Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo restrito: páginas 51, 52, 53, 55, 57 e anexos. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-30T18:16:15Z No. of bitstreams: 1 2018_EricaCristinaSilvaRego_PARCIAL.pdf: 2019467 bytes, checksum: 947f4fafb34f1929db0e14ebbcfd84ad (MD5) / Rejected by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br), reason: Boa tarde, Rejeitado a pedido do submetedor. on 2018-08-30T18:17:42Z (GMT) / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-30T18:23:27Z No. of bitstreams: 1 2018_EricaCristinaSilvaRego_PARCIAL.pdf: 2019467 bytes, checksum: 947f4fafb34f1929db0e14ebbcfd84ad (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-09-10T17:32:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_EricaCristinaSilvaRego_PARCIAL.pdf: 2019467 bytes, checksum: 947f4fafb34f1929db0e14ebbcfd84ad (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-10T17:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_EricaCristinaSilvaRego_PARCIAL.pdf: 2019467 bytes, checksum: 947f4fafb34f1929db0e14ebbcfd84ad (MD5) Previous issue date: 2018-08-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAPDF). / A bananeira (Musa spp.) é uma das principais fontes de alimento do mundo. A banana é uma das frutas mais consumidas na maioria dos países tropicais e subtropicais, sendo componente básico da alimentação de mais de 400 milhões de pessoas. Um grande número de patógenos causam doenças na cultura da bananeira, dentre os principais agentes estão os vírus, bactérias, nematoides e fungos. Os fungos se destacam como um dos principais causadores de perdas na produção por causarem doenças como a Sigatoka-amarela, Sigatoka-negra, e Mal do Panamá. Pseudocercospora musae (Zimm.) Deighton é o agente causal da Sigatoka-amarela, e se destaca como a principal doença fúngica da bananeira. P. musae é um patógeno hemibiotrófico, e sua a infecção ocorre por meio dos estômatos. O objetivo geral desse trabalho é caracterizar os componentes moleculares presentes na interação M. acuminata – P. musae que exerçam possíveis papéis na defesa da planta frente à infecção. Desta forma foram validados nove pares de primers para oito genes de referência com o objetivo de normalizar a expressão gênica de genes alvos em RT-qPCR em Musa. Os genes utilizados foram Actina 1 (ACT1), Adenina Fosforibosil Transferase (APT), Fator de elongação 1 alfa (EF), Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase (GAPDH), Tubulina alfa (TUBA), GTP-Binding Nuclear Protein (RAN), Ubiquitina 1 (UBIQ1) e Ubiquitina 2 (UBIQ2). As análises demostraram que os genes mais estáveis foram Ubiquitina 2 e RAN. As análises de expressão diferencial de seis genes alvos por RT-qPCR demostraram que a maioria dos genes potencialmente envolvidos em processo de defesa não foram modulados. Foi realizado também sequenciamento Illumina de isolado de P. musae in vitro a fim de identificar os microRNAs (miRNAs) do fungo. Um total de 101 pré-miRNAs candidatos foram identificados, e os alvos potenciais desses miRNAs foram preditos usando a ferramenta psRNATarget, onde foram identificados um total de 381 genes alvos no genoma de Musa acuminata. Foi observado que alguns desses genes alvos tem papel potencial em resistência a estresse biótico, tais como, NBS-LRR, fatores de transcrição da superfamília WRKY, genes análogos em resistência (RGAs) tais como, RGA1 e RGA3, citocromo P450 e quinases. A identificação contínua de genes envolvidos em resposta ao estresse biótico em M. acuminata, junto com a caracterização de miRNAs no patógeno e seu papel na modulação de expressão gênica, contribuirão para o desenvolvimento de métodos de controle da doença Sigatoka-amarela. / Banana (Musa spp.) is one of the world's most important crops, and the most popular fruit in many tropical and subtropical countries. It is a staple food for millions of people throughout the developing world. Musa spp. are hosts to many infectious diseases caused bv a vast array of phytopathogenic fungi, bacteria, viruses, and nematodes. Fungal diseases may cause considerable yield losses in banana. They are