Cette thèse entend démontrer par le recours à la comparaison que le principe de séparation des pouvoirs civils et militaires constitue un élément fondamental des Etats de tradition libérale. En droit, elle prend la forme d’incompatibilités. Dans un premier temps, suite aux expériences de confusion des pouvoirs civils et militaires cette séparation a pris la forme d’une incompatibilité entre le militaire et l’électeur. Dans un second temps, cette séparation a pris la forme d’une incompatibilité entre le militaire et le représentant. / This comparative study aims to demonstrate that the principle of separation of civil and military powers is a fundamental part of States with liberal tradition. In law it takes the form of incompatibilities. In law, it takes the form of incompatibilities. Initially, following the experiences of confusion of civil and military powers that separation has taken the shape of an incompatibility between the military and the voter. In a second step, this separation has taken the shape of a mismatch between the military and the representative.

De nombreuses substances chimiques sont susceptibles de mener à des phénomènes d'incompatibilité, lors de leur mise en contact avec d'autres produits ou matériaux. Pour maîtriser ces risques, une identification rapide et précise de ces incompatibilités est nécessaire. Elle est réalisée, jusqu’à présent, par des outils expérimentaux qui malgré leur incontestable importance, ne fournissent que des informations limitées. Pour les compléter et améliorer la compréhension des processus d'incompatibilité, ce travail de thèse, vise à étudier la réactivité du nitrate d'ammonium, produit très utilisé dans l'industrie, connu pour sa longue liste d'incompatibilités et impliqué dans des nombreux accidents majeurs (Toulouse 2001), à l'aide de la modélisation moléculaire. Une étude théorique approfondie, basée sur des calculs DFT, destinée à identifier les chemins réactionnels, les produits formés ainsi que la chaleur dégagée par les réactions a été menée.Après avoir caractérisé le mécanisme radicalaire de décomposition du nitrate d’ammonium pur en phase gaz, une étude détaillée de la réactivité du mélange du nitrate d’ammonium et du dichloroisocyanurate de sodium (DCCNa), a été réalisée. Un chemin réactionnel a été caractérisé, il s'agit de la réaction directe entre le nitrate d'ammonium et le DCCNa, en présence d'une molécule d'eau. Ensuite, ces méthodes théoriques ont été appliquées à d'autres systèmes d'incompatibilités chimiques avec le nitrate d'ammonium (NaNO2, substances chlorées) en focalisant sur les étapes limitantes des mécanismes afin de tester leur pertinence et potentiel en tant qu'outil de prédiction a priori du phénomène d'incompatibilité. Ce travail, pionnier dans l'étude microscopique des incompatibilités chimiques du nitrate d'ammonium, a permis de clarifier les mécanismes réactionnels lors de la décomposition du produit pur et en contact avec des contaminants. / Numerous chemical reactants tend to lead to undesired phenomena of incompatibility. In order to prevent the happening of those phenomena, a rapid and accurate identification of the incompatibilities is needed. Until now, experimental studies, which provide insightful, but limited information, were the only possible approach used for the study of incompatibilities. In this work a molecular modeling approach was used in order to complete and improve experimental results of incompatibility processes for the reactivity of ammonium nitrate. Ammonium nitrate is a widely used compound in the chemical industry, known for its long list of incompatibilities and often involved in major accidents (Toulouse, 2001).This theoretical work, based on Density Functional Theory (DFT) calculations, is intended to provide insights into the possible reaction pathways, enthalpies and products formed by incompatibility reaction between ammonium nitrate and other compounds. In this thesis the mechanism of the decomposition of pure ammonium nitrate in the gas phase was firstly characterized and then the reactivity of the mixture of ammonium nitrate – sodium dichloroisocyanurate (DCCNa) was considered. The results obtained suggest the existence of a reaction path, involving a direct reaction between the ammonium nitrate and DCCNa in the presence of a molecule of water.Furthermore, the theoretical approach was employed focusing on the study of the limiting steps of other chemical incompatibilities for ammonium nitrate systems (NaNO2, chlorinated substances). Those results were employed to understand the potentiality of the theoretical approach as a priori predicting tool for the incompatibility processes.In summary this work, pioneer in the microscopic study of chemical incompatibilities of ammonium nitrate, has clarified the reaction mechanisms involved in the decomposition of pure compounds, as well as in contact with other contaminants.

