Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T16:49:05Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 261545 bytes, checksum: 72bc1c608aee4b9a8c1d9816ac32b315 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T16:49:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 261545 bytes, checksum: 72bc1c608aee4b9a8c1d9816ac32b315 (MD5) Previous issue date: 2003-02-06 / Este trabalho foi realizado na Estação Experimental Santo Domingo do Instituto Nacional Autônomo de Investigaciones Agropecuárias – INIAP, para a avaliação de cinco famílias de irmãos completos, procedentes do cruzamento Dura x Dura e de uma testemunha, o híbrido Tenera (Dura x Pisifera). O ensaio foi delineado em blocos ao acaso, com doze plantas por parcela e cinco repetições. Avaliaram-se o número de cachos e a produção de frutos em cinco anos, de 1992 a 1996. Foram realizadas análises biométricas com a finalidade de contribuir, orientar e adotar melhores estratégias de seleção para o programa de melhoramento de dendê e para identificar genótipos superiores com o propósito de proporcionar, ao agricultor, sementes de alta qualidade e de bom desempenho na produção. Foram objetivos específicos: a) estimar parâmetros genéticos e comparar seu desempenho com base nos dados originais e corrigidos pela análise de covariância em anos individuais e em suas combinações; b) estimar as correlações fenotípica, genotípica e ambiental, além do coeficiente de repetibilidade e da estabilização genotípica; c) comparar a eficiência da seleção entre e dentro de progênies e combinada, com base nos dados originais e transformados para a estatística P i , de LIN e BINNS (1988). De modo geral, as famílias foram superiores à testemunha e apresentaram variabilidade nas análises individuais e nas combinações de anos, tanto com relação aos dados originais quanto aos corrigidos. Entretanto, com os dados corrigidos, os valores do índice de variação ( θ ) foram, em geral, comparativamente mais altos (superiores à unidade) que aqueles estimados com base nos dados originais, indicando maior eficiência da seleção com os dados corrigidos. O coeficiente de variação ambiental nos dados corrigidos foi menor em relação ao dos dados originais e menor ainda nas combinações de anos, evidenciando que o agrupamento das colheitas pode reduzir os efeitos da bienalidade da produção. Quanto ao número de cachos, a família 2 foi a que mais sobressaiu, e quanto à produção foram as famílias 3, 5 e 1. De maneira geral, observou-se que a correlação genotípica entre número de cachos e produção apresentou sinal diferente em relação à correlação ambiental (de sinal positivo), evidenciando que as causas genéticas e ambientais influenciam o número de cachos e a produção por meio de diferentes mecanismos fisiológicos. O número mínimo de medições necessárias para acessar o valor genotípico das progênies foi de quatro avaliações, indicado pelo método dos componentes principais. Quanto ao número de cachos, tanto a seleção direta quanto a indireta, baseada em P i , identificaram as mesmas famílias (2 e 5), obtendo, portanto, os mesmos ganhos (9,39%). Já a seleção dentro da parcela proporcionou ganhos de 5,82 e 5,76% para as seleções direta e indireta, respectivamente. Resultados similares foram verificados quando se considerou a produção, sendo as famílias 3 e 5 selecionadas, com ganhos preditos de 2,96% entre e de 1,46% dentro, com base na produção, e de 1,44% baseado em P i . O ganho de seleção total entre e dentro para o número de cachos foi de 15,21% e, para produção, de 4,42%. Na seleção combinada, o ganho obtido foi de 16,68% para número de cachos e de 4,92% para produção, resultando em maior eficiência, com valores que superaram a seleção entre e dentro em 10% para número de cachos e 11% para produção; no caso de P i (número de cachos), com base na seleção combinada, foi de 1% e para P i (produção), de 8%. / Biometric analyses were carried out as a contribution to the identification and introduction of best selection strategies for palm oil improvement programs and to help find superior genotypes which provide high quality seeds with high performance for farmers. Five complete sibling families brought forth by the crossing of Dura x Dura as well as a control, the hybrid Tenera (Dura x Pisifera), were evaluated at the Experimental Station Santo Domingo of the Instituto Nacional Autônomo de Investigaciones Agropecuárias – INIAP. The experiment was arranged in a completely randomized block design, with 12 plants per plot and five replications. Specific objectives were a) to estimate genetic parameters and to compare their performance based on original data and data corrected by the covariance analysis in individual years and their combinations; b) to estimate the phenotypic, genotypic and environmental correlation, besides the coefficient of repeatability and genotypic stabilization; c) to compare the inter and internal selection efficiency of progenies and combinations, based on the original data and the data transformed for the P i statistics of LIN and BINNS (1988). Generally speaking, families were superior to the control and presented variability in the individual analyses and the combinations of years, in relation to the original as well as the corrected data. However, the corrected data generally presented higher variation index values ( θ ) than the ones estimated based on the original data (higher