Xylella fastidiosa é o agente causal da doença clorose variegada dos citros (CVC), e afeta principalmente a variedade de laranja doce no Brasil. É encontrada no xilema de plantas infectadas obstruindo o fluxo normal de água e nutrientes para todas as partes da planta. Os principais sintomas da doença são o aparecimento de frutos pequenos com a casca enrijecida e clorose nas folhas. Além de infectar variedades de laranjas, a bactéria é encontrada associada a doenças em outras culturas economicamente importantes como videiras, pessegueiros, ameixeiras, amoreiras, cafezais e carvalhos. O seqüenciamento completo do genoma revelou a presença de uma grande quantidade de regiões associadas a bacteriófagos. Duas dessas regiões foram ecolhidas para serem avaliadas em isolados de populações naturais infectando citros, uva e café através de PCR e seqüenciamento dos produtos amplificados. Os primers desenhados com base no genoma seqüenciado amplificam bandas de 1,0; 1,2; 1,4 e 1,7 kb. Os resultados mostraram que todos os isolados analisados apresentam seqüências semelhantes aquelas encontradas em bacteriófagos. Além disso, existe variação quanto ao número de produtos amplificados e seqüências de nucleotídeos dentro de isolados de citros de hospedeiros de diferentes regiões e entre os isolados de citros, café e videira. Dentro dos isolados de citros de hospedeiros de diferentes regiões do estado de São Paulo e Paraná dois grupos foram formados (grupo A e B), que compreendem os isolados de 9a5c(X0), Cordeirópolis, Itápolis, Araraquara (Rep3), Matão (Rep11), Matão (Rep16), Paraná (11067), Paraná (11399), Paraná (11834), Novais e Curupá, Itapetininga, Olímpia, Araraquara (Rep1), Matão (Rep15), Colina (11038), Colina (11039). Na seqüência amplificada de 1,2 kb aparecem 15 alterações de bases polimórficas, sendo que não ocorrem alterações na demarcação das ORFs nessa região e as proteínas traduzidas a partir dessa nova seqüência apresentam cerca de 92% de identidade. A seqüência amplificada de 1,4 kb entretanto, apresenta alterações significativas na composição de bases na região central do fragmento. Nessa região são encontradas seqüências cujo BLASTX encontra similaridade com ORFs localizadas em outras regiões de profago do genoma do clone de Xylella seqüenciado. Esses resultados indicam que existe variação significativa nas regiões associadas a bacteriófagos no genoma de isolados de diferentes hospedeiros de Xylella e que essas regiões devem estar associadas a rearranjos do genoma. / Xylella fastidiosa is the causal agent of the disease named "variegated clorosis of citrus", which mainly affects sweet orange varieties of Brazil. It is found infecting the xylem of plants, obstructing water and nutrient fluxes throughout the plant. The major symptoms of the disease are small fruit size, hardened rind and leaf chlorosis. Besides infecting orange plants, the bacterium is found associated with diseases in other economically important crops, such as grapes, coffee, peaches, plum, oak. The fuIl sequencing of the genome of X fastidiosa disclosed the presence of many regions associated with bacteriophages. Two of these regions were chosen to be evaluated in isolates of natural populations infecting citrus, grape and coffee through PCR and sequencing of the amplified products. Use of primers designed from the genome sequence results in amplified bands of 1.0; 1.2; 1.4 and 1.7 kb. The resuIts show that alI the analyzed isolates present sequences similar to those found in bacteriophages. However, there is variation as to the number of amplified products and nucleotide sequences among the citrus isolates obtained from different regions and among the isolates from citrus, coffee and grapes. The citrus isolates from hosts from different regions of the state of São Paulo were distributed into two groups (group A e B): 9a5c(XO), Cordeirópolis, Itápolis, Araraquara(Rep3), Matão(Rep11), Cordeirópolis, Itápolis, Araraquara(Rep3), Matão(Rep 11), Matão(Rep 16) Paraná(11067), Paraná(11399), Paraná(11834), Novais and Curupá, Itapetininga, Olímpia, Araraquara(Rep1), Matão(Rep15), Colina(11038), Colina(11039). In the 1.2 Kb amplified sequence there are 15 polymorphic bases, but these differences do not change the boundaries of the ORFs in this region and the translated proteins from these new regions present an identity of 92%. However, the 1.4 kb amplified sequence presents significant alterations in the composition of bases in the central region of the fragment. In this region, sequences were found with a similarity (BLASTX) to ORFs located in other regions of the sequenced genome of Xylella. These results indicate that there are significant variations in regions associated with bacteriophages in the genome of isolates from different hosts of Xylella and that these regions may be associated with rearrangements of the genome.