Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / In one research, cases of congenital lymphedema were observed affecting 17 Red Angus calves and their crosses from two farms in the central region of the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Affected calves presented variable degrees of subcutaneous edema at birth, involving mainly the hind limbs, but also other body regions. The injection of methylene blue dye in a 5% solution into the interdigital space of the hind limbs of three affected calves and one normal control indicated an interruption of the lymph flow in the affected calves; this suggests a failure of the distal peripheral lymphatics to connect with the central trunks. At necropsy of three affected calves, subcutaneous edema was variably observed in the hind limbs, prepuce and ventral abdomen. Edema of body cavities was not observed. In two cases there was hipoplasia of the popliteal lymph nodes associated to dilatation of lymphatic vessels. DNA tests demonstrated that all affected calves were born from cows sired by the same bull suggesting an inherited basis for the disease. Furthermore unrelated cows of different breeds sired by Bull 1 delivered affected calves which suggest that condition is an autosomic dominant trait. Considering the large numbers of cows sired by Bull 1 relative few calves were affected; this could be explained by a low penetrance of the trait. In another research, cases of congenital defects (CDs) in cattle diagnosed at the Laboratory of Veterinary Pathology of the Federal University of Santa Maria from 1964 to 2010 were reviewed. During the studied period, tissues collected from the necropsy of 7,132 cattle were examined and 31 calves (0.4%) with CDs were found. These CDs were classified into 34 different types and ascribed to the body system primarily affected. The results of this survey indicate that the majority o CDs in cattle in the central Rio Grande do Sul are sporadic; nevertheless their continued study is important for determining the etiology and control. / Em uma pesquisa, casos de linfedema congênito foram observados acometendo 17 bezerros cruza Red Angus na região Central do Rio Grande do Sul. Os bezerros afetados apresentavam graus variáveis de edema subcutâneo ao nascimento, envolvendo principalmente os membros pélvicos, mas também outras regiões do corpo. A injeção de solução a 5% de azul de metileno no espaço interdigital dos membros pélvicos de três bezerros afetados e um controle, indicaram uma interrupção no fluxo da linfa, sugerindo uma falha dos linfáticos periféricos distais em conectar os troncos centrais. Na necropsia de três bezerros afetados, edema subcutâneo foi observado de modo variável nos membros pélvicos, prepúcio e abdômen ventral. Não foi observado edema nas cavidades orgânicas. Em dois casos, observou-se hipoplasia dos linfonodos poplíteos associadas à dilatação dos vasos linfáticos. Testes de DNA demonstraram que todos os bezerros afetados nasceram de vacas inseminadas pelo mesmo touro (Touro 1), sugerindo uma base genética para a doença. Além disso, vacas não relacionadas e de outras raças cobertas pelo Touro 1 pariram bezerros afetados indicando uma condição autossômica dominante. Considerando o grande número de vacas cobertas pelo Touro 1, relativamente poucos bezerros foram afetados; isso pode ser explicado por uma condição hereditária de baixa penetrância. Em outra pesquisa, foram revisados casos de defeitos congênitos (DCs) diagnosticados em bovinos no Laboratório de Patologia da Universidade Federal de Santa Maria entre 1964-2010. Durante o período estudado, foram examinados materiais provenientes da necropsia de 7.132 bovinos e foram encontrados 31 bezerros (0,4%) com DCs, os quais foram classificados em 34 tipos e alocados nos sistemas orgânicos primariamente afetados. Os resultados indicam que a maioria dos DCs em bovinos na Região Central do Rio Grande do Sul é esporádica. No entanto, seu estudo continuado é importante para o estabelecimento de sua etiologia e controle.

Suspeita-se da Síndrome de Lynch (SL) a partir da história pessoal e familial do indivíduo. Posteriormente, os dados histopatológicos, imuno-histoquímicos e moleculares podem ser utilizados para aprimorar o diagnóstico da doença. Entretanto, um grande desafio no diagnóstico da Síndrome de Lynch é a baixa acurácia dos critérios clínicos utilizados. OBJETIVOS: Avaliar a frequência de SL em pacientes submetidos a tratamento cirúrgico por câncer colorretal e com história familial de câncer. Avaliar quais dos critérios clínicos e/ou moleculares seriam mais informativos no diagnóstico desta Síndrome na população brasileira. PACIENTES E MÉTODOS: Estudaram-se 458 casos de câncer colorretal (CCR), do Serviço de Coloproctologia do Departamento de Gastroenterologia do Hospital das Clínicas - FMUSP, de janeiro de 2005 a dezembro de 2008. História familial (HF) positiva para CCR ocorreu em 118 pacientes. Promoveu-se a revisão das lâminas para critérios histopatológicos de MSI (diretrizes de Bethesda), avaliação imuno-histoquímica (IHC) para as proteínas MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, através do complexo avidina-biotina-peroxidase e instabilidade de microssatélites (MSI) (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 e MONO-27). Realizada a análise da mutação somática para o BRAF em todos os casos com MSI positiva. RESULTADOS: Dos 118 pacientes com HF, 61 (51,69%) preencheram pelo menos um dos critérios de Bethesda revisados. 