La litière de fumier recyclé (LFR) est utilisée dans les fermes canadiennes comme alternative à la litière conventionnelle de paille. Elle est obtenue par l’extraction de la fraction solide du fumier des vaches, parfois suivie par une maturation. Toutefois, les caractéristiques microbiologiques de cette litière sont peu documentées. Ainsi, cette étude a permis la description du microbiote et des caractéristiques microbiologiques de la LFR comparativement à la paille, avant et après leur utilisation, et d’évaluer l’impact de différentes méthodes de production de la LFR sur ces écosystèmes. Les résultats des analyses du microbiote ont démontré que la richesse et la diversité du microbiote de la LFR avant utilisation étaient différentes de celles de la paille. Les litières de fumier recyclé avant et après utilisation possédaient une diversité microbienne moindre comparativement à celles mesurées pour la paille avant et après utilisation. Aussi, les différentes méthodes de production de la LFR n’influençaient pas la richesse du microbiote, mais influencent sa composition. La méthode de production utilisant la séparation suivie d’une maturation en amas possédait une charge bactérienne moindre que celle utilisant la séparation suivit d’une maturation en boîte. Finalement, la LFR contenait plus de Listeria monocytogenes et de Salmonella spp que la litière de paille. Cela permet de conclure que la LFR, actuellement produite dans les fermes de l'Est du Canada, constitue un risque microbiologique plus élevé que la litière de paille. / Recycled manure solid bedding (RMS) is used on Canadian farms as an alternative to conventional straw bedding. RMS is obtained by extracting the solid fraction of dairy cow manure, sometimes followed by maturation. However, the microbiological characteristics of this bedding are poorly documented. This study allowed the description of the microbiota and microbiological characteristics of RMS compared to straw and assessed the impact of the RMS production methods on its microbiota. The results of the microbiota analyses demonstrated that the richness and diversity of the microbiota in unused RMS were different from unused straw. Unused RMS and used RMS possessed more similar microbial diversity compared to the microbial diversity between unused and used straw. Moreover, the different RMS production methods did not influence the richness of the microbiota but influence its composition. The RMS production method using separation followed by heap maturation had a lower bacterial load than production method using separation followed by box maturation. Finally, RMS contained more Listeria monocytogenes and Salmonella spp than straw bedding. This leads to the conclusion that RMS bedding currently produced on farms in Eastern Canada, clearly constitute a greater microbiological risk as compared to straw bedding.

Le terme veaux laitiers se réfère aux veaux mâles et femelles non retenus pour le remplacement et vendus en jeune âge. L’objectif de cette étude était d’évaluer l’association entre les caractéristiques et les pratiques de la ferme et le prix final de veaux laitiers lors de leurs mises en marche dans deux encans québécois. Les éleveurs des fermes d’origine des veaux ont été contactés pour répondre à un questionnaire sur les caractéristiques et les pratiques de leur ferme. L’association entre les caractéristiques et les pratiques de la ferme et le percentile de la médiane du prix des veaux a été évaluée via un modèle multivariable de régression linéaire. Un total de 509 éleveurs a été contacté, 433 ont accepté de participer et 409 questionnaires ont été retenus pour les analyses statistiques. Les fermes ont vendu en médiane deux veaux (entre 1 et 19) et la majorité (82%) était de race Holstein. Leur prix était positivement associé à une production moyenne par vache/an supérieure à 11 000 litres et à la présence sur la ferme de trois travailleurs et plus s’occupant des veaux. Leur prix était négativement associé à la vaccination des vaches pour la diarrhée néonatale, l’absence de désinfection du cordon ombilical des veaux, l’interdiction aux transporteurs d’entrer dans les bâtiments de la ferme et à l’utilisation de ripe de bois comme litière des veaux. Les résultats démontrent que les caractéristiques et les pratiques de la ferme d’origine sont associées au prix des veaux laitiers / The term surplus calf defines the male calves and heifers culled within two weeks of life. The objective of this study was to evaluate the associations between the characteristics and the practice of the dairy farms and the price of surplus calves. Their selling price (CAD/kg) were recorded in two-auction markets between 2019 and 2020. The farms who sold calves during the study were contacted to answer the survey. The possible association between the characteristics and the practices of the farms and the median percentile of surplus calves’ selling price per farm was assessed using a multivariable linear regression model. A total of 509 farmers were contacted, 433 of them have accepted to be enrolled and 409 questionnaires were retained for statistical analysis. The median of the surplus calves sold by the farm was two (between 1 and 19) and the majority were Holstein (82%). The covariates that were positively associated with the median percentile of surplus calves’ selling price per farm were an average milk production per cow/year superior to 11,000 liters and the presence of the farm of three or more workers available to take care of calves. Their selling price was negatively associated with vaccination of cows for neonatal calf diarrhea, no disinfection of the navel of newborn calves, no forbid transporters to entry in the farm’s buildings and use of wood shaving as bedding for surplus calves. The results show the association between the characteristics and practices of farms and the price of surplus calves.

