La présentation d'antigène par les molécules d'histocompatibilité majeure de classe I (CMHI) permet au système immunitaire adaptatif de détecter et éliminer les agents pathogènes intracellulaires et des cellules anormales. La surveillance immunitaire est effectuée par les lymphocytes T CD8 qui interagissent avec le répertoire de peptides associés au CMHI présentés à la surface de toutes cellules nucléées. Les principaux gènes humains de CMHI, HLA-A et HLA-B, sont très polymorphes et par conséquent montrent des différences dans la présentation des antigènes. Nous avons étudié les différences qualitatives et quantitatives dans l'expression et la liaison peptidique de plusieurs allotypes HLA. Utilisant la technique de cytométrie de flux quantitative nous avons établi une hiérarchie d'expression pour les quatre HLA-A, B allotypes enquête. Nos résultats sont compatibles avec une corrélation inverse entre l'expression allotypique et la diversité des peptides bien que d'autres études soient nécessaires pour consolider cette hypothèse. Les origines mondiales du répertoire de peptides associés au CMHI restent une question centrale à la fois fondamentalement et dans la recherche de cibles immunothérapeutiques. Utilisant des techniques protéogénomiques, nous avons identifié et analysé 25,172 peptides CMHI isolées à partir des lymphocytes B de 18 personnes qui exprime collectivement 27 allotypes HLA-A,B. Alors que 58% des gènes ont été la source de 1-64 peptides CMHI par gène, 42% des gènes ne sont pas représentés dans l'immunopeptidome. Dans l'ensemble, l’immunopeptidome présenté par 27 allotypes HLA-A,B ne couvrent que 17% des séquences exomiques exprimées dans les cellules des sujets. Nous avons identifié plusieurs caractéristiques des transcrits et des protéines qui améliorent la production des peptides CMHI. Avec ces données, nous avons construit un modèle de régression logistique qui prédit avec une grande précision si un gène de notre ensemble de données ou à partir d'ensembles de données indépendants génèrerait des peptides CMHI. Nos résultats montrent la sélection préférentielle des peptides CMHI à partir d'un répertoire limité de produits de gènes avec des caractéristiques distinctes. L'idée que le système immunitaire peut surveiller des peptides CMHI couvrant seulement une fraction du génome codant des protéines a des implications profondes dans l'auto-immunité et l'immunologie du cancer. / Antigen presentation by major histocompatibility complex class I (MHCI) molecules allows the adaptive immune system to detect and eliminate intracellular pathogens or abnormal cells. Immune surveillance is executed by CD8 T cells that monitor the repertoire of MHCI-associated peptides (MAPs) presented at the surface of all nucleated cells. The primary human MHCI genes, HLA-A and HLA-B, are highly polymorphic and consequentially demonstrate differences in antigen presentation. We investigated qualitative and quantitative differences in expression and peptide binding. Using quantitative flow cytometry we establish clear hierarchy of expression for the four HLA-A,B allotypes investigated. Our results are consistent with an inverse correlation between expression and peptide diversity although further work is necessary to solidify this hypothesis. The global origins of the MAP repertoire remains a central question both fundamentally and in the search for immunotherapeutic targets. Using proteogenomics, we identified and analyzed 25,172 MAPs isolated from B lymphocytes of 18 individuals who collectively expressed 27 HLA-A,B allotypes. While 58% of genes were the source of 1-64 MAPs per gene, 42% of genes were not represented in the immunopeptidome. Overall, we estimate the immunopeptidome presented by 27 HLA-A,B allotypes covered only 17% of exomic sequences expressed in subjects’ cells. We identified several features of transcripts and proteins that enhance MAP production. From these data we built a logistic regression model that predicts with high accuracy whether a gene from our dataset or from independent datasets would generate MAPs. Our results show preferential selection of MAPs from a limited repertoire of gene products with distinct features. The notion that the immune system can monitor MAPs covering only a fraction of the protein coding genome has profound implications in autoimmunity and cancer immunology.

