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Interação entre genótipos de algodoeiro em ambientes representativos do cerrado brasileiro / Interaction among cotton genotypes in representative environments of the brazilian cerradoTeodoro, Paulo Eduardo 30 October 2017 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T11:20:58Z
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Previous issue date: 2017-10-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O algodoeiro herbáceo (Gossypium hirsutum L.) fornece cerca de 90% da fibra têxtil mundial e é uma das culturas de maior relevância industrial. A cotonicultura brasileira se concentra no Cerrado, sobretudo nas regiões Centro-Oeste e Nordeste. Devido as características edafoclimáticas distintas destes locais, um importante fator deve ser considerado nas fases finais dos programas de melhoramento: interação genótipos x ambientes (GxE). Desse modo, esta tese teve como objetivo investigar as implicações da interação entre genótipos e ambientes no melhoramento do algodoeiro cultivado no Cerrado brasileiro. Seus objetivos específicos foram: (1) dividir os locais do Cerrado brasileiro em Mega-ambientes quanto a produtividade de fibras de genótipos de algodoeiro; (2) identificar locais essenciais para a condução de ensaios em cada Mega-ambiente; (3) recomendar genótipos de algodão para o Cerrado brasileiro com base na adaptabilidade e estabilidade produtiva; (4) identificar genótipos de algodão que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para qualidade da fibra; (5) realizar uma recomendação de genótipos que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para produtividade e qualidade de fibras. A produtividade de fibras foi avaliada em 19 ensaios de competição de cultivares de algodoeiro nas safras 2013/2014 e 2014/2015. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados com 12 tratamentos e quatro repetições. Os caracteres avaliados foram: produtividade de fibras (PRODF), comprimento de fibras (CF), resistência de fibras (RF) e micronaire (MIC). A interação genótipos x ambientes foi significativa para todos os caracteres avaliados. A identificação dos Mega-ambientes e dos locais essenciais foi realizada pelo método GGE biplot com base na PRODF. Foram identificados dois Mega- ambientes, onde os locais de Primavera do Leste e São Desidério possuem maior capacidade de discriminação dos genótipos no Mega-ambiente 1; no Mega-ambiente 2, os locais que reúnem maior poder de discriminação e representatividade são Chapadão do Sul, Pedra Preta e Trindade. Posteriormente, para cada caráter, o método de Lin e Binns modificado foi utilizado para recomendação dos melhores genótipos para todos ambientes, ambientes favoráveis e desfavoráveis. Esse método também foi utilizado de forma multivariada, visando uma recomendação dos genótipos com base nos múltiplos caracteres avaliados. Foram identificados genótipos com alta adaptabilidade e estabilidade para cada caráter. O índice utilizado identificou que os genótipos IMA 08 WS e BRS 335 são aqueles que reúnem as principais características desejáveis. / The herbaceous cotton (Gossypium hirsutum L.) supplies about 90% of the world's textile fiber and is one of the most important industrial crops. The Brazilian cotton cultivation is concentrated in the Cerrado, especially in the Midwest and Northeast regions. Due to the distinct edaphoclimatic characteristics of these environments, an important factor should be considered in the final stages of breeding programs: genotypes x environments (GxE) interaction. Thus, this thesis aimed to investigate the implications of interaction between genotypes and environments on the breeding of cotton cultivated in the Brazilian Cerrado. Its specific objectives were: (1) to divide the Brazilian Cerrado in Mega-environments in terms of fiber yield of cotton genotypes; (2) identify sites essential to conducting trials in each Mega- environment; (3) recommend genotypes of cotton for the Brazilian Cerrado based on adaptability and stability for fiber yield; (4) identify cotton genotypes that meet high adaptability and stability for fiber quality; (5) make a recommendation of genotypes that meet high adaptability and stability for fiber yield and quality. The fiber yield was evaluated in 19 competition trials of cotton cultivars in the 2013/2014 and 2014/2015 seasons. The experimental design was a randomized block with 12 treatments and four replicates. The evaluated traits were: fiber yield (PRODF), fiber length (CF), fiber resistance (RF) and micronaire (MIC). The interaction genotypes x environments was significant for all evaluated traits. The identification of Mega-environments and essential environments was performed by the GGE biplot method based on PRODF. Two Mega-environments were identified, where the Primavera do Leste and São Desidério have a greater discrimination capacity of the genotypes in Mega-environment 1; in Mega-environment 2, the sites that have the greatest power of discrimination and representativeness are Chapadão do Sul, Pedra Preta and Trindade. Thereafter, for each trait, the method of Lins and Binns modified was used for recommendation of the best genotypes for all environments, favorable and unfavorable environments. This method was also used in a multivariate context, aiming at a recommendation of the genotypes based on the multiple traits evaluated. Genotypes with high adaptability and stability were identified for each traitr. The multivariate index used identified that the genotypes IMA 08 WS and BRS 335 are those that meet the main desirable traits.
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Diversidade genética, caracterização morfoagronômica, potencial de uso e qualidade pós-colheita de clones de batata-doce [Ipomoea batatas (L.) Lamarck] / Genetic diversity, morphoagronomic characterization, use potencial, and post-harvest quality of sweet potato clones [Ipomoea batatas (L.) Lamarck]Sousa, Rosa Maria de Deus de 27 February 2018 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-09-19T20:22:08Z
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Previous issue date: 2018-09-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). / A batata-doce (Ipomoea batatas L.) é uma hortaliça que apresenta boa produtividade, resistência a pragas, possui um alto valor nutritivo e possui diversas finalidade de uso além do consumo in natura das raízes como alimentação animal das raízes e ramas, produção de doces, chips e etanol na agroindústria e ornamentação. A caracterização morfoagronômica e a associação entre características de interesse econômico é importante no melhoramento genético para a seleção de genótipos para múltiplos usos e para o estudo das respostas correlacionadas. O conhecimento da divergência genética disponível em um conjunto de genótipos é de grande importância em programas de melhoramento, por evitar recombinações gênicas semelhantes. O objeto desta pesquisa foi caracterizar morfoagronomicamente, avaliar agronomicamente, em pós-colheita e para uso ornamental, e selecionar clones de batata-doce com melhores características do Banco de Germoplasma da Embrapa Hortaliças. Para obtenção de ramas, foi realizada a multiplicação de ramas em bandejas, mantido em casa de vegetação por 45 dias. Em seguida, estas ramas foram plantadas no campo experimental da Embrapa Hortaliças, utilizando o delineamento em blocos aumentados, com 100 tratamentos regulares e dois tratamentos comuns. Foram mensuradas 15 características da parte aérea e 12 das raízes. Constatou-se a ocorrência de variabilidade genética entre os acessos, proporcionada principalmente pelas características peso das ramas, comprimento das ramas e formato das raízes. Em dezembro de 2015, utilizando as ramas de batata-doce dos clones multiplicados e de nove testemunhas, foram instalados três experimentos no delineamento em látice: Experimento 1 (64 genótipos 8x8), Experimento 2 (36 genótipos 6x6) e Experimento 3 (16 genótipos 4x4). Utilizou-se o espaçamento 0,90 m entre leiras, 0,30 cm entre plantas e 1 m entre parcelas. Todos os experimentos foram colhidos com