La production laitière au Québec se distingue des autres régions d’Amérique du Nord par son organisation autour de fermes familiales de taille relativement restreinte. Cette réalité découle d’une histoire agricole particulière, marquée par l’aménagement du territoire hérité du modèle seigneurial ainsi que par la mise en place d’une gestion de l’offre couplée à un important protectionnisme fédéral et provincial. Néanmoins, depuis la fin du XXe siècle, le secteur laitier québécois fait face au défi de la libéralisation des accords commerciaux et aux questions d’éthique environnementale et animale. Dans ce contexte, le robot de traite est présenté par ses constructeurs et les pouvoirs publics, comme un moyen de résoudre ces défis. En effet, si plusieurs études concernant cette machine indiquent que de nombreux producteurs tirent certains bénéfices en termes de résultat économique et de qualité de vie, d’autres montrent également que son implantation et ses impacts fluctuent en fonction du contexte politique et socioculturel des régions étudiées. Cette recherche vise à approfondir l’étude de cet équipement agricole en prenant en compte ses dimensions symboliques à l’échelle de la région de la Montérégie. En adoptant une approche sociographique de la technique, l’objectif est de mettre en lumière les relations sociales et les enjeux de pouvoir qui se nouent autour de l’outil. L’étude montre notamment que le robot de traite permet de valoriser un certain ethos industriel mobilisé par les producteurs en vue de la transmission familiale de la ferme ainsi que dans la lutte symbolique face aux firmes industrielles dominant le secteur laitier québécois. Le concept de capital d’enracinement est notamment proposé afin d’aborder l’expression des sentiments de fierté et de responsabilité liés aux héritages familiaux et professionnels. Il en découle des tensions entre les aspirations d’ancrage local et de mobilité des acteurs, ainsi que parmi les différentes temporalités qui se manifestent autour de l’objet, principalement entre le désir d’optimisation permanente du système de production et les obligations, morales et financières, concernant le passé et l’avenir de ces familles. / Dairy production in Quebec differs from other parts of North America by its organization around relatively small family farms. This reality results from a particular agricultural history, marked by the territorial development inherited from the seigneurial system as well as the implementation of supply management coupled with significant federal and provincial protectionism. Nevertheless, since the end of the 20th century, the Quebec dairy sector has faced the challenge of liberalizing trade agreements and questions of animal and environmental ethics. In this context, the milking robot is presented by manufacturers and public authorities as a means of solving these issues. Indeed, if several studies concerning the milking robot indicate that many producers derive certain benefits from it in terms of economic results and quality of life, others also show that its implementation and its impacts fluctuate according to the political and sociocultural context of the regions studied. This research aims to deepen the study of this agricultural equipment by considering its symbolic dimensions at the scale of the Montérégie region. By adopting a sociographic approach to the technique, the objective is to shed light on the social relations and power issues that arise around the tool. In particular, the study shows that the milking robot makes it possible to valorize a certain industrial ethos of the producers mobilized around the family transmission of the farm as well as in the symbolic struggle against the industrial firms dominating the Quebec dairy sector. The concept of rooting capital is proposed in order to address the expression of feelings of pride and responsibility related to family and professional legacies. Tensions arise between the aspirations of local anchorage and mobility of the actors, as well as among the different temporalities that manifest themselves around the object, mainly between the desire for permanent optimization of the production system and the moral and financial obligations concerning the past and the future of these families.

