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Estabilidade e adaptabilidade fenotípica através da reamostragem "Bootstrap" no modelo AMMI. / Phenotypic stability and adaptability via ammi model with bootstrap re-sampling.Lavoranti, Osmir José 28 August 2003 (has links)
As posições críticas dos estatísticos, que atuam em programas de melhoramento genético, referem-se à falta de uma análise criteriosa da estrutura da interação do genótipo com o ambiente (G x E) como um dos principais problemas para a recomendação de cultivares. Tradicionalmente, a análise dessa estrutura á superficial não detalhando os efeitos da complexidade da interação. Com isso, os ganhos genéticos podem ser diminutos, pela não seleção de genótipos superiores melhores indicados a um ambiente específico. A busca constante por novos métodos e algoritmos, visando eliminar ou minimizar esse problema, tem proporcionado uma inegável evolução científica, com a geração de tecnologias de ponta que envolvem grande capacidade de processamento computacional. Atualmente, a metodologia AMMI (additive main efects and multiplicative interaction analysis) propõe ser mais eficiente que as análises usuais na interpretação e compreensão da interação G x E. Entretanto, os principais pontos negativos dessa metodologia dizem respeito à dificuldade de se interpretar a interação quando há baixa explicação do primeiro componente principal; à dificuldade de se quantificar os escores como baixos, considerando estável os genótipos e/ou ambientes, além de não apresentar o padrão de resposta do genótipo, o que caracteriza os padrões de adaptabilidade. Nesse contexto, essa metodologia apresenta alguns inconvenientes de ordem estatística, fazendo com que suas interpretações sejam vistas com ressalvas. Assim, o objetivo desta tese foi o desenvolvimento de procedimentos estatísticos que minimizem esses problemas, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável na caracterização da estabilidade e adaptabilidade fenotípica de plantas. Nesse sentido, foi desenvolvido uma metodologia via reamostragem "bootstrap", no modelo AMMI, que possibilitou as análises gráficas e numéricas, das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas de 75 progênies de Eucalyptus grandis, procedentes de três localidades australianas, e implantadas em sete testes de procedências e progênies nas regiões Sul e Sudeste do Brasil. Os resultados indicaram comportamentos diferenciados dos genótipos e dos ambientes, sendo a interação G x E significativa ao nível de 1% de probabilidade. As interpretações das estabilidades e adaptabilidades fenotípicas foram melhores compreendidas com a realização da reamostragem "bootstrap". A metodologia "bootstrap" AMMI, eliminou as dúvidas relacionadas à quantificação dos escores como baixos, tornando a metodologia AMMI mais precisa e confiável, na predição da estabilidade fenotípica de genótipos e de ambientes. O coeficiente "bootstrap" de estabilidade (CBE), baseado na distância quadrada de Mahalanobis, sobre o modelo AMMI2, obtidos através da região de predição para o vetor nulo, permitiu classificar os genótipos e ambientes em cinco escalas de estabilidade, e, conjuntamente com as representações gráficas das regiões de confiança para a estabilidade e gráficos de dispersões dos escores bootstrap", em biplot AMMI2, apresentaram melhores qualidades para predições das estabilidades fenotípicas, do que o método tradicional AMMI, com representação gráfica em biplot. / Reliable evaluation of the stability of genotypes and environment is of prime concern to plant breeders, who have Undertaken much research into the development of methods for studying in detail the structure of genotype-environment interaction. The lack of a comprehensive analysis of the structure of the GEI interaction has been a stumbling block to the recommendation of cultivars. Traditionally, the analysis of that structure was superficial and stopped short of detailing the efects of the complexity of the interaction. However, recent advances in computer science have allowed the development of interactive systems of data processing with fast and precise algorithms. Consequently, statistical methods are being developed to study in detail the structure and stability of GEI interaction. At the moment, the Additive Main Efects and Multiplicative Interaction (AMMI) Model promises to be more eficient than the usual analyses in the interpretation and understanding of the GEI interaction. The main drawbacks of the AMMI methodology are the dificulty of interpreting the interaction when there is a poor explanation of the first principal component; the dificulty of determining low scores, which relates to the statistical stability of the genotypes and/or environments; and the lack of presentation of the pattern of response of the genotype, which characterizes the adaptability patterns of the groups formed through significant parameters. Thus care needs to be exercised in the interpretation. The present contribution proposes the use of bootstrap re-sampling in the AMMI Model, and applies it to obtain both a graphical and a numerical analysis of the phenotypic stability and adaptability of 75 progenies of Eucalyptus grandis from Australia that were planted in seven environments in the South and Southeast regions of Brazil. The results show diderential behavior of genotypes and environments, the genotype x environment interaction being significant (p value < 0.01). The interpretation of the phenotypic stability through graphical analysis of the AMMI biplot is better understood with the aid of the bootstrap. The bootstrap coeficient of stability based on the squared Mahalanobis distance of the scores bootstrap, shows that genotypes and environments can be diferentiated in terms of their stabilities. The AMMI bootstrap proposal thus provides better and more precise predictions of phenotypic stability and adaptability of the geno- types than the traditional AMMI analysis, and eliminates the doubts related to the identification of the low scores.
