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Orientador: Maria Conceição da Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-08-07T09:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Osada_NeideMayumi_M.pdf: 2505778 bytes, checksum: 119023572e9d927091b211222a56aa5a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Os estudos de gênero e ciências apontam para a idéia de que a eqüidade de gênero deve ser discutida a partir das diferentes contribuições das mulheres na produção do conhecimento, levando-se em conta que isso é um processo de construção social. A presença eqüitativa de homens e mulheres nas ciências tem como objetivo torná-la mais acessível e inclusiva. Com isso, este trabalho pretende analisar as relações de gênero nas Ciências Biológicas, em especial no projeto genoma da Fapesp, de 1992 a 2005. As questões que nortearam essa pesquisa foram: quais foram as principais barreiras que as mulheres enfrentam ao longo das suas trajetória acadêmica? E quais foram as principais contribuições das mulheres no Projeto Genoma da Fapesp? A pesquisa construiu um banco de dados quantitativo com mais de 8.000 itens sobre a participação das mulheres na Biologia e na obtenção de recursos financeiros para pesquisa junto à Fapesp, além disso, realizou entrevistas, semiestruturadas, com pesquisadores envolvidos no Projeto Genoma da Xylella, da Xanthomonas e da Cana-de-açúcar. Os resultados apontam para importantes contribuições femininas, evidenciam as principais barreiras que elas enfrentam ao longo da construção de suas carreiras profissionais e sinalizam para a reprodução da situação em que homens avançam mais rápido que as mulheres. O estudo indica ainda que instituições de pesquisa e fomento devem adotar mecanismos que preservem a mulher nas ciências, devem garantir o retorno das pesquisadoras após a licença-maternidade ao mundo da pesquisa e a estimular nos avanços da carreira. Por fim, é preciso, tanto na academia quanto nas instituições ligadas à pesquisa, rediscutir a idéia de que a ciência é racional, neutra e objetiva, respeitar as diferenças nas ciências entre homens e mulheres e repensar as ciências enquanto construções sociais / Abstract: Gender and science studies suggest that gender equality must be discussed from a variety of viewpoints on women contributions to knowledge production, considering that knowledge is a process of social construction of reality. The target of Women presence is to make science more accessible and inclusive. This dissertation analyzes women¿s participation in biological sciences, particularly in the Fapesp Genome Project, from 1992 to 2005. It also builds up a databank of more than 8000 data on women¿s participation in the Fapesp¿s projects on biological sciences, and on grants, scholarships and research financing. It also presents semi-structured interviews with researches working in the genome projects of the Xyllela, Xanthomonas e Sugar cane. The results of this dissertation point out some women¿s major contributions, highlight the barriers women face throughout their scientific and academic careers, and show how this field reproduces a situation in which men advance faster than women. Some recommendations are give here: academic and research-related institutions should adopt mechanisms to foster the presence of women in science, facilitate the return to research work of researchers after a maternity leave, and stimulate progress in their careers. Finally, it is necessary, for both academic and research-related institutions, to revise the idea that science is rational, neutral and objective, to take into account differences between male and female research careers, and to re-think sciences as social constructions / Mestrado / Mestre em Política Científica e Tecnológica

A função e a arquitetura dos genes está começando a ser elucidada a partir do estudo de genomas completos tanto de procariotos como de eucariotos. Diversos estudos foram ultimamente realizados a respeito de exon shuffling do ponto de vista evolutivo, fenômeno relacionado à origem de novos genes através de recombinações de DNA mediadas por introns. Apesar de eventos de exon shuffling serem responsáveis pelo aumento da modularidade gênica, outros processos foram desenvolvidos ao longo da evolução para que houvesse o aumento da diversidade do proteoma sem a conseqüente expansão dos genomas, sendo splicing alternativo um dos mais freqüentes. Apresentamos nesta dissertação duas extensivas análises: 1) a análise de uma base de dados de genes eucarióticos contendo pelo menos um intron que apresentou excesso de introns de fase 0 e exons simétricos, dados que suportam exon shuffling como um importante mecanismo de evolução gênica. Avaliamos também a confiabilidade de introns preditos por programas de computador através de alinhamento de ESTs; e 2) a análise do uso alternativo de exons (UAE), um tipo de splicing alternativo, em transcritos humanos detectando que cerca de 51% dos genes humanos possuem mais de uma variante de splicing e que este tipo de processamento pós-transcricional parece ser mais freqüentemente encontrado em tecidos tumorais. / Abstract not available.

