As part of recognizing the interconnected nature of different sectors in relation to health, AMR (antimicrobial resistance) has emerged as an issue of high global importance. E. coli isolates were taken from pig farms in Thailand, which serves as a point of interest in the study of ARGs (antimicrobial resistance genes) in emerging economies. The fecal samples were collected from pigs, humans who came in contact with the pigs, and humans who did not have contact with pigs to be analyzed for ARGS, virulence genes, and plasmids. Data was analyzed with an automated pipeline in the form of ARG-MATEE, the Antimicrobial Resistance Gene Multi-Analysis Tool for Enteric E. coli, a tool designed in this study to be used here and in future investigations. ARG-MATEE regulates and records internal software versions in a produced report which also includes data tables for all non phylogeny results in Boyce–Codd normal form and data visualizations for plasmids, ARGs, virulence genes, and phylogeny. Through the use of ARG-MATEE, the iss virulence gene was seen to be significantly different between testing groups as it is present in only human testing groups, suggesting the loss of function of the iss gene in pigs, showing host specialization.

Σκοπός της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η επιδημιολογική επιτήρηση της φορείας και των λοιμώξεων από Klebsiella pneumoniae που παράγει καρβαπενεμάση KPC (KPC-Kp), ανθεκτικό σε βανκομυκίνη Enterococcus (VRE) και ανθεκτικό σε μεθικιλλίνη Staphylococccus aureus (MRSA) σε ασθενείς που νοσηλεύονται στις Μονάδες Εντατικής Θεραπείας (ΜΕΘ) του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Πατρών (ΜΕΘ Α) και του Νοσοκομείου «Άγιος Ανδρέας» (ΜΕΘ Β) τη χρονική περίοδο Οκτώβριος 2009 έως Φεβρουάριος 2012. H διασπορά της KPC-Kp αποτελεί το σημαντικότερο πρόβλημα στις Ελληνικές ΜΕΘ, με τα ποσοστά της να αυξάνονται στις παθολογικές και χειρουργικές κλινικές. Κατά τη διάρκεια της παρούσας μελέτης, 12.8% των ασθενών που εισήχθηκαν στη ΜΕΘ Α (52 από 405 ασθενείς) ήταν αποικισμένοι από KPC-Kp κατά την εισαγωγή τους με την προηγηθείσα νοσηλεία σε ΜΕΘ, την χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια, τη διάρκεια προηγηθείσας νοσηλείας και την προηγηθείσα χορήγηση καρβαπενέμης ή συνδυασμού β-λακτάμης/αναστολέα λακταμάσης να συμβάλλουν στον αποικισμό. Παρατηρήθηκε μία σταδιακή αύξηση των αποικισμένων ασθενών που εισάγονται στη ΜΕΘ με 3.9% (4 από 102 ασθενείς) τους πρώτους 6 μήνες σε σύγκριση με 15.8% (48 από 300 ασθενείς) τους επόμενους 16 μήνες που αντικατοπτρίζει τη σταδιακή διασπορά της KPC-Kp σε κλινικές εκτός ΜΕΘ. Από τους 226 μη αποικισμένους ασθενείς κατά την εισαγωγή στη ΜΕΘ Α, 164 (72.6%) αποικίστηκαν κατά τη διάρκεια της νοσηλείας τους με σημαντικότερους παράγοντες που επηρεάζουν τον αποικισμό να είναι η παρουσία αποικισμένων ασθενών σε διπλανές κλίνες και η νοσηλεία σε κλίνη προηγουμένως αποικισμένου ασθενή, ενώ δε βρέθηκε συσχέτιση ανάμεσα στον αποικισμό και τη θνησιμότητα. Το υψηλό ποσοστό αποικισμού σε συνδυασμό με τους προηγούμενους παράγοντες υποδεικνύει την σημασία της διασποράς της KPC-Kp από ασθενή σε ασθενή μέσω του ιατρονοσηλευτικού προσωπικού και υποδηλώνει τη σημασία πιο αυστηρής εφαρμογής της πολιτικής ελέγχου λοιμώξεων. Συνολικά 53 ασθενείς της ΜΕΘ Α ανέπτυξαν βακτηριαιμία από KPC-Kp με 43.4% θνησιμότητα. Οι σημαντικότεροι παράγοντες που επηρεάζουν τη θνησιμότητα είναι η αντοχή του στελέχους σε κολιστίνη/τιγεκυκλίνη/γενταμικίνη και η σηπτική καταπληξία, ενώ η θεραπεία με συνδυασμό τουλάχιστον δύο δραστικών αντιβιοτικών σχετίζεται με καλύτερη πρόγνωση επιβεβαιώνοντας τα αποτελέσματα προηγούμενων