Suite à la croissance du phénomène migratoire clandestin, la prise de conscience publique et officielle de ce phénomène et du trafic des migrants est évidente. En conséquence, la signature du Protocole de l‘ONU contre le trafic de migrants et l‘adoption d‘une directive et d‘une décision-cadre au niveau européen sont conçues pour faire face à ceux qui profitent de ce phénomène, à savoir les trafiquants. Le droit français quant à lui, a accru la répression contre les tierces personnes impliquées, de près ou de loin, dans les activités clandestines de l‘immigration. Malgré l‘objectif affiché par ledit Protocole de « lutte contre le trafic illicite de migrants », les mesures adoptées et la large liberté laissée aux États membres, indiquent clairement le vrai but de cet instrument international, à savoir la lutte contre l‘immigration clandestine elle-même, but qui est le même pour l‘UE. Mais quel est le statut accordé par le protocole et par les dispositions européennes ainsi que françaises aux migrants qui font appel aux services des passeurs ? À travers cette étude nous pouvons entrevoir que la formulation des dispositions du Protocole et celle des dispositions européennes visent à n‘assurer aucun statut juridique aux migrants clandestins. Il n‘y a pas de statut juridique, ni victime, ni coupable, le migrant est en détresse. En revanche, en droit français, le migrant clandestin n‘est presque jamais regardé comme un homme, mais plutôt comme un délinquant. Le législateur français a choisi la loi pénale face à ces migrants. Cependant, les sanctions et la sévérité ne pourront rien contre un homme torturé, affamé, méprisé dans son pays. La loi pénale, à elle seule, ne permettra sans doute pas d‘apporter une solution. La préservation de l‘équilibre nécessairement fragile entre le respect de la liberté individuelle et le maintien de l‘ordre public est rarement prise en considération. En revanche les considérations économiques ont justifié une plus grande rigueur à l‘encontre des clandestins, au niveau de leur entrée, de leur séjour. / As a result of the ever increasing illegal migration phenomenon, Public opinion and officials are now clearly aware of it and of the trafficking involved. Therefore, the signing of the UN Protocole against the smuggling of migrants and the adoption of a directive together with a decision framework at European level are tailor made to fight against the traffickers taking advantage of this phenomenon. French law, as it is concerned, has increased repression against whoever might be involved in this clandestine smuggling and trafficking. Despite the objective stated in the, so called, Protocol of ―fighting against the smuggling of migrants‖ The measures adopted and the large freedom given to the members states, clearly indicate that the true purpose of this international instrument is indeed the same as the E.U‘s that is to say : fighting against illegal immigration. But what is the status granted by the protocol and the European as well as French provisions to the migrants who use the services of smugglers? All through this study we can see that the formulations of the provisions of the protocol and that of the European provisions are intended to ensure that no legal status is granted to clandestine migrants. As far as they are concerned they have no legal status so there is no victim and no offender: a clandestine migrant is just in distress. However in the French law a clandestine migrant is seen as an offender but not as a man in distress. The French parliament has chosen to enforce criminal law against these migrants but, will this stop migrants who are tortured, despised and starving in their country of origin? Choosing to see them only as offenders won‘t probably bring any solution to the problem. The necessary preservation of the delicate balance between respect for individual freedom and the maintenance of public order is rarely taken into consideration. However economic considerations justify rigour againt illegal immigrants concerning who is allowed to enter the country and how long they will be allowed to stay.

