Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-10-06T11:45:45Z No. of bitstreams: 1 2008_RobertoTernesArrial.pdf: 1174697 bytes, checksum: deb680a64e956cb71d50d5d028a379c8 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2009-11-03T17:27:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_RobertoTernesArrial.pdf: 1174697 bytes, checksum: deb680a64e956cb71d50d5d028a379c8 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-11-03T17:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_RobertoTernesArrial.pdf: 1174697 bytes, checksum: deb680a64e956cb71d50d5d028a379c8 (MD5) Previous issue date: 2008-04 / Paracoccidioides brasiliensis (Pb) é um fungo saprófito e dimórfico de importância clínica, pois seus propágulos, quando inalados por humanos, desencadeiam a doença conhecida como paracoccidioidomicose. No ano de 2005 foi publicado o transcriptoma do Pb, apontando diversos alvos potenciais de drogas, mas ainda assim uma parte significativa dos transcritos seqüenciados não possui proteínas homólogas identificadas. Esse trabalho sugere que alguns desses RNAs possam ser não-codificadores (ncRNAs), uma classe de moléculas biologicamente funcionais que no entanto não codificam para nenhum produto protéico. Para tanto foi feita uma abordagem exclusivamente computacional, utilizando exemplos conhecidos de mRNAs e ncRNAs para treinamento de dois algoritmos de aprendizado de máquina: naive Bayes (nB) e Máquinas de Vetores de Suporte (MVS). Diversos programas descritos na literatura e desenvolvidos localmente foram usados para obter propriedades dos transcritos e de seus produtos protéicos, de forma que os algoritmos de aprendizado de máquina fossem capazes de diferenciar satisfatoriamente um mRNA de um ncRNA. O uso de várias medidas de eficiência mostra que ambos algoritmos, MVS e nB, induziram classificadores que discriminam as duas classes de RNAs de forma muito eficiente, mas também indicam que o MVS possui uma vantagem significativa em relação à sua detecção de ncRNAs. Acurácia média mensurada por validação cruzada de 10 vezes para o MVS foi de 92,4%, e para o nB, 75,3%. Quando usados no transcriptoma de Pb, o MVS e o nB detectam, respectivamente, 970 e 262 ncRNAs, dos quais a maior parte é de transcritos sem anotação e singlets, duas características que apóiam a possibilidade de que esses transcritos sejam realmente ncRNAs. Comparações a programas relacionados mostram que o programa aqui descrito apresenta um ganho em velocidade computacional sem perda de acurácia. Foi desenvolvido nesse trabalho um programa computacional de análise ab initio, designado PORTRAIT, especializado em detecção de ncRNAs em transcriptomas de organismos pouco caracterizados. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Paracoccidioides brasiliensis (Pb) is a saprophytic and dimorphic fungus of clinical importance because its propagules, when inhaled by humans, cause the disease known as paracoccidioidomycosis. In the year 2005 the Pb transcriptome was published, pointing out several potential drug targets, but still a significative amount of sequenced transcripts lack identified homologous proteins. This work suggests that these RNAs may be non-coding RNAs (ncRNAs), a class of biologically functional molecules that do not code for any protein product. Aiming this, a strictly computational approach was made, using known examples of mRNAs and ncRNAs for training two machine learning algorithms: naive Bayes (nB) and Support Vector Machines (SVM). Several programs available from literature and locally developed were used to obtain properties from transcripts and its corresponding protein products, in such a way that machine learning algorithms could successfully discriminate between mRNA and ncRNA. Several efficiency measurements show that both algorithms, SVM and nB, induced classifiers able to efficiently discriminate the two classes of RNAs, and also indicate that SVM has a significative advantage regarding ncRNA detection. Mean accuracy as estimated by 10-fold cross-validation procedure was 92.4% for SVM and 75.3% for nB. When used in the Pb transcriptome, SVM and nB detect, respectively, 970 and 262 ncRNAs, of which the majority is composed of singlets and unnanotated transcripts, two characteristics that support the possibility that these transcripts are real ncRNAs. Comparison to related works indicates that the described program offers a computational speed improvement without hindering accuracy. This work describes the design of a computational program for ab initio analysis, named PORTRAIT, specialized in detection of ncRNAs in transcriptomes from poorly characterized organisms.