A cachaça é uma bebida típica brasileira produzida a partir da destilação do caldo de canade- açúcar fermentado principalmente por Saccharomyces cerevisiae. Grande parte da produção nacional é artesanal, e não há uma preocupação por parte dos produtores quanto ao controle microbiológico da fermentação. Este trabalho objetivou caracterizar a comunidade bacteriana contaminante do fermento utilizado na produção de cachaça. Foram coletadas quatro amostras em um alambique artesanal. A primeira (NA) foi coletada um ano anterior às outras três e utilizada como controle. As restantes foram coletadas ao final do primeiro dia de fermentação (NP), após quinze (NS) e trinta dias (NT) utilizando o mesmo fermento. Um total de 587 seqüências de 16S rDNA foram analisadas, sendo 81 da amostra NA, 177 da amostra NP, 159 da amostra NS e 170 da amostra NT. As análises das seqüências revelaram a presença de 17 gêneros e 27 espécies, além de 27 bactérias não conhecidas. Cento e setenta unidades taxonômicas operacionais (UTOs) foram identificadas utilizando o software DOTUR com uma distância evolucionária de 0.03. Quarenta e três UTOs foram identificadas na amostra controle (NA), 38 na NP, 57 na amostra NS e 38 na terceira amostra (NT). Das 170 UTOs identificadas, apenas dezessete foram identificadas duas vezes em diferentes amostras e somente uma, identificada como Lactobacillus hilgardii, foi identificada três vezes, evidenciando uma grande dinâmica populacional bacteriana durante o processo fermentativo. Análises estatísticas utilizando o software S-LIBSHUFF indicaram diferenças significativas na composição bacteriana entre amostras. Foram encontradas espécies/gêneros ainda não descritas na literatura em fermentos de cachaça, como Weissella cibaria, Leuconostoc citreum e algumas espécies de Lactobacillus. Além destas, várias bactérias não conhecidas também foram identificadas. Os resultados revelaram que a comunidade de bactérias contaminantes do processo fermentativo é muito mais complexa do que se conhecia, com características heterofermentativas e produção de congêneres que provavelmente refletem na qualidade da bebida. Este é o primeiro relato da utilização do método de seqüenciamento do gene 16S rDNA para determinar contaminantes bacterianos em fermentados de cana-de-açúcar para produção de cachaça. / Cachaça is a typical Brazilian spirit made from sugar cane fermented mainly by Saccharomyces cerevisiae. The production is mostly artisanal, and there is no microbiological control during the fermentation process. The objective of this study was to assess the bacterial community associated with the ferment used in the production of cachaça. Four ferment samples were collected from an artisanal still. The first one (NA), was collected one year previously to the other three and constituted a control reference. The remaining three samples were collected at the end of the first day of fermentation (NP), and fifteen (NS) and thirty days (NT) after using this same ferment. A total of 587 16S rDNA sequences were analyzed, being 81 sequences from the NA sample, 177 from NP, 159 from NS, and 170 from the NT sample. Sequence analyses revealed the presence of 17 genus and 27 species plus 27 unknown species. One hundred and seventy operational taxonomic units (OTUs) were identified using the DOTUR software using a cut-off evolutionary distance of 0.03. Forty three were identified in the control (NA) sample, 38 in the NP, 57 in NS, and 38 in the third (NT) sample. Of the 170 OTUs, only seventeen were detected twice in different samples and only one, identified as Lactobacillus hilgardii, was identified thrice, indicating a dynamic nature of the bacterial community during the fermentation process. Statistical analysis using the software S-LIBSHUFF indicated significant differences in the bacterial composition among samples. Our analyses also allowed to identify several bacteria not yet described as contaminants of the cachaça ferment, such as Weissella cibaria, Leuconostoc citreum and some Lactobacillus species. In addition, several unknown bacteria were also detected. The results revealed a much larger bacterial contaminant community present in the fermentative process of cachaça than previously reported with heterofermentative ability to produce secondary compounds which probably influence the quality of the final beverage. This is the first report on the utilization of the 16S rDNA sequencing method to assess the bacterial diversity of sugar cane fermentation for the production of cachaça.

