Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 84-104).

Casein proteins are important escpecially for cheese making. In addition to technology and other factors, casein concentration in milk and relative representation of individual casein fractions influence cheese yield. Majority fractions are alfa-casein, beta-casein and kappa-casein. For the determination of proteins in the milk can be used electrophoretic techniques or near infra-red spektrometry. High performance liquid chromatography (HPLC) is going to be used. HPLC is widely used analytical method, which is based on differential affinity of the substances to the mobile and the stationary phase. The thesis has introduced the method of determining the casein fractions by HPLC. The method was partially optimized using cow milk and calibrated to the standard solutions, which were purchased casein fractions derived from the bovine milk. Real samples of cow, sheep and goat milk were analyzed. The goat milk was available in several variants: Sanski goat milk and white shorthair goat from domestic or farm breeding. All milk samples were analyzed for casein and casein fractions proportions. Chromatograms show that the casein formula is different in cow, sheep and goat milk. Different concentrations of the casein fraction in the milk of various animal species have been statistically detected in almost all cases. The exception was the concentration of beta-casein in the milk of white shorthair goat from the domestic and the farm breeding and cow milk. In these types of milk there was no statistically significant difference in the concentration of beta-casein. Analysis of individual samples of white shorthair goat milk from the farm breeding shown that casein content in the milk of different animals reared under the same conditions may be different. Ratios of beta-casein to alfa-casein, beta-casein to kappa-casein and alfa-casein to kappa-casein were evaluated in all samples. Interspecific comparisons proved that ratios were statistically significantly different in all milks. In the milk of Sanski goat, there was found the stable ratio of beta-casein to alfa-casein during lactation. For all goat milk there were typical higher values of the ratio of beta-casein to kappa-casein. The ratio of alfa-casein to kappa-casein was highest in the sheep milk. Despite some shortcomings, it is possible to use the HPLC method possible for these purposes, but it is necessary to continue with its optimization.

A caracterização de vias de sinalização alteradas em células tumorais, e a validação de fármacos inibidores de transdução de sinal que interajam com as mesmas de modo a atuar como terapia principal ou adjuvante no tratamento de neoplasias sólidas e hematopoiéticas, é um campo de grande interesse em oncologia. A necessidade da caracterização de novos alvos moleculares advém da incidência considerável de recidivas, quadros de quimiorresistência e efeitos adversos associados ao tratamento com os agentes antitumorais clássicos. Nesta tese, desenvolvemos a hipótese de que o fator de transcrição NFκB poderia estar envolvido com processos de proliferação, antiapoptose e quimiorresistência em células neoplásicas, caracterizando-se como um potencial alvo para interferência farmacológica. Para isso, avaliamos: i) o papel de NFκB na resposta celular a ERO e no controle da decisão entre morte e proliferação celular; ii) o estado de ativação de NFκB em modelos tumorais in vitro e in vivo; iii) o potencial citotóxico e seletividade dos inibidores de NFκB, seus mecanismos de ação, atividade em células neoplásicas e em linhagens quimiorresistentes. Para isso, foram utilizadas abordagens in vitro (cultivos celulares), in vivo (modelo animal de implante tumoral), e análises de bancos de expressão gênica através de ferramentas de biologia de sistemas. Os resultados demonstraram que NFκB está superestimulado em linhagens de leucemia e de glioblastoma quando comparado com leucócitos e astrócitos não-transformados. O tratamento com inibidores farmacológicos de NFκB causou morte celular programada em um mecanismo seletivo para células tumorais, potenciando os efeitos de antitumorais clássicos tanto em linhagens selvagens quanto em células quimiorresistentes. Além disso, os inibidores BAY117082 e curcumina apresentaram atividade in vivo em modelo animal de glioma sem evidência de citotoxicidade aguda. Em suma, os dados aqui apresentados sugerem que o fator de NFκB constitui-se um potencial alvo para inibição farmacológica no tratamento de neoplasias. Neste contexto, a diversidade da expressão de NFκB em diferentes tipos tumorais e a segurança associada ao uso clínico de seus inibidores permanece por ser avaliada. / Characterization of new molecular targets is one of the most important challenges in oncology. In this context, there is a growing interest in characterization of deregulated cell signaling pathways in solid and hematopoietic cancer cells in order to leverage the development of specific cell signaling inhibitors to act as principal or adjuvant therapy, and to circumvent the frequently observed chemoresistance and relapse in cancer patients. In this study, we hypothesized that the transcription factor NFκB could be involved on proliferation, antiapoptosis response and chemoresistance in cancer cells thus being a potential target for pharmacological interference. Attempting to test this, we evaluated: i) the role of NFκB in cell response against reactive oxygen species and in control of cell death and proliferation signaling; ii) NFκB activation status in cancer and noncancerous cells in vitro and in vivo; iii) cytotoxicity, selectivity and mechanisms of action of NFκB inhibitors in glioma and leukemia cells besides its biological activity against chemotherapy-resistant cell lines. Experiments were performed based on in vitro (cancer cell lines and primary cultures) and in vivo (tumor implants) models of cell growth. Moreover, in some experiments, bench-directed analysis of public gene expression databases followed by bioinformatic approach was used to ensure the significance and reliability of experimental data. Our findings showed an overstimulation of NFκB in leukemic and glioblastoma cell lines compared to healthy leucocytes and non-transformed astrocytes, respectively. Treatment with pharmacological inhibitors of NFκB induced programmed cell death in a cancer cells selective manner and potentiated the effects of classical anticancer drugs in both wild-type and chemoresistant cell lines. Indeed, the pharmacological NFκB inhibitors BAY117082 and curcumin showed significant anticancer efficacy in a model of brain-implanted gliomas without evidence of acute toxicity. Overall, the herein presented data suggest that NFκB is a potential target for cell death induction in leukemia and glioblastomas. Evaluation of its expression profile in different type of cancers beyond testing efficacy and safety of NFκB pharmacological inhibitors for clinical usefulness remains to be investigated.