Les services Web ont émergé comme un support de développement et d’intégration d’applications ou de systèmes d’information. Dans ce cadre, les interactions entre deux applications consommateur et fournisseur, encapsulées par des services Web se font par échanges de messages. Ces échanges s’appuient sur la notion d’interfaces, qui décrivent les interactions dans lesquelles un service peut s’engager et les dépendances entre ces interactions. Dans le Web actuel, il arrive très fréquemment que de nombreux services répondent à un même ensemble de besoins fonctionnels. Ces services sont souvent offerts par le biais d’interfaces différentes. Des nombreuses raisons, telles que la panne du service fournisseur, peuvent amener un consommateur à substituer son fournisseur habituel par un autre fournisseur qui offre la même fonctionnalité. Cette substitution provoque des incompatibilités entre l’interface du service consommateur et celle du service fournisseur substitut. Cela est dû au fait que le service consommateur n’a pas été fait en fonction de ce nouveau service fournisseur. Les recherches que nous menons dans cette thèse visent à résoudre le problème des incompatibilités dans des interactions entre deux services consommateur et fournisseur substitut. En particulier, notre contribution s’étend, tant sur le plan théorique que sur le plan pratique. Il s’agit d’une part d’un canevas pour la génération automatique des adaptateurs des interactions entre deux services. D’autre part, nous proposons une architecture logicielle multicouche fournissant un cadre permettant une substitution transparente et flexible d’un service fournisseur par un autre service vis-à-vis du consommateur du premier. Dans notre canevas pour la génération automatique des adaptateurs, une modélisation des interfaces de services en des automates a été adoptée. Puis, une étape de détection des incompatibilités entre ceux-ci est réalisée. Ensuite, un adaptateur des interactions entre les deux services est généré automatiquement sur la base d’incompatibilités détectées. La génération de l’adaptateur est guidée par le modèle d’automates. Cela permet de modéliser l’adaptateur indépendamment de son implémentation cible, permettant ainsi une bonne réutilisation des modèles. Une fois généré, l’automate de l’adaptateur suffisamment détaillé est projeté sur la technologie CEP (Complexe Event Processing). Cette projection est réalisée à l’aide des composants cartouches (en anglais : Templates) que nous avons mis en oeuvre. Chaque cartouche étant conçue pour générer du code exécutable (en termes de requêtes continues) pour la technologie CEP / Web services have emerged as a support for development and integration of applications and information systems. In this context, the interactions between two consumer and supplier applications, encapsulated by Web services are done by exchanging messages. These exchanges are based on the concept of interfaces, which describe the interactions in which a service can handle and dependencies between these interactions. In the current Web, it is very often that many services meet the same set of functional requirements. These services are often delivered through different interfaces. For many reasons, such as failure of the service provider, the consumer has to replace his usual supplier with another supplier that offers the same functionality. This substitution leads to incompatibilities between the interfaces of the service consumer and new service provider. This is because the customer service was not been developed according to the new service provider. The research we conduct in this thesis aims to solve the problem of incompatibility in the interaction between two services; consumer and new provider. In particular, our contribution extends both in theory and in practice. It is a part of a framework for the automatic generation of adapters for interactions between two services. On the other hand, we propose a multi-layer software architecture providing a framework for transparent and flexible substitution of a service provider by another with respect to an existed consumer. In our framework for automatic generation of adapters, services interfaces modeling using automata has been adopted. Then, a step of detecting incompatibilities between them is achieved. After that, an adapter of the interactions between the two services is generated automatically based on the detected incompatibilities. The generation of the adapter is based on the automata model. The generated adapter automaton contains a sufficient detail for the projected technology CEP (Complex Event Processing). This projection is performed using components templates that are implemented by us. Each template is designed to generate executable code (in terms of continuous requests) for the CEP technology