36 eram do sexo feminino (59%), média de idade de 53,2 anos. Nove (14,7%) pacientes apresentaram todos os critérios de Amsterdam I. Cinquenta e dois tumores localizaram-se no cólon esquerdo. Os componentes histopatológicos de MSI incluíram: linfócitos intratumoral (47,5%), característica expansiva do tumor (29,5%) e o componente mucinoso (27,8%) (componentes histopatológicos de MSI instável) em 44 (72%). A IHC estava alterada em oito (13%) e a MSI em 12 pacientes (20%). Houve associação entre os critérios de Amsterdam I e MSI e na IHC com MLH1 e PMS2. Houve associação entre os critérios de Bethesda revisados com o sexo, na histopatologia com o componente mucinoso e a reação Crohn like; com a MSI e na IHC com o MLH1 e PMS2. O BRAF foi realizado nos 12 casos com MSI positiva e em todos os casos foram negativos. Os indivíduos que apresentaram o critério 4 de Bethesda revisado (CCR ou câncer associado a SL, diagnosticado em um ou mais parentes de primeiro grau, desde que uma das neoplasias tenha ocorrido antes dos 50 anos de idade), tiveram uma chance 10,6 vezes maior de apresentar MSI positiva. Propôs-se um escore para caracterizar pacientes com SL baseado nas variáveis estudadas nesta pesquisa. CONCLUSÕES: A frequência de Síndrome de Lynch nos pacientes submetidos a ressecção por câncer e com história familial foi de 20%. O critério 4 de Bethesda revisado associou-se mais fortemente à presença de instabilidade de microssatélites na população estudada. O escore desenvolvido neste estudo contribui como uma ferramenta prática na ampliação diagnóstica da Síndrome de Lynch / Lynch Syndrome is suspected due to the personal and familial history of the individual. Subsequently, histopathological, immunohistochemical and molecular data can be used to improve diagnosis of the disease. However, a major challenge in the diagnosis of Lynch Syndrome is the low accuracy of clinical criteria. OBJECTIVES: To assess the frequency of Lynch Syndrome in patients with familial cancer history submitted to colorectal cancer resection. To assess what clinical and / or molecular criteria would be the most informative in the diagnosis of this syndrome in Brazilian population. PATIENTS AND METHODS: 458 colorectal cancer (CRC) cases were studied, from the Coloproctology Unit of the Department of Gastroenterology, Hospital das Clinicas - USP, from January 2005 to December 2008. Positive family history (FH) for CRC occurred in 118 patients. The pathologic slides were reviewed for histological criteria for MSI (Bethesda guidelines), immunohistochemical analysis (IHC) for MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 proteins, through the avidin-biotin-peroxidase complex, and microsatellite instability (MSI) (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 and MONO-27). BRAF somatic mutation was analyzed in all cases with positive MSI. RESULTS: Of the 118 patients with HF, 61 (51.69%) met at least one of the revised Bethesda criteria. Thirty-six were female (59%), and the mean age was 53.2 years. Nine (14.7%) patients presented all Amsterdam criteria I. Fifty-two tumors were located in the left colon. MSI histopathological components included: intratumoral lymphocytes (47.5%), expansive characteristics of the tumor (29.5%) and mucinous component (27.8%) (Histological unstable components of MSI) in 44 (72%). IHC was abnormal in eight (13%) and MSI in 12 patients (20%). There was an association between the Amsterdam criteria I and MSI; and between IHC with MLH1 and PMS2. There was an association with the revised Bethesda criteria with: sex, mucinous histology and Crohn\'s like reaction; with MSI and IHC with PMS2 and MLH1. BRAF was performed in 12 patients with MSI positive, and all were negative. Patients who presented the revised Bethesda criteria 4 (CRC or cancer associated with SL, diagnosed in one or more first-degree relatives, with one of the neoplasms occurred before 50 years of age), had a 10.6 increased chance to display positive MSI. Based on the studied variables, we proposed a score to characterize the Lynch Syndrome. CONCLUSIONS: The frequence of Lynch Syndrome in patients who were submitted to cancer resection, and had a cancer familial history was 20%. The criterion 4 Revised Bethesda was associated more strongly with the presence of microsatellite instability in the studied population. The developed score contributes as a practical tool in the diagnosis of Lynch Syndrome

INTRODUÇÃO: O câncer colorretal metastático (CCRm) é uma doença clinicamente e molecularmente heterogênea. Os pacientes apresentam diferentes prognósticos e respostas variáveis às terapias direcionadas contra o tumor. Alterações na função do sistema de reparo do DNA (deficiency mismatch repair - dMMR) estão associadas com o fenótipo de instabilidade de microssatélites e bom prognóstico em tumores de estádio inicial. No entanto, dMMR é raro no CCRm e pouco se sabe sobre sua influência na taxa de resposta (TR) ao tratamento. Nosso objetivo primário foi comparar a TR, de acordo com o status dMMR, nos pacientes com CCRm. Os desfechos secundários foram TR, conforme RAS e BRAF mutados, e a sobrevida global (SG), de acordo com dMMR. MÉTODOS: Estudo retrospectivo com grupo controle que comparou a TR por RECIST 1.1 em pacientes com CCRm, tratados com quimioterapia (QT) sistêmica, de acordo com o status dMMR. Os dados clínicos foram coletados, retrospectivamente, dos prontuários médicos. Todas as imagens foram digitais e recuperadas para avaliação de resposta por um único radiologista, cego quanto ao status dMMR. dMMR foi definido como a perda de expressão imuno-histoquímica em pelo menos um dos genes MMR (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). Mutações em RAS e BRAF