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Mutagênese e tecnologia in vitro no melhoramento genético da pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). / Mutagenesis and in vitro technology in the genetic improvement of black pepper (Piper nigrum L.).Lemos, Oriel Filgueira de 28 February 2003 (has links)
O presente trabalho teve por objetivo desenvolver tecnologia in vitro e associá-la à mutagênese, e avaliar plantas V 5 e V6 quanto aos caracteres agronômicos de produção em área de ocorrência da doença fusariose, visando ao melhoramento genético da pimenta-do-reino para obtenção de plantas tolerantes e/ou resistentes à doença fusariose. A aplicação das técnicas in vitro iniciou-se através da obtenção de plantas doadoras de explantes, a partir de estacas em casa-de-vegetação e, de sementes e embriões zigóticos in vitro. O processo de micropropagação foi desenvolvido a partir de gemas de plantas obtidas in vitro através do estabelecimento de condições adequadas de cultivo em meios de cultura apropriados para multiplicação de gemas, enraizamento e obtenção de "plantlets", e de tipo de substrato para aclimatação e formação de mudas. Após a definição deste processo, gemas de plantas de casa-de-vegetação foram submetidas a diferentes tratamentos de assepsia e as sobreviventes micropropagadas. Seleção in vitro foi estabelecida ao cultivar isolados patogênicos do fungo Fusarium solani f. sp. piperis em meio Czapek-Dox e, através da curva de crescimento foi estabelecido o período de 28 dias de cultivo mais adequado para obtenção de filtrado da cultura do fungo. Diferentes concentrações de filtrado e formas de esterilização foram testadas em meio de cultura de multiplicação de gemas e determinou-se a concentração de 55% do filtrado do fungo (v/v) sob a esterilização por duas autoclavagens, adequada para causar 100% de mortalidade de gemas susceptíveis à doença. Simultaneamente, testes de radiossensitividade foram desenvolvidos através da irradiação gama em gemas in vitro e a dose de 20Gy foi escolhida para indução de mutações. As gemas irradiadas que passaram por vários ciclos de multiplicação e sobreviveram ao agente seletivo, filtrado de cultura do fungo, estão sendo clonadas para serem submetidas à seleção artificial com esporos do fungo em casa-de-vegetação, seleção natural em campo de ocorrência da doença e avaliação agronômica. Testes indicaram, a concentração de 2x10 6 esporos/ml em suspensão e a aplicação no solo do fungo adequada para seleção em casa-de-vegetação. As plantas V5 e V6 avaliadas em campo quanto a mortalidade e caracteres de produção apresentaram performance semelhante às plantas da cultivar original quanto à média de comprimento de espiga (8,4 cm), peso (4,42g) e número de frutos (40 frutos) por espiga, peso de 100 frutos (10,67g) e rendimento de pimenta preta (> 30%). Entretanto, melhores resultados para a média de produção de pimenta verde (3.290g) e sobrevivência em área de ocorrência da fusariose. As análises por componentes principais e variáveis canônicas apresentaram divergência genética entre as plantas originadas por estacas que sofreram irradiação gama e aquelas da cultivar original. / The purposes of the present work were to develop in vitro technology, associating it with mutagenesis, and to evaluate the V5 and V6 plants based on agronomical characters of production in Fusarium incidence areas, aiming at the genetic improvement of black pepper to obtain tolerant and/or resistant plants to the disease. The use of in vitro techniques started with the production of explant donor plants from greenhouse-grown cuttings and from seeds and in vitro zygotic embryos. The micropropagation process was developed using young shoots of in vitro plants by establishment of proper growing conditions in culture media for multiplication, rooting and production of plantlets, and by determining a suitable substrate type for acclimatization and growing of plantlets. After the process was defined, young shoots obtained from greenhouse grown plants underwent different aseptic treatments and the surviving plantlets were micropropagated. In vitro selection was carried out by cultivating pathogenic isolates of Fusarium solani f. sp. piperis in Czapek-Dox medium and, by using a growing curve, the most suitable growing period (28 days) for obtaining the fungus culture filtrate was defined. Different filtrate concentrations and sterilization techniques were tested in culture medium for young shoot multiplication. A concentration of 55% (v/v) of fungus filtrate under sterilization by double autoclavation was considered adequate to cause 100% mortality of fusariosis susceptible young shoots. Simultaneously, radiosensitivity tests were carried out through gamma irradiation of in vitro young shoots and dose of 20Gy was selected for mutation induction. Irradiated young shoots which underwent several multiplication cycles and survived the selective agent, fungus culture filtrate, are being cloned in order to be submitted to artificial selection with the fungus spores in greenhouse, to natural selection in a disease incidence area and to agronomical evaluation. These tests indicated that the concentration of 2x10 6 spores/ml in suspension and the application of the fungus on soil were appropriate for greenhouse selection. The V5 and V6 plants evaluated in field conditions for mortality and production characters showed similar performance to the original cultivar plants regarding average height (8.4 cm), weight (4.42g) and number of fruits (40 fruits) per spike, weight of 100 fruits (10.67g) and black pepper yield (>30%). However, better results were observed for average green pepper production (3,290g) and survival rates in a fusariosis incidence area. Analyses of principal components and canonic variables evidenced genetic divergence between plants grown from gamma-irradiated cuttings and the original cultivar ones.