than the unit), indicating a greater selection efficiency of the corrected data. The environment variation coefficient of the corrected data was lower compared to the original data, and lower still in the combination of years. This suggests that grouping the harvests could reduce the biennial effects in production. Families 3, 5, and 1 were outstanding in production, and family 2 in the number of bunches. In general, the genotypic correlation between the number of bunches and the production showed a different result in relation to the environmental correlation (with a positive sign), suggesting that genetic and environmental causes affect the number of bunches and the production through different physiological mechanisms. The minimum number of measurements for the genotypic progenies value was four, indicated by the method of main components. In relation to the number of bunches, the direct as well as the indirect selection based on P i identified the same families (2 and 5), which provided the same gains (9.39%). Selection within the plot, on the other hand, provided gains of 5.82 and 5.76% for the direct and indirect selections, respectively. Similar results were found for production: families 3 and 5 were selected, with a inter and internal gain prevision of 2.96% and 1.46%, respectively, based on production, and 1.44%, based on P i . The total inter and internal selection gain for the bunch number was 14.21%, and for production, 4.42%. In the combined selection, the gain obtained was 16.88% for the bunch number and 4.92% for production, providing higher efficiency which surpassed the inter and internal selection for bunch number and production by 10% and 11 %, respectively; in the case of P i (bunch number), based on combined selection, it was 1% and 8% for P i (production). / Dissertação importada do Alexandria

Orientador: Marcos Rogério André / Resumo: Micoplasmas hemotrópicos (hemoplasmas) são bactérias Gram-negativas que parasitam a superfície de eritrócitos de uma ampla variedade de mamíferos. Mycoplasma wenyonii e ‘Candidatus Mycoplasma haemobos’ são espécies de hemoplasmas relatadas em bovinos, podendo causar anemia hemolítica e redução na produção de carne e leite e, consequentemente, prejuízos econômicos. O presente estudo teve como objetivo investigar a ocorrência de hemoplasmas em bovinos de corte no Pantanal brasileiro, área endêmica para tripanossomíase bovina na América do Sul. Adicionalmente, objetivou-se caracterizar molecularmente os genótipos de hemoplasmas encontrados. Para tal, amostras de sangue e soro de 400 bovinos de corte foram colhidas em cinco propriedades do município de Corumbá, sub-região da Nhecolândia, estado de Mato Grosso do Sul, centro-oeste brasileiro. As amostras de sangue foram submetidas à extração de DNA e a ensaios de PCR convencional para hemoplasmas baseados no gene 16S rRNA. As sequências obtidas foram submetidas a inferências filogenéticas, análises de distância e de diversidade genotípica. O Ensaio Imunoenzimático Indireto (iELISA) mostrou a presença de anticorpos IgG anti-Trypanosoma vivax em 89,75% dos animais amostrados, confirmando a endemicidade para o referido agente na região sob estudo. Dentre as 400 amostras de sangue de bovinos testadas, 2,25% (9/400) mostraram-se positivas na cPCR para hemoplasmas. A análise filogenética das sequências obtidas confirmou a presença de DN... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hemotrophic mycoplasmas (haemoplasmas) are Gram-negative bacteria that parasitize the surface of erythrocytes of a wide variety of mammals. Mycoplasma wenyonii and 'Candidatus Mycoplasma haemobos' are hemoplasma species reported in cattle, which can cause hemolytic anemia and reduction in meat and milk production and, consequently, economic losses. The present study aimed to investigate the occurrence of haemoplasmas in beef cattle in the Brazilian Pantanal, an area endemic for bovine trypanosomiasis in South America. In addition, the work aimed to characterize molecularly the genotypes of haemoplasmas found. For this purpose, blood and serum samples of 400 beef cattle were collected from five properties in the municipality of Corumbá, sub-region of Nhecolândia, in the state of Mato Grosso do Sul, central-western Brazil. Blood samples were subjected to DNA extraction and cPCR assays for haemoplasmas based on 16S rRNA gene. The sequences obtained were submitted to phylogenetic inferences, distance analysis and genotype diversity. The Indirect Immunoenzymatic Assay (iELISA) showed the presence of anti-Trypanosoma vivax IgG antibodies in 89.75% of the animals sampled, confirming the endemicity for this agent in the studied region. Among the 400 bovine blood samples tested, 2.25% (9/400) were positive in cPCR for haemoplasmas. Phylogenetic analysis of the sequences obtained confirmed the presence of DNA 'C. M. haemobos' and M. wenyonii in 0.5% (2/400) and 1.75% (7/400) animals, r... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Os trabalhos existentes sobre protozoários pertencentes à família Sarcocystidae em morcegos são escassos e desatualizados. No Brasil, a ocorrência de Toxoplasma gondii é bem documentada nas espécies domésticas e no Homem, existindo relatos em diversos hospedeiros selvagens. Mundialmente, existe um grande interesse no conhecimento da variedade genética de T. gondii realizada por meio da Reação em Cadeia pela Polimerase Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de DNA gerados por Enzimas de Restrição (PCR-RFLP). No presente trabalho, objetivou-se pesquisar a frequência de ocorrência de anticorpos anti-T. gondii, isolar e caracterizar molecularmente T. gondii e investigar a presença de coccídios da família Sarcocystidae em morcegos de vida livre no estado de São Paulo. Um total de 1921 morcegos, provenientes de 15 municípios do estado de São Paulo, foi examinado durante o período de março de 2010 a março de 2011. Obteve-se 14,89% (28/188) de positividade para T. gondii na Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI ≥ 16) e 18,61% (35/188) no Teste de Aglutinação Modificado (MAT ≥ 25), com baixa concordância entre as técnicas utilizando o índice Kappa (K=0,046). De um total de 282 bioensaios em camundongos, foram obtidos dois isolados, sendo TgBatBr1 proveniente de Molossus molossus, insetívoro, macho e adulto, e TgBatBr2 proveniente de Desmodus rotundus, hematófago, macho e adulto, ambos causando 100% de mortalidade em camundongos. A genotipagem dos isolados e das amostras primárias de morcegos positivas para T. gondii foi feita por meio da PCR-RFLP com os marcadores SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, alt. SAG2, c22-8, c29-2, PK1, Apico, L358 e CS3, revelando os genótipos ToxoDB-RFLP #162 e #19, respectivamente, para os isolados TgBatBr1 e TgBatBr2. Para a investigação molecular dos sarcocistídeos foram utilizados primers que amplificam a região 18S do DNA ribossomal e as amostras positivas foram sequenciadas. A análise de sequências pôde ser realizada em 48 das amostras positivas para Sarcocystidae, encontrando-se 100% de identidade com T. gondii em quatro morcegos e também 100% de identidade com Neospora caninum, Hammondia hammondi, Cystoisospora ohioensis e Frenkelia glareoli em um morcego, respectivamente. Outras 39 amostras apresentaram identidade de 94-98% com outros sarcocistídeos e, provavelmente, devem ser novas espécies. Foi possível a genotipagem de amostras primárias positivas para T. gondii de um morcego insetívoro (Eumops glaucinus), correspondendo ao genótipo #69 e de outro morcego insetívoro (E. glaucinus), apresentando o genótipo #6, que corresponde ao Tipo BrI. Há uma necessidade de se investigar a importância dos morcegos como reservatórios de doenças infecciosas, podendo-se sugerir a inclusão do diagnóstico de T. gondii como diferencial para raiva. Ressalta-se também a importância do compartilhamento dos genótipos de T. gondii dos morcegos com hospedeiros terrestres e dos estudos sobre sarcocistídeos em morcegos, a fim de compreender melhor as relações parasita-hospedeiro. / The existing studies on protozoa belonging to the Sarcocystidae family are scarce and outdated in free-living bats. In Brazil, the occurrence of Toxoplasma gondii is well documented in domestic animals and humans, with reports in several wild hosts. Worldwide, there is a great interest in understanding the genetic variation of T. gondii using differen molecular tools as the Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). The present study aimed to research the frequency of occurrence of anti-T. gondii antibodies, to isolate and molecularly characterize T. gondii and to investigate the presence of coccidia from Sarcocystidae family in free-living bats from São Paulo state. A total of 1921 bats from 15 municipalities in São Paulo state were examined from March 2010 to March 2011. It was obtained 14.89% (28/188) of positivity for T. gondii by Indirect Immunofluorescence Assay (IFA ≥ 16) and 18.61% (35/188) by Modified Agglutination Test (MAT ≥ 25) with low agreement between techniques when using Kappa (K = 0.046). From a total of 282 bioassays in mice, two bat isolates were obtained, TgBatBr1 from Molossus molossus, an insectivorous, male, adult bat, and TgBatBr2 from Desmodus rotundus, a vampire, male, adult bat, both causing 100% of mouse mortality. Genotyping of isolates and T. gondii positive primary samples from bats were performed by PCR-RFLP using markers SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, alt. SAG2, c22-8, c29-2, PK1, Apico, L358 and CS3, revealing ToxoDB-RFLP genotypes #162 and #19, respectively, for isolates TgBatBr1 and TgBatBr2. Primers that amplify the 18S ribosomal DNA region were employed for molecular investigation of Sarcocystidae in primary samples and the positive samples were sequenced. Analysis of sequence could be accomplished for 48 Sarcocystidae positive samples. A 100% identity with T. gondii was found in four bats, and with Neospora caninum, Hammondia hammondi, Cystoisospora ohioensis and Frenkelia glareoli in a bat, respectively. Thirty-nine samples showed 94-98% identity with other Sarcocystidae and, probably, these are new species. Genotyping of positive primary samples for T. gondii was complete from one insectivorous bat (Eumops glaucinus), corresponding to genotype # 69 and from other insectivorous bat (E. glaucinus), showing genotype # 6, which corresponds to the Type BrI. It is necessary to investigate the importance of bats as reservoirs of infectious diseases, and it could be suggested the inclusion of the diagnosis of T. gondii as a differential to rabies. We also emphasize the importance of T. gondii genotypes from bats being shared with terrestrial hosts and of studies on Sarcocystidae in bats in order to better understand the host-parasite relationship.