Dados da Organização Mundial da Saúde (OMS) mostram que a raiva é um problema de saúde pública podendo acarretar sérios prejuízos ambientais e econômicos, a despeito da existência de vacinas eficazes de uso humano e veterinário. Segundo seu último informe, estima-se que no mundo em torno de 55.000 pessoas por ano morrem de raiva. O cão permanece como principal transmissor da raiva para o homem e também como principal vítima da doença. Nos países que conseguiram controlar a raiva em animais domésticos, o vírus se mantém circulante na natureza por meio dos animais silvestres, sendo os morcegos apontados como a segunda espécie transmissora da raiva a humanos. Os Lyssavirus têm sido detectados em morcegos, em diversos continentes, sendo identificados como transmissor em dez das onze espécies de Lyssavirus. Fósseis de morcego mostram sua presença há 50 milhões de anos. Mas somente em 1911, Carini relacionou pela primeira vez a raiva aos morcegos, levantando a hipótese destes serem os transmissores da doença a outros animais. Há registros de que o vírus da raiva foi isolado em pelo menos 41 das 167 espécies de morcegos brasileiras, sendo que a maioria dessas espécies está relacionada a atividades humanas com a presença destes animais próximos ao local de trabalho e moradia das pessoas. Os morcegos hematófagos Desmodus rotundus são encontrados do norte do México até a costa norte do Chile, região central da Argentina e costa do Uruguai e com exceção do Chile. Esta espécie de morcego tem sido apontada como reservatório natural do vírus da raiva nesta região. Alguns pesquisadores observaram que a raiva em morcegos não hematófagos precede a raiva bovina e em animais de estimação, sugerindo que os morcegos não hematófagos podem ser o elo entre a raiva silvestre e a raiva urbana e o fato de se detectar a variante mantida por morcegos hematófagos Desmodus rotundus em cães e gatos mostra que o papel deste morcego no ciclo da raiva não está limitado à raiva silvestre. As características dos Lyssavirus adaptados a morcegos têm mostrado diferenças quando comparadas à raiva relacionada aos carnívoros, confirmando a necessidade do desenvolvimento de metodologias que permitam estudos complementares mais precisos a respeito da biologia e epidemiologia da raiva em quirópteros. A escassez de dados na literatura, até o momento, a respeito do genoma completo da variante do vírus da raiva mantida por populações de morcegos hematófagos Desmodus rotundus, deixa uma lacuna no entendimento da epidemiologia molecular deste vírus. A importância epidemiológica desta espécie na transmissão da raiva é inquestionável. Neste estudo foi sequenciado e analisado, o genoma da variante do vírus da raiva mantido por populações de morcego hematófago Desmodus rotundus isolado de um morcego hematófago Desmodus rotundus. A amostra, procedente de área endêmica no Estado de São Paulo, foi filogeneticamente comparada com o genoma da amostra padrão para a espécie viral 1 - Rabies virus e outras amostras pertencentes ao ciclo aéreo ou terrestre de transmissão, disponíveis no GenBank, identificando possíveis padrões de diferenciação, próprios do ciclo aéreo, e em alguns casos relacionados somente à variante estudada. / Data from the World Health Organization (WHO) show that rabies is a public health problem which can cause serious environmental and economic damage, despite the existence of effective vaccines for human and veterinary use. According to WHO latest report, estimated that worldwide around 55,000 people per year died of rabies. The dog remains the main transmitter of rabies to humans as well as the main victim of the disease. In countries that were successful in controlling rabies in domestic animals, the virus is still circulating in nature by wild animals and the bats are seen as the second species transmitting rabies to humans. The Lyssavirus have been detected in bats in several continents and is identified as a transmitter in ten of eleven species of Lyssavirus. Bat fossils show their presence for 50 million years. But only in 1911, in the first time Carini related to rabies at bats, raising the possibility of these being the transmitters of the disease to other animals. Reports show that the Rabies virus was isolated in at least 41 of the 167 species of bats in Brazil, with the majority of these species is related to human activities with the animals living near the local job and houses of people. The vampire bat Desmodus rotundus is found from northern Mexico to northern Chile coast, central coast of Argentina and Uruguay and with the exception of Chile. This bat species has been identified as a natural reservoir of the Rabies virus in this region. Some researchers observed that rabies into non-hematophagous bats precedes the bovine rabies and in pets, suggesting that the non-hematophagous bats may be the link between wildlife rabies and urban rabies and the fact that detect the variant maintained by vampire bats Desmodus rotundus in dogs and cats shows that the role of bat rabies in the cycle is not limited to wildlife rabies. The characteristics of Lyssavirus bat adapted have been shown differences when compared to rabies related to the carnivores, confirming the need to develop methods that enable more accurate follow-up studies about the biology and epidemiology of rabies in bats. The paucity of data in the literature to date about the complete genome of the Rabies virus variant maintained by populations of vampire bats Desmodus rotundus leaves a gap in understanding the molecular epidemiology of this virus and the epidemiological importance of this species in the transmission of Rabies virus is unquestionable. In this study we sequenced and analyzed the genome of the Rabies virus variant maintained by populations of bat Desmodus rotundus isolated from a bat Desmodus rotundus. The sample, coming from an endemic area in São Paulo, was phylogenetically compared with the genome of the standard sample for spcies 1 - Rabies virus and other samples belonging to the Terrestrial and Aerial cycles of transmission, available in GenBank, to identify possible patterns of differentiating themselves Aerial cycle and in some cases linked only to variant studied.