μελετών υπέρ της συνδυαστικής θεραπείας στην καταπολέμηση των λοιμώξεων από KPC-Kp. Η ανάπτυξη αντοχής των στελεχών KPC-Kp έναντι της κολιστίνης ή της τιγεκυκλίνης, οι οποίες αποτελούν τις τελευταίες θεραπευτικές επιλογές για το συγκεκριμένο παθογόνο, είναι ένα ανησυχητικό φαινόμενο. Συνολικά, 24.4% και 17.9% των ασθενών της ΜΕΘ Α αποικίστηκαν από στέλεχος KPC-Kp ανθεκτικό στην κολιστίνη και τιγεκυκλίνη, αντίστοιχα. Όπως αναμενόταν η λήψη των συγκεκριμένων αντιβιοτικών συνέβαλε στον αποικισμό, όμως ο σημαντικότερος παράγοντας για αποικισμό ήταν η παρουσία αποικισμένου ασθενή στις διπλανές κλίνες υποδηλώνοντας τη σημασία της διασποράς των στελεχών και όχι της de novo ανάπτυξη αντοχής. Η σύγκριση των δύο ΜΕΘ, ανέδειξε ότι μεγαλύτερο ποσοστό των ασθενών της ΜΕΘ Α αποικίζονται κατά τη διάρκεια νοσηλείας σε σχέση με τη ΜΕΘ Β (61.8% vs 34.1%) και σε συντομότερο χρονικό διάστημα (10.6 vs 19.9 ημέρες). Τα στοιχεία αυτά μπορούν να ερμηνευτούν από το υψηλότερο ποσοστό εισαγωγών αποικισμένων ασθενών (11.4% vs 1.8%), τη μικρότερη αναλογία νοσηλευτών/ασθενών καθώς και την αυξημένη κατανάλωση καρβαπενεμών στη ΜΕΘ Α. Συνολικά, 305 και 100 στελέχη K. pneumoniae που απομονώθηκαν από τη ΜΕΘ Α και Β, αντίστοιχα, ήταν θετικά για την παρουσία του γονιδίου blaKPC ενώ πέντε στελέχη της ΜΕΘ Α ήταν θετικά και για το γονίδιο blaVIM. Και στις δύο ΜΕΘ τα στελέχη ήταν ανθεκτικά σε πενικιλλίνες, στις κεφαλοσπορίνες, στην αζτρεονάμη, στην τριμεθοπρίμη-σουλφαμεθοξαζόλη (30% των στελεχών της ΜΕΘ Β ήταν ευαίσθητα), στην αμικασίνη, στην τομπραμυκίνη και στις κινολόνες. Η αντοχή στις καρβαπενέμες (67.9% vs 60%), στην κολιστίνη (35.1% vs 18%), στη γενταμικίνη (50.8% vs 24%) και στην τιγεκυκλίνη (17% vs 18%) στα στελέχη των δύο ΜΕΘ κυμαινόταν στα ίδια επίπεδα. Πενήντα επτά και 20 στελέχη της ΜΕΘ Α και Β, αντίστοιχα, ταυτοποιήθηκαν με PFGE, η οποία ανέδειξε την παρουσία δύο τύπων στη ΜΕΘ Α, με τον τύπο Α να απαρτίζεται από το 65.5% των στελεχών, ενώ στη ΜΕΘ Β όλα τα στελέχη ανήκαν στον τύπο Α. Τα ποσοστά αποικισμού από VRE στις δύο ΜΕΘ είναι χαμηλότερα σε σχέση με αυτά της KPC-Kp. Αποικισμός κατά την εισαγωγή στη ΜΕΘ παρατηρήθηκε σε 14.3% (71 από 497 ασθενείς), ενώ κατά τη διάρκεια νοσηλείας ήταν 14.4% (36 από 250 ασθενείς). Ο σημαντικότερος παράγοντας για αποικισμό από VRE κατά τη διάρκεια νοσηλείας είναι η νοσηλεία αποικισμένων ασθενών σε διπλανές κλίνες υποδεικνύοντας ότι η μη τήρηση των μέτρων υγιεινής των χεριών ίσως διαδραματίζει το σημαντικότερο ρόλο στη διασπορά του VRE. Συνολικά 107 στελέχη VRE απομονώθηκαν (100 E. faecium και 7 E. faecalis). Ογδόντα τέσσερα στελέχη έφεραν το γονίδιο vanA και ήταν ανθεκτικά στη βανκομυκίνη και στην τεϊκοπλανίνη, ενώ τα υπόλοιπα 23 έφεραν το γονίδιο vanB και χαρακτηρίζονταν από χαμηλού επιπέδου αντοχή στη βανκομυκίνη (12 στελέχη ήταν ευαίσθητα) και ευαίσθητα στην τεϊκοπλανίνη. Όλα τα στελέχη ήταν ευαίσθητα στη λινεζολίδη, στη δαπτομυκίνη και στην τιγεκυκλίνη. Η MLST αποκάλυψε ότι τα στελέχη E. faecium ανήκουν σε έξι διαφορετικούς κλώνους (STs: ST117, ST17, ST203, ST226, ST786, ST125) με το 90% των E. faecium, ανήκουν στο Κλωνικό Σύμπλεγμα 17 (Clonal Complex CC17). Τα στελέχη E. faecalis ταξινομήθηκαν σε τέσσερις κλώνους (STs: ST6, ST41, ST19, ST28). Τα ποσοστά αποικισμού από MRSA κατά την εισαγωγή και κατά τη διάρκεια νοσηλείας είναι χαμηλά (5.3% και 3.7%, αντίστοιχα) με το σημαντικότερο παράγοντα που σχετίζεται με τον αποικισμό να είναι ο εντερικός αποικισμός με vanA-θετικό στέλεχος Enterococcus. Ο έλεγχος φορείας για MRSA ανέδειξε 28 mecA-θετικά στελέχη S. aureus, με την πλειονότητα (ν=19) να είναι PVL-θετικά, να ανήκουν στον κλώνο ST80 και να είναι