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T14:57:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 287684 bytes, checksum: c5eb42af7676e85b16363c3edd753449 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T14:57:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 287684 bytes, checksum: c5eb42af7676e85b16363c3edd753449 (MD5) Previous issue date: 2004-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A transformação genética está se tornando, cada vez mais, uma ferramenta importante em programas de melhoramento genético de diversas espécies, sendo uma alternativa para a incorporação de gene(s) exógeno(s) no genoma da planta, modificando características de interesse. Para citros, essa ferramenta permite romper barreiras naturais dessa espécie, visto que o desenvolvimento de novas variedades pelo melhoramento convencional possui uma série de limitações impostas pela sua biologia reprodutiva. Entretanto, os protocolos de transformação genética requerem, primariamente, o estabelecimento de um eficiente sistema de morfogênese in vitro para que o sucesso do método de transformação seja alcançado. Portanto, o objetivo deste trabalho foi o estabelecimento das melhores condições de cultivo in vitro para a organogênese e a posterior adequação de uma metodologia eficiente de transformação genética para a variedade de laranja-doce [Citrus sinensis (L.) Osb.] ‘Pêra’. Na avaliação das melhores condições da organogênese in vitro, segmentos de epicótilos foram introduzidos em meio de cultura MT contendo diferentes concentrações de BAP. A concentração de 1,0 mg L -1 de BAP utilizada na fase de indução de brotações assegurou as melhores freqüências de organogênese. Foram também estudados fatores que possam influenciar o processo de transformação genética de citros via Agrobacterium tumefaciens, utilizando epicótilos de laranja ‘Pêra’ como fonte de explante. Os fatores testados foram: tempo de inoculação com Agrobacterium, o período de co-cultivo e a presença de auxina no meio de pré-cultivo. O protocolo otimizado para a transformação genética de laranja ‘Pêra’ foi a imersão do explante em uma solução contendo Agrobacterium, por um tempo de 5 minutos, seguido de um período de co-cultivo de 2 dias em meio de cultura contendo 100 μM de acetoseringona e transferidos para o meio de seleção, constituído do meio MT e ainda de 75 mg L -1 de canamicina, 500 mg L -1 de Timetin ® e 1 mg L -1 de BAP. / Genetic transformation is a technique whose importance is increasing as an important tool for breeding programs of several species, being a reliable alternative for introducing characteristics of interest. For citrus, this tool helps to overcome natural reproductive barriers, the obtention of new cultivars by conventional breeding methods has several constraints, mainly linked to its reproductive biology. However, genetic transformation protocols demand, primarily, the establishment of efficient regeneration systems, in order to guarantee the success of transformation method. The objective of the present work was to establish promotive conditions for a reliable in vitro regeneration system from epicotyl explants, and further adequate an efficient and reproducinle transformation methodology for a sweet orange variety [Citrus sinensis L. (Osb.) ‘Pêra’]. For organogenesis, epicotyl explants were cultured onto a MT medium containing different BAP concentrations. For induction phase, 1.0 mg L -1 BAP enabled higher regeneration frequencies of adventitious shoots. Also, factors affecting Agrobacterium-mediated transformation efficiency were tested, as follows: incubation period with bacteria, co-culture period, and the presence of auxin in the pre-culture step. The following conditions generated and optimized protocol for ‘Pêra’ transformation: immersion for 5 minutes of the explants in a diluted Agrobacterium suspension; a 2-days co-culture period in a 100 μM acetoseryngone-supplemented medium; transfer for a selective regeneration MT-based medium, supplemented with 1.0 mg L -1 BAP, 75 mg L -1 kanamycin, and 500 mg L -1 Timentin ® .