responsible for diseases such as Yellow Sigatoka, Black Sigatoka, and Panama Disease. Pseudocercospora musae (Zimm.) Deighton is the causal agent of Yellow Sigatoka, and stands out as one of the main fungal diseases of banana. P. musae is a hemibiotrophic pathogen, and its´ infection occurs through the stomata. The aim of this study is to characterize molecular compounds of the interaction Musa acuminata - P. musae that may exert possible roles in defense of the plant against infection. Nine pairs of primers were validated for eight potential reference genes with the objective of enabling accurate normalization of gene expression of target genes in RT-qPCR for Musa. The genes used were Actin 1 (ACT1), Adenine phosphoribosyltransferase (APT), Elongation factor 1-alpha (EF), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), Alpha-tubulin (TUBA), GTP-Binding Nuclear Protein (RAN), Ubiquitin 1 (UBIQ1) e Ubiquitin 2 (UBIQ2). The results showed that the most stable genes were Ubiquitin 2 and GTP-binding nuclear protein RAN. Differential expression analysis of six target genes demonstrated that most of the genes potentially involved in the defense process were not modulated. Illumina sequencing of P. musae in vitro was also carried out to identify microRNAs (miRNAs). A total of 101 candidate pre-miRNAs were identified, and potential gene targets of these miRNAs were predicted using psRNATarget. A total of 381 target genes in M. acuminata genome were identified. Some of these target genes are likely involved in resistance, such as NBS-LRRs, WRKY transcription factors, resistance gene analogs (RGAs) such as RGA1 and RGA3, cytochrome P450 and kinases. The continued characterization of resistance gene candidates in M. acuminata, together with the characterization of miRNAs in the pathogen and their role in gene expression modulation, will contribute towards the development of efficient methods for control of Yellow Sigatoka disease.

Caulobacter crescentus sobrevive em baixas temperaturas e mostrou ser um organismo psicrotolerante e de alta resistência ao congelamento, característica resultante de múltiplos fatores. C. crescentus possui quatro genes codificantes para CSPs, sendo cspA e cspB induzidos em baixas temperaturas e cspB, cspC e cspD em fase estacionária. A ausência de cspA e cspB ou cspA e cspC confere grande deficiência de crescimento em baixas temperaturas. cspA e cspB não são autorregulados e são regulados pós-transcricionalmente via estabilização de seu mRNA e traducionalmente após o choque-frio. A expressão de cspB é influênciada por CspC a 30 graus e durante o choque-frio, e por CspC, SpdR e SpoT durante a fase estacionária. A ausência de CspC ou CspC e CspD compromete a adaptação à fase estacionária promovendo alterações morfológicas. Nenhuma das CSPs de C. crescentus é capaz de reverter o fenótipo de E. coli BX04 por expressão heteróloga, embora todas possuam atividade antiterminadora que, nestas proteínas, não depende dos mesmos aminoácidos que CspE de E. coli. / Characterization of Caulobacter crescentus cold response was performed. This bacterium showed to be psicrotolerant and have remarkable freezing resistance, which may be a result of multiple traits. C. crescentus has four CSP encoding genes, being cspA and cspB cold-induced and cspB, cspC and cspD stationary phase-induced. The absence of cspA and cspB or cspA and cspC led to growth deficiency under low temperature incubation. cspA and cspB are not self-regulated and are post-transcriptionally and translationally regulated during cold-shock. The cspB gene expression is affected by CspC at exponential growth phase and by CspC, SpdR and SpoT at stationary phase. The absence of CspC, or CspC and CspD, affects stationary phase fitness of this organism, also promoting morphological alterations. None of the C. crescentus CSPs were able to restore the phenotype of E. coli BX04 strain by heterologous expression. Although all of them have shown to be transcription antiterminators, this ability is not dependent on the same critical aminoacids displayed by CspE from E. coli.