O manejo clínico dos pacientes com pólipos colorretais é principalmente baseado na histologia das lesões removidas. Em conseqüência, o diagnóstico histológico tem um papel muito importante na decisão terapêutica e a uniformidade de interpretação dos diferentes laudos de patologia é essencial. Apesar destas relevantes implicações, poucos estudos existem avaliando a variabilidade interobservador na elucidação dessa doença e a concordância não é considerada satisfatória. Objetivo: avaliar a variabilidade interobservador no diagnóstico histológico dos pólipos colorretais. Metodologia: foram avaliados 230 pólipos colorretais no Serviço de Patologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). Quatro patologistas examinaram todas as lâminas de forma independente e “cega”, ou seja, sem conhecimento do diagnóstico elaborado pelo seu colega. As lesões colorretais foram classificadas em relação ao diagnóstico: pólipo e carcinoma invasivo e quanto ao tipo de pólipo: adenomatoso versus hiperplásico. Nos adenomas foi avaliado o tipo histológico (tubular, túbulo-viloso e viloso) e o grau de displasia (baixo e alto grau). Resultados: o Kappa médio, em relação ao tipo de lesão, foi de 0,794, considerado moderado. Quanto ao tipo de pólipo, o Kappa médio foi 0,852, ou seja, uma ótima concordância. Em relação aos adenomas, no que se refere ao tipo histológico, obteve-se um Kappa médio, fraco de 0,291, e na avaliação do grau de displasia o Kappa médio foi regular com valor de 0,420. Conclusão: o índice de concordância, entre os quatro observadores foi considerado de moderado a ótimo no tipo de lesão e de pólipo, porém a variabilidade foi grande na avaliação dos adenomas, tanto no que concerne ao tipo histológico quanto ao grau de displasia com um kappa de fraco a regular. / The clinical management of patients with colorectal polyps is mainly based on the histology of the removed lesions. Therefore, the histological diagnosis has a very important role in deciding the treatment and the uniform interpretation of the different pathology reports is essential. In spite of these relevant implications, there are only very few studies assessing the interobserver variability in such diagnosis and the concordance of reports among different examiners is not considered satisfactory. Objective: to assess interobserver variability in the pathology reports in the diagnosis of colorectal polyps. Method: at the Department of Pathology of HCPA [Hospital de Clínicas de Porto Alegre] 230 slides of colorectal polyps were examined by four independent pathologists “blindly”, that is, the diagnosis given by their colleagues was not known. Colorectal lesions were classified according to the diagnosis as polyp or invasive cancer and to the polyp type (adenomatous or hyperplasic). The histological type of the adenomas (tubular, tubulovillous and villous) and the grade of dysplasia (high or low) were also assessed. Results: mean kappa of the type of lesion was 0.794, which is considered moderate. The mean kappa of 0.852 for the type of polyp is considered excellent concordance. Regarding the histology of adenomas, the mean kappa was 0.291, considered weak. The assessment of the degree of dysplasia showed a regular Kappa of 0.420. Conclusion: the concordance rate among the four pathologists was considered to be moderate to excellent for the type of lesion and of polyp but there was great variability in the assessment of adenomas both for the histological type and for dysplasia, showing a weak to regular kappa.

ARAÚJO, Efraim Martins. Utilização do sensoriamento remoto para detecção de diferentes alvos no entorno de reservatórios no semiárido. 2017. 159 f. Tese (Doutorado em Engenharia Agrícola)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Aline Mendes (alinemendes.ufc@gmail.com) on 2017-05-30T20:44:38Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 10444465 bytes, checksum: 54198305b9d650c104ee92d5588717ee (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Mendes (alinemendes.ufc@gmail.com) on 2017-05-30T21:13:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 10444465 bytes, checksum: 54198305b9d650c104ee92d5588717ee (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-30T21:13:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 10444465 bytes, checksum: 54198305b9d650c104ee92d5588717ee (MD5) Previous issue date: 2017 / The main goal of this work is to evaluate the potential of discrimination for soil use and occupation in the surroundings of reservoirs located in the semi-arid region, using spectral information obtained by remote sensor considering multispectral and hyperspectral satellites images. The satellite images selected for the survey are Landsat 8 and Hyperion images. The research evaluated and compared the performance of different techniques for image classification applied to multispectral (Landsat 8) and hyperspectral (Hyperion) sensors aiming the detection and delineation of the land uses around the reservoirs Paus Brancos, Nova Vida and Marengo, located in the 25 de Maio settlement, Madalena – CE, belongin the hydrographic basin of the Banabuiú reservoir. The classes identified based on surveys conducted in 2014 and 2015 campaigns around the reservoirs were: water (water bodies), macrophytes, exposed soil, native vegetation, agriculture, sparse vegetation and fload plaind crop, in addition to cloud and shadow targets. Different techniques for image processing are tested and compared, such as NDVI (Vegetation Index by Normative Difference), non-supervised classifier (ISODATA) and supervised classifiers (Maximum Likelihood, K-Nearest Neighbours - KNN, Minimal Distance and Random