Thesis (Ph. D.)--Cornell University, May, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (Leaves 270-320).

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 102-120).

Thesis (Ph. D.)--Case Western Reserve University, 2007. / [School of Medicine] Department of Molecular Biology and Microbiology. Includes bibliographical references. Available online via OhioLINK's ETD Center.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:06:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A pandemia de HIV / Aids tem sido um dos maiores desafios de Saúde publica dos ultimos 25 anos, dada a complexidade de seu agente etiologico e a rapidez com que produz novos casos. A variabilidade genetica do HIV e um dos topicos mais relevantes desta infeccao e esta variabilidade genetica resulta de limitacoes de fidelidade intrinsecas ao mecanismo de replicacao viral, acentuados pela alta taxa de replicacao na geracao e eliminacao de particulas virais durante o tempo da infeccao. A transcricao reversa do genoma viral representa uma etapa critica do ciclo biologico do HIV -I e que pode softer a influencia de varios fatores, como por exemplo a oferta de nucleotideos ou o estado de ativacao celular. Este deficit de oferta de nucleotideos no momento da transcricao reversa pode gerar genomas altamente mutados nos quais, a informacao viral se perde como no caso da hipermutacao. Neste estudo propomos estudar in vitro os mecanismos que podem contribuir pela diversidade genetica do HIV nos momentos iniciais da infeccao em celulas mononucleares de sangue periferico (PBMCs) de individuos saudaveis. Para tanto, ofertamos tres diferentes condicoes de infeccao e cultura para o HIV. Na primeira, infectamos PBMe's em repouso e mantivemos em cultura por 48h; na segunda as PBMCs foram infectadas e ativadas simultaneamente e mantida em cultura por 48h; na terceira condicao, as PBMCs foram ativadas 72h antes da infeccao, apos, infectadas e mantidas em cultura por 48h. Utilizando a tecnica do EndPoint PCR, DNA provirais oriundos de cada condicao de cultura foram obtidos e 46 clones deste DNA produzidos. Em seguida, parte do gene pol contendo 1047 bp de todos os clones foi sequenciado e analisado. Nossos resultados mostraram uma alta taxa de substituicoes de nucleotideos ao longo das sequencias analisadas em todas as condicoes de cultura e a existencia de regioes comuns entre estas sequencias, em todas as condicoes, em que ocorrem substituicoes, destacando as regioes entre 200 a 300 pb, 400 a 500 pb, 600 a 690 pb, 800 a 900 pb. Nestas regioes o processo mutacional e intenso, os eventos mutacionais que mais ocorrem sao os de transicao e as substituicoes nucleotidicas mais fteqUentes sao as de G para A. Ha clones hipermutados nas tres condicoes e a taxa mutacional encontrada esta em um intervalo de I,OxlO-3 a 2,lxlO-2, valores muito acima do que os encontrados normalmente. Nossos resultados sugerem uma nova visao dos momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I. Estudos complementares poderao nos ajudar a entender de forma coesa os momentos iniciais da infeccao pelo HIV -I que, sem duvida representa um evento crucial na evolucao da doenca / HIV/Aids have been one of the major challenges for public health in the last 25 years. The genetic variability of the HIV-1 is one of the most relevant features in the study of HIV-1 infections. The genetic variability is the result of error accumulation during reverse transcription and the high turnover rate of the viral popuulation. Reverse transcription represents a critical stage of the biological cycle of HIV-1, and can suffer the influence of some factors as for example the level of nucleotides or the state of cellular activation. This deficit in nucleotides at the moment of the transcription can generate highly mutates genomes in which, the viral information may be lost as in the case of the hipermutation. In this study we addressed in vitro, the mechanisms that can be responsible for the genetic diversity of the HIV-1 at the initial periods of the infection in mononuclear cells of peripheral blood (PBMC's) of healthy individuals. We offered three different conditions of infection. In the first, we infected resting PBMC's and we kept in culture for 48h; in the second PBMC's were infected and activated simultaneously and kept in culture for 48h; in the third condition, PBMC's were activated 72h before infection and kept in culture for 48h. Using molecular biology techniques, the deriving provirus DNA of each culture condition were isolated, and PCR clones of this DNA were obtained. All clones were sequenced and the pol gene was analyzed. Our results demonstrated an elevated number of nucleotide substitutions in the clones analyzed in all three culture conditions. A pattern in variation