Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-16Bitstream added on 2014-06-13T19:34:22Z : No. of bitstreams: 1 silva_jc_me_arafcf.pdf: 1130600 bytes, checksum: 7c00c4a3deedeb905819b7bbb4d0d62c (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Com o surgimento da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (AIDS) em 1981, observou-se tanto em países desenvolvidos como nos países em desenvolvimento um aumento do número de casos notificados de Tuberculose, principalmente em indivíduos infectados pelo HIV. Como agravante nos casos de co-infecção, existe a resistência aos anti-retrovirais, e uma das principais razões é a grande variabilidade genética do HIV. A genotipagem do HIV tornou-se uma ferramenta essencial para orientar e maximizar os benefícios do tratamento anti-retroviral dos pacientes HIV positivos. Neste estudo, pretendeu-se avaliar em um período de 6 meses os perfis imunológico e viral associados à freqüência de mutações no gene “pol” do HIV-1 em pacientes co-infectados HIV-Tuberculose. A casuística compreendeu 33 indivíduos de ambos os sexos e faixa etária entre 12 e 63 anos. Quatro grupos foram estudados: Grupo A (n=19) HIV tratando com anti-retroviral; e co-infectados: Grupo B (n=7) tratando com anti-retroviral; Grupo C (n=4) tratando com tuberculostático e Grupo D (n=3) tratando com anti-retroviral e tuberculostático. O perfil imunológico foi avaliado pela determinação quantitativa de fenótipos CD3/CD4 e CD3/CD8 de linfócitos do sangue periférico; perfil viral foi determinado pela quantificação da viremia RNA-HIV-plasmática; e os polimorfismos na região genômica “pol” avaliado pelo sequenciamento de cDNA. No entanto, na avaliação das contagens de Linfócitos T CD4/CD8 realizada para comparar os grupos foi notada uma tendência de redução das medianas no grupo D, pacientes que realizam tratamento duplo. Os demais grupos apresentaram um perfil imunológico satisfatório (CD4>400 células/μl) e a relação CD4/CD8 mantida inferior a 1.0. Dentre esses, o grupo que melhor apresentou perfil imunológico foi o constituído por indivíduos... / With the outbreak of the Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) in 1981, it was observed both in developed countries and in developing countries an increase in the number of known cases of Tuberculosis, mainly in HIV infected individuals. As an aggravation in the co-infection cases there is the anti-retroviral resistance, and one of the main reasons is the HIV great genetic variability. The HIV genotyping became an essential tool to guide and maximize the benefits of the anti-retroviral treatment of positive HIV patients. In this study, it was intended to evaluate in a period of 6 months the immunology and viral profiles associated with the frequency of mutations in the HIV-1 “pol” gene in HIV-Tuberculosis co-infected patients. The study involved 33 individuals of both the sexes and ages between 12 and 63 years. Four groups were studied: Group A (n=19) HIV only under treatment with anti-retroviral drugs; and co-infected: Group B (n=7) under treatment with anti-retroviral drugs; Group C (n=4) under treatment with tuberculostatic drugs and Group D (n=3) under treatment with anti-retroviral and tuberculostatic drugs. The immunology profile was evaluated by quantitative determination of phenotype CD3/CD4 and CD3/CD8 of peripheral blood lymphocytes; viral profile was determined by quantification of the RNA-HIV-plasmatic viremia; and the polymorphisms in the “pol” genomic region were evaluated by sequencing of cDNA. The results were evaluated by non parametric “t” test and ANOVA and the demonstrated median showed that there was not significant difference (p>0,05) among the parameters of CD4/CD8 and viral load in the different studied groups. However, in the Lymphocyte counting evaluation the T CD4/CD8 carried out to compare the groups it was noticed a median reduction trend in group D, patients under double treatment. The other groups presented a satisfactory immunology profile (CD4>400 cells/μl) and the relation CD4/CD8 was kept below 1.

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As mutações de resistência aos anti-retrovirais e a diversidade genética do HIV-1 são os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O objetivo deste estudo foi descrever a diversidade genética do gene pol do HIV-1 bem como determinar o perfil de mutação de resistência às drogas em indivíduos infectados e sob falha terapêutica no estado do Rio Grande do Sul. Foram colhidas 183 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1 durante o período de outubro de 2004 a setembro de 2005 para a realização do teste de resistência genotípica no Laboratório da Rede Nacional de Genotipagem do Rio Grande do Sul (Fundação Estadual de Produção e Pesquisa em Saúde). Para a genotipagem foi utilizado o sistema ViroseqTM (Celera Diagnostic-Abbott, EUA). A subtipagem e a avaliação das mutações de resistência para o HIV-1 foram baseadas no gene pol (região da protease e da transcriptase reversa). O subtipo B (53,2%) foi o mais prevalente nos pacientes HIV-1 acompanhados para avaliação de falha terapêutica no Rio Grande do Sul, seguido pelo subtipo C (31.6%) e subtipo F (6.5%). Dos genomas que formaram um grupo monofilético com o subtipo C, 32% tiveram um segmento curto do subtipo B na região da transcriptase reversa, formando um subgrupo com um padrão similar de recombinação e carreando uma nova assinatura de aminoácidos para a região da transcriptase reversa. Outros padrões de recombinação também foram observados (8.2%). Nenhum parâmetro laboratorial ou características sócio-demográficas foi associado a qualquer subtipo específico. Todos os pacientes infectados com vírus recombinantes foram provenientes da região metropolitana. O perfil genotípico das mutações de resistência associadas aos inibidores da transcriptase reversa mostrou uma alta freqüência da mutação M184V seguida das mutações associadas à timidina. A mutação K103N foi a mais prevalente para os inibidores da transcriptase reversa não nucleosídicos e o perfil de mutações associado aos inibidores da protease, mostrou as mutações L63P, M36I/V, e L10V/I como as mais prevalentes. Uma clara associação entre os subtipos e mutações de resistência e polimorfismos associados aos inibidores da protease e da transcriptase reversa foi observada. A manutenção do programa de genotipagem para pacientes infectados pelo HIV-1 é importante para o manejo da terapia anti-retroviral e para o monitoramento da peculiar epidemia molecular do HIV-1 nesta região do Brasil. / The anti-retroviral resistance mutations and viral genetic diversity are the main obstacles in the fight against AIDS. The objectives of the present study are to describe the genetic diversity of HIV-1 pol gene and to determine the drug resistance profile among infected individuals failing highly active antiretoviral therapy in the state of Rio Grande do Sul, Brasil. Plasma samples from 183 patients were collected during the years 2004 and 2005 to perform the viral resistance genotyping at RENAGENO Laboratory from Rio Grande do Sul (Fundação de Produção e Pesquisa em Saúde). Viral resistance genotyping was performed using ViroseqTM Genotyping System (Celera Diagnostic-Abbott, US). The subtyping and evaluation of the anti-retroviral resistance mutations were based on polymerase gene (pol) sequences (protease and reverse transcriptase- RT regions). The subtype B was the most prevalente (53.2%) in HIV-1 patients from Rio Grande do Sul failing HAART, followed by subtype C (31.6%) and subtype F (6.5%). Thirty-two percent of the genomes clustering in clade C have a small clade B segment at the reverse transcriptase, forming a sub-cluster within clade C with a similar CB recombinant structure and carrying new amino acid signatures. Other mosaic genomes were also observed (8,2%). No laboratory parameter or social-demographic issues was associated with any specific subtype. However the infected individuals whit pol recombinants viruses were founded only in metropolitan region. The genotyping profile associated to the reverse transcriptase inhibitors showed a high frequency of the M184V mutation followed by the timidine-associated mutations. The K103N mutation was the most prevalent for the non-nucleoside RT inhibitor and the resistance associated to protease inhibitor showed the minor L63P, M36I/V and L10V/I mutations as the most prevalent. A clear association between subtype and drug resistance mutations or molecular polymorphisms was observed in this study at protease and transcriptase genes. The maintenance of resistance genotyping programs for HIV-1 patients failing HAART is of great importance for the management of ARV therapies and to monitor the peculiar HIV-1 molecular epidemy in this region of Brazil.

As variações imunológicas causadas pelo vírus HIV possuem uma grande variação de possibilidades de debilitar as células que apresentam CD4 ou seus coreceptores CCR5 e CXCR4 ( Martinez et al. 1996, Bajetto et al 1997). As alterações celulares iniciam no Sistema Nervoso Central que é o primeiro órgão a ser infectado em contato com o HIV. Quando chega ao SNC o vírus inicia uma série de complexas interações entre as citocinas e ativa os alvos da infecção que são as células microgliais causando encefalopatia e neuropatia (Cohen et al. 1999). Algumas interações ocorrem através do eixo hipotalâmico/hipofisário. O vírus HIV age na hipófise anterior e interfere na liberação de hormônio do crescimento. A homologia observada entre os pentapeptídeos da gp120/HIV e o GHRH (Growth Hormone Release Hormone) demonstram claramente que a gp120/HIV pode interferir com os receptores de VIP/GHRH no hipotálamo e/ou na hipófise parasuprimir diretamente os eventos do GHRH no sistema de liberação do GH (Growth Hormone) (Mulroney et al. 1998). Este fator é sempre associado a qualquer outro sintoma da infecção causada pelo HIV. As alterações clinicas mais importantes desta associação é representada pelo atraso no desenvolvimento em crianças e por perda de massa magra nos adultos (Laue et al. 1990, Mc Kinney et al. 1993). As alterações apresentadas no controle endócrino regulam a liberação de hormônios anabólicos e catabólicos demonstrando a relação com o sistema imune. O exercício físico ativa a ativação do eixo Hipotalâmico/Hipofisário e gera aumento na secreção