Forest). For processing hyperspectral images, we use SVM (Support Vector Machine) classifier, which provides to analyze all the 155 radiometrically calibrated bands of the Hyperion sensor, assigning them weights in the classification process. According to the results provided by SVM classifier, RGB compositions of the 10 best ranked bands are evaluated aiming the identification of the best successful combination for delineating classes in the surroundings of the three studied reservoirs (bands R – 51, G – 161, B – 19). The analysis of NDVI multispectral images behaved inaccurate for delineating classes, mainly considering targets with similar spectral response, such as some kinds of vegetation. Meanwhile, the unsupervised classification proved to be deficient, not being able to discriminate water bodies from cloud shadow, even after applying contrast enhancing techniques within the Matlab computing program environment. The spectral and temporal analysis of soil use reflectance allowed to identify the spectral behavior of the nine classes considered in this study and also the spectral bands with the highest potential for discriminating the referred classes. Indeed, even within these optimal bands, some targets present similar spectral behaviors, difficulting their discrimination. On the other hand, the supervised classification applied to Landsat 8 and Hyperion images achieved to be succeed in the delineation of either distinct (water, soil and vegetation) and similar (macrophytes, fload plaind crop, native vegetation, agriculture and sparse vegetation) targets. It should be emphasized that the performance results of the classifiers applied to the Hyperion images are generally superior to those obtained respectively by the same classifiers over the Landsat 8 images. This can be explained by the higher spectral resolution of the first sensor, which increases the potential for delineating targets with similar spectral response. Concerning the supervised classifiers, in the stage of performance test, it was observed that KNN method is more accurate than the others for Landsat 8 images, with a maximum Kappa coefficient equal to 0.68. Meanwhile, for Hyperion images, the Maximum Likelihood method achieves the highest performance result, with a maximum Kappa coefficient equal to 0,78. Additionally, a sensitivity analysis of the supervised classification applied to Landsat 8 and Hyperion images is performed regarding the number of samples per class randomly collected for training. It is clearly observed that the randomness concerning training stage allows finding subsets of samples which increase the performance results. For the evaluation of the supervised maximum likelihood classification method, Landsat 8 (24/08/2015) and Hyperion (285/08/2015) images are considered for the computing tests. The training data were collected through a research technical visit in November, 2015, around São Nicolau reservoir, also located in the 25 de Maio settlement, while the data for performance evaluation (validation) were extracted from the image generated through the overflight performed by an Unmanned Aerial Vehicle (UAV), in the same period in the Paus Brancos reservoir. The obtained results demonstrate the robustness for that classifier when applied to Hyperion image, with a Kappa of 0.83. Concerning Landsat 8 image, the computed Kappa is 0.49, which can be explained by the corresponding lower spectral resolution. Two other applications of the Maximum Likelihood classifier for Landsat 8 and Hyperion images were performed. In the first one, the accuracy of each classifier for detecting reservoirs contours was tested. In some of these reservoirs, that task is made difficult by the presence of macrophytes in the hydraulic basin. For this analysis, the intersection area between the scenes of the Landsat 8 and Hyperion sensors, which cover the area of 25 de Maio Settlement, was used, totalizing 48 reservoirs. The results showed that the classifier generally underestimates the reservoir areas, reaching 73% and 51% of the reference value in the Landsat 8 and Hyperion images, respectively. Finally, an application of the supervised Maximum Likelihood classifier was performed using Hyperion images for the detection of land uses in the surroundings of reservoirs of other regions of the State of Ceará. In the analysis of the available data, it is possible to identify a reservoir located in the municipality of Lavras da Mangabeira, displayed in the Hyperion image (26/09/2010), with low cloud cover, near the image of Google Earth (08/07/2009), also used for validation purposes. The results of the application indicate accurate performance for the classifier associated with the RGB composition selected for the Hyperion image (bands R - 51, G - 161, B - 19) concerning the detection of the uses around this reservoir, the resultant Kappa coefficient is 0.90. On the other hand, the availability of Hyperion sensor data in applications for the State of Ceará is very restricted, which makes difficult to develop continuous researches using hyperspectral images. / O objetivo deste trabalho é avaliar o potencial de discriminação dos uso e ocupação do solo no entorno de reservatórios localizados na região semiárida, mediante informações espectrais obtidas por sensor remoto com imagens de satélites multiespectrais e hiperespectrais. As imagens de satélites selecionadas para a realização da pesquisa foram imagens Landsat 8 e Hyperion. A pesquisa analisou o desempenho de diferentes técnicas de classificação de imagens aplicadas a sensores multiespectrais (Landsat 8) e hiperespectrais (Hyperion) para detecção e diferenciação