L'Arbre de Jessé est une image particulièrement complexe qui a connu plusieurs variantes iconographiques. Le type christologique complexe est une création byzantine du sujet. Ce type est constitué de plusieurs éléments iconographiques, comme des scènes prophétiques, des figures des ancêtres et des prophètes. A ce noyau iconographique s 'ajouteront à partir de la fin du XIIIe siècle et le début du XIVe siècle les figures des sages et philosophes païens. Dans la présente étude nous examinons l'iconographie de ce type et nous essayons de comprendre, à travers les images et les inscriptions écrites sur les rouleaux des sages païens, cette association afin de retracer ses étapes d'évolution principales dans la peinture murale byzantine et post-byzantine. / The Tree of Jesse is a particularly complicated pictorial theme, which can be found in many different versions. The complex christological type is a purely Byzantine creation. Towards the end of 13th and early 14th century, figures of sages and philosophers of the Greek antiquity are added to this type, which already contains many iconographic elements such as prophetic and evangelical scene and independent figures of prophets and ancestors of Christ. In this study we examine the compositions and the texts of the inscriptions written on the pagan's scrolls this iconographic combination in order to trace its key evolutional stages in Byzantine and post-Byzantine mural painting.

Nous nous intéressons aux lacets markoviens définis dans le cadre de la théorie des chaînes de Markov à temps continu sur un espace d'états discret. Ce sujet a notamment été étudié par Le Jan [LJ11] et Sznitman [Szn12]. En contraste avec ces références, nous ne supposerons pas la symétrie de la chaîne et nous intéresserons plutôt au cas infini. Tous les résultats sont présentés en termes de générateur de semi-groupe. En comparaison avec [LJ11], certaines preuves ont été détaillées ou améliorées.Nous fournissons par ailleurs quelques résultats sur les amas de boucles (voir [LJL12] dans le cas symétrique). Nous traitons notamment l'exemple du cercle discret. Nous étudions aussi les arbres couvrants définit par l'algorithme de Wilson dans le cas asymétrique.Dans la dernière partie, nous considérons la proportion des lacets couvrants l'espace. En utilisant la limite du spectre, nous donnons une expression générale de la limite de cette proportion pour une suite de graphes. Comme une application, nous donnons deux exemples concrets dans lesquels une transition de phase apparaît. / We are interested in Markov laces defined in the framework of the theory of Markov chains in continuous time on a discrete state space. This particular subject has been studied by Le Jan [LJ11] and Sznitman [Szn12]. In contrast to these references, we do not assume the reversibility of the chain and we are mostly interested in the case of countable state space. All the results are presented in terms of the generator of semigroup. In comparison with [LJ11], some demonstration has been detailed or improved.We also provide some results on the loop clusters (see [LJL12] in the reversible case). In particular, we study the example of discrete circle. We also study the spanning tree algorithm defined by Wilson in the non-symmetric case.In the last part, we consider the proportion of loops covering the whole space. Using the limit of the spectrums, we give a general expression for the limit of this ratio for a sequence of graphs. As an application, we give two examples in which a phase transition occurs.

Nous nous intéressons aux lacets markoviens définis dans le cadre de la théorie des chaînes de Markov à temps continu sur un espace d'états discret. Ce sujet a notamment été étudié par Le Jan [LJ11] et Sznitman [Szn12]. En contraste avec ces références, nous ne supposerons pas la symétrie de la chaîne et nous intéresserons plutôt au cas infini. Tous les résultats sont présentés en termes de générateur de semi-groupe. En comparaison avec [LJ11], certaines preuves ont été détaillées ou améliorées.Nous fournissons par ailleurs quelques résultats sur les amas de boucles (voir [LJL12] dans le cas symétrique). Nous traitons notamment l'exemple du cercle discret. Nous étudions aussi les arbres couvrants définit par l'algorithme de Wilson dans le cas asymétrique.Dans la dernière partie, nous considérons la proportion des lacets couvrants l'espace. En utilisant la limite du spectre, nous donnons une expression générale de la limite de cette proportion pour une suite de graphes. Comme une application, nous donnons deux exemples concrets dans lesquels une transition de phase apparaît.