seis meses de plantio. Houve diferença para a produtividade entre os clones estudados: o clone com maior produtividade no Experimento 3 foi CNPH 895 (44,67 t ha-1); entre as testemunhas, a que obteve maior produtividade foi a CNPH 1205, com 56,89 t ha-1. O alto potencial produtivo de raízes obtido pelos clones CNPH 895 (44,67 t ha-1), CNPH 908 (42,12 t ha-1) e CNPH 1369 (42,44 t ha-1), aponta novas perspectivas de seleção destes materiais, considerados promissores para a produção da batata-doce. Com o objetivo de avaliar a possibilidade de uso das folhas de batata-doce na alimentação humana, foram elaboradas diferentes formulações de macarrão. As características físicas, químicas, físico-químicas, sensoriais e de qualidade das massas desenvolvidas foram avaliadas. A folha de batata-doce desidratada foi caracterizada quanto à sua composição física e química, e quanto à sua utilização para elaboração das massas de macarrão tipo talharim, com diferentes concentrações (0,0; 2,0; 3,0; 4,0 e 5,0% p/v). As pastas foram submetidas à pesquisa para avaliar a aceitação por parte de 41 provadores, discentes, docentes e funcionários da Universidade de Brasília. A farinha da folha de batata–doce desidratada apresentou consideráveis teores de proteínas (17,15%), de fibras (18,65%) e de cinzas (2,1%). As formulações adicionadas da farinha da folha de batata-doce desidratada obtiveram boa aceitação, apresentando notas atribuídas aos escores médios, entre 6,65 a 7,21%. A utilização de tal farinha na elaboração de massa alimentícia poderá contribuir para o melhor aproveitamento das folhas da batata-doce no Brasil, bem como para melhoria da qualidade da dieta da população. Constatou-se a necessidade de estudar alternativas para uso da polpa e, considerando que o desenvolvimento de novos produtos tem adquirido crescente importância, foram produzidas barras de cereais utilizando a polpa desidratada de raízes de batata-doce. Foram elaboradas formulações de barras de cereais, substituindo 50% dos cereais pela polpa de batata-doce desidratada, oriunda de cinco diferentes variedades. Foi realizada a caracterização físico-química das barras desenvolvidas e a aceitação sensorial, utilizando-se uma escala hedônica estruturada de nove pontos. Os atributos aparência, textura, sabor e impressão global foram avaliados. A avaliação sensorial das seis amostras (B0 = controle; B1= genótipo FAL 05; B2= genótipo FAL 06; B3= genótipo FAL 08; B4= genótipo FAL 11; e B5= genótipo FAL 12) foi realizada por uma equipe de 41 indivíduos não treinados. Todas as seis formulações de barras de cereais apresentaram boa aceitação sensorial quanto às características analisadas. A apreciação global apresentou maior média de notas para a maior parte das formulações, oscilando entre 7,22 e 8,63. Em relação à intenção de compra, 92% dos participantes comprariam uma das seis formulações de barras de cereais elaboradas com polpa desidratada dos cinco diferentes genótipos de batata-doce. Para se analisar os teores, os tipos e os comportamentos dos pigmentos carotenoides nos genótipos de batata-doce, foi realizado um Experimento com o objetivo de identificar, de forma quantitativa, por cromatografia líquida de alta performance, os principais carotenoides presentes em 14 genótipos de batata-doce, antes e depois do cozimento e correlacionados com cor instrumental. As raízes de batata-doce com colorações diferentes foram colhidas após seis meses de plantio. A amostra controle foi adquirida no comércio local em Brasília, DF. A caracterização química foi realizada antes e depois do processo de cozimento. Os acessos CNPH 1205 e CNPH 1270 apresentaram sete tipos de carotenoides diferentes, dos quais o β-caroteno prevaleceu como o pigmento com maior teor nas raízes de polpa laranja, em comparação com os outros acessos. Constatou-se uma correlação positiva entre o β-caroteno e a cor dos acessos de batata-doce estudados (0,71 Hue e β-caroteno; 0,92 Luminosidade e β-caroteno). Os resultados deste estudo sugerem que o processo de cocção pode ser causa de perda significativa nos carotenoides identificados nos acessos de batata-doce. Em outro Experimento, foi estudado o potencial ornamental de cinco acessos de batata-doce do banco de germoplasma da Embrapa Hortaliças. Para a caracterização morfológica e a avaliação do potencial ornamental, foram escolhidos cinco acessos com formatos de folhas diferentes (CNPH 980, CNPH 1205, CNPH 895, CNPH 796 e CNPH 1284) e utilizados 12 descritores qualitativos e quantitativos. Na avaliação do potencial ornamental, cada critério foi pontuado por meio de notas variando de 10 (mínimo) a 100 (máximo). A característica número de lóbulos por folha foi a que mais agradou os avaliadores. Observou-se que, quanto mais lóbulos, maior o potencial ornamental, sendo que os acessos CNPH 980, CNPH 1205 e CNPH 1284 se destacaram para essa característica. Os cinco acessos estudados apresentaram considerável potencial ornamental, podendo ser usados como complementos para arranjos florais ou ainda como jardineiras. / Sweet potato (Ipomoea batatas L.) is a vegetable with good productivity, pest resistance, and high nutritive value. Due to the lack of information available, the use of sweet potato branches in animal feed is very limited in Brazil. The association between characteristics with economic interest is important in genetic breeding, especially on studies of correlated responses. Knowledge on the genetic diversity available within a genotype set is of great importance in breeding programs since it prevents similar genic recombination. The objective of this study was to perform a morphoagronomic characterization, agronomic, post-harvest, and ornamental use evaluation, and to select clones of sweet potato with the greatest characteristics within accessions from the Germplasm Bank of Embrapa Hortaliças. Branch multiplication was performed in trays, during 45 days, under greenhouse conditions. These branches were then planted in the experimental field at Embrapa Hortaliças, using an augmented block design comprised of 100 regular treatments and two common treatments. Fifteen aerial and 13 root characteristics were measured. Genetic variability within accessions was verified and it was mainly due to branch weight, branch length, and root shape. In December 2015, three experiments were installed using a lattice design with the multiplied branches of sweet potato clones and of nine control genotypes: Experiment 1 (64 genotypes 8x8), Experiment 2 (36 genotypes 6x6), and Experiment 3 (16 genotypes 4x4). A spacing of 0.90 (between rows), 0.30 (between plants) and 1 m (between plots) was used. All experiments were harvested after a 6-month cultivation period. Differences among clones were observed for yield: CNPH 895 was the clone with the highest yield in Experiment 3 (44.67 t ha-1); among the clones used as control, CNPH 1205 showed the highest yield (56.89 t ha-1). The high productive potential of roots obtained by clones CNPH 895 (44.67 t ha-1), CNPH 908 (42.12 t ha-1), and CNPH 1369 (42.44 t ha-1) indicates new perspectives for selection of these materials, considered as promising for sweet potato production. Aiming to evaluate the possibility of using sweet potato leaves in human food, different pasta formulations were elaborated. Physical, chemical, physicochemical, and sensory characteristics, as well as the quality of the pasta were evaluated. The dehydrated sweet potato leaf was characterized regarding its physical and chemical composition, and its utilization for the elaboration of noodle type pasta containing different concentrations (0.0; 2.0; 3.0; 4.0; and 5.0% w/v). The elaborated pasta was submitted to an acceptance evaluation by 41 tasters, students, professors, and employees from University of Brasilia. The dehydrated sweet potato leaf flour presented considerable protein (17.15%), fiber (18.65%), and ash (2.1%) contents. The formulations added with the dehydrated sweet potato leaf flour had good acceptance, with mean scores varying from 6.65 to 7.21%, respectively. The use of such flour for pasta preparation could contribute for a better use of