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T15:40:01Z No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-04-29T22:19:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) / Made available in DSpace on 2010-04-29T22:19:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CristianeLopesdeOliveira.pdf: 723424 bytes, checksum: 1df9631ff7757bb5507a5df1735a30ad (MD5) Previous issue date: 2009 / O amendoim-bravo (Euphorbia heterophylla) é uma importante planta daninha em diversos países por interferir na produção de plantas cultiváveis e por servir como reservatório de vírus de plantas. O objetivo desse trabalho foi estudar a diversidade dos begomovírus coletados em amendoim-bravo e caracterizar molecular e biologicamente um isolado permitindo a sua completa identificação. Sete amostras de amendoim-bravo foram coletadas apresentando sintomas de mosaico amarelo em diferentes cidades do estado de Goiás e Distrito Federal. Elas foram avaliadas por PCR usando primers universais para begomovírus, que confirmou que todas as sete amostras estavam infectadas. As amostras de DNA foram utilizadas para a realização da amplificação via círculo rolante (RCA) utilizando a enzima phi-29 DNA polimerase. Cada produto amplificado foi digerido com uma enzima de restrição que cortou o DNA em apenas um único ponto e foi clonado no vetor pBluescript (Stratagene). As sequências completas de ambos os componentes (oito clones de DNA-A e três clones de DNA-B) foram obtidas usando primers para o vetor e primers internos em seqüenciador automático. Para a caracterização biológica, clones infecciosos foram preparados e inoculados através de bombardeamento de partículas em plantas cultivadas e daninhas. A infecção foi confirmada por PCR em plantas de Capsicum annuum, Datura stramonium, Nicotiana benthamiana e Euphorbia heterophylla. Todas as oito sequências do DNA-A compartilham uma identidade 86,9% com o Euphorbia mosaic virus Peru (acesso AM886131; sequência de begomovírus mais próxima ao vírus), enquanto que o DNA-B compartilha uma identidade nucleotídica 61,6% com o Tomato commom mosaic virus (acesso NC_010836). De acordo com o Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), um vírus é considerado como uma nova espécie quando a identidade de sequência do DNA-A com outro vírus é menor que 89%, sugerindo que esse vírus é distinto do Euphorbia mosaic virus Peru. Portanto, de acordo com os critérios estabelecidos pelo ICTV, o vírus caracterizado nesse trabalho pode ser considerado uma nova espécie do gênero Begomovirus, sendo o nome Euphorbia yellow mosaic virus proposto. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The “amendoim-bravo” (Euphorbia heterophylla; also known as painted euphorbia) is an important weed in several countries, interferes in the production of cultivated plants, and has a great potential as a reservoir of plant viruses. The objective of this study was to study the diversity of begomoviruses that infect “amendoim-bravo” plants, and characterize molecular and biologically one isolate enabling its complete identification. Seven samples were collected of “amendoim-bravo” showing yellow mosaic at distinct localities in Goiás State and Federal District/Brazil. They were tested by PCR using universal begomovirus primers and it was confirmed that all seven samples were positively infected. These DNA samples were used as template for rolling circle amplification (RCA) using the enzyme phi-29 DNA polymerase. Each amplified product was digested with a single-cutting restriction enzyme and cloned into pBluescript vector (Statagene). The complete sequence of both components (eight DNA-A clones and three DNA-B clones) were obtained using internal and vector primers. For the biological characterization, infectious clones were prepared and inoculated by particle bombardment to cultivated plants and weeds. The infection was confirmed by PCR in plants of Capsicum annuum, Datura stramonium, Nicotiana benthamiana and Euphorbia heterophylla. All eight DNA-A sequences shared 86,9% nucleotide identity with Euphorbia mosaic virus Peru (accession AM886131, the most closely related begomovirus sequence), while DNA-B shared 61,6% nucleotide identity with Tomato commom mosaic virus (accession NC_010836). According to the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) a virus is considered as a new species when the sequence identity with another virus is less than 89%, suggesting that it is distinct from Euphorbia mosaic virus Peru. Therefore, according to the criteria established by the ICTV, the viruses characterized in this work can be considered as a new species within the genus Begomovirus, and the name Euphorbia yellow mosaic virus is proposed.