foram investigadas por meio de sequenciamento gênico. Os casos foram os pacientes com dMMR, e os controles, com MMR proficiente (pMMR), selecionados de forma consecutiva, em proporção de 1:2. Com base em características clínicas e moleculares, os indivíduos dMMR foram classificados como provável Lynch ou dMMR esporádico. Estatística descritiva foi usada para resumir os resultados. A associação entre dMMR e os resultados específicos de cada grupo foram analisados pelo teste do qui-quadrado, e para a avaliação de SG mediana, curvas de Kaplan-Meier e teste log-rank foram utilizados. Valores bicaudados de p < 0.05 foram considerados significativos. RESULTADOS: Entre janeiro de 2009 e janeiro de 2013, de 1270 pacientes, 762 foram elegíveis e rastreados para dMMR: N = 27 (3,5%) tiveram dMMR e N = 735 (96,5%) tiveram pMMR. Dada a raridade, foram incluídos 14 indivíduos com dMMR fora do período de inclusão, totalizando 41 casos (pacientes dMMR) e 84 controles (pacientes pMMR). Em análise por intenção de tratamento, considerando os pacientes que receberam pelo menos uma dose de QT baseada em oxaliplatina (N dMMR = 34), aqueles com dMMR apresentaram TR numericamente menor, comparados aos pMMR (11.7% vs 28.6%, OR: 0.33, IC 95%: 0.08-1.40, p = 0.088). Em análise por protocolo, incluindo apenas os pacientes que preencheram os critérios de inclusão (N dMMR = 33), aqueles com dMMR mantiveram TR menor à QT baseada em oxaliplatina em primeira linha, em comparação aos doentes pMMR, embora estatisticamente não significante (12.1% vs 28.6 %, OR: 0.34, IC 95%: 0.09-1.18, p = 0.102). Ainda neste contexto, os pacientes com possível Lynch apresentaram maior TR do que os indivíduos com provável dMMR esporádico (16% vs 0). Mutações em RAS ou BRAF não influenciaram na TR ou sobrevida. O status \"provável dMMR esporádico\" foi fator de pior prognóstico, quando todos os pacientes da amostra (N dMMR = 41) foram considerados. CONCLUSÃO: Este estudo sugere que dMMR é preditivo de resistência à quimioterapia baseada em oxaliplatina, como mostrado por outros estudos. Aparentemente, essa resistência é mais acentuada nos pacientes dMMR esporádicos, sugerindo heterogeneidade biológica nos doentes com CCRm e dMMR / BACKGROUND: Metastatic colorectal cancer (mCRC) is a clinically and molecularly heterogeneous disease, where patients present different prognosis and variable responses to cancer-directed therapies. Alterations in the function of DNA deficiency mismatch repair (dMMR) genes are associated with microsatellite instability and good prognosis in early stage tumors. However dMMR dysfunction is rare in mCRC and little is known about its influence on treatment response rate (RR). Our primary endpoint was to compare the RR of mCRC patients according to dMMR status and to explore differences between patients with likely sporadic versus likely Lynch-related tumors. Secondary endpoints were RR according to RAS and BRAF mutation status, and survival times as per dMMR status. METHODS: Retrospective study with control group that compared the RR by RECIST 1.1 in patients with mCRC treated with systemic chemotherapy according to dMMR status. Clinical data were collected retrospectively from medical charts. All images were digital and were retrieved for response evaluation by a single radiologist blinded to dMMR results. dMMR status was defined as loss of immunohistochemistry expression in at least one of the MMR genes (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). RAS and BRAF mutations were investigated through next generation sequencing. Cases were defined as dMMR and controls, as proficient MMR (pMMR) patients, in a 1:2 fashion. Based on clinical and molecular features, dMMR patients were classified as likely Lynch or sporadic. Descriptive statistics was used to summarize the results. The association between dMMR and outcomes of each group were analyzed by chi-square test; estimates of median overall survival were done by the Kaplan-Meier method and comparisons, by the log-rank test. Two-tailed p values < 0.05 were considered significant. RESULTS: From January 2009 to January 2013, out of 1270 patients, 762 were eligible and screened for dMMR: N = 27 (3.5%) had dMMR and N = 735 (96.5%) had pMMR. Given the rarity, 14 dMMR cases outside the inclusion period were included, with a total of 41 cases (dMMR patients) and 84 controls (pMMR patients). By intention-to-treat analysis, considering all patients who received at least one dose of oxaliplatin-based chemotherapy (N dMMR = 34), those with dMMR had numerically lower RR, compared with pMMR (RR = 11.7% vs 28.6%, OR: 0.33, 95% CI: 0.08-1.40, p = 0.088). As per protocol analysis, considering only the patients who met inclusion criteria (N dMMR = 33), those with dMMR status persisted with numerically, but non-significant, lower RR to first-line oxaliplatin-based chemotherapy compared with pMMR (12.1% vs 28.6%, OR: 0.34, 95% CI: 0.09-1.18, p = 0.102); also, patients with likely Lynch-related mCRC presented higher RR than subjects with probable sporadic dMMR (16% vs 0). Either survival or RR was influenced by RAS or BRAF mutations. Probable sporadic dMMR status was a poor prognostic factor when all patients in the sample (N dMMR = 41) were analyzed. CONCLUSION: This study suggests that the dMMR phenotype is predictive of resistance to oxaliplatin-based chemotherapy, as shown by other studies. Apparently, such resistance is more pronounced in the sporadic dMMR patients, suggesting biological heterogeinity within the dMMR mCRC patients

