NSP shuttles the viral DNA between the nucleus and the cytoplasm and then acts cooperatively with MP to move the viral DNA cell-to-cell across the wall. The localization of NSP and its proposed role in cell-to-cell movement of the viral DNA predict that interactions with host factors may occur in both the cytoplasm and the nucleus. In fact, NSP has been demonstrated to interact with a plasma membrane receptor protein, designated NIK, and a nuclear acetyltransferase. A proline-rich extensin-like receptor protein kinase (PERK) was found to interact specifically with NSP of CaLCuV and of tomato-infecting geminiviruses, through yeast two-hybrid screening. The PERK-like protein, which we designated NsAK (NSP-associated kinase), is structurally organized into a proline-rich N-terminal domain followed by a transmembrane segment and a C-terminal serine/threonine kinase domain. The viral protein interacted stably with defective versions of the NsAK kinase domain but not with the potentially active enzyme in an in vitro binding assay. In vitro translated NsAK enhanced the phosphorylation level of NSP, indicating that NSP functions as substrate for NsAK. These results demonstrated that NsAK is an authentic serine/threonine kinase and suggested a functional link for the NSP-NsAK complex formation. This interpretation was corroborated by in vivo infectivity assays showing that loss of NsAK function delays the onset of CaLCuV infection and attenuates symptom development. Our data implicate NsAK as a positive contributor to geminivirus infection and suggest it may regulate NSP function. / Geminivírus constitui um grande grupo de vírus de planta, cujo genoma é empacotado na forma de DNA circular fita simples em partículas icosaédricas geminadas e é convertido em uma forma fita dupla no núcleo de células diferenciadas de plantas. A maioria dos membros do gênero Begomovirus, como o Cabbage leaf curl vírus (CaLCuV), possuem dois componentes genômicos, DNA-A e DNA-B. O DNA-A apresenta o potencial para codificar cinco produtos gênicos (AV1, AC1, AC2, AC3, AC4) e está envolvido na replicação, ativação transcricional de genes virais e encapsidação do genoma viral. O DNA-B codifica duas proteínas de movimento, Movement Protein MP (BC1) e Nuclear Shuttle Protein NSP (BV1), ambas requeridas para o estabelecimento de uma infecção sistêmica. NSP transporta o DNA viral entre o núcleo e o citoplasma e então atua cooperativamente com MP para transportar o DNA viral de célula-a-célula através da parede celular. A localização de NSP e seu papel proposto no movimento célula- a-célula do DNA viral predizem que podem ocorrer interações com fatores do hospedeiro tanto no citoplasma quanto no núcleo. De fato, foi demonstrado que NSP interage com uma proteína receptora da membrana plasmática, designada NIK, e uma acetiltransferase nuclear. Através de ensaio de duplo híbrido, foi identificada, uma PERK quinase ( proline-rich extensin-like receptor protein kinase ) de Arabidopsis thaliana que interage especificamente com NSP de CaLCuV e, também de geminivírus que infectam tomate, a qual foi designada NsAK ( NSP-associated kinase ) e é estruturalmente organizada em um domínio N-terminal rico em prolina seguido de um segmento transmembrana e de um domínio C-terminal de serina/treonina quinase. A proteína viral interagiu estavelmente com versões defectivas do domínio de quinase de NsAK, mas não com a enzima potencialmente ativa em um ensaio de ligação in vitro. NsAK traduzida in vitro aumentou o nível de fosforilação de NSP, indicando que NSP atua como substrato de NsAK. Estes resultados demonstram que NsAK é uma autêntica serina/treonina quinase e sugerem elo funcional para a formação do complexo NSP-NsAK. Esta interpretação foi corroborada por ensaios de infectividade in vivo, demonstrando que a perda de função de NsAK reduz a eficiência da infecção por CaLCuV e atenua o desenvolvimento dos sintomas. Estes dados implicam NsAK como um contribuidor positivo para a infecção por geminivírus e sugerem que NsAK pode regular a função de NSP.