ανθεκτικά σε καναμυκίνη, τετρακυκλίνη και φουσιδικό, ενώ τα υπόλοιπα ταξινομήθηκαν σε τέσσερις κλώνους με MLST (6 στον ST239 και από ένα σε ST225, ST72 και ST30). Το στέλεχος που ανήκε στον ST30 ήταν tst-θετικό. Η σύγκριση των στελεχών φορείας S. aureus που απομονώθηκαν από αθενείς (ν=67) και προσωπικό (ν=23) των ΜΕΘ (Ομάδα Α) με τα στελέχη φορείας (ν=53) και βακτηριαιμιών (ν=75) μη νοσηλευόμενων σε ΜΕΘ (Ομάδα Β), ανέδειξε υψηλότερο ποσοστό MRSA (46.9% vs 31.1%) και PVL-θετικών στελεχών (39.8% vs 25.6%) στην Ομάδα Β, ενώ η Ομάδα Α χαρακτηρίζεται από υψηλότερο ποσοστό tst-θετικών στελεχών (21.1% vs 2.3%) υποδεικνύοντας τη σιωπηρή τους διασπορά στους ασθενείς και στο προσωπικό των ΜΕΘ. Προϊόν της παρούσας ερευνητικής εργασίας ήταν η ανεύρεση των παραγόντων κινδύνου για αποικισμό ή λοίμωξη από KPC-Kp, VRE και MRSA με στόχο την καθοδήγηση των μελλοντικών προσπαθειών περιορισμού της διασποράς τους στις δύο ΜΕΘ καθώς και στα ελληνικά νοσοκομεία, τα οποία στο σύνολο τους μαστίζονται από τα συγκεκριμένα παθογόνα. / The purpose of this study was to investigate the colonization and infections caused by KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-Kp), vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) and methicillin-resistant Staphylococcus aureus in patients hospitalized in the Intensive Care Units of the University Hospital of Patras (ICU A) and the General Hospital “Saint Andrew” during October 2009 and February 2012. The dissemination of KPC-Kp constitutes the most important issue in Greek ICUs, with its percentage rising in medical and surgical wards. During the duration of this study, 12.8% of patients admitted in the ICU A (52 from 405 patients) were colonized upon admission and previous ICU stay, chronic obstructive pulmonary disease, duration of previous hospitalization and previous usage of carbapenem or combination of beta-lactamic/lactamase were found to influence colonization. A gradual increase of the percentage of colonized patients admitted at the ICU from 3.9% (4 from 102 patients) during the first 6 months to 15.8% (48 from 300 patients) the next 16 months that reflects the dissemination of KPC-Kp in non-ICU wards. Among the 226 non-colonized upon ICU A admission patients, 164 (72.6%) became colonized during their stay with the presence of colonized patients in nearby beds and the previous colonized occupant in the same bed were associated with colonization, which did not influence mortality. The high percentage of colonization in combination with the aforementioned factors indicates the importance of the dissemination of KPC-Kp among patients via the personnel and signifies the value of a strict implementation of infection control protocols. In total, 53 patients developed KPC-Kp bloodstream infection during ICU A stay with 43.4% mortality. The most important factors that influence mortality were the resistance of the strain to gentamicin/colistin/tigecycline and septic shock, while the treatment with two active antibiotics was associated with better survival confirming the results of previous studies favoring combination therapy for the treatment of KPC-Kp infection. The development of resistance against colistin or tigecycline, which are considered the last frontier in the treatment of KPC-Kp infections, is an alarming phenomenon. In total, 24.4% and 17.9% of ICU A patients became colonized by KPC-Kp resistant to colictin or tigecycline, respectively. As expected, the administration of colistin or tigecycline influenced colonization, while the most important factor favoring colonization was the presence of colonized patients in