Force est de constater que les dépérissements forestiers augmentent. Ces observations vont de pairs avec l’accroissement des événements climatiques extrêmes. Aussi dans ce contexte, il est nécessaire d’identifier denouveaux caractères de resistance à la sécheresse. La résistance à la cavitation est actuellement le meilleurmarqueur de la survie d’une espèce à la sécheresse.Cette thèse avait deux objectifs : (i) comprendre le mécanisme de propagation de la cavitation dans le xylèmechez les gymnospermes. (ii) Quantifier la variation phénotypique in situ de ce caractère chez Pinus pinaster ainsique (iii) quantifier la variation génétique, et sa plasticité phénotypique.La démarché a été la suivante (i) une étude interspécifique de la résistance à la cavitation a été couplé à desmesures micro-anatomiques. (ii) Pour le volet intraspécifique, nous avons phénotypé 6 populations dans deuxtest de populations-descendances, ainsi qu’en population naturelles in situ.La propagation de l’embolie chez les Pinaceae et les ex-Taxodiaceae pourrait être due au passage du germe d’air(rupture capillaire) à travers des nanopores dans le torus. En effet, la pression de rupture d’un ménisque air-sèveest corrélée à l’entrée de l’air dans le xylème (P12). Alors que la variation interspécifique est grande, la résistanceà la cavitation varie faiblement au sein d’une espèce. Ainsi les populations provenant de climat contrasté neprésentent pas ou peu de différence génétique (en test de provenance) ou en populations naturelles in situ. Cecaractère présente une plasticité phénotypique mais faible comparée à celle de la croissance en hauteur parexemple. La comparaison entre la variation génétique entre populations et la variation des marqueurs neutresentre ces mêmes populations montrent que la variation de ce caractère semble réduite par l’architecturegénétique sous-jacente. La resistance à la cavitation est vraisemblablement un trait canalisé. / Several review reported global forest die-back that are caused, directly or indirectly, by extreme climatic events(like heat waves or prolonged drought). In this context, there is an urgent need to identify new traits to tracedrought tolerance. Resistance to cavitation is one of the best proxy for survival during extreme drought.The aim of this work was (i) to understand how spreads cavitation in the vascular pathway of gymnosperms (ii)to quantify the phenotypic variation of resistance to cavitation for Pinus pinaster species, (iii) to determine theamount of the genetic variation and phenotypic plasticity available for this trait.A micro-anatomy study was coupled to measurement of resistance to cavitation for various species to foundwhere air-seeding occurs in the bordered pit. To quantify the variability of resistance to cavitation, wephenotyped 506 genotypes using to replicated provenance-progeny trials and on natural in situ populations.The spread of embolism for Pinaceae and ex-Taxodiaceae could be due to minute pore in tori, which are remainsof secondary plasmodesmata. We found that the pressure needed to break a water/air meniscus in these minutepores is correlated with the xylem air entry (P12). Despite the great variability of resistance to cavitation betweenspecies, we found low variability within species. Most of the variability is within population, rather than betweenpopulations. The phenotypic plasticity of resistance to cavitation is low compare to growth traits. Comparisonbetween QST and FST shows that populations exhibit less variation compare to what it is expected under geneticdrift. The variation of resistance to cavitation seems to be narrowed by the genetic architecture, which is the signof canalisation.

L'entrée à l'école correspond parfois à l'entrée dans l'échec scolaire. Les études sur le développement de l'enfant nous apportent différents éclairages sur un processus complexe. Développements moteur, cognitif et affectif concourent ensemble à la croissance de l'enfant. Les modes d'apprentissage sont multiples. Parfois les difficultés rencontrées se pérennisent et se transforment en échec. Les aides proposées sont généralement conçues par rapport aux problèmes rencontrés. Nous proposons une approche différente prenant en compte l'enfant dans sa globalité. Nous postulons qu'il est doté de ressources. Il peut les mettre en œuvre à partir de son expérience vécue. Le dispositif avec l’Épreuve des Trois Arbres (ETA) et le Cahier de l'Arbre (CA) opérationnalise cette approche. Nous faisons l'hypothèse que l'enfant soumis à ce dispositif construit un nouveau rapport aux apprentissages et progresse. L'étude porte d'une part sur l'analyse quantitative des scores obtenus par vingt quatre enfants de CE2 à une épreuve scolaire et au WISC IV avant et après l'utilisation du dispositif. Les résultats sont comparés à ceux de groupes contrôle. D'autre part l'analyse qualitative porte sur les protocoles de l'ETA et les CA des trente enfants suivis. Elle permet d'observer le cheminement de leur pensée. Cette recherche montre qu'une approche globale centrée sur l'enfant afin de favoriser son expression à l'aide du support analogique de l'arbre lui permet de progresser et de modifier son rapport aux apprentissages. Il est amené à transformer ses représentations de lui-même et du monde, à n'être plus en échec mais en marche vers un avenir choisi. / Starting school sometimes means the beginning of academic failure. Studies on child development highlight different factors in a complicated process. Motor, cognitive and emotional developments compete during the development of a child. There are many learning methods. Sometimes difficulties encountered perpetuate andbecome failure. The help offered is generally devised in relation with the problem. We suggest an alternative approach which takes into account the child as a whole. We assume that he has many resources. He can apply them based on his life experience. The Epreuve des Trois Arbres (ETA) and the Cahier de l’Arbre (CA) method operationalize this approach. We make the hypothesis that the child subject to this method will create a newrelationship with learning and progress. The study is based in part on the quantitative analysis of results achieved by twenty four children in CE2 (8-9 years) in a school test and at WISC IV before and after the use ofthe method. The results are compared with those of the control groups. Furthermore, the qualitative analysis is based on the protocols of the ETA and the CA of the thirty children monitored. It allows us to observe their thought process. This research shows that a global approach centred on the child in order to stimulate hisexpression with the tree analogical support allows him to progress and to modify his relationship to learning. The child is invited to transform his self representations and those of the world, to no longer be a failure but to be awalker towards a chosen future.