Orientador: Claudia Regina Bonini-Domingos / Banca: Ana Elizabete Silva / Banca: Dorotéia Rossi Silva Souza / Banca: Joice Matos Biselli Périco / Banca: Octávio Ricci Júnior / Resumo: Os indivíduos com Doença Falciforme (DF) apresentam manifestações clínicas variáveis que podem ser decorrentes de fatores genéticos e ambientais. O presente trabalho teve como objetivo investigar se os marcadores genéticos relacionados à vasoatividade e coagulação modulam a gravidade clínica em pessoas com DF em quatro faixas etárias. Para isso, dois grupos longitudinais foram formados, o prospectivo, que avaliou 59 crianças com DF nascidas no período de maio de 2012 a dezembro de 2013, e o retrospectivo, que avaliou 392 pessoas com DF no ano de 2011. Estes dois grupos foram divididos em quatro subgrupos de estudo, de acordo com a faixa etária, em: Crianças I (de 0 a 4 anos de idade, N=59), Crianças II (de 5 a 10 anos, N=53), Adolescentes (11 a 19 anos, N=127) e Adultos (acima de 20 anos de idade, N=212). Todos os indivíduos foram genotipados para a DF, para os haplótipos da globina beta-S, e para os polimorfismos genéticos nos genes da cistationina beta-sintase (CBS, 844ins68), enzima conversora de angiotensina I (ECA1, I/D 287 pb), enzima conversora de angiotensina II (ECA2, A1075G), inibidor do ativador do plasminogênio tipo I (PAI1, -675pb 4G/5G) e adenosina deaminase (ADA, G22A). A classificação do perfil fenotípico de gravidade do subgrupo Crianças I foi realizado pelo hematologista do HEMORIO (RJ), e dos subgrupos Crianças II, Adolescentes e Adultos pela calculadora online "Sickle Cell Disease Severity Calculator". Com excessão do genótipo SC que foi mais frequente no... / Abstract: Sickle Cell Disease (SCD) is characterized to several clinics manifestations that vary among subjects and this clinical diversified can be caused by genetic and environmental factors. The study aim was to investigate whether genetic markers related to vaso-activity modulate clinical severity in SCD people in four age groups. Then, two longitudinal groups were formed: the prospective groups that evaluated 59 SCD children born in May 2012 to December 2013, and the retrospective group that evaluated 392 people with SCD in 2011. These groups were separated in four study subgroups according to age in: Children I (of 0 at 4 years-old, N=59), Children II (of 5 at 10 years-old, N=53), Adolescents (of 11 at 19 years-old, N=127) and Adults (above of 20 years-old, N=212). All the subjects were genotyped SCD presence, beta-S haplotypes and genetics polymorphisms in cystathionine beta-synthase (CBS, 844ins68), angiotensin converting enzyme I (ACE1, I/D 287 pb), angiotensin converting enzyme II (ACE2, A1075G), plasminogen-activator inhibitor type 1 (PAI1, -675pb 4G/5G) and adenosine deaminase (ADA, G22A) genes. The clinical severity profile classification of Children I subgroup was accomplished by Hematologist of HEMORIO, and to Children II, Adolescents and Adults subgroups was used the software online named "Sickle Cell Disease Severity Calculator". Except for the SC genotype that was more frequent in the Children I subgroup, the genotypic and allelic frequencies for the genetic markers ... / Doutor

O Paracoccidioides brasiliensis é agente etiológico da paracoccidioidomicose, uma micose sistêmica prevalente na América Latina. Este fungo é termodimórfico vivendo na forma de micélio em temperatura ambiente (25ºC) e sob a forma de levedura entre 35 e 37ºC. Neste trabalho identificamos e estudamos 15 novos genes de P. brasiliensis envolvidos na expressão do complexo da citocromo c oxidase mitocondrial (COX). Os genes PbCOX6, PbCOX17, PbCOX19 e PbOXA1 são capazes de substituir a função de seus homólogos nos respectivos mutantes de S. cerevisiae. Os genes analisados são modulados durante o processo de transição morfológica tanto de micélio para levedura quanto de levedura para micélio, evidenciando a importância dos genes relacionados á respiração celular para o estabelecimento da patogenicidade do fungo. Análise da estrutura genômica destes genes indica a presença de introns e evidências de processamento alternativo dos genes. Demonstou-se a produção de compostos bioativos sideróferos em P. brasiliensis sendo detectada sua secreção em meios sólidos e líquidos. / Paracoccidioides brasiliensis is the ethologic agent of the paracoccioidomycose, a systemic mycosis prevalent in Latin American. This is a thermo dimorphic fungus living in the mycelium form at room temperature (25ºC) and in the yeast form between 35 ºC e 37 ºC. In this work we identified and study fifteen (15) new P. brasiliensis genes involved in the mitochondrial cytochrome c oxidase expression (COX). The genes PbCOX6, PbCOX17, PbCOX19 e PbOXA1 were able to functionally replace its homologues in the respective S. cerevisiae null mutant. All P. brasiliensis genes analyzed have their expression modulated during the morphologic transition from mycelium to yeast as well as from yeast to mycelium. This observation highlighted the importance of the respiration related genes in the fungus pathogenicity establishment. Genomic structure analyzes of these genes confirmed introns presence as well as evidenced the alternative splicing occurrence. It was demonstrated bioactive compounds siderofore production in P. brasiliensis been detected siderofore secretion in the solids and liquid medium.

