A coqueluche é uma doença respiratória contagiosa, causada pela bactéria Bordetella pertussis. Tendo um significativo impacto epidemiológico, esta doença sofreu uma expressiva redução após o uso disseminado de vacinas pertussis. Efeitos adversos na imunização com a Vacina de células inteiras Whole cell pertussis (wP), atribuídos a presença de lipopolissacarídeos (LPS), levou ao desenvolvimento da Vacina pertussis acelular (aP). Contudo, a imunização com aP não tem demonstrada a mesma eficiência que a imunização com wP. Diante desse cenário o objetivo deste trabalho é desenvolver o processo de produção industrial de uma nova Vacina Pertussis de células inteiras com reduzida quantidade de LPS e baixa reatogenicidade, a Vacina Pertussis Low (wPlow). Para alcançar o objetivo, foram produzidos em escala industrial 25 lotes de cultivos inativados, concentrados e submetidos à extração de LPS com solvente orgânico. Para extração de LPS foram avaliadas 4 diferentes metodologias: filtração de fluxo tangencial (TFF); filtração de fluxo tangencial com lavagem com solução com solvente orgânico (TFFSW); centrifuga tubular (CT); centrifugação de fluxo contínuo de pratos (CFC). A wPlow produzida em centrifuga de bancada e a wP foram usadas para comparação. O processo de bancada resultou na redução de LPS (método Purpald) em média de 75% do conteúdo de LPS e a redução de 81% da atividade endotóxica (dosagem de LAL). Nos processos industriais, por TFF houve a redução de ≅21% do conteúdo de LPS, porém com aumento de ≅ 52% da atividade endotóxica; por TFFSW houve a redução de 46% do conteúdo de LPS e uma redução endotóxica média de ≅ 24%; por CT ocorreu à redução de ≅ 66% do conteúdo de LPS e de ≅ 73% da atividade endotóxica; com a CFC houve a redução de ≅ 92% do conteúdo de LPS e de ≅ 61% da atividade endotóxica. Os rendimentos de processo foram ≅ 83%, 61%, 37% e 63% respectivamente para os processos de TFF, TFFSW, CT e CFC. Através de microscopia eletrônica, foi possível visualizar a integridade celular após o processamento por CFC, e o principal antígeno vacinal, a toxina pertussis foi detectada na preparação, por western-blot. Quanto à imunogenicidade, anticorpos IgG anti-pertussis foram detectados por ELISA e resultados preliminares não mostraram diferença significativa de redução de colonização pulmonar de B. pertussis em camundongos imunizados com a wPlow ou wP. Diante dos resultados obtidos, podemos concluir que os processos de TFF e TFFSW não foram eficientes na remoção da atividade endotóxica da wPlow, embora tenha ocorrido a redução do LPS. Com relação aos processos utilizando centrífugas industriais, eficientes tanto na remoção do LPS e na redução da atividade endotóxica, houve, contudo, um baixo rendimento no processo com CT. A wPlow produzida por CFC foi imunogênica, indicando a eficácia potencial desta vacina e que a produção em escala industrial é um processo viável. Como parte deste trabalho, a cepa vacinal de Bordetella pertussis foi também caracterizada pelo seu sequenciamento genômico completo (genbank número CP010323). / Whooping cough is a contagious respiratory disease caused by Bordetella pertussis. In the past this infection had a high epidemiological impact, only reduced after the use of pertussis vaccine. The association of adverse events in immunization with whole cell Pertussis vaccine (wP), attributed to the presence of lipopolysaccharides (LPS), has led to the development of acellular Pertussis vaccine (aP). However, it is known that immunization with aP does not have the same efficiency as compared to immunization with wP vaccine. In this scenario, the objective of this work is to develop the industrial production process of a new whole cell pertussis vaccine with reduced amount of LPS and low reatogenicity, the whole cell Pertussis low vaccine (wPlow). To achieve this aim, we produced 25 lots of inactivated and concentrated cultures prepared on an industrial scale and subjected to LPS extraction with organic solvent. We evaluated four industrial processes to extract the LPS from the cells: tangential flow filtration (TFF), TFF with organic solvent washing (TFFSW), tubular centrifugation (CT) and continuous flow centrifugation (CFC). These methodologies were compared with wPlow produced at bench scale obtained by centrifugation and with traditional wP. The bench process resulted in the reduction of 75% of LPS content (Purpald method) and 81% reduction in endotoxic activity (LAL dosage) on average. In the industrial processes, TFF reduced ≅ 21% in LPS content, but with a ≅52% increase in endotoxic activity; by TFFSW there was a reduction of ≅ 46% of the LPS content and an average reduction of endotoxic activity of ≅24%; CT reduced ≅ 66% of LPS content and ≅ 73% of endotoxic activity; with CFC there was a reduction of ≅ 92% in LPS content and ≅1% in endotoxic activity. The process yields were ≅ 83%, 61%, 37% and 63% respectively for the TFF, TFFSW, CT and CFC processes. Through electron microscopy, it was possible to visualize cell integrity after CFC processing, and the major vaccine antigen, pertussis toxin, was detected in the preparation by western blot. As for immunogenicity, anti-pertussis IgG antibodies were detected by ELISA and preliminary results showed no differences in the B. pertussis colonization of lungs in mice immunized with wPlow or wP. We can conclude that the TFF and TFFSW processes were not efficient in removing the endotoxic activity of wPlow, although LPS reduction occurred. Although the processes using industrial centrifuges were efficacious in the removal of LPS and in the reduction of endotoxic activity, there was a low yield in the CT process. The wPlow produced by CFC was immunogenic indicating its potential as a vaccine and that this industrial scale production is a viable process. The characterization of the vaccine strain of Bordetella pertussis by complete genome sequencing was also presented here as part of this work (genbank - number CP010323).

