Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.

A RS 486 - Rota do Sol vem sendo motivo de polêmica desde o início da implantação da obra, em 1990. O fato de a estrada afetar um dos ecossistemas mais ameaçados no Brasil, a Mata Atlântica, somado a alguns problemas na condução das obras, que terminaram por levar ao embargo das mesmas, configuram a situação a ser enfrentada no presente trabalho. Ao longo do trajeto a estrada percorre vales e encostas da Reserva da Biosfera, na Serra Geral, apresentando grande variação altitudinal e secionando diversas comunidades vegetais de Mata Atlântica distintas estrutural e fisionomicamente. O levantamento da fauna de roedores silvestres foi realizado na área de influência da rodovia RST-453/RS-486, Rota-do-Sol, entre junho de 1997 e setembro de 2003, perfazendo um total de 14 expedições de amostragem. As coletas foram realizadas em três pontos dentro de um gradiente altitudinal, entre os municípios de Terra de Areia e Tainhas no estado do Rio Grande do Sul, onde foram reconhecidos três ambientes estrutural e fisionomicamente distintos. Estas localidades diferem em altitude e em formação vegetal estando assim distribuídas: Mata Paludosa, altitude 30 metros ─ S 29.30.392, W 050 06.422, Floresta Ombrófila Densa, altitude 350 metros ─ S 29 22.506, W 050 11.318 e Floresta Ombrófila Mista, altitude 780 metros ─ S 29 19.261, W 050 12.282 A estrutura genética de duas espécies de roedores silvestres (Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus) foi analisada através de seqüências da região hipervariável do mtDNA por estimativa do fluxo gênico e da diferenciação genética entre as populações a partir do índice de diferenciação Gst. As espécies analisadas pertencem ao mesmo local, porém subdivididas em populações separadas pela fragmentação dos habitats. Estas espécies foram escolhidas devido à diferença na história de vida e utilização do habitat, características que influenciam suas respectivas estruturas populacionais e genéticas. Os resultados obtidos corroboram o padrão descrito para comunidades abertas onde poucas espécies são abundantes, espécies dominantes, e muitas são raras. A Mata Paludosa com 113 ha. apresenta diversos microambientes tendo apresentado a maior diversidade e abundância de roedores. Foi verificado um padrão de sazonalidade discreto para duas espécies: Akodon montensis — inverno nos três pontos de amostragem e Oligoryzomys nigripes — inverno na Floresta Ombrófila Densa. Os ciclos populacionais das espécies mais representativas em cada ponto foram de aproximadamente quatro anos. Os ciclos populacionais de Oligoryzomys nigripes acompanham os ciclos de Akodon montensis, via de regra com valores de captura inferiores. Delomys dorsalis, na Floresta Ombrófila Mista apresentou ciclo populacional mais longo com flutuação e Oryzomys russatus e Oligoryzomys flavescens apresentaram ciclos populacionais com períodos de inatividade maiores. As capturas de Delomys dorsalis e Euryzygomatomys spinosus na Mata Paludosa e Brucepatersonius iheringi na Floresta Ombrófila Mista caracterizam ampliação do registro de ocorrência. A Floresta Ombrófila Densa e a Floresta Ombrófila Mista apresentam maior correlação, tanto através de análise de Grupamento Hierárquico (capturas) como através de Análise de Correspondência Simples (freqüência). A freqüência de captura de Akodon montensis foi regular em todo gradiente, Delomys dorsalis, Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus, aparentemente, selecionam de forma positiva um determinado tipo de formação vegetal. D. dorsalis e O. russatus, padrão de distribuição em gradiente. A utilização do marcador de uma região hipervariável do mtDNA indica que não há estruturação geográfica das populações nem um mecanismo de isolamento por distância, levantando a hipótese de que o gradiente altitudinal não tem influência na estruturação genética das populações de Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus. Os resultados obtidos para Oligoryzomys nigripes e Oryzomys russatus — mtDNA — indicam uma distribuição que, se em gradiente, não apresenta relação com a altitude ou formação vegetal. Os padrões de abundância para as diferentes espécies, em cada local de captura, devem estar associados a fatores ecológicos independentes do isolamento por distância, formação vegetal e variação altitudinal.

RIBEIRO, Eliana Matos.Isolamento e caracterização parcial dos Genes beta-actina e miosina de cadeia pesada do Camarão rosa Farfantepenaeus subtilis. 2009. 107f. Dissertação(Mestrado em Engenharia de Pesca) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-12-02T23:19:34Z No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) Previous issue date: 2009-03-04 / The penaeid shrimp Farfantepenaeus subtilis is an important native species for fisheries industry in Brazil. Among marine shrimps of commercial importance, penaeids are recognized as a valuable resource for fishery and aquaculture in tropical and subtropical regions. However, data on these species is extremely reduced, especially concerning genetic elements involved in animal muscle growth. Therefore, aiming at identifying shrimp genes directly associated with muscle contraction in this research, beta-actin and myosin heavy chain genes of the pink shrimp F. subtilis were isolated from its muscular abdominal and partially sequenced. Shrimps collected from Pacoti estuary, Ceará, were first identified through taxonomy and, then, through DNA amplification followed by sequencing of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) and 16S. From fresh shrimp tissues, total RNA was extracted and complementary cDNA was obtained. Based on specific primers designed after sequence alignments performed against sequences at GenBank/NCBI, genes were amplified from RT-PCR (reverse transcriptase - polimerase chain reaction) and sequenced. A 760bp partial