La variabilidad genética en una muestra poblacional de 49 individuos no emparentados de la provincia de Andahuaylas, fue analizada con los marcadores microsatélites TPOX y TH01 mediante la técnica de PCR múltiplex. Los amplificados fueron separados mediante electroforesis en geles de poliacrilamida y visualizados por tinción con nitrato de plata. Ambos loci resultaron polimórficos, con 5 alelos en cada loci, y se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg. La heterocigosidad de los loci TPOX y TH01 presentaron valores bajos en comparación con lo reportado en otras poblaciones mundiales; lo cual determinó que la variabilidad genética de la población estudiada, medida por la heterocigosidad promedio por locus, resultara baja. Se estimaron valores de FST como medida de subdivisión poblacional en ambos loci, entre la muestra poblacional de Andahuaylas y poblaciones caucásicas, asiáticas, africanas, oceánicas y algunas relacionadas, en cuanto su origen, a la muestra poblacional estudiada. No se encontró subdivisión genética con la muestra poblacional peruana de Mesa Redonda (Tito y col., 2004) en los loci TPOX y TH01, ni con una muestra poblacional de hispanos residentes en Estados Unidos reportada por Budowle y col. (1999) y la población Mapuche de Argentina (Tourret y col., 1999) en el locus TPOX. Se corroboró una fuerte correlación genética con la población de Mesa Redonda mediante el análisis de las distancias genéticas de Reynolds representadas en un árbol filogenético neighbor-joining. / A population study in a sample of 49 unrelated individuals from the Province of Andahuaylas (Southern Peru) was carried out using the TPOX and TH01 STRs markers, in order to estimate their level of genetic variability. The two loci were typified by PCR multiplex. The PCR products were separated by electrophoresis on gel polyacrylamide and visualized by silver staining. Both loci were polymorphic, with 5 alleles each one, and met Hardy-Weinberg expectations. In both loci, the heterozygosity showed values that were low in comparison with world populations. The genetic variability of the Andahuaylas population, measured as the average heterozygosity per locus, was low. FST were calculated as a measure of population subdivision, between the Andahuaylas population and others world populations, in both loci. No appreciable genetic subdivision was found with the Peruvian Mesa Redonda Lima population (Tito et al., 2004) in both loci, and in the TPOX locus with a sample of Hispanic population from United States reported by Budowle et al. (1999) and The Mapuche population from Argentina (Tourret et al., 1999). The Reynolds’ distances represented in a neighbor-joining tree confirmed the great genetic correlation with Mesa Redonda Lima population.