São poucos os avanços obtidos em intervenções cirúrgicas ou terapias para melhora na qualidade de vida e/ou prognósticos dos pacientes acometidos por gliomas, que são os tumores mais comuns e fatais que acometem o sistema nervoso central. O modelo celular ST1 de glioma de rato responde ao tratamento com hormônio glicocorticóide (GC) com uma reversão fenotípica tumoral-normal in vitro e in vivo e o modelo celular P7 é resistente a este tratamento. Ambas as linhagens são utilizadas, no laboratório, como modelos de estudo de genes associados à origem de neoplasias e controle de proliferação celular, com potenciais aplicações na doença humana. Este trabalho possui dois objetivos gerais: a) clonagem e caracterização funcional do gene NRP/B de rato, previamente descrito no laboratório como sendo induzido durante o tratamento das células ST1 com GC; b) identificação de genes humanos no locus 22q13, frequentemente deletado e associado à progressão tumoral de gliomas. A identificação, clonagem e determinação da seqüência completa de NRP/B de rato, até então desconhecida, foi realizada neste trabalho e depositada no GenBank (número de acesso AY669396). Sua expressão parece ser cérebro-específica, sendo modulada positivamente durante o tratamento com GC nas células ST1. A superexpressão de NRP/B em células ST1 foi realizada para avaliar o papel do gene na reversão fenotípica tumoral-normal induzida por GC. Os resultados obtidos sugerem que NRP/B provoca diminuição da capacidade de crescimento independente de ancoragem em meio semi-sólido e do potencial tumorigênico das células ST1 em ensaios de tumorigênese in vivo. Experimentos preliminares sugerem o envolvimento da expressão de NRP/B no processo de progressão celular e em tumores humanos cerebrais e de mama. Para a identificação de genes humanos no locus 22q13 associados ao desenvolvimento de gliomas, foram adotadas duas estratégias: utilização do Banco de Dados do Transcriptoma para identificação de mRNAs e ESTs alinhadas no locus associado ao câncer cerebral 22q13 e utilização dos dados de genes localizados no cromossomo 22 diferencialmente expressos em microarrays entre as linhagens ST1 e P7, ambas tratadas com GC. Como resultado da análise in silico, foram selecionados alguns genes para análise por Q-PCR em linhagens celulares e amostras clínicas de gliomas humanos, o que evidenciou a existência de algumas correlações positivas ao nível transcricional entre os genes. Três genes (KIAA1644, SULT4A1 e PARVG) apresentaram maior expressão em amostras clínicas de cérebro não-tumoral quando comparadas com amostras de gliomas, o que sugere um possível envolvimento destes na progressão de gliomas humanos. A caracterização dos alvos moleculares na ação dos genes analisados neste estudo é importante para melhor entendimento dos mecanismos moleculares que controlam a proliferação celular e, futuramente, para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas para estes tumores cerebrais. / Gliomas are the most fatal central nervous system tumors and to date, satisfactory results from chemotherapies or surgical interventions are still not available. The ST1 rat glioma cell line is hyper-responsive to treatment with glucocorticoids (GC), undergoing a complete tumoral to normal phenotypic reversion, both in vitro and in vivo. The P7 glioma cell line is resistant to the action of GC. Both cell models are used in our lab to search for targets which are important to understand the origin of tumors and the control of cell proliferation. For the present study, we aimed at: a) cloning and functional characterization of the rat NRP/B gene, which had previously been identified as being induced during GC-treatment of the ST1 cells; b) identification of human genes located at the 22q13 locus, known to be involved in gliomagenesis. The previously unknown cDNA for rat NRP/B was identified, cloned, sequenced, and deposited in the GenBank (Acc. Nº AY669396). It displays brain-specific expression and positive modulation during GC treatment of ST1 cells. The role of NRP/B in the tumoral to normal phenotypic reversion induced by GC was analyzed by its overexpression in ST1 cells. The results suggest that induction of NRP/B partially impairs cell growth in semi-solid substrate and lowers its tumorigenic potential in vivo. Preliminary studies suggest that NRP/B expression is involved in cell cycle progression and in brain and human breast tumors. To identify additional human genes located in the glioma-related 22q13 locus, two strategies were used: a) analysis of the Ludwig - Fapesp Transcriptome Project database to identify mRNAs and ESTs that align to the referred locus and b) analysis of microarray data of differentially expressed genes in ST1 and P7 cells (both treated with GC) that also localize in chromosome 22. To validate the in silico analysis, Q-PCR was used to evaluate the expression of several genes in human brain tumor cell lines and clinical samples, being possible to find some positive correlations between genes at the transcriptional level. Three genes (KIAA1644, SULT4A1 e PARVG) displayed significantly higher expression levels in non-tumoral clinical samples, when compared to their tumor counterparts suggesting their involvement in human glioma progression. A better understanding of the molecular mechanisms by which these genes are involved may contribute with important information to understand the control of cell proliferation and may lead, in the future, to the development of new therapeutical strategies for brain cancer therapy and diagnosis.