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Transformação genética de três cultivares de laranja doce a partir de explantes de plantas adultas / Genetic transformation of three sweet orange cultivars from explants of adult plantsFávero, Pâmela 21 January 2011 (has links)
A dificuldade de transformação de tecido adulto de espécies lenhosas é uma barreira ainda a ser contornada para a maioria das cultivares de laranja doce de importância na citricultura brasileira. Esta dificuldade está relacionada ao alto nível de contaminação, ao baixo potencial regenerativo e à baixa capacidade de transformação de tecidos adultos de espécies lenhosas. Assim, o objetivo deste trabalho foi otimizar o protocolo de transformação genética de tecido adulto de três cultivares de laranja doce. Com ajustes no cultivo in vitro, foi possível obterem-se gemas adventícias transgênicas via Agrobacterium tumefaciens de três cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osbeck), Hamlin, Pêra e Valência, utilizando material adulto como fonte de explantes. As gemas transgênicas foram identificadas como transgênicas pelo teste histoquímico GUS e confirmados pela análise de PCR, a qual mostrou a amplificação de um fragmento 817 pb, correspondente a parte do gene uidA amplificada. A utilização de meio de co-cultivo com a adição de auxinas e citocininas (2,0 mg L-1 de 2,4 D; 2,0 mg L-1 de AIA e 1,0 mg L-1 de 2-iP), foi o mais eficiente para as três cultivares avaliadas. Meios de seleção com altas concentrações de citocinina (3 mg L-1) favoreceram a regeneração e, conseqüentemente, a transformação de gemas adventícias para as três cultivares estudadas. O uso da sonicação não foi eficiente para diminuir a contaminacão endofítica. Além disso, esta operação diminuiu a eficiência de transformação dos explantes. As eficiências médias de transformação genética encontradas para as três cultivares foram 2,5% para laranja Hamlin, 1,4% para laranja Pêra e 3,7% para laranja Valência. / The difficulty of tissue transformation of adult woody species is still an obstacle to be overcome for most sweet orange cultivars in the Brazilian citrus industry. This difficulty is related to the high level of contamination, low regenerative potential and low transformation capacity of adult tissues of woody species. Thus, the objective of this work was to optimize the protocol for genetic transformation of adult tissue of three cultivars of sweet orange. Therefore, with in vitro culture adjustments, it was possible to obtain transgenic adventitious buds though Agrobacterium tumefaciens of three sweet orange cultivars (Citrus sinensis L. Osbeck), Hamlin, Pêra and Valencia, using adult material as explants source. The transgenic buds were identified as transgenic by the GUS histochemical test and confirmed by the PCR analysis, which showed fragment amplification of 817 bp corresponding to the part of the amplified uidA gene. The use of co-culture media rich in auxins and cytokinins (2.0 mg L-1 of 2.4 D, 2.0 mg L-1 of AIA and 1.0 mg L-1 of 2-iP) was more efficient for all three cultivars. Selection media with high concentrations of cytokinin (3 mg L-1) promoted the regeneration and, consequently, the transformation of adventitious buds in the three cultivars. The use of sonication was not effective to reduce endophytic contamination. Moreover, this procedure reduced transformation efficiency of explants. The average efficiencies of genetic transformation for the three varieties were 2.5% for Hamlin, 1.4% for Pêra and 3.7% for Valência.
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Fusão de protoplastos visando a reconstrução da laranja azeda / Protoplast fusion aiming the reconstruction of sour orangeCarvalho, Dayse Cristina de 12 December 2006 (has links)
O objetivo deste trabalho foi aplicar a técnica de fusão química de protoplastos para desenvolver híbridos somáticos interespecíficos entre tangerinas (Citrus reticulata) e toranjas (Citrus grandis), visando a obtenção de porta-enxertos semelhantes à laranja azeda Citrus aurantium). Como fonte de protoplastos foram utilizadas suspensões celulares embriogênicas de tangelo \'Page\' (C. reticulata x C. paradisi) e tangor \'Murcote\' (C. reticulata x C. sinensis) e folhas jovens de seedlings de toranjas \'Lau Tau\' e \'Ogami\' (Citrus grandis). Após a fusão os protoplastos foram cultivados sob ausência de luz, até a formação de microcolônias, que foram então cultivadas em meio de cultura EME em dupla-fase, suplementado com 13,33 g/L de maltose para a indução da embriogênese. Os embriões globulares formados foram transferidos para meio EME com 25 g/L de sacarose e quando em estádio cotiledonar foram transferidos para meio de cultura suplementado com 1,5 g/L de extrato de malte. As brotações obtidas foram enxertadas in vitro sobre laranja \'Hamlin\' e \'Valência\'. As plantas obtidas foram levadas para casa de vegetação e cultivadas em substrato comercial. As 17 plantas regeneradas de tangelo \'Page\' + toranja \'Lau Tau\' apresentaram conformação fenotípica adversa aos genitores, com folhas de tamanho reduzido, ápice arredondado, coloração verde escura, mesófilo enrugado e ausência de pecíolo alado. A análise de citometria de fluxo confirmou o caráter diplóide das plantas regeneradas. Marcadores moleculares RAPD apresentaram padrão de bandas similar entre a planta regenerada e o genitor tangelo \'Page\'. O protocolo utilizado para isolamento, fusão e cultura de protoplastos, bem como para a regeneração e aclimatização de plantas permitiram a obtenção 17 plantas da combinação entre tangelo \'Page\' e toranja \'Lau Tau\' com conformação fenotípica diferente dos genitores, duas plantas da combinação entre tangor \'Murcote\' e toranja \'Ogami\' e uma planta da combinação entre tangor \'Murcote\' e toranja \'Lau Tau\'. / The aim of this work was to apply the technique of chemical fusion of protoplasts, in order to develop interspecific somatic hybrids between mandarins (Citrus reticulata) and pummelos (Citrus grandis), in order to produce similar to sour orange (Citrus aurantium). The sources for protoplasts were embryogenic suspension cultures of \'Page\' tangelo (C. reticulata x C. paradisi) and \'Murcott\' tangor (C. reticulata x C. sinensis) and young leaves from seedlings of \'Lau Tau\' and \'Ogami\' pummelos (Citrus grandis). After the fusion, the protoplasts were cultivated