das classes do solo no entorno dos reservatórios Paus Brancos, Nova Vida e Marengo, situados no Assentamento 25 de Maio, localizados no município de Madalena – CE, pertencentes a bacia hidrográfica do reservatório Banabuiú. As classes identificadas com base em levantamentos em campanhas realizadas em 2014 e 2015 no entorno dos reservatórios são: água (corpos hídricos), macrófitas, solo exposto, vegetação nativa, agricultura, vegetação rala e vazante, além dos alvos nuvem e sombra de nuvem. Testaram-se na pesquisa diferentes técnicas de processamento de imagens, tais como NDVI (Índice de Vegetação por Diferença Normatizada), classificador não supervisionado (ISODATA) e supervisionados (Máxima Verossimilhança, K-Nearest Neighbours - KNN, Mínima Distância e Random Forest). Para processamento de imagens hiperespectrais utilizou-se, adicionalmente, o classificador SVM (Support Vector Machine), por permitir o processamento de todas as 155 bandas radiometricamente calibradas do sensor Hyperion, atribuindo-lhes pesos no processo de classificação. Testaram-se, então, composições RGB das 10 melhores bandas de acordo com o ranking resultante do classificador SVM, para identificação daquela com melhor desempenho na diferenciação das classes no entorno dos três reservatórios estudados (bandas R – 51, G – 161, B – 19). A análise de imagens multiespectrais do NDVI apresentou limitações na diferenciação de classes, sobretudo em alvos com resposta espectral similar como tipos de vegetação. Já a classificação não-supervisionada mostrou-se deficiente por não conseguir separar corpos hídricos de sombra de nuvem, mesmo após a aplicação de técnicas de realces implementados dentro do ambiente Matlab. A análise espectral e temporal da reflectância de classes permitiu identificar o comportamento espectral das nove classes analisadas neste estudo, indicando as faixas espectrais com maior potencial de diferenciação, embora se perceba que, mesmo nestas faixas, alguns alvos apresentam comportamento espectral similar, não sendo facilmente separados. A classificação supervisionada, por sua vez, destacou-se por conseguir separar tanto alvos distintos (água, solo e vegetação) como alvos semelhantes (macrófitas, vazante, vegetação nativa, agricultura e vegetação rala) quando aplicadas as imagens dos sensores Landsat 8 e Hyperion. Cabe destacar, entretanto, que o desempenho dos classificadores aplicados à imagem do sensor Hyperion foi, em geral, superior aos obtidos em imagem Landsat 8, o que pode ser explicado pela alta resolução espectral do primeiro, que facilita a diferenciação de alvos com reposta espectral similar. Na etapa de teste de desempenho dos classificadores supervisionados, observou-se que o método KNN foi superior aos demais no processamento de imagem Landsat 8, com coeficiente Kappa de 0,68. Já no caso do Hyperion, o método de Máxima Verossimilhança teve melhor desempenho com Kappa de 0,78. Adicionalmente, realizou-se uma análise de sensibilidade da classificação supervisionada aplicada a imagens Landsat 8 e Hyperion quanto ao número de amostras por classe usadas no treinamento, indicando que, em geral, o caráter aleatório de escolha das amostras potencializa o desempenho dos classificadores. Para validação do método de classificação supervisionada de Máxima Verossimilhança, utilizaram-se imagens Landsat 8 (24/08/2015) e Hyperion (28/08/2015). Os dados de treinamento do classificador foram coletados na campanha de novembro de 2015, no entorno do reservatório São Nicolau, também localizado no Assentamento 25 de Maio, enquanto que os dados de verificação do desempenho do método foram extraídos da imagem gerada no sobrevoo realizado, no mesmo período, no reservatório Paus Branco, usando um VANT (veículo aéreo não tripulado). Os resultados mostraram um excelente desempenho do classificador quando aplicado à imagem do sensor Hyperion, com Kappa de 0,83. Já a aplicação para a imagem do sensor Landsat 8 resultou em um Kappa de 0,49, o que pode ser explicado por sua baixa resolução espectral. Realizaram-se, ainda, duas aplicações do classificador supervisionado de Máxima Verossimilhança em imagens Landsat 8 e Hyperion para testar a eficiência do método. Na primeira, verificou-se a habilidade do classificador na detecção de contornos de reservatórios, em alguns dificultada pela presença de macrófitas na bacia hidráulica. Para isso, utilizou-se a área de interseção entre as cenas dos sensores Landsat 8 e Hyperion, que cobrem a área do Assentamento 25 de Maio, identificando 48 reservatórios. Os resultados mostraram que, em geral, o classificador subestima as áreas dos reservatórios, atingindo 73% e 51% do valor referência nas imagens Landsat 8 e Hyperion, respectivamente. Por fim, realizou-se uma aplicação do classificador supervisionado de Máxima Verossimilhança em imagens Hyperion para detecção de classes no entorno de reservatórios de outras regiões do Estado do Ceará. Na análise dos dados disponíveis, identificou-se um reservatório no município de Lavras da Mangabeira-CE, presente na imagem Hyperion (26/09/2010), com baixa cobertura de nuvens, em período próximo à imagem do google Earth (08/07/2009), usada para validação dos resultados. Os resultados da aplicação indicaram um bom desempenho do classificador associado à composição RGB da imagem Hyperion escolhida (bandas R – 51, G – 161, B – 19) na detecção das classes no entorno deste reservatório, produzindo um coeficiente Kappa de 0,90. Por outro lado, a disponibilidade de dados do sensor Hyperion em aplicações para o Estado do Ceará é bem restrita, o que dificulta o desenvolvimento de pesquisas continuadas usando imagens hiperespectrais.

