Cette thèse de doctorat propose une réflexion sur les phénomènes de copies en matière d’estampe à travers la production d’éditeurs-graveurs allemands de la seconde moitié du XVIIe siècle et de la première moitié du siècle suivant. Parmi les principaux acteurs du monde de la gravure en Allemagne après la fin de la guerre de Trente ans, certains, à commencer par la famille des Küsel à Augsbourg, se sont largement investis dans la réalisation et l’édition de copies gravées. Parmi les modèles utilisés par ces graveurs, l’estampe française du XVIIe siècle tient une place centrale. Remises dans leur contexte historique, technique et artistique, ces copies permettent d’aborder un rapport à la reproduction et diffusion des images différent d’aujourd’hui. Trois niveaux de transferts sont dans ce cadre interrogés. Le premier se réfère à la pratique même du copiste, qui transfère son modèle sur une plaque à graver. Le deuxième niveau de transfert concerne plus spécifiquement les translations qui s’opèrent d’un pays à un autre. Enfin, le troisième interroge la manière dont le désir de s’approprier l’original se reporte sur la copie. Il s’agit ainsi de replacer ces phénomènes de copies dans leurs contextes de production respectifs mais aussi d’étudier ce qu’implique cette pratique, tout en tenant compte pour cela du rôle joué par son public. / This doctoral thesis presents a study of the phenomenon of print copying, study based on the production of German publishers and engravers in the second half of the seventeenth century and the first half of the following century. Some of the main producers of engravings in Germany after the end of the Thirty Years War, starting with the Küsel family in Augsburg, were very much involved in creating and publishing engraved copies. The French seventeenth century printing was a central element in the models used by these engravers. When these copies are placed in their historical, technical and artistic background, they enable us to address a different way of looking at the copying and publishing of pictures, compared withtoday. We shall, therefore, analyze three levels of transfers. The first one relates to the actual technique of the copyist who transfers the model onto an engraving plate. The second one focuses more specifically on the exchanges generated from one country to another. Finally, the third one raises the issue of how the desire to appropriate the original is transferred onto the copy. We shall thus place these phenomena of print copies in their respective backgrounds but also analyze what is implied by this practice, taking into account the role played by its audience.

La production verbale écrite constitue un vaste champ d’investigation pour les sciences cognitives. A l’heure où il est demandé de plus en plus tôt de savoir produire avec les outils numériques de production verbale écrite (clavier d’ordinateur et tablette tactile), l’utilisation de ces outils nécessite d’être étudiée. Nous proposons d’examiner les effets de trois outils sur la production (stylo numérique, clavier et tablette tactile). Pour ce faire, nous avons réalisé quatre études : la première porte sur la production orthographique en condition de dictée ; la deuxième s’intéresse à la copie de mots ; la troisième concerne la reproduction de phrases ; la quatrième aborde la production de textes.Nos analyses montrent que la variable outil de production a une grande importance lors de la production verbale écrite de mots, de phrases ainsi que sur la production de textes. Nous avons pu mettre en évidence l’effet de ces outils sur les temps de production, le nombre d’erreurs, la récupération d’information, le débit et la qualité des textes produits. Nos recherches ouvrent des perspectives nouvelles tant sur le plan méthodologique que sur le plan théorique. En effet, l’outil de production est une variable qu’il faut prendre en compte dans l’étude de la production verbale écrite. / Written verbal production is a vast field of investigation for cognitive sciences. At a time when it is asked at an increasingly early age to know how to produce with the digital tools of written verbal production (computer keyboard and touch tablet), the use of these tools needs to be studied. We propose to examine the effects of three tools on production (digital pen, keyboard and touch pad). To do so, we conducted four studies: the first deals with orthographic production in dictation condition; the second is about copying words; the third concerns the reproduction of sentences; the fourth deals with the production of texts.Our analyzes show that the variable production tool is of great importance in the verbal production of words, phrases and the production of texts. We have been able to highlight an effect of these tools on production times, the number of errors, the retrieval of information, the throughput and the quality of the texts produced. Our research opens up new perspectives both from a methodological and a theoretical point of view. Indeed, the tool of production is a variable that must be taken into account in the study of written verbal production.