Considerando-se a semelhança morfológica e ocorrência simpátrica de Anastrepha striata Schiner e Anastrepha bistrigata Bezzi, este trabalho propôs identificar formas para melhor caracterizá-las através de análises morfométricas do acúleo e asas de populações simpátricas e alopátricas dessas espécies, e molecular, por meio da análise de seqüências parciais do gene da citocromo oxidase I (COI). O trabalho também teve por objetivo desenvolver iniciadores espécie-específicos que possam vir a ser utilizados em estudos ecológicos em regiões em que ambas as espécies ocorram simpatricamente. As populações analisadas A. striata (seis populações) e A. bistrigata (duas populações) foram provenientes de diferentes regiões do Brasil, Colômbia e Bolívia. Para os estudos morfométricos, os acúleos e asas foram montados em lâminas para captura e análise de imagens com auxílio de câmera fotográfica acoplada ao microscópio estereoscópico, utilizando-se de software apropriado. Foram traçados e mensurados oito segmentos no acúleo e 16 na asa direita de cada indivíduo, obtendo-se assim as medidas nas quais se basearam as análises. Nos estudos moleculares, os produtos de amplificação obtidos para a COI foram seqüenciados e analisados para o estudo da caracterização molecular das diferentes populações desses insetos e desenvolvimento de iniciadores espécie-específicos. Os resultados indicam a existência clara de distinção morfométrica entre as duas espécies e confirmaram as identificações baseadas na largura e comprimento do acúleo. Os dados morfométricos mostraram também a ausência de padrões geográficos distintos entre as populações de A. striata e A. bistrigata. A. striata apresentou maior variação morfométrica entre suas populações quando comparada à diferenciação encontrada para A.bistrigata. Nas duas espécies, populações encontradas em maiores altitudes apresentaram maiores dimensões. A análise de nucleotídeos da seqüência da COI obtida para as populações de A. striata em questão indicou a ocorrência de alta similaridade entre as mesmas. As análises realizadas também indicaram que a divergência genética encontrada no fragmento da COI analisado para as diferentes populações de A. striata não permitiu o agrupamento de acordo com a distribuição geográfica dessas populações. A análise do fragmento do gene da COI permitiu o desenvolvimento de iniciadores com divergência suficiente entre as espécies em questão para permitir a amplificação de porção específica do gene da COI, que possibilita a diferenciação entre as mesmas. Os iniciadores propostos reúnem características que permitem a sua utilização em reações de PCR multiplex para a diferenciação entre espécimes de ambas as espécies. / Because of the fact that Anastrepha striata Schiner and Anastrepha bistrigata Bezzi are very similar morphologically and may also occur sympatrically, this study aimed to propose different ways to characterize them by using wing and aculeus morphometry, and mitochondrial DNA sequencing. This work also aimed to develop species-specific primers to allow for the differentiation between both species in sympatric areas. Six A. striata and two A. bistrigata populations were obtained from different regions from Brazil, Colombia and Bolivia. Specimens from different populations had their aculeus and wings removed and slide mounted for image acquisition under a stereomicroscope and morphometric analysis. Data collection for morphometry were taken for each specimen on eight segments of the aculeus and on 16 of the right wing. The molecular characterization consisted of the sequencing and analysis of a fragment of the cytochrome oxidase I (COI) gene, and the development of species-specific primers. Morphometry did not indicate any consistent variation to allow for geographical characterization of different populations, but indicated A. striata and A. bistrigata are consistently different morphologically. Populations of either species from higher altitudes were larger than the ones at lower altitudes, and A. striata displayed a much higher intraespecific variation in morphology than A.bistrigata. COI nucleotide sequences for A. striata were very similar among the populations studied, and the molecular analysis did not yield groups that were related geographically. The COI analysis allowed the development of a set of species-specific primers that were divergent enough to allow for the discrimination of A. striata and A. bistrigata in multiplex PCR reactions.