Un certain nombre de systèmes dans le monde réel, comprenant des agents interagissant, peut être utilement modélisé par des graphes, où les agents sont représentés par les sommets du graphe et les interactions par les arêtes. De tels systèmes peuvent être aussi divers et complexes que les réseaux sociaux (traditionnels ou virtuels), les réseaux d'interaction protéine-protéine, internet, réseaux de transport et les réseaux de prêts interbancaires. Une question importante qui se pose dans l'étude de ces réseaux est: dans quelle mesure, les statistiques locales d'un réseau déterminent sa topologie globale. Ce problème peut être approché par la construction d'un graphe aléatoire contraint d'avoir les mêmes statistiques locales que celles observées dans le graphe d'intérêt. Le modèle de configuration est un tel modèle de graphe aléatoire conçu de telle sorte qu'un sommet uniformément choisi présente une distribution de degré donnée. Il fournit le cadre sous-jacent à cette thèse. En premier lieu nous considérons un problème de propagation de l'influence sur le modèle de configuration, où chaque sommet peut être influencé par l'un de ses voisins, mais à son tour, il ne peut influencer qu'un sous-ensemble aléatoire de ses voisins. Notre modèle étendu est décrit par le degré total du sommet typique et le nombre de voisins il est capable d'influencer. Nous donnons une condition stricte sur la distribution conjointe de ces deux degrés, qui permet à l'influence de parvenir, avec une forte probabilité, à un ensemble non négligeable de sommets, essentiellement unique, appelé la composante géante influencée, à condition que le sommet de la source soit choisi à partir d'un ensemble de bons pionniers. Nous évaluons explicitement la taille relative asymptotique de la composant géante influencée, ainsi que de l'ensemble des bons pionniers, à condition qu'ils soient non-négligeable. Notre preuve utilise l'exploration conjointe du modèle de configuration et de la propagation de l'influence jusqu'au moment où une grande partie est influencée, une technique introduite dans Janson et Luczak (2008). Notre modèle peut être vu comme une généralisation de la percolation classique par arêtes ou par sites sur le modèle de configuration, avec la différence résultant de la conductivité orientée des arêtes dans notre modèle. Nous illustrons ces résultats en utilisant quelques exemples, en particulier, motivés par le marketing viral - un phénomène connu dans le contexte des réseaux sociaux… / A number of real-world systems consisting of interacting agents can be usefully modelled by graphs, where the agents are represented by the vertices of the graph and the interactions by the edges. Such systems can be as diverse and complex as social networks (traditional or online), protein-protein interaction networks, internet, transport network and inter-bank loan networks. One important question that arises in the study of these networks is: to what extent, the local statistics of a network determine its global topology. This problem can be approached by constructing a random graph constrained to have some of the same local statistics as those observed in the graph of interest. One such random graph model is configuration model, which is constructed in such a way that a uniformly chosen vertex has a given degree distribution. This is the random graph which provides the underlying framework for this thesis. As our first problem, we consider propagation of influence on configuration model, where each vertex can be influenced by any of its neighbours but in its turn, it can only influence a random subset of its neighbours. Our (enhanced) model is described by the total degree of the typical vertex and the number of neighbours it is able to influence. We give a tight condition, involving the joint distribution of these two degrees, which allows with high probability the influence to reach an essentially unique non-negligible set of the vertices, called a big influenced component, provided that the source vertex is chosen from a set of good pioneers. We explicitly evaluate the asymptotic relative size of the influenced component as well as of the set of good pioneers, provided it is non-negligible. Our proof uses the joint exploration of the configuration model and the propagation of the influence up to the time when a big influenced component is completed, a technique introduced in Janson and Luczak (2008). Our model can be seen as a generalization of the classical Bond and Node percolation on configuration model, with the difference stemming from the oriented conductivity of edges in our model. We illustrate these results using a few examples which are interesting from either theoretical or real-world perspective. The examples are, in particular, motivated by the viral marketing phenomenon in the context of social networks...