de Hormônio do Crescimento (Rowland 1993) estimulando efeitos como o aumento da síntese proteica com a promoção do ganho de massa muscular e estimula o crescimento dos ossos. Este processo é maior no exercício agudo do que no exercício crônico. O controle adequado da intensidade e da duração do exercício físico pode equilibrar os benefícios de um programa inicial de treinamento como complemento ao tratamento da doença. As crianças HIV- sofrem alterações induzidas pelo exercício no sistema imune incluindo aumento nos leucócitos, aumento na resposta proliferativa dos leucócitos e aumento na função das células NK e LAK. O interessante é que as crianças HIV+ demonstram menor habilidade para mobilizar neutrófilos e as células que ativam os linfócitos, principalmente NK que crianças HIV- (Pedersen; Hoffmann-Goetz; 2000).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-09Bitstream added on 2014-06-13T20:27:26Z : No. of bitstreams: 1 alho_mjo_me_botfm.pdf: 749891 bytes, checksum: 3d5f6a497d3423875e704bf6e56656f7 (MD5) / Ministério da Saúde / Fundação para o Desenvolvimento Médico e Hospitalar (Famesp) / Secretaria do Estado da Saúde de São Paulo / Em 1997 o Departamento de DST/AIS e Hepatites Virais estruturou em todo Brasil uma rede de laboratórios para realizar o exame de Carga Viral Plasmática do HIV (CV) denominada Rede Nacional de Carga Viral. O exame quantifica o RNA do HIV no plasma do paciente infectado utilizando a metodologia do branched-DNA, um ensaio de amplificação do sinal luminescente, o qual utiliza uma plataforma de detecção. Atualmente, esta rede é reconhecida internacionalmente e realiza 520.000 exames/ano. No entanto, vários fatores podem influenciar o resultado do exame como integridade do RNA, volume de amostra disponível, método e plataforma utilizados. Assim, o Departamento de DST/AIDS e Hepatites Virais implantou um protocolo pré-analítico para ser utilizado em todo o território nacional. Entretanto, as regiões brasileiras são muito diferentes e alguns laboratórios não conseguem seguir este protocolo. O objetivo deste estudo foi (a) avaliar as diferentes condições de transporte e armazenamento das amostras utilizadas no teste de CV, (b) validar a utilização de volumes iniciais de plasma inferiores ao preconizado, (c) comparar plataformas de detecção e (d) metodologias disponíveis para a execução do exame. Os resultados mostraram que as amostras podem ser processadas em até 8 h sem perda ou degradação do RNA, volumes iniciais inferiores ao preconizado podem ser utilizado com perda de sensibilidade e, as duas plataformas disponíveis no Brasil são equivalentes para a execução do teste. Apesar de existirem outras metodologias para a realização do teste, os resultados podem ser diferentes mostrando a necessidade da utilização da mesma metodologia em todo Brasil / The Department of the DST/AIDS and Viral Hepatitis implemented since 1997 a laboratory network in all Brazil to perform the HIV plasma viral load (PVL) test named Viral Load National Network as part of the attendance to infected patient. This exam quantify the HIV plasma RNA in infected patient using Branched-DNA methodology, a signal amplification nucleic acid probe assay, which use a detection platform. Nowadays this network has international appreciation and to execute 520.000 tests/year. However, several factors can alter the result of the test as RNA integrity, available sample volume, used method and detection platform. Then an optimized pre-analytic protocol was implanted by Department of the DST/Aids to be used in all national territory. However the Brazil regions are many different and some laboratories don’t get lead this protocol. The goal of this study was (a) to evaluate the different transport and storage conditions of the samples used to the PVL test, (b) to valid the use of the lower plasma initial input in the exam, (c) to compare the detection platforms and (d) methods available to execution of the test. The results showed blood sample can be process in until 8h after collection without RNA loss or degradation, lower initial input can be used with loss of sensibility and the two detection platforms available in Brazil are equivalent. In spite of others methods are available to execution of test, the results can be distinct showing the importance of the all laboratories in Brazil used the same method

Diferentes mecanismos envolvidos no controle da infecção pelo HIV-1 dependem, além de fatores virais, da variabilidade genética do hospedeiro. Assim, foi observado que os receptores tipo Toll (TLRs) endossomais, tais como TLR7, 8 e 9, estão envolvidos no reconhecimento de ácidos nucleicos derivados de vírus, como o HIV-1. Sendo que TLR7/8 reconhecem RNA simples fita (ssRNA) e TLR9 reconhece DNA dupla ou simples fita (ssDNA/dsDNA). Observou-se que o ssRNA derivado de HIV-1 é reconhecido pelos TLR7/8, os quais estimulam células dendríticas (DCs) e macrófagos à produção de interferons (IFNs) e citocinas pró-inflamatórias. Também foi observado que a proteína gp120 do HIV inibe a ativação das DCs plasmocitóides (pDCs), que expressam TLR9, consequentemente inibindo produção de IFN-α. Variantes nos genes