Nós investigamos o papel da variação genética do gene RALDH2 e as doenças cardíacas congênitas (DCCs). Seis SNPs foram utilizados em um estudo de TDT. Testes de associação foram desenvolvidos e tanto os marcadores testados quanto os haplótipos analisados não mostraram associação com a doença. Análise do polimorfismo A151G indica que a variante produz mudanças substanciais na estrutura do RNAm. Esta variante está localizada em um exonic splicing enhancer (ESE). Estudos funcionais de splicing não mostraram impacto significante desta variante sobre a alteração do splicing do gene. Este estudo foi aplicado à outra mutação (G151T) encontrada no exon 4 durante o sequenciamento do gene RALDH2 e mostrou aumento no sinal de splicing. Nós encontramos mais quatro mutações: rs34645259 (5\'UTR), T157G (exon 4), rs4646626 (exon 9) e rs35251510 (exon 11). Em resumo, não foi encontrada associação entre DCCs e variações genéticas no gene RALDH2. As mutações encontradas deverão ser analisadas funcionalmente de forma a definir seu papel na perturbação da via do AR em humanos. / The aim of the study was to investigate the role of genetic variation in the RALDH2 locus and congenital heart disease. Six different SNPs were analyzed in 101 patient-parents trios in a TDT study. None of the markers displayed any association with CHD. No single haplotype was associated with an increased risk of CHD. Analysis of the A151G polymorphism indicated that the variant produced substantial changes in mRNA structure. This variant is also localized in a putative exonic splicing enhancer (ESE). Functional splicing studies failed to reveal a significant impact of this variant and gene splicing. This methodology was applied to another mutation (G151T) found in exon 4 during the sequencing of RALDH2 gene and an increase in splicing signal was observed. We found four mutations more: rs34645259, T157G (exon 4), rs4646626 and rs35251510. In summary, no association between CHD and genetic variation at the RALDH2 locus in humans was found. Potential functional genetic variants should be further studied in order to define their real role in RA pathway disturbances.

A alta diversidade observada em Anastrepha fraterculus em toda sua área de distribuição caracteriza a existência do complexo fraterculus. A correta identificação de espécies de Anastrepha aparentadas atualmente exige a utilização de uma série de técnicas. Assim, o presente trabalho propõe verificar quão semelhantes os morfotipos de duas populações do complexo A. fraterculus são, usando dados morfológicos (morfometria tradicional e geométrica) e moleculares (marcadores nucleares e mitocondriais). As amostras de dois municípios do Paraguai (Concepción e Santa Rosa) foram analisadas e seis morfotipos (chamados de M1 a M6) foram reconhecidos (M1-M5 em Concepción; M1-M4 e M6 em Santa Rosa), com base nas variações do ápice do acúleo, e um morfotipo com o acúleo típico do complexo fraterculus. A análise multivariada das oito medidas tomadas a partir do acúleo indicaram diferenças entre todos os morfotipos. A análise morfométrica baseada na morfometria convencional também revelou a existência de variabilidade entre os morfotipos estudados, mas alguns espécimes do morfotipo M4 foram similares aos espécimes de morfotipos M5 e M3, em Concepción. As asas também foram submetidas à morfometria geométrica usando 20 marcos, que indicou a existência de variabilidade entre e dentro dos morfotipos. Morfotipos da população de Concepción tendem a formar grupos distintos. No entanto, além das variações morfológicas de morfotipos de ambas as populações analisadas, sequências parciais da citocromo oxidase I gene (Cox1) e região do espaçador interno transcrito 1 (ITS1) foram muito semelhantes entre si. Portanto, esses marcadores moleculares não diferenciaram os morfotipos estudados, os quais foram muito similares aos espécimes com o acúleo típico do complexo fraterculus. / The high diversity observed in Anastrepha fraterculus throughout its distribution range characterizes the existence of the fraterculus complex. The correct identification of closely related species of Anastrepha currently requires the use of a number of techniques. Thus, the present work is proposed to verify how similar morphotypes of two populations of the A. fraterculus complex are, by using morphological (conventional and geometric morphometry) and molecular (nuclear and mitochondrial markers) data. Specimens from two municipalities of Paraguay (Concepción and Santa Rosa) were analyzed and six morphotypes (named from M1 to M6) were recognized (M1-M5 in Concepción; M1-M4 and M6 in Santa Rosa) based on variations in the apex of the aculeus, and a morphotype with the typical aculeus of the fraterculus complex. Multivariate analysis of eight measurements taken from the aculeus indicated differences among all morphotypes. Morphometric analysis based on conventional morphometry also revealed the existence of variability among the morphotypes studied, but some specimens from morphotype M4 were similar to specimens from morphotypes M5 and M3 in Concepción. Wings were also subjected to geometric morphometry by using 20 landmarks, which indicated the existence of variability between and within morphotypes. Morphotypes from the population of Concepcion tended to form separate groups. However, besides the morphological variations observed for morphotypes from both populations analyzed, partial sequences of the citochrome oxidase I (Cox1) gene and the internal transcribed spacer 1 (ITS1) region were highly similar among them. Therefore, these molecular markers did not differentiate the morphotypes studied and were highly similar to specimens with the aculeus shape typical of the fraterculus complex.

