Resumo não disponível.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T12:35:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 282077 bytes, checksum: 07f64cbb3c928a371466373200ba572e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-13T12:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 282077 bytes, checksum: 07f64cbb3c928a371466373200ba572e (MD5) Previous issue date: 2003-01-31 / Secretaria de Educação do Distrito Federal / Avaliou-se o crescimento de Klebsiella pneumoniae estirpe P15 em caldo nutriente adicionado de diferentes fontes de carbono, em dieta enteral comercial nas condições geralmente adotadas durante a estocagem e administração e em dietas com o pH modificado ou adicionadas de prebióticos e nisina + EDTA. Verificou-se que, a adição de adonitol, amido, dulcitol e xilitol ao caldo nutriente, reduziu o crescimento bacteriano em relação ao controle após 11 horas de incubação a 37 0 C. Fontes de carbono como glicose, maltodextrina, maltodextrina mais triglicerídeos de cadeia media e sacarose estimularam o crescimento de K. pneumoniae. A 25 oC foi verificado o crescimento da bactéria nas dietas enterais com pH variando de 4,9 a 7,9 resultando em uma população de 10 7 a 10 9 UFC mL -1 , em 26 horas de incubação o que correspondeu a um aumento de três a cinco ciclos logaritmos na base 10 no número de células. O tempo de geração de K. pneumoniae em dieta enteral a 25 oC, variou de 44,2 a 95,9 minutos com velocidades específicas de crescimento de 0,433 h -1 a 0,941 h -1 . A 15 e 20 oC o crescimento de K. pneumoniae em valores de pH 5,9 a 7,9 também resultou em um aumento de três a cinco ciclos logaritmos na população. O ajuste do pH da dieta para 4,9 resultou em um crescimento menor do que um ciclo logaritmo. Não foi observado o crescimento de K. pneumoniae em dietas com pH 3,9. A 15 e 20 oC constatou-se a redução substancial dos parâmetros cinéticos de crescimento bacteriano avaliados com valores de tempo de geração entre 98,83 e 419,24 minutos e velocidade específica de crescimento entre 0,099 h -1 e 0,420 h -1 . O efeito estimulador do frutooligossacarídeo e de inulina no crescimento de K. pneumoniae, observado em caldo nutriente, não foi constatado quando estes prebióticos foram adicionados em dietas enterais com o pH ajustado para 5,0 e 5,5. A adição de 3,0 mg L -1 do antimicrobiano nisina juntamente com o agente quelante EDTA não promoveu a inibição do crescimento de K. pneumoniae. A baixa concentração de nisina adicionada e provavelmente, a abundância de minerais encontrada na composição de dietas enterais, pode ter contribuído para a ineficácia da nisina sobre a K. pneumoniae. A presença de cápsula foi verificada em células de K. pneumoniae cultivadas em caldo nutriente adicionado de glicose, maltodextrina, maltodextrina + TCM e sacarose e em dietas enterais com pH ajustado entre 3,9 e 6,9. A presença de cápsula não foi observada nas células de K. pneumoniae cultivadas em caldo nutriente adicionado de fontes de carbono como adonitol, amido, dulcitol, xilitol e em dietas incorporadas de frutooligossacarídeo, inulina ou nisina + EDTA em pH 5,0. A acidez titulável expressa em ácido lático da dieta comercial variou, inicialmente, entre 0,94 a 1,22% e após o crescimento de K. pneumoniae foram encontrados valores de 0,80 % após a incubação por 48 horas a 15 oC, 0,76 % a 20 oC e 0,66 % a 25 oC. / Growth of Klebsiella pneumoniae strain P15 in nutrient broth supplemented with different carbon sources, in commercial enteral formula under typical storage and administration conditions and in formula with modified pH or supplemented with prebiotics or nisin A + EDTA was evaluated. Addition of adonitol, starch, dulcitol and xylitol to nutrient broth reduced bacterial growth in relation to the control after 11 hours incubation at 37 o C. Carbon sources such as glucose, maltodextrin, maltodextrin + medium chain triglycerides and sucrose stimulated growth of K. pneumoniae and resulted in populations of greater cellular mass. At 25 o C, bacterial growth was found in formula at pH of 4.9 to 7.9, and reached 10 7 to 10 9 CFU mL -1 after 26 hours incubation, corresponding to an increase of three to five log cycles. Generation time of K. pneumoniae in enteral formula at 25 o C varied from 44.2 