was observed in the sequences. We identify a common distribution of substitutions in all analyzed sequences in different culture conditions. Our results suggest a new vision of the initial periods of HIV-1 infection. Complementary studies will be necessary to allow a better understanding of the initial periods of HIV-1 infection which represents a crucial event related to disease progression. / FAPESP: 02/11425-8 / FAPESP: 03/05183-4 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências / Made available in DSpace on 2012-10-26T03:10:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 290960.pdf: 1513906 bytes, checksum: bc9577e279974bb51b5f0952e2edaa3b (MD5) / Florianópolis possui a segunda maior taxa de incidência de casos de AIDS entre as capitais brasileiras, mas pouco se sabe sobre a epidemiologia molecular do HIV-1 e a prevalência de resistência primária a drogas nesta cidade. Com o intuito de melhor entender a dinâmica da epidemia do HIV-1 na região metropolitana de Florianópolis foram analisadas as regiões genômicas do envelope, protease, transcriptase reversa e integrase do HIV-1 de 82 indivíduos soro-positivos e virgens de tratamento. A forma genética do HIV-1 mais freqüente foi o subtipo C (65,8%), seguido por cepas mosaico BC (18,3%), subtipo B (13,6%), subtipo F1 (1,2%) e uma forma recombinante BCF1 (1,2%). Uma associação estatisticamente significativa entre categorias de exposição e subtipos do HIV-1 foi observada no presente estudo. Mais de 75% das formas recombinantes BC e de sequências subtipo C pertenciam a sujeitos da categoria de exposição heterossexual, enquanto que 73% das sequências subtipo B eram provenientes da categoria HSH. Mutações de resistência a drogas foram observadas em 11% dos indivíduos estudados. O presente estudo confirma a alta prevalência de subtipo C e formas recombinantes BC no estado de Santa Catarina e revela uma diferença significante (?<0,05) na distribuição dos subtipos virais entre as diferentes categorias de exposição, bem como demonstra uma prevalência de mutações de resistência primária maior que a encontrada na maioria das cidades brasileiras.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2008. / Submitted by Jaqueline Oliveira (jaqueoliveiram@gmail.com) on 2008-12-11T18:15:49Z No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JuanJCEscalante.pdf: 4789546 bytes, checksum: 592c90d5f7b6e9da19c34782bde221bf (MD5) / Approved for entry into archive by Georgia Fernandes(georgia@bce.unb.br) on 2009-02-19T15:32:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JuanJCEscalante.pdf: 4789546 bytes, checksum: 592c90d5f7b6e9da19c34782bde221bf (MD5) / Made available in DSpace on 2009-02-19T15:32:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_2008_JuanJCEscalante.pdf: 4789546 bytes, checksum: 592c90d5f7b6e9da19c34782bde221bf (MD5) / Antecedentes: a tuberculose (TB) tem causado importante morbidade e mortalidade durante séculos. Embora a incidência e letalidade diminuíram marcadamente no decurso do século XX, o surgimento da infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) no final desse século mudou significativamente estas tendências. Objetivo: identificar características associadas à TB ativa nos pacientes com HIV/Aids, atendidos nos estabelecimentos de saúde especializados do Distrito Federal e desenhar um escore clínico‐epidemiológico para fins de predição. Método: Foi realizado um estudo de caso – controle em pacientes com 18 anos ou mais com diagnóstico de HIV/Aids, comparando os que desenvolveram TB ativa com os que não desenvolveram a doença entre os anos 2000 a 2004. Os pacientes foram identificados nas bases de dados da Secretaria de Saúde do Distrito Federal (DF), isto é no Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN) de TB e Aids, de HIV e do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM), complementada com os dados dos laboratórios de TB e HIV do LACEN – DF. A identificação dos fatores de risco foi realizada utilizando regressão logística para análises uni e multivariada. Com esses fatores se desenvolveu um modelo de predição de TB ativa nos pacientes com HIV/Aids. O modelo foi avaliado no mesmo grupo de pacientes que o gerou, mediante análise de sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivos e negativos, razões de verossimilhança, acurácia, curva ROC e a área sob esta curva, assim como o cálculo de probabilidade pós‐teste. Resultados: foram identificados 222 pacientes co‐infectados, dos quais, 206 apresentaram critérios de seleção adequados. Desses, 64 foram identificados como óbitos e 51 não foram encontrados. Foram incluídos na investigação 91 casos e 91 controles. A prevalência estimada de TB nos pacientes com HIV/Aids em 2000 e 2004 foi 0,55 e 0,43%, respectivamente. Na população geral, a