in the absence of light, until the formation of microcolonies, and were then cultivated in double-phase EME medium, supplemented with 13.33 g/L of maltose for embryogenesis induction. The globular embryos thus formed were transferred to EME medium with 25 g/L of sucrose and, when in cotyledonal stage, were transferred to a culture medium supplemented with 1.5 g/L of malt extract. The shoots obtained were grafted in vitro onto \'Hamlin\' and \'Valencia\' sweet oranges. The regenerated plants were cultivated in a greenhouse, over commercial substrate. In this process, 17 plants were obtained. These plants presented phenotypic conformation different from the genitors, with leaves with reduced size, round apex, dark green coloration, rough leaf blade and absence of developed petiole. The analysis by flow cytometry confirmed the diploid character of the regenerated plants. RAPD molecular markers presented a similar band pattern between the regenerated specimen and the genitor \'Page\' tangelo. The protocol used for isolation, hybridization and cultivation of protoplasts, as well as for the regeneration and acclimatization of the plants allowed the obtainment of 17 plants from the combination of \'Page\' tangelo + \'Lau Tau\' pummelo, with phenotypic conformation different from the genitors, two plants from the combination of \'Murcott\' tangor + \'Ogami\' pummelo and one plant from the combination of Murcote\' tangor + \'Lau Tau\' pummelo.
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Emprego do conceito de medidas repetidas na avaliação do desempenho de genótipos de frangos de corte. / Employment of the concept of repeated measures in the evaluation on performance of broiler chicken genotypes.Rosário, Millor Fernandes do 11 December 2003 (has links)
O experimento teve por objetivo avaliar genótipos de frangos de corte através do desempenho zootécnico utilizando-se o conceito de medidas repetidas e avaliar os mesmos genótipos a partir de suas características de carcaça. Os tratamentos consistiram de quatro genótipos, dois sexos e seis idades para avaliar o desempenho zootécnico e as características de carcaça foram avaliadas aos 42 dias. As variáveis de desempenho zootécnico foram: consumo médio de alimento (CONS), peso médio vivo (PMV), conversão alimentar (CA), ganho médio diário de peso (GMDP), viabilidade (VIAB) e fator europeu de eficiência produtiva (FEEP) e de características de carcaça foram: rendimento de carcaça (CARPV), rendimento de peito (PTPV) e de pernas (PRPV) em relação ao peso vivo e rendimento de peito (PTCAR) e de pernas (PRCAR) em relação ao peso de carcaça. O delineamento experimental para o desempenho zootécnico foi em blocos incompletos desbalanceados, em um esquema fatorial 4x2x6, considerando-se o box com 40 aves a unidade experimental e a análise foi realizada nos procedimentos GLM e MIXED, sendo neste último testadas cinco estruturas de variância e covariância, escolhendo-se a que apresentou menor valor para o Critério de Informação de Akaike; para as características de carcaça foi em blocos incompletos desbalanceados, em um esquema fatorial 4x2, considerando-se a ave a unidade experimental e a análise foi realizada no procedimento GLM. As médias foram estimadas através do "least square means" e comparadas pelo teste de Tukey-Kramer. Para CONS, PMV, CA, GMDP e VIAB foi escolhida a estrutura auto regressiva de primeira ordem heterogênea e para FEEP a estrutura simetria composta heterogênea. Os resultados observados detectaram diferenças significativas (P<0,05) nos valores de PMV e GMDP nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo, idade x sexo e idade x genótipo x sexo. Para CONS foram detectados efeitos significativos (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo e idade x sexo para ambos procedimentos, porém foi detectado efeito significativo (P<0,05) da interação idade x genótipo x sexo apenas no proc MIXED. Para CA verificaram-se diferenças significativas (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e na interação idade x genótipo; para VIAB as diferenças significativas (P<0,05) foram observadas nas comparações entre genótipos, idades e interação idade x sexo. O FEEP apresentou diferenças significativas (P<0,05) nas comparações entre genótipos, sexos, idades e nas interações idade x genótipo e idade x sexo. Para as características de carcaça, os resultados mostraram diferenças significativas (P<0,05) entre genótipos, sexos e interação genótipo x sexo para CARPV, PTPV; para PTCAR apenas foi verificada diferença significativa (P<0,05) entre sexos. Os genótipos de frangos de corte foram melhor avaliados utilizando-se o conceito de medidas repetidas através do proc MIXED, sendo este mais apropriado e indicado para a análise dos dados de desempenho zootécnico; dentre os genótipos estudados, o D apresentou melhor desempenho zootécnico. O genótipo B apresentou os melhores resultados de características de carcaça. / This trial aimed to evaluate the effect of genotypes on performance of broilers using the concept of repeated measures and to evaluate the effects of genotypes on carcass characteristics of broilers. The treatments consisted of four genotypes, two sexes and six ages to evaluate the performance and the carcass characteristics were only evaluated at 42 days of age. The variables of performance were: average feed intake (AFI), average alive weight (AAW), feed:gain ratio (FGR), average daily weight gain (ADWG), viability (VIAB) and European factor of productive efficiency (EFPE). The variables of carcass characteristics were: carcass yield (CY), breast yield (BAW) and legs yield (LAW) in relation to average alive weight and breast yield (BCY) and legs yield (LCY) in relation to carcass weight. The experimental design for performance analysis was desbalanced incomplete blocks, in a factorial scheme 4x2x6, considering each box with 40 broilers as an experimental unit. This analysis was accomplished in the GLM and MIXED procedures, being in this last tested five variance and covariance structures, choosing the one that presented smaller value for the Akaike´s Information Criterion. For carcass characteristics the experimental design was desbalanced incomplete blocks, in a factorial scheme 4x2, considering each broiler as an experimental unit and the analysis was accomplished in the GLM procedure. The averages were