Os trabalhos existentes sobre protozoários pertencentes à família Sarcocystidae em morcegos são escassos e desatualizados. No Brasil, a ocorrência de Toxoplasma gondii é bem documentada nas espécies domésticas e no Homem, existindo relatos em diversos hospedeiros selvagens. Mundialmente, existe um grande interesse no conhecimento da variedade genética de T. gondii realizada por meio da Reação em Cadeia pela Polimerase Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de DNA gerados por Enzimas de Restrição (PCR-RFLP). No presente trabalho, objetivou-se pesquisar a frequência de ocorrência de anticorpos anti-T. gondii, isolar e caracterizar molecularmente T. gondii e investigar a presença de coccídios da família Sarcocystidae em morcegos de vida livre no estado de São Paulo. Um total de 1921 morcegos, provenientes de 15 municípios do estado de São Paulo, foi examinado durante o período de março de 2010 a março de 2011. Obteve-se 14,89% (28/188) de positividade para T. gondii na Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI ≥ 16) e 18,61% (35/188) no Teste de Aglutinação Modificado (MAT ≥ 25), com baixa concordância entre as técnicas utilizando o índice Kappa (K=0,046). De um total de 282 bioensaios em camundongos, foram obtidos dois isolados, sendo TgBatBr1 proveniente de Molossus molossus, insetívoro, macho e adulto, e TgBatBr2 proveniente de Desmodus rotundus, hematófago, macho e adulto, ambos causando 100% de mortalidade em camundongos. A genotipagem dos isolados e das amostras primárias de morcegos positivas para T. gondii foi feita por meio da PCR-RFLP com os marcadores SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, alt. SAG2, c22-8, c29-2, PK1, Apico, L358 e CS3, revelando os genótipos ToxoDB-RFLP #162 e #19, respectivamente, para os isolados TgBatBr1 e TgBatBr2. Para a investigação molecular dos sarcocistídeos foram utilizados primers que amplificam a região 18S do DNA ribossomal e as amostras positivas foram sequenciadas. A análise de sequências pôde ser realizada em 48 das amostras positivas para Sarcocystidae, encontrando-se 100% de identidade com T. gondii em quatro morcegos e também 100% de identidade com Neospora caninum, Hammondia hammondi, Cystoisospora ohioensis e Frenkelia glareoli em um morcego, respectivamente. Outras 39 amostras apresentaram identidade de 94-98% com outros sarcocistídeos e, provavelmente, devem ser novas espécies. Foi possível a genotipagem de amostras primárias positivas para T. gondii de um morcego insetívoro (Eumops glaucinus), correspondendo ao genótipo #69 e de outro morcego insetívoro (E. glaucinus), apresentando o genótipo #6, que corresponde ao Tipo BrI. Há uma necessidade de se investigar a importância dos morcegos como reservatórios de doenças infecciosas, podendo-se sugerir a inclusão do diagnóstico de T. gondii como diferencial para raiva. Ressalta-se também a importância do compartilhamento dos genótipos de T. gondii dos morcegos com hospedeiros terrestres e dos estudos sobre sarcocistídeos em morcegos, a fim de compreender melhor as relações parasita-hospedeiro. / The existing studies on protozoa belonging to the Sarcocystidae family are scarce and outdated in free-living bats. In Brazil, the occurrence of Toxoplasma gondii is well documented in domestic animals and humans, with reports in several wild hosts. Worldwide, there is a great interest in understanding the genetic variation of T. gondii using differen molecular tools as the Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). The present study aimed to research the frequency of occurrence of anti-T. gondii antibodies, to isolate and molecularly characterize T. gondii and to investigate the presence of coccidia from Sarcocystidae family in free-living bats from São Paulo state. A total of 1921 bats from 15 municipalities in São Paulo state were examined from March 2010 to March 2011. It was obtained 14.89% (28/188) of positivity for T. gondii by Indirect Immunofluorescence Assay (IFA ≥ 16) and 18.61% (35/188) by Modified Agglutination Test (MAT ≥ 25) with low agreement between techniques when using Kappa (K = 0.046). From a total of 282 bioassays in mice, two bat isolates were obtained, TgBatBr1 from Molossus molossus, an insectivorous, male, adult bat, and TgBatBr2 from Desmodus rotundus, a vampire, male, adult bat, both causing 100% of mouse mortality. Genotyping of isolates and T. gondii positive primary samples from bats were performed by PCR-RFLP using markers SAG1, 5\'3\'SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, alt. SAG2, c22-8, c29-2, PK1, Apico, L358 and CS3, revealing ToxoDB-RFLP genotypes #162 and #19, respectively, for isolates TgBatBr1 and TgBatBr2. Primers that amplify the 18S ribosomal DNA region were employed for molecular investigation of Sarcocystidae in primary samples and the positive samples were sequenced. Analysis of sequence could be accomplished for 48 Sarcocystidae positive samples. A 100% identity with T. gondii was found in four bats, and with Neospora caninum, Hammondia hammondi, Cystoisospora ohioensis and Frenkelia glareoli in a bat, respectively. Thirty-nine samples showed 94-98% identity with other Sarcocystidae and, probably, these are new species. Genotyping of positive primary samples for T. gondii was complete from one insectivorous bat (Eumops glaucinus), corresponding to genotype # 69 and from other insectivorous bat (E. glaucinus), showing genotype # 6, which corresponds to the Type BrI. It is necessary to investigate the importance of bats as reservoirs of infectious diseases, and it could be suggested the inclusion of the diagnosis of T. gondii as a differential to rabies. We also emphasize the importance of T. gondii genotypes from bats being shared with terrestrial hosts and of studies on Sarcocystidae in bats in order to better understand the host-parasite relationship.