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-10T20:45:14Z No. of bitstreams: 1 Tese- Tatiana da Costa Jansen.pdf: 9287267 bytes, checksum: 5acef6d7e086380870298a29736c4242 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T14:22:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Tatiana da Costa Jansen.pdf: 9287267 bytes, checksum: 5acef6d7e086380870298a29736c4242 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T14:27:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Tatiana da Costa Jansen.pdf: 9287267 bytes, checksum: 5acef6d7e086380870298a29736c4242 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-13T14:27:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese- Tatiana da Costa Jansen.pdf: 9287267 bytes, checksum: 5acef6d7e086380870298a29736c4242 (MD5) Previous issue date: 2008-09-08 / SUFRAMA - Superintendência da Zona Franca de Manaus / The Chlorosis Variegad of Citrus (CVC) popularly known as small yealow is a disease that is attacking the Brazilian orchards since 1987, with the causal agent the bacterium Xylella fastidiosa that colonizes the xilematic vessels mainly of sweet oranges (Citrus sinensis). In the states of São Paulo and Minas Gerais the disease has great impact especially in the north, northeastern state of Sao Paulo and Minas Gerais triangle, regions of warm climate where the bacteria presents major conditions for growth in xilematic vessels. There were isolated strains of X. fastidiosa of thirteen municipalities between Sao Paulo and Minas Gerais. The strains of X. fastidiosa in seedlings were inoculated in a greenhouse where there are differences in symptoms of plants and bacterial virulence. Among those inoculated strains of the municipalities Neves Paulista, Matão, Jeriquara and had greater frequency of symptoms, since the municipality Capela do Alto, southern state of São Paulo had the lowest frequency of symptoms. The CVC has been detected in several Brazilian states, but no reports of the occurrence of CVC had been done to the state of Amazonas, where the cultivation of citrus is being commercially exploited by at least three decades. An evaluation sample was held in Manaus, President Figueiredo, Itacoatiara, Balbina and Rio Preto da Eva, in the period August to December 2003, March to December 2004 and 2005 and January to March 2006. Were observed symptoms of CVC in sheets, as chlorotic spots arranged in front of leaves and straw color injuries in the back. Collected up 10 leafs of each plant for the isolation of the bacterium, extracting DNA and PCR specific for the identification and confirmation of the occurrence of the pathogen. According to the results presented were unable to detect the occurrence of CVC of citrus orchards in the state of Amazonas. / A Clorose Variegada do Citros (CVC) popularmente conhecida como amarelinho é uma doença que vem atacando os pomares brasileiros desde 1987, tendo como agente causal a bactéria Xylella fastidiosa que coloniza os vasos xilemáticos principalmente das laranjas doces (Citros sinensis). A doença apresenta grande incidência principalmente nas regiões norte, nordeste do estado de São Paulo e triangulo mineiro, regiões de clima quente onde a bactéria apresenta maiores condições de crescimento nos vasos xilemáticos. Foram isoladas cepas de X. fastidiosa de treze municípios entre São Paulo e Minas Gerais. As cepas de X. fastidiosa foram inoculadas em seedlings em casa de vegetação onde verificou-se diferenças na sintomatologia das plantas e na virulência bacteriana. Dentre as cepas inoculadas as dos municípios de Neves Paulista, Matão e Jeriquara apresentaram maior freqüência de sintomas, já o município de Capela do alto, sul do estado de São Paulo apresentou a menor. A CVC já foi detectada em vários estados brasileiros, mas nenhum relato da ocorrência da CVC havia sido feito para o estado do Amazonas, onde a cultura do citros vem sendo explorada comercialmente por pelo menos três décadas. Uma avaliação amostral foi realizada em Manaus, Presidente Figueiredo, Itacoatiara e Rio Preto da Eva, no período de agosto a dezembro de 2003, março a dezembro de 2004 e 2005 e janeiro a março de 2006. Foram observados sintomas de CVC em folhas, como, manchas cloróticas dispostas na parte anterior das folhas e lesões cor palha na parte posterior. Coletaram-se 10 folhas de cada planta para o isolamento da bactéria, extração de DNA e PCR específico, para a identificação e confirmação da ocorrência do patógeno. Foram encontrados sintomas de CVC em várias localidades do estado do Amazonas, Manaus, Presidente Figueiredo e Rio Preto da Eva, as amostram sintomáticas foram confirmadas por PCR e através do isolamento da bactéria X. fastidiosa. De acordo com os resultados apresentados foi possível detectarmos a ocorrência de CVC nos pomares de citros do estado do Amazonas.

O cancro cítrico, causado por Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é um dos mais graves problemas fitossanitário da citricultura brasileira. Com a introdução da lagarta minadora dos citros (Phyllocnistis citrella [LMC]), houve um aumento drástico do número de focos do cancro cítrico, além da mudança do padrão espacial de fortemente agregado para moderadamente agregado e ao acaso. Foram avaliados: (1) suscetibilidade de três condições foliares: folha intacta, ferimento mecânico e injúria de LMC nas fases ovo, 1º ínstar, 3º ínstar e pupa, inoculados em diferentes concentrações de Xac (101, 102, 104 e 106 ufc/ml); (2) período de suscetibilidade da folha intacta, do ferimento mecânico e injúria de LMC inoculados a 106 ufc/ml; e (3) efeito da temperatura (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 e 42°C) e duração do molhamento foliar (0, 