to 95.9 minutes, resulting in specific growth rates of 0.433 to 0.941 h -1 . At 15 and 20 o C and pH 5.9 to 7.9, growth of K. pneumoniae also increased three to five log cycles. Adjusting the formula pH to 4.9 resulted in less than one log cycle of growth. No K. pneumoniae growth was observed in formula at pH 3.9. At 15 and 20 o C, a substantial reduction in the bacterial kinetic growth parameters evaluated was observed, with generation times varying from 98.83 to 419.24 minutes and specific growth rates from 0.099 to 0.420 h -1 . The stimulating effect of fructo-oligosaccharides and inulin on K. xipneumoniae growth that was observed in nutrient broth was not found when these prebiotics were added to the enteral formula at pH 5.0-5.5. Addition of 3.0 mg L -1 of the antimicrobial agent nisin together with the chelant EDTA did not inhibit growth of K. pneumoniae. The low nisin concentration and, probably, the abundance of minerals in the enteral formula may have affected EDTA’s chelating action, and thus interfered with nisin’s action. Capsules were present when K. pneumoniae cells were cultivated at pH 3.9 to 6.9 in nutrient broth supplemented with glucose, maltodextrin, maltodextrin + medium chain triglycerides and sucrose. Capsules were not observed when K. pneumoniae cells were cultivated at pH 5.0 in nutrient broth supplemented with adonitol, starch, dulcitol and xylitol or in enteral formula supplemented with fructo-oligosaccharide, inulin or nisin + EDTA. Titratable acidity in commercial enteral formula initially varied between 0.94 and 1.22 %, expressed as equivalent lactic acid. Upon growth of K. pneumoniae, 0.80 % acidity was found at 15 o C, 0.76 % at 20 o C and 0.66 % at 25 o C, after 48 hours of incubation.

Made available in DSpace on 2016-01-07T13:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 nilceia_ramos_ioc_2014.pdf: 985413 bytes, checksum: d50610d797598fa42cb546cf07dafa32 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O gênero Klebsiella compreende bactérias em forma de bastonete, gram-negativas e imóveis que pertencem à família Enterobacteriaceae. As espécies Klebsiella pneumoniae e Klebsiella oxytoca, patógenos oportunistas, são as mais importantes, sob o ponto de vista da clínica. Estas espécies têm sido relacionadas a um número crescente de infecções hospitalares multirresistentes. K. pneumoniae é classificada em três grupos filogenéticos: KpI, KpII e KpIII e os genes que codificam as \03B2-lactamases de classe A cromossômicas SHV, OKP e LEN, estão relacionadas à estes grupos, respectivamente. Da mesma forma, o gene blaOXY codifica a \03B2\2013lactamase de classe A cromossômica que caracteriza a espécie K. oxytoca. blaSHV é um gene cromossômico e plasmidial que codifica \03B2\2013lactamases de espectro restrito (NSBLs) e estendido (ESBL). Até o momento, 183 alelos de blaSHV foram identificados, mas o espectro de atividade de vários destes alelos ainda não foi determinado. As \03B2-lactamases LEN são codificadas em cromossomos e são NSBLs. Recentemente a espécie K. variicola foi identificada. Esta espécie se caracteriza pela fixação de nitrogênio e nenhum gene constitutivo de \03B2-lactamase foi associado à esta espécie. Este estudo objetivou determinar o espectro de resistência de alelos de blaSHV identificados em K. pneumoniae e também identificar, em nível de espécie, isolados carreadores do gene blaLEN. Por PCR e sequenciamento, alelos de blaSHV e blaLEN foram definidos comparando suas sequências com bancos de dados usando as ferramentas blastN e blastP Estes genes foram clonados e expressos em sistema heterólogo, e o espectro de resistência dos transformantes foi avaliado. A taxonomia genômica dos isolados deste gênero foi realizada com base em sequências de genes recuperados de genomas de espécies de Klebsiella e aplicou-se as abordagens MLSA, rMLST e cgMLST. Identificamos blaSHV-28 (n=2), blaSHV-110 (n=1) e alelos novos de blaSHV (n=3). Os transformantes para estes genes apresentaram resistência à amoxicilina, ampicilina e piperacilina, o que corresponde a um espectro restrito de resistência. Quanto a blaLEN, foram identificados oito novos alelos em nove isolados. Dois deles eram idênticos aos encontrados no genoma de K. variicola AT-22 e todos estes alelos codificam