Estudos de divergência genética e relações filogenéticas entre espécies vegetais de importância agronômica têm merecido atenção cada vez maior com o recente advento dos marcadores moleculares. Nesses trabalhos, os pesquisadores têm interesse em agrupar os indivíduos semelhantes de forma que as maiores diferenças ocorram entre os grupos formados. Métodos estatísticos de análise, tais como análise de agrupamentos, análise de fatores e análise de componentes principais auxiliam nesse tipo de estudo. Contudo, antes de se empregar algum desses métodos, deve ser obtida uma matriz de similaridade entre os genótipos, sendo que diversos coeficientes são propostos na literatura para esse fim. O presente trabalho teve como objetivo avaliar se diferentes coeficientes de similaridade influenciam os resultados das análises de agrupamentos, feitas a partir de dados provenientes de análises com marcadores moleculares dominantes. Foram utilizados dados de 18 linhagens de milho provenientes de duas diferentes populações, BR-105 e BR-106, as quais foram analisadas por marcadores dos tipos AFLP e RAPD. Foram considerados para comparação os coeficientes de Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg, Ochiai, Simple Matching, Rogers e Tanimoto, Ochiai II e Russel e Rao, para os quais foram obtidas as matrizes de similaridade. Essas matrizes foram comparadas utilizando as correlações de Pearson e Spearman, análise de agrupamentos com construção de dendrogramas, correlações, distorção e estresse entre as matrizes de similaridade e as matrizes cofenéticas, índices de consenso entre os dendrogramas, grupos obtidos com o método de otimização de Tocher e com a projeção no plano bidimensional das matrizes de similaridade. Os resultados mostraram que para praticamente todas metodologias usadas, para ambos marcadores, os coeficientes de Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg e Ochiai mostraram resultados semelhantes entre si, o que foi atribuído ao fato deles apresentarem como propriedade comum a desconsideração da ausência conjunta de bandas. Isso também foi observado para os coeficientes de Simple Matching, Rogers e Tanimoto e Ochiai II, que também não apresentaram entre si grandes alterações nos resultados, possivelmente devido ao fato de todos considerarem a ausência conjunta. O coeficiente de Russel e Rao apresentou resultados muito diferentes dos demais coeficientes, em função dele excluir a ausência conjunta do numerador e incluí-la no denominador, não sendo recomendado seu uso. Devido ao fato da ausência conjunta não significar necessariamente que as regiões do DNA são idênticas, sugere-se a escolha dentre os coeficientes que desconsideram a ausência conjunta. / With the recent advent of the molecular markers, studies of divergence and phylogenetic relationships between and within vegetable species of agricultural interest have been received greater attention. In these studies, the aim is to group similar individuals looking for bigger differences among the groups. Statistical methods of analysis such as cluster analysis, factor analysis and principal components analysis can be used in this kind of study. However, before to employ some method, the similarity matrix between genotypes must be obtained using one of the several coefficients proposed in the concerning literature. The aim of this study was to evaluate if different similarity coefficients can influence the results of cluster analysis with dominant markers. Data from 18 inbred lines of maize from two different populations, BR-105 and BR-106, were analyzed by AFLP and RAPD markers and eight similarity coefficients (Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg, Ochiai, Simple-matching, Rogers and Tanimoto, Ochiai II and Russel and Rao) were obtained. The similarity matrices were compared by Pearson's and Spearman's correlations, cluster analysis (with dendrograms, correlations, distortion and stress between the similarity and cofenetical matrices, consensus fork index between all pairs of dendrograms), Tocher´s optimization procedure and with the projection in two-dimensional space of the similarity matrices. The results showed that for almost all of the methodologies and both markers, the coefficients of Jaccard, Sorensen-Dice, Anderberg and Ochiai, gave similar results, due to the fact that all of them excludes negative co-occurences. It was also observed that the Simple Matching, Rogers and Tanimoto, and Ochiai II, probably due to the fact of all including the negative co-occurences. The Russel and Rao coefficient presented results very different from the others, because it excludes the negative co-occurences in the numerator and include it in the denominator of its expression, which is a reason for not recommending it. Due the fact of the negative co-occurences does not mean, necessarily, that the regions of the DNA are identical, it is suggested to choose one those coefficients that do not include it.