prevalência da co‐infecção foi 2,62 casos por 100.000 habitantes. Dentre as características associadas à TB, sete permaneceram significativas após a análise multivariada: ter menos de 8 anos de estudos completos (OR ‐ ajustado = 4,6; IC 95% = 1,5 a 13,8), renda mensal menor que R$ 600,00 (US$ 300,00) (OR ‐ ajustado = 4,8; IC 95% = 1,5 a 14,8), mais de uma família morando no domicílio (OR ‐ ajustado = 48,7; IC 95% = 3,5 a 672,3), existência de doente com TB na família (OR ‐ ajustado = 13,6; IC 95% = 2,4 a 78,3), ter apresentado toxoplasmose cerebral nos últimos dois anos (OR ‐ ajustado = 7,2; IC 95% = 1,5 a 33,8), linfócitos T CD4+ inferior a 200 células/ μl no mesmo período (OR ‐ ajustado = 6,5; IC 95% = 2,1 a 20,1) e o não uso de um mesmo esquema HAART nos últimos 6 meses (OR ‐ ajustado = 27,2; IC 95% = 7,8 a 95,1). Estas sete características constituíram o modelo de predição recebendo escores de 1, 1, 3, 2, 1, 1 e 2, respectivamente. Na avaliação do modelo encontrou‐se 100% de sensibilidade quando o ponto de corte foi zero, 100% de especificidade quando foi igual ou maior que seis pontos, a maior razão de verossimilhança positiva (69) com seis pontos e a maior acurácia (90,1%) com quatro pontos. Com a prevalência de TB nos pacientes com HIV/Aids de 0,43% a maior probabilidade pós‐teste (23%) foi obtida com o ponto de corte 6. Conclusão: foi possível identificar características associadas à TB nos pacientes com HIV/Aids, que definem a co‐infecção no Distrito Federal e com estas características foi desenvolvido um modelo de predição clínica. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Antecedents: Tuberculosis (TB) has been causing important morbidity and mortality for centuries. Although, incidence and case fatality rates decreased remarkably in 20th century, the emergence of human immunodeficiency virus infection (HIV) at the end of that century changed these tendencies, significantly. Objectives: to identify active TB prognostic factors in HIV/AIDS patients looked after by specialized health‐care services in Brazilian Federal District (DF) and to develop a clinicalepidemiologic score. Method: a case‐control study were conducted in HIV/AIDS adult patients (> 18 years‐old) with active TB co‐infection, developed among 2000 to 2004, and the ones without active TB. The patients' identification took place in the databases of Federal District Health Department; they were: TB and AIDS Information System on Notification Diseases (SINAN‐TB and SINANAIDS), HIV database and Mortality Information System (SIM); it was complemented with TB and AIDS laboratories data of LACEN ‐ DF. Univariate and multivariate logistic regression were performed to indentify risk factors and to develop a prediction model of active TB in HIV/AIDS patients. Training group was used as the validation group. Results of the validation procedure were described by sensitivity, specificity, the positive and negative predictive value, the likelihood ratio, accuracy, the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve and pos‐test probability. Results: Two hundred six co‐infected patients were identified with all the selection approaches. From this group of patients, 64 were died and 51 were not found. Therefore, 91 cases were included in this study, together with 91 controls. The estimated prevalence of TB in HIV/AIDS patients in 2000 and 2004 was 0.55% and 0.43%, respectively. In the general population, the prevalence of co‐infection was 2.62 cases for 100000 inhabitants. Seven characteristics were associated to active TB: a) less than 8 years of schooling (adjusted OR = 4.6; 95% CI = 1.5 to 13.8), monthly income less than R$ 600.00 (US$ 300.00) (adjusted OR = 4.8; 95% CI = 1.5 to 14.8), household with more than one family (adjusted OR = 48.7; 95% CI = 3.5 to 672.3), any relative with TB (adjusted OR = 13.6; 95% CI = 2.4 to 78.3), cerebral toxoplasmosis in the last two years (adjusted OR = 7.2; 95% CI = 1.5 to 33.8), lymphocytes T CD4+ count lower than 200 cells/μl in the last two years (adjusted OR = 6.5; 95% CI = 2.1 to 20.1) and non‐use the same HAART regimen in the last 6 months (adjusted OR = 27.2; 95% CI = 7.8 to 95.1). The prediction model was developed with these features with the following scores: 1, 1, 3, 2, 1, 1 and 2, respectively. In the evaluation model, sensibility was 100% (cutoff point = 0), specificity 100% (cut‐off point > 6), the higher positive likelihood ratio of 69 (cut‐off point = 6) and the higher accuracy of 90.1% (cut‐off point = 4). The higher pos‐test probability was 23% (cut‐off point = 6), it was estimated from 0.43% of TB prevalence in HIV/AIDS. Conclusion: It was possible to identify prognostic factors of TB in HIV/AIDS patients in the Federal District and to develop a clinical prediction model.