estimated by the least square means and compared by the test of Tukey-Kramer. For AFI, AAW, FGR, ADWG and VIAB was chosen the structure first-order autoregressive heterogeneous and for EFPE was chosen the structure compound symmetry heterogeneous. The observed results detected significant differences (P<0,05) in the values of AAW and ADWG in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype, age x sex and age x genotype x sex. For AFI were detected significant effects (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype and age x sex for both procedures. Additionally, it was detected significant effect (P<0,05) in the interaction age x genotype x sex in MIXED proc. For FGR significant differences were verified (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotype and age x sex, being this last one just verified in the MIXED proc. For VIAB significant differences (P<0,05) were observed in the comparisons among genotypes, ages and in the interaction age x sex. EFPE presented significant differences (P<0,05) in the comparisons among genotypes, sexes, ages and in the interactions age x genotypes and age x sex. For the carcass characteristics the results showed significant differences (P<0,05) among genotypes and sexes for CY, BAW and LAW; the interaction genotype x sex was only significant (P<0,05) for CY and BAW. The broiler chicken genotypes were better evaluated using of the concept of repeated measures by MIXED proc, being it more appropriated and indicated for the analysis of the performances data; between the genotypes studied, D presented the best performance. The genotype B presented the best results on carcass characteristics.
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Comparação de rols classificatórios de tratamentos e de estimativas de componentes de variância em grupos de experimentos / Comparison of treatments classicatory rankings and of variance components estimates in experimental groupsCássio Dessotti 28 January 2010 (has links)
As análises de grupos de experimentos, de grande importância em melhoramento genético, são indispensáveis quando se pretende investigar o comportamento de alguns tratamentos em diversos locais de interesse do pesquisador. Nestes casos, parte-se das analises de variância individuais em cada local, para o agrupamento de todos os ensaios em uma única analise. Verifica-se então a veracidade da significância da interação tratamentos versus locais - TL, sendo esta não-significativa, pode-se obter conclusões generalizados a respeito do comportamento dos tratamentos. No entanto, o grande interesse esta nos casos de interação significativa, em que dois caminhos de destaque surgem para que se conclua a analise, o primeiro, permite que se considerem os resultados e conclusões das analises individuais, com o resíduo específico de cada local, enquanto o segundo aconselha que se desdobrem os graus de liberdade relativos a tratamentos + interação significativa, visando a interpretação dos tratamentos em estudo dentro de cada um dos locais, utilizando o resíduo médio como testador. Partindo do fato de que componentes de variância são variâncias associadas aos efeitos aleatórios de um modelo matemático, que permitem quantificar a variabilidade de tais efeitos, tem-se por objetivo neste trabalho, em grupos de experimentos reais com interação TL significativa, comparar os componentes de variância obtidos nas analises individuais utilizando os quadrados médios residuais - QMRes de cada ensaio versus os obtidos pós-desdobramento da interação em questão utilizando o quadrado médio do resíduo médio - QMRM. Tal confronto será fundamentado nas estimativas de variâncias das estimativas destes componentes. Finalmente, em grupos de ensaios reais e simulados, o objetivo será voltado para a comparação de rols classificatórios de tratamentos nas analises individuais versus os rols classificatórios de tratamentos obtidos pós-desdobramento da interação em questão. A montagem destes rols será possível a partir do uso do teste de Tukey, ao nível de 5% de significância, para os cálculos das diferenças mínimas significativas - dms ora com resíduos de analises individuais, ora de conjunta. Todos os cálculos deste trabalho serão realizados no software estatístico R. / The experimental groups analysis, of great importance in genetic improvement, are essential when intends to investigate the treatments behaviour in many places from researcher interest. In these cases, starts by the individual variance analysis in each place, to the grouping of all experiments in a single analysis. Examine the truth of the signicant treatments vs. places interaction - TL, being this no-signicant, is possible to obtain generalized conclusions about the treatments behaviour. However, the interest is in the cases when signi cant interaction is found, because two eminence ways appear for the analysis conclusions, the rst one allow that the individual analysis results and conclusions be considered, with the specic residue from each place, while the second one advise, that the degrees of freedom relative to treatments + signicant interaction be unfound, looking at the interpretation of the treatments in study inside each place, using the mean residue how testator. Starting with the fact that variance components are variances associated to the aleatory eects of a mathematical model, that allow the quantifying of such eects, this work objective, in real experimental groups, with signicant interaction TL, is to compare the variance components obtained in individual analysis using the residual mean square - QMRes from each experiment against the obtained after unfolding the interaction in question using the mean residual mean square - QMRM. This confrontation will be based in variance estimations of these components estimations. Finally, in real and simulate experimental groups, the objective will be directed to the comparison of treatments classicatory rankings in individual analysis vs. the treatments classi catory rankings obtained after unfolding of the interaction in question. The construction of these rankings will be possible using the Tukey test, with 5% of signicance, for the calculation of the signicants minimum dierences - dms, a time with individual analysis residual, othertime, conjunct. All the calculations from this work will be realized in the R statistical software.