Ce travail de thèse porte sur deux phénomènes syntaxiques importants du chinois mandarin: la construction à copie du verbe et la construction en BA, chacun desquels pose un défi à l'approche générative de la linguistique. Nous avons proposé dans le travail une analyse par étiquetage qui permet éventuellement d'unifier les deux phénomènes qui sont à première vue très différents. Dans la partie sur le phénomène de copie du verbe, nous avons avancé l'idée que la forme de la copie du verbe est dérivée par le mouvement du VP qui fait partie d'une des stratégies grammaticales pour rendre labélisable la structure formée par la fusion entre le complément postverbal et AspP, qui est du type {XP, YP} dans les termes de Chomsky (2013). Dans la partie sur les constructions en BA, en nous basant sur l'hypothèse du mouvement, nous supposons que le mouvement du NP (le BA-NP) est pour satisfaire des exigences de sous-catégorisation de l'élément BA, que le Merge interne du NP avec le vP donne lieu à une structure nominale qui porte le label [φ], et que le rôle de BA est de fournir un label verbal à cette structure nominale sous T, qui autrement serait exclue à l'interface C-I / -résumé en anglais:The thesis mainly discusses two important syntactic phenomenons of Mandarin Chinese: verb copying constructions and BA-constructions, each of which presents a challenge to the generative approach of linguistics. I provided in the thesis a labeling analysis that allows to unify the two phenomena which are very different en the surface. In the part of verb copying constructions, I put forward the idea that the verb copying form is derived by VP movement, one of the grammatical strategies to provide a label to the unlabelable structure formed by the internal Merge between the postverbal complement and AspP, resulting in a {XP, YP} structure in the terms of Chomsky (2013). In the part of BA-construction, based on the movement hypothesis, I proposed that the movement of NP (the BA-NP) is to satisfy the subcategorization requirement of BA, and the internal Merge between the NP and the vP gives rise to a nominal structure labeled [φ], and we argue further that the role of BA is to provide a verbal label to the nominal structure under T, which otherwise, would be ruled out at the CI interface

Dans le champ des neurosciences comportementales, une interrogation demeure quant à la contribution des informations visuelles et proprioceptives permettant de localiser la main et la cible pendant la réalisation d'un mouvement de la main vers une cible visuelle. Nous avons développé une méthode originale pour investiguer la thématique du contrôle en ligne du mouvement. Dans chacune des études réalisées, des participants adultes essayaient d'atteindre le plus précisément possible des cibles visuelles présentées dans l'obscurité. Des modifications de la position de la cible mais également de la position vue de la main étaient réalisées de façon aléatoire et nous avons analysé comment cela affectait le comportement moteur des sujets. Pour que l'influence de processus cognitifs sur le contrôle en ligne du mouvement soit aussi similaire que possible dans les conditions avec ou sans perturbation, nous avons choisi de produire ces perturbations sans que les sujets ne puissent les percevoir dans le sens où ils n'ont jamais été capables d'en rendre compte verbalement. L'étude 1 a montré que l'information visuelle relative à la position de la cible était prise en compte de manière plus importante et plus rapide par rapport à l'information visuelle relative à la position de la main, pour le contrôle en temps réel des mouvements rapides. Toutefois, la principale question dégagée de cette étude a concerné l'utilisation limitée du feedback visuel de la main, une observation qui semblait en opposition avec nombre d'études ayant montré le rôle essentiel de ce type d'information dans le contrôle de mouvements d'atteinte manuelle. En fait, une analyse approfondie de la littérature a laissé suggérer que la nature de la tâche, où l'amplitude du mouvement devait être contrôlée, pourrait avoir limité le traitement optimal de l'information visuelle. L'étude 2 avait pour but d'examiner l'utilisation du feedback visuel de la main dans le contrôle de mouvements d'atteinte manuelle lorsque seule la composante directionnelle du mouvement est à contrôler. L'étude 2 a permis de mettre en évidence la capacité d'intégration rapide et précise du système nerveux central des informations visuelles et proprioceptives sur la position de la main. L'information visuelle a en effet été utilisée de manière consistante et significative, un résultat différant singulièrement de celui obtenu dans l'étude 1 où essentiellement l'amplitude du mouvement était à contrôler. Dès lors, il nous a paru intéressant d'étudier une tâche où des modifications de l'information visuelle