La résistance aux antimicrobiens (RAM) est un problème de santé publique mondial avec des répercussions importantes en médecine vétérinaire et humaine. Elle est classiquement associée à une surutilisation des antimicrobiens. Les bactéries commensales des animaux et des humains, tel Escherichia coli, sont souvent utilisées comme bactéries indicatrices pour surveiller la RAM. Parmi les mécanismes de résistance de E. coli, la production de β-lactamases à spectre étendue (BLSE) ou de type AmpC est particulièrement inquiétante. Ces enzymes peuvent inactiver une classe d’antimicrobien de très haute importance en santé humaine également utilisée en médecine vétérinaire : les céphalosporines de 3e génération. La prévalence générale de la RAM ainsi que la présence de E. coli producteur de BLSE/AmpC dans les troupeaux laitiers québécois sont inconnues. De plus, la transmission de ces bactéries résistantes et les facteurs de risque associés à leurs excrétions par les bovins laitiers sont actuellement peu documentés. L’objectif général de cette thèse était d’explorer la RAM par une étude transversale observationnelle sur des fermes québécoises de bovins laitiers sélectionnées aléatoirement (n = 101). La première étape du projet constituait à décrire la prévalence de cette RAM pour la bactérie E. coli isolée des matières fécales des animaux (vaches en lactation, veaux pré-sevrage) et de l’environnement (fosse à fumier). La prévalence de RAM observée pour les E. coli indicateurs était faible (<5%) pour les antimicrobiens de très haute importance en médecine humaine (céphalosporines de 3e génération et fluoroquinolones). Cependant, il y avait une prévalence élevée (85%) de fermes avec la présence d’au moins un E. coli producteur de BLSE/AmpC. La RAM était particulièrement importante pour les E. coli isolés chez les veaux pré-sevrage. Pour la deuxième étape, cette RAM était analysée au niveau génétique par le séquençage du génome entier des E. coli les plus résistants. La grande majorité de la RAM (>95%) était expliquée par des mutations ou des gènes de résistance. Certains de ceux-ci étaient à proximité l’un de l’autre et leur configuration laissait supposer qu’une partie de ces gènes étaient présents sur des éléments génétiques mobiles. De plus, il y avait une dissémination clonale de E. coli résistant entre les fermes. La dernière étape constituait à déterminer des facteurs de risque (utilisation des antimicrobiens ou pratiques à la ferme) de la RAM. Grâce à des analyses multivariées utilisant l’intelligence artificielle, il a été possible d’observer des facteurs de risque significatifs associés à la taille de la ferme et à la santé des animaux. Bref, un portrait de la situation de la RAM est maintenant établi dans les troupeaux de bovins laitiers du Québec pour 2017. Il s’agit d’un phénomène complexe qui ne se limite pas simplement à un lien direct avec l’utilisation des antimicrobiens. Ces travaux serviront de bases pour suivre l’évolution temporelle de la RAM. De plus, des études prospectives pourraient être réalisées afin de confirmer les impacts des observations notées dans cette thèse. L’ensemble de ces informations seront déterminantes en vue d’établir des mesures concrètes pour tenter de limiter cette importante problématique. / Antimicrobial resistance (AMR) is a global public health problem with major repercussions in both veterinary and human medicine. It is classically associated with the overuse of antimicrobials. Animal and human commensal bacteria, such as Escherichia coli, are often used as indicator bacteria to monitor AMR. Among the resistance mechanisms of E. coli, the production of an extended-spectrum β-lactamase (ESBL) or AmpC-type is of particular concern. These enzymes can inactivate a class of antimicrobials of great importance in human health also used in veterinary medicine: third-generation cephalosporins. The overall prevalence of AMR and the presence of ESBL/AmpC-producing E. coli are unknown in Québec dairy herds. Furthermore, the transmission of these resistant bacteria and the risk factors associated with their excretion by dairy cattle are currently poorly documented. The overall objective of this thesis was to explore AMR through an observational cross-sectional study on randomly selected Québec dairy farms (n = 101). The first step of the project was to describe the prevalence of AMR for E. coli isolated from animal feces (lactating cows, pre-weaned calves) and the environment (manure pit). The prevalence of AMR observed for indicator E. coli was low (<5%) for antimicrobials of very high importance in human medicine (third-generation cephalosporins and fluoroquinolones). However, there was a high prevalence (85%) of farms with at least one ESBL/AmpC-producing E. coli. AMR was particularly high for E. coli isolated from pre-weaned calves. In the second step, AMR was analyzed at the genetic level by whole genome sequencing of the most resistant E. coli isolates. The vast majority of AMR (>95%) was explained by mutations or resistance genes. Some of these were in close proximity to each other, and their configuration suggested that some of these genes were present on mobile genetic elements. In addition, there was clonal dissemination of resistant E. coli between farms. The final step was to identify risk factors (antimicrobial use or farm practices) for AMR. Using artificial intelligence methods for multivariate analyses, it was possible to identify significant risk factors associated with farm size and the health of animals. In summary, our results provide a portrait of the AMR situation in Québec dairy herds. This complex phenomenon is not simply limited to a direct link with antimicrobial use. This work will serve as a baseline for monitoring the temporal evolution of AMR. In addition, prospective studies could be carried out to confirm the impacts of the observations noted in this thesis. All this information will be decisive in establishing concrete measures to try and limit this major problem.