Le syndrome néphrotique idiopathique (SNI) se caractérise par un remodelage du cytosquelette des podocytes et par une réorganisation des complexes protéiques podocytaires dont le diaphragme de fente. Récemment, une protéine fondamentale dans le remodelage du cytosquelette a été identifiée au niveau des pédicelles : IQGAP1. Nous sommes partis de l’hypothèse selon laquelle IQGAP1 par ses propriétés et ses caractéristiques biologiques connues dans différents modèles cellulaires (protéine d’échafaudage, remodelage du cytosquelette, migration cellulaire) pourrait être fondamentale dans les modifications ultrastructurales observées au cours du SNI. Au cours de ce travail de thèse, nous avons analysé les caractéristiques de la protéine IQGAP1 dans les podocytes humains, son implication dans les fonctions podocytaires et dans la physiopathologie du SNI. Nous avons dans un premier temps caractérisé les propriétés de la protéine IQGAP1 au sein des podocytes et déterminé sa localisation cellulaire à l’interface entre le cytosquelette et les complexes protéiques apical et diaphragmatique. Nous avons démontré le rôle d’IQGAP1 dans la migration podocytaire et dans la perméabilité de la monocouche épithéliale. Ces phénomènes au cours du SNI étant modifiés, nous avons dans un second temps étudié l’implication d’IQGAP1 dans la physiopathologie du SNI à l’aide de différents modèles expérimentaux (aminonucléoside de puromycine, plasmas de patients présentant un SNI, podocytes mutés pour la PLCε1). Nous avons ainsi démontré la translocation nucléaire de la protéine IQGAP1, dépendante de la voie ERK et de la PLCε1 et son implication dans la survie cellulaire par son interaction avec la chromatine. Au cours du SNI expérimental, nous avons observé une modification des propriétés d’IQGAP1 : localisation, interactions, phosphorylation.Cette approche a permis de démontrer l’implication de la protéine IQGAP1 dans le SNI. Compte tenu de son rôle dans le remodelage du cytosquelette, IQGAP1 pourrait également être un facteur dans la genèse de différentes glomérulopathies. / Idiopathic nephrotic syndrome (INS) is characterized by the pedicel cytoskeleton remodelling and the disruption of the slit diaphragm complex. Recently, a pivotal protein involved in cytoskeleton remodelling has been identified in podocytes: IQGAP1.We hypothesized that IQGAP1 may be crucial in ultrastructure changes observed in INS through its biological properties and characteristics reported in different cell types (scaffold protein, cytoskeleton dynamism, cell migration). Thus, we analysed IQGAP1 characteristics in human podocytes, its involvement in podocyte functions and in the INS pathophysiology. We have characterized IQGAP1 podocyte characteristics and clarified its cell localisation between the cytoskeleton and the apical or diaphragmatic protein complexes Our work demonstrated the role of IQGAP1 in podocyte motility and in the permeability of epithelial monolayer. With respect to the modification of these phenomenons during INS, we have studied IQGAP1 involvement in INS pathophysiology with different experimental models (puromycine aminonucleoside, plasmas from patients suffering from INS, PLCε1 mutated podocytes). We have demonstrated IQGAP1 nuclear translocation, dependant to ERK signaling pathway and to PLCε1 and its involvement in cell survival through its interaction with the chromatin. In the experimental INS, we have observed a modification of IQGAP1 properties: localization, interactions, phosphorylation. This approach allowed us to show IQGAP1 involvement in INS. Through its role in cytoskeleton remodelling, IQGAP1 may be a factor in the development of different glomerulopathies.