4, 8, 12, 16, 20 e 24 h) em folhas sem ferimento inoculadas a 106 ufc/ml. A concentração mínima de inóculo para causar sintomas da doença em folha intacta, injúria de LMC fase ovo e 1º ínstar foi de 104 ufc/ml; em ferimento mecânico e injúria de LMC fase 3º ínstar e pupa, 102 ufc/ml. Injúria da fase pupa resultou em grande severidade do que nos demais tratamentos a 106 ufc/ml (2 vezes maior do que em folha intacta).O período de suscetibilidade da injúria de LMC foi seis vezes mais longo do que do ferimento mecânico e a máxima suscetibilidade foi três vezes maior que em folha intacta. A LMC está relacionada com o aumento do dano que expõem mesofilo foliar à infecção direta de Xac, aumentando a suscetibilidade da folha por longo período. A faixa de temperatura ótima para o desenvolvimento do cancro cítrico foi de 25-35ºC. Entretanto, a severidade foi mais alta entre 30-35ºC. Sintomas de cancro não desenvolveram a 42ºC e na ausência de molhamento foliar. O efeito da temperatura foi maior do que a duração do molhamento foliar. A mínima duração de molhamento para infecção de Xac foi menor que 4 horas. / Asiatic citrus canker, caused by X. axonopodispv.citri (Xac), is one of the most serious phytosanitary problems in Brazilian citrus crops.The introduction of the citrus leafminer (Phyllocnistis citrella [CLM]), has resulted in an increase in the number of disease foci and has changed the spatial pattern of citrus canker symptomatic trees from strong aggregation to intermediate aggregation and random patterns. We evaluated: (1) susceptibility of three distinct leaf condition: intact leaves, mechanical wounding, and injury caused by CLM at the egg stage, 1st instar, 3rd instar, and pupal stage, inoculated at different concentration of Xac (101, 102, 104, and 106 cfu/ml); (2) susceptibility period of intact leaves, mechanical wounding, and CLM injury inoculated at 106 ufc/ml; and (3) effect of temperature (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 and 42°C) and leaf wetness durations (0, 4, 8, 12, 16, 20, and 24 h) on unwounded leaves inoculated at 106 ufc/ml. The minimum inoculum concentration to cause symptom development in intact leaves, CLM injury at the egg stage and 1st instar was 104 cfu/ml; in mechanically wounded leaves and CLM injuries at the 3rd instar and pupa stage, 102 cfu/ml. The injuries from pupa stage resulted in greater disease severity than other treatments at 106 cfu/ml (two times higher than in the intact leaf). Susceptibility period of CLM injury was six time longer than mechanical wounding and maximum observed susceptibility was three times higher than intact leaf. CLM is related to the amount of damage that exposes mesophyll cells to direct Xac infection, increasing the susceptibility of leaf for long period. Optimal temperature for development of citrus canker was 25-35°C. However, disease severity was highest in the range 30-35°C. Symptoms did not develop at 42°C and zero hour of leaf wetness duration. Effect of temperature was .greater than leaf wetness duration. The minimum wetness duration for Xac infection was as short as 4 h.

Citrus tristeza virus (CTV) ocorre em quase todas as áreas produtoras de citros do mundo. O controle da doença se baseia, principalmente, no uso de porta-enxertos tolerantes e na premunização das copas. A obtenção de copas de laranjas doces ou de porta-enxerto de laranja azeda transgênicos resistentes ao CTV permitiria retornar a um uso mais intensivo deste excelente porta-enxerto. Com isso, esse trabalho buscou avaliar linhagens transgênicas de laranja doce (Citrus sinensis) e obter plantas transgênicas de laranja azeda (Citrus aurantium) para a resistência ao CTV, a fim de oferecer uma outra alternativa para o controle desta doença em citros. Foram avaliadas plantas transgênicas de laranja doce cv. Valência e cv. Hamlin contendo três diferentes construções gênicas. Uma contendo uma sequência sense (684 pb) do gene da capa protéica do CTV (pCTV-CP), outra contendo uma sequência conservada (559 pb) do CTV (pCTV-SC) e uma do tipo hairpin, contendo sequências sense e antisense do gene da capa protéica separadas por um íntron (pCTV-dsCP). Dez linhagens transgênicas de cada construção gênica e de cada cultivar foram previamente confirmadas por análises de Southern blot e RT-PCR, totalizando 60 linhagens transgênicas. Tais linhagens foram clonadas e enxertadas sobre limão Cravo (C. limonia) e laranja azeda (C. aurantium), totalizando 360 plantas. Essas plantas, juntamente com plantas não transgênicas utilizadas como controle, foram inoculadas com o CTV por meio de Toxoptera citricida virulífero. As técnicas de ELISA indireto utilizando anticorpo monoclonal contra a capa protéica do CTV ou de Real-time PCR utilizando primers amplificadores dos genes p20 e p23 do genoma do CTV foram utilizadas para detectar o vírus nas plantas avaliadas, 4 semanas após as inoculações. Ocorreu variação na resistência ao vírus nas diferentes construções transgênicas utilizadas e entre clones de uma mesma planta. Alguns clones não foram infectados com o vírus mesmo após a quarta inoculação, indicando uma possível resistência ao patógeno. Um total de 30 experimentos de transformação genética de laranja azeda foram realizados, utilizando como explantes segmentos internodal, de epicótilo e de cotilédone associado ao hipocótilo. O teste de GUS permitiu a identificação de duas gemas com reação positiva (0,13% de eficiência de transformação). Tais gemas foram enxertadas in vitro sobre citrange Carrizo, mas apenas uma gema se desenvolveu. A planta obtida foi aclimatizada em casa-de-vegetação. / Citrus tristeza virus (CTV) occurs in almost all citrus-growing areas of the world. Control