ARAÚJO, E. M. Detecção de diferentes alvos no entorno de reservatórios no semiárido através do uso de sensoriamento remoto. 2017. 161 f. Tese (Doutorado em Engenharia Agrícola)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2017-06-21T11:25:55Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 9310147 bytes, checksum: d2e4fbc1a2d900355b4d2243ab7adb84 (MD5) / Approved for entry into archive by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2017-06-21T11:27:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 9310147 bytes, checksum: d2e4fbc1a2d900355b4d2243ab7adb84 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T11:27:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_emaraujo.pdf: 9310147 bytes, checksum: d2e4fbc1a2d900355b4d2243ab7adb84 (MD5) Previous issue date: 2017 / The main goal of this work is to evaluate the potential of discrimination for soil use and occupation in the surroundings of reservoirs located in the semi-arid region, using spectral information obtained by remote sensor considering multispectral and hyperspectral satellites images. The satellite images selected for the survey are Landsat 8 and Hyperion images. The research evaluated and compared the performance of different techniques for image classification applied to multispectral (Landsat 8) and hyperspectral (Hyperion) sensors aiming the detection and delineation of the land uses around the reservoirs Paus Brancos, Nova Vida and Marengo, located in the 25 de Maio settlement, Madalena – CE, belongin the hydrographic basin of the Banabuiú reservoir. The classes identified based on surveys conducted in 2014 and 2015 campaigns around the reservoirs were: water (water bodies), macrophytes, exposed soil, native vegetation, agriculture, sparse vegetation and fload plaind crop, in addition to cloud and shadow targets. Different techniques for image processing are tested and compared, such as NDVI (Vegetation Index by Normative Difference), non-supervised classifier (ISODATA) and supervised classifiers (Maximum Likelihood, K-Nearest Neighbours - KNN, Minimal Distance and Random Forest). For processing hyperspectral images, we use SVM (Support Vector Machine) classifier, which provides to analyze all the 155 radiometrically calibrated bands of the Hyperion sensor, assigning them weights in the classification process. According to the results provided by SVM classifier, RGB compositions of the 10 best ranked bands are evaluated aiming the identification of the best successful combination for delineating classes in the surroundings of the three studied reservoirs (bands R – 51, G – 161, B – 19). The analysis of NDVI multispectral images behaved inaccurate for delineating classes, mainly considering targets with similar spectral response, such as some kinds of vegetation. Meanwhile, the unsupervised classification proved to be deficient, not being able to discriminate water bodies from cloud shadow, even after applying contrast enhancing techniques within the Matlab computing program environment. The spectral and temporal analysis of soil use reflectance allowed to identify the spectral behavior of the nine classes considered in this study and also the spectral bands with the highest potential for discriminating the referred classes. Indeed, even within these optimal bands, some targets present similar spectral behaviors, difficulting their discrimination. On the other hand, the supervised classification applied to Landsat 8 and Hyperion images achieved to be succeed in the delineation of either distinct (water, soil and vegetation) and similar (macrophytes, fload plaind crop, native vegetation, agriculture and sparse vegetation) targets. It should be emphasized that the performance results of the classifiers applied to the Hyperion images are generally superior to those obtained respectively by the same classifiers over the Landsat 8 images. This can be explained by the higher spectral resolution of the first sensor, which increases the potential for delineating targets with similar spectral response. Concerning the supervised classifiers, in the stage of performance test, it was observed that KNN method is more accurate than the others for Landsat 8 images, with a maximum Kappa coefficient equal to 0.68. Meanwhile, for Hyperion images, the Maximum Likelihood method achieves the highest performance result, with a maximum Kappa coefficient equal to 0,78. Additionally, a sensitivity analysis of the supervised classification applied to Landsat 8 and Hyperion images is performed regarding the number of samples per class randomly collected for training. It is clearly observed that the randomness concerning training stage allows finding subsets of samples which increase the performance results. For the evaluation of the supervised maximum likelihood classification method, Landsat 8 (24/08/2015) and Hyperion (285/08/2015) images are considered for the computing tests. The training data were collected through a research technical visit in November, 2015, around São Nicolau reservoir, also located in the 25 de Maio settlement, while the data for performance evaluation (validation) were extracted from the image generated through the overflight performed by an Unmanned Aerial Vehicle (UAV), in the same period in the Paus Brancos reservoir. The obtained results demonstrate the robustness for that classifier when applied to Hyperion image, with a Kappa of 0.83. Concerning Landsat 8 image, the computed Kappa is 0.49, which can be explained by the corresponding lower spectral resolution. Two other applications of the Maximum Likelihood classifier for Landsat 8 and Hyperion images were performed. In the first one, the accuracy of each classifier for detecting reservoirs contours was tested. In some of these reservoirs, that task is made difficult by the presence of macrophytes in the hydraulic basin. For this analysis, the intersection area between the scenes of the Landsat 8 and Hyperion sensors, which cover the area of 25 de Maio Settlement, was used, totalizing 48 reservoirs. The results showed that the classifier generally underestimates the reservoir areas, reaching 73% and 51% of the reference value in the Landsat 8 and Hyperion images, respectively. Finally, an application of the supervised Maximum Likelihood classifier was performed using Hyperion images for the detection of land uses in the surroundings of reservoirs of other regions of the State of Ceará. In the analysis of the available data, it is possible to identify a reservoir located in the municipality of Lavras da Mangabeira, displayed in the Hyperion image (26/09/2010), with low cloud cover, near the image of Google Earth (08/07/2009), also used for validation