O cultivo da soja em grandes áreas agrícolas e o plantio sucessivo em uma mesma área contribuíram significativamente para o aumento na incidência de insetospraga nessa cultura, causando danos crescentes à produção. Os percevejos sugadores de sementes são considerados uma das pragas de maior importância para a cultura da soja. Neste estudo, 286 plantas F2 provenientes do cruzamento entre IAC-100 e CD- 215 foram utilizadas para a identificação de marcadores ligados a genes de resistência a estes insetos. O delineamento inteiramente casualizado foi adotado sendo avaliados dez caracteres agronômicos e cinco caracteres relacionados à resistência a insetos. Um mapa genético foi construído com base em marcadores AFLP e TRAP. A partir de 14 combinações AFLP utilizadas um total de 643 marcas foi obtido, das quais 67 (10,42%) foram polimórficas, com média de 4,79 marcas polimórficas por combinação. Para o marcador TRAP, 11 combinações de primers fixo/arbitrário geraram 230 marcas, sendo 31 (13,48%) polimórficas, média de 2,82 marcas polimórficas por combinação. Apesar do menor número de marcas polimórficas por combinação, a percentagem de polimorfismo obtida com o marcador TRAP (0,13) foi maior do que para o AFLP (0,10). Foram observados valores moderados para o PIC, com média de 0,37 para ambos os marcadores. Os marcadores SNP apresentaram polimorfismo não informativo, não sendo utilizados no mapeamento. No mapa de ligação foram posicionados 49 marcadores (35 AFLP e 14 TRAP), distribuídos por 12 grupos de ligação, totalizando 696 cM com distância média de 17,93 cM entre marcadores. Para a identificação de QTLs foram utilizadas duas abordagens. A análise de marcas simples permitiu a detecção de três e seis QTLs (LOD=2,5), considerando os valores significativos a 5% e 10%, respectivamente. Pelo método de mapeamento por intervalo composto foram identificados 14 QTLs, referentes a cinco caracteres, distribuídos por oito grupos de ligação. A proporção da variação fenotípica explicada por estes QTLs variou de 8,94% a 59,97%. / Cultivation soybean in major agricultural areas and successive planting in the same area significantly contribute to the increase in the incidence of insect pests on this crop, causing increasing damage to production. The seed-sucking stink bugs are considered to be one of the major pests of soybeans. In this study, 286 F2 plants obtained from crosses of IAC-100 and CD-215 were used to identify markers linked to resistance genes to these insects. The completely randomized design was adopted and ten agronomic traits and five traits related to insect resistance were analyzed. A genetic map was constructed based on AFLP and TRAP markers. From 14 AFLP combinations used a total of 643 marks were obtained, of which 67 (10.42%) were polymorphic, with an average of 4.79 polymorphic marks per combination. For the TRAP marker, 11 primers combinations fixed/arbitrary generated 230 marks, of which 31 (13.48%) were polymorphic, an average of 2.82 polymorphic marks per combination. Despite the lower number of polymorphic marks per combination, the percentage of polymorphism obtained with the TRAP marker (0.13) was higher than that for AFLP (0.10). Intermediate PIC values were found, with an average of 0.37 for both markers. The SNP markers presented not informative polymorphisms and were not used in the mapping. The linkage map consisted of 49 markers (35 AFLP and 14 TRAP), scattered across 12 linkage groups, totalizing 696 cM with an average distance of 17.93 cM between markers. QTLs mapping was conducted using two distinct approaches. The single marker analysis allowed the identification of three and six QTLs (LOD=2.5), considering the significance level at 5% and 10%, respectively. The composite interval mapping approach allowed the identification of 14 QTLs, concerning five characters, scattered across eight linkage groups. The proportion of the phenotypic variation explained by these QTLs ranged from 8.94% to 59.97%.