Para a transformação tradicional da levedura Saccharomyces cerevisiae são empregadas cepas hospedeiras que devem necessariamente conter um marcador de auxotrofia, de forma que as células transformadas possam ser selecionadas posteriormente por complementação gênica. Em nosso trabalho construímos um vetor, que dispensa a necessidade destas marcas de auxotrofia, permitindo transformar cepas de leveduras selvagens e, portanto, até mesmo algumas cepas de interesse industrial. Este vetor é composto por um cassete de expressão de interesse (promotor, gene estrutural e terminador) ladeado por dois fragmentos do gene CAN1 de S. cerevisiae. Uma vez que as extremidades deste fragmento, são homólogas às sequências do gene CAN1 da levedura a ser transformada, este irá causar a disrupção genética na região homóloga. Por sua vez, o gene CAN1, quando funcional, é responsável pela permease do aminoácido arginina. Este aminoácido é análogo à canavanina, que entra na célula pelo mesmo mecanismo da arginina, e é uma droga com efeito letal à S. cerevisiae. Após a introdução deste novo vetor, a célula torna-se resistente à canavanina, por impedir a entrada de arginina e, consequentemente de canavanina na célula, permitindo a seleção dos transformantes e mantendo a informação genética adicional clonada 100% estável. Em nosso trabalho, para analisar esta proposta, empregamos o cassete de expressão em que a sequência sinal e estrutural da glicoamilase encontram-se clonadas sob a regulação das sequências promotoras e terminadoras da PGK de S. cerevisiae. Obtivemos sucesso na transformação, tanto de uma cepa de laboratório com marcas auxotróficas, como de células de cepas selvagens, sem nenhuma marca de auxotrofia , utilizadas em processos industriais, FTPT e HTYM-81 que originalmente são sensíveis à canavanina. / Traditionally auxotrophic mutants of Saccharomyces cerevisiae are used as host cells for transformation since the selection of transformants is based on genetic complementation by a marker gene carried on the vector. In this work a vector was constructed which overcomes the need for auxotrophic mutants allowing selection of transformed wild-type strains, including some strains of industrial interest. The vector contains an expression cassette (promoter, structural gene and terminator) which is flanked by two fragments of the CAN 1 gene of S. cerevisiae. Since the ends of this fragment are homologous to the host <i.CAN 1 gene, it disrupts that gene upon transformation. The CAN 1 gene codes for the permease of the amino acid arginine which is analogous to canavanine and enters the cell by the same mechanism. Canavanine, however, is a lethal drug for S. cerevisiae. Since tranformants become resistant to canavanine, because no permease is synthesized, and thus canavanine cannot enter the cell, transformants are easily selected and the additional cloned genetic information is 100% stable. In this work, we employed the expression cassette containing the signal and the coding sequences of glucoamylase of Aspergillus awamori under the control of the promoter and the terminator of phophoglycerate kinase (PGK) of S. cerevisiae. We successfully transformed a laboratory yeast strain carrying auxotrophic markers, as well as two wild-type strains, employed in industrial processes, which originally were sensitive to cananvanine.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Eduardo_2011.pdf: 3957020 bytes, checksum: 1b7344009b2439ce9b066bb71c3ffb02 (MD5) Previous issue date: 2011-12-12 / Financiadora de Estudos e Projetos / The taxonomic classification system of all organisms has been traditionally based in the comparative analysis of a wide range of morphological structures. In the last decades, the potential of physiological, cellular and molecular characteristics have been recognized in taxonomy, including phylogenetic and biogeographic aspects. This study focuses on the structural and evolutionary characterization of a region encompassing the 3 end of the mtDNA gene COI from sarcophagids and analyzed the contribution of this information for species identification, increasing the knowledge related to this family in the neotropical region. The Sarcophagidae family has approximately 2,600 species and