TLR7/8/9 já foram associadas com a infecção ao HIV-1 e outras doenças inflamatórias, autoimunes e infecciosas. O objetivo deste estudo foi avaliar a influência dos polimorfismos genéticos potencialmente funcionais: rs179008 no TLR7, rs3764880 no TLR8, rs5743836 e rs352140 no TLR9 em 366 pacientes adultos HIV+ e 415 indivíduos adultos saudáveis provenientes do sul do Brasil. O polimorfismo rs5743836 do TLR9 foi genotipado através da técnica de PCR alelo específico BIPASA enquanto que os demais polimorfismos por PCR-RFLP. As frequências genotípicas e haplotípicas foram comparadas usando o teste de Qui-quadrado e as frequências alélicas usando o teste Exato de Fisher. As comparações foram realizadas subdividindo os indivíduos de acordo com a origem étnica e o sexo. Quando comparamos indivíduos HIV+ eurodescendentes com o grupo controle, observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas para o polimorfismo rs5743836 no TLR9 (P=0,011 e P=0,028, respectivamente), sendo que a frequência do genótipo CC foi maior nos pacientes quando comparado com os controles (residual P=0,040) conferindo susceptibilidade à infecção (OR=1,53; 95% IC: 1,05-2,23; P=0,030, modelo dominante). Na comparação dos indivíduos HIV+ afrodescendentes com o grupo controle, houve uma menor frequência do genótipo TC nos pacientes (residual P=0,006), sendo que esse genótipo foi associado com proteção à infecção (OR=0,60; 95% IC: 0,36-0,99; P=0,049, modelo dominante). Na análise de haplótipos dos polimorfismos rs5743836 e rs352140 do TLR9, as frequências haplotípicas estimadas não foram diferentes na comparação entre pacientes e controles. Em relação aos polimorfismos do TLR7 e TLR8 também não observamos diferenças nas frequências alélicas e genotípicas quando comparamos pacientes e controles. Nossos resultados demonstram o papel fundamental do polimorfismo rs5743836 na infecção do HIV e a importância do background genético entre os grupos étnicos que influenciam na susceptibilidade frente ao vírus. / Different mechanisms are involved in the control of HIV infection, as viral factors and genetic variability on the host. Thus, intracellular Toll-like receptors (TLRs), such as TLR7/8/9, are involved in the recognition of nucleic acids derived from viruses. TLR7/8 recognizes simple RNA strand (ssRNA) and TLR9 recognizes simple or double DNA strand (ss/dsDNA). It was showed that the ssRNA derived from HIV is recognized by TLR7/8 and stimulates DCs and macrophages to secrete IFN-α and proinflammatory cytokines. Also, a direct interaction of HIV gp120 with pDCs inhibits TLR9-mediated responses, including pDC activation and IFN-α secretion. TLR7/8/9 polymorphisms have been associated with HIV infection and other inflammatory autoimmune and infectious diseases. The aim of this study was to evaluate the influence of the rs179008 TLR7, rs3764880 TLR8 and rs5743836/rs352140 TLR9 polymorphisms, potentially functional, in 366 HIV+ adults patients and 415 healthy adults subjects from the Southern Brazil. The rs5743836 polymorphism was genotyped by allele specific PCR-BIPASA while the other variants by PCR-RFLP. Genotypic and haplotypic frequencies were compared using the Chi-square test and allele frequencies using the Fisher's exact test. The comparisons were made by subdividing the sample according to ethnicity and gender. In European-derived individuals, differences in genotypic and allelic frequencies was observed for the rs5743836 as compared patients with controls (P=0.028 and P=0.011, respectively). Also, a higher frequency for the CC genotype in patients as compared with controls (residual P=0.040), this genotype conferring susceptibility to HIV-1 infection (OR=1,53; 95% CI: 1,05-2,23; P=0,030, dominant model). In African-derived individuals, was observed that the rs5743836 TC genotype frequency was lower in patients as compared to controls (residual P=0,006) being associated with protection against to HIV infection (OR=0,60; 95% CI: 0,36-0,99; P=0,049). No differences in allelic and genotypic frequencies were observed for the TLR7/8 polymorphisms or haplotypic frequencies of TLR9 variants, comparing patients and controls. Our results suggest that the rs5743836 TLR9 polymorphism has an important role in HIV-1 infection since it was associated with susceptibility in Euro-derived and Afro-derived individuals. Keywords: TLRs, HIV-1, ethnicity, polymorphisms.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-15T19:36:22Z No. of bitstreams: 1 2014_ThaisPereiradaCunha.pdf: 687462 bytes, checksum: 8bc82727c0a8d9944dd94f9411e2334d (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-10-17T14:16:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_ThaisPereiradaCunha.pdf: 687462 bytes, checksum: 8bc82727c0a8d9944dd94f9411e2334d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-17T14:16:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_ThaisPereiradaCunha.pdf: 687462 bytes, checksum: 8bc82727c0a8d9944dd94f9411e2334d (MD5) / A falta de adesão à terapia antirretroviral (TARV) é um dos principais determinantes de falha virológica. Alguns estudos apontam que há necessidade de uso de no mínimo 95% das doses recomendadas para obter