Este estudo foi realizado para detectar quantitative trait loci (QTL) afetando características e curva de crescimento numa população F2 Holandês x Gir. As características estudadas foram peso ao nascer (BW), peso à desmama (WW), peso aos 205 dias (W205), peso ao sobreano (YW), peso aos 720 dias (W720), ganho de peso diário do nascimento ao desmama (ADG0_60), ganho de peso diário da desmama ao peso aos 205 dias (ADG60_205), ganho de peso diário de peso ao 205 dias ao peso ao sobreano (ADG205_365), ganho de peso diário do sobreano ao peso aos 720 dias (ADG365_720), ganho de peso diário total (ADG), curva de crescimento de peso ao nascer ao peso aos 720 dias (GC). 180 marcadores microssatélites, abrangendo os 29 autossomos bovino e cobrindo 3,322 cM foram selecionados a partir do mapa genético bovino. A média de intervalo de marcador foi 22 cM. Vinte e oito QTLs foram detectados em dez cromossomos, quinze QTLs tem modo aditivo, dois QTLs tem modo de dominância e onze QTLs têm sobredominância como modo de ação. Um QTL sugestivo foi detectado para BW no cromossomo BTA 17 em 1 cM. Um QTL sugestivo foi detectado para W205 no BTA 3 a 20 cM. Quatro QTLs sugestivos foram encontrados para YW no BTA 3 a 7 cM, no BTA 6 a 134,9 cM, no BTA 12 a 1 cM, e no BTA 22 a 1 cM. Para W720, seis QTLs sugestivos foram identificados, no BTA 2 a 30 cM, no BTA 3 a 1 cM, no BTA 6 a 44 cM, no BTA 10 a 20 cM, no BTA 12 a 1cM e no BTA 22 a 1 cM. Um QTL sugestivo foi identificado para ADG0_60 no BTA 8 a 143 cM. Dois QTLs sugestivos foram relatados para ADG60_205 no BTA 3 a 19 cM e no BTA 23 19 cM. Um QTL sugestivo foi observado para ADG205_365 no BTA 12 a 7 cM. Para ADG365_720, três QTLs foram detectados. Dois QTLs têm efeitos sugestivos no BTA 1 a 12 cM e no BTA 10 a 22 cM, um QTL significativo no BTA 6 a 43 cM. Seis QTLs sugestivos para ADG foram encontrados no BTA 2 a 32 cM, no BTA 3 a 1 cM, no BTA 6 a 43 cM, no BTA 10 a 20 cM, no BTA 12 a 1 cM e no BTA 22 a 1 cM. Três QTLs sugestivos foram identificados por GC no BTA 2 a 34 cM, no BTA 12 a 2 cM e no BTA 22 a 3 cM. Nenhum QTL foi detectado para WW em todos os cromossomos. Existem vários efeitos pleiotrópcos nos cromossomos BTA 2, 3, 6, 10, 12 e 22, os quais influenciam as características de crescimento. Foram detectados 22 efeitos epistáticos complexos para as cinco características YW, W720, GC, ADG365_720 e ADG. / This study was conducted to detect quantitative trait loci (QTL) affecting growth traits and growth curve using F2 Holstein x Gyr population. Traits analyzed were birth weight (BW), weaning weights (WW), weight at 205 day (W205), yearling weight (YW), weight at 720 day (W720), average daily gain from birth to weaning weight (ADG0_60), average daily gain from weaning weight to weight at 205 days (ADG60_205), average daily gain from weight at 205 days to yearling weight (ADG205_365), average daily gain from yearling weight to weight at 720 days (ADG365_720), total average daily gain (ADG), and growth curve from birth weight to weight at 720 days (GC). 180 microsatellite markers covering the 29 bovine autosomes and covered 3322 cM were chosen from bovine genetic map. The average marker interval was 22 cM. Twenty eight QTLs detected span ten chromosomes, fifteen QTLs had additive mode, two QTLs had dominance mode and eleven QTLs had overdominance mode of gene action. Suggestive QTL was found for BW on BTA 17 at 1 cM. Also, Suggestive QTL was detected for W205 on BTA 3 at 20 cM. Four suggestive QTLs were found for YW on BTA 3 at 7 cM, on BTA 6 at 134.9 cM, on BTA 12 at 1 cM, and on BTA 22 at 1 cM. For W720, six suggestive QTLs were identified, on BTA 2 at 30 cM, on BTA 3 at 1 cM, on BTA 6 at 44 cM, on BTA 10 at 20 cM, on BTA 12 at 1cM and on BTA 22 at 1 cM. Suggestive QTL was observed for ADG0_60 on BTA 8 at 143 cM. Two suggestive QTLs were reported for ADG60_205 on BTA 3 at 19 cM and on BTA 23 at 19 cM. Suggestive QTL was observed for ADG205_365 on BTA 12 at 7 cM. For ADG365_720, three QTLs were detected. Two QTLs had suggestive effect on BTA 1 at 12 cM and BTA 10 at 22 cM, one significant QTL on BTA 6 at 43 cM. Six suggestive QTLs were found for ADG on BTA 2 at 32 cM, BTA 3 at 1 cM, BTA 6 at 43 cM, BTA 10 at 20 cM, BTA 12 at 1 cM and BTA 22 at 1 cM. Three suggestive QTLs were identified for GC on BTA 2 at 34 cM, BTA 12 at 2 cM and BTA 22 at 3 cM. No QTLs were detected for WW in all chromosomes. There were many pleiotropy effects on BTA 2, 3, 6, 10, 12 and 22 influencing growth traits. There were 22 complexes epistatic effects were detected for five traits YW, W720, GC, ADG365_720 and ADG.