their phylogenetic relationships are not well established for most genera and sub-genera. In this scenario, the characterization of nucleotide sequences for species identification in Sarcophagidae is a strategic approach that contributes for inferring phylogenetic relationships in this family. In this study, a 470 bp region from the COI gene was sequenced and characterized by structural and evolutionary analyses for five species: Peckia anguilla, Peckia collusor, Peckia ingens, Oxysarcodexia admixta e Oxysarcodexia paulistanensis. For comparative analyses we included ortholog sequences from three other sarcophagid species (P. intermutans, O. ventricosa e S. carnaria) and from the species C. hominivorax (Calliphoridae) e Haematobia irritans (Muscidae) available in GenBank. The intraspecific variation showed values between 0 e 0,01 and the interspecific variation varied from 0,07 - 0,151. Similarly to other Diptera families, the nucleotide composition of this region showed a high content of A and T (on average: A = 30.2%; T = 38.7%; C = 17.3% and G = 13.8%). The aminoacid composition presents higher abundance of Leucine, Phenylalanine and Tyrosine. Only eight divergent aminoacid positions were identified in comparative analysis of sarcophagid species, in addition to 3 positions that diverges from the insect COI protein structural model. Neighbor-joining analysis using Kimura-2P, an usual procedure in DNA barcodes analysis, distributed all species in monophyletic clusters, however the utility of this approach for resolving taxonomical conflicts requires additional sampling of specimens/species including a wide geographical coverage in order to provide a better characterization of intraspecific variation in these species. / O sistema de classificação taxonômica dos seres vivos tem sido tradicionalmente baseado na comparação de uma ampla gama de estruturas morfológicas. Nas últimas décadas, o potencial taxonômico de características fisiológicas, celulares e moleculares tem sido reconhecido, além de aspectos filogenéticos e biogeográficos. Este estudo focou a caracterização estrutural e evolutiva da região 3 do gene COI do DNAmt de espécies de sarcofagídeos e analisou a contribuição desta informação para fins de identificação taxonômica, ampliando o conhecimento sobre esta família na região neotropical. A família Sarcophagidae contém aproximadamente 2.600 espécies e suas relações filogenéticas não estão bem estabelecidas entre gêneros e sub-gêneros. Neste cenário, a caracterização de sequências nucleotídicas para identificação de espécies de Sarcophagidae é uma abordagem estratégica que também poderá contribuir na investigação de relações filogenéticas. Neste trabalho, foi seqüenciada e caracterizada estrutural e evolutivamente uma região de 470 pb do gene COI de cinco espécies de sarcofagídeos: Peckia anguilla, Peckia collusor, Peckia ingens, Oxysarcodexia admixta e Oxysarcodexia paulistanensis. Para as análises comparativas foram incluídas sequências ortólogas de outras 3 espécies de Sarcophagidae (P. intermutans, O. ventricosa e S. carnaria) e das espécies C. hominivorax (Calliphoridae) e Haematobia irritans (Muscidae) disponíveis no GenBank. A variação intraespecífica apresentou valores entre 0 e 0,01 e variação interespecífica variou entre 0,07 - 0,151. Similarmente a outras famílias de Diptera, a composição de nucleotídeos desta região apresentou uma maior abundância de A e T (em média: A = 30.2%; T = 38.7%; C = 17.3% e G = 13.8%). A composição de aminoácidos apresentou maior abundância de Leucina, Fenilalanina e Treonina. Foram identificadas apenas oito posições de aminoácidos divergentes nas análises comparativas entre as espécies de sarcofagídeos analisadas, além de 3 divergências (inserções) com relação ao modelo estrutural da proteína COI de insetos. A análise de Neighbor-joining utilizando Kimura-2P, procedimento utilizado em análises de DNA Barcodes , distribuíram as espécies em clados monofiléticos, entretanto a validação desta abordagem para auxiliar na resolução de conflitos taxonômicos requer a análise de uma amostragem maior de indivíduos de cada espécie - incluindo maior distribuição geográfica para caracterizar a amplitude da variação intraespecífica nestas espécies.