of citrus tristeza relies mainly on the use of tolerant rootstocks and scion cross protection. Obtaining transgenic sweet oranges cultivars or sour orange resistant to CTV would allow a better use of this excellent rootstock. This way, the aim of this work was to evaluate transgenic sweet orange (Citrus sinensis) lines and to obtain transgenic sour orange (Citrus aurantium) for the resistance to CTV, in order to offer another alternative for the control of the disease in citrus. Transgenic sweet orange cv. Valencia and cv. Hamlin containing three different genetic constructs were evaluated. One gene construct contains a sense sequence (684 pb) of the coat protein gene of CTV (pCTV-CP), another contains a conserved sequence (559 pb) of CTV (pCTV-SC), and the last one a hairpin type, containing the sense and antisense sequences of the coat protein gene separated by an intron (pCTV-dsCP). Ten transgenic lines of each gene construct and each cultivar were previously confirmed by Southern blot and RT-PCR analysis, totalizing 60 transgenic lines. These lines were cloned and grafted into C. limonia and into C. aurantium, totaling 360 plants. The plants, along with non-transgenic plants used as control, were challenged four times with the CTV by means of viruliferous Toxoptera citricida. Indirect ELISA using monoclonal antibody against the CTV coat protein or the Real-time PCR using primers to amplify the CTV genes p20 and p23 were used to detect the virus in the tested plants, 4 weeks after inoculation. Variation in the virus resistance was observed among different transgenic constructs and different clones of the same plant. Some clones were not infected with the virus even after the fourth inoculation, indicating a possible resistance to the pathogen. A total of 30 genetic transformation experiments of sour orange were performed, using as explants internodal segments, epicotyl segments and cotyledon fragment with hypocotyl attached. GUS reaction detected two shoots positive (transformation efficiency of 0,13%). These shoots were in vitro grafted in Carrizo citrange, but only one shoot developed. The plant obtained was acclimatized in greenhouse.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-05Bitstream added on 2014-06-13T19:36:06Z : No. of bitstreams: 1 pereira_kf_me_rcla.pdf: 2192755 bytes, checksum: afecb54ea2addadfa6b99abc6dcb9026 (MD5) / A bacia hidrográfica da Represa Laranja Doce (Martinópolis – SP), área de estudo desta pesquisa, é caracterizada pela apropriação da paisagem pelo turismo e por modificações nas paisagens preexistentes, em virtude da atual expansão da cana-de-açúcar e de recorrentes pressões antrópicas. Neste contexto, com base na proposta metodológica de Mateo Rodriguez, Silva e Cavalcanti (2004), o objetivo desta pesquisa foi realizar o zoneamento geoambiental desta bacia, por meio da elaboração da Carta de Unidades Geoambientais e da definição de seu Estado Geoecológico, na escala de 1:50.000. Este tipo de Zoneamento objetiva fornecer subsídios para o planejamento ambiental, através de uma interpretação sistêmica do meio. Através desta proposta, a bacia foi dividida em diversas unidades e para cada uma delas estabeleceu-se seu estado geoecológico, fundamentado na relação entre a capacidade de uso potencial e a função sócio-econômica atual. Deste modo, através da realização do Zoneamento Geoambiental, foi possível constatar as áreas de maior fragilidade ambiental, sendo, assim, um instrumento que auxilie no planejamento ambiental e urbano, principalmente em ambientes de certa susceptibilidade à erosão, os quais apresentam grande complexidade em razão de suas características naturais / Laranja Doce Dam Basin (Martinópolis - SP), the study area of this research is characterized by the appropriation of the landscape for tourism and for changes in existing landscapes, due to the current expansion of sugar cane and recurring human pressures . In this context, based on the proposal of methodological Mateo Rodriguez, Cavalcanti and Silva (2004), the objective of this research was to perform zoning geoenvironmental this basin, through the drafting of the Charter of Geoenvironmental Units and the definition of their state Geoecológico in scale of 1:50.000. This type of zoning aims to provide support for environmental planning, through a systemic interpretation of the medium. Through this proposal, the basin was divided into several units and each settled their state geoecológico, based on the relationship between usability and the potential socioeconomic function today. Thus, by conducting the Zoning Geoenvironmental, we determined the areas of greatest environmental fragility, and thus a tool to assist in environmental and urban planning, especially in environments given susceptibility to erosion, which present great complexity due natural features