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:23:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) Previous issue date: 2009 / Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU. / Flaviviruses have been known due their complex biological cycle and their relevance in public health and global economy. The ecologic aspected and clinic pictures are related with phylogeny and evolution of flaviviruses. This work aims the molecular characterization of Bussuquara (BSQV), Iguape (IGUV), Ilheus (VILH) e Rocio (VROC) flaviviruses genomes, determining their phylogenetic relationships with others members of genus Flavivirus. The study included: the full-length sequencing of the four Brazilian flaviviruses; analyzes of the predictive secondary structure of RNA and conserved sequences in the 3’NCR; determination of cleavage and glicosilation sites, cisteine residues and conserved motifs in the polyprotein; and similarity and phylogenetic analyzes. The BSQV, IGUV, VILH and VROC genomes present 10815 nt, 10922 nt, 10775 nt, and 10794 nt, respectively. The conserved standard sequences in 3’NCR of BSQV was RCS2-CS2-CS1, while to IGUV, ILHV and ROCV were CS3-RCS2-CS2-CS1. The secondary structure of RNA obtained for the Brazilian flaviviruses were similar to the other flaviviruses. The numbers of the glicosilation sites to PrM, E and NS1 proteins were distinct among the studied Brazilian flaviviruses, therefore the pattern 6,12,12 Cis residues and the cleavage sites were conserved. In the E protein, some singles mutations were observed in fusion peptide of BSQV, IGUV and ROCV, and the RGD motif were distinct for the flaviviruses under study. The motif that determines the MTase-SAM activity in NS5, as well as the helicase and protease activity in NS3 were conserved. Among the eight polimerase motifs in NS5, only the V, VI and VII motifs were observed single mutations in ILHV and ROCV. The similarity analyzes showed that BSQV presents high relationship with VIGU, while ILHV and ROV were more related among themselves, however those viruses were considerated distincts species. Based in the phylogenetic analyzes, molecular and biological characteristics, it was proposed the establishment of three distinct genetic groups: the Rocio group, grouping ILHV and ROCV, Bussuquara group formed by BSQV and Naranjal virus; and Aroa group, that include Aroa virus and IGUV.

Dengue é uma doença infecciosa não contagiosa causada pelo vírus da dengue (gênero Flavivirus, família Flaviviridae), transmitida pela picada de artrópodes do gênero Aedes, principalmente Aedes aegypti, e sendo atualmente um importante problema de saúde pública em todo o mundo. Segundo a Organização Mundial de Saúde, cerca de 50 a 100 milhões de pessoas se infectam anualmente em mais de 100 países de todos os continentes. A dengue apresenta-se em três formas clínicas principais; doença febril indiferenciada, febre clássica do dengue (DF) e dengue hemorrágico com ou sem choque (DHF/DSS). Recentemente, viu-se um dramático aumento do número de casos de DHF/DSS nas Américas, e este aumento coincidiu com a introdução do dengue tipo 3, genótipo III. Neste trabalho, caracterizamos completamente o genoma de um vírus brasileiro de dengue tipo 3 (D3BR/RP1/2003) isolado de um paciente com dengue clássica. O genoma viral possui um tamanho de 10707 nucleotídeos e contém uma única região codificadora (posição 95 a 10264) flanqueada por duas regiões não codificadoras (RNC5, 1 a 94; RNC3, 10268 a 10707). A comparação do genoma viral com outros vírus isolados de pacientes com DF e DHF não mostrou diferenças significativas que sugerissem a presença de um fator genético associado à virulência. A analise filogenética baseada no genoma completo, mostra que a cepa D3BR/RP1/2003 pertence ao genótipo III e encontra-se proximamente relacionada a outro vírus isolado no Rio de Janeiro em 2002. Entretanto, quando essa análise filogenética é realizada com as regiões codificadoras das proteínas E e NS5 individualmente, a cepa D3BR/RP1/2003 encontra-se mais proximamente relacionada a um vírus isolado na Ilha de Martinica no Caribe. Este achado sugere que o isolado D3BR/RP1/2003 pode ter sido originado através de um evento de recombinação entre duas cepas virais distintas antes ou após sua introdução no Brasil. Dados sugestivos de recombinação foram observados também quando analisada a relação filogenética entre vírus isolados na Ásia. / Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (genus Flavivirus, family Flaviviridae), transmitted by the bite of arthropods of the Aedes genus, mainly Aedes aegypti, and being currently an important problem of public health worldwide. According to the World Health Organization, about 50 the 100 million people are infected annually in more than 100 countries of all continents. Dengue can be presented in three main clinical forms; undifferentiated febrile illness, classic dengue fever (DF) and hemorrhagic dengue fever with or without shock (DHF/DSS). Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have been seen, and this increase coincided with the introduction of the dengue type 3, genotype III. In this work, we have completely characterized the genome of a Brazilian dengue type 3 (D3BR/RP1/2003 strain) isolated from a DF patient. The viral genome possesses a size of 10707 nucleotides and has a unique open reading frame (position 95 to 10264), flanked by two untranslated regions (UTR5\', 1 to 94; UTR3\', 10268 to 10707). The comparison of the viral genome with other viruses isolated from patients with DF and DHF did not show significant differences to suggest the presence of a genetic factor associate with virulence. Phylogenetic analysis based on the complete genome showed that D3BR/RP1/2003 strain belongs to genotype III and is close related to another virus isolated in Rio de Janeiro in 2002. However, when the phylogenetic analysis was based on the individual coding regions of E and NS5 proteins, D3BR/RP1/2003 strain was closely related to a virus isolated in the Island of Martinique in the Caribbean. This finding suggests that D3BR/RP1/2003 strain could have been originated through an event of recombination between different virus strains before or after its introduction to Brazil. Data supporting recombination events between viruses isolated in Asia have also been observed.

Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-10-05T15:40:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-10-05T15:40:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-05T15:40:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇAO NATALIA MOYSES.pdf: 1041310 bytes, checksum: de2100786e43db8c2d408683c6cadf90 (MD5) Previous issue date: 2011 / Universidade Federal Fluminense. Centro de Ciências Médicas. Instituto Biomédico / O silenciamento do gene pINK4a por hipermetilação tem sido sugerido como cofactor importante envolvido na carcinogênese cervical. O objetivo deste estudo foi investigar o padrão de metilação do gene pINK4a no epitélio cervical e avaliar uma possível associação com a infecção pelos papilomavírus humanos (HPV) e o genótipo viral. Nesse estudo transversal retrospectivo foram analisados 141 esfregaços cervicais, classificados pelo Sistema Bethesda como normal (28), lesão intraepitelial de baixo grau (35), lesão intraepitelial de alto grau (49) e câncer invasivo (29). A detecção e genotipagem de HPV foram feitas pela técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR). A hipermetilação foi avaliada através de Nested-PCR metilação específica. Para analisar a associação entre presença de metilação e variáveis como: presença de HPV, genótipo viral, hábito de fumar e idade, foi feita análise multivariada por regressão logística. Mais de 60% dos casos apresentaram infecção por HPV e 44,6% apresentaram o gene pINK4a hipermetilado. Houve um aumento significativo da freqüência da metilação de acordo com o grau da lesão cervical (p<0,001). A análise multivariada mostrou associação entre a presença de HPV de alto risco e a metilação (p=0,01). Encontramos também correlação entre metilação e resultados da citologia classificados como lesão intraepitelial de alto grau (p=0.007) e câncer (p<0.0001). Nossos resultados indicam que a metilação do gene pINK4a pode contribuir para o surgimento de lesões pré-malignas e transformação neoplásica do epitélio cervical, juntamente com a infecção por HPV de alto risco / pINK4a gene silencing through hypermethylation have been suggested as a cofactor involved in cervical carcinogenesis. We aimed to investigate its methylation status in cervical epithelia and evaluate an association with HPV infection and genotype. This retrospective cross-sectional study was performed with 141 cervical exfoliated cell samples, classified through Bethesda System as Normal (28), low grade intraepithelial lesion (35), high grade intraepithelial lesion (49) and Invasive cancer (29). HPV detection and genotyping was performed through polymerase chain reaction (PCR). Hypermethylation was assessed with nested-methylation specific PCR. To evaluate an association between pINK4a methylation variables such as HPV infection, viral genotyping, tobacco exposure and age a multivariate analysis was performed. HPV positivity was detected in 62% of the samples and 44.6% showed pINK4a hypermethylation. An upward trend was observed according to lesion severity (p<0.001). Multivariate analysis showed an association between high-risk HPV infection and methylated pINK4a profile (p=0.01). We found a correlation between high grade intraepithelial lesion (p=0.007) and cancer (p<0.0001) cytology results and the presence of methylation. Our results point out that pINK4a methylation may contribute to the establishment of premalignant lesions and neoplastic transformation of cervical epithelium along with hr-HPV infection

Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Coorientador: Ney Lemke / Banca: Manuela Leal da Silva / Banca: Laurita dos Santos / Resumo: Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Abstract: Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Guilherme Targino Valente / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Danilo Pinhal / Resumo: Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / Abstract: B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome) / Mestre

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-11-23T12:14:00Z No. of bitstreams: 1 JessicaCarvalhoBergmannTeseparcial2013.pdf: 124515 bytes, checksum: 0d2877a5336a887b74ef27ed08081d9a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-23T12:14:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JessicaCarvalhoBergmannTeseparcial2013.pdf: 124515 bytes, checksum: 0d2877a5336a887b74ef27ed08081d9a (MD5) Previous issue date: 2013-10-07 / The necessity to be a self-suficient producer of fuels is stimulating research for alternative types of energy. Brazil, as well as other countries, is investing in this sector and in 2012 was the second largest biofuel producer in the world. Bioethanol production can double productivity with second generation technology in which bioethanol is produced from cellulose. Biodiesel production from oils using different feedstocks can also contribute for this independency in biofuels production, both locally and globally. This doctorate thesis is divided in two chapters, both attempting to make a contribution to the development of the biofuels sector in Brazil. The first chapter focuses on enzyme discovery for ethanol production from cellulose. The second chapter focuses on the characterization of the soil microbiota associated with oil palm plants with fatal yellowing, which has hindered the development of a biodiesel industry based on palm oil. The first chapter describes prospection for hydrolytic enzymes to be used for biomass deconstruction in second generation bioethanol production. Enzymes were screened from an Amazon soil large insert metagenomic library (30-50 kb). The library containing approximately 213,000 clones was functionally screened, and 15 clones with cellulolytic activity and 16 clones resistant to hydroquinone were identified. The sequences of these 31 clones and an additional 65 other random clones were obtained and analysed using the IMG/MER pipeline. In silico analysis identified several coding regions (CDS) that were amplified by PCR and cloned in expression vectors. The sequences for two beta-glucosidases enzymes, BGL17 and BGL18, were codon optimized before being expressed and purified. Characterization of both enzymes showed that the optimum temperature for BGL17 and BGL18 was 45oC and 40oC, respectively. The optimum pH for BGL17 and BGL18 was 6.0 and for 6.5, respectively. Half-life stability was approximately one hour for both enzymes. Regarding enzyme kinetics, BGL18 showed higher Vmax and Km (11 U/mg ?? 0.0011 and 0.36 mM ?? 0.01612) when compared to BGL17 (85 U/mg ?? 0.0028 and 0.30 mM ?? 0.017). Kcat was only calculated for BGL17 as 38.57 s-1 ?? 0.37 as the purification of BGL18 was not successfull. Chapter two aimed to study the soil bacterial diversity from oil palm trees affected by fatal yellowing disease (bud rot) in three different stages. The strategy used was pyrosequencing of the gene for the 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Oil palm is an oilcrop produced in the north region of Brazil with hight oil yield, which makes it a good candidate for biodiesel production. However, oil palm trees are being affected by fatal yellowing (FY) for more than 20 years, but to this date no etiological agent was identified. Observation was reported where healthy palm tree were planted in the same spot as previously sick tree, developed FY after a period of time, suggesting that the disease could be transmitted by some microorganism in the soil. In this work, the gene for 16S rRNA was amplified from DNA extracted from soil of diseased oil palm trees (stages 5 and 8) and from plants with no symptoms of the disease and sequenced. Pyrosequencing originated 839,694 sequences. After artifacts and chimeras were removed, 498,397 sequences distributed in 9 samples (3 for each disease stage) remained to be analyzed. Sequences were analyzed using the Qiime pipeline (Quantitative Insights in Microbial Ecology) and taxonomic classification of sequences was obtained based on the RDP (Ribossomal Database Project). The most abundant phyla in the samples were Acidobacteria, Proteobacteria, Planctomycetes, Firmicutes and Verrucomicrobia. Alpha and Beta diversity were calculated and taxonomic comparisons were performed by STAMP software. Results showed that the bacterial communtiy associated with soils of diseaded plants on stage 5 (DCA5) and stage 8 had a higher number of observed OTUs than stage 0, as determined by the Chao1 phylogenetic diversity index. Beta-diversity analysis showed that the different biological replicates of soil from diseased plants of the same stage are significantly different, as shown in PCoA (Principal Coordenate Analysis). Taxonomic comparison showed more rare phyla associated to stages 