Du fait de la complexité des processus de spéciation, l'étude des relations évolutives entre espèces nécessite une approche intégrative. Nous avons combiné croisements expérimentaux et études moléculaires (séquençage mitochondrial et RAD-seq) pour étudier les relations évolutives entre espèces indigènes et introduites du genre Ciona, en Europe. Nous avons examiné deux mécanismes post-zygotiques restant à explorer pour expliquer l'absence d'introgression de C. robusta et C. intestinalis dans leur zone de sympatrie en Manche : 1) la contre-sélection des hybrides par l'environnement (température et salinité) et 2) des incompatibilités de type Dobzhansky-Muller (DMIs). L'absence de dépression hybride (étudiée chez 725 hybrides F1) nous a conduit à rejeter le premier mécanisme. Le second a été exploré grâce à l'étude de sept familles double-hybrides ou issues de rétrocroisements, analysées par RAD-seq. Une stérilité sur la fonction mâle des hybrides F1 et d'importantes distorsions de ségrégation sont en faveur de la présence de DMIs. Nous avons étendu notre étude à d'autres espèces du genre Ciona. Les principaux résultats, notamment soutenus par une approche phylogénomique (7 taxons - 89 individus), sont : 1) la remise en cause du statut d'espèce de C. roulei par rapport à C. intestinalis (probablement deux lignées allopatriques), 2) les premières données montrant la forte divergence évolutive de C. edwardsi avec les autres Ciona spp. et 3) la présence de variabilité génétique et/ou d'introgression chez C. intestinalis type C et type D. Ces résultats ouvrent d'intéressantes perspectives de recherches dont des études populationnelles des espèces présentes en Méditerranée. / Speciation is a complex process. Evolutionary relationships between close species thus required an integrative approach. We combined experimental crosses and molecular data (mitochondrial and RAD-tag sequencing) to investigate evolutionary relationships between native and non-indigenous species of the genus Ciona nowadays found in Europe. We studied two post-zygotic mechanisms, still to be examined, to explain the lack of introgression between C. robusta and C. intestinalis in their sympatric range –i.e. the English Channel: i) selection against hybrids, by the environment (here temperature and salinity) and ii) Dobzhansky-Muller incompatibilities (DMIs). The absence of outbreeding depression (over 725 F1-hybrids) makes unlikely the first mechanism. The second has been investigated with seven families of F2-hybrids and backcrosses, all studied with RAD-tag sequences. Male sterility on F1-hybrids and many segregation distortions are in favor of presence of DMIs. We then expanded our study to other Ciona species. The main outcomes, supported by a phylogenomic approach (7 taxa - 89 individuals) are: 1) a needed reappraisal of the species status of C. roulei and C. intestinalis, which are most likely two allopatric lineages of a same species (as defined by biological and phylogenetic species concepts), 2) the first data showing that C. edwardsi is strongly evolutionary divergent from the other Ciona species and 3) the presence of unexpected genetic variability and/or introgression in C. intestinalis type C and D. All together these results open new research perspectives, in particular based on population studies of the species nowadays found in the Mediterranean Sea.

Lorsqu'une structure en béton est soumise à des sollicitations du type séchage ou hautes températures, différents mécanismes interviennent aux différentes échelles d'étude possibles de ce matériau, induisant le comportement global de la structure. Deux mécanismes sont ici distingués : les gradients (hydriques ou thermiques) à l'échelle macroscopique et les incompatibilités de déformations pâte de ciment/granulat à l'échelle mésoscopique. Les travaux présentés visent à déterminer l'effet de ces deux mécanismes. Les simulations réalisées sur le logiciel aux Eléments Finis Cast3M montrent ainsi l'apport d' "essais virtuels" en complément des expériences réelles pour permettre la séparation et la quantification des différents mécanismes intervenant dans la dégradation des propriétés mécaniques. Ces travaux s'appuient sur l'association des deux approches mésoscopique et macroscopique, utilisant deux maillages différents, homogène (considérant une phase unique, le béton) et hétérogène (considérant les deux phases pâte de ciment et granulats). L'influence du modèle mécanique adopté lors des simulations sur l'endommagement et la chute des propriétés mécaniques est également étudié.