Orientador: Archimedes Perez Filho / Banca: Antônio Cezar Leal / Banca: Salvador Carpi Junior / Resumo: A bacia hidrográfica da Represa Laranja Doce (Martinópolis - SP), área de estudo desta pesquisa, é caracterizada pela apropriação da paisagem pelo turismo e por modificações nas paisagens preexistentes, em virtude da atual expansão da cana-de-açúcar e de recorrentes pressões antrópicas. Neste contexto, com base na proposta metodológica de Mateo Rodriguez, Silva e Cavalcanti (2004), o objetivo desta pesquisa foi realizar o zoneamento geoambiental desta bacia, por meio da elaboração da Carta de Unidades Geoambientais e da definição de seu Estado Geoecológico, na escala de 1:50.000. Este tipo de Zoneamento objetiva fornecer subsídios para o planejamento ambiental, através de uma interpretação sistêmica do meio. Através desta proposta, a bacia foi dividida em diversas unidades e para cada uma delas estabeleceu-se seu estado geoecológico, fundamentado na relação entre a capacidade de uso potencial e a função sócio-econômica atual. Deste modo, através da realização do Zoneamento Geoambiental, foi possível constatar as áreas de maior fragilidade ambiental, sendo, assim, um instrumento que auxilie no planejamento ambiental e urbano, principalmente em ambientes de certa susceptibilidade à erosão, os quais apresentam grande complexidade em razão de suas características naturais / Abstract: Laranja Doce Dam Basin (Martinópolis - SP), the study area of this research is characterized by the appropriation of the landscape for tourism and for changes in existing landscapes, due to the current expansion of sugar cane and recurring human pressures . In this context, based on the proposal of methodological Mateo Rodriguez, Cavalcanti and Silva (2004), the objective of this research was to perform zoning geoenvironmental this basin, through the drafting of the Charter of Geoenvironmental Units and the definition of their state Geoecológico in scale of 1:50.000. This type of zoning aims to provide support for environmental planning, through a systemic interpretation of the medium. Through this proposal, the basin was divided into several units and each settled their state geoecológico, based on the relationship between usability and the potential socioeconomic function today. Thus, by conducting the Zoning Geoenvironmental, we determined the areas of greatest environmental fragility, and thus a tool to assist in environmental and urban planning, especially in environments given susceptibility to erosion, which present great complexity due natural features / Mestre

O cancro cítrico, causado por Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é um dos mais graves problemas fitossanitário da citricultura brasileira. Com a introdução da lagarta minadora dos citros (Phyllocnistis citrella [LMC]), houve um aumento drástico do número de focos do cancro cítrico, além da mudança do padrão espacial de fortemente agregado para moderadamente agregado e ao acaso. Foram avaliados: (1) suscetibilidade de três condições foliares: folha intacta, ferimento mecânico e injúria de LMC nas fases ovo, 1º ínstar, 3º ínstar e pupa, inoculados em diferentes concentrações de Xac (101, 102, 104 e 106 ufc/ml); (2) período de suscetibilidade da folha intacta, do ferimento mecânico e injúria de LMC inoculados a 106 ufc/ml; e (3) efeito da temperatura (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 e 42°C) e duração do molhamento foliar (0, 4, 8, 12, 16, 20 e 24 h) em folhas sem ferimento inoculadas a 106 ufc/ml. A concentração mínima de inóculo para causar sintomas da doença em folha intacta, injúria de LMC fase ovo e 1º ínstar foi de 104 ufc/ml; em ferimento mecânico e injúria de LMC fase 3º ínstar e pupa, 102 ufc/ml. Injúria da fase pupa resultou em grande severidade do que nos demais tratamentos a 106 ufc/ml (2 vezes maior do que em folha intacta).O período de suscetibilidade da injúria de LMC foi seis vezes mais longo do que do ferimento mecânico e a máxima suscetibilidade foi três vezes maior que em folha intacta. A LMC está relacionada com o aumento do dano que expõem mesofilo foliar à infecção direta de Xac, aumentando a suscetibilidade da folha por longo período. A faixa de temperatura ótima para o desenvolvimento do cancro cítrico foi de 25-35ºC. Entretanto, a severidade foi mais alta entre 30-35ºC. Sintomas de cancro não desenvolveram a 42ºC e na ausência de molhamento foliar. O efeito da temperatura foi maior do que a duração do molhamento foliar. A mínima duração de molhamento para infecção de Xac foi menor que 4 horas. / Asiatic citrus canker, caused by X. axonopodispv.citri (Xac), is one of the most serious phytosanitary problems in Brazilian citrus crops.The introduction of the citrus leafminer (Phyllocnistis citrella [CLM]), has resulted in an increase in the number of disease foci and has changed the spatial pattern of citrus canker symptomatic trees from strong aggregation to intermediate aggregation and random patterns. We evaluated: (1) susceptibility of three distinct leaf condition: intact leaves, mechanical wounding, and injury caused by CLM at the egg stage, 1st instar, 3rd instar, and pupal stage, inoculated at different concentration of Xac (101, 102, 104, and 106 cfu/ml); (2) susceptibility period of intact leaves, mechanical wounding, and CLM injury inoculated at 106 ufc/ml; and (3) effect of temperature (12, 15, 20, 25, 30, 35, 40 and 42°C) and leaf wetness durations (0, 4, 8, 12, 16, 20, and 24 h) on unwounded leaves inoculated at 106 ufc/ml. The minimum inoculum concentration to cause symptom development in intact leaves, CLM injury at the egg stage and 1st instar was 104 cfu/ml; in mechanically wounded leaves and CLM injuries at the 3rd instar and pupa stage, 102 cfu/ml. The injuries from pupa stage resulted in greater disease severity than other treatments at 106 cfu/ml (two times higher than in the intact leaf). Susceptibility period of CLM injury was six time longer than mechanical wounding and maximum observed susceptibility was three times higher than intact leaf. CLM is related to the amount of damage that exposes mesophyll cells to direct Xac infection, increasing the susceptibility of leaf for long period. Optimal temperature for development of citrus canker was 25–35°C. However, disease severity was highest in the range 30–35°C. Symptoms did not develop at 42°C and zero hour of leaf wetness duration. Effect of temperature was .greater than leaf wetness duration. The minimum wetness duration for Xac infection was as short as 4 h.