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 478603 bytes, checksum: 2f73d62b9c5b69dd70468c095488ebaf (MD5) Previous issue date: 2014-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / NIK (NSP-Interacting Kinase) is a receptor-like kinase involved in defense against geminiviruses, which was first identified as a virulence target of the begomovirus transport protein NSP (Nuclear Shuttle Protein). We have previously identified that NIK activation mediates an indirect phosphorylation of the ribosomal protein L10 causing the translocation of the cytosolic protein to the nucleus, where it interacts with LIMYB (L10-interacting Myb domain-containing protein) to regulate genes involved in the translation machinery resulting in a global translation suppression. Constitutive activation of NIK, through ectopic expression of the mutant T474D in Arabidopsis, has been previously shown to induce the plant immune system. In this investigation, we examined further whether activation of the signaling module NIK-RPL10-LIMYB would transduce a typical defense signal that promotes the induction of the plant immune system. However, the current results suggest that the NIK-mediated antiviral signaling does not induces the basal immune system. Firstly, the global variation of gene expression by ectopic expression of the constitutively activated mutant receptor T474D or LIMYB does not cause a gene enrichment in the up-regulated list of typical defense categories, such as response to pathogens, response to virus and virus-induced gene silencing. Secondly and very importantly, quantitative RT-PCR of a representative sample of defense genes confirmed that they are not up-regulated by expression of T474D or LIMYB. In contrary, expression of LIMYB in the transgenic lines caused a down-regulation of the defense genes examined. We have also examined new host targets that interact with NSP. Initially, we used a 12000 Arabidopsis protein expression-based microarray to isolate a t-SNARE-like protein with the capacity to bind NSP in vitro. This interaction NSP-At4g30240 protein was further confirmed by two- hybrid assay in yeast and by bimolecular fluorescence complementation assay in planta. Our results indicate that At4g30240 interacts with NSP in vivo to mediate or facilitate the viral protein transport among cell compartments. / NIK (NSP-Interacting Kinase) é um receptor cinase envolvido na resposta de defesa contra geminivírus, e foi primeiramente identificado como alvo de virulência da proteína de transporte NSP (Nuclear Shuttle Protein) de begomovírus. Previamente, foi identificado que a ativação de NIK medeia a fosforilação indireta da proteína ribossomal L10, promovendo a translocação da proteína citosólica para o núcleo, onde interage com a proteína LIMYB (L10-interacting Myb domain-containing protein), para regular genes envolvidos na maquinaria de tradução da célula, resultando em supressão da tradução global. Foi também demonstrado que a ativação constitutiva de NIK1, através da expressão ectópica do mutante T474D, induz o sistema imune de plantas em Arabidopsis. Nesta investigação, foi analisado em maiores detalhes se a ativação do módulo de sinalização NIK-RPL10-LIMYB também transmitiria um sinal típico de defesa, resultando na indução do sistema imune de plantas. Entretanto, os resultados encontrados sugerem que a via de sinalização antiviral mediada por NIK não transmite o sinal de defesa típico que culmina na ativação de genes relacionados ao sistema imune de plantas. Em primeiro lugar, por meio de estudos de variação global de expressão gênica, induzida por expressão ecotópica do mutante constitutivo T474D ou LIMYB, foi constatado que não houve enriquecimento gênico significativo na lista dos genes regulados positivamente nas categorias de defesa, como resposta de defesa a patógenos, resposta de defesa a vírus e silenciamento gênico induzido por vírus. Além disso, RT- PCR quantitativo de uma amostra representativa dos genes de defesa confirmou que estes genes de defesa não foram regulados positivamente pela expressão de T474D ou LIMYB. Ao contrário, a expressão de LIMYB nas linhagens transgênicas promoveu a regulação negativa dos referidos genes de defesa. Nesta investigação, também se avaliou novos alvos do hospederio que interagem com NSP. Inicialmente, foi isolada, por meio de microarranjos de expressão de 12.000 proteínas de Arabidopsis, uma proteína com características de uma t-SNARE, codificada pelo locus At4g30240 com a capacidade de interagir com NSP in vitro. Esta interação NSP- proteína At4g30240 foi confirmada em ensaios de duplo hibrido em leveduras e por ensaios de complementação de fluorescência bimolecular in planta. Os resultados indicam que At4g30240 interage com NSP in vivo, e pode mediar ou mesmo facilitar o transporte dessa proteína viral entre compartimentos celulares.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2014. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-06-09T16:07:15Z No. of bitstreams: 1 2014_JulianaOsseSouza.pdf: 1384800 bytes, checksum: d15414d5237039b2bcdb7ceef53ed647 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-06-11T11:28:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_JulianaOsseSouza.pdf: 1384800 bytes, checksum: d15414d5237039b2bcdb7ceef53ed647 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-11T11:28:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_JulianaOsseSouza.pdf: 1384800 bytes, checksum: d15414d5237039b2bcdb7ceef53ed647 (MD5) / O tomateiro (Solanum lycopersicum) é uma cultura de grande importância econômica, em todo o mundo, incluindo o Brasil. O cultivo é realizado em todo o Brasil, mas sua produção está concentrada nos estados da região centro-sul, sendo Goiás o maior estado produtor, tanto em área quanto em volume de produção. Apesar da importância da região centro-sul para a tomaticultura, a região Nordeste possui uma expressiva área de cultivo, todavia esta região apresenta uma baixa produtividade. Dentre os problemas fitossanitários que atingem o tomateiro podem-se citar doenças causadas por fungos, bactérias, nematoides e vírus, as viroses mais importantes estão o complexo de espécies do gênero Tospovirus que causam o vira-cabeça do tomateiro, o mosaico do tomateiro causado pelo Tomato mosaic virus, os potyvírus Potato virus Y e Pepper yellow mosaic virus, o crinivírus Tomato chlorosis virus e o mosaico dourado do tomateiro, causado por várias espécies do gênero Begomovirus. Esses vírus são transmitidos por aleirodídeos (moscas-brancas) e causam a doença mais séria do tomateiro na atualidade. Os vírus do gênero Begomovirus são caracterizados por partícula icosaédrica geminada e possuir DNA circular de fita simples. O seu genoma é constituído de apenas um componente (monopartido) ou dois componentes conhecidos como DNA-A e DNA-B (bipartido). A identificação do vírus é baseada na análise e comparação do genoma do DNA-A dos isolados. As espécies de begomovírus apresentam uma distribuição geográfica bem definida, em geral, os monopartidos são encontrados no Velho Mundo e os bipartidos são encontrados no Novo Mundo. No Brasil foram relatadas onze espécies de begomovírus infectando tomateiro, além delas existem mais, pelo menos, seis espécies ainda em processo de caracterização. As espécies de begomovírus em tomateiros relatadas no Brasil são encontradas apenas no país e todas são bipartidas. Dentro do Brasil, há uma aparente distribuição diferenciada de espécies. Sabe-se que o Tomato severe rugose virus (ToSRV) é predominante na região centro-sul, por outro lado o Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV) parece ser predominante na região Nordeste. O estudo de diversidade e distribuição dos begomovírus ainda é deficiente para a região nordeste brasileira. O controle de vírus é complexo, mas técnicas de prevenção da entrada dos vírus no campo são altamente eficientes. Contudo, uma vez que, o vírus estão instalados na lavoura, a única forma de acabar com a infecção viral é através da eliminação das plantas, técnica essa, muitas vezes inviável para o produtor. A resistência sistêmica adquirida induzida por produtos químicos é uma realidade no combate a infecções por fungos e bactérias, entretanto o efeito desses produtos na prevenção de infecções virais é pouco conhecido. Baseado nessas demandas de pesquisa, os objetivos desse trabalho foram avaliar a diversidade de espécies de begomovírus em tomateiros, a partir de amostras coletadas entre os anos de 2009 e 2011 em diversos estados da região Nordeste do Brasil e norte de Minas Gerais, realizar a caracterização molecular das espécies encontradas e avaliar o efeito de oito produtos comercializados como indutores de resistência às infecções causadas pelos vírus das espécies: Tomato mosaic virus (ToMV) e Tomato sppoted wilt virus (TSWV). Um total de 28 amostras foram avaliadas dos estados de Pernambuco, Bahia, Ceará e Minas Gerais. A primeira análise constituiu na comparação do padrão de restrição de produtos amplificados por círculo rolante (específicos para DNA circular). Por meio dessa análise, dez padrões distintos foram identificados e dezesseis amostras selecionadas para a clonagem do genoma viral. Vinte e dois clones de DNA-A foram obtidos, todos de Tomato mottle leaf curl virus. Na análise filogenética os vírus foram separados em dois grupos, um formado por isolados provenientes dos estados da Bahia e Pernambuco e outro composto por isolados coletados no Ceará, o isolado coletado em Minas Gerais, se agrupou junto com os isolados da Bahia e Pernambuco. Conclui-se, portanto, que Tomato mottle leaf curl virus ainda predomina nos estados localizados na região da caatinga brasileira. Como resultado da avaliação do efeito de indutores de resistência, verificou-se que nenhum dos oito produtos comercializados apresentou efeito de redução de taxa de infecção, retardamento de aparecimento de sintomas ou diminuição da severidade de sintomas após a inoculação mecânica com os vírus ToMV e TSWV. Concluiu-se que, para as condições avaliadas no ensaio, o uso desses produtos não é recomendado para o manejo de vírus como ToMV e TSWV. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Tomato plants are one of the most important crop in the world and in Brazil. The cultivation is done throughout the country, but its production is concentrated in the states of the south-central regions. Prominent among those is Goiás the largest tomato producing state, on both cultivated area and in raw production. Despite the importance of the south-central region for tomatoes production, the North-East region has also a significant growing area, but a low yield. Among the phytosanitary issues that affect tomatoes, it is listed those caused by fungi, bacteria, nematodes and viruses. Within, the most important viruses there are the species complex of the Tospovirus genus that cause the tomato spotted wilt disease, the tomato mosaic caused by Tomato mosaic virus, the potyviruses Potato virus Y e Pepper yellow mosaic virus, the crinivirus Tomato chlorosis virus and the tomato golden mosaic disease, caused by several species of the genus Begomovirus. These viruses are transmitted by whiteflies and are the source of some of the most serious disease of tomatoes today. The viruses of the Begomovirus genus are characterized by icosahedral twinned particles and possess a single stranded DNA. Its genome consists of only one component (monopartite) or two components known as DNA-A and DNA-B (bipartite). The identification of the viruses is based on the analysis and comparison of DNA-A genome of the isolates. The begomoviruses species have a distinct geographic distribution, in general, the monopartites are found in the Old World and the bipartites are found in the New World. In Brazil eleven begomovirus species infecting tomatoes plants were reported and from those there are at least six species still in the characterization process. The begomovirus species in tomato plants reported in Brazil are found only in Brazil and all of them are bipartites. Within Brazil, there is an apparent species differential distribution. It is known that the Tomato severe rugose virus (ToSRV) is prevalent in south-central region, on the other hand the Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV) seems to be prevalent in North-East region. The diversity study and distribution of begomoviruses is poorly done for the Brazilian North-East region isolates. The viruses control is complex, but prevention techniques of viruses entering in the field are highly efficient. However, once the viruses are established in the field, the only way to stop the viral infection is through the roguing technique that is often impractical for the grower. The systemic acquired resistance induced by chemical products is a reality in the fight against fungi and bacteria, however, the effect of these products in the prevention of viral infections is poorly understood. Based on these research demands, the objective of this study was to evaluate the species diversity of the begomoviruses in tomatoes plant, from samples collected from 2009 to 2011 in various states of the North-East region of Brazil and northern Minas Gerais, and to perform molecular characterization of the found species. Also evaluate of the effect of eight products sold as resistance inducers to viral infection: Tomato mosaic virus (ToMV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV). A total of twenty eight samples were evaluated from the states of Pernambuco, Bahia, Ceará and Minas Gerais. The first analysis consisted of the comparison of the restriction profile of the amplified products by rolling circle (specific to circle DNA). From this analysis, ten distinct restriction profiles were identified and sixteen samples were selected for cloning of viral genome. Twenty two DNA-A clones were obtained, all of them of the Tomato mottle leaf curl virus. In the phylogenetic analysis the isolates were separated into two groups, one comprising isolates from Bahia and Pernambuco states and another composed by isolates collected in Ceará state, the isolated from Minas Gerais was grouped together with Bahia and Pernambuco isolates. Therefore, it is concluded that Tomato mottle leaf curl virus still prevails in states located in Brazilian caatinga region. As a result of the evaluating the effect of resistance inducers, it was found that none of the eight market products was effective in reducing the infection rate, delay to the onset of symptoms or decrease in severity symptoms after mechanical inoculation with the viruses ToMV and TSWV. It was concluded that to the conditions assessed in the trial, the use of these products is not recommended for the management of viruses as ToMV and TSWV.