Afin de répondre au problème de santé publique que représente l'asthme, l'imagerie tomodensitométrique associé aux traitements informatiques permettent la quantification et le suivi des dommages subis par les bronches. Le but de l'imagerie bronchique, lors d'un examen de type scanner-CT est de disposer de mesures fiables et reproductibles des différents paramètres bronchiques qui sont des marqueurs de l'importance de la pathologie et de son évolution sous traitements. Ces marqueurs correspondent à deux mesures LA ( Lumen Area) et WA ( Wall Area) prises sur des coupes perpendiculaires à la bronche. La mise en place d'une chaîne de traitements constitué de maillons d'extraction et de squelettisation de l'arbre trachéo-bronchique permet l'obtention de tels mesures. Durant cette thèse nous nous sommes focalisés sur la création d'une chaîne de traitements en proposant une contribution sur chacun des maillons. Notre chaîne est modulable et adaptée au travail en 4D (différentes phases respiratoires) et à fait l'objet d'une implémentation logiciel intitulée Neko4D.

La formation du bois (xylogénèse) produit une large partie de la biomasse de la planète et une ressource essentielle pour l'Homme. Les cellules du bois sont produites par division dans le cambium puis s'élargissent, forment une paroi épaisse lignifiée et meurent. Pendant l'année, ces processus sont définis par des dates, durées et vitesses qui caractérisent la dynamique intra-annuelle de la xylogénèse. Cette dynamique reste peu explorée alors que c'est un aspect clé, car c'est elle qui détermine la quantité et la qualité du bois produit et c'est sur elle que les facteurs de régulation agissent. Ce travail vise à améliorer nos connaissances sur la dynamique intra-annuelle de la xylogénèse. Pendant trois ans (2007-2009), la xylogénèse a été suivie pour 45 arbres de trois espèces de conifères (sapin pectiné, épicéa commun et pin sylvestre) dans les Vosges. Pour ça, des petits échantillons de bois ont été prélevés chaque semaine sur le tronc des arbres sélectionnés. Les échantillons ont été préparés au laboratoire, puis des sections anatomiques ont été réalisées pour observer la xylogénèse au microscope. Cette thèse a permis d'améliorer notre connaissance du fonctionnement de la xylogénèse, un système biologique d'une fascinante complexité. Nous avons caractérisé - grâce à l'innovation d'une méthode statistique performante - les aspects méconnus de la dynamique de différenciation des cellules du bois. Nous avons alors pu dévoiler les mécanismes par lesquels la dynamique de la xylogénèse donne forme à la structure du cerne, établir la dynamique intra-annuelle de l'accumulation du carbone dans le bois et évaluer les mécanismes de l'influence du climat sur la xylogénèse / Wood formation (xylogenesis) produces a large part of the biomass of this planet and provides a crucial resource to Mankind. Wood cells are produced by division in the cambium, after what they enlarge, build a lignified thick wall and die. During a year, these processes take place at certain dates, last for certain durations and go at certain rates. These dates, durations and rates characterize the intra-annual dynamics of xylogenesis. This dynamics remains poorly explored whereas it is a key aspect as it determines the quantity and quality of the produced wood and conveys the influence of intrinsic (gene, hormone) and extrinsic (environment) regulatory factors. This work aims to improve our knowledge on the intra-annual dynamics of xylogenesis. During three years (2007-2009), xylogenesis was monitored for 45 trees of three conifer species (silver fir, Norway spruce, and Scots pine) in northeast France. For that, small wood samples were collected weekly on tree stem. Samples were prepared at the laboratory, and anatomical sections were cut to observe xylogenesis under a light microscope. This thesis has improved our knowledge on the functioning of xylogenesis, a biological system of a fascinating complexity. We characterized - thanks to the development of an efficient statistical method - the little known aspects of wood cell differentiation dynamics. Based on this characterization, we eluded the mechanisms by which xylogenesis dynamics shapes tree ring structure, we established the intra-annual dynamics of carbon accumulation in wood and we evaluated the mechanisms of the climate influence on xylogenesis