purposes. The results of the application indicate accurate performance for the classifier associated with the RGB composition selected for the Hyperion image (bands R - 51, G - 161, B - 19) concerning the detection of the uses around this reservoir, the resultant Kappa coefficient is 0.90. On the other hand, the availability of Hyperion sensor data in applications for the State of Ceará is very restricted, which makes difficult to develop continuous researches using hyperspectral images. / O objetivo deste trabalho é avaliar o potencial de discriminação dos uso e ocupação do solo no entorno de reservatórios localizados na região semiárida, mediante informações espectrais obtidas por sensor remoto com imagens de satélites multiespectrais e hiperespectrais. As imagens de satélites selecionadas para a realização da pesquisa foram imagens Landsat 8 e Hyperion. A pesquisa analisou o desempenho de diferentes técnicas de classificação de imagens aplicadas a sensores multiespectrais (Landsat 8) e hiperespectrais (Hyperion) para detecção e diferenciação das classes do solo no entorno dos reservatórios Paus Brancos, Nova Vida e Marengo, situados no Assentamento 25 de Maio, localizados no município de Madalena – CE, pertencentes a bacia hidrográfica do reservatório Banabuiú. As classes identificadas com base em levantamentos em campanhas realizadas em 2014 e 2015 no entorno dos reservatórios são: água (corpos hídricos), macrófitas, solo exposto, vegetação nativa, agricultura, vegetação rala e vazante, além dos alvos nuvem e sombra de nuvem. Testaram-se na pesquisa diferentes técnicas de processamento de imagens, tais como NDVI (Índice de Vegetação por Diferença Normatizada), classificador não supervisionado (ISODATA) e supervisionados (Máxima Verossimilhança, K-Nearest Neighbours - KNN, Mínima Distância e Random Forest). Para processamento de imagens hiperespectrais utilizou-se, adicionalmente, o classificador SVM (Support Vector Machine), por permitir o processamento de todas as 155 bandas radiometricamente calibradas do sensor Hyperion, atribuindo-lhes pesos no processo de classificação. Testaram-se, então, composições RGB das 10 melhores bandas de acordo com o ranking resultante do classificador SVM, para identificação daquela com melhor desempenho na diferenciação das classes no entorno dos três reservatórios estudados (bandas R – 51, G – 161, B – 19). A análise de imagens multiespectrais do NDVI apresentou limitações na diferenciação de classes, sobretudo em alvos com resposta espectral similar como tipos de vegetação. Já a classificação não-supervisionada mostrou-se deficiente por não conseguir separar corpos hídricos de sombra de nuvem, mesmo após a aplicação de técnicas de realces implementados dentro do ambiente Matlab. A análise espectral e temporal da reflectância de classes permitiu identificar o comportamento espectral das nove classes analisadas neste estudo, indicando as faixas espectrais com maior potencial de diferenciação, embora se perceba que, mesmo nestas faixas, alguns alvos apresentam comportamento espectral similar, não sendo facilmente separados. A classificação supervisionada, por sua vez, destacou-se por conseguir separar tanto alvos distintos (água, solo e vegetação) como alvos semelhantes (macrófitas, vazante, vegetação nativa, agricultura e vegetação rala) quando aplicadas as imagens dos sensores Landsat 8 e Hyperion. Cabe destacar, entretanto, que o desempenho dos classificadores aplicados à imagem do sensor Hyperion foi, em geral, superior aos obtidos em imagem Landsat 8, o que pode ser explicado pela alta resolução espectral do primeiro, que facilita a diferenciação de alvos com reposta espectral similar. Na etapa de teste de desempenho dos classificadores supervisionados, observou-se que o método KNN foi superior aos demais no processamento de imagem Landsat 8, com coeficiente Kappa de 0,68. Já no caso do Hyperion, o método de Máxima Verossimilhança teve melhor desempenho com Kappa de 0,78. Adicionalmente, realizou-se uma análise de sensibilidade da classificação supervisionada aplicada a imagens Landsat 8 e Hyperion quanto ao número de amostras por classe usadas no treinamento, indicando que, em geral, o caráter aleatório de escolha das amostras potencializa o desempenho dos classificadores. Para validação do método de classificação supervisionada de Máxima Verossimilhança, utilizaram-se imagens Landsat 8 (24/08/2015) e Hyperion (28/08/2015). Os dados de treinamento do classificador foram coletados na campanha de novembro de 2015, no entorno do reservatório São Nicolau, também localizado no Assentamento 25 de Maio, enquanto que os dados de verificação do desempenho do método foram extraídos da imagem gerada no sobrevoo realizado, no mesmo período, no reservatório Paus Branco, usando um VANT (veículo aéreo não tripulado). Os resultados mostraram um excelente desempenho do classificador quando aplicado à imagem do sensor Hyperion, com Kappa de 0,83. Já a aplicação para a imagem do sensor Landsat 8 resultou em um Kappa de 0,49, o que pode ser explicado por sua baixa resolução espectral. Realizaram-se, ainda, duas aplicações do classificador supervisionado de Máxima Verossimilhança em imagens Landsat 8 e Hyperion para testar a eficiência do método. Na primeira, verificou-se a habilidade do classificador na detecção de contornos de reservatórios, em alguns dificultada pela presença de macrófitas na bacia hidráulica. Para isso, utilizou-se a área de interseção entre as cenas dos sensores Landsat 8 e Hyperion, que cobrem a área do Assentamento 25 de Maio, identificando 48 reservatórios. Os resultados mostraram que, em geral, o classificador subestima as áreas dos reservatórios, atingindo 73% e 51% do valor referência nas imagens Landsat 8 e Hyperion, respectivamente. Por fim, realizou-se uma aplicação do classificador supervisionado de Máxima Verossimilhança em imagens Hyperion para detecção de classes no entorno de reservatórios de outras regiões do Estado do Ceará. Na análise dos dados disponíveis, identificou-se um reservatório no município de Lavras da Mangabeira-CE, presente na imagem Hyperion (26/09/2010), com baixa cobertura de nuvens, em período próximo à imagem do google Earth (08/07/2009), usada para validação dos resultados. Os resultados da aplicação indicaram um bom desempenho do classificador associado à composição RGB da imagem Hyperion escolhida (bandas R – 51, G – 161, B – 19) na detecção das classes no entorno deste reservatório, produzindo um coeficiente Kappa de 0,90. Por outro lado, a disponibilidade de dados do sensor Hyperion em aplicações para o Estado do Ceará é bem restrita, o que dificulta o desenvolvimento de pesquisas continuadas usando imagens hiperespectrais.