Os vírus Influenza A infectam um largo espectro de hospedeiros e causam epidemias anuais. São vírus com alta variabilidade genética e RNA segmentado, que podem sofrer rearranjos entre os genes de diferentes vírus. Em 2006, foram analisadas 521 amostras de crianças menores de 5 anos atendidas no HU-USP e 25 foram positivas para Influenza A, sendo H3N2 o mais prevalente (68%). Cinco genes de 18 amostras foram seqüenciados e obtivemos 13 sequencias de HA, 12 da NP, 12 de NA, 14 da M e 10 da NS. Verificou-se a presença de várias mutações, especialmente na HA e NA, que favoreceram a substituição da cepa vacinal naquele ano. Todas as amostras H3N2 apresentaram sítios de resistências aos inibidores da M2. Diferentes linhagens circularam no mesmo ano, tanto de H1 como de H3, favorecendo rearranjos entre elas. Foram verificados, também rearranjos envolvendo os genes da HA e NP, indicando o complexo mecanismo de evolução desses vírus e enfatizando a necessidade de monitoramento da circulação e caracterização de seus genes. / Influenza A virus infects a wide range of hosts and cause annual outbreaks. RNA segmented virus has high genetic variability and may have rearrangements between the genes of different viruses. In 2006, 521 samples of children younger than 5 years were analyzed and 25 tested positive for Influenza A virus, of which the subtype H3N2 is the most prevalent (68%). Five genes of 18 samples were sequenced and 13 sequences of HA, 12 of NP, 14 of M and 10 of NS obtained were. The presence of this several mutations, especially in the HA and NA genes probably helped the replacement of the vaccine strain in that year. All H3N2 subtype samples showed points of resistance to M2 inhibitors. The phylogenetic analysis revealed the circulation of different lineages in the same year, for both H1 and H3, and the presence of two rearrangements involving the HA and NP genes. These results indicate the influence of rearrangements in the evolution of the virus and emphasize the need for monitoring of circulation and characterization of genes.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar uma nova família de retrotransposons Copia em cana-de-açúcar, e também compreender a diversidade de retrotransposons com LTR transcricionalmente ativos em cana, com base na análise filogenética de cDNAs provenientes do projeto SUCEST. Foi assim isolada uma nova família de retrotransposons de cana, denominada SURE (SUgarcane REtrotransposon). O genoma da cana apresentou grande colinearidade com os genomas de sorgo e arroz em segmentos contendo SURE. Foram também classificados filogeneticamente cDNAs e seqüências completas de retrotransposons com LTR de cana-de-açúcar. A maioria das linhagens evolutivas descritas apresenta ao menos um representante em cana. O grupo de retrotransposons com LTR mais representado no transcriptoma de cana foi reunido como um novo membro da superfamília Copia Garapa. Trata-se de um elemento com mais cópias e maior variabiliadade que SURE. Dessa forma, SURE e Garapa apresentam-se como duas linhagens de retrotransposons que apresentam padrões distintos de amplificação no genoma de cana. / The aim of this work was to characterize a sugarcane element belonging to a new Copia retrotransposon-family in sugarcane and also study the diversity of transcriptional active LTR-retrotransposons in sugarcane, based in a phylogenetic analysis of cDNAs from SUCEST. The new retrotransposon family identified in sugarcane was named SURE (Sugarcane REtrotransposon). BAC clones bearing one copy of SURE showed that sugarcane genome have a high sinteny with sorghum and rice genomes in coding regions. Other sugarcane sequences containing LTR-retroelements were characterized and compared to pre existent in the plant kingdom. Most of these lineages had at least one sugarcane element. The most representative group of these sequences was reunited as a new group of Copia superfamily in sugarcane and named Garapa. It comprises elements highly distributed in sugarcane chromosomes and with a higher variability when compared to SURE. Finally, SURE and Garapa represent two distinct lineages of Copia retrotransposons that had different amplification pattern in the sugarcane genome.