As variações imunológicas causadas pelo vírus HIV possuem uma grande variação de possibilidades de debilitar as células que apresentam CD4 ou seus coreceptores CCR5 e CXCR4 ( Martinez et al. 1996, Bajetto et al 1997). As alterações celulares iniciam no Sistema Nervoso Central que é o primeiro órgão a ser infectado em contato com o HIV. Quando chega ao SNC o vírus inicia uma série de complexas interações entre as citocinas e ativa os alvos da infecção que são as células microgliais causando encefalopatia e neuropatia (Cohen et al. 1999). Algumas interações ocorrem através do eixo hipotalâmico/hipofisário. O vírus HIV age na hipófise anterior e interfere na liberação de hormônio do crescimento. A homologia observada entre os pentapeptídeos da gp120/HIV e o GHRH (Growth Hormone Release Hormone) demonstram claramente que a gp120/HIV pode interferir com os receptores de VIP/GHRH no hipotálamo e/ou na hipófise parasuprimir diretamente os eventos do GHRH no sistema de liberação do GH (Growth Hormone) (Mulroney et al. 1998). Este fator é sempre associado a qualquer outro sintoma da infecção causada pelo HIV. As alterações clinicas mais importantes desta associação é representada pelo atraso no desenvolvimento em crianças e por perda de massa magra nos adultos (Laue et al. 1990, Mc Kinney et al. 1993). As alterações apresentadas no controle endócrino regulam a liberação de hormônios anabólicos e catabólicos demonstrando a relação com o sistema imune. O exercício físico ativa a ativação do eixo Hipotalâmico/Hipofisário e gera aumento na secreção de Hormônio do Crescimento (Rowland 1993) estimulando efeitos como o aumento da síntese proteica com a promoção do ganho de massa muscular e estimula o crescimento dos ossos. Este processo é maior no exercício agudo do que no exercício crônico. O controle adequado da intensidade e da duração do exercício físico pode equilibrar os benefícios de um programa inicial de treinamento como complemento ao tratamento da doença. As crianças HIV- sofrem alterações induzidas pelo exercício no sistema imune incluindo aumento nos leucócitos, aumento na resposta proliferativa dos leucócitos e aumento na função das células NK e LAK. O interessante é que as crianças HIV+ demonstram menor habilidade para mobilizar neutrófilos e as células que ativam os linfócitos, principalmente NK que crianças HIV- (Pedersen; Hoffmann-Goetz; 2000).