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3272893 bytes, checksum: 54fd73a37837f8d64e245874e3ff9a98 (MD5) Previous issue date: 2011-09-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Soil saliniy is a major factor in reducing plant growth and, consequently, their agricultural productivity. Most of the studies in the literature presents a strategy for reducing the effects of improving salt tolerance in plants for the production of osmolytes and stress proteins, and there are few studies aimed at increasing salt tolerance by restoring ionic homeostasis. This work was proposed to understand the physiological mechanisms and structural related with adjustment in the halophyle Halococcus morrhuae. This showed significant growth in the medium to halobacterias, that are organized in the form of sarcina of different sizes. The results achieved in attempts to characterize the lipid membrane halobactéria according to the values of retention time corresponding to phosphatidic acid (PA) and phosphatidylglycerol (C20-C20) (PG), and glycolipid known as Diglicosilarqueol (DGA-1 ). Additionally, patterns of breaks fatty acids extracted from Halococcus morrhuae showed a significant similarity when compared with the fatty acids found in organisms of the domain Eucarya and Bacteria. The genes of the antiport Na + / Ca2+ and Na + / H+ proved functional after cloning in Escherichia coli DH5α in solid and liquid medium. The antiport Na+ / H+ activity showed a statistically more significant when compared to the growth of clones containing the antiport Na+/Ca2+, making it interesting for the construction of transgenic plants tolerant to salinity. These database contribute to understanding the physiology of Halococcus morrhuae for future biotechnological applications, among them the inclusion of these genes in plants to assess the functionality in eukaryotic models. / A salinização do solo é um dos principais fatores para redução do crescimento das plantas e, consequentemente, da sua produtividade agrícola. A maioria dos estudos presentes na literatura apresenta como estratégia para redução dos seus efeitos o melhoramento da tolerância a sal pelas plantas pela produção de osmólitos e proteínas de estresse, existindo poucos estudos visando o aumento da tolerância ao sal pelo restabelecimento da homeostase iônica. Neste trabalho foi proposto compreender mecanismos fisiológicos e estruturais relacionados com a adaptação à halofilia em Halococcus morrhuae. O crescimento de H. morrhuae foi significativo no meio para halobactérias, organiza-se na forma de sarcinas de diferentes tamanhos ao longo do tempo. Os resultados alcançados na tentativa de caracterização de lipídios da membrana da halobactéria, de acordo com os valores de tempo de retenção, correspondem ao ácido fosfatídico (PA) e fosfatidilglicerol (C20-C20)(PG), e ao glicolipídio conhecido como diglicosilarqueol (DGA-1). Adicionalmente, os padrões de quebras dos ácidos graxos extraídos de Halococcus morrhuae apresentaram uma similaridade significativa quando comparada com a dos ácidos graxos encontrados em organismos do domínio Eucarya e Bacteria. Os genes dos antiportes Na+/Ca+2 e Na+/H+ aumetaram a tolerância ao sal, mostrando-se funcionais após espressão em Escherichia coli DH5α em meio sólido e em meio líquido. O antiporte Na+/H+ apresentou uma atividade estatisticamente mais significativa (p<0,03) quando comparada ao crescimento dos clones contendo o antiporte Na+/Ca2 (p<0,05). Entretanto, ambos os antiportes são candidatos interessantes para a construção de plantas geneticamente modificadas tolerantes a salinidade. Estes dados também contribuem para o entendimento da fisiologia de H. morrhuae para futuras aplicações biotecnológicas, dentre elas a inserção desses genes em plantas para avaliar a funcionalidade em modelos eucarióticos.

A agenesia dentária é a falha do desenvolvimento do germe dentário causando a ausência definitiva do dente. Constitui–se na anomalia dentária mais comum, afetando até um quarto da população em geral. A principal causa está relacionada com a função anormal de genes específicos que desempenham um papel chave durante a odontogênese, especialmente o MSX1 e o PAX9. Apesar da alta frequência dessa anomalia, apenas algumas mutações no MSX1 e no PAX9 foram associadas com a agenesia não–sindrômica até o momento. Uma vez que um número maior de indivíduos afetados é esperado nos próximos anos, uma análise mais profunda dos defeitos genéticos que levam à agenesia torna–se fundamental. O objetivo desta pesquisa foi estudar seis famílias segregando oligodontia/hipodontia não–sindrômica, além de investigar a presença de mutações nos genes MSX1 e PAX9 com a finalidade de associar fenótipo e genótipo. As famílias, que apresentam mais de um integrante com agenesia, foram selecionadas a partir de uma clínica particular. Amostras de células epiteliais bucais foram coletadas de todos os indivíduos por meio de escovas citológicas. O DNA foi isolado, amplificado e sequenciado. Todas as sequências foram comparadas com as existentes no GenBank. A homologia das sequências mutantes também foi comparada utilizando–se o software online BLAST. Os genes MSX1 e PAX9 de dez indivíduos controle não afetados e sem grau