Suspeita-se da Síndrome de Lynch (SL) a partir da história pessoal e familial do indivíduo. Posteriormente, os dados histopatológicos, imuno-histoquímicos e moleculares podem ser utilizados para aprimorar o diagnóstico da doença. Entretanto, um grande desafio no diagnóstico da Síndrome de Lynch é a baixa acurácia dos critérios clínicos utilizados. OBJETIVOS: Avaliar a frequência de SL em pacientes submetidos a tratamento cirúrgico por câncer colorretal e com história familial de câncer. Avaliar quais dos critérios clínicos e/ou moleculares seriam mais informativos no diagnóstico desta Síndrome na população brasileira. PACIENTES E MÉTODOS: Estudaram-se 458 casos de câncer colorretal (CCR), do Serviço de Coloproctologia do Departamento de Gastroenterologia do Hospital das Clínicas - FMUSP, de janeiro de 2005 a dezembro de 2008. História familial (HF) positiva para CCR ocorreu em 118 pacientes. Promoveu-se a revisão das lâminas para critérios histopatológicos de MSI (diretrizes de Bethesda), avaliação imuno-histoquímica (IHC) para as proteínas MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, através do complexo avidina-biotina-peroxidase e instabilidade de microssatélites (MSI) (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 e MONO-27). Realizada a análise da mutação somática para o BRAF em todos os casos com MSI positiva. RESULTADOS: Dos 118 pacientes com HF, 61 (51,69%) preencheram pelo menos um dos critérios de Bethesda revisados. 36 eram do sexo feminino (59%), média de idade de 53,2 anos. Nove (14,7%) pacientes apresentaram todos os critérios de Amsterdam I. Cinquenta e dois tumores localizaram-se no cólon esquerdo. Os componentes histopatológicos de MSI incluíram: linfócitos intratumoral (47,5%), característica expansiva do tumor (29,5%) e o componente mucinoso (27,8%) (componentes histopatológicos de MSI instável) em 44 (72%). A IHC estava alterada em oito (13%) e a MSI em 12 pacientes (20%). Houve associação entre os critérios de Amsterdam I e MSI e na IHC com MLH1 e PMS2. Houve associação entre os critérios de Bethesda revisados com o sexo, na histopatologia com o componente mucinoso e a reação Crohn like; com a MSI e na IHC com o MLH1 e PMS2. O BRAF foi realizado nos 12 casos com MSI positiva e em todos os casos foram negativos. Os indivíduos que apresentaram o critério 4 de Bethesda revisado (CCR ou câncer associado a SL, diagnosticado em um ou mais parentes de primeiro grau, desde que uma das neoplasias tenha ocorrido antes dos 50 anos de idade), tiveram uma chance 10,6 vezes maior de apresentar MSI positiva. Propôs-se um escore para caracterizar pacientes com SL baseado nas variáveis estudadas nesta pesquisa. CONCLUSÕES: A frequência de Síndrome de Lynch nos pacientes submetidos a ressecção por câncer e com história familial foi de 20%. O critério 4 de Bethesda revisado associou-se mais fortemente à presença de instabilidade de microssatélites na população estudada. O escore desenvolvido neste estudo contribui como uma ferramenta prática na ampliação diagnóstica da Síndrome de Lynch / Lynch Syndrome is suspected due to the personal and familial history of the individual. Subsequently, histopathological, immunohistochemical and molecular data can be used to improve diagnosis of the disease. However, a major challenge in the diagnosis of Lynch Syndrome is the low accuracy of clinical criteria. OBJECTIVES: To assess the frequency of Lynch Syndrome in patients with familial cancer history submitted to colorectal cancer resection. To assess what clinical and / or molecular criteria would be the most informative in the diagnosis of this syndrome in Brazilian population. PATIENTS AND METHODS: 458 colorectal cancer (CRC) cases were studied, from the Coloproctology Unit of the Department of Gastroenterology, Hospital das Clinicas - USP, from January 2005 to December 2008. Positive family history (FH) for CRC occurred in 118 patients. The pathologic slides were reviewed for histological criteria for MSI (Bethesda guidelines), immunohistochemical analysis (IHC) for MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 proteins, through the avidin-biotin-peroxidase complex, and microsatellite instability (MSI) (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 and MONO-27). BRAF somatic mutation was analyzed in all cases with positive MSI. RESULTS: Of the 118 patients with HF, 61 (51.69%) met at least one of the revised Bethesda criteria. Thirty-six were female (59%), and the mean age was 53.2 years. Nine (14.7%) patients presented all Amsterdam criteria I. Fifty-two tumors were located in the left colon. MSI histopathological components included: intratumoral lymphocytes (47.5%), expansive characteristics of the tumor (29.5%) and mucinous component (27.8%) (Histological unstable components of MSI) in 44 (72%). IHC was abnormal in eight (13%) and MSI in 12 patients (20%). There was an association between the Amsterdam criteria I and MSI; and between IHC with MLH1 and PMS2. There was an association with the revised Bethesda criteria with: sex, mucinous histology and Crohn\'s like reaction; with MSI and IHC with PMS2 and MLH1. BRAF was performed in 12 patients with MSI positive, and all were negative. Patients who presented the revised Bethesda criteria 4 (CRC or cancer associated with SL, diagnosed in one or more first-degree relatives, with one of the neoplasms occurred before 50 years of age), had a 10.6 increased chance to display positive MSI. Based on the studied variables, we proposed a score to characterize the Lynch Syndrome. CONCLUSIONS: The frequence of Lynch Syndrome in patients who were submitted to cancer resection, and had a cancer familial history was 20%. The criterion 4 Revised Bethesda was associated more strongly with the presence of microsatellite instability in the studied population. The developed score contributes as a practical tool in the diagnosis of Lynch Syndrome