Neste trabalho foram investigados a distribuição de populações e aspectos populacionais (densidades populacionais e distribuição da classe de tamanho, peso e fator de condição) de bagres Trichomycterus troglóbios, com enfoque na Gruta do Urubu Rei, entre abril de 2010 a outubro de 2012. As prospecções em campo resultaram na confirmação de 11 localidades com ocorrência desses bagres, distribuídas ao longo de 115 km na direção norte-sul ao longo das cabeceiras cársticas do Rio Miranda, quatro delas tratando-se de novos registros. A densidade da população de Trichomycterus sp. 1 na Gruta do Urubu Rei está sujeita às variações sazonais entre anos relacionadas aos ciclos pluviométricos regionais. O predomínio de classes de tamanhos juvenis (CP < 40 mm), os deslocamentos relativamente grandes de indivíduos maduros, as variações na densidade populacional indicam que a Gruta do Urubu Rei abriga uma população aberta e possui condições ambientais propícias à reprodução e crescimento, funcionando como uma caverna \"berçário\".As comparações dos parâmetros estudados sugerem que as populações-fontes de Trichomycterus sp. 1 ocupam ambientes freáticos próximos à superfície, possivelmente devido à maior disponibilidade alimentar nestes locais. Por outro lado, os dados de densidade populacional e de distribuição das classes de tamanho indicam que T. Dali e Trichomycterus sp. 2 possivelmente habitam ambientes freáticos profundos e reproduzem-se próximo à superfície. Até o momento, pouco se sabe sobre a ecologia destas espécies em cavernas subaquáticas da região, fazendo-se necessários estudos futuros para compreender a dinâmica das populações no freático profundo. Os bagres Trichomycterus subterrâneos da Serra da Bodoquena devem ser considerados vulneráveis à extinção, pois seus hábitats estão sugeitos à degradação antrópica, como a contaminação e explotação da água subterrânea, assoreamento do aquífero de condutos e o turismo não-controlado. Entre as populações troglóbias de bagres Trichomycterus na Serra da Bodoquena, foram identificadas três linhagens divergentes através do uso de duas técnicas complementares e independentes, a análise de sequências de nucleotídeos do DNA mitocondrial e a morfometria geométrica. As genealogias obtidas para os genes COI, Cit b e 16S foram concordantes, apresentando o mesmo padrão de distribuição geográfica. A divergência genética não está correlacionada com a distância geográfica, sendo melhor explicada pela presença dos haplogrupos. Foi detectado um alto grau de isolamento populacional e baixa variação genética intrapopulacional. Este resultado pode ser explicado pela compartimentação do hábitat, devido ao predomínio de bacias poligonais ao longo do Planalto da Bodoquena, limitando do fluxo gênico entre as populações. Na Gruta Morro do Jericó foi detectada a ocorrência sintópica dos haplogrupos I e II, o que explica o alto valor de divergência nesta localidade. Possivelmente, essa é uma zona secundária de contato entre T. Dali e TB.sp. 1. A presença de fluxo de água subterrânea com rotas profundas no Setor sul, pode explicar o menor grau de divergência genética e morfológica entre T. dali e Trichomycterus sp. 2. A forma corporal indica diferentes graus de especialização, possivelmente associados às diferentes condições ambientais entre os sistemas cársticos da área de estudo. A presença da linhagem mais troglomórfica ao sul da Serra da Bodoquena, região onde ocorrem cavernas atualmente alagadas depois de uma fase vadosa, sugere que o isolamento das linhagens troglóbias de Trichomycterus esteja associado ao soerguimento relativo, resultante da subsidência da Bacia do Pantanal e responsável pela geomorfologia atual da região. É hipotetizado que o isolamento dos Trichomycterus no subterrâneo tenha ocorrido na segunda metade do Terciário, quando o soerguimento relativo do Planalto da Boquena foi acelerado / The present study focused the distribution of Trichomycterus populations and populational aspects (population density and distribution of size, weight and condition factor classes), in the Urubu Rei Cave, between April 2010 andOctober 2012. Field surveys confirmed the occurrence of Trichomycterus catfishes in 11 localities, included four new records, distributed along 115 km in the north-south direction encompassing the karst headwaters of the Miranda River basin,. The population density of Trichomycterus sp. 1 in the Urubu Rei Cave showed seasonal and inter-years variations related to regional pluviometric cycles. The predominance of juvenile size classes (SL < 40 mm), the relatively long-distance moviments of mature individuals and variations in population densities indicate that Urubu Rei Cave shelters an open population whith environmental conditions favorable for reproduction and growth. The comparisons of parameters indicate that the