Dès le sixième siècle avant J.-C. l’homme a été défini comme un « être d’une certaine hauteur, dont la forme de la main est différente de celle du pied, qui possède des cheveux et des dents, et qui peut se déplacer vite et debout ». Il prit alors deux formes de statut : celui de ren pour désigner un homme de vertu ou qui exerce une fonction publique ou privée ; et celui de min pour désigner celui qui n’exerce aucune fonction publique. La société chinoise s’est construite sur cette séparation : les ren, encadré par leur vertu, doivent rendre service aux min et à la société ; et les min disposent de certains droits fondamentaux vis-à-vis des ren. De ce fait, la Chine traditionnelle a mis en place deux mécanismes de protection de ceux-ci : la requête individuelle que les min peuvent utiliser pour valoir leurs droits fondamentaux contre des actes ou des hommes public qui leur ont porté atteinte, et le zuiji zhao par lequel les empereurs s’auto-punissent. Avec le temps, trois formes du contrôle de conformité des actes publics ont été successivement mise en place. A la fin de la dynastie des Qing les droits humains fondamentaux chinois seront confrontés aux droits de l'homme occidentaux auxquels les chinois s’identifièrent parce qu’ils correspondaient à leur tradition temporairement écartée. Trois réformes politico-juridiques principales furent engagées successivement par les Chinois afin de la rétablir et de la concilier avec les théories et les expériences occidentales dans ce domaine. Le point culminant de cette rencontre fut la participation chinoise àl’élaboration de la DUDH et la nomination de son représentant comme vice-président de son comité d’élaboration. En 1949 la République populaire de Chine remplaça la République de Chine. Dans un premier temps ses dirigeants se montrèrent assez sensibles aux droits de l'homme et à leur protection ; mais la Révolution culturelle anéantit cette démarche, créant une situation dont la Chine d’aujourd’hui souffre encore. Ces dernières années, les droits de l'homme connaissent en Chine une forme de renaissance qui se traduit dans les domaines législatif, éducatif, administratif et judiciaire. Le caractère encourageant et constructif de ce mouvement, qui s’appuie sur les exemples étrangers et sur certains progrès régionaux, mais qui se fonde sur les traditions principalement confucéennes chinoises, laisse envisager une protection des droits de l’homme dans le pays analogue à celle qui est garantie dans les pays les plus avancés. / The concept of human being was defined in China since the sixth century B.C. as "a living organism which has a certain height, its hands are different from its feet,covered by hair and has developed teeth, capable of moving quickly in an uprightposture". Since then, two categories of men were defined: the ren, to designate a virtuous man or somebody who xercises public or private functions; and the min, to designate men who have no public power. The Chinese society was built on thisdistinction: the ren, known by their virtuosity, might offer their services to the min and the society itself, and the min have some fundamental rights towards ren population. For that reason, ancient China set up two protection mechanisms: min’sindividual queries to request the respect of their fundamental rights against actions from public agents, and the zuiji zhao, mechanism used by the emperors to punish themselves. Over time, three compliance control mechanisms were developed. By the end of the Qing Dynasty, this Chinese approach to fundamental human rights was compared to Western approach to human rights by the Chinese population, who recognized themselves in the western approach, following the disturbance in the Chinese tradition led by the Manchu. For the re-establishment of Chinese tradition, three main political and legal reforms were carried out by the Chinese in order to restore their tradition, abandoned by the Manchus, and to conciliate Western theories and experiences with Chinese approach. A turning point was achieved with thecontribution of China in the development of UDHR, and the nomination of the Chinese representative as vice president of the redaction committee.

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Le droit international classique volontaire basé sur la notion absolue de la souveraineté étatique est remis en cause par l’émergence des règles impératives (jus cogens). A cet égard, la cristallisation des droits humains impératifs est le résultat du processus d’humanisation du droit international moderne où les règles impératives des droits humains de rangs supérieurs se situent au sommet. On peut estimer que l’acceptation des droits humains impératifs créée des obligations erga omnes de protection pour les États membres de la communauté internationale. Dans ce cadre, dans le cas de violations des droits humains impératifs, tous les États sont directement affectés, touchés et lésés par les violations en question et ont le droit d’agir. A cet effet, il nous semble que tous les États peuvent adopter des contre-mesures individuelles à l’encontre de l’État fautif, violateur des droits humains impératifs. Dans le cas de violations des droits humains impératifs, il nous paraît aussi que, sous certaines conditions, les États peuvent recourir à une intervention militaire à but humanitaire, même sans l’avis favorable du Conseil de sécurité des Nations Unies. Aussi, selon certaines conditions, les États peuvent fournir une aide humanitaire aux victimes des violations des droits humains impératifs survenues à l’extérieur de leur territoire, même