As mutações de resistência aos anti-retrovirais e a diversidade genética do HIV-1 são os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O objetivo deste estudo foi descrever a diversidade genética do gene pol do HIV-1 bem como determinar o perfil de mutação de resistência às drogas em indivíduos infectados e sob falha terapêutica no estado do Rio Grande do Sul. Foram colhidas 183 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1 durante o período de outubro de 2004 a setembro de 2005 para a realização do teste de resistência genotípica no Laboratório da Rede Nacional de Genotipagem do Rio Grande do Sul (Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde). Para a genotipagem foi utilizado o sistema ViroseqTM (Celera Diagnostic-Abbott, EUA). A subtipagem e a avaliação das mutações de resistência para o HIV-1 foram baseadas no gene pol (região da protease e da transcriptase reversa). O subtipo B (53,2%) foi o mais prevalente nos pacientes HIV-1 acompanhados para avaliação de falha terapêutica no Rio Grande do Sul, seguido pelo subtipo C (31.6%) e subtipo F (6.5%). Dos genomas que formaram um grupo monofilético com o subtipo C, 32% tiveram um segmento curto do subtipo B na região da transcriptase reversa, formando um subgrupo com um padrão similar de recombinação e carreando uma nova assinatura de aminoácidos para a região da transcriptase reversa. Outros padrões de recombinação também foram observados (8.2%). Nenhum parâmetro laboratorial ou características sócio-demográficas foi associado a qualquer subtipo específico. Todos os pacientes infectados com vírus recombinantes foram provenientes da região metropolitana. O perfil genotípico das mutações de resistência associadas aos inibidores da transcriptase reversa mostrou uma alta freqüência da mutação M184V seguida das mutações associadas à timidina. A mutação K103N foi a mais prevalente para os inibidores da transcriptase reversa não nucleosídicos e o perfil de mutações associado aos inibidores da protease, mostrou as mutações L63P, M36I/V, e L10V/I como as mais prevalentes. Uma clara associação entre os subtipos e mutações de resistência e polimorfismos associados aos inibidores da protease e da transcriptase reversa foi observada. A manutenção do programa de genotipagem para pacientes infectados pelo HIV-1 é importante para o manejo da terapia anti-retroviral e para o monitoramento da peculiar epidemia molecular do HIV-1 nesta região do Brasil. / The anti-retroviral resistance mutations and viral genetic diversity are the main obstacles in the fight against AIDS. The objectives of the present study are to describe the genetic diversity of HIV-1 pol gene and to determine the drug resistance profile among infected individuals failing highly active antiretoviral therapy in the state of Rio Grande do Sul, Brasil. Plasma samples from 183 patients were collected during the years 2004 and 2005 to perform the viral resistance genotyping at RENAGENO Laboratory from Rio Grande do Sul (Fundação de Produção e Pesquisa em Saúde). Viral resistance genotyping was performed using ViroseqTM Genotyping System (Celera Diagnostic-Abbott, US). The subtyping and evaluation of the anti-retroviral resistance mutations were based on polymerase gene (pol) sequences (protease and reverse transcriptase- RT regions). The subtype B was the most prevalente (53.2%) in HIV-1 patients from Rio Grande do Sul failing HAART, followed by subtype C (31.6%) and subtype F (6.5%). Thirty-two percent of the genomes clustering in clade C have a small clade B segment at the reverse transcriptase, forming a sub-cluster within clade C with a similar CB recombinant structure and carrying new amino acid signatures. Other mosaic genomes were also observed (8,2%). No laboratory parameter or social-demographic issues was associated with any specific subtype. However the infected individuals whit pol recombinants viruses were founded only in metropolitan region. The genotyping profile associated to the reverse transcriptase inhibitors showed a high frequency of the M184V mutation followed by the timidine-associated mutations. The K103N mutation was the most prevalent for the non-nucleoside RT inhibitor and the resistance associated to protease inhibitor showed the minor L63P, M36I/V and L10V/I mutations as the most prevalent. A clear association between subtype and drug resistance mutations or molecular polymorphisms was observed in this study at protease and transcriptase genes. The maintenance of resistance genotyping programs for HIV-1 patients failing HAART is of great importance for the management of ARV therapies and to monitor the peculiar HIV-1 molecular epidemy in this region of Brazil.