sweet potato leaves in Brazil, as well as for improving the quality of the population’s diet. A need to study alternatives for pulp use was verified and, considering that the development of new products has become increasingly important, cereal bars were produced using the dehydrated pulp of sweet potato roots. Formulations of cereal bars were elaborated by replacing 50% of the cereals with the dehydrated sweet potato pulp, from five different varieties. The developed bars were evaluated regarding their physicochemical characteristics and sensory acceptance, using a nine-point hedonic scale. Appearance, texture, flavor, and overall impression were assessed. The sensory evaluation of the six samples (B0 = control; B1= genotype FAL 05; B2= genotype FAL 06; B3= genotype FAL 08; B4= genotype FAL 11; e B5= genotype FAL 12) was carried out by 41 untrained evaluators. All six formulations of cereal bars presented good sensory acceptance regarding the analyzed characteristics. Overall impression had the greatest mean scores for most formulations, varying between 7.22 and 8.63. Concerning purchase intention, 92% of the participants would buy one of the six formulations of cereal bars made with dehydrated pulp of the five different sweet potato genotypes. In order to analyze the contents, types, and behaviors of the carotenoid pigments in the sweet potato genotypes, an experiment was performed aiming at quantitatively identifying, by high performance liquid chromatography, the main carotenoids present in 14 sweet potato genotypes, before and after cooking, and correlated to instrumental color. The roots of sweet potatoes with different colorations were harvested after a 6-month cultivation period. A control sample was obtained at a local market in Brasilia, DF. Chemical characterization was performed before and after cooking. CNPH 1205 and CNPH 1270 presented seven distinct types of carotenoids, from which β-carotene prevailed as the pigment with the highest content in orange pulp roots, as compared to other accessions. A positive correlation was found between β-carotene and the color of the sweet potato accessions studied (0.71 Hue and β-carotene; 0.92 brightness and β-carotene). The results of this study suggest that the cooking process could lead to a significant loss in the carotenoids identified in the sweet potato accessions. Another study addressed the ornamental potential of five sweet potato genotypes. The morphological characterization and evaluation of the ornamental potential used five accessions with distinct leaf shape (CNPH 980, CNPH 1205, CNPH 895, CNPH 796, CNPH 1284) and 12 qualitative and quantitative descriptors. In the evaluation of the ornamental potential, each criterion was scored from 10 (minimum) to 100 (maximum). Leaf lobe number was the trait that pleased the evaluators the most, and the greater the number of lobes, the greater was the ornamental potential. CNPH 980, CNPH 1205, and CNPH 1284 stood out for this trait. All five accessions studied presented considerable ornamental potential and could be used in floral arrangements or garden beds.
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Avaliação de genótipos de girassol em ambientes no Cerrado do Distrito FederalLira, Ellen Grippi 29 February 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-15T15:49:05Z
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2016_EllenGrippiLira.pdf: 1362056 bytes, checksum: 9943c5a633c5f6eb6bc83771283508f4 (MD5) / O girassol (Helianthus annuus L.) é uma importante espécie que oferece óleo de alta qualidade. Originário da América do Norte, hoje é cultivado em diversos países, fato que se deve à evolução dos programas de melhoramento. Esta cultura é também caracterizada pela sua adaptabilidade, apresentando-se como uma opção factível para o cultivo em safrinha. No Brasil, buscam-se materiais com alto teor de óleo, boa produtividade e resistência a condições abióticas e bióticas. O girassol é uma cultura de potencial para o Cerrado brasileiro, em virtude da viabilidade de seu uso em sistemas de rotação ou sucessão de cultivos em regiões produtoras de grãos. Nesse sentido, são necessários estudos e ações de pesquisa que forneçam informações quanto ao desempenho dos genótipos de girassol em diferentes locais e épocas de plantio, possibilitando o sucesso de programas de melhoramento. Neste trabalho, objetivou-se avaliar e caracterizar o comportamento de genótipos de girassol em ambientes no Cerrado do Distrito Federal, levando em consideração parâmetros genéticos, características morfoagronômicas, severidade da Mancha-de-alternária e qualidade de sementes. Foram avaliados 16 genótipos de girassol, no ano de 2014, em áreas experimentais da Embrapa – Centro de Pesquisa Agropecuária dos Cerrados, em Planaltina, DF, situada a 15⁰ 35' 30" de latitude Sul, 47⁰ 42' 30" de longitude Oeste e a altitude de 1.007 m e da Embrapa Produtos e Mercado, no Recanto das Emas, DF, a 15⁰ 54' 53" de latitude Sul, 48⁰ 02' 14" de longitude Oeste e a altitude de 1.254 m. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso com quatro repetições. Análises de variância evidenciaram diferenças significativas entre os genótipos. O ambiente influenciou o desempenho dos genótipos e a severidade da Mancha-de-alternária. GNZ NEON, M734, SYN 3950HO, AGUARÁ 06, SYN 045, MG 360 e HELIO 251 obtiveram melhor desempenho no teste de condutividade elétrica. Houve maior presença de sintomas no terço inferior das plantas. Os genótipos CF 101, ADV 5504, BRS G42, HELIO 250, SYN 3950HO, BRS 323, HELIO 251, AGUARÁ 06 e AGUARÁ 04 expressaram menores valores de AACPD no terço inferior. Os valores de AACPD encontrados foram baixos. As condições ambientais não favoreceram a Mancha-de-alternária. HELIO 251, MG 305 e SYN 045 obtiveram os maiores rendimentos. BRS G42, CF 101 e BRS 323 apresentaram plantas mais baixas e ciclo mais precoce. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Sunflower (Helianthus annuus L.) is an important crop because provides high-quality oil. Originally from North America, it is now grown in many countries, a fact that is due to the positive results of breeding programs. It is also characterized by its adaptability, being used as a second crop. In Brazil, materials with high oil content, high productivity and resistance to abiotic and biotic stress are the main goal. Sunflower has a great potential in the Brazilian Savannah, because it can be used in crop rotation. In this sense, it is necessary to have more studies and research activities that provide information about the performance of sunflower genotypes in different locations, enabling the success of breeding programs. This study aimed to characterize sunflower genotypes in different environments of the Brazilian Savannah in the Federal District, taking into account genetic parameters, agro-morphological characteristics, severity of alternaria leaf spot and seed quality. Sixteen sunflower genotypes were evaluated in 2014, at experimental areas of Embrapa Cerrados (Federal District - Brazil) located at 15º 35' 30" S latitude, 47º 42' 30" W longitude and 1.007 m above sea level, and of Embrapa Produtos e Mercado (Federal District – Brazil), located at 15º 54' 53" S latitude, 48º 02' 14" W longitude and 1.254 m above sea level. A complete randomized block design was used. Analysis of variance showed significant differences among genotypes. The environment influenced the performance of the genotypes and the severity of alternaria. GNZ NEON, M734, SYN 3950HO, AGUARÁ 06, SYN 045, MG 360 and HELIO 251 detained best results at electrical conductivity test. There were more symptoms of alternaria leaf spot in the lower third of the plants. The genotypes CF 101, ADV 5504, BRS G42, HELIO 250, SYN 3950HO, BRS 323, HELIO 251, AGUARÁ 06 and AGUARÁ 04 expressed lower AUDPC values in the lower third. The AUDPC values were low, indicating little disease. Environmental conditions did not favor alternaria leaf spot. The genotypes HELIO 251, MG 305 and SYN 045 had the best results for grain yield. BRS G42, CF 101 and BRS 323 detained lower values for height and days to flowering.