sans le consentement de l’État territorial. Les États sont aussi tenus de réprimer les crimes de jus cogens commis à l’extérieur de leur territoire. Dans ce contexte, il nous semble que les États en appliquant la règle aut dedere aut judicare, peuvent poursuivre les étrangers suspectés d’avoir commis des crimes de jus cogens. Dans ce cadre, les États doivent appliquer la règle aut dedere aut judicare en respectant l’obligation de non refoulement afin de prévenir les violations des droits humains impératifs à l’étranger. Il nous paraît aussi que les États en appliquant la règle aut dedere aut judicare, doivent prévoir la compétence universelle des juridictions internes. A cet égard, les États peuvent exercer la compétence universelle à l’encontre des crimes de jus cogens commis à l’étranger par l’étranger et sur l’étranger. Dans ce cadre, il nous semble que les États peuvent exercer la compétence universelle absolue. A cet effet, un État peut déclencher une poursuite pénale à l’encontre de l’étranger suspecté d’avoir commis des crimes de jus cogens, même si ce dernier n’est pas présent et/ou en détention sur le territoire de l’État du for. Il nous semble aussi que, l’immunité des hauts représentants d’État, ainsi que les lois d’amnistie étrangères, ne peuvent pas empêcher l’État du for d’exercer la compétence universelle afin de protéger les intérêts généraux de la communauté internationale dans son ensemble. / Traditional international law based on absolute notion of state sovereignty, is challenged by theemergence of peremptory norms Çus cogens). In this respect, the crystallization of peremptory humanrights norms is the result of the process of humanization of modern international law where theperemptory human rights norms of superior ranks place at the summit. We could believe that theacceptance of peremptory human rights norms creates erga omnes obligations of protection for States,members of the international community. In this context, in the case of violations of peremptoryhuman rights norms, all States are directly affected and injured by the violations in question and have the right to react. To this end, we believe that all States can adopt individual countermeasures against the wrongdoer state, violator of peremptory human rights norms. In the case of violations ofperemptory human rights norms, under certain conditions, States may resort to military interventionfor humanitarian purposes, even without the autholization of the United Nations Security Council.Also, under certain conditions, States can provide humanitarian aid to victims of violations ofperemptory human rights norms occurred outside their territory, even without the consent of theterritorial state. States are also required to suppress jus cogens crimes committed outside their territory. In this context, we believe that States can apply the principle of aut dedere aut judicare and prosecute aliens suspected of jus cogens crimes. In this context, States that apply the principle of aut dedere aut judicare, must respect the obligation of non-refoulement to prevent violations of peremptory human rights norms abroad. It seems to us that States that apply the principle of aut dedere aut judicare must also apply the principle of universal jurisdiction before their internal courts. In this regard, States can exercise universal jurisdiction againsl jus cogens crimes committed abroad, by foreigners and against foreigners. In this context, we believe that States may exercise the absolute universal jurisdiction. To this end, a State may initiate criminal proceedings against alien suspected of jus cogens crimes, even if helshe is not present and/or in custody in the territory ofthe forum State. It also seems to us that the immunity of senior state representatives and foreign amnesty laws, cannot prevent the forum State to exercise universal jurisdiction in order to protect the general interests of the international community as a whole.

En raison de la diffusion incontrôlée sur le e-commerce, la sécurité et l’alternative légale aux stupéfiants habituels, les nouvelles substances psychoactives (NPS), d’apparition récente (2008), sont au cœur des phénomènes récents d’addiction et de décès mal expliqués. Au-delà des différents défis dans nos sociétés (prévention, législation), la capacité d’identifier les NPS dans des échantillons biologiques pour caractériser leur utilisation, présente de nombreux challenges analytiques. L’objectif principal de cette thèse a été de collecter des échantillons biologiques (sang, urine, cheveux) provenant de cas d’exposition à des NPS et d’y caractériser les substances présentes à l’aide de méthodes analytiques originales, dans le but d’enrichir les librairies de spectres de masse et d’améliorer, en conséquence, la détection de la consommation de NPS. En particulier, il s’agissait d’augmenter la fenêtre de détection de la prise de NPS en se focalisant sur les métabolites qui sont, le plus souvent, les produits majeurs d’élimination. Le développement analytique, par chromatographie liquide ultra haute performance couplée à la spectrométrie de masse en tandem (UHPLC-MS/MS), a demandé plusieurs mois d’optimisation afin d’obtenir une méthode robuste, exhaustive et sensible. Actuellement, la librairie de spectres MS comporte 114 NPS et est mise à jour régulièrement. A la suite de ce développement, ma thèse a porté sur l’étude de cas d’intoxication vus au service des urgences du CHU de Strasbourg, mais aussi en médecine légale, avec des situations de décès et d’identification de produits inconnus provenant de