sucesso terapêutico. Este trabalho teve como objetivo descrever a resposta da TARV em pessoas vivendo com HIV/aids (PVHA) utilizando os registros de dispensação como indicadores de adesão ao tratamento. Trata-se de estudo transversal realizado no Hospital Universitário de Brasília, no Distrito Federal. Foram coletados os dados de dispensação do período de janeiro de 2011 a junho de 2013 e os resultados de carga viral e linfócitos TCD4 foram obtidos dos prontuários. A adesão das PVHA foi avaliada de acordo com a retirada da TARV e as respostas virológica e imunológica dos esquemas foram analisadas. Foram incluídos no estudo 274 PVHA, sendo a maioria do sexo masculino (68%), com idade média de 44 ± 9,9 anos e tempo médio de uso da TARV, estimado pelo tempo de cadastro no Siclom, de 7 ± 3,6 anos. Cerca de 90% dos indivíduos usavam esquemas de ARV de acordo com o protocolo de tratamento vigente. Em relação à adesão, 41% retiraram medicamentos para 95% ou mais do tempo de tratamento, 29% para 80 a 94,9% e 30% para menos de 80% do tempo de tratamento. Entre os pacientes com boa adesão (?95%) 91,2% apresentaram carga viral indetectável e 92% contagem de linfócitos TCD4 maior que 200. O registro de dispensação mostrou-se útil na avaliação das respostas da TARV e o sistema de controle nacional da dispensação de antirretrovirais pode ser usado como estratégia para evitar o abandono em indivíduos com retirada irregular de medicamentos. Os esquemas de tratamento da aids avaliados apresentaram boas respostas virológica e imunológica. No entanto, ainda são necessários esforços para melhorar a adesão ao tratamento. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Lack of adherence to antiretroviral therapy (ART) is a major determinant of virological failure. Studies have shown that successful treatment requires the use of at least 95% of recommended doses. The purpose of this cross-sectional investigation was to employ dispensing records as indicators of treatment adherence, so as to describe responses to ART in persons living with HIV/AIDS (PLWHAs). The study was conducted at the Hospital Universitário de Brasília, Brazil. Dispensing data were collected from January 2011 to June 2013. Data on viral load and CD4 T lymphocytes were obtained from medical records. Evaluation of adherence by PLWHA was based on antiretroviral pickup and analysis of virological and immunological responses to drug regimens. Of the 274 patients included in the study, 68% were male. Mean age was 44 ± 9.9 years. Mean duration of ART, estimated from the date of registration at the National Medication Logistics Control System (SICLOM), was 7 ± 3.6 years. In roughly 90% of patients, ART regimens conformed to the current treatment protocol. With regard to adherence, 41% picked up medication for 95% or more of the treatment time, 29% for 80-94.9%, and 30% for less than 80% of treatment time. Among patients with good adherence (≥95%), viral load was undetectable in 91.2% and CD4+ T lymphocyte counts exceeded 200 in 92%. The use of dispensing records proved useful in the evaluation of responses to ART. The national ART dispensing control system may be a useful strategy to prevent treatment withdrawal by patients with irregular pickup of antiretrovirals. Evaluation of treatment regimens for AIDS revealed good virological and immunological responses. However, efforts to improve adherence to ART are still required.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-11-17T10:32:41Z No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2009-11-26T16:08:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-11-26T16:08:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Eduardo Dias Ramalho.pdf: 1349263 bytes, checksum: 9579c4c27f89a6b47b894a7d5ce79b18 (MD5) Previous issue date: 2006 / Em 2005, cerca de 40 milhões de pessoas viviam com HIV/AIDS no mundo. Desse total, aproximadamente 600 mil residiam no Brasil. Em vista do elevado percentual de infecções pelo HIV-1, o desenvolvimento de vacinas contra esse vírus é uma das prioridades no que se refere à saúde pública mundial. Entretanto, apesar dos estudos sobre esse vírus, pouco se conhece sobre a importância da sua diversidade genética para a eficácia de potenciais vacinas. Assim, conhecer a variabilidade do HIV-1 em diferentes partes do mundo, bem como o seu perfil antigênico, pode ser de fundamental importância para a aplicação dessas. Uma das proteínas mais imunogênicas do HIV-1 é Nef, que desempenha diversas funções importantes durante a infecção viral in vivo, como, por exemplo, aumentar a infectividade e a replicação viral e modular negativamente proteínas presentes na superfície celular. Por essas características, Nef pode ter papel importante na imunização contra o vírus. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar amostras de uma série histórica de isolados do HIV-1 circulantes no Distrito Federal e no estado de Rondônia e, desse modo, contribuir para a caracterização desses vírus, pela descrição da variabilidade do gene nef. Além disso, foram avaliados motivos e resíduos importantes para as atividades biológicas de Nef. Para isso, 33 amostras, 17 do Distrito Federal e 16 de Rondônia, foram amplificadas por nested-PCR para o gene nef e seqüenciadas. Todas foram caracterizadas como pertencentes ao subtipo B. Pela dedução da seqüência de aminoácido foi possível observar que duas amostras apresentaram códons de parada prematuros, devido a mutações que levaram a mundança na fase de leitura do gene. Os motivos e resíduos associados às atividades biológicas de Nef também foram analisados. Os sítios de miristoilação, fosforilação por PKA e reconhecimento de Nef pela protease viral encontraram-se conservados em 100%, 66,6% e 69,7% das amostras, respectivamente. Em relação à modulação de CD4 por Nef, 36,4% das amostras apresentaram todos os motivos e resíduos conservados. Os motivos e resíduos associados à modulação negativa de MHC de classe I estiveram conservados em 57,6% das amostras analisadas, enquanto 54,5% dos isolados apresentaram os motivos envolvidos na modulação de MHC de classe II. Quanto à modulação de CD1d, 45,4% das amostras apresentaram a totalidade de motivos e resíduos associados a essa atividade conservados, enquanto aqueles associados à modulação de CD28 estiveram conservados em 81,8%. Enquanto 93,9% das amostras apresentaram o motivo e o resíduo associados à sinalização para apoptose celular conservados. Em relação às alterações em vias de sinalização celular, 63,6% das amostras apresentaram os motivos e resíduos responsáveis pela interação de Nef com domínios SH3 conservados, enquanto 84,8% mostraram-se conservadas para aqueles necessários para a interação de Nef com proteínas Pak. Quanto aos epitopos de Nef reconhecidos por linfócitos T CD4, 18 dos 29 já descritos na literatura foram observados, sendo que o mais freqüente foi encontrado em 75,8% das amostras. Em relação aos epitopos de Nef reconhecidos por linfócitos T citotóxicos considerados ótimos, o mais freqüente foi observado em 84,8% das amostras. Pelo fato de Nef ser uma das regiões imunodominantes do HIV-1, bem como ser uma proteína da fase precoce da infecção, vacinas que utilizem suas porções antigênicas encontram-se em desenvolvimento. Dessa forma, a caracterização da variabilidade do gene nef pode ser de grande importância para o desenvolvimento de estratégias de utilização de potenciais vacinas anti-HIV-1 futuramente no Distrito Federal e em Rondônia. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Nearly forty million people around the world were living with HIV/AIDS in 2005, about six hundred thousand in Brazil. Thus, the development of vaccines against this virus is a world public health priority. However, despite several studies concerning this virus, little is known about the relevance of its genetic variability to the efficacy of potential vaccines. Consequently, knowing the HIV-1 variability in different parts of the world, and also its antigenic profile, may be of high importance for the applicability of those vaccines. Nef is one of the most immunogenic proteins of HIV-1, it performs many important functions during the viral infection in vivo, such as increase the viral infectivity and replication, and downmodulate proteins of the cell surface. For these characteristics, Nef may have an important role in the immunization against the virus. The present study had as main objective the analysis of samples from a historical series of isolates of HIV-1 circulating in Federal District and Rondônia, and the contribution to the characterization of this virus, by the description of the variability of the nef gene. Additionally, the conservation of important motifs and residues related to the biological activities of Nef were also analyzed. With this purpose, thirty-three samples, seventeen from Federal District and sixteen from Rondônia, were amplified by nested-PCR for the nef gene and sequenced. All of them clustered with subtype B references isolates in the philogenetic analysis. The motifs and residues associated to Nef biological activities were also analyzed. The miristoilation, fosforilation by PKA and recognition of Nef by the viral protease sites were conserved in 100%, 66,6% and 69,7% of the samples, respectively. Considering the CD4 modulation by Nef, 36,4% of the samples presented all the motifs and residues conserved. 57,6% and 54,5% of the samples had all motifs and residues associated to the down-modulation of MHC class I and to the modulation of MHC class II conserved, respectively. Considering the downmodulation of CD1d, 45,4% of the samples had all the motifs and residues associated to this activity, while 81,8% had those associated to the modulation of CD28. 93,9% of the samples had the motif and the residue associated to the signalization of cell apoptosis conserved. Considering Nef effects on cell signalization pathways, 63,6% of the samples presented the motifs and residues responsible for the interaction of Nef with SH3 domains, while 84,8% had those necessary to the interaction of Nef with Pak proteins. Considering the Nef epitopes recognized by T CD4 lymphocytes eighteen of the twenty-nine previously described were observed, the most frequent one occurred in 75,8% of the samples. Considering the Nef epitopes recognized by T cytotoxic lymphocytes, the most frequent one was observed in 84,8% of the samples. Because Nef is one of the most immunodominant regions of HIV-1 virus, as well one early phase protein, vaccines that use its antigenic regions are in development. In this way, the characterization of the variability of the nef gene may be of high importance to the development of utilization strategies for the potential anti-HIV-1 vaccines in Federal District and Rondônia in the future.