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Parâmetros genéticos, índices de seleção e diversidade genética de genótipos de cevada irrigada no CerradoSayd, Ricardo Meneses 13 March 2018 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-22T19:33:34Z
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Previous issue date: 2018-08-22 / A demanda por cultivares de cevada cervejeira adaptadas ao cultivo irrigado no Cerrado tem crescido de forma constante. Cultivares oriundas da região Sul do país têm sido introduzidas e avaliadas na região a fim de suprir essa demanda instantânea. Com o objetivo de fornecer melhores condições de cultivo ao sistema produtivo do Cerrado, esse trabalho propôs estimar os parâmetros genéticos em diferentes anos e locais a fim de subsidiar uma seleção criteriosa dos genótipos mais aptos a essas condições e analisar a variabilidade genética existente entre eles com base em dados agronômicos e moleculares. Primeiramente foram avaliadas seis características agronômicas (rendimento de grãos, classificação comercial de grãos, peso de mil sementes, altura de plantas, grau de acamamento e ciclo de espigamento) de 113 genótipos de cevada cervejeira em dois ambientes no Cerrado do Distrito Federal com o objetivo de estimar os parâmetros genéticos (valores de F, herdabilidade em sentido amplo, coeficiente de variação ambiental, genotípico e relativo e as correlações fenotípicas, genotípicas e ambientais). A partir dos dados desse primeiro trabalho, foram selecionados 69 genótipos utilizando as características avaliadas. Em um segundo momento, foram avaliados os parâmetros genéticos dos 69 genótipos considerando três anos de avaliações utilizando as mesmas características agronômicas com intuito de verificar a influência dos anos agrícolas no comportamento dos genótipos. Baseado nos dados obtidos nos cinco ensaios realizados, os genótipos foram selecionados por um método proposto pelo melhorista (Seleção Combinada) que foi comparado a quatro índices de seleção (índice livre de pesos e parâmetros, índice dos ganhos desejados, soma de ranks e genótipoideótipo). Foram gerados índices de frequência de seleção e os métodos foram comparados em relação ao ganho de seleção em % para cada experimento. Foram selecionados 20 genótipos de alto rendimento agronômico além de quatro genótipos a serem utilizados como genitores em blocos de cruzamentos por apresentarem uma ou duas características importantes para o melhoramento de cevada. Foram realizados estudos de diversidade genética agronômica e molecular dos 24 genótipos selecionados acrescidos de cinco cultivares de cevada recomendadas para o Cerrado. Os dados agronômicos foram obtidos em dois locais do Distrito Federal utilizando a distância de Mahalanobis. Para a análise de diversidade genética molecular os dados foram obtidos utilizando marcadores moleculares RAPD, SSR e ISSR. A partir dos dados obtidos foram gerados dendrogramas e gráficos de dispersão tanto para a diversidade agronômica como para os dados moleculares, possibilitando através das análises indicar os cruzamentos que possam ter maior efeito heterótico. Os resultados indicaram a existência de variabilidade entre os acessos avaliados, assim como efeito da interação G x A tanto na comparação de locais como em anos. Os genótipos de origem colombiana mostraram-se mais aptos em relação aos demais. Verificou-se que é possível a seleção de acessos de cevada com alto rendimento e ciclo de espigamento precoce simultaneamente, fator decisivo no processo de escolha de genótipos a seguirem em futuros experimentos. No estudo de diversidade observouse a baixa correlação entre as distâncias genéticas, e que os marcadores ISSR correlacionouse positivamente com as distâncias agronômicas. É necessário a realização de estudo de diversidade complementar entre características agronômicas e marcadores moleculares para indicação dos melhores cruzamentos através de genótipos com a maior variabilidade possível. / A demand for breeding barley cultivars adapted as irrigated Cerrado conditions is constant. Cultivars from the southern area of the country have been tested in the Cerrado region aiming to supply this immediate demand. With the purpose of providing better conditions for this production system, this work proposes to estimate genetic parameters in different years and environments in order to promote a careful selection of more suitable genotypes to these conditions and to analyze the existing genetic variability among them based on agronomic and molecular data. First, six agronomic characteristics (grain yield, plumpness kernel, thousand seed weight, plant height, lodging degree and days to heading) of 113 brewery barley genotypes were evaluated in two environments in the Cerrado of the Distrito Federal, focusing on estimating the genetic parameters (F values, heritability in broad sense, environmental, genotypic and relative variation coefficients). Based on the data from the first trial, 69 genotypes were selected based on the evaluated characteristics. In a second experiment, the genetic parameters of the 69 genotypes were evaluated considering three years of evaluations using the same agronomic characteristics. Based on the data obtained in the five experiments, the genotypes were selected by a method proposed by the breeder and compared to four selection indices (free index of weights and parameters, desired earnings index, rankings sum and genotype-ideotype) that served as basis for the accomplished selection. Frequency indices of selection were generated, and methods were compared to the selection gain for each experiment. Twenty genotypes of high agronomic yield were selected, as well as four genotypes to be used as parents in crossbred blocks since they presented one or two important traits for barley breeding. Genetic diversity studies were carried out for the 24 selected genotypes plus five barley cultivars recommended for the Cerrado, based on agronomic data from two locations in the Federal District, using Mahalanobis distance. For the analysis of molecular genetic diversity, the data was obtained using molecular markers RAPD, ISSR and SSR. From the obtained data were generated dendrograms and dispersion graphs for both agronomic diversity and for the molecular data, allowing, through the analysis, to indicate the crosses that could have greater heterotic effect. The results indicated the existence of variability among the accessions, as well as the interaction effect G x E in both location and year comparisons. The genotypes of Colombian origins were more apt in relation to the others. It was verified that the selection of accessions of barley with high yield and early breeding cycle simultaneously is possible, which is a decisive factor in the process of choosing genotypes to survey in future experiments. The diversity study detected a low correlation between genetic distances, and that ISSR markers correlated positively with the agronomic distances. It is necessary to carry out a study of complementary diversity between agronomic traits and molecular markers to indicate the best crosses through genotypes with the greater variability.