Dans un contexte de libéralisation des marchés agroalimentaires, la taille des firmes et des filières semble être un facteur déterminant de leur compétitivité. L'objectif de cette étude est de déterminer s'il existe des économies de taille dans l'industrie canadienne de la transformation alimentaire. L'analyse est effectuée pour les provinces canadiennes dans les secteurs de la boulangerie, de la viande et des produits laitiers. Une fonction de coût de type translog est construite pour chaque secteur afin de mesurer l'impact d'un accroissement marginal de la production sur le coût moyen de l'industrie. La fonction de coût inclut quatre intrants, soit le matériel, le capital, la main-d'œuvre et l'énergie. Les données proviennent de l'enquête annuelle sur les manufactures administrée par Statistique Canada. Elles couvrent la période de 1990 à 1999. Une procédure économétrique est utilisée pour désagréger les dépenses en capital au niveau des provinces puisque les données ne sont disponibles qu'au niveau national. Une technologie à proportions fixes de type Léontief a aussi été utilisée dans le secteur des produits laitiers pour intégrer le système de contingentement de la production de lait à la ferme et son impact sur la structure de coût des transformateurs de produits laitiers. Les économies de taille sont mesurées au niveau de l'industrie. Elles incluent donc les économies de taille au niveau des usines et des firmes ainsi que les économies de taille externes à la firme. D'une manière générale, il existe des économies de taille dans l'industrie de la transformation alimentaire. Ces économies de taille dépendent cependant de la taille de l'industrie dans les provinces canadiennes. Des économies de taille sont présentes dans la majorité des provinces pour l'industrie de la viande. Cependant, les provinces les plus importantes au niveau de la transformation des produits laitiers ne semblent pas posséder des économies de taille lorsqu'elles sont évaluées au niveau de production de 1999. Dans les secteurs des produits laitiers et de la boulangerie, les petites provinces ont un potentiel plus élevé d'exploiter les économies de taille que les provinces dont la taille est plus importante. / Broad globalization forces are changing the competitive environment of Canadian agri-business firms. One important factor that potentially increases processing firms' competitiveness is the ability to achieve economies of scale. This paper uses Statistics Canada's Annual survey of manufactures to estimate economies of scale at the industry level in the meat, dairy and bread and bakery sectors of each province. The data cover the period 1990-1999. Capital expenses in each province were imputed from available observations at the national level and cross-sectional variations in input price indices were computed using retail price indexes at the provincial level. A translog cost function with four inputs (material, capital, labour and energy) was specified to estimate potential economies of scale in each sector. The homogeneity property was imposed through cross-equations restrictions while concavity was imposed at one sample point following the methodology of Ryan and Wales (2000). The existence of supply management at the farm level was introduced in the empirical model through the assumption of fixed proportions between output, raw milk and the basket of other inputs. The empirical model reveals that there exist statistically significant economies of scale in the meat sector for many provinces. In the other two sectors (dairy and bread and bakery), the presence of economies of scale is dependent on industry output. The two largest producing provinces in the dairy sector (Québec and Ontario) did not have economies of scale to exploit in 1999. Economies of scale in the bread and bakery sector are particularly important for the small provinces.

Dans l’attente d’une éventuelle mise en application des accords de Partenariat Trans Pacifique (PTP) dont le principe fut signé en automne 2015, nous avons, à l’aide d’un modèle d’équilibre partiel, analysé ses impacts économiques sur le secteur laitier canadien sous gestion de l’offre. La question a été abordée sous l’angle d’une libéralisation tarifaire avec augmentation d’accès minimum par ligne tarifaire. À l’aide des scénarios de court terme (aucun ajustement) et de long terme (réduction du quota de mise en marché national), nous avons analysé les implications du PTP sur le bien-être des différents acteurs du secteur, sur les prix intérieurs de l’intrant et des produits ainsi que sur les quantités offertes et consommées. Les résultats montrent une diminution du prix intérieur et de la quantité offerte de l’intrant ainsi qu’une augmentation nette du bien-être général à court terme et à long terme respectivement de 0,3% et de 0,7%. -- Mots-clés : le secteur laitier, libéralisation tarifaire, accès minimum, gestion de l’offre, Partenariat Trans Pacifique (PTP). / Pending the possible implementation of the Trans-Pacific Partnership Agreement (TPP), the protocol of which was signed at the autumn 2015, we have analyzed its economic impacts using a partial equilibrium model on the supply-managed Canadian dairy sector. The issue was addressed in terms of tariff liberalization with a minimum access increase per tariff line. Using the short-term scenarios (no adjustments) and long-term scenarios (reduction of the national marketing quota), we analyzed the implications of the TPP for the welfare of the various actors in the sector, inputs and outputs and the quantities offered and consumed. The results show a decrease in the domestic price and the quantity offered of the input as well as a net increase in general short-term and long-term welfare of 0.3% and 0.7%, respectively. -- Keywords: dairy sector, tariff liberalization, minimum access, supply management, Trans Pacific Partnership (TPP).