nearby patients, indicating the importance of dissemination of these strains against de novo resistance development. The comparison of the two ICUs, found a higher percentage of patients colonized during ICU A stay (61.8% vs 34.1%) and in a shorter period (10.6 vs 19.9 days). These results may be explained by the higher percentage of patients colonized upon admission (11.4% vs 1.8%), the lower nurse/patient ration and the higher carbapenem administration. In total, 305 and 100 strains of K. pneumoniae isolated from patients hospitalized in ICU A and B, respectively, were positive for the presence of blaKPC gene while five strains in ICU A were positive for the blaVIM gene also. All strains were resistant to penicillins, cephalosporins, aztreonam, trimethoprim sulfamethoxazole (30% of ICU B strains were sensitive), amikacin, tombramycin and quinolones. The resistance rates to carbapenems (67.9% vs 60%), colisitn (35.1% vs 18%), gentamicin (50.8% vs 24%) and tigecycline (17% vs 18%) among the ICUs strains were comparable. PFGE of 57 and 20 isolates from ICU A and B, respectively, revealed that ICU A strains belonged in two types, with type A comprising 65.5% of the isolates, while all ICU B isolates belonged in type A. The percentage of VRE colonization in both ICUs were lower in comparison with those of KPC-Kp. During ICU admission 14.3% (71 from 497 patients) was already colonized, while 14.4% (36 from 250 patients) became colonized during stay. The most important factor influencing colonization was the presence of colonized patients in nearby beds, indicating that non adherence with hand hygiene may play a predominate role in VRE dissemination. In total 107 VRE strains were isolated (100 E. faecium and 7 E. faecalis). Eighty four were positive for the vanA gene and resistant to vancomycin and teicoplanin, while the rest were vanB positive and were characterized by low level resistance to vancomycin (12 were in susceptibility range) and susceptible to teicoplanin. All strains were susceptible to linezolid, daptomycin and tigecycline. As MLST revealed, E. faecium strains belonged in six different Sequencing Types (ST117, ST17, ST203, ST226, ST786, ST125) with 90% among them belonging to the Clonal Complex CC17. E. faecalis strains were categorized in four STs (ST6, ST41, ST19, ST28). The proportion of colonized patients by MRSA upon admission and during ICU stay was very low (5.3% and 3.7%, respectively). The most important factor associated with colonization was enteric carriage of vanA-positive Enterococcus. Surveillance cultures revealed 28 mecA-positive S. aureus strains, with the majority (n=19) being PVL-positive, belonging to ST80 and resistant only to kanamycin, tetracycline and fucidic acid, while the remaining were categorized in four STs (6 strains in ST239 and one at ST225, ST72 and ST30). The ST30 strain was tst-positive. The comparison of colonization strains from patients (n=67) and personnel (n=23) of the ICUs (Group A) with the strains of colonization (n=53) and bloodstream infections (n=75) isolated from non-ICU patients (Group B), revealed a higher percentage of MRSA and PVL-positive strains in Group B, while Group A was characterized by higher percentage of tst-positive strains indicating their silent dissemination between ICU patients and personnel. The present study has identified the risk factors for colonization of infection by KPC-Kp, VRE and MRSA, in order to guide the future efforts towards containing their dissemination in the two ICUs, as well as, to the Greek hospitals, which in total are plagued by the aforementioned pathogens.