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Made available in DSpace on 2016-03-10T13:16:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diana_viveiros_ioc_dout_2014.pdf: 2553058 bytes, checksum: cd6b615f6279917df0cb1eea71997b6f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Doenças pulmonares crônicas, como a asma e a silicose, são caracterizadas por inflamação das vias aéreas e fibrose que levam à marcada deterioração da função pulmonar. O objetivo da presente tese é investigar o impacto das propriedades anti-inflamatórias e antifibróticas do composto LASSBio-897 na asma e silicose experimental. Utilizaram-se metodologias diversas, incluindo a quantificação da reatividade de vias aéreas por pletismografia barométrica, além da quantificação do teor tecidual de mediadores inflamatórios por ELISA e do infiltrado celular pulmonar com técnicas de histologia e imunohistoquímica. Foram ainda quantificados a produção de citocinas por fibroblastos e macrófagos \201Cin vitro\201D. O tratamento oral profilático com LASSBio-897 (2 e 5 mg/kg) preveniu a instalação do quadro de hiper-reatividade brônquica, o infiltrado celular e a geração de citocinas pró-inflamatórias em modelos de asma aguda em camundongos. Por outro lado, o tratamento mostrou-se inativo quando feito após a instalação da resposta asmática. Resultados mais promissores foram obtidos na condição da silicose experimental, onde o tratamento oral terapêutico com LASSBio-897 (2 e 5 mg/kg) claramente inibiu o comprometimento da função pulmonar, o processo inflamatório e a fibrose observados induzidos pela exposição à sílica. O composto não interferiu com a atividade de mastócitos e células epiteliais estimuladas com sílica \201Cin vitro\201D No entanto, a administração de LASSBio-897 reduziu a expressão de F4/80 e \03B1-SMA no tecido pulmonar de animais silicóticos, evidenciando assim sua atividade sobre macrófagos e miofibroblastos, respectivamente. Ensaios \201Cin vitro\201D confirmaram esse efeito, uma vez que o composto reduziu a liberação de TNF-\03B1 por macrófagos alveolares estimulados com sílica e inibiu a proliferação e produção de colágeno induzida por IL-13 em fibroblastos pulmonares oriundos de animais silicóticos. Por fim, a administração do composto resultou na redução da expressão tecidual de NF-\03BAB após o desafio com sílica. Conclui-se que o composto LASSBio-897 pode prevenir a instalação do quadro de asma aguda, sem contudo alterar a resposta asmática já instalada. A capacidade do LASSBio-897 de reverter a resposta inflamatória e fibrótica pulmonar induzida por partículas de sílica sugere que uma aplicação na silicose, mais do que na asma, seja uma perspectiva verdadeiramente promissora / Chronic lung diseases such as asthma and silicosis are characterized by airway inflammation and fibrosis leading to marked deterioration of lung function. The aim of this thesis is to investigate the effect of compound LASSBio - 897 on experimental asthma and silicosis. Various pathol ogical parameters were assessed, including airway hyper - reactivity by barometric plethysmography, lung tissue content of inflammatory mediators by ELISA and cellular infiltration using histology and immunohistochemistry techniques. Cytokine generation from fibroblasts and macrophages in vitro was also quantified. Oral prophylactic treatment with LASSBio - 897 (2 and 5 mg/kg) prevented airway bronchial hyper - reactivity, leukocyte recruitment and cytokine generation in a model of acute asthma in mice. However, this treatment was inactive when performed after installation of the asthmatic response. More promising results were obtained in the experimental silicosis condition, where the LASSBio - 897 therapeutic treatment (2 and 5 mg/kg, oral) clearly inhib ited airway hyper - reactivity, as well as inflammation and peribronchial fibrosis induced by silica particles. Furthermore, LASSBio - 897 did not interfere with mast cells and epithelial cells activity after silica stimulation in vitro . However, LASSBio - 897 c learly reduced F4/80 and α - SMA expression in the lung of silicotic mice, showing its inhibitory effect on macrophages and myofibroblasts, respectively. In vitro assays confirmed this effect, since the compound reduced TNF - α release by an alveolar macrophag e cell lineage after silica exposure, and inhibited proliferation and collagen production induced by IL - 13 in lung fibroblasts recovered from silicotic mice. Finally, LASSBio - 897 reduced sil ica - induced upregulation of NF - κ B expression in the lung tissue. I t is concluded that LASSBio - 897 can prophylactically prevent the development of acute asthma, without altering the already installed asthmatic response. The capacity of LASSBio - 897 to reverse silica but not allergen - induced lung inflammation and fibrosis s uggests the application in silicosis, rather than in asthma, as a truly promising perspective