Bovine anaplasmosis is caused by Anaplasma marginale and A. centrale. The most pathogenic and important species for cattle production is A. marginale, and is widely distributed in tropical, subtropical and temperate regions of the world. A. marginale is an intra-erythrocyte rickettsia of susceptible ruminants, biological and mechanically transmitted by ticks and hematophagous insects. The tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus is the main vector of A. marginale in Brazil. The congenital form of transmission in cattle may occur, causing the neonatal anaplasmosis. The outer membrane of A. marginale includes six well characterized major surface proteins, MSP1a, MSP1b, MSP2, MSP3, MSP4 and MSP5, which play important role in the development of the immune response of infected animals. In this study, we have used the Phage Display technology to identify specific peptides that were immunoreactive to monoclonal antibodies anti-A. marginale proteins. Peptide selection was performed using a subtractive selection of a peptide library with 12 random amino acids, Ph.D.-12, expressed on the surface of the M13 filamentous phage concurrently against the anti-MSP1a and anti-MSP2. After four rounds of selection and validation by ELISA, the selected peptides have recognized only the anti-MSP1. Analysis of bioinformatics identified 45 peptides, which showed the protein consensus sequence STxS that was represented in 78% of selected phages. Due to the multiple motif repeats found in MSP1 protein, the STSSxL motif may become an important biological target, with potential use in diagnostic tests and vaccine for the control of Anaplasma marginale. / Anaplasmose bovina é uma infecção causada por Anaplasma marginale e A. centrale. A espécie mais patogênica e de maior importância para bovinos é a A. marginale e está amplamente distribuída nas regiões tropicais, subtropicais e temperada do mundo. A. marginale é uma rickettsia intraeritrocitária de ruminantes susceptíveis, transmitido biológica e mecanicamente por carrapatos e insetos hematófagos. O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é o principal transmissor de A. marginale no Brasil. A forma congênita de transmissão em bovinos pode ocorrer, ocasionando a anaplasmose neonatal. A membrana externa do A. marginale inclui seis proteínas principais de superfície (MSPs) bem caracterizadas, designadas de MSP1a, MSP1b, MSP2, MSP3, MSP4 e MSP5 e desempenham papel importante no desenvolvimento da resposta imune de animais infectados. Para o desenvolvimento deste estudo, foi utilizada a técnica de Phage Display para identificar peptídeos ligantes a anticorpos monoclonais reativos a proteínas de Anaplasma marginale a partir de bibliotecas de peptídeos recombinantes por meio da tecnologia Phage Display. Para seleção dos peptídeos foi realizado uma seleção subtrativa utilizando uma biblioteca de peptídeos com 12 aminoácidos randômicos, Ph.D.-12, expressa na superfície do fago filamentoso M13 concomitantemente contra os anticorpos anti-MSP1a e anti-MSP2. Após quatro ciclos de seleção e validação por ELISA, o conjunto de peptídeos selecionados apresentou ser unicamente reconhecido pelo anticorpo anti- MSP1. Análises de bioinformática identificaram 45 peptídeos, que apresentaram o motivo proteico consenso STxS, representado em 78% dos fagos seqüenciados. Devido aos múltiplos sítios repetidos encontrados na proteína MSP1, o motivo proteíco STSSxL pode ser um importante alvo biológico, com potencial utilização em ensaios diagnósticos e vacinais para o controle de Anaplasma marginale. / Mestre em Genética e Bioquímica

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3272865 bytes, checksum: 5113c553db939bb931f3c23e02c51ae2 (MD5) Previous issue date: 2011-09-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Soil saliniy is a major factor in reducing plant growth and, consequently, their agricultural productivity. Most of the studies in the literature presents a strategy for reducing the effects of improving salt tolerance in plants for the production of osmolytes and stress proteins, and there are few studies aimed at increasing salt tolerance by restoring ionic homeostasis. This work was proposed to understand the physiological mechanisms and structural related with adjustment in the halophyle Halococcus morrhuae. This showed significant growth in the medium to halobacterias, that are organized in the form of sarcina of different sizes. The results achieved in attempts to characterize the lipid membrane halobactéria according to the values of retention time corresponding to phosphatidic acid (PA) and phosphatidylglycerol (C20-C20) (PG), and glycolipid known as Diglicosilarqueol (DGA-1 ). Additionally, patterns of breaks fatty acids extracted from Halococcus morrhuae showed a significant similarity when compared with the fatty acids found in organisms of the domain Eucarya and Bacteria. The genes of the antiport Na + / Ca2+ and Na + / H+ proved functional after cloning in Escherichia coli DH5α in solid and liquid medium. The antiport Na+ / H+ activity showed a statistically more significant when compared to the growth of clones containing the antiport Na+/Ca2+, making it interesting for the construction of transgenic plants tolerant to salinity. These database contribute to understanding the physiology of Halococcus morrhuae for future biotechnological applications, among them the inclusion of these genes in plants to assess the functionality in eukaryotic models. / A salinização do solo é um dos principais fatores para redução do crescimento das plantas e, consequentemente, da sua produtividade agrícola. A maioria dos estudos presentes na literatura apresenta como estratégia para redução dos seus efeitos o melhoramento da tolerância a sal pelas plantas pela produção de osmólitos e proteínas de estresse, existindo poucos estudos visando o aumento da tolerância ao sal pelo restabelecimento da homeostase iônica. Neste trabalho foi proposto compreender mecanismos fisiológicos e estruturais relacionados com a adaptação à halofilia em Halococcus morrhuae. O crescimento de H. morrhuae foi significativo no meio para halobactérias, organiza-se na forma de sarcinas de diferentes tamanhos ao longo do tempo. Os resultados alcançados na tentativa de caracterização de lipídios da membrana da halobactéria, de acordo com os valores de tempo de retenção, correspondem ao ácido fosfatídico (PA) e fosfatidilglicerol (C20-C20)(PG), e ao glicolipídio conhecido como diglicosilarqueol (DGA-1). Adicionalmente, os padrões de quebras dos ácidos graxos extraídos de Halococcus morrhuae apresentaram uma similaridade significativa quando comparada com a dos ácidos graxos encontrados em organismos do domínio Eucarya e Bacteria. Os genes dos antiportes Na+/Ca+2 e Na+/H+ aumetaram a tolerância ao sal, mostrando-se funcionais após espressão em Escherichia coli DH5α em meio sólido e em meio líquido. O antiporte Na+/H+ apresentou uma atividade estatisticamente mais significativa (p<0,03) quando comparada ao crescimento dos clones contendo o antiporte Na+/Ca2 (p<0,05). Entretanto, ambos os antiportes são candidatos interessantes para a construção de plantas geneticamente modificadas tolerantes a salinidade. Estes dados também contribuem para o entendimento da fisiologia de H. morrhuae para futuras aplicações biotecnológicas, dentre elas a inserção desses genes em plantas para avaliar a funcionalidade em modelos eucarióticos.

Orientador: Ricardo Luiz Dantas Machado / Coorientador: Cláudia R. Bonini-Domingos / Banca: Carlos Eugênio Cavasini / Banca: Maria Tercilia Vilela / Banca: Érika Cristina Pavarino / Banca: Lilian Madi Ravazzi / Resumo: No Brasil o Plasmodium vivax é a espécie mais prevalente, responsável por aproximadamente 85% dos casos de malária. Ademais as variantes da proteína circumesporozoíta (CSP - VK210, VK247 e P. vivax-like) já foram identificadas em várias áreas endêmicas no país. Diversos estudos analisando a influência da variabilidade genética de receptores celulares e moléculas envolvidas na resposta imune, com diferentes peptídeos do Plasmodium, têm obtido resultados variáveis de acordo com o antígeno utilizado e a população analisada. Este trabalho apresenta resultados sobre o estudo de polimorfismos genéticos no TCR (T cell Receptor) e nas Interleucinas 1 e 2 em pacientes infectados por P. vivax provenientes do município de Goianésia do Pará, no Estado do Pará. Avaliou-se estes polimorfismos com a parasitemia do indivíduo, com os genótipos da CSP e com a resposta sorológica contra os peptídeos da CSP. Foram relacionados também estes polimorfismos com os níveis de citocinas. Os polimorfismos foram analisados por técnicas de PCR-RFLP e PCR alelo específico. As análises sorológicas da CSP foram realizadas por ELISA. Foram comparadas as frequências genotípicas observadas segundo o teorema de Hardy-Weinberg (HW). Os níveis de IL1 e IL2 foram avaliados por citometria de fluxo, seguindo protocolo descrito pelo fabricante. Associação dos polimorfismos com os níveis de interleucinas foi avaliada por Análise de variância. As frequências genotípicas e alélicas foram obtidas no programa R v 2.11.1.... / Abstract: In Brazil, Plasmodium vivax is the most prevalent species responsible for approximately 85% of malaria cases. In addition, variants of the circosporozoite protein (CSP - VK210, VK247 and P. vivax - like) have already been identified in several