5 and 8 of the disease. This work is the first to study the bacterial microbiota associated with soils of oil palm plants with and without symptoms of fatal yellowing with next generation sequencing. / A necessidade de produzir combust??veis para que futuramente haja independ??ncia na produ????o de energia, vem impulsionando pesquisas no setor de energias alternativas. O Brasil, assim como outros pa??ses emergentes, tem investido e ganhado espa??o neste cen??rio, sendo hoje o segundo maior produtor mundial de biocombust??veis. A produ????o de bioetanol, apesar de j?? bem estabelecida no pa??s, poder?? dobrar com a tecnologia de produ????o de etanol de segunda gera????o (a partir da biomassa). Al??m disso, com a produ????o de biodiesel a partir do ??leo de diferentes culturas oleaginosas poder?? contribuir para esta independ??ncia na produ????o de biocombust??veis localmente e globalmente. Esta tese est?? dividida em dois cap??tulos, ambos tratando como produto final a produ????o de biocombust??veis. O cap??tulo um teve como objetivo a prospec????o de enzimas hidrol??ticas para serem utilizadas durante o processo de hidr??lise enzim??tica e clones resistentes a produtos secund??rios formados durante o processo de pr??-tratamento na produ????o de etanol de segunda gera????o. Construiu-se uma biblioteca metagen??mica de grandes insertos (30-50 kb) em fosm??deo a partir de DNA da comunidade microbiana do solo amaz??nico. A biblioteca contendo aproximadamente 213.000 clones foi triada funcionalmente, identificando 15 clones com atividade celulol??tica e 16 clones resistentes ?? hidroquinona (produto t??xico a leveduras produzido durante o pr??tratamento). Estes 31 clones com atividade na triagem funcional, somados a outros 65 clones selecionados aleatoriamente, foram sequ??nciados e suas sequ??ncias depositadas no pipeline IMG/MER (JGI) onde foram anotadas. A an??lise computacional dos clones com atividades enzim??ticas permitiu a identifica????o de diferentes regi??es codificantes (CDs) que foram amplificadas por PCR e clonadas em vetores de express??o. Conseguiu-se a express??o de duas enzimas beta-glicosidases (BGL17 e BGL18) que tiveram suas sequ??ncias otimizadas antes de serem purificadas. A caracteriza????o destas enzimas mostrou que a BGL17 e BGL18 possuem uma temperatura ??tima de 45oC e 40oC, respectivamente, e um pH ??timo de 6 e 6,5, respectivamente, com estabilidade m??dia nestas condi????es em torno de uma hora. A BGL17 possui um valor de Vmax e Km de 85 U/mg e 0,30 mM ?? 0.017 enquanto a BGL18 possui os valores de Vmax e Km de 11,01 U/mg e 0,36 mM ?? 0,01612. O cap??tulo dois visou o estudo da microbiota de solo de dendezeiros acometidos pelo amarelecimento fatal (AF) em diferentes est??gios da doen??a utilizando como estrat??gia o pirosequenciamento do gene para 16S rRNA. A planta do dend?? ?? uma oleaginosa produzida principalmente no norte do Brasil e possui um alto rendimento de ??leo o que a torna uma boa candidata a produ????o de biodiesel. Por??m, o dendezeiros t??m sido acometidos pelo AF, sendo seu agente etiol??gico procurado h?? mais de 20 anos sem resultados conclusivos. Plantas sadias que foram replantadas no mesmo lugar de plantas doentes desenvolveram a doen??a, criando-se a hip??tese da transmiss??o do AF ocorrer pelo solo. Neste trabalho, realizou-se o pirosequenciamento do gene para 16S rRNA amplificado da comunidade bacteriana de uma amostra de solo da base de dendezeiros acometidos por AF em dois est??gios da doen??a (est??gio 5 e est??gio 8) e aparentemente sem doen??a (est??gio 0). O sequenciamento gerou 839.694 sequ??ncias que depois de retirados os artefatos totalizaram 498.397 sequ??ncias distribu??das em 9 pontos (3 para cada est??gio da doen??a). As sequ??ncias foram analisadas utilizando-se o programa Qiime (Quantitative Insights in Microbial Ecology) e sua classifica????o taxon??mica atribu??da de acordo com o RDP-II (Ribossomal Database Project). Os filos mais abundantes encontrados foram Acidobacteria, Proteobacteria, Planctomycetes, Firmicutes e Verrucomicrobia. An??lises de alfa e beta diversidade foram realizadas e compara????es taxon??micas foram feitas utilizando o programa STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles). Os resultados mostraram que os pontos DCA5 (dendezeiros com AF no est??gio 5 da doen??a) apresentam maior quantidade de OTUs observadas em rela????o a diversidade filogen??tica e ??ndice de Chao1. As an??lises de beta-diversidade mostraram que os agrupamentos entre os pontos por sintomas da doen??a s??o significativamente diferentes. Compara????es taxon??micas mostraram uma maior presen??a de filos raros nos est??gios 5 e 8. Este trabalho foi o primeiro realizado tentando elucidar o causador do AF utilizando sequenciamento de ??ltima gera????o. Estes resultados ir??o contribuir para futuros estudos do Amarelecimento Fatal.