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Efeito da coenzima Q10 no meio de fertilização in vitro de embriões bovinosRAMALHO, Flávia Camila Siqueira Pereira 09 February 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-02-09 / In vitro embryo production (IVP) in cattle became an important commercial tool in genetic improvement programs of the world herd, being widely used for this purpose. However in vitro fertilization (IVF) can cause generation of reactive oxygen species that can affect embryo viability. Coenzyme Q10, an important cofactor in the transport chain of mitochondria has antioxidant function on lipid membrane and it was proved a direct correlation between the presence of Coenzyme Q10 and normal spermatozoa parameters such as density, motility, morphology and volume. The objective of this study was to evaluate the effect of Coenzyme Q10 on sperm function in IVF using conventional or sexed semen; also if the addition of this cofactor can improve embryo IVP in bovine oocytes. In experiment 1 was evaluated the effect of sperm function during incubation periods of sexed and conventional semen samples. In experiment 2, IVF medium was supplemented with 0 (control group), 5 μM, 10 μM, 20 μM of Coenzyme Q10. Bovine oocytes were collected from a slaughterhouse located 20 minutes from the lab. It was observed a negative effect of Coenzyme with significant differences in the rates of cleavage or in the production of blastocyst (p< 0.05) at a concentration of 20 μM when compared with all other groups with either sexed as conventional semen. These results demonstrate that supplementation of the Coenzyme Q10 in the IVF medium, do not alter spermatozoa function. We can also infer that there is a tendency to improve embryo production in the concentration of 5 μM in IVF medium. / A produção de embriões in vitro (PIV) em bovinos tornou-se importante ferramenta comercial nos programas de melhoramento genético do rebanho mundial como técnica de multiplicação, sendo amplamente utilizada para esse fim. Entretanto a Fertilização in vitro (FIV) provoca geração de espécies reativas de oxigênio que podem afetar a viabilidade embrionária. A Coenzima Q10, um cofator de importância na cadeia de transporte das mitocôndrias tem função antioxidante na membrana lipídica e foi verificado uma correlação direta entre a Coenzima e os parâmetros normais de sêmen tais como, densidade, motilidade, morfologia e o volume. O objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito da Coenzima Q10 na função espermática em FIV utilizando-se sêmen convencional e sexado; e se a adição desse cofator pode melhorar a produção embrionária in vitro de oócitos bovinos. No Experimento o meio de FIV foi suplementado com 0 (grupo controle), 5 μM, 10 μM, 20 μM da Coenzima Q10. Os Oócitos foram coletados de um abatedouro localizado a 20 minutos do laboratório. Foi observado um efeito deletério da coenzima com diferença significativa nas taxas de clivagem ou na produção de blastocisto (p<0,05) na concentração de 20 μM quando comparado com os demais grupos tanto com sêmen sexado como convencional. Estes resultados demonstram que a suplementação da Coenzima Q10 no meio FIV não altera a função espermática, entretanto tem um efeito deletério a partir da concentração de 20 μM. Podemos ainda inferir que na concentração de 5 μM no meio FIV há uma tendência na melhoria da produção embrionária.