endemic areas in the country. Several studies analyzing the influence of the genetic variability of cellular receptors and molecules involved in the immune response with different Plasmodium peptides have obtained variable results according to the antigen used and the analyzed population. This work presents results on the study of genetic polymorphisms in TCR (T cell Receptor) and in Interleukins 1 and 2 in patients infected by P. vivax from the city of Goianésia do Pará, in the State of Pará. These polymorphisms were evaluated with Parasitemia, CSP genotypes and serological response to CSP peptides. These polymorphisms were also related to cytokine levels. Polymorphisms were analyzed by PCR-RFLP and allele-specific PCR techniques. Serological tests of CSP were performed by ELISA. The genotypic frequencies observed according to the Hardy-Weinberg (HW) theorem were compared. Levels of IL1 and IL2 were evaluated by flow cytometry following the protocol described by the manufacturer. Association of polymorphisms with interleukin levels was evaluated by analysis of variance. The genotypic and allelic frequencies were obtained in program R v 2.11.1. The parasitemia ranged from 15 to 70,000, with a median of 1,500 parasites / mm3. The SNPS investigated showed varied frequencies in the sample studied. All polymorphism evaluated is in Hard Wenberg Equilibrium. There was no significant difference in parasitemia in relation to the investigated SNPs. Infections containing only the VK247 variant were the most common and also no significant difference in antibody response was observed according to the CSP variant present at the time of infection ... / Doutor

Orientador: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Dorotéia Rossi Silva / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Resumo: O estudo de marcadores prognósticos e preditivos no câncer tem se mostrado efetivo na pesquisa e rotina diagnóstica. A glutationa (GSH) e as enzimas glutationa peroxidase (GPX) e glutationa S transferase pi (GSTpi) exercem papel fundamental na defesa antioxidante das células e na detoxificação de quimioterápicos. Nesse contexto, o objetivo deste estudo foi avaliar a expressão das proteínas GSH, GPX e GSTpi em pacientes com câncer de mama, além de avaliar a expressão gênica dessas proteínas em amostras tumorais in vitro após o tratamento com quimioterápico. As proteínas foram detectadas no tecido tumoral de 63 pacientes por imuno-histoquímica e quantificadas pela técnica de densitometria óptica. A expressão dos genes que sintetizam GSH, glutamato cisteina ligase (GCLC) e glutationa sintetase (GSS) e dos genes codificadores da GPX e GSTpi foi analisada por PCR em tempo real em células cultivadas provenientes de 12 amostras tumorais de mama. As células foram submetidas in vitro ao quimioterápico doxorrubicina, e a expressão gênica foi analisada antes e após o tratamento. A expressão da GSH relacionou-se com tumor receptor de estrógeno (RE) negativo (p<0,05). A expressão da GPX foi maior em tumor receptor de progesterona (RP) negativo e em pacientes que vieram a óbito (p<0,05). Alta expressão da GSTpi relacionou-se com características tumorais de prognóstico desfavorável como positividade para p53, grau histológico III, maior tamanho tumoral e óbito (p<0,05). Além disso, as pacientes foram divididas em subgrupos de acordo com o tratamento recebido. Assim, a alta expressão da GSH relacionou-se com a ocorrência de metástase no grupo de pacientes tratadas apenas com quimioterapia adjuvante (p<0,05). Nas pacientes que receberam quimioterapia e radioterapia adjuvantes, a alta expressão da GPX foi relacionada com óbito e a alta expressão da GSTpi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The study of prognostic and predictive markers in cancer has been proven effective in research and diagnostic routine. Glutathione (GSH) and glutathione peroxidase (GPX) and glutathione S transferase pi (GSTpi) play a crucial role in antioxidant defense of cells and detoxification of chemotherapeutic agents. In this context, the objective of this study was to evaluate the protein expression of GSH, GPX and GSTpi in patients with invasive ductal carcinoma, and to evaluate the expression of genes encoding these proteins in tumor samples in vitro before and after treatment with chemotherapy. The proteins were detected in tumor tissue of 63 patients by immunohistochemistry and quantified by optical densitometry technique. The expression of genes that synthesize GSH, glutamate cysteine ligase (GCLC) and glutathione synthetase (GSS) and the genes encoding GPX and GSTpi were analyzed by real time PCR in cultured cells from 12 tumor samples from patients with breast cancer. The