A seleção fenotípica é o método de seleção tradicional utilizado nos estágios iniciais de seleção na maioria dos programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar após o desenvolvimento de uma população segregante. A maioria das variedades comerciais utilizadas atualmente deriva deste método. Recentemente tem sido propostas estratégias de seleção baseada na avaliação de famílias em gerações precoces em diversos programas de melhoramento de cana-de-açúcar ao redor do mundo, como o objetivo de melhora a resposta à seleção, bem como reduzir o tempo e custo necessários para o desenvolvimento de novas variedades. No presente estudo foram avaliadas 110 famílias de cana-de-açúcar em um delineamento em blocos ao acaso com duas repetições, no ano agrícola de 2012/2013, na Estação Experimentas da empresa CanaVialis, localizada em Conchal, SP. As parcelas consistiram de um sulco de 50 m, contendo 96 plantas (\"seedlings\"). Os seguintes caracteres foram avaliados no estágio de cana planta: diâmetro do colmo (DIA), altura do colmo (ALT) número de colmos por touceira (NCP), número de colmos por touceira na parcela total (NCT); teor de sólidos solúveis (BRIX), teor de açúcar no laboratório (POL) toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de açúcar por hectare (TPH). Os resultados indicaram que a população tem grande variabilidade genética entre médias de famílias bem como dentro de famílias. Foram detectadas correlações genotípicas positivas entre TCH e os outros caracteres, bem como entre TPH e os outros caracteres. Com base nestes resultados discute-se uma estratégia de seleção com base na seleção para TPH aplicada nas médias de famílias, seguido da seleção fenotípica para ALT, DIA e NCP dentro das famílias selecionadas, priorizando NCP. / Phenotypic selection is the traditional method used in most of sugarcane breeding programs in early stages after the development of a segregante population. Most of commercial varieties grown currently were developed using this method. Recently, strategies of selection based on family evaluations at early stages have been proposed in sugarcane breeding programs of different research centers around the world, in order to improve the response to selection and to reduce the time and costs necessary to develop new varieties. In the present study 110 sugarcane families and two checks were evaluated using a randomized complete block design with two replications in the 2012/2013 growing season at CanaVialis Experimental Station located in Conchal, state of São Paulo. Plots consisted of a single row with 50 m long, containing 96 plants (seedlings). The following traits were evaluated at plant cane stage: stalk length (ALT), stalk diameter (DIA), stalk number per plant (NCP), soluble solids content (BRIX), average stalk number per plant in the plot (NCT), sugar content (POL), cane yield (TCH) and sugar yield (TPH). The results have shown that the population has enough genetic variability among family means as well as within families. Positive genotypic correlations were detected between TCH and the other traits as well as between TPH and the other traits. Based on these results, a scheme of selection was discussed based on the selection for TPH among family means followed by a phenotypic selection for ALT, DIA and NCP within the selected families, prioritizing NCP.

A seleção fenotípica é o método de seleção tradicional utilizado nos estágios iniciais de seleção na maioria dos programas de melhoramento genético de cana-de-açúcar após o desenvolvimento de uma população segregante. A maioria das variedades comerciais utilizadas atualmente deriva deste método. Recentemente tem sido propostas estratégias de seleção baseada na avaliação de famílias em gerações precoces em diversos programas de melhoramento de cana-de-açúcar ao redor do mundo, como o objetivo de melhora a resposta à seleção, bem como reduzir o tempo e custo necessários para o desenvolvimento de novas variedades. No presente estudo foram avaliadas 110 famílias de cana-de-açúcar em um delineamento em blocos ao acaso com duas repetições, no ano agrícola de 2012/2013, na Estação Experimentas da empresa CanaVialis, localizada em Conchal, SP. As parcelas consistiram de um sulco de 50 m, contendo 96 plantas (\"seedlings\"). Os seguintes caracteres foram avaliados no estágio de cana planta: diâmetro do colmo (DIA), altura do colmo (ALT) número de colmos por touceira (NCP), número de colmos por touceira na parcela total (NCT); teor de sólidos solúveis (BRIX), teor de açúcar no laboratório (POL) toneladas de cana por hectare (TCH) e toneladas de açúcar por hectare (TPH). Os resultados indicaram que a população tem grande variabilidade genética entre médias de famílias bem como dentro de famílias. Foram detectadas correlações genotípicas positivas entre TCH e os outros caracteres, bem como entre TPH e os outros caracteres. Com base nestes resultados discute-se uma estratégia de seleção com base na seleção para TPH aplicada nas médias de famílias, seguido da seleção fenotípica para ALT, DIA e NCP dentro das famílias selecionadas, priorizando NCP. / Phenotypic selection is the traditional method used in most of sugarcane breeding programs in early stages after the development of a segregante population. Most of commercial varieties grown currently were developed using this method. Recently, strategies of selection based on family evaluations at early stages have been proposed in sugarcane breeding programs of different research centers around the world, in order to improve the response to selection and to reduce the time and costs necessary to develop new varieties. In the present study 110 sugarcane families and two checks were evaluated using a randomized complete block design with two replications in the 2012/2013 growing season at CanaVialis Experimental Station located in Conchal, state of São Paulo. Plots consisted of a single row with 50 m long, containing 96 plants (seedlings). The following traits were evaluated at plant cane stage: stalk length (ALT), stalk diameter (DIA), stalk number per plant (NCP), soluble solids content (BRIX), average stalk number per plant in the plot (NCT), sugar content (POL), cane yield (TCH) and sugar yield (TPH). The results have shown that the population has enough genetic variability among family means as well as within families. Positive genotypic correlations were detected between TCH and the other traits as well as between TPH and the other traits. Based on these results, a scheme of selection was discussed based on the selection for TPH among family means followed by a phenotypic selection for ALT, DIA and NCP within the selected families, prioritizing NCP.