Afin de comprendre le processus de spéciation, il est nécessaire d'appréhender les patrons de flux géniques entre espèces naissantes et le rôle de la sélection dans leur détermination. C'est ce que tente d'aborder cette thèse en utilisant comme modèle deux sous-espèces de la souris domestique, Mus musculus. Nous avons reconstitué l'histoire de leur différenciation sur la base du polymorphisme de séquence à 60 locus autosomaux. La simulation du coalescent de ces locus sous plusieurs scenarios historiques nous a permis d'inférer, via une méthode ABC (Approximate Bayesian Computation), une divergence ancienne des sous-espèces (1,5Ma). Elle fut suivie d'une longue phase d'isolement (1,2Ma) précédant une phase d'échanges génétiques débutant bien avant la formation de la zone hybride européenne actuelle. La phase d'isolement a été assez longue pour expliquer une grande partie des incompatibilités génétiques observées actuellement. Les flux génétiques anciens et prolongés pourraient avoir favorisé le renforcement comportemental de l'isolement reproductif. Nous étudions aussi la relation entre le mode d'évolution de 77 régions génomiques autosomales et leur comportement d'introgression à travers une zone hybride. Le taux de recombinaison locale semble déterminer en partie les introgressions symétriques et limitées de certains locus. Toutefois tel n'est pas le cas pour 40% des locus, qui présentent une introgression asymétrique dans l'une ou l'autre direction. Nous proposons que l'introgression coté musculus soit majoritairement contrôlée par la sélection et que l'introgression coté domesticus soit influencée par un déplacement de la zone hybride vers le territoire musculus. / Understanding the speciation process requires to appraise patterns of gene flow between incipient speices as well as the role of selection in their determination. This thesis attempts to do so using two subspecies of the house mouse, Mus musculus, as a model. We inferred the history of their differentiation based on sequence polymorphism data at 60 autosomal loci. By simulating the coalescent of these loci under several historical scenarios we were able to infer, using an ABC (Approximate Bayesian Computation) method, an ancient divergence of the subspecies (1.5 MY). This was followed by a long period of isolation (1.2 MY) preceding a phase of genetic exchanges that started well before the formation of the present European hybrid zone. The isolation phase lasted long enough to explain a majority of the present genetic incompatibilities. Ancient and lasting gene flow could have favoured a behavioural reinforcement of reproductive isolation. We a lso studied the relationship between the mode of evolution of 77 autosomal genomic regions and their introgression patterns across a hybrid zone. Local recombination rates variations seem to partly account for the patterns observed at some loci with limited and symmetrical introgression. However such is not the case for 40% of the the loci showing asymmetrical introgression in on direction or the other. domesticus results from a movement of the hybrid zone from domesticus to musculus.

Dans le but de parvenir à comprendre le rôle des joints de grains sur la déformation des polycristaux, il est nécessaire d’étudier finement le comportement des bi-cristaux. Dans cette étude, une approche expérimentale innovante basée sur la fabrication et l’étude du comportement mécanique et de la plasticité cristalline de micro-piliers bi-cristallins est combinée à une approche de modélisation micromécanique. Cette approche théorique est basée sur la théorie continue des dislocations dans laquelle les dislocations stockées au joint de grains sont décrites par une distribution continue de dislocations interfaciales. Ce modèle fournit des expressions analytiques explicites des champs de contraintes et de rotations du réseau dans le cas d’un bi-cristal infini avec un joint plan. Les contributions des différentes sources d’incompatibilité sont mises en évidence en raison des anisotropies élastique et plastique liées aux différentes orientations cristallines. Des calculs éléments finis ont permis de valider l’approche dans une zone proche du joint de grains et distante des surfaces libres du micro-pilier. L’analyse expérimentale est basée sur des essais de compression menés à température ambiante sur des micro-piliers bi-cristallins de Ni fabriqués au FIB (Focused Ion Beam). D’abord, l’étude s’est concentrée sur les prédictions des cissions résolues sur tous les systèmes de glissement du bi-cristal en utilisant le modèle continu. Les effets des fractions volumiques de cristaux et de l’inclinaison du joint de grains ont également été pris en compte dans l’analyse. Les prédictions du modèle développé dans cette thèse sont en accord avec les systèmes de glissement actifs identifiés. Concernant l’entrée en plasticité et les systèmes de glissement associés dans chaque cristal, le modèle développé est plus pertinent que la loi de Schmid. Les essais de compression sont suivis par des mesures microstructurales effectuées par EBSD, pour quantifier les rotations du réseau dans chaque grain au cours de la déformation. Celles-ci ont été également calculées et discutées