devaient résulter en des modifications de l'amplitude et de la direction du mouvement. La question sous-jacente était de savoir si le contrôle des deux composantes serait identique aux deux expériences précédentes ou si il y aurait un effet de type interaction au niveau du contrôle. L'étude 3 a notamment permis de démontrer que le contrôle directionnel de mouvements rapides sur la base d'informations visuelles de la main est limité par le contrôle de l'amplitude (que l'on peut alors légitimement définir comme une contrainte). En fait, le fait de contrôler l'amplitude (et donc le freinage du mouvement) semble limiter plus généralement le contrôle en ligne du mouvement sur la base des informations de localisation de la main. A ce stade, nous avions donc démontré la contribution des informations visuelles de localisation de la cible et de la main, ainsi que des informations proprioceptives au contrôle courant des mouvements d'atteinte manuelle. Nos expériences ont donc permis de démontrer les rôles essentiels des informations proprioceptives et visuelles (relatives à la position de la main et de la cible). Afin d'étudier le caractère indispensable de ces boucles de rétroaction, nous avons eu l'opportunité de travailler avec une patiente proprioceptivement désafférentée. L'étude 4 nous a permis de montrer qu'un contrôle du geste en cours d'exécution était possible malgré l'absence de boucles de rétroaction sensorielles périphériques sur la localisation de la main et de la cible. Nous proposons donc un modèle du contrôle en ligne du mouvement basé sur une utilisation optimale des mécanismes proactifs et rétroactifs, ainsi que sur la continuité et la rapidité du processus de traitement de l'information.

L’objet de cette thèse porte sur la pratique de la copie d’après l’antique et les maîtres à l’Académie de France à Rome sous la direction de Charles-Joseph Natoire entre 1752 et 1775. Il s’attache au domaine du dessin et s’étend aux artistes qui gravitent dans l’orbite de cette institution. Sont examinés tout d’abord le cadre institutionnel, le lieu et les enseignements obligatoires afin de définir le contexte dans lequel se pratique le dessin d’après l’antique et les maîtres. La réalisation de copies peintes en dehors du palais Mancini ouvre sur la question d’une dichotomie entre modèles imposés et choix des pensionnaires lors de l’exécution d’études dessinées dans les basiliques, les églises, les palais et les musées de Rome. La deuxième partie propose une analyse comparative entre les sources antiques puis modernes sélectionnées et les interprétations graphiques des pensionnaires. Elle offre un aperçu des lieux les plus fréquentés, des types d’œuvres privilégiés et de la réception de l’antiquité comme des sculptures et des peintures du Quattrocento au Settecento. L’examen des commandes de quatre amateurs démontre leur influence sur les travaux des pensionnaires et permet de définir d’autres formes d’utilisation des copies dessinées. Enfin, nous nous intéressons à la conservation et à la circulation des dessins comme témoignages matériels des relations entres pensionnaires et proches de l’Académie. Elles reflètent des pratiques artistiques individuelles ou partagées. Elles attestent le rôle de modèle assumé par certains et les fonctions de la copie par-delà le séjour à Rome. / The aim of this dissertation covers the practice of copying after the Antique and Masters at the French Academy in Rome while Charles-Joseph Natoire was its director between 1752 and 1775. It relates to the field of drawing and extends to the artists who gravitated around this institution. First the institutional context is considered, the premises and compulsory classes, in order to define the context in which drawing after the Antique and the Masters was practiced. The creation of painted copies outside the Palazzo Mancini raises the question of a dichotomy between models imposed and the choices of the pensionnaires when they were drawing studies in the basilicas, churches, palaces and museums of Rome. The second section provides a comparative analysis between the ancient and modern sources chosen and the pensionnaires’ interpretation of them. It provides an overview of the most commonly visited locations, the types of works favoured and the reception both of antiquity and sculptures and paintings from the Quattrocento to the Settecento. A study of four connoisseurs who commissionned drawings shows their influence on the pensionnaires’ work and allows other uses of drawn copies to be defined. Finally the conservation and circulation of drawings as material evidence of the relations between pensionnaires and those close to the Academy is examined. These confirm the role as a model assumed by some and the functions of the copy beyond an artist’s time as a student in Rome.