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-12-09T13:47:20Z No. of bitstreams: 1 RayaneNogueiradosSantosDissertacao2015.pdf: 555926 bytes, checksum: f0d1ecfbcace9fe6c92b10a14d0327c5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-09T13:47:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RayaneNogueiradosSantosDissertacao2015.pdf: 555926 bytes, checksum: f0d1ecfbcace9fe6c92b10a14d0327c5 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / Acute gastroenteritis, especially in developing countries, is a major cause of mortality and morbidity, which affects people of all social classes. The knowledge of etiological agent assists the choice of a treatment strategy, but also directs epidemiological studies for control measures and disease prevention, as the development of vaccines and diagnostic tests. Metagenomic approaches enable the detection of viral sequences to determine the virus population present in the stool. The objective of this study was to evaluate the viroma of human feces in 4 distinct groups, consisting of diarrheal stool samples from children, diarrheal from adults, no diarrhea from adults and immunocompromised, identifying likely pathogens involved in cases of gastroenteritis. The viral metagenomic execution method consists of the semi-purification, extraction of RNA and DNA, amplification of RNA and DNA, library construction, sequencing and analysis of the data by bioinformatics. In the analysis of the first group were detecting bacteriophages, astrovirus and torque teno virus; in the second group were identified, among others, bacteriophages, adenoviruses and torque teno virus; the third group of viruses Circoviridae family and bacteriophages; in the fourth group adenovirus, torque teno virus, gyrovirus and human papillomavirus. These results emphasize what has been identified in the literature and provides evidence that viral metagenomics has facilitated advances in the field of virology, for being a sensitive technique for the detection of viruses which can not be identified by traditional culture.Acute gastroenteritis, especially in developing countries, is a major cause of mortality and morbidity, which affects people of all social classes. The knowledge of etiological agent assists the choice of a treatment strategy, but also directs epidemiological studies for control measures and disease prevention, as the development of vaccines and diagnostic tests. Metagenomic approaches enable the detection of viral sequences to determine the virus population present in the stool. The objective of this study was to evaluate the viroma of human feces in 4 distinct groups, consisting of diarrheal stool samples from children, diarrheal from adults, no diarrhea from adults and immunocompromised, identifying likely pathogens involved in cases of gastroenteritis. The viral metagenomic execution method consists of the semi-purification, extraction of RNA and DNA, amplification of RNA and DNA, library construction, sequencing and analysis of the data by bioinformatics. In the analysis of the first group were detecting bacteriophages, astrovirus and torque teno virus; in the second group were identified, among others, bacteriophages, adenoviruses and torque teno virus; the third group of viruses Circoviridae family and bacteriophages; in the fourth group adenovirus, torque teno virus, gyrovirus and human papillomavirus. These results emphasize what has been identified in the literature and provides evidence that viral metagenomics has facilitated advances in the field of virology, for being a sensitive technique for the detection of viruses which can not be identified by traditional culture. / A gastroenterite aguda, especialmente em pa??ses em desenvolvimento, ?? uma importante causa de mortalidade e morbidade, que atinge pessoas de todas as classes sociais. O conhecimento do agente etiol??gico nestas infec????es auxilia a escolha da estrat??gia de tratamento, como tamb??m direciona estudos epidemiol??gicos para medidas de controle e preven????o de doen??a, como o desenvolvimento de vacinas e testes diagn??sticos. Abordagens metagen??micas possibilitam a detec????o de sequ??ncias virais, para determinar a popula????o viral presente nas fezes. Assim, o objetivo desse trabalho foi avaliar o viroma de fezes humanas em 4 grupos distintos, sendo composto por amostras fecais diarreicas de crian??as, diarreicas de adultos, n??o diarreicas de adultos e de imunocomprometidos, identificando prov??veis pat??genos envolvidos nos quadros de gastroenterite. O m??todo de execu????o da metagen??mica viral consistiu na semi-purifica????o, extra????o de RNA e DNA, amplifica????o do RNA e DNA, constru????o da biblioteca, sequenciamento e an??lises dos dados por bioinform??tica. Na an??lise do primeiro grupo houve detec????o de bacteri??fagos, astrov??rus e torque teno v??rus; no segundo grupo foram identificados, entre outros, bacteri??fagos, adenov??rus e torque teno v??rus; no terceiro grupo v??rus da fam??lia Circoviridae e de bacteri??fagos; no quarto grupo adenov??rus, torque teno v??rus, gyrovirus e papilomav??rus humano. Esses resultados enfatizam o que tem se identificado na literatura e fornece evid??ncia de que a metagen??mica viral tem facilitado os avan??os no campo da virologia, sendo esta, uma t??cnica sens??vel para a detec????o de v??rus que n??o podem ser identificados por cultura tradicional.