Le colostrum de la vache est indispensable pour la santé et le bon développement de son veau, mais plus spécialement sa teneur en immunoglobulines et sa composition nutritionnelle. Puisque la circulation sanguine de la vache et du veau sont séparés durant la gestation, la consommation d’un colostrum de qualité rapidement après la naissance assure une réduction des taux de morbidité et de mortalité pour le veau immunonaïf et dont le rumen est sous-développé. Une hypothèse concernant la composition de la diète en prévêlage a été émise, supposant que celle-ci causerait une certaine variation de la composition du colostrum en immunoglobuline G (IgG) ainsi qu’en d’autres nutriments tels que la vitamine B12. L’objectif de cette étude était de déterminer les facteurs nutritionnels en prévêlage qui influencent les concentrations colostrales en vitamine B12 et en IgG. Au total, 62 troupeaux laitiers commerciaux du Québec ont été recrutés et les données de 51 de ces derniers ont été analysées dans le cadre de cette étude observationnelle. Dans chaque troupeau, de 3 à 12 vaches de 0 à 33 jours avant le vêlage ont été recrutées, pour un total de 494 vaches. Avant le vêlage, les vaches ont subi une prise de sang, leur poids corporel a été estimé et tous les ingrédients de la ration donnée aux vaches ont été échantillonnés et leurs quantités offertes respectives prises en note. Sur les 62 troupeaux initiaux, 22 possédaient un supplément en vitamine B12 dans la ration en prévêlage, alors que 40 troupeaux, non. Les producteurs ont prélevé un échantillon de colostrum issu de la première traite après le vêlage et ont rempli un questionnaire concernant la gestion du colostrum de chaque vache. Les échantillons de colostrum ont été analysés pour déterminer leur concentration en IgG et en vitamine B12. Les rations ont été reconstituées avant l’analyse de la composition nutritionnelle par chimie humide. Nos résultats suggèrent que la vitamine B12 dans le colostrum est positivement associée aux fibres alimentaires, ainsi qu’aux concentrations de phosphore, de cuivre et de zinc, et négativement associée à l’amidon, au gras et aux glucides non-fibreux de la ration. Une relation positive a également été observée entre la concentration colostrales en vitamine B12 et la supplémentation en vitamine B12 ainsi qu’avec les acides gras non estérifiés dans le plasma avant le vêlage. Une période de tarissement de plus de 65 jours a été associée à une plus faible concentration colostrale en vitamine B12 et les vaches entamant leur deuxième et troisième lactation comptaient des concentrations colostrales en vitamine B12 supérieures à celles des vaches de quatrième lactation en plus. La concentration sanguine en β-hydroxybutyrate de la vache avait un impact négatif sur la concentration colostrale en IgG. Il y a également été observée un impact négatif des pourcentages de suppléments protéiques et de minéraux sur la concentration colostrale en IgG, et une association positive entre cette concentration avec le pourcentage de supplément énergétique commerciaux. Nos modèles multivariés mixtes permettent d’expliquer 33 et 16% (pseudo-R2), respectivement, de la variation des concentrations colostrales en vitamine B12 et en IgG. Cela suggère donc que d’autres facteurs n’étant pas inclus dans l’étude actuelle ont un impact sur la variation de la concentration colostrale en vitamine B12 et en IgG. / The cow’s colostrum is crucial for the calf’s health and proper development, but especially its immunoglobulin content as well as nutrient composition. Since the dam and her calf’s blood supply are separate in utero, consumption of a good quality colostrum rapidly after birth reduces morbidity and mortality rates for the immunonaive and ruminally underdeveloped calf. Precalving dietary composition has been hypothesized as causing variation of colostrum composition in immunoglobulin G (IgG) and other nutrients such as vitamin B12. The objective of this study was to determine the variation of colostral vitamin B12 and IgG concentrations explained by the precalving dietary composition. A total of 62 Quebec commercial dairy herds were enrolled and the data of 51 of those herds was analyzed in this observational study. In each herd, 3 to 12 cows ranging from 0 to 33 days precalving were enrolled, for a total of 494 cows. Before calving, cows were blood sampled, body weight was estimated, and all dietary ingredients given to the cows were sampled, and their respective quantities offered were recorded. Of the initial 62 herds enrolled, 22 herds fed a vitamin B12 supplement in precalving, whereas the remaining 40 herds did not. Producers were asked to take a sample of colostrum at the first milking after calving and to complete a questionnaire regarding the colostrum management of each cow. Colostrum samples were analyzed for their IgG and vitamin B12 concentrations. Rations were reconstituted prior to nutrient composition analysis by wet chemistry. Our results suggest that vitamin B12 in colostrum was positively associated with the dietary fiber, as well as the dietary phosphorous, copper and zinc concentrations, and negatively with dietary starch, fat and non-fiber carbohydrates. A positive relationship was also observed between colostral vitamin B12 concentration and dietary vitamin B12 supplementation and precalving plasma non-esterified fatty acids. A dry period of more than 65 days was associated with lower colostral vitamin B12, and cows beginning their second and third lactations had a colostral vitamin B12 concentration above those of fourth and more lactation. Cow blood β-hydroxybutyrate concentration had a negative impact on colostral IgG concentration. There was a negative association with the percentage of protein and mineral supplements and a positive relationship with the percentage of commercial energy supplement on IgG concentration in colostrum. Our models explained respectively 33 and 16% (pseudo-R2) of the colostral vitamin B12 and IgG concentration variation. Thus, it suggests that other factors not included in the current assessment have an impact on colostral vitamin B12 and IgG concentration variation.