de parentesco também foram sequenciados. Foi identificada uma nova mutação missense no exon 2 próximo ao final do domínio pareado do PAX9 em três famílias. A mutação heterozigótica C503G resulta em uma troca de aminoácido de alanina para glicina no resíduo 168 (Ala168Gly), o qual é invariavelmente conservado entre várias espécies. A mudança alanina–glicina pode determinar uma alteração da estrutura proteica devido às propriedades únicas de flexibilidade da glicina, levando à agenesia dentária. Tal mutação não encontra–se registrada em nenhum banco de dados conhecido ou na literatura sendo, portanto, inédita. As mutações intrônicas IVS2–109G>C, IVS2–54A>G e IVS2–41A>G também foram identificadas no PAX9. Essas variantes polimórficas podem estar envolvidas no fenótipo uma vez que um probando, o qual apresentou todas as três mutações intrônicas em homozigose, foi afetado com a mais severa forma de oligodontia dentro da amostra. A transição * 6C>T foi identificada no exon 2 do MSX1, em apenas uma família. Devido ao fato de estar localizada seis bases após o stop codon, essa mutação homozigótica pode dificultar/alterar o término da tradução contribuindo, assim, para o fenótipo. Novos estudos acerca da expressão gênica em um número maior de famílias afetadas irá aumentar o conhecimento sobre agenesia dentária. Tal entendimento permitirá alcançar melhores opções de tratamento e, talvez, uma ferramenta de diagnóstico precoce que, possivelmente, envolverá o exame de DNA baseado em variantes polimórficas. Todos esses dados podem auxiliar a clínica odontológica em um futuro próximo. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T14:28:55Z No. of bitstreams: 1 Tese Breno Ramos Boeira Junior.pdf: 3106508 bytes, checksum: d974027dc18150cfe6e3bc0b2ba8edb1 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T14:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Breno Ramos Boeira Junior.pdf: 3106508 bytes, checksum: d974027dc18150cfe6e3bc0b2ba8edb1 (MD5) / Universidade de Caxias do Sul / Tooth agenesis, the failure of development of tooth bud causing definitive absence of the tooth, is the most common dental anomaly affecting up to one quarter of the general population. The main cause is related to abnormal function of specific genes which play key roles during odontogenesis, particularly MSX1 and PAX9. Despite the high frequency of this anomaly, there are only a restricted number of mutations in MSX1 and PAX9 that have been associated with non–syndromic tooth agenesis so far. Since a greater number of affected subjects is expected over the coming years, a deeper analysis of the gene networks underlying tooth agenesis is critical. The aim of this research was to investigate six families segregating non–syndromic oligodontia/hypodontia as well as to screen for mutations in their MSX1 and PAX9 genes, attempting to associate phenotype and genotype. Families were selected from a private office. They should present more than one relative affected with agenesis. All subjects had a sample of buccal epithelial cells collected with cytology brushes. DNA was isolated, amplificated and sequenced. All sequences were compared to those in GenBank. Homology of the mutant sequences was also compared using BLAST online software. MSX1 and PAX9 genes from ten unrelated unaffected control subjects were also sequenced. A novel missense mutation lying in the exon 2 close to the end of the paired domain of PAX9 was identified in three families. Heterozygous mutation C503G is expected to result in an alanine–to–glycine amino acid change in residue 168 (Ala168Gly), which is invariably conserved among several species. The alanine–glycine change might lead to protein structural alteration due to the unique flexibility properties of glycine, leading to tooth agenesis. This is a novel mutation since it is not registered neither in any known database nor in literature. Intronic mutations IVS2–109G>C, IVS2–54A>G and IVS2–41A>G were also identified in PAX9. These polymorphic variants may be involved in the phenotype as one proband, showing all three intronic mutations in homozygosis, was affected with the most severe oligodontia within the sample. Transition *6C>T lying in the exon 2 six base pairs after the stop codon was detected in MSX1 gene in one family. Due to its proximity to the stop codon, this homozygous mutation can hinder a regular translation termination thus contributing to the phenotype. Further studies with gene expression in larger affected families will increase knowledge of tooth agenesis. Such understanding will allow to achieve better treatment options and, perhaps, an early diagnosis tool which would possibly lie on the DNA examination based on polymorphic variants. All this data may assist dental practice in a near future.