Les Anelloviridae sont de petits virus à ADN simple brin de découverte récente, très largement répandus chez les vertébrés. Chez l'homme, 3 genres distincts ont été caractérisés : Alphatorquevirus (TTV), Betatorquevirus (TTMV), Gammatorquevirus (TTMDV), engendrant une infection chronique mais dont le pouvoir pathogène potentiel demeure encore méconnu. Leur épidémiologie est en constante réévaluation du fait de leur extrême variabilité et diversité génétique. Au cours de cette recherche à l'interface entre virologie et paléomicrobiologie, nous avons exploré l'histoire naturelle de ces virus via 2 axes interconnectés. D'une part la diversité génétique a été analysée lors d'une étude transversale au sein de populations contemporaines (française et afghane) et de populations anciennes datant du néolithique à l'époque moderne. D'autre part, leur évolution a été étudiée à l'échelle individuelle par une étude longitudinale au sein de 2 corpus (suivis de patient transplanté et de patient hémodialysé). Dans le but de compléter les données concernant cette famille virale unique, un travail méthodologique a été mis en oeuvre afin d'apporter des améliorations et de standardiser les protocoles d'analyse existants. La comparaison de distribution des Anelloviridae parmi plusieurs populations contemporaines, nous a permis d'observer des différences significatives de profils, notamment dans la population afghane. Notre méthodologie d'analyse d'échantillons anciens a mis en évidence la présence de souches Anelloviridae, attestant ainsi leur ancestralité et révélant également l'existence de variabilités inter- et intra-individuelles, similaires à l'infection des populations modernes. / Anelloviridae are small single-stranded DNA viruses, recently discovered, and widely spread among vertebrates. In humans, three distinct genera were characterised: Alphatorquevirus (TTV), Betatorquevirus (TTMV), Gammatorquevirus (TTMDV), leading to a chronic infection whose pathogenicity remains unknown. Their epidemiology is constantly evolving due to their extreme variability and genetic diversity. In this multidisciplinary research, combining virology, bioanthropology and palaeomicrobiology, we have used genetic analysis to explore the natural history of those viruses via two linked issues. On the one hand, the genetic diversity was analysed by way of a cross-sectional study within contemporary populations (French and Afghan) and ancient populations from the Neolithic period to Modern times. On the other hand, their evolution was studied at the individual level through a longitudinal study in two corpora (follow-ups of a transplanted patient and haemodialysis patients). In order to complement data regarding this unique viral family, a methodological process was established to improve and standardize existing analysis protocols. Comparison of Anelloviridae's distributions among several healthy contemporary populations allowed us to notice significant differences of partitions, especially an almost complete absence of TTMDV in the Afghan sample. Our methodology dedicated to ancient remains displayed the presence of Anelloviridae strains, testifying their ancestral origin and highlighting inter- and intra-individual variations, similar to infections in modern populations.

Piaget, Inhelder et Szeminska (1948) ont analysé l’évolution avec l’âge de la copie d’un dessin géométrique angulaire composé de deux traits formant deux angles. Les résultats obtenus sont interprétés dans le modèle stadiste piagétien. En accord avec le modèle de choix de stratégies de Siegler (1996 ; 2007) et l’importance de la variabilité intra-individuelle (Lautrey, 2003), notre thèse reprend cette analyse en faisant l’hypothèse que chaque participant dispose de plusieurs procédures. Nous explorons le répertoire de procédures des enfants âgés de 6 à 12 ans et des adultes en proposant la copie dans plusieurs conditions expérimentales : copie spontanée, plusieurs copies successives en demandant au participant de copier autrement, copie avec l’utilisation d’un instrument spécifique. Nous tentons ensuite d’enrichir ce répertoire en montrant au participant une procédure qu’il n’a pas pu produite seul. Les résultats obtenus sont cohérents avec les modèles pluralistes du développement : dès 10 ans, les enfants disposent de plusieurs procédures pour copier le dessin. Cependant, la mise en évidence de la variabilité intra-individuelle dans cette tâche est contrainte par les conditions expérimentales et les connaissances instrumentales et conceptuelles du participant, notamment l’acquisition du concept d’angle. / Piaget, Inhelder and Szeminska (1948) analysed the age evolution of a geometric drawing two-lines composed and forming an angle. The results obtained are interpreted in the stadist piagetian model. In accordance with the strategy choice model (Siegler, 1996; 2007) and with the intra-individual variability importance (Lautrey, 2003), our thesis takes up this analysis with hypothesis that each participant have at his disposal several procedures. We explore the 6 to 12 aged children and adult procedural repertory by suggesting the copy in different experimental conditions: spontaneous copy, several copies in proceeding (in other way), copy with specific instrument use,. We also attempt to complete this repertory by showing the participant a procedure he could not have produced by himself. The obtained results are suitable with plural models of development: from the age of ten, the children have several strategies for copying the drawing. However, the intra-individual variability observed in this task is forced by experimental conditions and instrumental and conceptual knowledge of the participant, in particular the acquisition of angle concept .