La malnutrition liée au vieillissement est souvent accompagnée de nombreux dérèglements et dysfonctionnements métaboliques, notamment la perturbation de l'homéostasie énergétique (installation de l’insulinorésistance), la fragilité, la diminution de la masse musculaire et les troubles de la réponse immunitaire. Ainsi, la manipulation nutritionnelle, au cours du vieillissement, est considérée comme l'une des solutions possible pour prévenir et traiter ces troubles. Parmi les substances nutritives qui ont été largement étudiées, la composition en protéines (acides aminés), la qualité des lipides (AGPI n-3) et les micronutriments (vitamine D).L’objectif de cette thèse consiste à déterminer l’impact de la dénutrition et d’évaluer le potentiel d'une des formules de réalimentation contenant un mélange à haute teneur en protéines solubles du lait, associées à de la matière grasse laitière, enrichie en acides gras polyinsaturés de la famille omega 3 (précurseur ALA et DHA) et en vitamine D sur la composition en acides gras (AG) du plasma, des globules rouges et du cerveau ainsi que ses conséquences sur les marqueurs du statut inflammatoire, la réponse hépatique à l’insuline, l'expression de gènes impliqués dans la régulation de l'homéostasie énergétique et l’inflammation hypothalamique, chez des rats âgés préalablement soumis à une restriction alimentaire. Dans un premier temps, nous avons montré que la restriction alimentaire de trois mois, non carencée en ALA, induit une perte importante en omega3 (ALA et dérivés LCn-3) alors que le dérivé ARA de la série n-6 est peu modifié, conduisant ainsi à une élévation du statut pro-inflammatoire exprimé sous forme d’une augmentation du ratio ARA/LCn-3.Toutefois, les quatre semaines de réalimentation, notamment avec la formule contenant le mélange matière grasse laitière, colza et DHA, associé à de la caséine ou des protéines solubles du lait, restaure 1/ les valeurs de DHA du cerveau non restaurées par un régime contrôle de renutrition, 2/ augmente les valeurs des dérivés LCn-3 (EPA, DHA) à des niveaux supérieurs à ceux d’un régime contrôle non dénutris et de renutrition. Cette augmentation s’accompagne d’une réduction des valeurs d’ARA, induisant une baisse drastique dans le plasma et les globules rouges du ratio ARA/EPA. Ces formules montrent pour la première fois qu’elles peuvent induire une réduction très importante du statut inflammatoire par rapport à celui observé généralement chez les vieux rats et pourrait présenter un intérêt beaucoup plus général en prévention des pathologies associées au vieillissement, liées ou non à la dénutrition.Dans un second temps, nous avons montré que la restriction alimentaire de trois mois entraîne 1/ une augmentation de l’expression du récepteur à l'insuline dans l'hypothalamus, le foie et le tissu adipeux, accompagnée d'une augmentation du facteur pro-inflammatoire TNFα dans l’hypothalamus. Cependant, la réalimentation de quatre semaines entraîne 2/ un gain de poids similaire et maintient l’insulinosensibilité hépatique. En effet, nous avons montré, pour la première fois, qu’une réalimentation avec les régimes comportant le mélange MGLA/colza/DHA, permettrait 3/ d’augmenter la prise alimentaire et de diminuer l’inflammation hypothalamique, notamment, avec la formule complète contenant un mélange de haute teneur en protéines solubles de lait, associée à la matière grasse laitière /colza/DHA et enrichie en vitamine D. / Malnutrition related to aging is often accompanied by many metabolic disorders, including the disruption of energy homeostasis (installation of insulin resistance), fragility, decreased muscle mass and immune response deficiency. Thus, the nutritional manipulation, during aging, is considered to be a solution to prevent these disorders or to treat and limit damages. Amongst the nutrients that have been widely studied, we find the quality of proteins (or amino acids), of lipids (n-3 PUFA) and micronutrients (vitamin D).The aim of this thesis is to determine the impact of undernutrition and assess the potential of the refeeding formulas containing a high content of soluble protein of milk, associated with milk fat enriched with omega3 polyunsaturated fatty acids (ALA precursor and DHA) and vitamin D, on the fatty acid (FA) of the plasma, red blood cells and brain and its consequences on markers of inflammatory status, the hepatic response to insulin, the expression of genes involved in the regulation of energy homeostasis as well as hypothalamic inflammation, in old rats previously submitted for food restrictionAs a first step, our results showed that the dietary restriction of three months, despite being only moderately ALA deficient, induced a drastic loss omega3 (ALA and derivatives LCn-3), whereas a weak increase of ARA derived from n-6 series is observed, leading to a rise of the pro-inflammatory state expressed as an increase in the ratio ARA/LCn-3.However, we have shown that the four-week-refeeding formulas containing a blend of dairy-fat, rapeseed and DHA associated with casein or milk soluble proteins, restored 1 / DHA values of the brain not previously restored by the refeeding control diet, 2 /increases the values of LCn-3 derivatives (EPA, DHA) to levels above those obtained with the control non-malnourished and refeeding diets. This increase was accompanied by a reduction in ARA values, leading to a drastic drop in plasma and red blood cells ratio ARA / EPA. These formulas show for the first time that they can induce a very significant reduction of inflammatory status compared to that usually seen in old rats and could therefore present a more general interest in prevention of ageing diseases associated or not to undernutrition.In a second step, our results showed that dietary restriction of three months resulted 1/increased expression of the insulin receptor in the hypothalamus, liver and adipose tissue, accompanied by an increase of the proinflammatory factor TNF in the hypothalamus. However, the four-weeks-refeeding produces 2/ a similar weight gain and maintains hepatic insulin sensitivity. Indeed, we showed, for the first time, that refeeding, with diets containing the blend of dairy-fat / rapeseed / DHA, would 3/ increase food intake and decrease the hypothalamic inflammation, especially with the full formula containing a mixture of high content of soluble milk proteins, associated with dairy-fat / rapeseed / DHA fortified with vitamin D.

L’optimisation du statut tissulaire en acides gras polyinsaturés à longues chaines n-3 (AGPILC n-3) fait partie des objectifs actuels en nutrition humaine. En effet, de nombreux effets bénéfiques sur la santé humaine ont été démontrés pour ces différents AGPILC n-3. Néanmoins, la bioconversion de ces dérivés à partir de leur précurseur alimentaire, l’acide α-linolénique, est limitée chez l’Homme et ne permet pas de subvenir aux besoins. Parmi cette famille d’acides, l’acide docosahexaénoïque (DHA) et de l’acide eicosapentaénoïque (EPA) ont été largement étudiés à l’inverse de ceux de l’acide docosapentaénoïque n-3 (DPA). Le premier objectif de ces travaux a été d’étudier l’impact d’une supplémentation nutritionnelle en DPA sur le métabolisme des acides gras et le métabolisme lipidique chez le rat sain. Pour cela, une méthode de purification du DPA à haute pureté et en grande quantité par chromatographie liquide a tout d’abord été mise en place. Ce résultat participe à faciliter la recherche future des effets in vivo du DPA dont la disponibilité commerciale est faible. Après sa supplémentation nutritionnelle, le DPA a été incorporé dans de multiples tissus et a impacté les compositions tissulaires en AGPILC n-3 de certains organes spécifiques comme le foie, le cœur, le poumon, la rate et le rein. Ainsi, la supplémentation en DPA pourrait être une source d’EPA, de DPA, et dans une moindre mesure de DHA. Enfin, comparé à une supplémentation en EPA ou en DHA, le DPA a été l’AGPILC n-3 le plus puissant pour améliorer la triglycéridémie et la cholestérolémie des animaux. Ces informations participeront certainement à une prise en compte plus importante du DPA tant dans les études nutritionnelles ainsi que dans l’installation des futures recommandations nutritionnelles. Le deuxième axe de recherche a porté sur la capacité d’une incorporation partielle de lipides laitiers dans le régime à augmenter le statut tissulaire en AGPI-LC n-3. L’incorporation de lipides laitiers a augmenté le statut en DHA cérébral et rétinien et le statut en DPA dans les autres tissus étudiés. De plus, l’induction de la conversion des AGPILC n-3 à partir de leur précurseur par les lipides laitiers a été complémentaire avec la supplémentation en DPA pour augmenter le statut tissulaire en AGPI-LC n-3. Ces résultats s’insèrent dans un contexte de nutrition infantile, période pendant laquelle l’incorporation des AGPI-LC n-3 est maximale dans les tissus nerveux. Ainsi, ces résultats apportent des données intéressantes tant pour les entreprises que pour les professionnels de santé pour recommander à la consommation des formules infantiles contenant des lipides laitiers. / The optimization of tissue status in n-3 long-chain polyunsaturated fatty acids (n-3 LCPUFA) is one of the current goals in human nutrition. Indeed, many beneficial effects on human health have been demonstrated for these different n-3 LCPUFA. However, the bioconversion of these derivatives from their food precursor, α-linolenic acid, is