There is a well-known connection between the structure and dynamics that is present in molecular and colloidal systems. Using this connection as a guide we are able to design interparticle potentials that optimizes the diffusivity of a single particle. While structure-dynamic correlations provide the insight that diffusion could be enhanced, the effect of this enhancement on the dynamics of neighboring particles is more difficult to quantify. A novel method for calculating position-dependent dynamics is introduced that can be easily implemented into existing simulation protocols. The computational requirements are very low compared to existing methods and this technique can also be applied to a wide variety of systems, including experiments where particle trajectories can be determined. Using this method, the position-dependent diffusivity of solvent particles in the vicinity of a tracer particle can be measured. This information allows for determination of the microscopic changes that take place as a result of the optimization discussed above. To study the effect of a non-continuum solvent, we design a system that eliminates inhomogeneous structuring near an interface. Hydrodynamic theory can predict the position-dependent diffusivity of a sphere in continuum solvent. Comparing these systems not only highlights the difference in position-dependent dynamics for continuum and non-continuum solvents, but is a starting point to study what happens to dynamics when structure is reintroduced. This allows us to answer many other questions about the relationships between structure and dynamics. While these connections have been studied extensively for average properties, they have not been explored for their position-dependent counterparts. For bulk fluids, the insertion probability and two-body excess entropy has proven useful for predicting average dynamic properties. We develop expressions for the position-dependent versions of both of these quantities. We show that when using the appropriate reference state the position-dependent diffusivity can be qualitatively related to the insertion probability. / text

La mise en service d’une ligne ferroviaire à grande vitesse n’a qu’insuffisamment été étudiée au prisme des stratégies anticipatrices des firmes. Si la littérature scientifique se montre relativement circonspect sur la relation générale entre infrastructure de transport et développement économique, les enjeux et les attentes des acteurs sont nombreux dans les territoires desservis. Au-delà d’un éclairage prospectif sur l’intégration éventuelle de la LGV Bretagne-Pays de la Loire par les entreprises du Grand Ouest, la thèse aborde de manière large les stratégies des firmes face aux politiques publiques de transport ferroviaire à grande vitesse. La sensibilité des dirigeants d’entreprise est étudiée à travers sa nature, ses déterminants et l’incidence potentielle qu’elle tend à augurer sur les dynamiques territoriales locales. La rencontre de 179 dirigeants appartenant à une quinzaine d’entités territoriales du Grand Ouest et d’Île-de-France constitue le matériau principal de cette recherche empirique. L’appréhension de l’accessibilité ferroviaire accrue y est distinguée selon les singularités professionnelles des métiers du numérique, de la bancassurance, des services supérieurs aux entreprises et de l’industrie. Cette approche par l’activité spatiale des firmes participe ainsi d’une meilleure intégration des perceptions et stratégies privées dans l’accompagnement de la grande vitesse ferroviaire au sein des territoires desservis / The commissioning of a new high-speed rail was not sufficiently studied in light of companies’ strategy. Despite a wary scientific view on the correlation between transport infrastructure and economic development, many local stakes and expectations remain in the served areas. Beyond a prospective understanding on the potential integration of the Bretagne-Pays de la Loire highspeed rail by France’s Grand Ouest (western regions) companies, this thesis provides an analysis of firms’ integration into high-speed transportation public policies. Company heads’ sensibility is studied through its nature, determinants and potential impact that it could foresee on local dynamics. This empirical research consists mainly of interviews with 179 company leaders, on 14 areas in Grand Ouest and Paris region. Increased railway accessibility is analysed according to the specificities of digital activities, banking and insurances, business services and industry.Firms’ spatial activity leads to a better integration of perceptions and private strategies when developing high-speed rail within served areas.