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000412181-Texto+Completo-0.pdf: 1636756 bytes, checksum: 3138ac69bb4f361c6d1b29069af27d7a (MD5) Previous issue date: 2009 / Toll-like receptor 2 (TLR2) is a recognition receptor for the widest repertoire of pathogen-associated molecular patterns. Two polymorphisms of TLR2 could be linked to reduced NF-kB activation and to increased risk of infection (supposed-2029C>T and 2258G>A). We investigated the supposed-2029C>T and 2258G>A TLR2 polymorphisms in 422 critically ill patients with European origin from southern Brazil (295 with sepsis and 127 without sepsis), and we reviewed of 33 studies with these polymorphisms conducting a quality assessment with a score system. Among our patients we found only one heterozygote (1/422) for the supposed-2029C>T and none of 2258G>A (0/422) SNP. We have failed to find a clinical application of supposed-2029T and 2258A allele analysis in our southern Brazilian population. Our review detected that current TLR2 SNP assays had very controversial and contradictory results derivate from reports with a variety of quality criteria of investigation. We suggest that, if analyzed alone, the supposed-2029C>T and 2258G>A TLR2 SNP are not good candidates for genetic markers in studies that search for direct or indirect clinical applications between genotype and phenotype. Future efforts to improve the knowledge and to provide other simultaneous genetic markers might reveal a more effective TLR2 effect on the susceptibility to infections diseases. / O Toll-like receptor 2 (TLR2) é um receptor de reconhecimento de microorganismos que identifica um amplo repertório de padrões moleculares associados a patógenos. Entre os polimorfismos já descobertos no gene que codifica para o TLR2, dois SNPs (single nucleotide polimorphism) (supposed-2029C>T e 2258G>A) podem estar relacionados com a redução da ativação do NF-kB e, consequentemente, com o aumento do risco às doenças infecciosas. O objetivo deste estudo foi investigar os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A do TLR2 em 422 pacientes criticamente doentes oriundos de uma população do sul do Brasil (295 com sepse e 127 sem sepse), e realizar uma revisão sistematizada de 33 trabalhos publicados sobre esses SNPs conduzindo um estudo de avaliação de qualidade com um sistema de escores. Entre os pacientes admitidos no estudo foi encontrado apenas um heterozigoto (0,2%; 1/422) para o SNP supposed-2029C>T e nenhum para o SNP 2258G>A (0%; 0/422). Assim, não foi possível identificar qualquer aplicabilidade clínica entre esses SNPs do TLR2 nos pacientes críticos do sul do Brasil. A revisão sistematizada detectou que os atuais trabalhos com tais SNPs do TLR2 apresentam conclusões controversas e contraditórias resultantes de estudos com uma ampla variedade de critérios de qualidade. Os resultados sugerem que, quando analisados individualmente, os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A não são bons candidatos para os trabalhos que buscam por aplicações clínicas diretas entre genótipo e fenótipo. Esforços futuros para aumentar o conhecimento e para realizar análises simultâneas com outros polimorfismos poderão revelar efeitos mais efetivos do TLR2 na susceptibilidade às doenças infeciosas.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000408010-Texto+Completo-0.pdf: 324019 bytes, checksum: a134e04c894f3ac9eaae510c195117e6 (MD5) Previous issue date: 2008 / In order to analyze the effect of the two different versions of the manganese superoxide dismutase gene (SOD2) on sepsis, we determined the 47C>T single nucleotide polymorphism (SNP) frequencies in critically ill patients with (n=356) and without sepsis (n=173), and also investigated the genotype frequencies in adverse outcomes in the septic patient's subgroup. We compared the 47C allele carriers (47CC+47CT genotypes) with 47TT homozygotes and we demonstrated a significant association between 47C allele carriers and septic shock in septic patients (p=0. 025). With an adjusted binary logistic regression, incorporating 47C>T SNP and the main clinical predictors, we showed that only SOFA score [p<0. 001, OR=9. 107 (95%CI=5. 319-15. 592)] and 47C allele [p=0. 011, OR=2. 125 (95%CI=1. 190-3. 794)] were significantly associated with septic shock outcome. Our results and our hypothesis suggest that the higher 47C allele carrier frequency in septic patients with negative outcome is possibly explained by an effect on cellular stress. / Para avaliar as duas versões do gene SOD2 que codifica para a proteína superóxido dismutase dependente de manganês na sepse, nós determinamos a freqüência do polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP) 47C>T em pacientes criticamente doentes com sepse (n=356) e sem sepse (n=173), e também investigamos as freqüências genotípicas nos desfechos adversos à sepse (choque séptico e mortalidade) no grupo de pacientes sépticos. Nós comparamos os portadores do alelo 47C (genótipos 47CC+47CT) com homozigotos 47TT e demonstramos uma associação estatisticamente significativa entre os portadores do alelo 47C e a ocorrência de choque séptico no subgrupo de pacientes sépticos (p=0. 025). Na análise ajustada de regressão logística binária, incorporando o SNP 47C>T e os principais preditores clínicos, nós mostramos que somente o escore SOFA [p<0. 001, OR=9. 107 (95%CI=5. 319-15. 592)] e o alelo 47C [p=0. 011, OR=2. 125 (95%CI=1. 190-3. 794)] foram significativamente associados com o desfecho de choque séptico. Nossos resultados e nossa hipótese sugerem que a mais alta freqüência de portadores do alelo 47C em pacientes sépticos com desfecho desfavorável é provavelmente explicada por um efeito no estresse celular.

Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2014. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-05-26T13:03:22Z No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-05-26T14:09:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-26T14:09:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_FernandaCoutinhodeAlmeida.pdf: 1469747 bytes, checksum: 5ae1caa6e961a509c5101fa2738e9f6a (MD5) / A doença celíaca (DC) é uma enteropatia imuno-mediada caracterizada por inflamação crônica do intestino delgado, que resulta em atrofia das vilosidades intestinais, hiperplasia de criptas e infiltração linfocitária. A doença ocorre em indivíduos geneticamente predispostos pela presença dos genes do sistema HLA DQ2 e/ou DQ8. Esses genes codificam as moléculas MHC de classe II presentes nas células apresentadoras de antígenos, que fazem apresentação antigênica aos linfócitos T, iniciando a resposta imunitária inflamatória presente na DC. Os genes HLA DQ2 e DQ8 são responsáveis por 40% da suscetibilidade genética da doença celíaca (DC), sua prevalência tem mostrado variações em diferentes regiões do mundo, e até o momento não foi determinada na população brasileira. Com base nestes dados, o presente estudo pretende estimar a frequência dos alelos HLA predisponentes para DC em um grupo populacional de recém-nascidos brasileiros. Os genes HLA-DQ2 e DQ8 foram tipados em 329 recém-nascidos pela técnica qPCR e os resultados foram confirmados por um kit comercial que utiliza a metodologia PCR-SSP. Os resultados revelaram uma prevalência de 33,44% para os heterodímeros DQ2 e DQ8, semelhante aos obtidos em estudos realizados nos países europeus. Em uma segunda análise dos dados, quando a presença de pelo menos um dos alelos predisponentes para DC foi considerado, observamos uma porcentagem aumentada dos alelos de alto risco para desenvolvimento de DC nos recém-nascidos brasileiros. Diante destes achados é possível concluir que os dados encontrados na população brasileira são semelhantes aos encontrados nos países europeus, embora as características populacionais sejam distintas, e que a metodologia empregada, e que foi validada e confirmada é confiável e poderá ser reproduzida facilmente em novos estudos. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Celiac disease (DC) is an immune-mediated enteropathy characterized by chronic inflammation of the small bowel which results in intestinal villi atrophy, crypt hyperplasia and lymphocyte infiltration. This disease only affects genetic susceptible individuals who carry the genes that integrate the HLA DQ2 and/or DQ8 system. These genes code for MHC class II molecules present in antigen-presenting cells, which will interact with T-lymphocytes leading to the characteristic inflammatory response of DC. Forty percent of the genetic susceptibility to DC is associated with class II HLA-DQ2 and -DQ8 genotypes. The prevalence of these genes has shown significant variations among different world regions and has not been previously determined among the Brazilian population. The aim of this study was to estimate the prevalence of celiac disease HLA-predisposing alleles in Brazilian newborns. DQ2 and DQ8 genes were typed in 329 newborns using qPCR and the results were confirmed by a PCR-SSP commercial kit. The prevalence of DQ2 and/or DQ8 heterodimers was 33.44%, which is similar to the results obtained in European screening studies. However, if only considering the presence of at least one of the CD predisposing alleles, an increased percentage of high-risk alleles could be observed among the Brazilian newborns. Analyzing our results, we could conclude that, the prevalence of DQ2 and/or DQ8 heterodimers in our population is similar to that observed in European population screening studies although the characteristics of both populations highly differ and that the applied technic proved to be reliable and can be easily reproduced in further studies.