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le cancer de l’ovaire est le cancer gynécologique avec la plus grande mortalité due à un diagnostique tardif au stade de maladie extensive péritonéale. Malgré les progrès de la chirurgie radicale et de la chimiothérapie les récurrences abdominales demeurent la cause la plus fréquente de mortalité. Il existe peu d’études de la maladie métastatique péritonéale. Notre hypothèse de travail est que les différences entre la maladie métastatique et la tumeur primaire sont primordiales dans la survenue d’une maladie résiduelle ou récurrente. Nous avons utilisé une approche exhaustive comprenant des études du transcriptome, des variations du nombre de copie (VNC) et des sequençages des exomes pour caractériser les différences entre lésions primaires, métastases péritonéales et métastases lymphatiques.Résultats: Notre étude démontre que les VNC varient de façon significative entre la tumeur primaire et la métastase peritonéale. Les différences d’expressions géniques bien que mineures permettent de retrouver les voies de signalisation primordiales pour le développement des métastases. Le séquençage des exomes montre très peu de différences en terme de polymorphisme. Par ailleurs la majorité des polymorphismes présents dans les métastases se retrouvent à une faible fréquence dans la tumeur primaire de façon concordante avec la théorie clonale. Conclusion: L’ensemble des résultats montre la possibilité d’une origine clonale de la maladie métastatique des cancers de l’ovaire comportant la majorité des anomalies au niveau des variations du nombre de copie. L’intégration de ces données permettrait d’optimiser les thérapeutiques ciblées. / Ovarian cancer is the most deadly gynecological cancer. The high rate of mortality is due to the large tumor burden with extensive metastatic lesion of the abdominal cavity. There are few studies on genetic alterations and their consequences in peritoneal metastatic tumors when compared to their matched ovarian primary tumors. Our hypothesis is that differences between the metastatic and primary lesions might be the cause of residual disease and, most importantly may have a role in post-chemotherapeutic recurrences. Methods: We conducted integrated genomics analysis on matched primary and metastatic tumors from 9 patients. In the papers presented here we analyze genome-wide Copy Number Variations (CNVs) using SNP Arrays targeting peritoneal metastasis differences, Gene expression differences using Microarrays also targeting peritoneal metastasis differences, and for some patients, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) in genes through Exome sequencing.Results: Here we show that CNVs vary significantly between primary and metastatic tumors and include genes that have been considered potential chemotherapeutic targets based on primary tumor only data. Gene expression differences, while minor, showed highly statistically significant enrichment of genes in ovarian cancer critical pathways. In agreement with findings in other cancers, exome sequencing data revealed very few SNP differences of which most metastasis enriched SNPs were present at very low levels in the primary tumor. The results presented here should allow better design of therapies to target residual ovarian cancer disease.

Modification d'algorithmes classiques utilises dans le maintien de la cohérence de copies multiples en vue de prendre en compte une latence de détection de faute. Bref parallèle des algorithmes modifies de Kaneko et Herran et Verjus. Réalisation d'une nouvelle classification de pannes.

Ces dix dernières années, l’investigation des maladies génétiques a été bouleversée par l’émergence des techniques de séquençage haut-débit. Celles-ci permettent désormais de ne plus séquencer les gènes un par un, mais d’avoir accès à l’intégralité de la séquence génomique ou transcriptomique d’un individu. La difficulté devient alors d’identifier les variants causaux parmi une multitude d’artefacts techniques et de variants bénins, pour ensuite comprendre la physiopathologie des gènes identifiés.L’application du séquençage haut débit est particulièrement prometteuse dans le champ de la génétique de l’infertilité masculine car il s’agit d’une pathologie dont l’étiologie est souvent génétique, qui est génétiquement très hétérogène et pour laquelle peu de gènes ont été identifiés. Mon travail de thèse est donc centré sur la l’infertilité et comporte deux parties majeures : l’analyse des données issues du séquençage haut débit d’homme infertiles et de modèles animaux et la caractérisation moléculaire d’un phénotype spécifique d’infertilité, laglobozoospermie.Le nombre de variants identifiés dans le cadre d’un séquençage exomique pouvant s’élever à plusieurs dizaines de milliers, l’utilisation d’un outil informatique performant est indispensable. Pour arriver à une liste de variants suffisamment