F. subtilis beta-actin cDNA fragment was obtained, while the partial F. subtilis myosin heavy chain cDNA was 570bp long. Sequence analyses using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) program indicated that F. subtilis beta-actin gene product is very similar to betaactin of other species of shrimps, while the myosin heavy chain protein is highly homologous to crustacean myosins heavy chain, confirming the identity of the isolated gene sequences. Alignment of these gene sequences with other sequences in GenBank showed high similarity with Penaeus monodon (93%) and Farfantepenaeus paulensis (88%). Results have showed the feasibility of partial gene identification as a means to identify genes of strategic interest. These data would help further attempts to elucidate the complete isolation of these genes, as well as the detection of other important genes, especially from shrimp species occurring at the Brazilian coast. Genes analyses involved with muscle growth might provide important genetic information on native species that are overexploited and may be viable for the shrimp cultivation. In addition, these data might also benefit the scientific community, improving a range of research areas such as physiology, phylogeny and evolution of penaeids / O camarão peneídeo Farfantepenaeus subtilis é uma importante espécie nativa do litoral nordestino que possui uma grande ocorrência na pesca. Dentre os camarões marinhos de importância comercial, os peneídeos se destacam por constituírem um valioso recurso para pesca e aqüicultura em regiões tropicais e subtropicais. Entretanto, a disponibilidade de informações sobre essas espécies é bastante escassa, principalmente em relação à estrutura genética que atua no crescimento muscular desses animais. Tendo como objetivo identificar genes envolvidos na contração muscular de camarões, neste trabalho foram parcialmente isolados e seqüenciados os genes de betaactina e miosina de cadeia pesada do camarão rosa F. subtilis, a partir do cDNA do músculo abdominal. Para tanto, camarões coletados no estuário do rio Pacoti, estado do Ceará, foram inicialmente identificados taxonomicamente e, depois através de amplificação de DNA seguida por sequenciamento das regiões citocromo oxidase subunidade I (COI) e 16S. Utilizando-se os tecidos frescos dos camarões, foi extraído o RNA total e foram obtidos os respectivos DNAs complementares (cDNAs). Baseado na construção de primers específicos a partir do alinhamento entre sequências descritas no Genbank/NCBI, os genes foram isolados por meio de RT-PCR (Reação em Cadeia da Polimerase através da transcriptase reversa) e seqüenciados. Foi obtido um fragmento parcial de 760 pares de base para o cDNA de beta-actina e para o cDNA de miosina de cadeia pesada foi obtido um fragmento de 570 pares de base. Análises das sequências realizadas pela ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) revelaram alta similaridade com outras beta-actinas e miosinas de camarões, confirmando a identidade das sequências genéticas isoladas. Como resultado do alinhamento pareado entre as sequências desses genes obtidos no trabalho com as de outras espécies presentes no GenBank, pôde-se observar que as maiores similaridades foram com Penaeus monodon (93%) e com Farfantepenaeus paulensis (88%). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram a viabilidade da metodologia utilizada na identificação de genes relacionados com características importantes. Esses dados irão facilitar o isolamento completo das sequências desses genes, além de contribuir para incentivar a identificação de outros genes importantes em camarões, principalmente os nativos do Brasil. Análise de genes que atuam desenvolvimento do tecido muscular do animal poderá fornecer informações genéticas importantes acerca de uma espécie nativa que está sendo superexplorada e que poderá ser viável para cultivo. Outrossim, esses dados beneficiarão a comunidade científica, servindo como base para estudos de fisiologia, filogenia e evolução em peneídeos

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T10:27:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 916784 bytes, checksum: 03475d7989277b617f66a3b91500defc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T10:27:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 916784 bytes, checksum: 03475d7989277b617f66a3b91500defc (MD5) Previous issue date: 2016-10-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Muitas espécies de Cercospora são patógenos generalistas. A versatilidade das espécies de Cercospora associadas ao Crestamento Foliar de Cercospora (CFC) e Mancha Púrpura da Semente (MPS) na soja parece ser historicamente subestimada. Neste trabalho, foram montados bancos de dados moleculares concatenados de sete genes nucleares e um mitocondrial, com sequências de 30 isolados fúngicos amostrados em hospedeiros alternativos à soja do Brasil (15 espécies) e Estados Unidos (seis espécies). Um conjunto de ferramentas complementares foi utilizado para explorar as relações filogenéticas e filogeográficas dos isolados de Cercospora associadas ao CFC e MPS na soja e de outros hospedeiros. A produção de cercosporina e a incidência das mutações de ponto E198G e G143A – duas mutações que conferem resistência a fungicidas – foram investigadas. Entre as cinco linhagens genealógicas de Cercospora associadas ao CFC e MPS, apenas a linhagem 1 foi hospedeiro específica, sendo encontrada somente na soja. As linhagens restantes foram generalistas, uma vez que foram encontradas causando o CFC e MPS na soja e manchas foliares em plantas daninhas e ornamentais. Os isolados foram agrupados nas linhagens de acordo com suas origens geográficas e não foi correlacionada com o hospedeiro de origem. A ausência de compartilhamento de hospedeiros entre isolados do Brasil e EUA sugere que a soja compartilha seus patógenos