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Transformação genética de três cultivares de laranja doce a partir de explantes de plantas adultas / Genetic transformation of three sweet orange cultivars from explants of adult plantsPâmela Fávero 21 January 2011 (has links)
A dificuldade de transformação de tecido adulto de espécies lenhosas é uma barreira ainda a ser contornada para a maioria das cultivares de laranja doce de importância na citricultura brasileira. Esta dificuldade está relacionada ao alto nível de contaminação, ao baixo potencial regenerativo e à baixa capacidade de transformação de tecidos adultos de espécies lenhosas. Assim, o objetivo deste trabalho foi otimizar o protocolo de transformação genética de tecido adulto de três cultivares de laranja doce. Com ajustes no cultivo in vitro, foi possível obterem-se gemas adventícias transgênicas via Agrobacterium tumefaciens de três cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osbeck), Hamlin, Pêra e Valência, utilizando material adulto como fonte de explantes. As gemas transgênicas foram identificadas como transgênicas pelo teste histoquímico GUS e confirmados pela análise de PCR, a qual mostrou a amplificação de um fragmento 817 pb, correspondente a parte do gene uidA amplificada. A utilização de meio de co-cultivo com a adição de auxinas e citocininas (2,0 mg L-1 de 2,4 D; 2,0 mg L-1 de AIA e 1,0 mg L-1 de 2-iP), foi o mais eficiente para as três cultivares avaliadas. Meios de seleção com altas concentrações de citocinina (3 mg L-1) favoreceram a regeneração e, conseqüentemente, a transformação de gemas adventícias para as três cultivares estudadas. O uso da sonicação não foi eficiente para diminuir a contaminacão endofítica. Além disso, esta operação diminuiu a eficiência de transformação dos explantes. As eficiências médias de transformação genética encontradas para as três cultivares foram 2,5% para laranja Hamlin, 1,4% para laranja Pêra e 3,7% para laranja Valência. / The difficulty of tissue transformation of adult woody species is still an obstacle to be overcome for most sweet orange cultivars in the Brazilian citrus industry. This difficulty is related to the high level of contamination, low regenerative potential and low transformation capacity of adult tissues of woody species. Thus, the objective of this work was to optimize the protocol for genetic transformation of adult tissue of three cultivars of sweet orange. Therefore, with in vitro culture adjustments, it was possible to obtain transgenic adventitious buds though Agrobacterium tumefaciens of three sweet orange cultivars (Citrus sinensis L. Osbeck), Hamlin, Pêra and Valencia, using adult material as explants source. The transgenic buds were identified as transgenic by the GUS histochemical test and confirmed by the PCR analysis, which showed fragment amplification of 817 bp corresponding to the part of the amplified uidA gene. The use of co-culture media rich in auxins and cytokinins (2.0 mg L-1 of 2.4 D, 2.0 mg L-1 of AIA and 1.0 mg L-1 of 2-iP) was more efficient for all three cultivars. Selection media with high concentrations of cytokinin (3 mg L-1) promoted the regeneration and, consequently, the transformation of adventitious buds in the three cultivars. The use of sonication was not effective to reduce endophytic contamination. Moreover, this procedure reduced transformation efficiency of explants. The average efficiencies of genetic transformation for the three varieties were 2.5% for Hamlin, 1.4% for Pêra and 3.7% for Valência.
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Fusão de protoplastos visando a reconstrução da laranja azeda / Protoplast fusion aiming the reconstruction of sour orangeDayse Cristina de Carvalho 12 December 2006 (has links)
O objetivo deste trabalho foi aplicar a técnica de fusão química de protoplastos para desenvolver híbridos somáticos interespecíficos entre tangerinas (Citrus reticulata) e toranjas (Citrus grandis), visando a obtenção de porta-enxertos semelhantes à laranja azeda Citrus aurantium). Como fonte de protoplastos foram utilizadas suspensões celulares embriogênicas de tangelo \'Page\' (C. reticulata x C. paradisi) e tangor \'Murcote\' (C. reticulata x C. sinensis) e folhas jovens de seedlings de toranjas \'Lau Tau\' e \'Ogami\' (Citrus grandis). Após a fusão os protoplastos foram cultivados sob ausência de luz, até a formação de microcolônias, que foram então cultivadas em meio de cultura EME em dupla-fase, suplementado com 13,33 g/L de maltose para a indução da embriogênese. Os embriões globulares formados foram transferidos para meio EME com 25 g/L de sacarose e quando em estádio cotiledonar foram transferidos para meio de cultura suplementado com 1,5 g/L de extrato de malte. As brotações obtidas foram enxertadas in vitro sobre laranja \'Hamlin\' e \'Valência\'. As plantas obtidas foram levadas para casa de vegetação e cultivadas em substrato comercial. As 17 plantas regeneradas de tangelo \'Page\' + toranja \'Lau Tau\' apresentaram conformação fenotípica adversa aos genitores, com folhas de tamanho reduzido, ápice arredondado, coloração verde escura, mesófilo enrugado e ausência de pecíolo alado. A análise de citometria de fluxo confirmou o caráter diplóide das plantas regeneradas. Marcadores moleculares RAPD apresentaram padrão de bandas similar entre a planta regenerada e o genitor tangelo \'Page\'. O protocolo utilizado para isolamento, fusão e cultura de protoplastos, bem como para a regeneração e aclimatização de plantas permitiram a obtenção 17 plantas da combinação entre tangelo \'Page\' e toranja \'Lau Tau\' com conformação fenotípica diferente dos genitores, duas plantas da combinação entre tangor \'Murcote\' e toranja \'Ogami\' e uma planta da combinação entre tangor \'Murcote\' e toranja \'Lau Tau\'. / The aim of this work was to apply the technique of chemical fusion of protoplasts, in order to develop interspecific somatic hybrids between mandarins (Citrus reticulata) and pummelos (Citrus grandis), in order to produce similar to sour orange (Citrus aurantium). The sources for protoplasts were embryogenic suspension cultures of \'Page\' tangelo (C. reticulata x C. paradisi) and \'Murcott\' tangor (C. reticulata x C. sinensis) and young leaves from seedlings of \'Lau Tau\' and \'Ogami\' pummelos (Citrus grandis). After the fusion, the protoplasts were cultivated in the absence of light, until the formation of microcolonies, and were then cultivated in double-phase EME medium, supplemented with 13.33 g/L of maltose for embryogenesis induction. The globular embryos thus formed were transferred to EME medium with 25 g/L of sucrose and, when in cotyledonal stage, were transferred to a culture medium supplemented with 1.5 g/L of malt extract. The shoots obtained were grafted in vitro onto \'Hamlin\' and \'Valencia\' sweet oranges. The regenerated plants were cultivated in a greenhouse, over commercial substrate. In this process, 17 plants were obtained. These plants presented phenotypic conformation different from the genitors, with leaves with reduced size, round apex, dark green coloration, rough leaf blade and absence of developed petiole. The analysis by flow cytometry confirmed the diploid character of the regenerated plants. RAPD molecular markers presented a similar band pattern between the regenerated specimen and the genitor \'Page\' tangelo. The protocol used for isolation, hybridization and cultivation of protoplasts, as well as for the regeneration and acclimatization of the plants allowed the obtainment of 17 plants from the combination of \'Page\' tangelo + \'Lau Tau\' pummelo, with phenotypic conformation different from the genitors, two plants from the combination of \'Murcott\' tangor + \'Ogami\' pummelo and one plant from the combination of Murcote\' tangor + \'Lau Tau\' pummelo.