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-12-03T17:12:28Z No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-03T17:12:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano Fernando. Diversidade molecular do vírus da imunodeficiência humana tipo 1 no Estado da Bahia.pdf: 1800707 bytes, checksum: fd3fd39de36c36138cbe968ca109c794 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A análise de sequências genômicas é uma forma poderosa para se estudar a diversidade do HIV-1 e sua expansão nas populações, além de ser crucial para dar suporte à vigilância epidemiológica e ao desenvolvimento de terapias e vacinas eficazes. Neste estudo foram geradas sequências dos genes gag e env do HIV-1 de 61 pacientes infectados em Salvador e do pol de 58 pacientes de Feira de Santana, Bahia, Brasil. A bioinformática foi utilizada para subtipar, genotipar as mutações de resistência, determinar a pressão seletiva e predizer o uso de coreceptor. Em Salvador, 92,6% das amostras foram do subtipo B e 7,4% foram recombinantes BF1. Em Feira de Santana, 67,2% foram do subtipo B, 6,9% F1, 1,7% C e 24,1% BF1. Onze (19,0%) destes isolados apresentaram mutações de resistência. Pacientes infectados pelo B tinham em média 0,4 mutações de resistência e nenhuma mutação deste tipo foi observada em BF1. Com base na caracterização da alça V3 do gene env em 43 amostras de Salvador, foram encontradas 18,2% de variantes brasileiras (B’-GWGR), 46,5% de GPGR e 34,9% de GXGX. O tempo médio de diagnóstico positivo foi de 13 anos para o subtipo B' e 9 anos para o subtipo B (GPGR + GXGX). Setenta e seis por cento destes vírus fazem uso do coreceptor CCR5, enquanto 24% foram classificados como capazes de usar o CXCR4. Encontramos uma associação entre o subtipo B’ e um maior tempo em anos de diagnóstico positivo para HIV-1. As prevalências de subtipo B' e de recombinante B/F1 em Salvador foram menores do que as encontradas em estudos anteriores na Bahia e no Brasil, por outro lado, em Feira de Santana foi encontrada uma alta prevalência de B/F1. / Genomic analysis of sequences is a powerful tool to perform studies in HIV-1 diversity and expansion in the populations and it is crucial to give support to epidemiological surveillance, new therapies and vaccines development. In this study, sequences were generated from gag and env genes from 61 HIV-1 infected patients sampled in Salvador and from pol gene in 58 infected patients sampled in Feira de Santana, Bahia, Brazil. Bioinformatic tools were used to subtype, genotype the resistance mutations, determine the selective pressure and to predict coreceptor use. In Salvador, 92.6% of the samples were subtype B and 7.4% were recombinant BF1. In Feira de Santana, 67.2% of the samples were subtype B, 6.9% were F1, 1.7% was C and 24,1% were recombinant BF1. Eleven (19.0%) of these isolates presented resistance mutations. HIV-1 subtype B infected individuals had, in average, 0.4 resistance mutations by sequence and no mutation was observed in BF1. With regard to V3 loop of gene env, it was found 18.2% of Brazilian variants (B'-GWGR), 46.5% of GPGR and 34.9% of GXGX. The env sequences showed through to negative pressure. The time, in average, since the diagnosis was 13 years among subtype B' and 9 years among subtype B isolates. Seventy-six percent of these viruses use the CCR5 coreceptor, while 24% were able to use CXCR4. We have found an association between subtype B’ and a longer period of time since the HIV positive diagnosis. The prevalence of B’ and B/F1 in Salvador were smaller than the found in previous studies in Bahia state and in Brazil, on the other hand, in Feira de Santana it was found a higher prevalence of B/F1.