A Síndrome de von Hippel-Lindau é uma doença hereditária multissistêmica, causada por mutações germinativas no gene VHL que predispõe o portador a manifestações benignas e malignas em diversos órgãos. Entre esses eventos, o carcinoma de células claras renais (CRC) é o de pior prognóstico, com uma penetração média de 25% e sendo a principal causa de morte nestes pacientes. Os CRCs são tumores agressivos, pouco responsivos à quimioterapia e imunoterapia, e muitas vezes são diagnosticados em estágios avançados. Podem estar associados a síndromes hereditárias como o VHL ou apresentar a forma esporádica. Caracteristicamente, o CRC é provocado pela inativação dos dois alelos do gene VHL. Nos casos associados ao VHL, um alelo do gene VHL sofre uma mutação germinativa e um segundo evento mutacional somático nas células do tumor. Por outro lado, na forma esporádica, o CRC é resultado de dois eventos somáticos adquiridos, que incluem uma combinação de metilação do promotor, mutações pontuais que afetam a sequência de leitura aberta (ORF) e rearranjos cromossômicos, principalmente perda de heterozigosidade (LOH). Embora os eventos somáticos nos CRCs esporádicos já tenham sido explorados em outros estudos, os mecanismos de inativação somáticos do gene VHL nos CRCs associados à síndrome ainda não foram bem descritos. Este estudo avaliou os eventos somáticos no gene VHL em CRCs retirados em procedimentos cirúrgicos de pacientes portadores da síndrome. Os eventos somáticos em vários tumores de um mesmo paciente foram comparados a fim de verificarmos se essas mutações são independentes e não clonais. Oito pacientes com amostras CRCs previamente armazenadas no BNT tiveram sua mutação germinativa no gene VHL caracterizada por sequenciamento ou MLPA. Todas as amostras foram submetidas a uma revisão da patologia e macrodissecadas sempre que necessário. Para a análise das manifestações somáticas do gene VHL, o DNA foi extraído de 30 CRCs conservados em RNA latter ou formaldeído (parafina). As amostras foram analisadas quanto à metilação da região promotora do gene pelo método MS-PCR e para mutações pontuais por sequenciamento. Fomos capazes de detectar a mutação somática em 25 dos 30 tumores, incluindo uma mutação pontual e dois tumores diferentes de um mesmo paciente, nenhuma microdeleção e 23 grandes deleções. Em contraste com a literatura, nenhum dos tumores apresentou metilação no promotor do VHL. Devido ao grande número de achados LOH e da resolução limitada da técnica de MLPA para avaliar a extensão dos rearranjos cromossômicos em 3p, não foi possível concluir a análise de clonalidade dos tumores. Um estudo exploratório para caracterizar ganhos e perdas genômicas utilizando a técnica CNV array está em andamento em nosso laboratório. / The von Hippel-Lindau syndrome (VHL) is a multissystemic hereditary disease, caused by germline mutations in the VHL gene that predisposes the carrier to benign and malignant manifestations in different organs. Among these events, the clear cell renal carcinoma (RCC) is the most fearful, with an average penetration of 25% being the leading cause of death in these patients. RCCs are aggressive tumors, poorly responsive to chemo- and immunotherapy that are often diagnosed in advanced stages. They can be associated with hereditary syndromes such as VHL or present in a sporadic form. Characteristically, RCCs carrier the inactivation of the two alleles of VHL gene. In cases associated with VHL, one allele of the VHL gene is mutated in the germline, and the second mutational event occurs in the somatic cells of the tumor. On the other hand, in the sporadic form, RCCs results of two acquired somatic events, which includes a combination of methylation of the promoter, point mutations affecting the ORF, and rearrangements mainly loss of heterozigosity (LOH). Although somatic events in sporadic RCC have been explored before by others, the mechanisms of somatic VHL gene inactivation in VHL-associated RCCs have been poorly characterized. This study evaluated the somatic mutational events in the VHL gene of RCCs removed from VHL patients in therapeutic surgical procedures. The somatic events in multiple tumors from the same patient were compared in order to analyze whether these mutations are independent and not clonal. Eight patients with RCCs samples previously stored at BNT had their germline VHL gene mutation characterized by sequencing or MLPA. All samples were submitted to a pathology review and macrodissected whenever necessary. For the analysis of somatic events of VHL gene, DNA from 30 RCCs were extracted from either RNA later or archival formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections. Samples were analyzed for VHL gene promoter methylation by MS-PCR, and for point mutation in the coding DNA by sequencing. We were able to detect the somatic mutation in 25 of the 30 tumors, including one point mutations in two different tumors of the same patient, no micro-deletions, and 23 large deletions. In contrast to the literature, none of the tumors have shown methylation on the VHL promoter. Because of the large number of LOH findings, and the limited resolution of MLPA to evaluate the extension of 3p chromosomal rearrangements, we could not conclude the analysis of tumor clonality. An exploratory study to characterize genomic gains and losses using CNV-array technique are ongoing in our laboratory.