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2009-11-27T12:51:09Z No. of bitstreams: 1 2007_ClaudinerPereiradeOliveira.PDF: 1257306 bytes, checksum: 80ba64f9f84780f82bd656c86c09fada (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-11-27T13:28:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_ClaudinerPereiradeOliveira.PDF: 1257306 bytes, checksum: 80ba64f9f84780f82bd656c86c09fada (MD5) / Made available in DSpace on 2009-11-27T13:28:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_ClaudinerPereiradeOliveira.PDF: 1257306 bytes, checksum: 80ba64f9f84780f82bd656c86c09fada (MD5) Previous issue date: 2007 / As infecções pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) e pelo vírus da hepatite C (HCV) são consideradas problemas de saúde pública com cerca de 40 milhões de pessoas infectadas com o HIV-1 e cerca de 170 milhões com HCV no mundo. A co-infecção HIV-1/HCV é comum em indivíduos expostos a vias de transmissão percutânea e a hepatite C tem emergido como a principal causa de morte em pacientes HIV-1 soropositivos, devido à alta prevalência do HCV nessa população. O HCV pertence à família Flaviviridae, gênero Hepacivirus, e é classificado em 6 genótipos e múltiplos subtipos. Diferenças na distribuição genotípica são observadas em diferentes áreas do mundo e em um mesmo país. Alguns genótipos do HCV parecem estar relacionados a uma melhor resposta virológica sustentada após o tratamento, como os genótipos 2 e 3, que apresentam melhor resposta do que indivíduos infectados com os genótipos 1 e 4. Existem poucos dados sobre populações de co-infectados com HIV-1/HCV, a prevalência dos genótipos é relatada para as infecções separadamente nas diferentes populações. Assim, esse trabalho teve como objetivo caracterizar a prevalência dos genótipos e subtipos do HCV na população de co-infectados com HIV-1/HCV no Distrito Federal e entorno. Para isso foram analisadas 45 amostras de indivíduos co-infectados com HIV-1 e anti-HCV positivos por meio de amplificação por PCR das regiões genômicas 5‟UTR e NS5B do HCV seguida de seqüenciamento e análise filogenética. O genótipo 1 foi o mais prevalente (81%), seguido dos genótipos 3 (10%), 2 (6%) e 4 (3%). Esse resultado está de acordo com relatos de outros estudos da região Centro-Oeste, onde existe maior prevalência do genótipo 1. Os genótipos 2 e 4, raros no Brasil, foram descritos pela primeira vez na população HCV positiva do Distrito Federal (DF). A concordância entre os resultados obtidos por meio da análise de homologia das seqüências pelo programa HCV-BLAST para as regiões 5‟UTR e NS5B foi de 97% para os genótipos e 90% para os subtipos, corroborando o descrito na literatura sobre a necessidade da análise de mais de uma região para a correta determinação do subtipo. A análise filogenética das seqüências definiu os genótipos e subtipos divergentes. A presença de genótipos 1, 2, 3 e 4 do HCV na população de co-infectados com HIV-1 atendidos no DF indica a importância da genotipagem nessa população uma vez que esses genótipos têm importância clínica na predição da resposta ao tratamento antiviral, sendo o HCV-1 o que responde mal ao tratamento ao tratamento. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Human immunodeficiency virus (HIV-1) and Hepatitis C virus (HCV) are considered problems of public health with about 40 millions infected by HIV-1 and 170 millions infected by HCV worldwide. The co-infection HIV-1/HCV is common in individuals exposed to percutaneous pathways and the hepatitis C has been emerging as the main cause of death in HIV-1 positive individuals due the high prevalence of HCV in this population. The HCV is classified into 6 genotypes and several subtypes. Differences in the genotypic distribution are observed in different areas worldwide and within a country. Some HCV genotypes appear to be related to a better virological response after treatment, as the genotypes 2 and 3 for example, that show better response than individuals infected with genotypes 1 and 4. There is little information about co-infected HIV-1/HCV population; the genotype prevalence is reported to the infections separately. Thus, the aim of this study was to characterize the HCV genotypes and subtypes prevalence in the co-infected HIV-1/HCV population of Federal District. Forty-five samples from co-infected patients were analyzed by PCR amplification of 5‟UTR and NS5B genomic sequences followed by automatic sequencing and phylogenetic analysis. The HCV genotype 1 was the most prevalent (81%), followed by genotype 3 (10%), 2 (6%) and 4 (3%). This result is in concordance with reports from other studies from Central West region of Brazil, where there is a major prevalence of genotype 1. The genotypes 2 and 