NSBLs. A taxonomia genômica de Klebsiella definiu três grupos: K. variicola, K. pneumoniae e K.oxytoca. Curiosamente, alguns isolados de K. pneumoniae agruparam com o K. variicola AT-22, sugerindo pertencerem à esta espécie. Todos os isolados do grupo K. variicola albergavam o gene blaLEN indicando que esta seria a \03B2-lactamase constitutiva de K. variicola, e, por conseguinte, que o grupo KpIII é composto por isolados de K. variicola. Aqui nós determinamos que alelos de blaSHV cromossômicos, incluindo blaSHV-28 e blaSHV-110, previamente identificados como ESBLs, são NSBLs e concluímos que K. variicola pode estar sendo subestimada em infecções humanas / The genus Klebsiella comprises non - motile, g ra m - negative, rod - shaped bacteria, presenting a polysaccharide - based capsule, belonging to the Enterobacteriaceae family. The two most clinically i mport ant species from the genus are the opportunistic pathogens Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca . These species have been related to an increasing number of multiresistant hospital - acquired infections. K. pneumoniae is classified into three phylogen etic groups: KpI, KpII and KpIII. Three chromosomal class A β - lactamase genes were recognized in K pneumoniae : bla SHV , bla OKP and bla LEN , which are related to KpI, KpII and KpIII groups, respectively. Similarly, the bla OXY gene is the chromosomal class A β - lactamase that characterizes the K. oxytoca species. The bla SHV is a chromosomal - and plasmid - borne gene encoding narrow (NSBLs) and extended spectrum β - lactamases (ESBLs). So far, 183 bla SHV alleles were identified but the activity spectrum of dozen of a lleles remain to be determined. LEN enzymes are chromosomal encoded with restrict activity against β - lactams and confers resistance only to penicillins. More recently, K. variicola species were identified and this species has the ability of fixing nitrogen . There are few studies concerning this species and no constitutive β - lactamase gene has been described in this species. This study aimed to determine the resistance spectrum of bla SHV alleles identified in K. pneumoniae strains and also to identify, at sp ecies level, strains carrying bla LEN chromosomal class A β - lactamase gene. PCR and sequencing were performed and bla SHV , and bla LEN alleles were determined by comparing their sequences with the database using blastN and blastP tools. These genes were clone d and expressed in a heterologous system, and the antibiotic resistance spectrum of the transformants was evaluated by susceptibility test. The genomic taxonomy of strains from this genus were performed based on genes from draft and complete genome sequenc es from Klebsiella species using MLSA, rMLST and cgMLST approaches. Strains harboring bla SHV - 28 (n=2), bla SHV - 110 (n=1) and new bla SHV alleles (n=3) were identified. All the transformants showed resistance to amoxicillin, ampicillin, piperacill in, ticarcil lin , which correspond to a restricted spectrum of resistance. Concerning bla LEN alleles, here were identified eight new alleles in nine strains. Two of them were identical to the one found in K. variicola AT - 22 genome. The antibiotic resistance profile pre sented by the transformants indicated that all these bla LEN alleles encode for NSBLs. The Klebsiella genomic taxonomy revealed three groups corresponding to K. variicola , K. pneumoniae and K. oxytoca species. Curiously, some K. pneumoniae grouped with the K. variicola AT - 22, suggesting that those strains, in fact, belong to K. variicola species and had been misidentified as K. pneumoniae . Moreover, it was observed that all strains from K. variicola cluster harbored the bla LEN gene. This finding indicated th at the bla LEN gene is a constitutive K. variicola β - lactamase, and therefore, the KpIII group is composed by K. variicola strains. Here we determined that different chromosomal bla SHV alleles, including bla SHV - 28 e bla SHV - 110 , previously labeled as ESBLs, and the new ones, are NSBLs. Also, we concluded th at K. variicola can play an underestimated role in human infections .

Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.

Resumo não disponível.

Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.