A Síndrome de von Hippel-Lindau é uma doença hereditária multissistêmica, causada por mutações germinativas no gene VHL que predispõe o portador a manifestações benignas e malignas em diversos órgãos. Entre esses eventos, o carcinoma de células claras renais (CRC) é o de pior prognóstico, com uma penetração média de 25% e sendo a principal causa de morte nestes pacientes. Os CRCs são tumores agressivos, pouco responsivos à quimioterapia e imunoterapia, e muitas vezes são diagnosticados em estágios avançados. Podem estar associados a síndromes hereditárias como o VHL ou apresentar a forma esporádica. Caracteristicamente, o CRC é provocado pela inativação dos dois alelos do gene VHL. Nos casos associados ao VHL, um alelo do gene VHL sofre uma mutação germinativa e um segundo evento mutacional somático nas células do tumor. Por outro lado, na forma esporádica, o CRC é resultado de dois eventos somáticos adquiridos, que incluem uma combinação de metilação do promotor, mutações pontuais que afetam a sequência de leitura aberta (ORF) e rearranjos cromossômicos, principalmente perda de heterozigosidade (LOH). Embora os eventos somáticos nos CRCs esporádicos já tenham sido explorados em outros estudos, os mecanismos de inativação somáticos do gene VHL nos CRCs associados à síndrome ainda não foram bem descritos. Este estudo avaliou os eventos somáticos no gene VHL em CRCs retirados em procedimentos cirúrgicos de pacientes portadores da síndrome. Os eventos somáticos em vários tumores de um mesmo paciente foram comparados a fim de verificarmos se essas mutações são independentes e não clonais. Oito pacientes com amostras CRCs previamente armazenadas no BNT tiveram sua mutação germinativa no gene VHL caracterizada por sequenciamento ou MLPA. Todas as amostras foram submetidas a uma revisão da patologia e macrodissecadas sempre que necessário. Para a análise das manifestações somáticas do gene VHL, o DNA foi extraído de 30 CRCs conservados em RNA latter ou formaldeído (parafina). As amostras foram analisadas quanto à metilação da região promotora do gene pelo método MS-PCR e para mutações pontuais por sequenciamento. Fomos capazes de detectar a mutação somática em 25 dos 30 tumores, incluindo uma mutação pontual e dois tumores diferentes de um mesmo paciente, nenhuma microdeleção e 23 grandes deleções. Em contraste com a literatura, nenhum dos tumores apresentou metilação no promotor do VHL. Devido ao grande número de achados LOH e da resolução limitada da técnica de MLPA para avaliar a extensão dos rearranjos cromossômicos em 3p, não foi possível concluir a análise de clonalidade dos tumores. Um estudo exploratório para caracterizar ganhos e perdas genômicas utilizando a técnica CNV array está em andamento em nosso laboratório. / The von Hippel-Lindau syndrome (VHL) is a multissystemic hereditary disease, caused by germline mutations in the VHL gene that predisposes the carrier to benign and malignant manifestations in different organs. Among these events, the clear cell renal carcinoma (RCC) is the most fearful, with an average penetration of 25% being the leading cause of death in these patients. RCCs are aggressive tumors, poorly responsive to chemo- and immunotherapy that are often diagnosed in advanced stages. They can be associated with hereditary syndromes such as VHL or present in a sporadic form. Characteristically, RCCs carrier the inactivation of the two alleles of VHL gene. In cases associated with VHL, one allele of the VHL gene is mutated in the germline, and the second mutational event occurs in the somatic cells of the tumor. On the other hand, in the sporadic form, RCCs results of two acquired somatic events, which includes a combination of methylation of the promoter, point mutations affecting the ORF, and rearrangements mainly loss of heterozigosity (LOH). Although somatic events in sporadic RCC have been explored before by others, the mechanisms of somatic VHL gene inactivation in VHL-associated RCCs have been poorly characterized. This study evaluated the somatic mutational events in the VHL gene of RCCs removed from VHL patients in therapeutic surgical procedures. The somatic events in multiple tumors from the same patient were compared in order to analyze whether these mutations are independent and not clonal. Eight patients with RCCs samples previously stored at BNT had their germline VHL gene mutation characterized by sequencing or MLPA. All samples were submitted to a pathology review and macrodissected whenever necessary. For the analysis of somatic events of VHL gene, DNA from 30 RCCs were extracted from either RNA later or archival formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections. Samples were analyzed for VHL gene promoter methylation by MS-PCR, and for point mutation in the coding DNA by sequencing. We were able to detect the somatic mutation in 25 of the 30 tumors, including one point mutations in two different tumors of the same patient, no micro-deletions, and 23 large deletions. In contrast to the literature, none of the tumors have shown methylation on the VHL promoter. Because of the large number of LOH findings, and the limited resolution of MLPA to evaluate the extension of 3p chromosomal rearrangements, we could not conclude the analysis of tumor clonality. An exploratory study to characterize genomic gains and losses using CNV-array technique are ongoing in our laboratory.

Orientador: Maria Margaret Lopes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias / Made available in DSpace on 2018-08-05T17:53:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Varela_AlexGoncalves_D.pdf: 1047512 bytes, checksum: 55836c1b2765c3729fc2a9fac91c9937 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: No ano de 1796, o ministro da Marinha e Ultramar do Governo mariano, D. Rodrigo de Sousa Coutinho, elaborou um programa político-reformista que visava modernizar a administração do Império Português, para assim assegurar o domínio da parte mais rica ¿ o Brasil e, sobretudo, salvar o Reino e a Monarquia Portuguesa. Entre as medidas tomadas pelo ministro estava o estudo das ¿produções naturais ¿ coloniais, uma vez que as considerava como fontes de riquezas que ajudariam a promover o desenvolvimento da nação portuguesa. Para o mapeamento, exploração e análise do mundo natural das colônias, D. Rodrigo se aliou aos naturalistas, que foram contratados em diversas regiões da América Portuguesa. Na Capitania de São Paulo, os estudiosos arregimentados para trabalhar a serviço da Coroa foram: João Manso Pereira, Martim