source populations of Trichomycterus sp. 1 occupy groundwater habitats near the surface, possibly due to greater food availability in this zone. On the other hand, data on population density and distribution of size classes suggest that T. Dali and Trichomycterus sp. 2 probably inhabit deep phreatic habitats and reproduce near the surface so far. Little is known about the ecology of these species in underwater caves hence further studies are necessary to understand the population dynamics in the deep phreatic zone. Subterranean Trichomycterus catfish from Serra da Bodoquena shoul be considered at least vulnerable, because their habitats are subjected to anthropogenic degradation, such as exploitation and contamination of groundwaters and sedimentation conduits aquifer and poorly controlled touristic visitation. Among troglobitic populations of Trichomycterus catfishes in Serra Bodoquena kart area, three lineages were identified using of two independent and complementary methods, the analysis of nucleotide sequences of mitochondrial DNA and geometric morphometric. The genealogies obtained for COI, Cyt b and 16S were highly concordant and showeded the same pattern of geographic distribution. The genetic divergence was not correlated with the geographic distance and was best explained by the presence of haplogroups. A high degree of population isolation was detected, with low intra-population genetic variation. The limited gene flow may be explained due to the partitioning of the habitat by the predominance of polygonal basins along the Bodoquena Plateau. In the Cave Morro do Jericó the sintopy of haplogroups I and II, with a high value of divergence in this locality, indicate the presence of a secondary contact zone between T. Dali and Trichomycterus sp. 1. The presence of deep routes of groundwater flow in the South Sector of the Bodoquena Plateau, may explain the lower degree of genetic and morphological divergence between T. Dali and Trichomycterus sp. 2. The comparisons of body shape indicates different degrees of specialization, possibly related to different environmental conditions among the karst in the region. Highly troglomorphic lineages occur in southern Serra Bodoquena, where the presence currently flooded caves after a vadose phase, indicates that the isolation of ancient Trichomycterus lineages in subterranean habitats is associated with relative uplift of the region. This would be the result of the subsidence the Pantanal Basin, that is the process responsible by the current geomorphology of the region. We estimated that the underground isolation occurred during the second half of the Tertiary, when the relative uplift of the Bodoquena Plateau was accelerated

Orientador: Claudia Regina Bonini Domingos / Banca: Débora Aparecida Pires de Campos Zuccari / Banca: Flavio Augusto Naoum / Resumo: A Anemia Falciforme (AF) é caracterizada pela presença da hemoglobina S em homozigose (Hb SS). As pessoas com AF frequentemente apresentam manifestações clínicas relacionadas a processos de vaso-oclusão como o acidente vascular encefálico (AVE) e síndrome torácica aguda (STA). A regulação da vasoconstrição e vasodilatação é um fator importante na modulação destas manifestações clínicas, sendo alvo de estudos. Neste trabalho, os polimorfismos nos genes de duas enzimas - enzima conversora de angiotensina 1 e 2 (ECA1 e ECA2) e o polimorfismo do inibidor do ativador do plasminogênio tipo 1, relacionado com a fibrinólise, foram avaliados. O Sistema Renina-Angiotensina-Aldosterona atua na manutenção da pressão arterial e do volume sanguíneo por meio do equilíbrio hídrico e eletrolítico e regulação do tônus vascular. A ECA 1 é a principal enzima desse sistema, e cliva a Angiotensina I em Angiotensina II, um potente vasoconstritor. Uma enzima homóloga, a ECA 2, é capaz de clivar a Angiotensina II em Angiotensina 1-7, uma vasodilatadora. Os polimorfismos I/D no gene ECA1 (rs1799752) e A/G (rs2106809) no gene ECA2 foram estudados neste trabalho. Além disso, a regulação fibrinolítica também está relacionada às manifestações clínicas na AF. O inibidor do ativador do plasminogênio tipo 1 (PAI-1) é um regulador da fibrinólise, inibindo os ativadores do plasminogênio e a formação de plasmina, responsável pela degradação do coágulo. O polimorfismo mais estudado no gene PAI1, de inserção de... / Abstract: Sickle cell anemia (SCA) is characterized by the presence of hemoglobin S in homozygous (Hb SS). People with AF frequently presents clinical manifestations related to vasoocclusion processes such as stroke and acute chest syndrome (ACS). The regulation of vasoconstriction and vasodilation is an important factor in the modulation of these complications, being the object of many studies. In this work, the polymorphisms in the genes of two enzymes - angiotensin-converting enzyme 