saisies (poudres et cristaux). Il a également été nécessaire de développer des outils analytiques complémentaires, tels que la caractérisation de métabolite(s) par étude sur microsomes hépatiques humains (HLMs), et l’utilisation de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN) afin d’identifier avec certitude certains composés et de déterminer leur degré de pureté. Les outils analytiques développés et la stratégie mise en place ont permis la rédaction de 18 publications, ainsi que l’agencement de nombreuses collaborations. / Due to the uncontrolled spread on the Internet and their legal alternative to usual drugs, the new psychoactive substances (NPS), recently appeared (2008), are at the center of recent phenomena of addiction and badly explained deaths. Beyond different challenges in our societies (prevention, legislation), the ability to identify NPS in biological samples, in order to characterize their use, presents many analytical challenges. The main objective of this thesis was to collect biological samples (blood, urine, hair) from cases of exposure to NPS and to characterize the substances present using original analytical methods, in order to enlarge the libraries of mass spectra and improve, as a result, the detection of NPS consumption. In particular, it was intended to increase the detection sensitivity of NPS intake by focusing on the metabolites that are often the major products of elimination. This analytical development, by ultra-high liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (UHPLC-MS/MS), required several months of optimization in order to obtain a robust, exhaustive and sensitive method. At present, the mass spectra database has 114 NPS and is regularly updated. Thereafter, ma thesis focused on the study of cases of intoxication observed in the emergency department of Strasbourg, but also in legal medicine with situations of deaths and identification of unknown products collected from seizures (powders and crystals). It has also been necessary to implement complementary analytical tools, such as the characterization of metabolites by human liver microsomes (HLMs), and the use of nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy to accurately identify the compounds and establish their purity degrees. The analytical tools developed, and the strategy adopted, allowed the writing of 18 publications, as well as the setting up of numerous collaborations.

Cette thèse considère l'apprentissage de motifs récurrents dans la perception multimodale. Elle s'attache à développer des modèles robotiques de ces facultés telles qu'observées chez l'enfant, et elle s'inscrit en cela dans le domaine de la robotique développementale.Elle s'articule plus précisément autour de deux thèmes principaux qui sont d'une part la capacité d'enfants ou de robots à imiter et à comprendre le comportement d'humains, et d'autre part l'acquisition du langage. A leur intersection, nous examinons la question de la découverte par un agent en développement d'un répertoire de motifs primitifs dans son flux perceptuel. Nous spécifions ce problème et établissons son lien avec ceux de l'indétermination de la traduction décrit par Quine et de la séparation aveugle de source tels qu'étudiés en acoustique.Nous en étudions successivement quatre sous-problèmes et formulons une définition expérimentale de chacun. Des modèles d'agents résolvant ces problèmes sont également décrits et testés. Ils s'appuient particulièrement sur des techniques dites de sacs de mots, de factorisation de matrices et d'apprentissage par renforcement inverse. Nous approfondissons séparément les trois problèmes de l'apprentissage de sons élémentaires tels les phonèmes ou les mots, de mouvements basiques de danse et d'objectifs primaires composant des tâches motrices complexes. Pour finir nous étudions le problème de l'apprentissage d'éléments primitifs multimodaux, ce qui revient à résoudre simultanément plusieurs des problèmes précédents. Nous expliquons notamment en quoi cela fournit un modèle de l'ancrage de mots acoustiques / This thesis focuses on learning recurring patterns in multimodal perception. For that purpose it develops cognitive systems that model the mechanisms providing such capabilities to infants; a methodology that fits into thefield of developmental robotics.More precisely, this thesis revolves around two main topics that are, on the one hand the ability of infants or robots to imitate and understand human behaviors, and on the other the acquisition of language. At the crossing of these topics, we study the question of the how a developmental cognitive agent can discover a dictionary of primitive patterns from its multimodal perceptual flow. We specify this problem and formulate its links with Quine's indetermination of translation and blind source separation, as studied in acoustics.We sequentially study four sub-problems and provide an experimental formulation of each of them. We then describe and test computational models of agents solving these problems. They are particularly based on bag-of-words techniques, matrix factorization algorithms, and inverse reinforcement learning approaches. We first go in depth into the three separate problems of learning primitive sounds, such as phonemes or words, learning primitive dance motions, and learning primitive objective that compose complex tasks. Finally we study the problem of learning multimodal primitive patterns, which corresponds to solve simultaneously several of the aforementioned problems. We also details how the last problems models acoustic words grounding.