4, rare in Brazil, were described for the first time in the HCV positive population of Federal District. The agreement between the results obtained by the analysis of the sequences homology by the software HCV-BLAST to the regions 5‟UTR and NS5B was of 97% for genotypes and of 90% for subtypes, corroborating with the described in literature as to the need to the analyze more than one genomic region in order to achieve correct subtype determination. The phylogenetic analysis defined the diverging genotypes and subtypes. The presence of the genotypes 1, 2, 3, and 4 in the co-infected HIV-1/HCV population attended in the Federal District indicates the importance of genotyping in this population once these genotypes have clinical importance in the prediction of the response to the antiviral treatment.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-21T21:02:30Z No. of bitstreams: 1 2007_SocratesSouzaOrnelas.pdf: 1031960 bytes, checksum: 7298f63db3d5c6d38aeb1eadc285547c (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2009-12-22T14:57:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_SocratesSouzaOrnelas.pdf: 1031960 bytes, checksum: 7298f63db3d5c6d38aeb1eadc285547c (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-22T14:57:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_SocratesSouzaOrnelas.pdf: 1031960 bytes, checksum: 7298f63db3d5c6d38aeb1eadc285547c (MD5) Previous issue date: 2007-03-06 / A diminuição da expressão do receptor CD4 da superfície celular é um dos eventos mais importantes durante a infecção pelo vírus da Imunodeficiência Adquirida (HIV-1). Dentre as três proteínas virais que participam neste processo, Nef, Vpu e Env, a primeira se apresenta como a mais relevante. Estudos realizados por outros grupos e o nosso, evidenciaram claramente a relação entre a capacidade em diminuir a expressão da molécula CD4, a capacidade replicativa e a infectividade viral, sugerindo a participação deste evento na patogênese e progressão à doença. Resultados encorajadores obtidos por nosso grupo demonstraram que o bloqueio da modulação de CD4 mediada por Nef em células infectadas pode ser uma boa abordagem terapêutica. Baseados nestes resultados e com o intuito de identificar novos alvos e abordagens terapêuticas, traçamos como principal objetivo neste estudo determinar o real papel fisiológico da tioesterase humana II (hTE) na modulação do receptor CD4 mediada por Nef. Esta proteína foi descrita como um dos principais parceiros celulares de Nef neste processo fisiopatológico. Utilizando a ferramenta molecular do RNA de interferência (RNAi) para bloquear a expressão de proteínas celulares e virais envolvidas neste fenômeno, foi possível observar que hTE não desempenharia um papel relevante na modulação de CD4, contrariamente ao assinalado em trabalhos prévios. Porém, esta proteína mostrou participar na regulação dos níveis de CD4, possivelmente através da despalmitoilação do receptor viral na superfície celular, levando a internalização da molécula independentemente da presença de Nef. Outros resultados obtidos neste estudo também indicam que ao menos em variantes de Nef que se ligam a esta proteína, como a presente na cepa NL43, a ação da enzima celular poderia ser potencializada pela proteína viral. No entanto a confirmação desta como outras hipóteses relacionadas às possíveis conseqüências biológicas da interação entre hTE e Nef requerem estudos adicionais. _________________________________________________________________________________________ Abstract / The down-modulation of CD4 receptor expression is one of the most important events during the HIV-1 infection. Among the three viral proteins involved in this process Nef, Env and Vpu, the first one is the most relevant. Results obtained by our group and others showed a clear relationship between the virus mediated receptor down-modulation, the increasing of infectivity and viral replication of HIV-1, suggesting a pathogenic role in this phenomenon and disease progression. More recently, we provided proof-of-concept that specific inhibition of Nef mediated CD4 down-modulation could be a good therapeutical strategy. Based on these results and aiming to identify new targets and therapeutical strategies, we investigated the physiological role of the human tioesterase II (hTE) in the down-modulation of CD4 receptor mediated by Nef. The hTE was described as one of the main cellular partners of Nef in this process. Using the interference RNA (RNAi) mechanism, as a molecular tool to block cellular and viral proteins expression involved in this phenomenon, we observed that hTE does not play a relevant role on Nef-CD4 modulation, as assigned by previous works. We showed here that the participation in the regulation of cellular surface CD4 levels possibly by a depalmitolation process, making the internalization independent of Nef. The hTE enzymatic action on Nef-NL43 transfected cells showed a probably synergism between Nef and hTE. The confirmation of these preliminary findings as well as, a more thoroughly understanding of the general biological consequences arising from the interaction between hTE and Nef, requires additional studies.