O presente trabalho, que se insere no âmbito da Terminologia, visa analisar as formações terminológicas metafóricas da Genética Molecular, nossa área-objeto de pesquisa. Tal investigação justifica-se devido à recorrência de tais formações em diversas áreas do conhecimento, revelando ser a metáfora um recurso frutífero nas conceptualizações e nas denominações de uma área de especialidade o que vem a contestar a tradição terminológica, que postulava ser a metáfora uma figura de linguagem, estritamente estilística, portanto, e, por isso, incompatível com o rigor e precisão que caracterizam as linguagens de especialidade. Para o desenvolvimento desta pesquisa, elaboramos um corpus composto por textos de diferentes graus de especialização altamente especializados, especializados didáticos e de divulgação científica , a fim de identificar, constrastivamente, as funções desempenhadas pelas metáforas nos diferentes veículos e para diferentes públicos-alvo. Observamos que o grau de especialização de um texto determina a natureza de suas metáforas terminológicas: nos discursos altamente especializados, notamos que tais recursos são inerentemente cognitivos, posto que atuam no processo de elaboração de um novo conceito, por meio da percepção de similaridades entre o novo referente e um referente familiar, facilitando a compreensão de um cientista diante da nova realidade fenomenológica que se impõe; os textos especializados didáticos apoiam-se igualmente em metáforas na elaboração de seu discurso, porém, estas cumprem a função de traduzir uma terminologia (por vezes) extremamente formalizada ao olhar de um especialista em vias de formação (caso de um aluno de graduação, por exemplo); finalmente, os textos de divulgação científica abusam das metáforas estilísticas na difusão de temas científicos ao grande público normalmente constituído por leigos , atrelando o familiar ao desconhecido, conseguem transpor o mundo, muitas vezes inacessível, a uma grande quantidade de leitores. Tais aspectos observados revelaram, ainda, diferentes motivações para a formação dessas metáforas. As de especialidade amparamse, sobretudo, em domínios-fonte constituídos por outros domínios do conhecimento, como a Astronomia, a Informática, a Geografia além de apoiar-se em domínios cotidianos, o que constitui a base do pensamento metafórico. Aquelas que ocorrem em textos divulgativos, devido à proximidade com o público geral, além de refletirem as metáforas de especialidade, amparam-se, mormente, em domínios amplamente familiares, como o dos Esportes, o das Artes e o da Culinária. / The present work, within the context of Terminology, aims to analyze metaphorical terminology formations of Molecular Genetics, the object-field of our research. Such investigation is justified due to the recurrence of such formations in several knowledge areas, revealing the metaphor to be a fruitful resource in conceptualizations and designation of specialized languages - which challenges traditional terminology, which postulated the metaphor to be a figure of speech, strictly stylistic, therefore incompatible to the rigor and precision that features the specialized languages. To the development of this research, we developed a corpus composed of texts of different degrees of specialization - highly specialized, specialized textbooks and popular science - in order to identify, contrastively, the functions performed by metaphors in different vehicles and different target audiences. We observed that the level of specialization of a text determines the nature of their terminological metaphors: in highly specialized discourses, we noted that these resources are inherently cognitive, since they act on elaborating a new concept, through the perception of similarities between the new reference and the familiar reference, facilitating scientists understanding on the new phenomenological reality which was imposed; specialized didactic texts also rely on metaphors when preparing their speech, however, they translate a terminology (sometimes) extremely formalized from a newly specialist point of view (such as a graduate student, for instance); finally, science divulgation texts abuse of stylistics metaphors in the dissemination of scientific topics to the general audience - usually composed by lay people -, by tying the familiar into the unknown, they can transpose the world, often inaccessible, to a plenty of readers. These features also revealed different motivations for the formation of these metaphors. Those regarding specialized languages are supported especially by source-domain composed by other domains of knowledge, such as Astronomy, Computer and Geography - and they rely on everyday domains as well, which forms the basis of metaphorical thinking. Those that occur in popular science texts, due to proximity to the general public, besides reflecting the specialty metaphors, are based especially on familiar domains, such as Sports, Arts and Cooking.