La hauteur des arbres est un trait écologique majeur représentant l'intensité de la compétition pour la lumière. De plus, la croissance des arbres est le résultat de multiples compromis afin de maintenir leur orientation verticale et leur stabilité mécanique tout en assurant les autres fonctions écophysiologiques. Le contrôle de l'orientation de la croissance est réalisé par deux mécanismes: la croissance différentielle au niveau du méristème apical et la formation de bois de réaction au cours de la croissance secondaire. Cependant, la modélisation simultanée de la croissance et des rétroactions biomécaniques dépasse le cadre classique de la mécanique des structures. En effet, le concept de configuration de référence devient imprécis dû à l'apparition de nouveaux points matériels libres de contraintes sur une surface déformée au cours de la croissance. Dans cette thèse, un nouveau formalisme mathématique est proposé à partir de la théorie des poutres et modélise simultanément les effets de la croissance et de la biomécanique de l'arbre. Afin de résoudre le système d'équations aux dérivées partielles, de nouvelles méthodes numériques sont développées et tiennent compte de la dépendance entre l'espace et le temps. Enfin, deux problèmes de contrôle optimal sont analysés, modélisant les stratégies d'allocation dynamique de la biomasse pour la croissance primaire et secondaire, en fonction de différents contextes écologiques. Ce travail offre de nouvelles perspectives sur les mathématiques de la mécanique de la croissance et ses applications en biologie. / Height is a major ecological trait for growing trees, representing the intensity for light competition. Moreover, tree height results from a trade-off between different functions, including tree mechanical stability. Trees develop growth strategies to maintain their vertical orientation and mechanical stability, in addition to other ecophysiological functions, through differential primary growth near the shoot apical meristem and formation of reaction wood during secondary growth. However, this coupling is a problematic issue since the progressive addition of new material on an existing deformed body makes the definition of a reference configuration unclear. This thesis presents a new mathematical framework for rod theory modelling simultaneously the interactions between the growth process and tree biomechanics. In order to solve the obtained system of partial differential equations, new numerical methods are developed and take into account the dependence between space and time, which is a specific feature of surface growth problems. Finally, the present work addresses the mathematical formulation of two optimal control problems characterising tree's growth strategies. Growth strategies are analysed with respect to the ecological context, through two variables, which are the ratio of biomass allocated to primary growth and the distribution of biomass allocated to secondary growth along the growing stem. This work gives new insights to the mathematical framework of surface growth mechanics and its applications in biology.

L’idée principale de la thèse est l’écoculture, c'est-à-dire une réflexion plus approfondie sur la relation entre l’homme et la nature. Afin d’expliquer cette idée, nous avons analysé certains éléments caractéristiques de la culture traditionnelle, comme : le châtiment, la malédiction, la bénédiction, le serment, la métamorphose, l’empathie, la révérence, la sacralisation etc. Ces éléments culturels ne concernent pas seulement les mœurs et pratiques morales humaines dans la vie sociale, mais aussi bien les relations entre l’homme et la nature. Dans son sens véridique, en dehors de pensée, des symboles et des valeurs, l’écoculture sous-entend également les comportements, les actions concrètes et les autres routines de la vie quotidienne. L’une des conclusions de cette thèse est que les mouvements écologiques au Kosovo, et tout ceux qui prétendent créer une culture environnementale ou bien une conscience écologiques, afin de changer des comportements et des habitudes par rapport à l’environnement, pourraient prendre pour référence l’écoculture traditionnelle albanaise, parce qu’on y trouve beaucoup d’éléments communs avec des éthiques environnementales contemporaines, comme : écologie profonde, écoféminisme, spiritualisme écologique, dark-green religion / The main idea of the thesis is the eco-culture, that is to say, a deep reflection on the spiritual relationship between human and nature. To explain this idea, I analyze some characteristic elements of the traditional culture, such as punishment, curse, blessing, oath, metamorphosis, empathy, reverence, sacredness, etc. These cultural elements do not concern only the mores and ethical human practices in social life, but also the relationship between human and nature. Nowadays, in everyday life, these values are sometimes expressed openly and concretely, and other times latently and not obviously. In addition to thinking, symbols and values, the eco-culture also manifests itself through behavior, concrete actions, and other routines of daily life. Amongst the conclusions of this thesis is that the environmental movements in Kosovo, aiming at changing the habits related to the environment by means of creating the environmental culture and raising ecological consciousness, must refer to the traditional Albanian eco-culture, since the latter has many common elements with contemporary environmental ethics, such as deep ecology, eco-feminism, ecological spiritualism, dark-green religion, etc.