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Identificação de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos de DNA associados ao desempenho de equinos de corrida da raça quarto de milha / Identification of chromosomal regions, genes and DNA polymorphisms associated with performance of quarter horse race horsesPereira, Guilherme Luis [UNESP] 28 April 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-04-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre os equinos selecionados para velocidade, a linhagem de corrida da raça Quarto de Milha se destaca pelo alto desempenho em provas de curtas distâncias, sendo considerados os mais velozes do mundo. Apesar de, no Brasil, o efetivo de animais ser relativamente menor na linhagem de corrida do que nas demais, sua importância econômica é substancial. Tendo em vista o interesse econômico e científico relacionado a esta característica atlética, poucos esforços têm sido realizados para a maior compreensão de seus mecanismos genéticos e fisiológicos. Este trabalho teve como objetivos: 1) realizar a imputação de genótipos em duas vias entre indivíduos de uma amostra populacional relativamente pequena de cavalos de corrida da raça Quarto de Milha genotipados com painéis de 54k ou de 65k, bem como avaliar a acurácia de imputação por meio de simulações; 2) realizar estudo de associação ampla do genoma (GWAS) em cavalos da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha por meio da utilização de chips equinos de genotipagem de SNPs, visando a prospecção de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos relacionados ao desempenho; 3) analisar exomas de equinos de corrida da raça Quarto de Milha contrastantes para Índice de Velocidade máximo (IV max) em regiões previamente associadas à característica por meio de GWAS, visando a prospecção de polimorfismos gênicos causais, ligados ou em forte desequilíbrio de ligação com o desempenho em corridas. A imputação foi realizada utilizando 116 cavalos genotipados com o arranjo de SNPs de 54k e 233 genotipados com arranjo de 65k. Nas simulações foram escolhidas amostras aleatórias para constituírem as populações imputadas e referências em dois cenários. O cenário A simulou a imputação genótipos na primeira via (65k para 54k) e o cenário B na segunda (54k para 65k). No cenário A foram considerados 113 indivíduos para a população referência e 236 para a imputada, dos quais 116 e 120 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. No cenário B foram considerados 50 indivíduos para a população referência e 299 para a imputada, dos quais 66 e 233 foram genotipados com os arranjos de 54k e 65k, respectivamente. Com isso, após o controle de qualidade, os painéis de 54k e de 65k contaram com 7.048 e 16.940 marcadores exclusivos, respectivamente. As médias de taxa de concordância para os cenários A e B foram 0,9815 e 0,9751 e para r2 alélico foram 0,9791 e 0,9740, respectivamente. O GWAS foi realizado com base no método single step GBLUP por meio de duas abordagens: ssGWAS1, em que somente efeitos de SNPs são reestimados a cada iteração, e ssGWAS2, em que a cada iteração são reestimados efeitos de SNPs a partir de valores genético genômico (GEBVs) reestimados. Vinte e uma regiões foram encontradas explicando mais que 1% da variância genética total (gVar) da característica índice de velocidade máximo (IV max) para ssGWAS1 e doze parassGWAS2. No total mais de 40% da gVar foi explicada por estas regiões para ssGWAS1 e cerca de 30% para ssGWAS2. Entre os cromossomos que explicaram mais de 1% da variância genética, cinco foram comuns aos dois métodos (ECA 3, 10, 15, 22, 25). Foram identificados 108 genes na primeira abordagem e 59 na segunda. A partir de informações de GEBVs de cada cavalo foram formados dois grupos de animais contrastantes para desempenho em corridas (20 animais de IV max superior e 20 IV max inferior), para ser sequenciados. Foram observadas leituras de boa qualidade para toda extensão das reads sequenciadas (até 100pb) e cobertura média de 43x. Foram identificadas 1.203 variantes (1.105 SNPs e 93 InDels) em 33 regiões de interesse obtidas, anteriormente, por meio de estudo de GWAS, das quais 61,3% não estavam registradas/depositadas no banco de dados de variantes equino. Do total de polimorfismos, 29 (24 SNPs e 5 InDels) foram considerados de importância com base em três abordagens distintas e independentes: escores SIFT classificado como deletério (<0,05), grau de impacto na região consenso de cada polimorfismo, e frequências alélicas diferentes, identificadas pelo teste de Fisher (p< 0,01), entre os grupos de cavalos contrastantes para IV max. Com isso, oito genes descritos como candidatos em trabalhos anteriores (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3 e SHQ1), e oito genes candidatos novos (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4 e HNRNPU) foram relacionados ao desempenho em corridas de cavalos da raça Quarto de Milha. Assim, os resultados obtidos neste trabalho mostraram que o desempenho em corridas na raça Quarto de Milha, dado pelo IV max, é característica quantitativa e que não há ocorrência de major genes. / Among horses selected for speed, the racing line of Quarter Horses is characterized by high performance in sprint races, with these animals being considered the fastest horses in the world. Although in Brazil the effective number of animals in the racing line is relatively smaller compared to the other lines, its economic importance is substantial. Despite economic and scientific interest in this athletic trait, few efforts have been made to better understand the genetic and physiological mechanisms underlying this trait. The objectives of this study were: 1) to perform two-step genotype imputation between individuals in a relatively small population sample of racing Quarter Horses genotyped with the 54k or 65k panel, and to evaluate the accuracy of imputation through simulations; 2) to perform genome-wide association studies (GWAS) in Quarter Horses of the racing line using equine SNP genotyping chips for prospecting chromosome regions, genes and polymorphisms related to performance; 3) analyze exomes and UTRs in regions previously associated with this trait by GWAS in Quarter Horse racehorses with contrasting maximum speed index (SImax), prospecting causal gene polymorphisms that are related to or are in strong linkage disequilibrium with racing performance. Genotypes were imputed using 116 horses genotyped with the 54k SNP array and 233 animals genotyped with the 65k array. For the simulations, random samples were chosen to compose the imputed and reference populations in two scenarios. Scenario A simulated the genotype imputation in the first step (from 65k to 54k) and scenario B in the second step (from 54k to 65k). Thus, after quality control, the 54k and 65k panels contained 7,048 and 16,940 exclusive markers, respectively. The mean concordance rate was 0.9815 and 0.9751 for scenarios A and B, and the mean allelic r2 was 0.9791 and 0.974, respectively. After imputation was performed by the single-step GBLUP method using two approaches: ssGWAS1 in which only SNP effects are recalculated at each iteration, and ssGWAS2 in which SNP effects are recalculated from genomic estimated breeding values (GEBVs) at each iteration. Twenty-one regions that explained more than 1% of the total genetic variance (gVar) in the maximum speed index were identified by ssGWAS1 and 12 by ssGWAS2. More than 40% of gVar was explained by these regions in ssGWAS1 and about 30% in ssGWAS2. Among chromosomes that explained more than 1% of genetic variance, five were common to both methods (ECA 3, 10, 15, 22, 25). A total of 108 genes were identified with the first approach and 59 with the second approach. To exome sequencing, GEBVs were used for the formation of two groups of animals with contrasting racing performance (20 animals with superior SI max and 20 with inferior SI max). Good quality data were obtained throughout the reads sequenced, with an average coverage of 43x. A total of 1,203 variants (1,105 SNPs and 93 InDels) were identified in 33 regions of interest obtained previously by GWAS; of these, 61.3% were not registered/deposited in the horse genomic variant database. Twenty-nine of the polymorphisms (24 SNPs and 5 InDels) were considered to be important based on three different and independent approaches: SIFT scores classified as deleterious (<0.05), degree of impact on the consensus region of each polymorphism, and different allele frequencies identified by Fisher’s exact test (p< 0.01) between the groups of horses with contrasting SImax. Thus, eight genes described as functional and positional candidates in previous studies (ABCG5, COL11A1, GEN1, SOCS3, MICAL1, SPTBN1, EPB41L3, and SHQ1) and eight new candidate genes (AKNA, ARMC2, FKBP15, LHX1, NOL10, TMEM192, ZFP37, FIG4, and HNRNPU), some of them with known function, were related to racing performance in Quarter Horses. Taken together, the present results show that the racing performance of Quarter Horses, given by the maximum speed index, is a quantitative trait and that no major genes exist.