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Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-19T15:07:55Z No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-04-19T15:08:50Z (GMT) No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-19T15:08:50Z (GMT). No. of bitstreams: 4 Dissertação Parcial (Cap. 1-4) - Luma C. Loureiro.pdf: 1497392 bytes, checksum: 13f91a02fd24dc31022afc14786f874e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Dissertação Parcial (Cap. 7) - Luma C. Loureiro.pdf: 260521 bytes, checksum: 479ddd5a004985a4fea7ef881128da94 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-06-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Gram-negative bacteria, such as Klebsiella pneumoniae, have LPS in their membranes, a component that triggers inflammatory process, by cells of the host immune system such as macrophages (MA), produced cytokines, chemokines and lipid mediators. Inflammation is important in preventing microorganisms, but the exacerbation can cause serious tissue damage. Indeed, MA are also important in the control of infections, phagocytosis and death of microorganisms. Membrane lipids have been the subjects of studies to development of new pharmacological therapies (Membrane Lipid Therapy - MLT). On this way, lipid of surfactant liquid (LS) were target to development pulmonary MLT. Among the most abundant phospholipids in LS, we found POPC, a phosphatidylcholine (PC), the oxidized phospholipids product, such as PaldoPC. In this work, our aim was to evaluate the effects of LS-derived PCs on modulation of polarization (M1 and M2), inflammatory and phagocytic activity of macrophages against K. pneumoniae. Our results demonstrated that POPC and PaldoPC increase NO production when M1 are stimulated with LPS. Indeed, the treatment with PC increased the production of inflammatory cytokines and chemokines in the M0 and M1 profile, post LPS-stimulated. The increment on inflammatory mediators production by MA treated with PC, correlated with the increased on gene expression of TLR2, TLR4, and MYD88. The treatment with POPC increased phagocytosis of K. pneumoniae, corroborating with the increased production of PGD2. However, PaldoPC inhibited the phagocytosis and increased the production of PGE2. Our data suggest that PC did not have inflammatory effect direct on MA, but increased the MA response against LPS, increasing expression of innate immune receptors, and modulation of prostaglandins production; influenced the pulmonary microenvironment immune response. / Bactérias Gram-negativas, como Klebsiella pneumoniae, possuem LPS em suas membranas, componente responsável por desencadear processo inflamatório por células do sistema imune como os macrófagos (MA), produzindo citocinas, quimiocinas e mediadores lipídicos. A inflamação é importante no combate aos microrganismos, mas a exacerbação deste evento pode causar sérios prejuízos ao tecido. Da mesma forma, os MA são importantes no controle de infecções, atuando na fagocitose e morte de microrganismos. Os lipídios de membrana têm sido alvo de estudos para o desenvolvimento de novas terapias farmacológicas (Terapia de Lipídios de Membrana - TLM). Neste sentindo, os lipídios do líquido surfactante (LS) são alvos para desenvolvimento de TLM pulmonar. Dentre os fosfolipídios mais abundantes do LS, encontramos o POPC, uma fosfatidilcolina (PC), e também seus produtos oxidados, como PaldoPC. Neste trabalho, nosso objetivo foi avaliar os efeitos das PC derivadas do LS na modulação da polarização (M1 e M2), atividade inflamatória e fagocítica de MA contra K. pneumoniae. Nossos resultados demonstram que POPC e PaldoPC aumentaram a produção de NO nos M1 estimulados com LPS. Da mesma forma, o tratamento com as PC aumentaram a produção de citocinas e quimiocinas inflamatórias no perfil M0 e M1 pós-estimulados com LPS. O aumento da produção de mediadores inflamatórios nos MA tratados com PC, correlacionou com o aumento da expressão gênica de TLR2, TLR4, e MYD88. Além disso, o tratamento com POPC aumentou a fagocitose de K. pneumoniae, corroborando com o aumento produção de PGD2. No entanto, o tratamento com PaldoPC inibiu a fagocitose, e aumentou a produção de PGE2. Nossos dados sugerem que PC não tem efeito inflamatório direto sobre MA, mas, potencializa a resposta de MA com LPS, aumentando a expressão de receptores da imunidade inata e modulando a produção de prostaglandinas; influenciando a resposta imune do microambiente pulmonar.