Francisco Ribeiro de Andrada, e José Bonifácio de Andrada e Silva. O objetivo da Tese de Doutorado consiste em discutir a contribuição da atividade científica praticada pelos mencionados naturalistas ilustrados, através de suas viagens e memórias científicas, para o processo de institucionalização das ciências naturais na referida Capitania. Suas memórias científicas no campo da História Natural constituíram-se como as principais fontes de análise da pesquisa, uma vez que elas foram o principal instrumento que permitiu observar a concepção de ciência com que os naturalistas operavam, sua postura teórico-metodológica, quais as apropriações que fizeram das modernas teorias científicas e como buscaram aplicá-las ao seu contexto local, entre outras questões. Tais textos foram analisados por meio do cruzamento com o contexto histórico, cultural e científico em que foram concebidos, permitindo assim observar como se deu a produção da ciência em seu ambiente local. Portanto, as memórias produzidas pelos naturalistas mencionados constituíram-se como a ¿pedra preciosa ¿ para refutar a tese de que a América Portuguesa, em especial a Capitania de São Paulo, caracterizou-se por um grande vazio de práticas científicas no período compreendido entre o final do setecentos e o início do oitocentos / Abstract: In 1796, the Navy and Overseas Minister of the Mariano¿s Government, Dom Rodrigo de Sousa Coutinho, elaborated a political-reformist program which aimed to modernize the administration of the Portuguese Empire, guaranteeing this way the command of its richest part ¿ Brazil, and above all, save the kingdom, and the Portuguese Monarchy. Among the measures took by the Minister was the study of the colonial ¿natural productions¿, once he considered as wealth sources which would help to promote the development of the Portuguese nation. In order to map, explore and analyze the colonies¿ natural world, D. Rodrigo allied with the naturalists, hired in many regions of the Portuguese America. In the Captaincy of São Paulo the allocated studious to work to the Crown¿s service were: João Manso Pereira, Martim Francisco Ribeiro de Andrada e José Bonifácio de Andrada e Silva. The object of the Doctorate Thesis is to present the scientific activity practiced by these Enlightened naturalists, through its scientific memories, discussing these activities contribution to the process of institutionalization of the natural sciences in the Portuguese America, in special of its referred Captaincy. Their scientific memories in the field of Natural History constituted as the principal sources of the analysis of the research, once they were the main instrument that allowed to observe the conception of science by which the naturalists work, their theoric-methodological posture, what did they take from the modern scientific theories and how they get in applying them to the local context, among other questions. Such texts were analysed by means of crossing its historical, cultural and scientifical context in which they were conceived, allowing them to observe how the productions of science happened in the local environment. Therefore, the memories produced by the naturalists above mentioned constituted as the ¿precious stone¿ to refute the thesis that the Portuguese America, in special the Captaincy of SP, characterized as a great blank of scientific practices in the period between the final of the 1700¿s and the beginning of 1800¿s / Doutorado / Doutor em Geociências

INTRODUÇÃO: O câncer colorretal metastático (CCRm) é uma doença clinicamente e molecularmente heterogênea. Os pacientes apresentam diferentes prognósticos e respostas variáveis às terapias direcionadas contra o tumor. Alterações na função do sistema de reparo do DNA (deficiency mismatch repair - dMMR) estão associadas com o fenótipo de instabilidade de microssatélites e bom prognóstico em tumores de estádio inicial. No entanto, dMMR é raro no CCRm e pouco se sabe sobre sua influência na taxa de resposta (TR) ao tratamento. Nosso objetivo primário foi comparar a TR, de acordo com o status dMMR, nos pacientes com CCRm. Os desfechos secundários foram TR, conforme RAS e BRAF mutados, e a sobrevida global (SG), de acordo com dMMR. MÉTODOS: Estudo retrospectivo com grupo controle que comparou a TR por RECIST 1.1 em pacientes com CCRm, tratados com quimioterapia (QT) sistêmica, de acordo com o status dMMR. Os dados clínicos foram coletados, retrospectivamente, dos prontuários médicos. Todas as imagens foram digitais e recuperadas para avaliação de resposta por um único radiologista, cego quanto ao status dMMR. dMMR foi definido como a perda de expressão imuno-histoquímica em pelo menos um dos genes MMR (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). Mutações em RAS e BRAF foram investigadas por meio de sequenciamento gênico. Os casos foram os pacientes com dMMR, e os controles, com MMR proficiente (pMMR), selecionados de forma consecutiva, em proporção de 1:2. Com base em características clínicas e moleculares, os indivíduos dMMR foram classificados como provável Lynch ou dMMR esporádico. Estatística descritiva foi usada para resumir os resultados. A associação entre dMMR e os resultados específicos de cada grupo foram analisados pelo teste do qui-quadrado, e para a avaliação de SG mediana, curvas de Kaplan-Meier e teste log-rank foram utilizados. Valores bicaudados de p < 0.05 foram considerados significativos. RESULTADOS: Entre janeiro de 2009 e janeiro de 2013, de 1270 pacientes, 762 foram elegíveis e rastreados para dMMR: N = 27 (3,5%) tiveram dMMR e N = 735 (96,5%) tiveram pMMR. Dada a raridade, foram incluídos 14 indivíduos com dMMR fora do período de inclusão, totalizando 41 casos (pacientes dMMR) e 84 controles (pacientes pMMR). Em análise por intenção de tratamento, considerando os pacientes que receberam pelo menos uma dose de QT baseada em oxaliplatina (N dMMR = 34), aqueles com dMMR apresentaram TR numericamente menor, comparados aos pMMR (11.7% vs 28.6%, OR: 0.33, IC 95%: 0.08-1.40, p = 0.088). Em análise por protocolo, incluindo apenas os pacientes que preencheram os critérios de inclusão (N dMMR = 33), aqueles com dMMR mantiveram TR menor à QT baseada em oxaliplatina em primeira linha, em comparação aos doentes pMMR, embora estatisticamente não significante (12.1% vs 28.6 %, OR: 0.34, IC 95%: 0.09-1.18, p = 0.102). Ainda neste contexto, os pacientes com possível Lynch apresentaram maior TR do que os indivíduos com provável dMMR esporádico (16% vs 0). Mutações em RAS ou BRAF não influenciaram na TR