Citrus tristeza virus (CTV) ocorre em quase todas as áreas produtoras de citros do mundo. O controle da doença se baseia, principalmente, no uso de porta-enxertos tolerantes e na premunização das copas. A obtenção de copas de laranjas doces ou de porta-enxerto de laranja azeda transgênicos resistentes ao CTV permitiria retornar a um uso mais intensivo deste excelente porta-enxerto. Com isso, esse trabalho buscou avaliar linhagens transgênicas de laranja doce (Citrus sinensis) e obter plantas transgênicas de laranja azeda (Citrus aurantium) para a resistência ao CTV, a fim de oferecer uma outra alternativa para o controle desta doença em citros. Foram avaliadas plantas transgênicas de laranja doce cv. Valência e cv. Hamlin contendo três diferentes construções gênicas. Uma contendo uma sequência sense (684 pb) do gene da capa protéica do CTV (pCTV-CP), outra contendo uma sequência conservada (559 pb) do CTV (pCTV-SC) e uma do tipo hairpin, contendo sequências sense e antisense do gene da capa protéica separadas por um íntron (pCTV-dsCP). Dez linhagens transgênicas de cada construção gênica e de cada cultivar foram previamente confirmadas por análises de Southern blot e RT-PCR, totalizando 60 linhagens transgênicas. Tais linhagens foram clonadas e enxertadas sobre limão Cravo (C. limonia) e laranja azeda (C. aurantium), totalizando 360 plantas. Essas plantas, juntamente com plantas não transgênicas utilizadas como controle, foram inoculadas com o CTV por meio de Toxoptera citricida virulífero. As técnicas de ELISA indireto utilizando anticorpo monoclonal contra a capa protéica do CTV ou de Real-time PCR utilizando primers amplificadores dos genes p20 e p23 do genoma do CTV foram utilizadas para detectar o vírus nas plantas avaliadas, 4 semanas após as inoculações. Ocorreu variação na resistência ao vírus nas diferentes construções transgênicas utilizadas e entre clones de uma mesma planta. Alguns clones não foram infectados com o vírus mesmo após a quarta inoculação, indicando uma possível resistência ao patógeno. Um total de 30 experimentos de transformação genética de laranja azeda foram realizados, utilizando como explantes segmentos internodal, de epicótilo e de cotilédone associado ao hipocótilo. O teste de GUS permitiu a identificação de duas gemas com reação positiva (0,13% de eficiência de transformação). Tais gemas foram enxertadas in vitro sobre citrange Carrizo, mas apenas uma gema se desenvolveu. A planta obtida foi aclimatizada em casa-de-vegetação. / Citrus tristeza virus (CTV) occurs in almost all citrus-growing areas of the world. Control of citrus tristeza relies mainly on the use of tolerant rootstocks and scion cross protection. Obtaining transgenic sweet oranges cultivars or sour orange resistant to CTV would allow a better use of this excellent rootstock. This way, the aim of this work was to evaluate transgenic sweet orange (Citrus sinensis) lines and to obtain transgenic sour orange (Citrus aurantium) for the resistance to CTV, in order to offer another alternative for the control of the disease in citrus. Transgenic sweet orange cv. Valencia and cv. Hamlin containing three different genetic constructs were evaluated. One gene construct contains a sense sequence (684 pb) of the coat protein gene of CTV (pCTV-CP), another contains a conserved sequence (559 pb) of CTV (pCTV-SC), and the last one a hairpin type, containing the sense and antisense sequences of the coat protein gene separated by an intron (pCTV-dsCP). Ten transgenic lines of each gene construct and each cultivar were previously confirmed by Southern blot and RT-PCR analysis, totalizing 60 transgenic lines. These lines were cloned and grafted into C. limonia and into C. aurantium, totaling 360 plants. The plants, along with non-transgenic plants used as control, were challenged four times with the CTV by means of viruliferous Toxoptera citricida. Indirect ELISA using monoclonal antibody against the CTV coat protein or the Real-time PCR using primers to amplify the CTV genes p20 and p23 were used to detect the virus in the tested plants, 4 weeks after inoculation. Variation in the virus resistance was observed among different transgenic constructs and different clones of the same plant. Some clones were not infected with the virus even after the fourth inoculation, indicating a possible resistance to the pathogen. A total of 30 genetic transformation experiments of sour orange were performed, using as explants internodal segments, epicotyl segments and cotyledon fragment with hypocotyl attached. GUS reaction detected two shoots positive (transformation efficiency of 0,13%). These shoots were in vitro grafted in Carrizo citrange, but only one shoot developed. The plant obtained was acclimatized in greenhouse.