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Tipos e graus de resistência de genótipos de soja a Spodoptera eridania (Cramer, 1782) (Lepidoptera: Noctuidae) /Souza, Bruno Henrique Sardinha de. January 2011 (has links)
Orientador: Arlindo Leal Boiça Júnior / Banca: Nilza Maria Martinelli / Banca: Marcelo Francisco Arantes Pereira / Resumo: Esse trabalho teve por objetivo avaliar a não preferência para alimentação e parâmetros biológicos de Spodoptera eridania (Cramer, 1782) em genótipos de soja. Inicialmente, foram avaliados 23 genótipos, divididos em três experimentos com nove genótipos, mantendo-se o genótipo utilizado como padrão de resistência IAC 100 e o suscetível BR 16. A partir dos resultados obtidos, realizou-se um experimento com os 10 genótipos que mais se destacaram com características de resistência e suscetibilidade, quais sejam: IAC 100, PI 227682, PI 227687, DM 339, P 98Y51 RR, BRSGO 8360, IGRA RA 518 RR, IGRA RA 516 RR, IGRA RA 626 RR e BR 16. Foram realizados testes com e sem chance de escolha, onde no primeiro, discos foliares foram dispostos em placas de Petri e em seguida foi liberada uma lagarta de 3º instar por genótipo e no segundo, utilizou-se um disco de cada genótipo por placa onde foi liberada uma lagarta de 3º instar. A atratividade das lagartas foi avaliada a 1, 3, 5, 10, 15, 30, 60, 120, 360, 720 e 1080 minutos após sua liberação, além da área foliar consumida. No teste de biologia, lagartas recémeclodidas foram transferidas para placas de Petri, onde folhas de plantas dos genótipos de soja foram oferecidas durante todo o período larval. Foram avaliados o período e viabilidade de larva, período e viabilidade de pré-pupa, período e viabilidade de pupa, período e viabilidade total (eclosão da larva à emergência do adulto), peso de lagartas e pupas macho e fêmea, razão sexual e longevidade dos adultos. O genótipo IAC 100 foi o menos atrativo e consumido pelas lagartas, enquanto BRSGO 8360 e P 98Y51 RR foram os mais consumidos, em testes com e sem chance de escolha, respectivamente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This work aimed to evaluate the no preference for feeding and biological parameters of Spodoptera eridania (Cramer, 1782) in soybean genotypes. Initially, 23 genotypes were evaluated and divided in three experiments with nine each, keeping the genotype used as pattern of resistance IAC 100 and the susceptible BR 16. From the results obtained, a final experiment was carried out with the 10 highlighted genotypes with characteristics of resistance and susceptibility, which were: IAC 100, PI 227682, PI 227687, DM 339, P 98Y51 RR, BRSGO 8360, IGRA RA 518 RR, IGRA RA 516 RR, IGRA RA 626 RR e BR 16. In all experiments, free choice and no choice tests were performed, where in the former leaf discs were placed in Petri dishes and then one third instar larvae per genotype was released, and in the latter we used one leaf disc of each genotype per plate where one third instar larvae was released. The attractiveness of the caterpillars was evaluated at 1, 3, 5, 10, 15, 30, 60, 120, 360, 720 and 1080 minutes after releasing them, as well as the leaf area consumed. In the biology test, recently hatched caterpillars were transferred to Petri dishes where leaves of the plants of the soybean genotypes were offered daily to the caterpillars "ad libitum" during the larval period. The following biological parameters were evaluated: larvae, pre-pupae, pupae and total (eclosion of the larva to the emergence of the adult) periods and viabilities, weight of larvae and male and female pupae, sexual ratio and longevity of adults. In free choice and no choice no preference for feeding tests, the genotype IAC 100 was less attractive and consumed by the caterpillars, while BRSGO 8360 and P 98Y51 RR were more consumed in free choice and no choice tests, respectively. The presence of negative stimulus, chemical and/or morphological... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Variabilidade espacial de atributos do solo e da cultura do milho (Zea mays L.) em dois sistemas de manejoFurtado, Mariléia Barros [UNESP] 24 November 2008 (has links) (PDF)
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furtado_mb_dr_botfca.pdf: 2642455 bytes, checksum: 7d6d992c6f3a77cf038d0cac3cef416c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O sistema de manejo do solo promove modificações nos seus atributos físicos, químicos e mecânicos. O objetivo desta pesquisa foi investigar as possíveis diferenças na variabilidade espacial de atributos físicos e químicos do solo sob dois sistemas de manejo, a fim de verificar qual deles influencia mais o desenvolvimento e a produtividade da cultura do milho. Além disso, objetivou-se caracterizar a dependência espacial dos atributos do solo e da planta, visando fornecer subsídios para um posterior planejamento das pesquisas agronômicas que tiverem as mesmas condições da área experimental. O experimento foi desenvolvido em um Nitossolo Vermelho Distroférrico, localizado em 22° 49' 31S e 48° 25' 37W, Botucatu-SP, Brasil. As medições foram feitas em uma área sob sistema de plantio direto, dividida em duas de 100 x 120 m. Na primeira área, foi realizado o preparo reduzido por meio de um escarificador, e na segunda, permaneceu o sistema de plantio direto. Nas duas áreas, foi semeada a cultura do milho, em dezembro de 2006. A amostragem dos atributos do solo foi efetuada sete meses após a semeadura, nas entrelinhas, próximo aos pontos amostrais, em malha com espaçamento regular de 18 m entre pontos e pontos adensados com espaçamento de 3,6 m entre si, totalizando 130 pontos amostrais para cada sistema de manejo. Foram analisados: porosidade total, macroporosidade, microporosidade, água disponível, densidade do solo, resistência mecânica à penetração e umidade gravimétrica, dentre os atributos físicos; pH, MO, P, H+Al, K, Ca, Mg, SB, CTC e V%, dentre os atributos químicos; e altura de planta, índice de colheita, massa de 1000 grãos e produtividade de grãos, dentre os atributos da cultura do milho. De acordo com os resultados obtidos e nas condições que o experimento foi conduzido, concluiu-se que as duas áreas avaliadas, plantio direto e preparo... / The soil management system promotes modification in its physical, chemical and mechanics attributes. The objective of this study was to investigate the possible differences in spatial variability of soil physical and chemical attributes under two management systems, in order to verify which one has more influence in the corn maize development and productivity. Furthermore, it aims to characterize the spatial dependence of plants and soils attributes, to provide subsidies for a subsequent planning of the agronomic researches that had the same conditions of experimental area. The experiment was developed in a Nitossolo Vermelho Distroférrico, located at 22 49' 31 and 48 25' 37 W, Botucatu - SP, Brazil. The measuring was made in an area under no tillage system, divided in two of 100 x 120 m. In the first area, the reduced preparation was accomplished through a chisel plow, and in the second, the no tillage stayed. In both areas, the corn yield was sowed, on December of 2006. The soil attributes sample was performed seven month after sowing, in the implied sense, close to the sample points, in grid with regular spacing of 18 m between points and next points with 3,6 m among themselves, resulting 130 sample points to each management system. The characteristics analyzed were: total porosity, macroporosity, microporosity, available water, soil bulk density, penetration mechanical resistance and gravimetric moisture, among physical attributes; pH, MO, P, H AL, K, Ca, Mg, SB, CTC and V%, among the chemical attributes; and plant height, crop index, grains mass and yield, among the maize attributes... (Complete abstract click electronic access below)
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Desempenho agronômico, características fisico-quimicas e reação em genótipos de maracujazeiro-azedo cultivados no Distrito Federal / Agronomical performance, phusicochemical characterristics and reaction to diseases in genotypes of passion fruit cultived in Distrito FederalAbreu, Simone de Paula Miranda 09 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006. / Submitted by Carolina Campos (carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-11-13T16:27:15Z
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Por favor inclua o abstract.
Obrigada!