ou sobrevida. O status \"provável dMMR esporádico\" foi fator de pior prognóstico, quando todos os pacientes da amostra (N dMMR = 41) foram considerados. CONCLUSÃO: Este estudo sugere que dMMR é preditivo de resistência à quimioterapia baseada em oxaliplatina, como mostrado por outros estudos. Aparentemente, essa resistência é mais acentuada nos pacientes dMMR esporádicos, sugerindo heterogeneidade biológica nos doentes com CCRm e dMMR / BACKGROUND: Metastatic colorectal cancer (mCRC) is a clinically and molecularly heterogeneous disease, where patients present different prognosis and variable responses to cancer-directed therapies. Alterations in the function of DNA deficiency mismatch repair (dMMR) genes are associated with microsatellite instability and good prognosis in early stage tumors. However dMMR dysfunction is rare in mCRC and little is known about its influence on treatment response rate (RR). Our primary endpoint was to compare the RR of mCRC patients according to dMMR status and to explore differences between patients with likely sporadic versus likely Lynch-related tumors. Secondary endpoints were RR according to RAS and BRAF mutation status, and survival times as per dMMR status. METHODS: Retrospective study with control group that compared the RR by RECIST 1.1 in patients with mCRC treated with systemic chemotherapy according to dMMR status. Clinical data were collected retrospectively from medical charts. All images were digital and were retrieved for response evaluation by a single radiologist blinded to dMMR results. dMMR status was defined as loss of immunohistochemistry expression in at least one of the MMR genes (MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2). RAS and BRAF mutations were investigated through next generation sequencing. Cases were defined as dMMR and controls, as proficient MMR (pMMR) patients, in a 1:2 fashion. Based on clinical and molecular features, dMMR patients were classified as likely Lynch or sporadic. Descriptive statistics was used to summarize the results. The association between dMMR and outcomes of each group were analyzed by chi-square test; estimates of median overall survival were done by the Kaplan-Meier method and comparisons, by the log-rank test. Two-tailed p values < 0.05 were considered significant. RESULTS: From January 2009 to January 2013, out of 1270 patients, 762 were eligible and screened for dMMR: N = 27 (3.5%) had dMMR and N = 735 (96.5%) had pMMR. Given the rarity, 14 dMMR cases outside the inclusion period were included, with a total of 41 cases (dMMR patients) and 84 controls (pMMR patients). By intention-to-treat analysis, considering all patients who received at least one dose of oxaliplatin-based chemotherapy (N dMMR = 34), those with dMMR had numerically lower RR, compared with pMMR (RR = 11.7% vs 28.6%, OR: 0.33, 95% CI: 0.08-1.40, p = 0.088). As per protocol analysis, considering only the patients who met inclusion criteria (N dMMR = 33), those with dMMR status persisted with numerically, but non-significant, lower RR to first-line oxaliplatin-based chemotherapy compared with pMMR (12.1% vs 28.6%, OR: 0.34, 95% CI: 0.09-1.18, p = 0.102); also, patients with likely Lynch-related mCRC presented higher RR than subjects with probable sporadic dMMR (16% vs 0). Either survival or RR was influenced by RAS or BRAF mutations. Probable sporadic dMMR status was a poor prognostic factor when all patients in the sample (N dMMR = 41) were analyzed. CONCLUSION: This study suggests that the dMMR phenotype is predictive of resistance to oxaliplatin-based chemotherapy, as shown by other studies. Apparently, such resistance is more pronounced in the sporadic dMMR patients, suggesting biological heterogeinity within the dMMR mCRC patients

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:37:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_maria_cecilia_florisbal_dame.pdf: 53923 bytes, checksum: e82c085a8b324064158221bf46a754ba (MD5) Previous issue date: 2013-12-12 / This thesis is a continuation of a research project started with a diagnosis of dermatosis mechano-bullosa in a herd of buffaloes from a farm in southern Rio Grande do Sul. After this diagnostic it was created an experimental herd where several congenital defects and / or hereditary disorders have been diagnosed during more than two decades. These diseases were studied by a research group which the author of this thesis is a member. Thus, three papers are presented: the first one is a literature review about what has been diagnosed in Brazil on congenital defects and hereditary diseases in buffalo. It was concluded that undesirable genes are widespread in the population of buffaloes in the country; the second was a study conducted in partnership with UNESP / Jaboticabal, SP and UFCG / CSTR-Patos, PB to identify the mutation in the gene that determines the oculo-cutaneous albinism in Murrah buffalo. Another paper was accomplished to describe the occurrence of malignant melanoma in two albino buffalo. Although it is not a congenital or hereditary disease it was observed only in the buffalo with oculocutaneous albinism and probably the condition is associated with a predisposition of these animals to develop tumors in the skin. / Esta tese dá continuidade a um projeto de pesquisa iniciado com o diagnóstico de dermatose mecanobolhosa em 1985 em um rebanho de búfalos pertencente a uma propriedade da zona sul do Rio Grande do Sul. A partir desse diagnóstico foi criado um rebanho experimental no qual por mais de duas décadas foram diagnosticados diversos defeitos congênitos e/ou hereditários que foram estudados por um grupo de pesquisa do qual faz parte a autora desta tese. Assim sendo, são apresentados três artigos científicos: o primeiro trata-se de uma revisão bibliográfica sobre o que foi diagnosticado no Brasil em relação a defeitos congênitos/doenças hereditárias em bubalinos concluindo-se que alguns genes indesejáveis estão disseminados na população de búfalos no País; o segundo foi um trabalho realizado em parceria com a UNESP/Jaboticabal, SP e com a UFCG/CSTR-Patos, PB que identificou a alteração no gene que determina o albinismo óculo-cutâneo em búfalos da raça Murrah. O terceiro artigo trata-se da descrição de melanoma maligno observado em dois búfalos albinos. Embora não seja um defeito congênito ou hereditário este neoplasma ocorreu somente nos búfalos com albinismo óculo-cutâneo do rebanho e acredita-se que a condição esteja associada à predisposição desses animais a desenvolverem tumores de pele.