Abdominal aortic aneurysm (AAA) is defined as a dilatation of the abdominal aorta exceeding the normal diameter by more than 50%. The standard and widely used approach to assess AAA size is by measuring the maximal diameter (Dmax). Currently, the main predictors of rupture risk are the Dmax, sex, and the expansion rate of the aneurysm. Yet, Dmax has some limitations. AAAs of vastly different shapes may have the same maximal diameter. Dmax lacks sensitivity for rupture risk, especially among smaller AAAs. Thus, there is a need to evaluate the susceptibility of a given AAA to rupture on a patient-specific basis. We present the design concept and workflow of the AAA segmentation software developed at our institution. We describe the previous validation steps in which we evaluated the reproducibility of manual Dmax, compared software Dmax against manual Dmax, validated reproducibility of software Dmax and volume in cross-sectional and longitudinal studies for detection of AAA growth, and evaluated the reproducibility of software measurements in unenhanced computed tomographic angiography (CTA) and in the presence of stent-graft. In order to define new geometric features associated with rupture, we performed a case-control study in which we compared 63 cases with ruptured or symptomatic AAA and 94 controls with asymptomatic AAA. Univariate logistic regression analysis revealed 14 geometric indices associated with AAA rupture. In the multivariate logistic regression analysis, adjusting for Dmax and sex, the AAA with a higher bulge location and higher mean averaged surface area were associated with AAA rupture. Our preliminary results suggest that incorporating geometrical indices obtained by segmentation of CT shows a trend toward improvement of the classification accuracy of AAA with high rupture risk at CT over a traditional model based on Dmax and sex alone. Larger longitudinal studies are needed to verify the validity of the proposed model. Addition of flow and biomechanical simulations should be investigated to improve rupture risk prediction based on AAA modeling. / Un anévrysme de l'aorte abdominale (AAA) est défini par une dilatation de plus de 50% par rapport au diamètre normal. La méthode standard et largement répandue pour mesurer la dimension d'un AAA consiste à mesurer le diamètre maximal (Dmax). Présentement, les principaux prédicteurs de risque de rupture sont le Dmax, le sexe et le taux d'expansion d'un anévrysme. Toutefois, le Dmax a certaines limitations. Des AAAs de formes très différentes peuvent avoir le même diamètre maximal. Le Dmax manque de sensibilité pour détecter le risque de rupture, en particulier pour les petits anévrysmes. Par conséquent, il y a un besoin d'évaluer de manière spécifique et individuelle la susceptibilité de rupture d'un AAA. Nous présentons le concept et le flux de travail d'un logiciel de segmentation des AAAs développé à notre institution. Nous décrivons les étapes antérieures de validation: évaluation de la reproductibilité du Dmax manuel, comparaison de Dmax par logiciel avec Dmax manuel, validation de la reproductibilité du Dmax et volume par logiciel dans des études transversale et longitudinale pour la détection de croissance et évaluation de la reproductibilité de mesures sur angiographie par tomodensitométrie et en présence d'endoprothèse. En vue d’identifier de nouveaux paramètres géométrique associés avec le risque de rupture, nous avons réalisé une étude cas-témoin comparant 63 cas avec AAA rompu ou symptomatique et 94 contrôles avec AAA asymptomatique. Une analyse de régression logistique univariée a identifié 14 indices géométriques associés avec une rupture de AAA. Dans l'analyse de régression logistique multivariée, en ajustant pour le Dmax et le sexe, les AAA avec un bombement plus haut situé et une surface moyenne plus élevée étaient associés à une rupture. Nos résultats préliminaires suggèrent que l'inclusion d'indices géométriques obtenus par segmentation de tomodensitométrie tend à améliorer la classification de AAA avec un risque de rupture par rapport à un modèle traditionnel seulement basé sur le Dmax et le sexe. De plus larges études longitudinales sont requises pour vérifier la validité du modèle proposé. Des simulations de flux et biomécaniques devraient être envisagées pour améliorer la prédiction du risque de rupture basée sur la modélisation d'anévrysmes. / This thesis was created in Word and converted to PDF using Mac OS X 10.7.5 Quartz PDFContext.