cells were treated in vitro to doxorubicin chemotherapy, and gene expression was analyzed before and after treatment. The expression of GSH was related to tumor estrogen receptor (ER) negative (p <0.05). The expression of GPX was higher in tumor progesterone receptor (PR) negative and patients who died (p <0.05). High expression of GSTpi was related to tumor characteristics of poor prognosis such as p53 positivity, histologic grade III, larger tumor size and death (p <0.05). In addition, patients were divided into subgroups according to treatment received. Thus, high expression of GSH was related to the occurrence of metastasis in patients treated only with adjuvant chemotherapy (p <0.05). In patients who received adjuvant chemotherapy and radiotherapy, high expression of GPX was associated with death and high expression of GSTpi was correlated to local tumor recurrence, metastasis and death (p <0.05)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Paula Rahal / Banca: Aparecida Maria Fontes / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Ana Elizabete Silva / Banca: Jane Lopes Bonilha / Resumo: O tumor ósseo de células gigantes (TCG) é um tumor benigno, que causa destruição osteolítica, com comportamento biológico incerto e com características particulares como um elevado número de células gigantes multinucleadas e comportamento agressivo. A recorrência local do TCG é freqüentemente observada em 20 a 50% dos casos. Mais agravante que a recorrência, é o fato de que após a recidiva, o paciente muitas vezes também apresenta metástases em outros órgãos, principalmente no pulmão. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi á investigação da expressão gênica para identificar genes diferencialmente expressos no TCG, que podem estar envolvidos na biologia molecular e desenvolvimento da doença. A hibridização subtrativa rápida (RaSH) foi utilizada para identificar novos genes diferencialmente expressos, como KTN1, NEB, ROCK1 e ZAK, que foram validados por PCR quantitativo em tempo real (qPCR) e a imuno-histoquímica em amostras de TCG comparadas ao tecido ósseo normal. A anotação funcional indica que estes genes estão envolvidos em processos celulares relacionadas ao fenótipo tumoral. A expressão dos genes KTN1 e ROCK1 encontra-se aumentada e o gene ZAK tive sua expressão reduzida nas amostras de TCG analisadas. Pela presença de ilhas CpG na região promotora e baixa expressão no tecido tumoral, o padrão de metilação do gene ZAK foi analisado por MSP-PCR. Os genes identificados KTN1, ROCK1 e ZAK pode ser responsável pelas perda de homeostase celular no TCG uma vez que são responsáveis pela várias funções relacionadas com a tumorigênese, como a migração celular, organização do citoesqueleto, apoptose, controle do ciclo celular e, portanto esses resultados poderão contribuir para a compreensão das bases moleculares do TCG, assim ajudando a melhorar o diagnóstico, prognóstico e tratamento dos pacientes / Abstract: Giant cells tumors of bone (GCTB) are benign in nature but cause osteolytic destruction, with a number of particular characteristics. These tumors can have uncertain biological behavior, often contain a significant proportion of highly multinucleated cells, and may show aggressive behavior. We have studied differential gene expression in GCTB that may give a better understanding of their physiopathology, and might be helpful in prognosis and treatment. Subtractive hybridization (RaSH) was used to identify and measure novel genes that appear to be differentially expressed, including KTN1, NEB, ROCK1 and ZAK, using qRT-PCR and immunohistochemical in the samples of GCTBs compared to normal bone tissue. Normal bone was used in the methodology RaSH for comparison with the GCTB in identification of differentially expressed genes. Functional annotation indicated that these genes are involved in cellular processes related to their tumor phenotype. The differential expression of KTN1, ROCK1 and ZAK was independently confirmed by qRT-PCR and immunohistochemical. The expression of the KTN1 and ROCK1 genes were increased in samples by qRT-PCR and immunohistochemical and ZAK had reduced expression. Since ZAK have CpG islands in their promoter region and low expression in tumor tissue, their methylation pattern was analyzed by MSP-PCR. The genes identified, KTN1, ROCK1 and ZAK may be responsible for loss of cellular homeostasis in GCTB since they are responsible for various functions related to tumorigenesis such as cell migration, cytoskeletal organization, apoptosis, cell cycle control and thus may contribute at some stage in the process of formation and development of GCTB / Doutor

Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.