Cryptosporidium é um coccídeo que acomete peixes, répteis, anfíbios, aves e mamíferos. O papel dos animais na dinâmica de transmissão deste agente ao homem é pouco conhecido e a ocorrência na população animal é motivo de preocupação para a saúde pública, devido ao potencial zoonótico. O objetivo deste estudo foi obter informações de natureza epidemiológica pela caracterização genotípica de isolados de gatos, cães e bovinos do Estado de São Paulo e avaliar a diversidade nucleotídica das seqüências obtidas. Foi realizada a extração de DNA dos oocistos e a amplificação destes pela reação em cadeia da polimerase (Nested PCR) utilizando primers específicos para a amplificação de fragmentos do gene codificador da subunidade 18S do RNA ribossômico e posterior sequenciamento. Através do exame de fezes de 106 amostras de felinos, 119 de caninos e 123 de bovinos foi observada positividade em três (2,8%), 15 (12,6%) e 21 (17,1%), respectivamente. Nas amostras positivas de bovinos a análise morfológica revelou 16 (76,2%) como Cryptosporidium tipo parvum e cinco (23,8%) como Cryptosporidium andersoni. Para a análise genotípica amostras anteriormente obtidas, foram associadas, sendo analisadas sete amostras de gatos, nove de cães e nove de bovinos. Das sete amostras de gatos a análise genotípica revelou, em todas, Cryptosporidium felis, sendo estas as primeiras caracterizações genotípicas de isolados de felinos domésticos no Brasil. Nas nove amostras de cães seqüenciadas revelou-se identidade genotípica compatível com Cryptosporidium canis em todas as amostras, sugerindo que esta espécie está conservada no Estado de São Paulo. A análise genotípica das amostras de bovinos revelou Cryptosporidium parvum Eire I em duas amostras, Cryptosporidium parvum genótipo bovino em seis amostras e Cryptosporidium bovis em outra amostra sendo, esta última espécie, não zoonótica, e não relacionada a sintomas clínicos e sendo descrita pela primeira vez no Brasil. / Cryptosporidium is a coccidia which contaminates fish, reptiles, amphibians, birds and mammals. The animals role in the transmission dynamics of this protozoa to man is not well known and its occurrence in the animal population is a cause for concern to public health due to its zoonotic potential. The objective of this study was to obtain information of epidemiological nature by genotypic characterization of isolates from dogs, cats and bovine from the State of São Paulo and to evaluate nucleotidic diversity of the existing sequences. The extraction of DNA from oocysts was carried out and the amplification was made by the polymerase chain reaction (Nested PCR) using specific primers for the amplification of fragments from the code gene of subunit 18S of ribosomal RNA and post sequencing. Through a feces examination, in 106 cat samples, 119 dog samples and 123 bovine samples, positivity was observed in three (2.8%), 15 (12.6%) and 21 (17.1%), respectively. In the positive bovine samples the morphologic analysis revealed 16 (76.2%) as Cryptosporidium type parvum and five (23.8%) as Cryptosporidium andersoni. For the purpose of genotypic analyses, previously obtained samples, were associated, with analyses of seven cat samples, nine dog samples and nine bovine samples. From the seven cat samples the genotypic analyses, revealed Cryptosporidium felis in all. These were the first genotypic characterizations of Cryptosporidium from domestic felines in Brazil. In nine sequenced samples from dogs, genotypic identities compatible with Cryptosporidium canis, were revealed in all samples, suggesting that this species is conserved in State of São Paulo. The genotypic analysis in bovines revealed Cryptosporidium parvum Eire I in two samples, Cryptosporidium parvum bovine genotype in six samples and Cryptosporidium bovis in another sample, the last one being a non zoonotic species, not related to clinical symptoms and described for the first time in Brazil.

Introdução - Vibrio metschnikovii é um bacilo gram-negativo, potencialmente patogênico, amplamente distribuído e isolado de ecossistemas aquáticos e raramente de amostras clínicas de humanos. Na triagem laboratorial para espécies do gênero Vibrio, Vibrio metschnikovii é descartado por ser oxidase negativa, característica que o diferencia das demais espécies patogênicas. Em relação à pesquisa do perfil de suscetibilidade a antibióticos, esta é pouco realizada com isolados de origem ambiental. Objetivos - Isolar e identificar genotipicamente Vibrio metschnikovii de amostras ambientais e caracterizar seu perfil de suscetibilidade a antibióticos. Métodos - Um total de dez amostras foram obtidas de Março a Agosto de 2009, sendo uma de molusco (vôngole), três de peixe (pescada, sardinha e tainha) e seis de esgoto (três de esgoto bruto e três de esgoto tratado). O isolamento foi inicialmente realizado em meio seletivo para Vibrio (ágar TCBS) e a confirmação da espécie foi feita com iniciadores específicos através da PCR utilizando o DNA extraído pela técnica de choque térmico. O antibiograma foi realizado com base no documento M45-A CLSI 2006, seguindo a técnica de disco difusão, empregando quinze antibióticos. Foi realizada a pesquisa de genes de resistência a beta-lactâmicos e aminoglicosídeos. Resultados - De 123 isolados com características típicas para a espécie, 70 foram confirmados como Vibrio metschnikovii através da PCR, sendo 43 de amostras de molusco e peixes e 27 de esgoto. Um total de 66 isolados foi resistente a pelo menos um antibiótico, mas nenhum gene de resistência foi detectado. Conclusões - Os resultados indicam que Vibrio metschnikovii pode ser isolado de diferentes amostras de origem ambiental, demonstrando que esses microrganismos podem ter distribuição mais ampla que o descrito na literatura. A PCR foi uma ferramenta fundamental para superar a fragilidade da identificação da espécie segundo o método fenotípico. Além disso, a resistência observada mostra que Vibrio metschnikovii pode atuar como um reservatório de genes de resistência que podem ser facilmente transferidos entre microrganismos em um mesmo ambiente. O perfil de suscetibilidade a antibióticos pode ser utilizado como referência na caracterização clínica deste patógeno em potencial, auxiliando na conduta terapêutica em casos de ocorrência de doentes acometidos pelo microrganismo em questão / Introduction - Vibrio metschnikovii is a gram-negative bacillus, potentially pathogenic, widely distributed and isolated from aquatic ecosystems and rarely from human clinical samples. At laboratorial screening for the species of the Vibrio genus, Vibrio metschnikovii