Tendo em vista que as unidades de conhecimento especializado (UCEs) formam parte de um universo dinâmico, no panorama das inovações científico-tecnológicas, e que são fundamentais para a comunicação especializada, o presente trabalho, de viés lingüístico/comunicativo, tem por objetivo a sistematização, organização e estruturação do vocabulário da Genética Molecular. Para o empreendimento de tal tarefa, foram necessárias as seguintes etapas: elaboração de um corpus de pesquisa, formado por materiais autênticos que refletissem a área com maior correção; extração das unidades terminológicas representativas do domínio, baseada em critérios lingüísticos, pragmáticos e tipográficos como: caráter morfológico (com significado especializado no campo de conhecimento), condicionamentos sintagmáticos (coocorrência e comutação), grau de coesão e fixação sintática, proximidade de glosas explicativas, grau de lexicalização do termo, relação unívoca com o conceito especializado que designam (monossemia), artifícios tipográficos, análise contextual, seleção dos tipos de documentação adequados e também verificação das particularidades estilísticas dos diferentes níveis de linguagem; análise da constituição morfossintática das unidades elencadas, por meio da investigação de seus formantes e de suas características sintáticas, bem como de seu funcionamento em contexto, exame que apresentou características bastante interessantes ? prefixos (bio-) e sufixos (-oma) caracterizando a área, presença marcante de formantes de língua geral (-agem, -ção, - mento) na nomeação de métodos e técnicas de trabalho, predominância de composições sintagmáticas (com 69% das formações) e preponderância de formantes greco-latinos nas derivações e composições cultas; e, finalmente, a elaboração de uma estrutura de conceitos que evidenciasse as relações de significação que se estabelecem entre os conceitos da área, trabalho para o qual em muito contribuiu o conhecimento dos formantes das unidades terminológicas, já que os mesmos podem traduzir-se em pistas para a adequada alocação de um termo em determinado campo semântico. Por fim, este trabalho pretende expandir-se, a posteriori, em forma de obra de referência para alunos e pesquisadores da Genética Molecular, cooperando com a ciência em sua aprendizagem e divulgação. / Taking into consideration that the units of specialized knowledge take part of a dynamic universe, in the scenery of the scientific innovations, and that they are basic for the specialized communication, the present work, in the fields of communicative/linguistic, has as main objective the systematization, organization and structuration of the vocabulary of the Molecular Genetics. To undertake such task, the following stages were necessary: elaboration of a corpus of research, formed by authentic material that reflected the area with larger correction; removal of the representative terminological units of the domain, based on linguistic, pragmatic and typographical criteria as: morphologic character (with specialized meaning inside the knowledge field), syntactic conditioning (coherence and the commutation), degree of cohesion and syntactic fixation of the terms, proximity of explanatory comments, degree of lexicalization of the term, univocal relation with the specialized concept that is assigned (monosomy), typographical artifices, contextual analysis, election of adequate types of documentation and also verification of precise statistics of the different levels of language; analysis of the morphosyntactic constitution of the chosen units, through the inquiry of its content and its syntactic characteristics, as well as of its functioning in context, examination that presented interesting characteristics - prefixes (bio-) and suffixes (- oma) characterizing the area, notable presence in the composition of general language (- agem, - ção, - mento) in the nomination of methods and techniques of work, predominance of syntagmatic compositions (with 69% of the formations) and superiority of composition Greek-Latin in the derivations and cultured compositions; and finally, the elaboration of a structure of concepts that could evidence the meaning relations that were established between the concepts of the area, work that contributed to the knowledge of the composition of the terminological units, since the same ones can be expressed in instructions for the correct allocation of a term in a specific semantic field. Finally, this work is intended to be extended, a posteriori, in form of reference for pupils and researchers of Molecular Genetics, cooperating with science in its learning and spreading.

Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.

Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.

A RS 486 - Rota do Sol vem sendo motivo de polêmica desde o início da implantação da obra, em 1990. O fato de a estrada afetar um dos ecossistemas mais ameaçados no Brasil, a Mata Atlântica, somado a alguns problemas na condução das obras, que terminaram por levar ao embargo das mesmas, configuram a situação a ser enfrentada no presente trabalho. Ao longo do trajeto a estrada percorre vales e encostas da Reserva da Biosfera, na Serra Geral, apresentando grande variação altitudinal e secionando diversas comunidades vegetais de Mata Atlântica distintas estrutural e fisionomicamente. O levantamento da fauna de roedores silvestres foi realizado na área de influência da rodovia RST-453/RS-486, Rota-do-Sol, entre junho de 1997 e setembro de 2003, perfazendo um total de 14 expedições de amostragem. As coletas foram realizadas em três pontos dentro de um gradiente altitudinal, entre os municípios de Terra de Areia e Tainhas no estado do Rio Grande do Sul, onde foram reconhecidos três ambientes estrutural e fisionomicamente distintos. Estas localidades diferem em altitude e em formação vegetal estando assim distribuídas: Mata Paludosa, altitude 30 metros ─ S 29.30.392, W 050 06.422, Floresta Ombrófila Densa, altitude 350 metros ─ S 29 22.506, W 050 11.318 e Floresta Ombrófila Mista, altitude 780 metros ─ S 29 19.261, W 050 12.282 A estrutura genética de duas espécies de roedores silvestres (Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus) foi analisada através de seqüências da região hipervariável do mtDNA por estimativa do fluxo gênico e da diferenciação genética entre as populações a partir do índice de diferenciação Gst. As espécies analisadas pertencem ao mesmo local, porém subdivididas em populações separadas pela fragmentação dos habitats. Estas espécies foram escolhidas devido à diferença na história de vida e utilização do habitat, características que influenciam suas respectivas estruturas populacionais e genéticas. Os resultados obtidos corroboram o padrão descrito para comunidades abertas onde poucas espécies são abundantes, espécies dominantes, e muitas são raras. A Mata Paludosa com 113 ha. apresenta diversos microambientes tendo apresentado a maior diversidade e abundância de roedores. Foi verificado um padrão de sazonalidade discreto para duas espécies: Akodon montensis — inverno nos três pontos de amostragem e Oligoryzomys nigripes — inverno na Floresta Ombrófila Densa. Os ciclos populacionais das espécies mais representativas em cada ponto foram de aproximadamente quatro anos. Os ciclos populacionais de Oligoryzomys nigripes acompanham os ciclos de Akodon montensis, via de regra com valores de captura inferiores. Delomys dorsalis, na Floresta Ombrófila Mista apresentou ciclo populacional mais longo com flutuação e Oryzomys russatus e Oligoryzomys flavescens apresentaram ciclos populacionais com períodos de inatividade maiores. As capturas de Delomys dorsalis e Euryzygomatomys spinosus na Mata Paludosa e Brucepatersonius iheringi na Floresta Ombrófila Mista caracterizam ampliação do registro de ocorrência. A Floresta Ombrófila Densa e a Floresta Ombrófila Mista apresentam maior correlação, tanto através de análise de Grupamento Hierárquico (capturas) como através de Análise de Correspondência Simples (freqüência). A freqüência de captura de Akodon montensis foi regular em todo gradiente, Delomys dorsalis, Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus, aparentemente, selecionam de forma positiva um determinado tipo de formação vegetal. D. dorsalis e O. russatus, padrão de distribuição em gradiente. A utilização do marcador de uma região hipervariável do mtDNA indica que não há estruturação geográfica das populações nem um mecanismo de isolamento por distância, levantando a hipótese de que o gradiente altitudinal não tem influência na estruturação genética das populações de Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus. Os resultados obtidos para Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus — mtDNA — indicam uma distribuição que, se em gradiente, não apresenta relação com a altitude ou formação vegetal. Os padrões de abundância para as diferentes espécies, em cada local de captura, devem estar associados a fatores ecológicos independentes do isolamento por distância, formação vegetal e variação altitudinal.