No description available.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-07T20:43:24Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfeccoesCorrenteSanguinea.pdf: 2285975 bytes, checksum: 63e6084a07513ef2ba4b46358910d875 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-10T14:52:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfeccoesCorrenteSanguinea.pdf: 2285975 bytes, checksum: 63e6084a07513ef2ba4b46358910d875 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-10T14:52:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_InfeccoesCorrenteSanguinea.pdf: 2285975 bytes, checksum: 63e6084a07513ef2ba4b46358910d875 (MD5) Previous issue date: 2010 / Klebsiella spp. produtora de beta-lactamases de espectro expandido (ESBL) tem emergido como um problema comum globalmente. Entretanto, dados relativos às características clínicoepidemiológicas e ao desfecho clínico em neonatos infectados por esta bactéria gram-negativa ESBL são ainda limitados. Estudo descritivo retrospectivo analítico avaliou os fatores de risco associados à letalidade e o perfil epidemiológico das Infecções de corrente sanguínea (ICS) por Klebsiella spp. ESBL em Unidade de Terapia Intensiva (UTI) neonatal de hospital de ensino no Estado do Pará, Brasil. Amostra composta por 27 neonatos, a maioria prematuros (77,8%), com a idade gestacional média de 34 semanas, variando de 27 a 41 semanas. Os episódios de ICS foram mais frequentes em recém-nascidos (RN) com peso ≤ 1500 g (40,7%), sendo que 14,8% abaixo dos de 1000g. O tempo médio de internação dos pacientes foi 40,51 dias variando de 5 a 101 dias (DP = ±29,61), com tempo médio de aparecimento da ICS de 12,2 dias após a admissão na UTI neonatal. A maioria das infecções foi provocada por bactérias da espécie Klebsiella pneumoniae (52%). A mortalidade geral encontrada foi 66,7%, com uma taxa de letalidade até o 14º dia da bacteremia de 51,8 %. O cateter vascular central (CVC) esteve presente em cerca de 60% dos RN e todos os pacientes apresentavam-se sob ventilação mecânica no momento do episódio da ICS. Quanto às variáveis associadas ao óbito até o 14° dia, apenas a inadequação da terapia antimicrobiana apresentou significância estatística (P<0,0017), já que todos os neonatos que receberam antibioticoterapia inapropriada evoluíram desfavoravelmente. As ICS causadas por Klebsiella ESBL têm se tornado um problema comum em RN prematuros com elevada mortalidade naqueles que recebem terapia inapropriada. / Extended-spectrum beta-lactamase-producing Klebsiella spp. has emerged as a common problem globally. However, data relative to the clinical and epidemiologic characteristics outcome in infected newborns due to for this ESBL-producing gram-negative bacterium of ESBL are still they are limited. A retrospective descriptive study that examined risk factors associated to letality for examined the analytical epidemiology of ESBL-producing Klebsiella spp. bloodstream infections (BSI) in the NICU of a teaching hospital in the state of Pará. A sample of 27 neonates were studied, most of the neonates were premature (77.8%), with mean gestational age 34 weeks, from 27 to 41 weeks. The BSI episodes were more common with infants weighing ≤ 1500 g (40.7%), and 14.8% below 1000g. The mean length of hospital stay was 40.51 days ranging from 5 to 101 days (SD = ± 29.61). The average time of onset of BSI was 12.2 days ranging from 5 to 24 days after the date of admission. Most infections were caused by bacteria of the species Klebsiella pneumoniae (52%). The overall mortality was found 66.7%, as for mortality related to BSI (up to 14 days of bacteremia), the fatality rate was 51.8% (14/27). The central vascular catheter (CVC) was present in about 60% of the RN and all the patients presented under mechanics ventilation at the moment of the episode of the BSI. Regarding the variables studied until the 14th day after the bacteremia episode, only the inappropriate treatment presented significance statistics (P < 0.0017), since all the newborn that had received inappropriate treatment had an unfavorable evolution. The nosocomial BSI due to caused ESBL-producing Klebsiella if have become a common problem in premature neonates RN with high raised mortality in those who that they received inappropriate antimicrobial treatment.