Le polymorphisme génétique du virus de l’hépatite B (VHB) a déjà été étudié pourtenter de comprendre les facteurs viraux influençant l'évolution de la maladie, mais les étudessont discordantes. Ceci peut être lié au fait que les précédents travaux n’ont été menés quedans des populations avec une faible variété de génotypes et présentant des charges viralesplasmatiques (CVP) élevées.Nous avons donc étudié la variabilité du génome complet du VHB chez 422 individusinfectés chroniquement, naïfs de traitements anti-viraux et dont 38% présentaient une CVPinférieure à 103 UI/mL. L’optimisation de l’amplification par PCR du génome complet duVHB nous a permis de séquencer en technique Sanger plus de 90% du génome pour 320échantillons. Le séquençage direct a mis en évidence des co-infections. Ceci a été confirmé enséquençage clonal par pyroséquençage de 27 échantillons qui a montré des proportions departicules défectives variables mais toujours en co-infections avec des sous-populationssauvages. Le génotypage des séquences obtenues par technique Sanger a montré une grandereprésentativité des génotypes les plus fréquents (A à E) ainsi que 60 potentiels recombinantsinter-génotypiques. Cependant le séquençage clonal par pyroséquençage et clonage vectorielclassique de ces derniers montre la présence de co-infections de plusieurs génotypes ou laprésence de génotypes intermédiaires entre génotypes proches. Ceci est en défaveur derecombinaison par échange de matériel génétique comme ce qui a été suggéré dans lalittérature.Cette étude sera complétée par l’analyse de corrélation entre les polymorphismes et lesmarqueurs de mauvaise évolution de la pathologie. / The genetic polymorphism of hepatitis B virus (HBV) has been investigated tounderstand its impact on disease evolution, with discordant results. This could be due to thenarrow range of genotype and plasmatic viral load in these studies.We analysed complete genome variability of circulating HBV, in 422 chronicallyinfected patients. All were naive of anti-viral treatement and 38% had a plasmatic viral loadbelow 103 UI/mL. After optimisation of full length genome PCR amplification, we obtainedSanger sequences for more than 90% of HBV genome in 320 samples. We detected by directsequencing multiples co-infections that were confirmed by clonal pyrosequencing in 27samples. Defective viruses were always observed in co-infection with wild type virus. Directsequences showed a large representation of the most frequent genotypes (A to E), but also 60potential inter-genotypic recombinants. Clonal pyrosequencing and vectorial sequencingshowed that these potential recombinants were co-infections with different genotypes orintermediate genotypes located between close genotypes. These observations are incontradiction with the hypothesis described in the literature on recombination by geneticmaterial exchange.This study will be completed by a correlation analysis between the polymorphisms andmarkers of bad prognosis during HBV-induced disease.