com outras espécies em escala local. Todos os isolados foram produtores da toxina cercosporina e tanto isolados provenientes da soja quanto de outros hospedeiros foram portadores das mutações pontuais G143A e E198G. Para analisar a distribuição geográfica das linhagens de Cercospora associadas ao CFC e MPS no Brasil e EUA, bem como essas linhagens estão distribuídas nos órgãos da planta foram utilizados 329 isolados coletados em 11 localidades do Brasil e quatro nos EUA. Oito genes nucleares e um mitocondrial foram sequenciados mostrando a existência de duas linhagens genealógicas adicionais às outras cinco previamente descritas. Três dessas linhagens foram endêmicas no Brasil, duas foram endêmicas nos EUA e outras duas estão presentes nos dois países. As sete linhagens foram encontradas em folhas, caule e sementes. A presença de espécies crípticas associadas ao CFC e a MPS na soja alertam para o risco fitossanitário decorrente do erro de identificação de agentes causais de doenças com base apenas no hospedeiro. / Many Cercospora spp. are multihost pathogens. The versatility of Cercospora newly associated with cercospora leaf blight (CLB) and purple seed stain (PSS) in soybeans seems to have been historically underestimated. Herein, we assembled multilocus sequence data of seven nuclear and one mitochondrial gene regions with sequences from 30 fungal isolates sampled from nonsoybean host species from Brazil (15 species) and United States (six species). An array of complementary tools explored the phylogenetic and phylogeographic relationships among CLB- and PSS-causing Cercospora and the newly isolated Cercospora spp. Cercosporin production and the incidence E198G and G143A — two known point mutations associated with fungicide resistances — were investigated. Among the five genealogical lineages of CLB- and PSS-causing Cercospora, only Lineage 1 showed host specificity; this lineage had C. kikuchii as the only member and infected soybeans exclusively. The remaining four lineages were multihost pathogens; they infected soybeans along with ornamental and weed species. Genealogical placements were unrelated to host association; isolates clustered together according to geography. The lack of host sharing between Brazil and USA suggested that soybean crops shared pathogens with nearby nonsoybean host species locally. All isolates belonged to cercosporin-producing species of Cercospora. Isolates from nonsoybean host species exhibited both E198G and G143A. To analyze the geographical distribution of Cercospora lineages associated with CLB and PSS in Brazil and USA and the lineages distribution in the soybean organs we used 329 isolates collected in 11 locations in Brazil and four in the United States. Eight nuclear genes and mitochondrial were sequenced showing the existence of two additional lineages to the other five previously described. Three of these lines were endemic in Brazil, two were endemic in the US and other two are present in both countries. The seven lineages were found in leaves, stems and seeds. The presence of cryptic species causing CLB and PSS in soybean alert for phytosanitary risk due to taxonomic errors considering host specificity of Cercospora.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T15:49:56Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 762019 bytes, checksum: 2e50dd2ab96eb5e71832e134ee743a4e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T15:49:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 762019 bytes, checksum: 2e50dd2ab96eb5e71832e134ee743a4e (MD5) Previous issue date: 2016-03-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A família Geminiviridae é composta por vírus com genoma de DNA circular de fita simples, encapsidado por uma única proteína estrutural em partículas icosaédricas geminadas. A família é dividida em sete gêneros com base no tipo de inseto vetor, gama de hospedeiros, organização genômica e relacionamento filogenético. Os vírus pertencentes ao gênero Begomovirus possuem um ou dois componentes genômicos e são transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci a plantas dicotiledôneas. Os begomovírus infectam naturalmente diversas espécies de plantas não-cultivadas, como Sida spp. e Macroptilium spp. Estes hospedeiros não-cultivados podem abrigar populações virais com uma maior diversidade genética. Entretanto, algumas populações virais parecem estar confinadas em determinadas espécies de plantas não-cultivadas. Com base na observação de plantas não-cultivadas emergindo no campo com sintomas de infecção por begomovírus, aparentemente na ausência do inseto vetor, e em relatos recentes de transmissão de begomovírus via semente em batata-doce, feijoeiro e tomateiro, este estudo teve como objetivo analisar a presença de begomovírus em sementes de Sida acuta e Sida rhombifolia, bem como a transmissão desses vírus via semente. Um total de 39 plantas dessas duas espécies, apresentando sintomas típicos da infecção por begomovírus, foram coletadas em Viçosa, MG, em dezembro de 2013, e transferidas para casa-de-vegetação. A infecção viral foi confirmada em 38 plantas por meio de extração de DNA total de tecido foliar seguido de amplificação por círculo rolante (rolling-circle amplification, RCA). Os produtos da amplificação foram clonados e sequenciados, confirmando-se a infecção pelo Sida yellow mosaic virus (SiYMV) nas plantas de S. rhombifolia e pelo Sida yellow leaf curl virus (SiYLCV) nas plantas de S. acuta. Aproximadamente 320 mil sementes foram coletadas das 38 plantas infectadas. As sementes foram tratadas superficialmente com hipoclorito de sódio ou com ácido sulfúrico e foram maceradas em grupos de 20, 30 ou 200 sementes. O DNA total extraído de aproximadamente 80 mil sementes foi utilizado para detecção viral via RCA, com resultados negativos. DNA total foi extraído também de flores inteiras e de