Jacqueline on 2009-11-15T15:58:38Z (GMT) / Submitted by Carolina Campos (carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-11-16T16:24:58Z
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SIMONE DE PAULA MIRANDA ABREU.pdf: 679114 bytes, checksum: 1c3b39bd299317ddd430d663caf2a2e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-11-18T18:47:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2006-09 / Resumo Geral – O objetivo do presente trabalho foi de avaliar o desempenho agronômico, características f[isico-químicas e a reação de genótipos de maracujazeiro-azedo (Passiflora edulis f. flavicarpa) à verrugose (Cladosporium herbarium Link.), à septoriose (Septoria passiflorae Lown.), à antracnose (Colletotrichum gloeosporiodes Penz.), à bacteriose (Xanthomonas axonopodis pv passiflorae) e à virose do endurecimento dos frutos (CABMV) cultivados no Distrito Federal em diferentes épocas de avaliação. O experimento foi realizado na Fazenda Água Limpa (FAL) da Universidade de Brasília (UnB). Foi utilizado o delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições, 6 tratamentos (genótipos), sete plantas úteis por parcela em uma área de 0,8 ha. Os genótipos avaliados foram: Rubi gigante, EC-03, EC-L-7, RC-03, Redondão e Gigante Amarelo, totalizando 1454 plantas por hectare. Todos os genótipos se apresentaram produtivos, com exceção do genótipo RC-0-3, no total das 17 colheitas. Na avaliação geral, o EC-L-7 apresentou o maior comprimento, enquanto o Rubi gigante o menor. O genótipo Redondão foi o que obteve o maior diâmetro. Na relação comprimento/diâmetro os genótipos Rubi gigante e Redondão apresentaram os menores. O genótipo EC-L-7 apresentou a maior espessura da casca. O genótipo Rubi gigante apresentou o maior valor de °Brix e na relação SST/AT o genótipo EC-3-0 apresentou a maior relação SST/AT, sendo a menor obtida pelo genótipo Redondão. Houve uma correlação forte e positiva entre o diâmetro e o comprimento com a massa fresca dos frutos; do massa fresca de suco com a acidez titulável (AT) e o nº de sementes por fruto e do massa fresca da polpa com o nº de sementes. À reação à septoriose foi inferior na época de junho (120 dias). Os frutos foram considerados moderadamente resistente quanto à reação severidade à verrugose nas quatro épocas avaliadas. Os genótipos Redondão e EC-03 apresentaram resultados superiores à reação de severidade à verrugose e à septoriose. Os genótipos Gigante amarelo e Rubi gigante foram considerados resistentes, quanto à severidade da doença antracnose, no mês de fevereiro/2005; O genótipo Redondão foi considerado resistente, também a doença antracnose, porém no mês de Março/2005. Os genótipos Redondão, Rubi gigante e EC-03 foram considerados resistentes, já os genótipos Gigante amarelo e EC-L-7 apresentaram resistência moderada. Não houve diferenças significativas quanto às reações de Severidade entre os genótipos na reação à bacteriose do fruto, apresentando todos resistência moderada; O mesmo foi observado entre os cinco genótipos avaliados em relação à reação de xiv incidência de verrugose, de antracnose, de septoriose e bacteriose. Houve uma correlação positivamente forte para severidade a antracnose com incidência de bacteriose. Foram avaliadas a incidência e a severidade à CABMV, de acordo com a escala diagramática, em três épocas. Todos os seis genótipos avaliados apresentaram severidade suscetível (S) quanto à reação ao vírus, sob condições de campo. Houve apenas correlação linear forte e positiva entre os dois parâmetros avaliados incidência e severidade do vírus. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The objective of the present work was to evaluate the agronomical performace, physicochemical characteristics and the reaction of genotypes of passion fruit (Passiflora edulis f. flavicarpa) to verrugose (Cladosporium herbarium Link.), to septoriose (Septoria passiflorae Lown), to anthracnose (Colletotrichum gloeosporiodes Penz.), to bacteriosis (Xanthomonas axonopodis pv passiflorae) and to virosis of the hardening of fruits (CABMV) the culture in Distrito Federal at different times of evaluation. The experiment was carried on in Fazenda Água Limpa (FAL) from Universidade de Brasília (UnB). The delineation of randomized blocks was used with four repetitions, six treatments (genotypes), seven useful plants per share in an area of 0,8 ha. The evaluated genotypes were: Rubi gigante, EC-0-3, EC-L-7, RC-03, Redondão and Gigante amarelo, totalizing 1454 plants per hectare. All the genotypes were productive, with exception of genotype RC-03, out of the 17 harvests. In the general evaluation, the EC-L-7 presented the biggest length (8,59 cm), while the Rubi gigante the smallest. The Redondão genotype was the one that got the biggest diameter. In the relation length/diameter, the genotypes Rubi gigante and Redondão presented the smallest values. The genotype EC-L-7 presented the biggest thickness of the rind. The genotype Rubi gigante presented the biggest value of ° Brix and in relation to SST/AT, the genotype EC-3-0 presented the biggest relation, being the smallest got by the Redondão genotype. There was a strong and positive correlation between the diameter, the length and the average weight of the fruits; the average weight of juice and the titulavel acidity (AT) as well as the number of seeds per fruit, the average weight of the pulp and number of seeds. The reaction to septoriose was inferior in June (120 days). The fruits had been considered moderately resistant as to the reaction severity to verrugose at the four evaluated seasons. The genotypes Redondão and EC-3-0 presented superior results to the reaction of severity to verrugose and septoriose. The genotypes Gigante amarelo and Rubi gigante had been considered resistant, as to the severity of the illness anthracnose, in February/2005; the genotype Redondão was considered resistant, also to the illness anthracnose, however in March/2005. The genotypes Redondão, Rubi gigante and EC-3-0 had been considered resistant, but the genotypes Gigante amarelo and EC-L-7 presented moderate resistance. There were no significant differences as to the reactions of severity among the genotypes in the reaction to bacteriosis of the fruit, all presented moderate resistance; the same was observed among the five evaluated genotypes in xvi relation to the reaction of incidence of verrugose, anthracnose, septoriose and bacteriosis. There was a positively strong correlation for severity to Anthracnose with incidence of bacteriosis. The incidence and severity the CABMV had been evaluated, in accordance to the diagrammatical scale, in three seasons. All the six evaluated genotypes presented severity susceptible (S) to the virus, under field conditions. There was only strong and positive linear correlation between the two evaluated parameters incidence and severity of the virus.