Dans cette thèse nous nous intéressons à la dynamique locale autour d'une sous-variété compacte invariante et à la théorie du nombre de rotation. Dans [Nai82] V. A. Naishul' a montré que parmi les difféomorphismes du plan isotopes à l'identité qui fixent 0, qui préservent l'aire (ou analytiques) et dont la différentielle en $0$ est une rotation, l'angle de cette rotation est un invariant de conjugaison topologique. Ce résultat de Na\u{\i}shul$'$, a été généralisé dans plusieurs directions (voir [GP95], [GLP96] et [Pon12]). Par exemple en dimension supérieure, dans [GP95] J.-M. Gambaudo et E. Pécou ont considéré des difféomorphismes de $\R^{n+2}$ qui possèdent un tore $\T^n$ de dimension $n$ invariant dont la dynamique est topologiquement conjuguée à une rotation irrationnelle. Ils ont défini un nombre de rotation et ont démontré que ce nombre est invariant de conjugaison topologique (par exemple lorsque le difféomorphisme préserve un volume). Dans la première partie du deuxième chapitre de cette thèse, nous proposons d'introduire une notion d'ensemble de rotation local pour les homéomorphismes locaux qui préservent une sous-variété compacte de codimension $2$ dont le fibré normal est trivial. A l'aide de cet ensemble, nous déduirons un résultat qui généralise les travaux en dimension supérieure cités plus haut. Dans [Rue85] D. Ruelle a considéré des difféomorphismes d'une surface dont le fibré tangent est trivial qui préservent une mesure. Il leur a associé un nombre réel qui a été appelé l'invariant de Ruelle. Les constructions de cette thèse nous permettront de voir cet invariant comme un ensemble de rotation local au-dessus d'une mesure. A l'aide de l'invariance par conjugaison de cet ensemble de rotation, nous allons retrouver, à la fin du deuxième chapitre, le résultat démontré par J.-M. Gambaudo et E. Ghys dans [GG97] : l'invariant de Ruelle est en fait invariant de conjugaison topologique. Soit $Homeo_0(\R^2;0)$ l'ensemble des homéomorphismes du plan $\R^2$ isotopes a l'identité qui fixent l'origine $0\in\R^2$. Récemment dans [LeR13], F. Le Roux a donné une définition de l'ensemble de rotation local autour de $0$ d'une isotopie dans $Homeo_0(\R^2;0)$ issue de l'identité, et il a posé la question suivante : cet ensemble est-il toujours un intervalle ? Dans le troisième chapitre de cette thèse, nous allons donner une réponse positive à cette question et aussi à la question analogue dans le cas de l'anneau ouvert. / In this thesis we are interested in the local dynamics around of a compact invariant sub-manifold and in the rotation number theory. In [Nai82] V.A Naihul' proved that, among analytic or area preserving diffeomorphisms in the plane which are isotopic to the identity fix $0$ and whose derivative at $0$ is a rotation, the angle of this rotation is invariant by topological conjugation. This result of Naishul' was generalized in many directions (see [GP95], [GLP96] and [Pon12]). For example in [GP95] J.-M. Gambaudo and E. Pécou considered diffeomorphisms in $\R^{n+2}$, which possess an invariant $n$-dimensional torus $\T^n$ whose dynamics restricted to the torus is topologically conjugate to an irrational rotation. They defined a rotation number, and proved that this number is invariant by topological conjugation among volume-preserving maps. In the first part of the second chapter of this thesis, we propose to introduce a notion of local rotation set for local homeomorphisms, which preserve a compact sub-manifold of codimension 2 whose normal bundle is trivial. Using this set, we will deduce a result which generalizes the above mentioned works. In [Rue85] D. Ruelle considered measure preserving diffeomorphisms of a surface whose tangent bundle is trivial. He associated to them a real number called the Ruelle invariant. The constructions made in this thesis will permit us to see this number as a local rotation set over a measure. The invariance by topological conjugation of this set will us permit, at the end of the second chapter, to prove the following result due to J.-M- Gambaudo and E. Ghys: the Ruelle invariant is invariant by topological conjugacy. Let $Homeo_0(\R^2;0)$ be the set of all homeomorphisms of the plane isotopic to the identity and which fix $0$. Recently in [LeR13] F. Le Roux gave the definition of the local rotation set around of 0 of a general isotopy $I$ in $Homeo_0(\R^2;0)$ from the identity to a homeomorphism $f$ and he asked if this set is always an interval. In the third chapter of this thesis we give a positive answers to this question and to the analogous question in the case of the open annulus.