Située dans le Nord-Est de la Colombie-Britannique, la formation de Montney est une zone d’exploitation gazière par fracturation hydraulique capable de rejeter des contaminants comme les éléments-traces, dont certains peuvent affecter la santé des femmes enceintes et leur enfant. Notre étude visait 1) l’évaluation de l’exposition de femmes enceintes de cette région à plusieurs éléments-traces à partir d’échantillons urinaires répétés, 2) la comparaison des concentrations à celles de populations de référence et 3) l’évaluation de la variabilité intra- et inter-individuelle dans les concentrations urinaires. 85 femmes enceintes participant à notre étude Exposures in the Peace River Valley (EXPERIVA) ont fourni 1 échantillon urinaire quotidien pendant 7 jours consécutifs. 20 éléments-traces y ont été analysés. Des statistiques descriptives ont été effectuées et la variabilité a été évaluée à l’aide du coefficient de corrélation intraclasse (CCI). Les concentrations urinaires médianes étaient supérieures à celles des populations de référence pour le baryum (2 fois), le cobalt (3 fois) et le strontium (2 fois). Durant la semaine, le 95e centile de référence était dépassé au moins 1 fois par de nombreuses participantes pour le baryum (58%), le cobalt (73%), le cuivre (29%), le manganèse (28%), le sélénium (38%), le strontium (60%) et le vanadium (100%). Les CCI variaient de 0.288 à 0.722 selon l’élément-trace. Nos résultats laissent supposer que les femmes enceintes de cette région peuvent être particulièrement exposées à certains éléments-traces (baryum, cobalt, cuivre, manganèse, sélénium, strontium et vanadium) et qu’un seul échantillon urinaire peut être insuffisant pour estimer adéquatement l’exposition à certains éléments-traces. / Located in Northeastern British-Columbia, the Montney formation is an important area of gas exploitation by hydraulic fracturing which can release contaminants like trace elements. Gestational exposure to these contaminants may lead to deleterious developmental effects. Our study aimed to assess gestational exposure to trace-elements in women living in this region through repeated urinary measurements, to compare these values to those from reference populations, and to evaluate inter- and intra-individual variability. 85 pregnant women participating in the Exposures in the Peace River Valley (EXPERIVA)study provided daily spot urine samples over 7 consecutive days. Samples were analyzed for 20 trace elements. Descriptive statistics were performed, and variability was evaluated through intraclass correlation coefficient (ICC) calculation for each trace element. When compared with those from North American populations, median urinary levels were higher in our population for barium (2 times), cobalt (3 times) and strontium (2 times). The 95th percentile of reference populations was exceeded at least 1 time by many participants during the week for barium (58%), cobalt (73%), copper (29%), manganese (28%), selenium (38%), strontium (60%) and vanadium (100%). ICCs varied from 0.288 to 0.722 depending on the trace element. Our results suggest that pregnant women living in this region may be more exposed to certain trace elements (barium, cobalt, copper, manganese, selenium, strontium, and vanadium), and that one urine spot sample could be insufficient to adequately estimate exposure to certain trace elements.

Au cours de la préadolescence, la durée totale de sommeil diminue et des retards importants dans l’horaire de sommeil se produisent. Cependant, la plupart des études utilisent des données transversales et/ou des mesures subjectives du sommeil, limitant la qualité méthodologique des données. Aussi, le point milieu du sommeil, le décalage horaire social (DHS) et la variabilité intra-individuelle (VII) du sommeil restent rarement abordés. Nous avons suivi 128 préadolescents (69 filles) ayant un développement typique pendant 4 ans, entre les âges de 8 et 12 ans. L’actigraphie a été utilisée pour déterminer le sommeil typique (soit la valeur moyenne), le DHS et la VII de quatre aspects du sommeil : l’heure du coucher, l’heure du lever, le point milieu du sommeil et la durée totale de sommeil. Des courbes de croissance multiniveaux ont été modélisées pour examiner à la fois les changements intra- et inter-individuels. Avec l'âge, l'horaire de sommeil devient progressivement plus tardif, la durée de sommeil diminue linéairement, et des augmentations significatives sont observés à la fois pour le DHS et la VII. Des différences individuelles autour des moyennes du groupe ont aussi été notées pour le DHS de l'heure du coucher et de la durée de sommeil. De plus, les filles présentent des différences plus importantes dans leur sommeil entre les jours comparativement aux garçons. Ces résultats décrivent des changements significatifs dans le sommeil des préadolescents au cours des années. Nous discutons des implications potentielles de ces trajectoires sur le fonctionnement physiologique, psychologique et social des jeunes. / Pre-adolescence is a period of marked changes in sleep-wake cycles characterized by a gradual decrease in adolescents' total sleep time (TST) and later sleep schedules with age. However, much of the research supporting these developmental trends has been based on cross-sectional data and/or subjective measures of sleep, limiting the methodological quality of the evidence. Additionally, important sleep parameters, like sleep midpoint, social jetlag and variability in sleep remain seldomly studied. We followed 128 typically developing preadolescents (69 female) over 4 years, between ages 8 and 12 years. Actigraphy-derived estimates of typical (i.e., mean) sleep, social jetlag and intra-individual variability were obtained for four sleep parameters: sleep onset, sleep offset, sleep midpoint, and TST. Multilevel growth curves were modelled to examine both within-person change and between-person differences in these trajectories. Across the period of pre-adolescence, sleep schedule became progressively later, mean TST decreased linearly, and significant increases were observed for both social jetlag and variability in sleep. Important individual differences around the average group estimates were noted for the social jetlag of sleep offset and TST. Sex differences were also observed, with girls experiencing greater between-day differences in their sleep than boys. These results describe significant age-related changes in the sleep of pre-adolescents. We discuss potential implications of these trajectories on youths’ physiological, psychological, and social functioning.