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-10T15:34:59Z No. of bitstreams: 1 Glenda Monica Luna de HolandA.pdf: 444206 bytes, checksum: d1d34c55bd78ea1a03a288bdfe9bda63 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T15:34:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Glenda Monica Luna de HolandA.pdf: 444206 bytes, checksum: d1d34c55bd78ea1a03a288bdfe9bda63 (MD5) Previous issue date: 2009-02-27 / Identifying genes that influence sheep prolificity opens up a promising research path; when added to other measures, this procedure may result in greater productivity and allow the investigation of other factors involved in the follicular dynamics of these animals. The aim of the present study was to search for Booroola (FecB) and Galway (FecXG) mutations using the PCR-RFLP technique on sheep of the “Santa Inês” and “Morada Nova” breeds with a history of prolificity. Among the “Santa Inês” breed, 393 females with a history of single offspring per delivery and 181 with two or more offspring per birth were analyzed, along with 23 males and 282 females of the “Morada Nova” breed (170 with one offspring per birth and 112 with two or more offspring). Blood collected through a jugular puncture was used to obtain leukocytes and extract DNA using the phenol-chloroform technique. Genes of interest for studying FecB and FecXG mutations were amplified from specific primers submitted to the action of Ava II and Hinf I endonucleases, respectively.Analysis of the fragments obtained in agarose gel revealed the existence of the FecB gene in 1.04% of “Santa Inês” breed females with a history of two or more offspring per birth and was not found in “Morada Nova” females. FecXG mutation was not found in any of the animals studied. It was concluded that FecB mutations, although present in “Santa Inês” females, are of low frequency and therefore not a good tool for selecting prolific sheep. Moreover, the prolificity observed among the “Santa Inês” and “Morada Nova” breeds is not related to FecB or FecXG mutations. / A identificação de genes que influenciam na prolificidade de ovinos proporciona a abertura de um caminho promissor para a pesquisa; este, quando somado a outras medidas, poderá resultar ganho em produtividade e possibilitar a investigação de outros fatores envolvidos na dinâmica folicular dessa espécie. Este estudo objetivou pesquisar a existência de mutações Booroola (FecB) e Galway (FecXG) através da técnica PCR-RFLP, em ovelhas das raças Morada Nova e Santa Inês, com histórico de prolificidade. Da raça Santa Inês, foram analisadas 393 fêmeas com histórico de uma cria por parto e 181 com duas ou mais crias por parto além de 23 machos. Outras 282 fêmeas foram da raça Morada Nova, das quais, 170 constituíram o grupo de uma cria por parto e outras 112 fêmeas compuseram o grupo de duas ou mais crias por parto. O sangue coletado através de punção da jugular foi usado para obtenção dos leucócitos e extração do DNA pela técnica fenol-clorofórmio. Os genes de interesse para estudo das mutações FecB e FecXG foram amplificados a partir de primersespecíficos e submetidos à ação das endonucleases Ava II e Hinf I, respectivamente. A análise dos fragmentos obtidos em gel de agarose revelou a existência do gene FecB em 1,04% das fêmeas da raça Santa Inês com histórico de duas, ou mais, crias por parto, não sendo observado nas fêmeas Morada Nova. A mutação FecXG não foi observada em nenhum dos animais estudados. Conclui-se que a mutação FecB, embora presente em fêmeas Santa Inês, está em baixa freqüência e não é uma boa ferramenta para seleção de ovelhas prolíficas; ademais, a prolificidade observada nas raças Santa Inês e Morada Nova não está relacionada com as mutações FecB ou FecXG.