Résumé : Depuis les années 1990, l’essentiel des travaux scientifiques sur l’impact des événements sportifs s’est focalisé sur les impacts économiques. Mais, depuis, quelques années, les effets immatériels relatifs à la dimension sociale sont de plus en plus étudiés. Dans ce contexte, la thèse porte sur la compréhension des impacts des événements sportifs récurrents sur le territoire parisien. À partir d’un recensement extensif, ce travail analyse 9 études de cas représentatives de la diversité observée des événements sportifs parisiens. La collecte de données s’appuie sur des séquences d’observation in situ (11), des entretiens semi-directifs (41) et de l’analyse documentaire. Fondée sur la théorie ancrée, posture qui part du terrain pour générer un cadre théorique, l’analyse montre que la compréhension des enjeux locaux ne peut se faire que par une contextualisation précise des situations locales et des volontés politiques.Ce cheminement inductif ouvre sur deux volets analytiques. Le premier construit une analyse des jeux d'acteurs qui révèle la centralité de l’acteur public dans les processus de mise en réseau. Le second éclaire la relation immatérielle qui s'organise entre l'événement et son territoire hôte, à travers la notion d'ancrage territorial. Ces développements conduisent à la proposition d’un « modèle des dynamiques locales », qui ambitionne d’appréhender tout ce qui se joue autour de l’événement sportif : ce qui lui permet d’émerger, autant que ce qu’il génère. En conclusion, considérant la fonction déterminante de l’acteur public dans l’événementiel sportif parisien, une approche plus globale est envisagée où l’agrégation des dynamiques locales pourrait se muer en une dynamique territoriale, initiée par un portefeuille d’événements sportifs complémentaires. / Since the 90s, scientific works on the impact of sports events has been mainly focusing on economics. However, for some years now, intangible effects related to social dimension of these events are increasingly studied. In this context, this work aims to understand the impacts of recurring sports events based in Paris. Started from an extensive census, this work analyzes 9 case studies representative of the observed diversity of sporting events in Paris. Data collection is based on in situ observations (11), semi-directives interviews (41), and documentary analyses. Based on grounded theory which uses a fieldwork approach to yield a theoretical framework, the analysis demonstrates that the understanding of local stakes can only be achieved through a precise contextualization of local situations and political willingness.This inductive pathway launches two analytical determinations: (1) to build a way to analyze interplays of actors that reveal the centrality of the public entity in the networking process (2) to highlight the intangible relationship between the event and its host territory, through the concept of “territorial anchorage.” These developments lead to the proposal of a “model of the local dynamics”. This model aim to apprehend all that revolves around the sporting event: from what allows it to emerge to what it generates. In conclusion, regarding the decisive role of the public entity within Parisian’s sporting events, a more global approach is envisaged where the aggregation of local dynamics could evolve into a territorial dynamic, beginning with a portfolio of complementary sports events.