tecidos florais (sépalas, pétalas, estames, estiletes e ovários) das plantas infectadas, e utilizado para detecção viral com resultados positivos em todos os casos. Sementes proveniente das plantas infectadas foram tratadas com ácido sulfúrico, germinadas e 269 plântulas provenientes dessas sementes foram avaliadas para a presença dos vírus via RCA e PCR, com resultados negativos. Em conjunto, os resultados indicam que o SiYMV e o SiYLCV são capazes de infectar os tecidos florais de Sida rhombifolia e de Sida acuta, respectivamente, entretanto não são transmitidos pelas sementes desses hospedeiros. / The family Geminiviridae is comprised of viruses with a circular, single-stranded DNA genome encapsidated by a single structural protein in geminate, icosahedral particles. The family is divided into seven genera base on the type of insect vector, host range, genomic organization and phylogeny. Viruses classified in the genus Begomovirus have one or two genomic components and are transmitted in nature by the whitefly Bemisia tabaci to dicot plants. Begomoviruses naturally infect several non-cultivated hosts, such as Sida spp. and Macroptilium spp. These non-cultivated hosts may harbor viral populations with a high degree of genetic diversity. Nevertheless, some viral populations seem to be confined to certain species of non- cultivated plants. Based on the observation of non-cultivated plants newly emerged in the field already showing symtpoms of begomovirus infection, apparently in the absence of the insect vector, and on recent reports of seed transmission of begomoviruses in sweet potato, bean and tomato, the objective of this study was to analyze the presence of begomoviruses in seeds of Sida acuta and Sida rhombifolia, as well as the transmission of these viruses by seed. A total of 39 plants of these two species, displaying typical symptoms of infection by begomoviruses, were collected in Viçosa, MG, on December 2013, and transferred to a greenhouse. Viral infection was confirmed in 38 of these plants by total DNA extraction followed by rolling- circle amplification (RCA) of complete viral genomes. Amplification products were cloned and sequenced, confirming infection of S. rhombifolia by Sida yellow mosaic virus (SiYMV) and of S. acuta by Sida yellow leaf curl virus (SiYLCV). Approximately 320,000 seeds were collected from the 38 infected plants. The seeds were surface-sterilized with sodium hypochloride or sulphuric acid, and were ground in groups of 20, 30 or 200 seeds. Total DNA extracted from approximately 80,000 seeds was used for viral detection by RCA, with negative results. Total DNA was also extracted from whole flowers and from flower tissues (sepals, petals, stamens, styles and ovaries) from infected plants and used for viral detection, with positive results in all cases. Seeds from infected plants were treated with sulphuric acid, germinated and 269 plantlets from these seeds were evaluated for the presence of virus by RCA and PCR, with negative results. Together, these results indicate that SiYMV and SiYLCV are capable of infecting the flower tissues of Sida rhombifolia and Sida acuta, respectively, however they are not transmitted by seeds in these hosts.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-08T17:40:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 11586720 bytes, checksum: 8f3d1fd705fc27aa6e9c4edb9cb13720 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T17:40:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 11586720 bytes, checksum: 8f3d1fd705fc27aa6e9c4edb9cb13720 (MD5) Previous issue date: 2000-08-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade entre progenitores selecionados em testes de progênies de Eucalyptus grandis e E. urophylla foi avaliada, para identificação dos melhores cruzamentos utilizando dialelo parcial circulante. Para a análise da diversidade foram utilizados marcadores moleculares RAPD, e distância Euclidiana média a partir de dados silviculturais de diâmetro a altura do peito (DAP), altura total (Ht) e incremento médio anual (IMA), e foram feitas análises de variância para alguns experimentos. As análises por RAPD foram feitas em dois estádios, no primeiro com 503 matrizes, onde foram utilizados 26 fragmentos de DNA polimórficos para gerar uma matriz de distância genética para cada espécie. Com base nestas matrizes foi feita a seleção de 127 matrizes utilizando a média das distância genética para cada genótipo e o valor de IMA. As 127 matrizes foram analisadas por marcadores RAPD, considerando 74 fragmentos de DNA polimórficos, e agrupadas pela técnica de Tocher. Com base neste agrupamento, foram constituídos 6 grupos de 10 genótipos de E. grandis e 7 grupos de E. urophylla, para montagem dos dialelos parciais circulante, envolvendo dois grupos de progenitores mais divergentes entre as duas espécies. Foram feitas as análises de variância para três delineamentos de campo, o que evidenciou uma grande variabilidade para as característica DAP e Ht, pelo teste F, com elevados valores de herdabilidade em nível de família. Valores negativos do componente de variância associado ao resíduo, indicaram um efeito de competição dentro das famílias. Os dados silviculturais foram utilizados para o cálculo da distância Euclidiana média e análise de agrupamento, onde foi identificada uma grande variabilidade tanto entre quanto dentro da procedência. Entretanto, foram obtidos valores de correlação baixos quando consideramos as distâncias genéticas obtidas por marcadores RAPD e distância Euclidiana média. / The diversity among progenitors selected in progeny tests with Eucalyptus grandis and E. urophylla was evaluated for the identification of the best crossings using circulating partial diallel. For the diversity analysis, RAPD molecular markers and Euclidian mean distance of sylvicultural traits such as breast-height diameter (DAP), total height (Ht), and mean annual increase (IMA), were used as well as variance analyses for some field tests. The RAPD analyses were done in two steps: in the first one, 503 trees were analyzed and 26 polymorphic DNA fragments were used to generate a genetic distance matrix for each species. Based on these matrixes the selection of 127 trees was done using the mean genetic distance and the IMA value for each genotype. The 127 trees were analyzed by RAPD markers using 74 polymorphic DNA fragments. Tocher technique was then used to cluster the individuals. Based on the genotype classification by Tocher, 6 groups of E. grandis and 7 groups of E. urophylla, each one containing 10 genotypes, were constituted for the circulating partial diallel analysis, involving the two most divergent progenitor groups between the two species. Variance analyses for three field tests was done, evidencing a high variability for the traits diameter and height by the F test, with high heritability values at the family level. Negative variance component values associated to the residue indicated a competition effect within families. The sylvicultural data were used for the calculation of the Euclidian mean distance and cluster analyses. A high variability was identified between and within progenies. However, low correlation values were obtained, considering the genetic distances by RAPD markers and the Euclidian mean distance. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-11T18:28:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 602028 bytes, checksum: efe6a1e35c1ed71ce3c3f711672053d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-11T18:28:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 602028 bytes, checksum: efe6a1e35c1ed71ce3c3f711672053d2 (MD5) Previous issue date: 2002-08-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O presente trabalho teve como objetivo o aumento do número de marcas no mapa de ligação da soja construído pelo programa de melhoramento da qualidade da soja do Bioagro/UFV e também a identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci) associados à determinação do conteúdo de proteínas em sementes de soja. Para isso, foram acrescentados ao mapa original, marcadores do tipo RAPD e marcadores microssatélites não mapeados anteriormente. Foram utilizadas 118 linhagens recombinantes endogâmicas (RILs) obtidas do cruzamento entre a variedade norte- americana BARC 8 (genótipo com alto teor protéico) e a variedade brasileira Garimpo (genótipo com teor normal de proteínas). Foram testados inicialmente 1200 “primers” RAPD, dos quais 127 evidenciaram polimorfismo entre os progenitores, dos quais somente 65 mostraram polimorfismos na população de RILs segregando na proporção mendeliana esperada de 1:1, pelo teste do qui-quadrado. Foram obtidos 24 grupos de ligação pouco saturados, contendo 75 marcadores, além de 70 marcas não ligadas. Nas análises de regressão e mapeamento por intervalo composto para associação entre marcadores e a característica “teor de proteína”, foram identificados 11 marcadores e mapeados três QTLs, nos grupos de ligação MGL D2, MGL L e MGL C22 os quais explicam 7,8% e 8,1% e 7,4%, respectivamente, para as famílias cultivadas em Cascavel. Para as famílias cultivadas em Viçosa foram identificados nove marcadores e mapeado um QTL, no grupo de ligação MGL 3, que explica aproximadamente 16,7% da característica. Estudos posteriores deverão ser conduzidos, visando aumentar o grau de saturação do mapa. Isto poderá permitir a identificação de novos QTLs que determinem um maior porcentagem da expressão da característica. / The present work aimed at increasing the number of markers in the soybean linkage map built by the Bioagro/UFV breeding program for soybean quality. It also aimed at identifying QTLs (Quantitative Trait Loci) governing protein accumulation in the seed. RAPD molecular markers and microsatellites which had not been mapped before were added to the original map. One hundred and eighteen recombinant inbred lines (RILs) derived from a cross between the north american variety BARC-8 (with high protein content) and the Brazilian variety Garimpo (with normal protein content) were used. Initially 1,200 RAPD primers were tested. One hundred and twenty seven of them showed polymorphism between the progenitors and 65 of these showed polymorphism among the RILs. All 65 markers segregated according to the expected 1:1 ratio as indicated by the chi-square test. Twenty four linkage groups with a low saturation level (75 markers) were obtained. Seventy other markers were not mapped in the linkage groups. Regression analyses and composed interval mapping identified 11 markers and three QTLs associated with “protein content” were mapped. These QTLs were located in the linkage groups MGL D2, MGL L and MGL C22 and explained 7.8, 8.1 and 7.4% of variation of this trait, respectively in the lines grown in Cascavel (state of Paraná). For the lines grown in Viçosa (state of Minas Gerais) nine markers were idenfied and one QTL was mapped to linkage MGL 3, and it explained 16.7% of the trait variation. Further studies should be conducted to increase the saturation level of the map. This should allow the identification of new QTLs which might explain a higher percentage of the variation of the protein content in soybean seeds. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T17:39:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T17:39:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 314651 bytes, checksum: ae3da37c658a449808cf2f735e05c57c (MD5) Previous issue date: 2004-01-26 / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária / O registro gene alógico confiável é fundamental para possibilitar a implantação de um programa de avaliação genética. Os marcadores de microssatélites constituem uma ferramenta amplamente utilizada atualmente para confirmação de paternidade. No Brasil, a caprinocultura possui um grande potencial para a pecuária, principalmente na agricultura familiar do semi-árido. As principais raças de caprinos especializadas para produção de leite no Brasil são a Alpina e a Saanen, ambas de origem européia. Na Região Nordeste, detentora do maior rebanho caprino do País, existem raças naturalizadas adaptadas às condições adversas do semi-árido, que possuem diversidade genética desconhecida. Estas raças têm sido cruzadas de forma indiscriminada com diversas raças importadas, pondo em risco o seu potencial genético. Os objetivos do trabalho foram estudar a utilização de um sistema de microssatélites para: 1) a verificação de paternidade, utilizando o método de exclusão e o método de inferência estatística da razão de verossimilhança, nos casos em que a mãe é ou não genotipada; e 2) o estudo de diversidade genética entre e dentro as raças/rebanhos estudados. Foram utilizados, em sistema de genotipagem semi- automático (ABI 310, Perkin Elmer), onze microssatélites anteriormente descritos em bovinos, ovinos ou caprinos. Foram genotipados 292 animais, pertencentes a três rebanhos, sendo que as raças leiteiras Alpina e Saanen foram amostradas em dois rebanhos (UFV e particular) e a raça naturalizada Moxotó foi proveniente do rebanho de conservação da Embrapa Caprinos, Ceará. As análises de frequências alélicas foram realizadas utilizando-se os programas SAS (1998) e CERVUS (Marshall et al ., 1998). O teste exato para equilíbrio de Hardy Weinberg, estatística-F e distância genética foram obtidos no programa TFPGA (Miller, 1997). Os loci estudados apresentaram herdabilidade e informatividade de moderada à alta. A heterozigosidade esperada média para todos os loci foi de 0,717. O conteúdo de informação polimórfica (PIC1 e PIC2) e a probabilidade de exclusão combinada (PE1 e PE2) foram de 0,676 e 0,5420; e 0,999591 e 0,988375, respectivamente, quando se conhecia ou não o genótipo materno. Considerando erros de registros aqueles com mais de três incompatibilidades de genótipo, foram encontrados 27 registros errôneos. Pelo teste de inferência estatística, foram solucionados corretamente 210 dos 276 casos de paternidade (76%). Se fosse adotado apenas o método de exclusão, apenas 160 paternidades seriam assinaladas com certeza (sem incompatibilidades pai alegado-progênie). Desta forma, o método de inferência pode ajudar as verificações de paternidade em larga escala, diminuindo o custo para solucionar os erros de laboratório e as perdas parciais de genotipagem. Quando há conhecimento do genótipo materno, a probabilidade de exclusão foi superior e o programa CERVUS resolveu 95% dos casos. No estudo de diversidade, a heterozigosidade (H E ) foi alta nos rebanhos leiteiros, sendo 0,6952 e 0,7043 para a raça Alpina e Saanen, respectivamente. No Moxotó a H E obtida foi moderada de 0,4984, provavelmente em decorrência do pequeno número amostrado. O número de alelos variou de cinco (INRA005) a onze (BM3205), com média de 7,0 alelos/locus nas raças importadas e 3,5 na Moxotó. A média F ST (diferenciação entre populações) foi maior entre rebanhos (F ST s = 0,0768) do que entre raças (F ST p = 0,0263), indicando haver uma similaridade entre raças, dentro do rebanho. Tal similaridade pode ser devido ao fato de haver algum cruzamento entre raças, dentro do rebanho. A distância genética de Nei (D A ) foi maior entre o rebanho Moxotó e os demais (D A > 0,50). Os resultados obtidos estão em coerência com o histórico das raças, demonstrando que este sistema poderá ser adotado em estudos futuros de diversidade em caprinos no Brasil. / The reliable genealogical registration is fundamental to make possible the implantation of a program of genetic evaluation. The microsatellites markers is a tool thoroughly used now for confirmation of paternity. In Brazil, the goats possesses a great potential, mainly in the family agriculture of the semi-arid. The main specialized goat breeds for milk production in Brazil are Alpine and Saanen, both from European origin. In the Northeast area, holder of the largest goat flock of the country, exist naturalized breeds adapted to adverse conditions of the semi-arid, that possess unknown genetic diversity. These breeds have been crossed in an indiscriminate way with several imported animmals, endandering their genetic potential. The objectives of the work were to study the use of a microsatellites system for: 1) verification of paternity being used the exclusion method and the method of statistical inference of the likelihood ratio, in the cases where the mother is genotyped or not; and 2) study of genetic diversity among and inside the studied breeds/flocks. Eleven microsatellites were used in genotyping system semiautomatic (ABI 310, Perkin Elmer), previously described in bovine, ovine or goats. The 292 animals were genotyped. The milk breeds Alpine and Saanen were sampled in two flocks (UFV and prived) and the naturalized breed Moxotó from conservation flock of National Goat Research Center of Embrapa, Ceará. The analyses of allelic frequencies were done in SAS (1998) and CERVUS (Marshall et al., 1998) computational programs. The exact test for Hardy Weinberg equilibrium, statistics-F and genetic distance was accomplished in program TFPGA (Miller, 1997). The studied loci presented heterozigosity and informativity from moderate to high. The overall heterozygosity was of .717. The polimorfic information content (PIC1 and PIC2) and the probability of combined exclusion (PE1 and PE2) were .676 and .5420; and .999591 and .988375, respectively when the maternal genotype is or not known. Considering mistakes of registrations those with more than three genotype incompatibilities, 27 erroneous registrations were found. For the test of statistical inference, 210 of the 276 cases of paternity was solved correctly (76%). If just the exclusion method was adopted, only 160 paternities would be marked for save (without incompatibilities alleged father-progeny). By this way, the inference method can help the verifications of paternity in large scale, decreasing the cost to solve the laboratory mistakes and partial losses of genotype. When there is knowledge of the maternal genotype, the exclusion probability was superior and CERVUS solved 95% of the cases. In the diversity study, expected heterozigosity (H E ) was high in the milk imported flocks, being .6952 and .7043 for the Alpine and Saanen, respectively. Moxotó obtained a moderate H E of .4984, probably due to the small sampled number. The number of alleles ranged of five (INRA005) to eleven (BM3205), with average of 7.0 alleles/locus in the imported breeds and 3.5 in Moxotó. The average F ST (differentiation among populations) was larger among origin flocks (F ST s= .0768) than among breeds (F ST p = .0263), indicating a similarity among breeds, inside the flock. Such similarity can due to the fact being some crossing among breeds, inside of the flock. Nei's genetic distance (D A ) was larger among the flock Moxotó and the others (DA > 0.50). The obtained results are in coherence with the report of the breeds, demonstrating that this system can be adopted in future studies of diversity in goats in Brazil.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T18:35:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T18:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2172966 bytes, checksum: 0eb6762ecc7c34a948c26db12b8331bf (MD5) Previous issue date: 2005-05-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A traíra Hoplias malabaricus é um caraciforme de ampla distribuição, ocorrendo em todas as grandes bacias hidrográficas brasileiras, com pequena diferenciação morfológica, comportamento sedentário e grande variabilidade cariotípica, apresentando populações com pelo menos dois diferentes cariótipos nas drenagens da costa leste do Brasil. Dados seus hábitos sedentários e ampla distribuição, esta espécie representa um ótimo modelo para compreensão da relação histórica entre as bacias hidrográficas na região neotropical, particularmente da idade e do tipo de fatores que determinaram os padrões observados. A universalidade das hipóteses geradas pode ser testada com os padrões de distribuição de outras espécies não aparentadas. Com o objetivo de determinar a divergência genômica entre populações de traíras Hoplias malabaricus na costa leste brasileira, estimativas temporais de vicariância, bem como de formular uma hipótese biogeográfica preliminar de relação entre estas populações, foram realizadas estimativas de divergência molecular baseadas em haplótipos de mtDNA e a partir de três primers RAPD- PCR. As divergências moleculares mostraram-se consistentes com os dados citogenéticos conhecidos para H. malabaricus, sendo reconhecidos dois grupos denominados São Francisco (SF) e Leste (LE), a partir da variabilidade em alelos RAPD. A acidentada topografia e a inferência de um paleoclima árido no Banco Abrolhos sugerem que esta extensão da plataforma continental atua como barreira às trocas gênicas entre populações de traíras em SF e LE. Este padrão é ainda corroborado pela distribuição das espécies de peixes das bacias costeiras que, salvo raras exceções, ocorrem em apenas uma das regiões separadas por Abrolhos. As seqüências de mtDNA subdividem o grupo LE em três clados, enquanto as bacias do grupo SF apresentaram suas populações em um único clado, com valto suporte estatístico. Uma bacia contígua às do Leste brasileiro, a bacia do rio Uruguai, apresentou três clados, sendo a única bacia estudada com simpatria de haplótipos. Estimativas baseadas em taxas de mutação sugerem uma diferenciação miocênica entre os clados costeiros, enquanto eventos pleistocênicos explicariam as diferenças observadas dentro de cada clado. A concordância entre dados moleculares, cariotípicos e de distribuição de espécies sugere que fatores históricos compartilhados por diferentes linhagens tiveram um importante papel na distribuição contemporânea da diversidade ictiofaunística da costa leste brasileira. / The common trahira, H. malabaricus is a widespread characin in the Neotropical region. It is a nonmigratory species characterized by complex patterns of morphological variation and high levels of karyotypic differentiation, with seven karyotypes (cytotypes) described in South America. Its sedentary habits makes this species a particularly informative model for phylogeographic studies. This study characterized the genomic divergence of this species along the eastern Brazilian coast and proposed a temporal frame for vicariant events in this region. Data were obtained from RAPD-PCR markers and mitochondrial DNA divergence. The molecular patterns were congruent with known diploid numbers. RAPD-PCR alleles showed two well-defined São Francisco and Eastern groups. Further resolution was obtained with mitochondrial DNA. According to maximum parsimony and maximum likelihood cladograms, the Eastern group is subdivided in three clades, whereas the São Francisco group remained undivided. A major vicariant event berween the São Francisco and Eastern groups was interpreted as a result of arid and hipersaline environmental conditions favored by a projection of the Abrolhos platform on the continent that was particularly active during glacial periods. All eastern basins were characterized by allopatric cytotypes, in contrast with neighboring basins such as the Paraná and the Uruguay drainages, where 2n= 40 and 2n= 42 cytotypes are sympatric. A molecular clock-based hypothesis suggests a Miocenic age for lineage splitting between the São Francisco and Eastern coastal clades whereas Pleistocenic events would explain more shallow divergences observed within each clade.