limited in humans and it does not meet the needs of the organism. Among this family of fatty acids, docosahexaenoic acid (DHA) and eicosapentaenoic acid (EPA) have been widely studied in contrast to those of n-3 docosapentaenoic acid (DPA). The first objective of this work was to study the impact of dietary supplementation with DPA on fatty acid metabolism and lipid metabolism in healthy rats. For this, a method for purifying DPA with high purity and in large quantities by liquid chromatography was first established. This result helps future research of the in vivo effects of DPA, poorly commercially available. After its nutritional supplementation, DPA was incorporated into multiple tissues and it has affected the n-3 LCPUFA tissue compositions of specific organs such as the liver, heart, lung, spleen and the kidney. Thus, supplementation with DPA could be a source of EPA, DPA, and to a lesser extent DHA. Finally, compared to supplementation with EPA or DHA, DPA was the most potent n-3 LCPUFA to improve triglyceridemia and cholesterolemia in animals. This information will certainly contribute to a greater consideration of DPA both in nutritional studies and in the direction of future nutritional recommendations. The second area of ​​research focused on the ability of a partial incorporation of dairy lipids in the diet to increase the tissue status in n-3 LCPUFA. Incorporation of dairy lipids in the diet increased DHA status in brain and retina and DPA status in the other studied tissues. In addition, the induction of conversion of n-3 LCPUFA from their precursor by dairy lipid was complementary with the DPA supplementation to increase n-3 LCPUFA status in tissues. These results fit into a context of infant nutrition, during which the incorporation of n-3 LCPUFA is maximal in nervous tissues. Thus, these results provide interesting data for both companies and health professionals to recommend infant formulas containing dairy lipids for consumption.

L’Analyse du Cycle de Vie (ACV) est une méthode d’évaluation multicritère des impacts environnementaux des biens et services. A ces débuts, l’ACV, dite Attributionnelle (ACVA), s’est attachée à analyser les impacts environnementaux dans des situations statiques pour la réalisation d’études comparatives, la communication environnementale et le développement de produits. De récents développements méthodologiques ont vu l’émergence de l’ACV Conséquentielle (ACVC) qui vise à quantifier les impacts directs et indirects de changements, via les mécanismes de marchés, permettant ainsi l’évaluation de politiques publiques. Cette thèse vise à proposer un cadre méthodologique pour l’évaluation d’instruments de politiques publiques dans le secteur de l’élevage laitier en combinant ACV et modèles économiquesElle s’articule autour de trois axes : i) identification et caractérisation des performances environnementale de technologies de production laitières par ACVA ; ii) adaptation du modèle économique MATSIM-LUCA pour les besoins de la thèse ; iii) évaluation par ACVC des impacts environnementaux de la suppression des quotas laitiers et de l’introduction d’une prime à l’herbe en Europe. Les travaux réalisés fournissent : i) une première proposition méthodologique pour l’évaluation d’instruments de politiques publiques par ACVC dans le secteur de l’élevage et ii) plusieurs pistes d’amélioration nécessaires pour rendre la méthode opérationnelle pour les décideurs publics. / Life Cycle Assessment (LCA) is a multicriteria method to assess environmental impacts of goods and services. In its early stages, LCA, known as Attributional (ALCA), was used to assess environmental impacts in a status-quo situation for benchmarking, environmental communication and product development. Recent methodological developments led to Consequential LCA (CLCA), which aims to quantify direct and indirect impacts of changes, through market mechanisms, allowing for public policy assessment. The aim of this Ph.D. thesis is to develop a methodological framework to assess public policy instruments in the livestock sector by combining LCA and economic modellingThis thesis is organized into three axes: i) identification and characterization of environmental performances of dairy production technologies through ALCA; ii) adaptation of MATSIM-LUCA economic model to the needs of the thesis; iii) environmental impact assessment through CLCA of dairy quota removal and implementation of a grass premium in the European Union. This work provides i) initial development of a methodological framework for assessing public policy instruments in the livestock sector and ii) identification of several improvements needed to make the method operational for stakeholders.