Comprendre la dynamique locale des protéines dans leur état natif (structure repliée etfonctionnelle) est essentiel pour comprendre leur dynamique globale et leur fonction biologique. Aucours de cette thèse, nous avons étudié la dynamique locale de plusieurs petites protéines enmesurant les fluctuations de sondes locales le long de la séquence d’acide aminé de ces protéines.Nous avons essayé de comprendre la dynamique de ces sondes locales, comment celles-ci serelaxaient entre leurs différentes conformations, comment leurs fluctuations étaient corrélées lesunes aux autres et comment peuvent-elles être reliées à la fonction biologique des protéines.Dans les trois premiers chapitres, nous introduisons les concepts du mouvement Browniende rotation libre, de la spectroscopie par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) et de ladynamique moléculaire (DM). Dans les chapitres 4 et 5, nous avons étudié la dynamique desliaisons amides de la chaine principale (backbone) des protéines sur leurs paysages d’énergie libre.Dans le chapitre 4, nous avons démontré que les fluctuations des liaisons amide dubackbone de la protéine VA3 sont décrites par une diffusion rotationnelle anormale plutôt que parune diffusion rotationnelle libre généralement utilisée pour interpréter les données RMN enrelaxation de spins et en couplage résiduel dipolaire. [...] Dans le chapitre 5, nous avons démontré la diffusion rotationnelle anormale de ces liaisons jusqu’à une échelle de temps de 100 ns en utilisant dix simulations de DM de 1 μs de la protéineUbiquitine. Nous avons aussi étudié la convergence des paramètres RMN extraits des trajectoiresde DM en fonction de leur durée. [...] Dans le chapitre 6, nous avons réalisé une l’étude de la corrélation entre les mouvements du backbone et des chaines latérales des protéines. [...] Dans la première partie du dernier chapitre de cette thèse, nous avons étudié l’évolution de la corrélation dynamique entre les chaines latérales et la chaine principale d’une protéine durant des évènements de dépliement/repliement. Pour cette étude préliminaire, nous avons utilisé unesimulation de DM d’un « ultra-fast folder » nommé Trp-cage réalisée à 380K. Nous avons confirméles résultats précédemment trouvés pour les protéines dans leur état natif. Nous avons observél’augmentation de la corrélation entre les séries temporelles yn(t) and δn(t) pendant un évènementde dépliement caractérisé par la sortie du tryptophane de sa cage. Un paramètre stérique s aégalement été défini afin de quantifier les intéractions des chaines latérales avec leurenvironnement. Dans une seconde partie de ce dernier chapitre, nous présentons une étudepréliminaire du dépliement d’un « downhill folder » nommé gpW sous contrainte d’une force. Pourcaractériser le dépliement de la protéine gpW, nous avons calculé les chemical shifts des atomes Cª et Hⁿ du backbone le long de sa séquence en fonction d’une coordonnée réactionnelle choisie comme étant la distance entre les Cª de résidus C- et N- terminaux. Nous avons démontré qu’il était difficile de discerner un comportement particulier à partir des tous les chemical shifts en fonction de la distance. Cependant, en moyennant la valeur des chemical shifts en sur tous lesrésidus de la protéine nous trouvons que l’évolution de cette valeur moyenne en fonction de ladistance permettait de décrire les évènements du dépliement de la protéine en fonction de lacoordonnée de réaction durant la simulation de DM / Understand the local dynamics of proteins in their native state, i.e. in their folded functionalstructure, is a prerequisite to understand their global dynamics and their biological function. In thepresent thesis, we investigated the local dynamics of several small proteins by recording thefluctuations of local probes along the amino-acid sequence of those proteins. We tried tounderstand the dynamics of the local probe, i.e. how they relax between their differentconformations, how their fluctuations are correlated to each other, how their fluctuations arerelated to the function of the proteins. In the first three chapters, we introduced the concepts of the free rotational Brownian motion, of the Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy and of the Molecular Dynamics (MD)simulations. In chapters 4 and 5, we studied the dynamics of the backbone amide bonds of theproteins on their free-energy landscape. In chapter 4, we demonstrated that the fluctuations of the backbone amide bonds of the protein VA3 are described by a rotational anomalous diffusion rather than by a free rotationaldiffusion, as often assumed in the interpretation of the raw NMR-measured data (Spin relaxation(SR) data and Residual Dipolar Coupling (RDC) data. [...] In chapter 5, we demonstrated the anomalous diffusion of backbone amide bonds up to 100 ns by using ten MD trajectories of 1 μs of duration for the protein ubiquitin. We also studied the convergence of the NMR-derived parameters