Submitted by Michele Mologni (mologni@unoeste.br) on 2017-06-23T19:31:58Z No. of bitstreams: 1 Luciana Machado Guaberto.pdf: 1335752 bytes, checksum: aa6bb850bf2257d472ca5dbfd2512a5a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-23T19:31:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luciana Machado Guaberto.pdf: 1335752 bytes, checksum: aa6bb850bf2257d472ca5dbfd2512a5a (MD5) Previous issue date: 2016-12-16 / The DOF family proteins (DNA binding with One Finger) comprises unique plant transcription factors (FTs) characterized by the presence of a DNA binding domain Dof containing a similar structure to the "zinc-finger" domain. These transcription factors are involved in different roles in various biological processes in plants. Although the analysis and genomic characterization of this gene family was performed in many plant species, information on Dof genes in sweet orange (Citrus sinensis (L.) Osbeck) and their involvement in the development of the fruits is still limited. For the full identification of CsDof genes in C. sinensis, including the structures of genes, chromosomal locations, introns and phylogeny, the examination of three databases resulted in the identification of 24 genes of this FT family distributed on 7 out of 9 chromosomes of this species. Phylogenetic analysis and classification of Dof transcription factors in C. sinensis was compared with their orthologs of Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) and rice (Oryza sativa L.), which allowed their classification in four major groups (A, B, C and D) and 9 subgroups (a, B1, B2, C1, C2.1, C2.2, C3, D1, D2) of DOF proteins. For gene expression analysis, the 12 Dof genes with higher abundance of transcripts in fruits based on public RNA-seq data were selected for further analysis by semi-quantitative RT-PCR. This analysis revealed the CsDof genes were differentially expressed at different stages of development (up to 90 days after anthesis). It was also possible to establish three groups regarding their transcriptional activity relative to that in leaf tissue: genes with high (up to 8X), intermediate (up to 3X) and low relative expression (below 3 X). The gene CsDof1 showed higher expression in all of the fruit development stages, indicating that this isoform plays an important role in regulating the development of the fruits of C. sinensis. Taken together, our results provide new information about the regulation of Dof genes in controlling the formation of fruits of this important fruit species. / A família de proteínas Dof (DNA binding with One Finger) compreende fatores de transcrição (FT) exclusivos de plantas, caracterizados pela presença do domínio Dof de ligação ao DNA Estes fatores de transcrição estão envolvidos em diversos processos biológicos em plantas. Embora a análise e caracterização genômica de genes desta família tenha sido realizada em muitas espécies, informações sobre genes Dof em Citrus sinensis (L.) Osbeck (laranja doce) e o seu envolvimento no desenvolvimento do fruto é limitado. Para a identificação completa dos genes CsDof em C. sinensis, incluindo as estruturas dos genes (Exons - Íntrons), localizações cromossômicas e filogenia, três bancos de dados foram analisados. Como resultado desta busca 24 genes desta família de FTs distribuídos em 7 dos 9 cromossomos desta espécie. A análise filogenética e classificação dos fatores de transcrição Dof em C. sinensis foi realizada com a inclusão dos seus ortólogos de Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) e arroz (Oryza sativa L.), sendo possível estabelecer quatro grupos principais (A, B, C e D) e 9 subgrupos (A, B1, B2, C1, C2.1, C2.2, C3, D1 e D2) de proteínas Dof. Foram selecionados 12 genes putativamente mais expressos em frutos de acordo com dados públicos de RNA-seq para a análise da expressão gênica por RT-PCR. Estes genes foram diferencialmente expressos durante as fases iniciais do desenvolvimento do fruto, sendo possível estabelecer três grupos: genes com alta expressão (acima de 8 X), expressão intermediária (acima de 3 X) e baixa expressão relativa (abaixo de 3 X) em relação à atividade transcricional em folhas. O gene CsDof1 se destacou como o gene com a maior expressão, sendo que esta manteve-se elevada em todos os estádios de desenvolvimento do fruto, evidenciando que esta isoforma desempenha um importante papel na regulação do desenvolvimento de frutos de C. sinensis. Considerados em conjunto, os nossos resultados fornecem novas informações sobre os genes CsDof na complexa rede regulatória envolvida no desenvolvimento dos frutos de laranja doce.