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Genotipagem de grupos sanguíneos por meio de microarranjos líquidos / Genotyping of the blood groups using liquid microarraysJuliana Vieira dos Santos Bianchi 22 March 2016 (has links)
Os sistemas de grupos sanguíneos eritrocitários e plaquetários têm grande importância na medicina transfusional. Os serviços de hemoterapia têm investido cada vez mais em protocolos profiláticos à aloimunização contra antígenos eritrocitários, sendo o surgimento das plataformas de genotipagem em larga escala um avanço muito importante nesse âmbito. Este estudo tem por objetivo a padronização e a validação da plataforma OpenArray, por meio da técnica de microarranjos líquidos para genotipagem de antígenos eritrocitários e plaquetários em larga escala para futura implementação na rotina de doadores de sangue. Tal genotipagem permitirá a análise da frequência genotípica encontrada nos doadores de sangue da Fundação Pró-sangue/Hemocentro de São Paulo. Métodos: Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de doadores de sangue entre outubro e novembro de 2011. A genotipagem dos polimorfismos de troca de um nucleotídeo (Single nucleotide polymorphism - SNPs) que codifica os principais antígenos eritrocitários e plaquetários de relevância transfusional foi realizada utilizando a tecnologia OpenArray para as 400 amostras. Dessas, 242 também foram analisadas pela plataforma de genotipagem BLOODchip, em larga escala. Procedeu-se à comparação entre as técnicas em termos de acurácia, reprodutibilidade, número de resultados incorretos, número de resultados não amplificados ou indeterminados, possibilidade de customização dos ensaios, tempo total de duração da reação e número de amostras processadas por bateria. Foi também calculada a frequência genotípica dos SNPs e feita a comparação com dados prévios de literatura. Resultados e discussão: as amostras que foram testadas em ambas as plataformas apresentaram acurácia de 99,9% pela técnica OpenArray e 100% pela técnica BLOODchip, sendo os resultados discrepantes analisados por sequenciamento direto (técnica Sanger), confirmando os resultados obtidos pela genotipagem realizada no BLOODchip. Além disso, a técnica OpenArray apresentou maior número de resultados não amplificados ou indeterminados (no call), o que representa uma grande desvantagem do método, em decorrência da perda de insumos. Entretanto, a técnica OpenArray apresentou outras vantagens em relação ao BLOODchip, como a possibilidade de customização do ensaio, menor tempo para processamento das amostras, considerando a possibilidade de automatização total do processo e número de amostras testadas por bateria superior ao método comparativo. Os resultados da frequência alélica e genotípica dos polimorfismos analisados pelo método OpenArray foram comparados com as frequências encontradas na literatura, observando-se prevalência de doadores com perfil genotípico mais próximo da população caucasoide, porém, com a presença de alelos encontrados na população negra. Entretanto, esse perfil genotípico dos doadores predispõe à aloimunização de doentes falciformes, com perfil fenotípico negroide, reiterando a necessidade de transfusões com fenótipo compatível como profilaxia à aloimunização. / The erythrocyte and platelets blood groups are extremely important for transfusional medicine. Hemotherapy services have increasingly invested in prophylactic protocols for alloimmunization against erythrocyte antigens and the emergence of high-throuput genotyping platforms are a very prominent advance in this area. The aim of this study was to validate and to standardize the OpenArray platform, which is based on the microarray technolgy for the erythrocyte antigens genotyping on large scale, to further implementation in blood bank routine. This tecnique also allowed to asses the genotype frequencies in blood donors from Fundação Pró-sangue/Hemocentro de São Paulo. Method: We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. From the 400 blood samples, 272 were also tested using BLOODchip platform, to compare the results between both tecniques and evaluate the accuracy, reproducibility, number of incorrect results, failed samples, possibility of assays customization, duration of procedures, and number of samples that can be processed per batch. The genotype frequency of SNPs was also assesed and the findings were compared to previous studies. Results and Discussion: the OpenArray method showed accuracy of 99.9% and the BLOODchip of 100%. The inconsistent results were confirmed by Sanger Sequencing which showed that BLOODchip analysis was accurate. Besides, the OpenArray method showed a higher number of non-amplification or failed results (no call), which may be a major disavantage, due to reagent loss. However, the OpenArray platform showed other advantages when compared to BLOODchip such as the possibility of assay customization and full automation of the process, it was less time-consuming and allowed a higher number of samples per batch. The genotypic and allelic frequencies of each SNP tested in the blood donor population were calculated by the OpenArray method and the results were compared to reports from previous studies. We observed a prevalence of genotypic profiles closest to the Caucasian population, however, there was the presence of alleles found in the black population as well. This genotypic profile donors predispose to alloimmunization of sickle cell patients, with negroid phenotypic profile, reiterating the need for compatible phenotype transfusions and prophylaxis to alloimmunization.
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Estudo para a caracterização genotípica e fenotípica da atividade enzimática da subfamilia citocromo P450 CYP2D6 de voluntários sadios. / Study to genotype and phenotype characterization of enzymatic activity of subfamily cytochrome P450 CYP2D6 of health volunteers.Juan Gonzalo Aliaga Gamarra 18 November 2011 (has links)
As enzimas CYP450 são as principais enzimas metabolizadoras de fármacos. Elas são codificadas por genes que apresentam polimorfismos gênicos que lhes confere características fenotípicas diversas. Estes fenótipos são: Metabolizadores Lentos ou PM, Metabolizadores Normais ou EM, Metabolizadores Intermediários ou IM e Metabolizadores Ultra-rápidos ou UM. A Farmacogenética é a ciência que estuda estas variações gênicas e sua relação com a resposta terapêutica no organismo. Entre as enzimas CYP450 se encontram as enzimas CYP2D6, que são responsáveis pelo metabolismo de 25% dos fármacos clinicamente prescritos. O objetivo principal deste estudo foi a identificação dos polimorfismos mais importantes deste gene: CYP2D6*1, CYP2D6*2, CYP2D6*3, CYP2D6*4, CYP2D6*5, CYP2D6*6, CYP2D6*10, CYP2D6*17 e CYP2D6*41 pelos métodos de Genotipagem (PCR Tetra Primer e Seqüenciamento) e Fenotipagem (analisado pelo Índice Metabólico) em 75 voluntários sadios da região de Campinas. Para a caracterização da Fenotipagem foi usada a substância teste Dextrometorfano (DM). Esta foi monitorada por espectrometria de massa mediante a determinação da concentração do seu principal metabólito o Dextrorfano (DX), que foi extraída das amostras de urina. Os resultados foram comparados entre estas duas metodologias e apresentaram alta correlação. Os resultados obtidos são a identificação das freqüências dos alelos *1, *3 e *4 pelo método PCR Tetra Primer (30.66%, 1.3% e 14%, respectivamente). O método de seqüenciamento detectou também outros alelos que não foram detectados pela PCR Tetra Primer. A avaliação do número de cópias do gene CYP2D6 também foi avaliada, detectando em um voluntário 3 cópias do gene CYP2D6, característica de metabolizadores Ultra-rápidos. Podemos afirmar que os métodos usados forneceram perfis dos polimorfismos de maneira rápida e prática. / The CYP450 enzymes are the major drug metabolizing enzymes. They are encoded by genes that show genetic polymorphisms which gives them several phenotypic characteristics. These phenotypes are Poor Metabolizers or PM, or Extensive Metabolizers or EM, Intermediate Metabolizers or IM, and finally, Ultra-rapid Metabolizers or UM. Pharmacogenetics is the science that studies these genetic variations and its relationship to therapeutic response in the body. One of CYP450 enzymes is CYP2D6 enzyme, which are responsible for the metabolism of 25% of clinically prescribed drugs. The main objective of this study was to identify the most important polymorphisms of this gene: CYP2D6 * 1, CYP2D6 * 2, CYP2D6 * 3, CYP2D6 * 4, CYP2D6 * 5, CYP2D6 * 6, CYP2D6 * 10, CYP2D6 * 17 and CYP2D6 * 41 by genotyping methods (PCR Tetra Primer and Sequencing) and phenotyping (by metabolic rate monitoring) in 75 healthy volunteers in Campinas region.To characterize the phenotyping was used to test substance Dextromethorphan (DM). This was monitored by mass spectrometry by determining the concentration of its major metabolite the Dextrorphan (DX), which was extracted from urine samples. The results were compared between these two methods and showed high correlation. We can obtain the identification of allelic frequencies of alleles * 1, * 3 and * 4 by Tetra Primer PCR (30.66%, 1.3% and 14% respectively). The sequencing method has also detected other alleles that were not detected by PCR Tetra Primer. The assessment of the number of copies of the CYP2D6 gene was also assessed. This method detected a volunteer which carrying three copies of CYP2D6 gene, characteristic of Ultra-rapid metabolizers. We can say that the methods used in this study provide polymorphism profiles quickly and conveniently.
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