is discarded for being oxidase negative, characteristic that differentiates it from the others pathogenic species. With regard to the research of antibiotic susceptibility profile, this is seldom done with environmental isolates. Objectives - To isolate and genotypically identify Vibrio metschnikovii from environmental samples and characterize the antibiotic susceptibility profile. Method - A total of ten samples were obtained from March to August 2009, with one of them originated from mussel (vongole), tree of fish (whitefish, sardine and mullet) and six from sewage (three from raw sewage and three from treated sewage). The isolation was initially performed in a selective medium for Vibrio (TCBS agar) and the specie confirmation was done with specific primers through PCR using DNA extracted by the thermal shock technique. The antibiogram was performed according to the document M45-A from CLSI 2006, following the technique of disk diffusion, using fifteen antibiotics. The research for beta-lactams and aminoglycosides resistance genes was also performed. Results Seventy out of 123 isolates, with typical characteristics for the specie, were confirmed as Vibrio metschnikovii by PCR, with 43 originated from mussel and fish and 27 from sewage. A total of 66 isolates were resistant to at least one antibiotic, however no resistance gene was detected. Conclusions The results indicate that Vibrio metschnikovii can be isolated from different samples of ambient origin, demonstrating that these microorganisms can have wider distribution than the described in literature. The PCR was a fundamental tool to overcome the fragility of the specie identification according to the phenotypic method. Furthermore, the resistance found shows that Vibrio metschnikovii can act as a reservoir of resistance genes that can easily be transferred between microorganisms in the same environment. The antibiotic susceptibility profile can be used as reference at the clinical characterization of this potential pathogen, assisting therapeutic management in cases of patients affected by this microorganism

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:06:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andreia Santa Rita Machado.pdf: 2387947 bytes, checksum: d35cf07d159853de28eceb1bc4ec7852 (MD5) Previous issue date: 2013-12-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Salmonella sp. lives in the intestinal tract of many warm and cold blooded animals. Salmonella can cause mild gastroenteritis and severe invasive diseases. Those are responsible for 216 thousands deaths /year, and are most commonly linked with areas of low socioeconomic status and sanitation. The aim of this study was to describe the genotypic and phenotypic characteristics of Salmonella isolated from countryside and urban areas of Manaus / AM. Samples were collected from children 0-10 years old with and without diarrhea in the urban area and in the countryside samples were collected from stools of adults, children, animals, and the water. These strains were isolated in liquid sodium Tetrationado, then, sown on solid media selective for Salmonella, reproduced in predetermined conditions for Salmonella. Colonies were then selected with morphological characteristics for Salmonella and sown in biochemical tests for phenotypic characterization and identification. We performed the amplification and sequencing of 16S rRNA and analyzed genetic similarity using the Pulsed Field technique for genotypic characterization and identification of these strains. In total, 22 Salmonella samples were characterized, 3 of (13.6%) S. Paratyphi B, 3 of (13.6%) S. Javiana, 3 of (13.6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 of (13.6%) Salmonella enterica, 3 of (13.6%) Salmonella sp., 2 of (9%) S. Bareilly, 2 of (9%) S. Typhimurium, 1of (4.5%) S. Agona, 1 of (4.5%) S. Stanley and 1 of (4.5%) S. Enteritidis. Among the 22 isolates, 100% were sensitive to Ciprofloxacin, 10 (46%) were resistant to Nitrofurantoin and 8 (36, 3%) were resistant to Sulfametaxazol + trimethropim. These strains have the ability to cause infections. All of them presented virulence factors with invasion, adhesion and survival capacity into the cell. The genetic similarity analysis generated different profiles among clinical isolates and wild isolates. We must call attention to this type of research and continue focusing on improving the diagnosis and decreasing resistance to antibiotics and ultimately the creation of programs for control and prevention of that disease. / As salmonelas fazem parte da microbiota intestinal de muitos animais de sangue quente e frio. Podem causar gastroenterite leve ou até mesmo doenças invasivas graves, causadoras de 216 mil mortes/ano, e geralmente está associada a regiões de baixos níveis socioeconômicos e de saneamento básico. O objetivo deste estudo foi descrever as características genotípicas e fenotípicas de Salmonella isolada de área rural e urbana de Manaus/AM. Foram utilizadas amostras diarreicas coletadas de crianças de 0 a 10 anos de idade e amostras não diarreicas, coletadas de adultos, crianças, animais, além de amostras da água. Estas amostras foram isoladas em meio líquido Tetrationato de sódio, semeadas em meios sólidos seletivos para Salmonella. Em seguida foram selecionadas colônias com as características morfológicas para Salmonella e semeadas em provas bioquímicas para a caracterização fenotípica e identificação. Foi realizada a amplificação e o sequenciamento do gene 16S rRNA e análise da similaridade genética pela técnica de Pulsed Field para caracterização genotípica e identificação destas cepas. No total foram caracterizadas 22 salmonelas, sendo 3 (13,6%) S. Paratyphi B, 3 (13,6%) S. Javiana, 3 (13,6%) S. enterica subsp. arizonae, 3 (13,6%) Salmonella enterica, 3 (13,6%) Salmonella sp., 2 (9%) S. Bareilly, 2 (9%) S. Typhimurium, 1 (4,5%) S. Agona, 1 (4,5%) S. Stanley e 1 (4,5%) S. Enteritidis. Entre os 22 isolados, 100% foram sensíveis a ciprofloxacina e, 10 (46%) resistentes a Nitrofurantoína e 8 (36, 3%) a Sulfametaxazol + trimetropima. Estas cepas têm a capacidade para causar infecções invasivas, pois todas apresentaram fatores de virulência com capacidade de invasão, aderência e sobrevivência no interior da célula. A análise de similaridade genética formou perfis diferentes entre os isolados clínicos e isolados selvagens. Chama-se a atenção para realização contínua desse tipo de pesquisa, visando a melhoria no diagnóstico e diminuição da resistência aos antibióticos, além da criação de programas de controle e prevenção da doença.