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:30:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3565_1.pdf: 5205665 bytes, checksum: d3f5d67863a34c85659602984a49cb65 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Klebsiella pneumoniae é uma enterobactéria responsável por uma alta incidência de infecções hospitalares, causadas geralmente por linhagens portadoras de multirresistência e produtoras de -lactamases de amplo espectro (ESBL). Este trabalho teve como objetivo determinar os genes envolvidos na formação de beta-lactamases clássicas e ESBLs em isolados de K. pneumoniae de Recife-PE, Brasil, assim como investigar o efeito ultra-estrutural causado por diferentes concentrações de antibióticos beta-lactâmicos, em isolados de K. pneumoniae produtores de diferentes tipos de betalactamases. Foram analisados 52 isolados de K. pneumoniae quanto a presença dos genes blaSHVe blaTEM, originados da microbiota normal e de infecções na comunidade e hospitalares e para a investigação do gene blaCTX-M foram utilizados 19 isolados clínicos de K. pneumoniae que apresentaram resistência a cefalosporinas de terceira geração ou ao aztreonam. Os MICs dos isolados foram determinados frente aos antibióticos ceftazidima, cefotaxima e aztreonam. Dois isolados de infecção nosocomial de K. pneumoniae foram submetidos a diferentes Sub-MICs de ceftazidima, cefotaxima e aztreonam para a análise pela Microscopia Eletrônica de Transmissão e de Varredura (MET e MEV). O gene blaSHV foi detectado em 16 isolados hospitalares, 4 da comunidade e 9 da microbiota, enquanto o gene blaTEM foi detectado em 18 isolados hospitalares, 4 da microbiota e 2 da comunidade. Através do sequenciamento de DNA, o gene blaCTX-M2 foi detectado em três isolados resistentes tanto a ceftazidima quanto a cefotaxima. Adicionalmente, foi encontrada uma nova variante SHV em um dos isolados e a presença de duas variantes anteriormente relatadas a SHV-28 e a SHV-108. As análises dos 2 isolados de K. pneumoniae pela MET e MEV mostraram grandes alterações morfológicas e ultra-estruturais dos isolados, quando submetidos aos diferentes Sub-MICs de ceftazidima e cefotaxima. *Nossos resultados mostram que isolados de K. pneumoniae portadores de diferentes β-lactamases e resistentes a diferentes antimicrobianos podem sofrer alterações ultra-estruturais significativas quando submetidos a Sub-MICs da droga, o que poderia possibilitar uma melhor atuação do sistema imune de um paciente infectado com esta espécie bacteriana

In healthcare settings and beyond, the ESKAPE pathogens (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Enterobacter species) among other pathogens exchange antibiotic resistance and virulence factors and emerge as new infectious clones. According to the Saudi General Authority for Statistics (stats.gov.sa), Saudi Arabia is a country where more than 27 million pilgrims meet in annual continual mass-gathering events. This massive influx of people could introduce novel pathogens to the community that could not necessarily be detected with traditional culture-dependent clinical microbiological tests. Conventional clinical microbiology and environmental pathogen detection methods have had many limitations and narrow search scope. These methods can only target known and culturable pathogens. Over the past decade, applications of next-generation sequencing (NGS) and bioinformatics tools have revolutionized the way pathogens are detected and their relevant phenotypes such as clonal types, antibiotic resistance are predicted to aid in clinical decision making as additional practice to traditional clinical microbiology-based testing protocols. The aim of this study was to apply whole-genome sequencing (WGS) and bioinformatic analysis tools on clinical samples and bacterial isolates in order to pave the way for transforming current clinical microbiology practices in a tertiary referral hospital in Jeddah, Saudi Arabia. My attempt to utilize WGS as a tool on pathogenic strains in this study combined with the clinical data has resulted in discovering a silent outbreak of an emerging hypervirulent strain of Klebsiella pneumoniae (Chapter 2). Analysis of the strains antimicrobial profiles genetically has yielded the first characterization of a misidentified Klebsiella quasipneumoniae harboring plasmid-mediated carbapenemases of Klebsiella pneumoniae carbapenemases (KPC) (Chapter 3). Similarly, I was able to study mobile colistin resistance genes in the isolates and identify a novel occurrence of mcr-1 and mcr-8 (Chapter 4). I applied clinical metagenomic protocol on an intestinal biopsy of an inflammatory bowel disease patient with Crohn’s disease, where I identified an association of three co-occurring and an actively replicating non-tuberculosis mycobacteria (Chapter 5). The deployment of whole-genome sequencing and metagenomic in infectious disease surveillance and diagnostics could prove beneficial in limiting epidemics and detect transmission patterns of antimicrobial-resistant genes.