à l’aide du modèle micromécanique développé dans cette thèse / In order to better understand the role of grain boundaries in polycrystals deformation, the study of the mechanical behavior of bicrystals becomes necessary. In this study, an innovative experimental approach based on the fabrication of bicrystalline micropillars is investigated with a micromechanical analysis of crystal plasticity behavior. The theoretical approach is based on the static Field Dislocation Mechanics (FDM) theory in which the dislocations stored in the grain boundary are described by a continuous distribution of interfacial dislocations. This model provides explicit analytical expressions of the stress and lattice rotation fields in the case of an infinite bicrystal with planar boundary. The contribution of the different incompatibility sources are emphasized due to elastic and plastic anisotropies related to the different crystal orientations. Finite element simulations were also performed to validate this approach in a zone close to the grain boundary and far from the micropillar free surfaces. The experimental results are based on compression tests conducted at room temperature on Ni bicrystalline micropillars. The micropillars are machined on a Focused Ion Beam (FIB). First, the study is focused on the prediction of the resolved shear stresses on the possible slip systems in the bicrystal using the continuum model. The crystal volume fraction and the grain boundary inclination angle effects were also taken into account in the analysis. The predictions of the continuum-based approach developed in this thesis are in full agreement with the experimentally identified active slip systems. Concerning the onset of plasticity and the associated slip systems in each crystal, the developed model is more relevant than the Schmid law. The compression tests are followed by microstructural EBSD measurements to quantify lattice rotations in each grain during the deformation which were also computed using the micromechanical model developed in the present thesis

Le feu bactérien et le psylle causent d’importantes pertes économiques dans les zones de production du poirier dans le monde entier. Le développement de nouvelles variétés de poirier résistantes à ces bio-agresseurs constitue un enjeu majeur dans le cadre d’un programme de lutte intégrée. L’objectif de ce projet de thèse est l'étude du déterminisme génétique de la résistance vis-à-vis de ces deux bio-agresseurs. La thèse a été réalisée dans le cadre d’une collaboration internationale entre Fondazione Edmund Mach (Italie), Institut de Recherches en Horticulture et Semences (France) et Plant & Food Research (Nouvelle-Zélande). Une descendance interspécifique de poirier T003 x ‘Moonglow’ a été développée avec pour objectif de cumuler les résistances au feu bactérien et au psylle provenant de variétés asiatiques et européennes de Pyrus. Deux cartes génétiques ont été élaborées pour T003 et ‘Moonglow’ sur la base de marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et SSR (microsatellite), et la cartographie de QTLs (Quantitative Trait Loci) a permis de démontrer le déterminisme polygénique de la résistance à ces bio-agresseurs. Une sélection assistée par marqueurs (MAS) peut donc être engagée pour ces deux caractères. Des incompatibilités génétiques ont aussi été observées dans une partie de la descendance, ce qui a permis de cartographier pour la première fois chez le poirier les zones du génome liées au phénomène de « nécrose hybride ». Le développement de marqueurs liés aux gènes létaux devrait permettre aux sélectionneurs d’éviter les combinaisons incompatibles en croisement qui peuvent impacter certains caractères agronomiques co-ségrégant avec ces gènes létaux. / The goal of this PhD project was to study the genetic architecture of pear resistance to two of its most significant diseases and pests, fire blight and psylla, which cause severe yield losses in all the main pear production regions worldwide. The development of new pear varieties with resistance against these two biotic stresses is of major interest for Integrated Pest Management. This project was designed in a joint collaboration among Fondazione Edmund Mach (Italy), Institut de Recherches en Horticulture et Semences (France) and Plant & Food Research (New-Zealand). The interspecific pear F1 progeny T003 x ‘Moonglow’ was developed with the purpose of cumulating resistances to fire blight and psylla deriving from Asian and European pear cultivars. Single nucleotide polymorphism (SNP) and simple sequence repeat (SSR)-based genetic maps were built for T003 and ‘Moonglow’. Quantitative Trait Loci (QTLs) were detected for the resistances, demonstrating their polygenic nature. Marker-assisted selection (MAS) can now be applied for these two traits. Furthermore, the segregating population exhibited genetic incompatibilities, and the genomic regions associated with hybrid necrosis were mapped for the first time in pear. Development of molecular markers linked to the lethal genes should allow breeders to avoid crosses leading to incompatible combinations that could affect the expression of important agronomic traits co-segregating with these genes.