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T19:13:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1057121 bytes, checksum: bf75cf6f735caaf7d72e5ad8a513b28f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T19:13:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1057121 bytes, checksum: bf75cf6f735caaf7d72e5ad8a513b28f (MD5) Previous issue date: 2005-08-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A maioria dos genes de resistência (genes R) clonados codifica para proteínas R que contêm um domínio C-terminal rico em repetições do aminoácido leucina (domínio LRR), um domínio central conservado contendo sítios de ligação a nucleotídeos trifosfatados (domínio NBS) e um domínio N-terminal variável (TIR ou não-TIR). O domínio LRR provavelmente está envolvido no reconhecimento de proteínas do patógeno produzidas durante o processo de infecção. O domínio NBS está relacionado com a hidrólise de nucleotídeos trifosfatados e participa de uma sinalização celular necessária à resposta de resistência da planta. A região N-terminal variável pode conter um domínio com similaridade com a proteína ao Toll de Drosophila e Interleucina de mamíferos (TIR) ou ainda um domínio não-TIR, como coiled-coil (CC), ambos aparentemente envolvidos com sinalização celular. Ao contrário do observado em culturas agronômicas, existem poucos trabalhos de caracterização de genes de resistência em árvores, especialmente em Eucalyptus. Estudos de caracterização do transcriptoma desta planta, como parte do projeto Genolyptus (http://genolyptus.ucb.br), resultaram na identificação de várias etiquetas de sequências de genes expressos (ESTs) com similaridade a genes R e genes envolvidos em resposta de defesa. Desta forma, este trabalho teve por objetivos: 1) sequenciar completamente oito cDNAs de eucalyptus pré- selecionados por possuírem similaridade com genes envolvidos em resistência a doenças em diferentes espécies vegetais, como linho e Populus e ao gene Rar1 envolvido em resposta de defesa; 2) identificar clones BACs de E. grandis vcorrespondentes a cada um desses cDNAs, visando a futura determinação desses genes; e 3) sequenciar parcialmente pelo menos um clone BAC visando determinar a estrutura completa de pelo menos um gene similar a gene R. A caracterização dos cDNAs revelou que a maioria dos clones possuem sequências incompletas de genes R. Foram identificados onze clones BACs (insertos variando de 20 a 280 kb) correspondentes a esses genes e um deles foi selecionado (BAC 143 F-12, inserto de 90 kb) para construção de uma biblioteca shotgun, visando a caracterização parcial de seu inserto. As sequências parciais de 917 subclones desta biblioteca foram agrupadas em 14 contíguos sendo que nove apresentaram similaridade com genes conhecidos. Dois contíguos mostraram similaridade com genes que codificam proteínas da classe TIR-NBS-LRR e os demais a genes que codificam para fosfatidilinositol 3-quinases putativas, poligalacturonase e a poliproteínas putativas (retrotransposons do grupo Ty1-copia). Análises mais detalhadas dos contíguos com sequências similares a genes R revelaram que um deles contém a ORF completa de um gene da classe TIR-NBS-LRR e o outro contém um gene truncado com domínios TIR-NBS e parte de um domínio LRR. Esses resultados sugerem que este BAC seja derivado de uma região genômica de E. grandis que contém um agrupamento de genes TIR-NBS-LRR. Futuros estudos de mapeamento genético poderão determinar se a sequência desse BAC co- localiza com genes de resistência em E. grandis. / Several resistance genes (R genes) have been isolated from various plant species in the last decade. These R genes can be categorized into several distinct classes based on their predicted protein structures. The largest class falls into the NBS-LRR class, which encodes a nucleotide site domain and a leucine-rich repeat (LRR) domain. NBS-LRR R genes can be further subdivided into toll and interleukin-1 (TIR) and non-TIR classes based on the presence of a TIR domain at the N-terminus of the protein. In contrast to agronomic cultures, there are few resistance genes characterized in woody plants, especially in Eucalyptus. Transcript characterization studies of this tree, as part of Genolyptus Project (http://genolyptus.ucb.br), have identified several expressed sequence tags (ESTs) similar to R genes and disease resistance response genes. Therefore, this work aimed to: (1) completely sequence eight pre- selected eucalyptus cDNAs with similarity to R genes from flax and Populus and to resistance response Rar1 gene from barley; (2) identify E. grandis BAC clones corresponding to these cDNAs, seeking future R gene genomic organization studies; and (3) partially sequence at least one BAC clone to determine the complete structure of al least one resistance gene analog. The sequencing results showed that the majority of the cDNAs analyzed are truncated, representing incomplete sequences of R genes analogs. Eleven BAC clones were identified (inserts varying from 20 to 280 kb) that correspond to these cDNAs and one (BAC 143F12, 90 kb insert) was characterized by shotgun sequencing. Partial sequences obtained from 917 BAC subclones were viigrouped in 14 contigs. Nine contigs showed similarity to known genes. Two contigs were similar to TIR-NBS-LRR genes and the others to putative phosphatidylinositol 3-kinase, polygalacturonase and putative polyproteins (Ty1-copia group retrotransposons). Detailed analysis of the contigs similar to R genes demonstrated that one has a complete ORF of a TIR-NBS-LRR gene and the other has one TIR-NBS pseudogene with truncated LRR domain. These results suggest that the insert of this BAC is derived from a Eucalyptus grandis genomic region that contains a cluster of TIR-NBS-LRR genes. Future genetic mapping studies will elucidate if these BAC inserts co-localize with known R genes in Eucalyptus.