Diferentes mecanismos envolvidos no controle da infecção pelo HIV-1 dependem, além de fatores virais, da variabilidade genética do hospedeiro. Assim, foi observado que os receptores tipo Toll (TLRs) endossomais, tais como TLR7, 8 e 9, estão envolvidos no reconhecimento de ácidos nucleicos derivados de vírus, como o HIV-1. Sendo que TLR7/8 reconhecem RNA simples fita (ssRNA) e TLR9 reconhece DNA dupla ou simples fita (ssDNA/dsDNA). Observou-se que o ssRNA derivado de HIV-1 é reconhecido pelos TLR7/8, os quais estimulam células dendríticas (DCs) e macrófagos à produção de interferons (IFNs) e citocinas pró-inflamatórias. Também foi observado que a proteína gp120 do HIV inibe a ativação das DCs plasmocitóides (pDCs), que expressam TLR9, consequentemente inibindo produção de IFN-α. Variantes nos genes TLR7/8/9 já foram associadas com a infecção ao HIV-1 e outras doenças inflamatórias, autoimunes e infecciosas. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência dos polimorfismos genéticos potencialmente funcionais: rs179008 no TLR7, rs3764880 no TLR8, rs5743836 e rs352140 no TLR9 em 366 pacientes adultos HIV+ e 415 indivíduos adultos saudáveis provenientes do sul do Brasil. O polimorfismo rs5743836 do TLR9 foi genotipado através da técnica de PCR alelo específico BIPASA enquanto que os demais polimorfismos por PCR-RFLP. As frequências genotípicas e haplotípicas foram comparadas usando o teste de Qui-quadrado e as frequências alélicas usando o teste Exato de Fisher. As comparações foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica e o sexo. Quando comparamos indivíduos HIV+ eurodescendentes com o grupo controle, observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas para o polimorfismo rs5743836 no TLR9 (P=0,011 e P=0,028, respectivamente), sendo que a frequência do genótipo CC foi maior nos pacientes quando comparado com os controles (residual P=0,040) conferindo susceptibilidade à infecção (OR=1,53; 95% IC: 1,05-2,23; P=0,030, modelo dominante). Na comparação dos indivíduos HIV+ afrodescendentes com o grupo controle, houve uma menor frequência do genótipo TC nos pacientes (residual P=0,006), sendo que esse genótipo foi associado com proteção à infecção (OR=0,60; 95% IC: 0,36-0,99; P=0,049, modelo dominante). Na análise de haplótipos dos polimorfismos rs5743836 e rs352140 do TLR9, as frequências haplotípicas estimadas não foram diferentes na comparação entre pacientes e controles. Em relação aos polimorfismos do TLR7 e TLR8 também não observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas quando comparamos pacientes e controles. Nossos resultados demonstram o papel fundamental do polimorfismo rs5743836 na infecção do HIV e a importância do background genético entre os grupos étnicos que influenciam na susceptibilidade frente ao vírus. / Different mechanisms are involved in the control of HIV infection, as viral factors and genetic variability on the host. Thus, intracellular Toll-like receptors (TLRs), such as TLR7/8/9, are involved in the recognition of nucleic acids derived from viruses. TLR7/8 recognizes simple RNA strand (ssRNA) and TLR9 recognizes simple or double DNA strand (ss/dsDNA). It was showed that the ssRNA derived from HIV is recognized by TLR7/8 and stimulates DCs and macrophages to secrete IFN-α and proinflammatory cytokines. Also, a direct interaction of HIV gp120 with pDCs inhibits TLR9-mediated responses, including pDC activation and IFN-α secretion. TLR7/8/9 polymorphisms have been associated with HIV infection and other inflammatory autoimmune and infectious diseases. The aim of this study was to evaluate the influence of the rs179008 TLR7, rs3764880 TLR8 and rs5743836/rs352140 TLR9 polymorphisms, potentially functional, in 366 HIV+ adults patients and 415 healthy adults subjects from the Southern Brazil. The rs5743836 polymorphism was genotyped by allele specific PCR-BIPASA while the other variants by PCR-RFLP. Genotypic and haplotypic frequencies were compared using the Chi-square test and allele frequencies using the Fisher's exact test. The comparisons were made by subdividing the sample according to ethnicity and gender. In European-derived individuals, differences in genotypic and allelic frequencies was observed for the rs5743836 as compared patients with controls (P=0.028 and P=0.011, respectively). Also, a higher frequency for the CC genotype in patients as compared with controls (residual P=0.040), this genotype conferring susceptibility to HIV-1 infection (OR=1,53; 95% CI: 1,05-2,23; P=0,030, dominant model). In African-derived individuals, was observed that the rs5743836 TC genotype frequency was lower in patients as compared to controls (residual P=0,006) being associated with protection against to HIV infection (OR=0,60; 95% CI: 0,36-0,99; P=0,049). No differences in allelic and genotypic frequencies were observed for the TLR7/8 polymorphisms or haplotypic frequencies of TLR9 variants, comparing patients and controls. Our results suggest that the rs5743836 TLR9 polymorphism has an important role in HIV-1 infection since it was associated with susceptibility in Euro-derived and Afro-derived individuals. Keywords: TLRs, HIV-1, ethnicity, polymorphisms.