restreinte pour pouvoir être interprétée, plusieurs traitements sont nécessaires. Ainsi, j’ai développé un pipeline d’analyse de données issues de séquençage haut-débit effectuant de manière successive l’intégralité des étapes de l’analyse bio-informatique, c’est-à-dire l’alignement des reads sur un génome de référence, l’appel des génotypes, l’annotation des variants obtenus ainsi que le filtrage de ceux considérés comme non pertinents dans le contexte de l’analyse. L’ensemble de ces étapes étant interdépendantes,les réaliser au sein du même pipeline permet de mieux les calibrer pour ainsi réduire le nombre d’erreurs générées. Ce pipeline a été utilisé dans cinq études au sein du laboratoire, et a permis l’identification de variants impactant des gènes candidats prometteurs pouvant expliquer le phénotype d’infertilité des patients.L’ensemble des variants retenus ont ensuite pu être validés expérimentalement.J’ai également pris part aux investigations génétiques et moléculaires permettant la caractérisation du gène DPY19L2, identifié au laboratoire et dont la délétion homozygote entraine une globozoospermie, caractériséepar la présence dans l’éjaculât de spermatozoïdes à tête ronde dépourvus d’acrosome. Pour cela, j’ai contribué à caractériser les mécanismes responsables de cette délétion récurrente, puis, en utilisant le modèle murin Dpy19l2 knock out (KO) mimant le phénotype humain, j’ai réalisé une étude comparative des transcriptomes testiculaires de souris sauvages et de souris KO Dpy19l2-/-. Cette étude a ainsi permis de mettre en évidence la dérégulation de 76 gènes chez la souris KO. Parmi ceux-ci, 23 sont impliqués dans la liaison d’acides nucléiques et de protéines, pouvant ainsi expliquer les défauts d’ancrage de l’acrosome au noyau chez les spermatozoïdes globozoocéphales.Mon travail a donc permis de mieux comprendre la globozoospermie et de développer un pipeline d’analyse bioinformatique qui a déjà permis l’identification de plus de 15 gènes de la gamétogenèse humaine impliqués dans différents phénotypes d’infertilité. / In the last decade, the investigations of genetic diseases have been revolutionized by the rise of high throughput sequencing (HTS). Thanks to these new techniques it is now possible to analyze the totality of the coding sequences of an individual (exome sequencing) or even the sequences of his entire genome or transcriptome.The understanding of a pathology and of the genes associated with it now depends on our ability to identify causal variants within a plethora of technical artifact and benign variants.HTS is expected to be particularly useful in the field infertility as this pathology is expected to be highly genetically heterogeneous and only a few genes have so far been associated with it. My thesis focuses on male infertility and is divided into two main parts: HTS data analysis of infertile men and the molecular characterization of a specific phenotype, globozoospermia.Several thousands of distinct variants can be identified in a single exome, thereby using effective informatics is essential in order to obtain a short and actionable list of variants. It is for this purpose that I developed a HTS data analysis pipeline performing successively all bioinformatics analysis steps: 1) reads mapping along a reference genome, 2) genotype calling, 3) variant annotation and 4) the filtering of the variants considered as non-relevant for the analysis. Performing all these independent steps within a single pipeline is a good way to calibrate them and therefore to reduce the number of erroneous calls. This pipeline has been used in five studies and allowed the identification of variants impacting candidate genes that may explain the patients’ infertility phenotype. All these variants have been experimentally validated using Sanger sequencing.I also took part in the genetic and molecular investigations which permitted to demonstrate that the absence of the DPY192 gene induces male infertility due to globozoospermia, the presence in the ejaculate of only round-headed and acrosomeless spermatozoa. Most patients with globozoospermia have a homozygous deletion of the whole gene. I contributed to the characterization of the mechanisms responsible for this recurrent deletion, then, using Dpy19l2 knockout (KO) mice, I realized the comparative study of testicular transcriptome of wild type and Dpy19l2 -/- KO mice. This study highlighted a dysregulation of 76 genes in KO mice. Among them, 23 are involved in nucleic acid and protein binding, which may explain acrosome anchoring defaults observed in the sperm of globozoospermic patients.My work allowed a better understanding of globozoospermia and the development of a HTS data analysis pipeline. The latter allowed the identification of more than 15 human gametogenesis genes involved in different infertility phenotypes.