Introdução - Vibrio metschnikovii é um bacilo gram-negativo, potencialmente patogênico, amplamente distribuído e isolado de ecossistemas aquáticos e raramente de amostras clínicas de humanos. Na triagem laboratorial para espécies do gênero Vibrio, Vibrio metschnikovii é descartado por ser oxidase negativa, característica que o diferencia das demais espécies patogênicas. Em relação à pesquisa do perfil de suscetibilidade a antibióticos, esta é pouco realizada com isolados de origem ambiental. Objetivos - Isolar e identificar genotipicamente Vibrio metschnikovii de amostras ambientais e caracterizar seu perfil de suscetibilidade a antibióticos. Métodos - Um total de dez amostras foram obtidas de Março a Agosto de 2009, sendo uma de molusco (vôngole), três de peixe (pescada, sardinha e tainha) e seis de esgoto (três de esgoto bruto e três de esgoto tratado). O isolamento foi inicialmente realizado em meio seletivo para Vibrio (ágar TCBS) e a confirmação da espécie foi feita com iniciadores específicos através da PCR utilizando o DNA extraído pela técnica de choque térmico. O antibiograma foi realizado com base no documento M45-A CLSI 2006, seguindo a técnica de disco difusão, empregando quinze antibióticos. Foi realizada a pesquisa de genes de resistência a beta-lactâmicos e aminoglicosídeos. Resultados - De 123 isolados com características típicas para a espécie, 70 foram confirmados como Vibrio metschnikovii através da PCR, sendo 43 de amostras de molusco e peixes e 27 de esgoto. Um total de 66 isolados foi resistente a pelo menos um antibiótico, mas nenhum gene de resistência foi detectado. Conclusões - Os resultados indicam que Vibrio metschnikovii pode ser isolado de diferentes amostras de origem ambiental, demonstrando que esses microrganismos podem ter distribuição mais ampla que o descrito na literatura. A PCR foi uma ferramenta fundamental para superar a fragilidade da identificação da espécie segundo o método fenotípico. Além disso, a resistência observada mostra que Vibrio metschnikovii pode atuar como um reservatório de genes de resistência que podem ser facilmente transferidos entre microrganismos em um mesmo ambiente. O perfil de suscetibilidade a antibióticos pode ser utilizado como referência na caracterização clínica deste patógeno em potencial, auxiliando na conduta terapêutica em casos de ocorrência de doentes acometidos pelo microrganismo em questão / Introduction - Vibrio metschnikovii is a gram-negative bacillus, potentially pathogenic, widely distributed and isolated from aquatic ecosystems and rarely from human clinical samples. At laboratorial screening for the species of the Vibrio genus, Vibrio metschnikovii is discarded for being oxidase negative, characteristic that differentiates it from the others pathogenic species. With regard to the research of antibiotic susceptibility profile, this is seldom done with environmental isolates. Objectives - To isolate and genotypically identify Vibrio metschnikovii from environmental samples and characterize the antibiotic susceptibility profile. Method - A total of ten samples were obtained from March to August 2009, with one of them originated from mussel (vongole), tree of fish (whitefish, sardine and mullet) and six from sewage (three from raw sewage and three from treated sewage). The isolation was initially performed in a selective medium for Vibrio (TCBS agar) and the specie confirmation was done with specific primers through PCR using DNA extracted by the thermal shock technique. The antibiogram was performed according to the document M45-A from CLSI 2006, following the technique of disk diffusion, using fifteen antibiotics. The research for beta-lactams and aminoglycosides resistance genes was also performed. Results Seventy out of 123 isolates, with typical characteristics for the specie, were confirmed as Vibrio metschnikovii by PCR, with 43 originated from mussel and fish and 27 from sewage. A total of 66 isolates were resistant to at least one antibiotic, however no resistance gene was detected. Conclusions The results indicate that Vibrio metschnikovii can be isolated from different samples of ambient origin, demonstrating that these microorganisms can have wider distribution than the described in literature. The PCR was a fundamental tool to overcome the fragility of the specie identification according to the phenotypic method. Furthermore, the resistance found shows that Vibrio metschnikovii can act as a reservoir of resistance genes that can easily be transferred between microorganisms in the same environment. The antibiotic susceptibility profile can be used as reference at the clinical characterization of this potential pathogen, assisting therapeutic management in cases of patients affected by this microorganism