La mise en banque d’échantillons humains et de données connexes n’est pas une pratique récente. Toutefois, dans les dernières décennies, ce phénomène a pris une ampleur sans précédent avec la création des biobanques populationnelles. Défini comme étant des infrastructures de recherche conçues pour durer plusieurs décennies, ce type de biobanques invite des milliers et, dans certains cas, des centaines de milliers de personnes à y participer en fournissant des échantillons, en se soumettant à des tests physiques et biochimiques, et en répondant à diverses questions sur leur santé et leur environnement sociodémographique. Mais quelles sont les obligations des biobanques et de leurs chercheurs face aux participants? Considérant leur longue durée, quel est l’encadrement juridique de ces biobanques populationnelles au Québec? Ce sont les deux questions que pose ce mémoire. Quant à l’encadrement, nous utilisons trois axes d’analyse : i) les lois, les règlements, la déontologie professionnelle et les normes applicables; ii) la qualification juridique de l’acte de mise en banque d’échantillons et de données; et iii) les obligations découlant de la nature même de l’objet de la relation juridique. Notre analyse révèle que cet encadrement est une mosaïque législative, contractuelle, déontologique et normative qui, malgré ses complexités et ses défis d’accessibilité pour les participants, assure une certaine protection pour ces derniers. Quant aux obligations incombant à la biobanque et à ses chercheurs, elles sont pour la majorité teintées par des caractéristiques particulières aux biobanques populationnelles. Ainsi, il existe des défis particuliers en ce qui concerne notamment le consentement, le devoir d’information, le retour de résultats et la sécurité des échantillons et des données. Étant donné la nature évolutive de ces obligations, nous proposons une approche basée sur le meilleur intérêt du participant pour déterminer la nature et l’intensité des obligations incombant à une biobanque et à ses chercheurs. / The collection of human samples and related data is not a recent practice. However, in the last few decades, such practices have taken much importance mainly due to the creation of population type biobanks. Defined as research infrastructures, they are conceived to last several decades. They invite thousands and, in some cases, hundreds of thousands of participants to contribute their samples, undergo physical and biochemical tests and answer various questions regarding their health and socio-demographic environment. In this context, what are the obligations of these initiatives and the researchers involved therein towards the participants? Considering their duration, what is the legal setting surrounding such biobanks in Québec? These are the two questions addressed by this study. With respect to the legal setting, we propose an analysis based on three axes: i) laws, rules, professional deontology and norms; ii) the legal qualification of the act of banking samples and data; and iii) obligations resulting from the nature of the object of the legal relation. Our analysis reveals that the legal setting surrounding biobanks is a mosaic composed of legislative, contractual, deontological and normative obligations that, despite its complexities and challenges of accessibility for the participant, ensure a certain level of protection for the latter. Regarding the obligations of the biobank and its researchers, they are, for the majority, affected by particularities of population type biobanks. Indeed, specific challenges exist with respect to consent, the obligation to inform, the return of results and the security of samples and data. Given the evolving nature of the theses obligations, we propose to consider an approach based on the best interests of the participants when determining the nature and the intensity of the different obligations applicable to the biobank and its researchers.