1 and 2 (ACE1 and ACE2) - and fibrinolysis-related plasminogen activator inhibitor type 1 polymorphism were evaluated. The Renin-Angiotensin-Aldosterone System acts in the maintenance of blood pressure and blood volume through fluid and electrolyte balance and vasodilation and vasoconstriction. ACE 1 is the main enzyme in this system, and cleaves Angiotensin I in Angiotensin II, a potent vasoconstrictor. A homologous enzyme, ACE 2, is capable of cleaving Angiotensin II in Angiotensin I-7, a vasodilator. The I/D polymorphisms in the ACE1 gene (rs1799752) and A/G (rs2106809) in the ACE2 gene are studied in this paper. In addition, fibrinolytic regulation is also related to clinical complications in SCD. The plasminogen activator inhibitor type 1 (PAI-1) is a regulator of fibrinolysis, inhibiting plasminogen activators and the formation of plasmin, responsible for clot degradation. The most studied polymorphism in the PAI1 gene, of insertion of a guanine (4G/5G) in the promoter region of the gene, increases the enzyme activity and decreases the fibrinolytic action. To verify if these polymorphisms are related to the presence of the clinical manifestations, stroke and ACS, we genotyped 392 people with SCA. The samples were characterized according to their hemoglobin profile, subjected to DNA extraction, and used for the detection of polymorphisms by PCR-RFLP. The frequencies of the polymorphisms were analyzed ... / Mestre

Esse estudo abordou protozoários do gênero Eimeria com dois objetivos gerais: desenvolver ensaios moleculares para a discriminação das onze espécies de Eimeria de coelho e estudar as relações evolutivas Eimeria de hospedeiros mamíferos e aves. Para o primeiro objetivo, seqüenciou-se o ITS1 do rRNA das 11 espécies de Eimeria de coelho e desenhou-se iniciadores espécie-específicos. Não foi observada reatividade cruzada, e o limite de detecção variou entre 500 fg a 1 pg. Para a filogenia, sequenciou-se 4 marcadores moleculares de espécies de Eimeria de galinha e coelho. Foram feitas análises conjuntas com dados públicos de Eimeria de outros hospedeiros, usando-se vários métodos de reconstrução filogenética. Os resultados indicam que as espécies de Eimeria são em geral monofiléticas em relação aos seus hospedeiros, e que múltiplos eventos de invasão de hospedeiros mamíferos e aves teriam ocorrido ao longo da evolução. Assim, ancestrais de roedores, galinhas e Lagomorpha teriam sido invadidos em torno de 14, 11 e 7 milhões de anos atrás, respectivamente. / In this work, we used protozoans of the genus Eimeria for the following approaches: development of discrimination assays for the eleven Eimeria species of rabbits, and phylogenetic analysis of mammal and bird Eimeria. For the former study, we sequenced the ITS1 rRNA of the 11 Eimeria species of domestic rabbit and designed species-specific primers. No cross-reactivity has been observed, and the detection limit varied from 500 fg to 1 pg. For the phylogenetic analysis, we used four molecular markers of Eimeria species from domestic fowl and rabbit. An overall analysis comprising our data and public sequences of Eimeria from other hosts has been performed, and we used several distinct methods for phylogenetic reconstruction. Our results show that most of Eimeria species are monophyletic in regard to their hosts, and that multiple invasion events on mammal and bird hosts may have occurred along the evolutionary process. Thus, Eimeria parasites invaded ancestors of rodents, domestic fowl and Lagomorpha about 14, 11 and 7 million years ago, respectively.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:20:00Z No. of bitstreams: 1 Clausio Antonio Ferreira de Melo.pdf: 1234735 bytes, checksum: b484875f7a75cae77cbddff1d89b47ed (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:20:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clausio Antonio Ferreira de Melo.pdf: 1234735 bytes, checksum: b484875f7a75cae77cbddff1d89b47ed (MD5) Previous issue date: 2009-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Mitotic chromosomes of nine Solanum L. (Solanaceae A.Juss.) species were cytogenetically analyzed using the conventional technique, CMA/DAPI and florescent in situ hybridization. S. atropurpureum Schrank, Solanum dulcamara L., S. gilo L., S. melongena L. and S. nitidibaccatum Bitter., showed a diploid chromosome number 2n=24. While Solanum luteum Mill., S. nigrum L., and S. laciniatum Ait., showed 2n=48, 2n=72, 2n=92, respectively.The species karyotype were symmetric, with morphology metacentric or submetacentric and the interphasic nucleus were semi-reticulated type. The condensation pattern was always from the telomere to the centromere. S. luteum showed heteropcnotic chromosomes pair in metaphases. S. dulcamara, S. atropurpureum and S. luteum, two CMA3 +/DAPI- terminals blocks were observed