Main motive of this master thesis was the need of good bioinformatics tools for genome comparison and improvement of one of the existing tools - RepeatExplorer. This work offers an overview of transposable elements in DNA, existing tools for identification and analysis of repetitions in sequenced genomes, summary of currently used genome sequencing methods. This work describes shortcomings of RepeatExplorer tool with focus on comparative analysis of genomes. Two solutions to remove these problems were designed and implemented. The first solution is designed for comparing pairs of genomes. The principle of this solution is based on comparison of similarity of distribution of contigs coverages using Kolmogorov-Smirnov test, thanks to which we are able to determine different parts in the genomes.The second solution, which is used to compare multiple genomes, is based on the method of mapping reads from compared genomes to the reference genome contigs and provides contigs coverage graphs, by which we are able to determine the variability of the repeats.Their functionality was verified on real NGS data of organism Silene latifolia.

Insects form close partnerships, or symbioses, with bacteria. These partnerships allow the insects to use resources that would be unavailable to them otherwise. Certain insects, hemipterans, are able to feed on nutrient-poor plant-sap because these bacteria supplement their diets. While this association is beneficial for both the insect and bacteria, it also comes with consequences: the genomes of bacterial symbionts typically undergo extreme degradation, becoming small and lacking many genes necessary for typical bacterial functioning. In the Hemiptera, aphids, mealybugs, cicadas, true bugs,and their relatives, these bacterial partnerships tend to be stable over millions of years. However, adelgids (Aphidoidea: Adelgidae) are highly unusual in that their symbiotic bacteria have been frequently replaced. These replacements offer a unique opportunity to explore the effects of symbiont role and age on symbiont genome degradation. My dissertation uses the pattern of adelgid symbiont gains and losses to understand the process of symbiont replacements and co-symbiont gain. I accomplished this by sequencing and annotating the genomes of adelgid symbionts from across the family, first focusing on the symbionts from a pest species, then expanding to representatives from across the family, and finally conducting an in-depth exploration of how the genomes of a symbiont found in two branches of the adelgids varies between species. Through this work I demonstrate that adelgid symbionts are nutritional providers, they have a unique pattern for distributing the work of providing nutrients between the symbiont pairs, and that a symbiont’s precedence, whether it was there first or whether it joined another symbiont, has an impact on genome degradation.

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The brain is incredibly complex, with billions of diverse cells performing a variety of necessary functions. It is fascinating then, that a small group of progenitor cells are capable of generating all of the neural cell types. During development, robust and stable expression of identity factors is necessary for diverse cell fate determination, but progenitor cells must also be flexible to quickly change expression programs in response to developmental cues. The metazoan genome is non-randomly organized, and this organization is thought to underlie cell type specific gene expression programs. However, the process by which genome organization is stabilized, and then reorganized, is not well-understood. A Drosophila neuroblast nuclear factor, Distal antenna (Dan), was previously identified as a key regulator of this process. Downregulation of Dan is necessary for a developmentally-timed genome reorganization in neural progenitors that terminates their competence to specify early-born cell types. Maintaining Dan expression prevents genome reorganization, extending the early competence window, and implicating Dan in the stabilization of the early competence state. The mechanisms through which Dan functions to stabilize the genome architecture is not known. In this work, we take advantage of the Drosophila embryonic ventral nerve cord model system to study Dan and its role in regulating neuroblast competence. We find that Dan, a DNA- binding protein that localizes throughout the nucleus in distinct puncta, coalesces into large, liquid condensates that relocalize to the nuclear periphery when DNA-binding is inhibited. The size of the droplets increases as impairment to the DNA-binding domain increases, suggesting that Da normally exists in a competitive tug-of-war between genome binding and protein condensation at the nuclear periphery. We further find that while Dan is a highly intrinsically disordered protein, formation of the large droplets requires a LARKS domain – a glycine-rich, structural motif that forms kinked beta-sheets associated with labile interactions that underlie phase-separation. In embryos, Dan’s ability to maintain neural progenitor early competence requires both its Pipsqueak motif DNA-binding domain and phase separation properties. Finally, we find that Dan interacts with proteins of the nuclear pore complex. In particular, we find that Elys, a core scaffold protein which has been shown to bind DNA and regulate nuclear architecture, is required for termination of the early competence window. Together, we propose a mechanism by which a single protein can exert opposing forces between DNA binding and self- association to organize progenitor genome architecture and regulate neuronal diversification.