Dans un contexte environnemental anthropisé, fragmenté et soumis à un changement climatique rapide, l’appréhension des processus d'adaptation locale des organismes marins par l'étude de zones de contact entre taxa proches constitue une approche privilégiée. Dans ces zones, des génotypes hybrides persistent malgré un état de maladaptation liée à des incompatibilités génétiques endogènes et/ou des barrières exogènes. L'histoire biogéographique complexe de la telline baltique Macoma balthica fait émerger quatre zones hybrides européennes, dont l'une, localisée autour de la Pointe Finistère (France), est le résultat d’un contact entre deux stocks génétiques ayant divergé en allopatrie. Ces divergences sont susceptibles de rompre la coadaptation entre génomes nucléaire et mitochondrial en raison de l'émergence d'incompatibilités mitonucléaires (MNIs). Ainsi, les sous-unités protéiques des cinq complexes de la chaine OXPHO sont codées à la fois par des gènes nucléaires et mitochondriaux, et une coévolution inter-génomique étroite est requise pour maintenir la production énergétique cellulaire. De précédentes données de transcriptomique dévoilent de probables MNIs chez M. balthica au niveau des complexes respiratoires I et V. Afin d’apporter des éléments de compréhension aux mécanismes de maintien des zones hybrides dans un contexte de pression anthropique, le présent travail se propose de tester l'hypothèse de putatives MNIs dans cette zone de contact. Pour cela, (i) six mitogénomes correspondant à cinq lignées haplotypiques divergentes en Europe ont été séquencés et l'architecture génomique a été étudiée conjointement à une cartographie des mutations des 13 gènes mitochondriaux, (ii) le niveau de transcription de 5 gènes nucléaires et 8 gènes mitochondriaux (complexe I à V) des individus hybrides a été comparé à celui des lignées parentales après détermination du statut d'hybridation de chaque individu (six populations françaises). A défaut d'apporter des éléments de réponses concrets quant à l'existence de MNIs chez M. balthica, et ses répercussions évolutives en terme de dépression d'hybridation, ce travail constitue un tremplin vers une étude approfondie de la zone hybride française en développant de nouveaux outils moléculaires, et de solides techniques expérimentales pour la conduite de futurs croisements artificiels. / In the anthropized, fragmented environmental context subject to rapid climate change, understand local adaptation processes of marine organisms by studying the contact zones between close taxa is a preferred approach. In these areas, hybrid genotypes persist despite a maladaptive state related to endogenous genetic incompatibilities and/or exogenous barrier. The complex biogeographic history of the Baltic tellin Macoma balthica leads to emergence of several European hybrid zones, one of which, located around the Pointe Finistère (France), is the result of the confluence of two genetic stocks that have diverged in allopatric. These divergences may have lead to the co-adaptation breakdown between nuclear and mitochondrial genomes due to the emergence of mito-nuclear incompatibilities (MNIs). Thus, the different protein subunits of the five OXPHO chain complexes are encoded by both nuclear and mitochondrial genes, and a tight inter-genomic coevolution is required to maintain the cellular energy production. Recent transcriptomic data unveil the existence of underlying MNIs in M. balthica, bearing by the respiratory complexes I and V. In order to provide some understanding clues of mechanisms in hybrid zone's maintenance in the context of human pressure, the present work aims to test the assumption of putative MNIs in this area. For this purpose, (i) six mitogenomes corresponding to five divergent haplotype lineages in Europe were sequenced and the genomic architecture has been studied jointly to a mapping mutation of the 13 mitochondrial genes, (ii) the level of transcription of 5 nuclear and 8 mitochondrial genes (complex I to V) of hybrid individuals was compared to the parental lineages after identification of the hybrid status of each individual (six french populations). For the lack of bringing concrete answers concerning the existence of MNIs in M. balthica, and its evolutionary effects in term of hybrid breakdown, this work is a springboard for a comprehensive study of the French hybrid zone by developing new molecular tools, and stable experimental technics for the realisation of future artificial crosses.