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-12-19T17:56:31Z No. of bitstreams: 1 SuzanaMeiraRibeiroTese2014.pdf: 4980549 bytes, checksum: df9c1eaadc1ba65bf7c17235d91dc3d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T17:56:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SuzanaMeiraRibeiroTese2014.pdf: 4980549 bytes, checksum: df9c1eaadc1ba65bf7c17235d91dc3d7 (MD5) Previous issue date: 2014-05-19 / Multi-drug resistant Klebsiella pneumoniae that produce the enzyme K. pneumoniae carbapenemase (KPC) are becoming a common cause of infections in health care centers. Furthermore, Klebsiella can develop multicellular biofilms, which lead to elevated adaptive antibiotic resistance. Here, it was described the antimicrobial and anti-biofilm activities of synthetic cationic peptides against K. pneumoniae strains susceptible and carbapenens resistant through in vitro and in vivo assays. By using static microplate assays, it was observed that the concentration of the peptides IDR-1018, DJK-5 and DJK-6 required to prevent biofilm formation by these clinical isolates was below the minimum inhibitory concentration (MIC) of these peptides. Flow cell experiments confirmed the anti-biofilm activity of the peptides against 2 day-old biofilms of different KPC producing isolates and, in some cases, the peptides induced biofilm cell death. Combinations of DJK-6 together with ??-lactam antibiotics, including the carbapenem meropenem, also prevented planktonic growth and biofilm formation of KPC producing strain 1825971. Interestingly, the peptide DJK-6 was able to enhance, by at least 16-fold, the ability of meropenem to eradicate pre-formed biofilms formed by this strain. Although, this combination between meropenem, DJK-6 was effective in vitro, any reduction of bacterial load was observed in murine lung model of infection. Similarly, the peptides HHC-10, IDR-1018 e IDR-1002 was effective in vitro, but ineffective in vivo. The results in vivo, using the peptides HHC-10 and IDR-1018 after infection were contrasting (significant reduction or non-reduction of bacterial load) between two models of lung infection. Others approaches using the peptides IDR-1018 prophylactically or the peptide IDR-1002 (effective in inhibit bacterial growth) before the induction of the infection, as a preventive approach or IDR-1002 (peptide that reduced the bacterial counts in vitro) after infection, also was unable to reduce the bacterial load in lungs of mice. Despite ineffective in acute model of lung infection, the use of cationic peptides, such DJK-6, to potentiate the activity of ??-lactams including meropenem, represents a promising strategy to prevent biofilm formation or eliminate existent biofilms both in medical devices and in body surfaces. / Klebsiella pneumoniae resistente a m??ltiplos antibi??ticos, que produzem a enzima K. pneumoniae carbapenemase (KPC), est??o se tornando uma causa comum de infec????es em centros de cuidado a sa??de. Al??m disso, K. pneumoniae pode desenvolver biofilmes multicelulares, que levam o aumento da resist??ncia adaptativa a antibi??ticos. Aqui foi descrito a atividade antimicrobiana e antibiofilme de pept??deos cati??nicos sint??ticos contra isolados de K. pneumoniae suscept??vel e resistente a carbapenens em ensaios in vitro e in vivo. Usando ensaios de microplaca est??tico, foi observado que a concentra????o dos pept??deos IDR-1018, DJK-5 e DJK-6, requerida para prevenir a forma????o de biofilmes de isolados resistentes foi abaixo da concentra????o inibit??ria m??nima (CIM) desses pept??deos. Experimentos de fluxo de c??lula confirmaram a atividade antibiofilme dos pept??deos contra biofilmes pr??-formados de diferentes isolados de K. pneumoniae produtores de KPC e, em alguns casos, os pept??deos induziram morte celular. Combina????es de DJK-6 e antibi??ticos ??-lact??micos, incluindo o carbapenem meropenem, tamb??m preveniram o crescimento planct??nico e a forma????o de biofilmes do isolado produtor de KPC 1825971. Interessantemente, o pept??deo DJK-6 foi capaz de aumentar, em pelo menos 16 vezes, a habilidade de meropenem erradicar biofilmes pr??-formados desse isolado. Embora, essa combina????o tenha sido efetiva in vitro, nenhuma redu????o da carga bacteriana foi observada em modelo murino de infec????o pulmonar por K. pneumoniae. Os resultados dos pept??deos HHC-10 e IDR-1018 (os quais inibiram o crescimento bacteriano in vitro a concentra????o que apresentou baixa citotoxicidade) foram contrastantes entre os dois modelos de infec????o pulmonar (significando redu????o ou n??o redu????o da carga bacteriana). Outras abordagens utilizando os pept??deos IDR-1018 profilaticamente ou o pept??deo IDR-1002 (efetivo em inibir o crescimento bacteriano in vitro) ap??s a infec????o, tamb??m foram incapazes de reduzir a carga bacteriana em pulm??es de camundongos. Apesar da inefetividade em modelo agudo de infec????o pulmonar, o uso de pept??deos cati??nicos, tal como DJK-6, para potencializar a atividade de ??-lact??micos, incluindo meropenem, representa uma estrat??gia promissora para prevenir a forma????o de biofilmes ou eliminar biofilmes existentes tanto em equipamentos m??dicos quanto em superf??cies do corpo.