in one chromosome pair. Solanum nitidibaccatum showed two subdivided satellites with the application of fluorochromes. We also observed in this species in several CMA3 +/DAPI- blocks in telomeres. In Solanum laciniatum and S. nigrum were observed four CMA3 +/DAPI- blocks in two chromosome pair. The application of DNAr 45S probes in the FISH technique was applied only in S .luteum, S. nigrum, and in S. laciniatum, and showed two hybridization sites of rDNA 45S in the fist one, and four sites in the others. We noticed that the localization of species-specific marker was successful, allowing the identification of the analyzed species. The estimation of the genetic diversity in Solanum species was also made using ISSR markers. A total of 27 primers were tested giving 299 polymorphic bands with a average of 97,4%. However the intra-specific average was lower 16,7%. We realized that the application of just one UBC 841 or 846 primer can be used to identify the genotypes of S. melongena safely. The dendrogam gendered by UPGMA method grouped the species analyzed in four groups. / Cromossomos mitóticos de nove espécies do gênero Solanum L. (Solanaceae A. Juss.) foram analisados, pelas técnicas de coloração convencional, CMA3/DAPI e FISH com sonda DNAr 45S. S. atropurpureum Schrank, Solanum dulcamara L., S. gilo L., S. melongena L. e S. nitidibaccatum Bitter., apresentaram 2n=24. Solanum luteum Mill., S. nigrum L., e S. laciniatum Ait., apresentaram 2n=48, 2n=72, 2n=92, respectivamente. O cariótipo das espécies foi bastante simétrico, com morfologia variando de metacêntrico a submetacêntrico e núcleo interfásico semi-reticulado. O padrão de condensação observado foi do tipo proximal. Em S. luteum foi observado um par cromossômico com heteropcnose negativa em células metafásicas. S. dulcamara, S. atropurpureum e S. luteum apresentaram dois blocos CMA3 +/DAPI- terminais em um par cromossômico. Em S. nitidibaccatum dois satélites evidenciados pela técnica de CMA3/DAPI apresentaram-se subdivididos, além dessa característica observaram-se blocos CMA3 +/DAPI- na maioria dos telômeros em S. nitidibaccatum. Em S. laciniatum e S. nigrum foram observados quatro blocos CMA3 +/DAPIem dois pares cromossômicos, um em cada homólogo. A técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH) com sonda DNAr 45S revelou dois sítios de DNAr 45S em S. luteum e quatro sítios em S. nigrum e S. laciniatum. Constatou-se que a localização de marcadores espécie-específicos foi satisfatória, permitindo a identificação das espécies citadas. A análise da diversidade genética em espécies do gênero Solanum via marcadores ISSR também foi estimada, em que um total 27 oligonucleotídeos iniciadores foram testados fornecendo 299 bandas polimórficas, representando um polimorfismo total de 97,4%. Entretanto o polimorfismo intra-específico foi de apenas 16,7%. Observou-se que a aplicação de apenas um olii, UBC 841 ou 846 pode ser feita para a identificação dos genótipos de S. melongena com segurança. A análise da diversidade genética via ISSR foi satisfatória, resultando no agrupamento dos táxons em quatro clados principais.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T11:54:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilExpressaoMicroRNAs.pdf: 1891665 bytes, checksum: 8441547cef8f393c58ff8360d7f2a5c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:42:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilExpressaoMicroRNAs.pdf: 1891665 bytes, checksum: 8441547cef8f393c58ff8360d7f2a5c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:42:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_PerfilExpressaoMicroRNAs.pdf: 1891665 bytes, checksum: 8441547cef8f393c58ff8360d7f2a5c1 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O carcinoma de células escamosas oral (CCEO) é uma doençaa mutifatorial que envolve fatores genéticos, epigenéticos e ambientais. Caracteriza-se por um padrão de crescimento agressivo, altamente metastático e elevadas taxas de mortalidade. Apesar dos avanços da tecnologia nos tratamentos cirúrgicos, rádio e quimioterápicos, a taxa de sobrevivência de cinco anos não houve melhora significativa nos últimos anos. Através da regulação da expressão de genes alvos, os microRNAs desempenham papel importante na iniciação e progressão em cânceres humano, consequentemente, são uma ferramenta promissora para investigação de biomarcadores de identificação de risco, prognóstico e alvos terapêuticos. Com objetivo de investigar o perfil de expressão dos miRNAs no cancêr gástrico, dez tecidos de CCEO foram caracterizados a partir de dados gerados de sequenciamento de alto desempenho. Além disso, por qRT-PCR avaliamos o tecido adjacente ao CCEO para quatro miRNAs. Os resultados mostraram 17 miRNAs diferecialmente expressos, os quais foram capazes de discriminar o tecido CCEO