MAGALHÃES, P. A. F. Acidose metabólica agrava a lesão renal aguda isquêmica em ratos. 2016. 110 f. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Faculdade de Farmácia, Odontologia e Enfermagem, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-03-29T13:57:35Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_pafmagalhaes.pdf: 3724835 bytes, checksum: 2211058119db6e128e61846550417799 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-03-29T13:57:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_pafmagalhaes.pdf: 3724835 bytes, checksum: 2211058119db6e128e61846550417799 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-29T13:57:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_pafmagalhaes.pdf: 3724835 bytes, checksum: 2211058119db6e128e61846550417799 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Lesão renal por isquemia/reperfusão (I/R) e acidose metabólica (MA) são duas condições críticas que podem ocorrer simultaneamente na prática clínica. O resultado dessa combinação pode ser prejudicial para os rins, mas esta questão não tem sido exaustivamente estudada até hoje. O presente estudo avaliou em ratos a influência do baixo pH sistêmico em vários parâmetros da função renal mediante lesão renal por I/R. A acidose metabólica foi induzida em ratos Wistar machos através da ingestão de cloreto de amônio (NH4CI) dissolvido em água da torneira, começando 2 dias antes da agressão isquêmica e mantida durante todo o estudo. Isquemia/reperfusão renal foi induzida por clampeamento de ambas as artérias renais durante 45 min, seguido por 48 h de reperfusão. Foram estudados quatro grupos de animais: controle (submetido à cirurgia sham, n = 8), I/R (n = 8), acidose metabólica (AM; solução de NH4CI 0,28 M e cirurgia sham, n = 6), e AM+I/R (solução de NH4CI 0,28 M + I/R, n = 9). Em comparação com grupo I/R, ratos AM+I/R exibiram redução significativa de pH sanguíneo, bicarbonato plasmático (pBic), e excesso de base (SBE), com declínio no ritmo de filtração glomerular e função tubular. Foram detectados sinais de lesão tubular microscópica. Imunofluorescência mostrou que a combinação entre acidose metabólica e isquemia/reperpusão renal aumentou nitidamente a expressão do fator nuclear kappa B (NF-B) e da heme oxigenase-1 (HO-1), mas não interferiu na diminuição da expressão da óxido nítrico sintase endotelial (eNOS) causada por I/R. Os resultados sugerem que a lesão renal induzida por isquemia/reperfusão é agravada pela acidose.

O manejo clínico dos pacientes com pólipos colorretais é principalmente baseado na histologia das lesões removidas. Em conseqüência, o diagnóstico histológico tem um papel muito importante na decisão terapêutica e a uniformidade de interpretação dos diferentes laudos de patologia é essencial. Apesar destas relevantes implicações, poucos estudos existem avaliando a variabilidade interobservador na elucidação dessa doença e a concordância não é considerada satisfatória. Objetivo: avaliar a variabilidade interobservador no diagnóstico histológico dos pólipos colorretais. Metodologia: foram avaliados 230 pólipos colorretais no Serviço de Patologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). Quatro patologistas examinaram todas as lâminas de forma independente e “cega”, ou seja, sem conhecimento do diagnóstico elaborado pelo seu colega. As lesões colorretais foram classificadas em relação ao diagnóstico: pólipo e carcinoma invasivo e quanto ao tipo de pólipo: adenomatoso versus hiperplásico. Nos adenomas foi avaliado o tipo histológico (tubular, túbulo-viloso e viloso) e o grau de displasia (baixo e alto grau). Resultados: o Kappa médio, em relação ao tipo de lesão, foi de 0,794, considerado moderado. Quanto ao tipo de pólipo, o Kappa médio foi 0,852, ou seja, uma ótima concordância. Em relação aos adenomas, no que se refere ao tipo histológico, obteve-se um Kappa médio, fraco de 0,291, e na avaliação do grau de displasia o Kappa médio foi regular com valor de 0,420. Conclusão: o índice de concordância, entre os quatro observadores foi considerado de moderado a ótimo no tipo de lesão e de pólipo, porém a variabilidade foi grande na avaliação dos adenomas, tanto no que concerne ao tipo histológico quanto ao grau de displasia com um kappa de fraco a regular. / The clinical management of patients with colorectal polyps is mainly based on the histology of the removed lesions. Therefore, the histological diagnosis has a very important role in deciding the treatment and the uniform interpretation of the different pathology reports is essential. In spite of these relevant implications, there are only very few studies assessing the interobserver variability in such diagnosis and the concordance of reports among different examiners is not considered satisfactory. Objective: to assess interobserver variability in the pathology reports in the diagnosis of colorectal polyps. Method: at the Department of Pathology of HCPA [Hospital de Clínicas de Porto Alegre] 230 slides of colorectal polyps were examined by four independent pathologists “blindly”, that is, the diagnosis given by their colleagues was not known. Colorectal lesions were classified according to the diagnosis as polyp or invasive cancer and to the polyp type (adenomatous or hyperplasic). The histological type of the adenomas (tubular, tubulovillous and villous) and the grade of dysplasia (high or low) were also assessed. Results: mean kappa of the type of lesion was 0.794, which is considered moderate. The mean kappa of 0.852 for the type of polyp is considered excellent concordance. Regarding the histology of adenomas, the mean kappa was 0.291, considered weak. The assessment of the degree of dysplasia showed a regular Kappa of 0.420. Conclusion: the concordance rate among the four pathologists was considered to be moderate to excellent for the type of lesion and of polyp but there was great variability in the assessment of adenomas both for the histological type and for dysplasia, showing a weak to regular kappa.