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Transformação genética de laranja doce (Citrus sinensis L. Osbeck) com o gene D4E1 dirigido pelos promotores CaMV35S ou AtPP2 / Sweet orange (Citrus sinensis L. Osbeck) genetic transformation using D4E1 gene driven by CaMV35S or AtPP2 promotersLísia Borges Attílio 09 April 2013 (has links)
O Brasil é o maior produtor de laranja doce do mundo. O histórico da citricultura brasileira é marcado por uma sucessão de doenças causadas por diferentes agentes etiológicos. Entre as principais doenças que afetam a cultura, têm levado a maiores prejuízos, as bacterianas, com destaque para o cancro cítrico causado por Xanthomonas citri subsp. citri e o Huanglongbing associado a três espécies de \"Candidatus Liberibacter\". Devido à ausência de cultivares de laranja doce resistentes a estas doenças, a transformação genética é uma alternativa promissora para obtenção de plantas resistentes. Uma das estratégias no uso da transgenia para conferir ação contra bactérias é a inserção de genes que codificam peptídeos antimicrobianos como o D4E1, um peptídeo sintético, que tem apresentado eficiência no controle de doenças fúngicas e bacterianas de várias culturas, in vivo e in vitro. Este trabalho foi realizado com o objetivo de obter plantas transgênicas de laranja doce das cultivares \'Hamlin\', \'Pêra\' e \'Valência\', via Agrobacterium tumefaciens, expressando o gene D4E1, dirigido pelos promotores CaMV35S (Cauliflower mosaic virus 35S promoter) de expressão constitutiva ou pelo AtPP2 (Arabidopsis thaliana phloem protein 2) com expressão preferencial no floema, visando obter plantas resistentes a doenças bacterianas. Foram obtidas 13 plantas transgênicas da cultivar \'Hamlin\', 10 da cultivar \'Pêra\' e 8 da cultivar \'Valência\', contendo a construção gênica CaMV35S/D4E1 e 19 plantas transgênicas da cultivar \'Hamlin\', 6 da cultivar \'Pêra\' e 15 da cultivar \'Valência\' contendo a construção gênica AtPP2/D4E1. As plantas transgênicas apresentaram um a três eventos de inserção do T-DNA no genoma. Os níveis de expressão do transgene dirigido pelo promotor de expressão preferencial no floema foi menor comparado ao das plantas contendo o transgene dirigido pelo promotor de expressão constitutiva. Os resultados da expressão do transgene permitem selecionar plantas com maior expressão de cada uma das construções gênicas, para que, futuramente, estas sejam multiplicadas e avaliadas quanto à resistência ao cancro cítrico e ao HLB. / Brazil is the largest sweet orange producer in the world. The history of the Brazilian citrus industry is marked by a series of diseases caused by different etiologic agents. Among the diseases affecting the culture, those caused by bacteria are the ones that have caused more significant losses, especially the citrus canker caused by Xanthomonas citri subsp. citri, and huanglongbing (HLB) associated with three \"Candidatus Liberibacter\" bacteria species. Due to the absence of genetic resistance to these diseases in commercial sweet orange cultivars, the genetic transformation is a promising alternative to produce resistant plants. One of the strategies to produce transgenic resistant plants to bacteria is the use of genes that code for antimicrobial peptides, such as D4E1, a antimicrobial synthetic peptide, which has shown efficient results controlling diseases caused by bacteria and fungi in several crops, through in vitro and in vivo experiments. The aim of this study was to produce \'Hamlin\', \'Pêra\' and \'Valencia\' sweet orange transgenic plants, via Agrobacterium tumefaciens, expressing the D4E1 gene driven by the constitutive promoter Cauliflower mosaic virus (CaMV35S) or Arabidopsis thaliana phloem protein 2 (AtPP2), a promoter preferentially expressed in the phloem. It was possible to regenerate 13 \'Hamlin\' transgenic lines, 10 \'Pêra\' transgenic lines and 8 \'Valencia\' transgenic lines bearing the gene construct CaMV35S/D4E1, whereas 19 \'Hamlin\' transgenic lines, 6 \'Pêra\' transgenic lines and 15 \'Valencia\' transgenic lines bearing the AtPP2/D4E1 gene construct were regenerated. The transgenic plants had one to three T-DNA insertion events in the genome. The transgene expression levels in transgenic plants for D4E1 gene driven by the phloem preferential promoter were lower than the transgenic expression levels of the transgene driven by the constitutive promoter. Transgene expression levels results may allow the selection of those plants with higher expression levels of each genetic construct for future multiplication and evaluation for citrus canker and HLB resistance.
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