do sem câncer. Dentre esses, encontramos sete novos miRNAs (hsa-let-7c, hsa-miR-10a, hsa-miR- 199a, hsa-miR-381, hsa-miR-501, hsa-miR-654 e hsa-miR-941), os quais ainda não estão descritos na literatura suas participações no CCEO. Adicionalmente, verificamos que os quatro miRNAs hsa-miR-221, hsa-miR-21, hsa-miR-135b e hsa-miR-29c foram hiperexpressos no tecido adjacente, confirmando o efeito de campo de câncerização. Os resultados revelaram que esses miRNAs são potenciais biomarcadores de ocorrencia no CCEO com a capacidade de identificar indivíduos com maior risco de desenvolver este câncer, e indicam sua utilidade como possíveis alvos terapêuticos. / Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is a multifactorial disease involving genetic, epigenetic and environmental factors. It is characterized by a pattern of aggressive growth, high metastatic potential and high mortality rates. Despite advances in technology in the surgical treatment, radiotherapy and chemotherapy, the five-year survival rate has no significant improvement in recent years. By regulating the expression of target genes, microRNAs play an important role in the initiation and progression of human cancers. Therefore, they are a promising tool for the identification of biomarkers of risk, as well as prognostic and therapeutic targets. In order to investigate the miRNAs expression profile in ten tissues of OSCC were characterized based on data generated from high-performance sequencing. Furthermore, by qPCR we assessed the adjacent tissue to the OSCC for four miRNAs. The results showed 17 differentially expressed miRNAs were able to discriminate the tissue without cancer. Among these, we found seven new miRNAs (hsalet- 7c, hsa-miR-10a, hsa-miR-199a, hsa-miR-381, hsa-miR-501, hsa-miR-654 and hsamiR- 941) which are not described in the literature their participation in OSCC. Additionally, we found that the four miRNAs hsa-miR-221, hsa-miR-21, hsa-miR-135b and hsa-miR-29c presented overexpression in the adjacent tissue, confirming the field cancerization effect. The results revealed that these miRNAs are potential biomarkers occurring in OSCC with the ability to identify individuals at high risk of developing this type of cancer, and indicate their utility as potential therapeutic targets.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença. / Gastric cancer is the fifth most frequent type of cancer and the third cause of cancer mortality worldwide. Despite progression in treatment of advanced gastric cancer, the prognosis of patients remains poor, in part due to the low rate of diagnosis during its early stages. This paradigm implies the necessity to search and identify molecular biomarkers for early gastric cancer diagnosis, as well as for disease monitoring, thus contributing to the development of new therapeutic approaches. Therefore, this study aimed at investigating copy number variations in gastric adenocarcnoma through array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique and selecting genes for validation in a larger sample size by using real-time PCR, in order to find potential molecular biomarkers for this tumor type. The aCGH results demonstrated 22 gene alterations never described before as correlated with gastric carinogenesis, as well as several alterations significantly associated with serosal extravasation and patients aged less than or equal 50 years. Given that most of the genes had never been described in gastric cancer, we selected for validation four gene alterations that showed some consistency with studies published in the literature for other types of cancer. Thus, we investigated by real-time PCR the amplifications of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 genes. The results showed a high frequency of amplification of these genes, but the statistical associations with clinicopathological data of TRPV2 gene with younger patients and ABCA13, with serosal extravasation, observed by aCGH, were not confirmed. Moreover, new significant associations were demonstrated, including RTEL1 recurrent amplification associated with advanced age and intestinal type of gastric adenocarcinoma; B4GALT5 recurrent amplification associated with intestinal type of gastric adenocarcinoma; TRPV2 recurrent amplification associated with lymph node metastasis; ABCA13 recurrent amplification associated with lymph node metastasis and male patients and co-amplification of RTEL1 and ABCA13 associated with advanced staging. Therefore, the aCGH proved to be a useful tool for the investigating new genes associated with carcinogenesis. Additionally, recurrent amplification of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 seem to have an important role in the development and progression of gastric cancer and can be considered as potential biomarkers for this disease.