extracted from the MD trajectories in function of their duration. [...] In chapter 6, we addressed the question of the correlation between the motions of the side chains and main chain of a protein. [...] In the first part of the final chapter of the present thesis, we investigated the evolution of the correlation between the side-chain and the main-chain motions of a protein during unfolding/folding events. In this preliminary work, we used a single MD simulation of the ultrafast folder Trp-cage performed at 380 K. We confirmed the results found for proteins in theirnative state. We observed an increase of the correlation between the two time series yn(t) and δn(t) during an unfolding event characterized, here, by the exit of the TRP residue of its “cage”.A steric parameter s was also defined in order to quantify interactions of the amino-acid side chainwith its environment. In a second part of the last chapter, we present a preliminary study of theunfolding of the downhill folder gpW under a mechanical force. To characterized the unfolding ofgpW, we computed the chemical shift of the Cª and of the Hⁿ atoms along the amino-acidsequence of the protein in function of a reaction coordinate: the distance, rCªCª , between the Cª atoms of the N and C terminal residues. We demonstrated that it is hard to distinguish a typical behavior of all the chemical shift of all the residues along the amino-acid sequence in function of the distance rCªCª . However, by averaging the chemical shift over all the residues of the protein we found that the evolution of the average value of the chemical shift described the unfolding eventsof the protein during the MD simulations

Pour parvenir à une maîtrise des enjeux en matière de changement climatique les stratégies politiques se succèdent à tous les échelons du territoire. Au sein de ces politiques, les projets de développement d'énergies renouvelables ont retenu mon attention en particulier les projets de parcs éoliens. Fortement développés au cours du XXIème siècle, ces projets mis en place pour répondre aux attentes en matière de lutte contre le réchauffement climatique s'articulent-ils pour autant au développement durable des territoires ? L'ambition de ce travail est de chercher à comprendre les dynamiques de la durabilité. Pour cela, je partirai d'un postulat de recherche selon lequel une approche du développement durable par le territoire permet de renouveler l'étude de la durabilité en aménagement. Dans la première partie, j'ancre donc territorialement les études menées sur les politiques de durabilité en mobilisant la notion de développement territoriale durable. Dans la deuxième partie, je m'intéresse aux projets de parcs éoliens en tant que projets de territoire, ce qui me permet de questionner les politiques durables sur des micro-espaces en milieu rural. Il s'est avéré que ces espaces répondent aux mêmes logiques d'aménagement que celles du milieu urbain. Cette constatation m'a amenée à formuler l'hypothèse d'une « nouvelle forme d'organisation des territoires » sans distinction entre l'urbain et le rural. La troisième partie s'attache plus particulièrement à étudier le rôle de catalyseur d'action des acteurs dans le processus de durabilité. Par leurs implications territoriales conscientes ou non, ils suscitent des réactions territoriales. Ces réactions sont la manifestation d'un nouvel intérêt pour le territoire et d'un nouvel ancrage territorial, nécessaire à la conduite de projets territoriaux durables. / Political strategies have been renewed regularly to better respond to climate issues, across international, national, regional and local levels. Within those politics, renewable energy projects caught my attention. Developed in the XIXth century, this project was implanted to uncross the climate change. Therefore, the research aims at understanding how wind power plants interfere "positively or negatively" with place-based territorial constructions. The point is to address the trade-offs between spatial equity and intergenerational equity, which are the core of sustainable policies. I choose a territorial approach of sustainable development to better respond to the core aim. I think this approach contributes to renew the sustainable studies in urban planning. Consequently, in my first part, I settle the sustainable studies in territorial context by mobilizing sustainable territorial development concept. In the second part, my interests focus on wind farms projects; reconsidering such projects is to get some perspectives towards the territorial projects and sustainable policy particularly in micro-territory in rural area. The finding was a concept of “negotiated territory” without distinction between planning in rural or urban area. The third part, tried to understand the stakeholders implementation in sustainable decision-making process. With our territorial positions (conscious or not) they're because of territorial effects. These reactions are reflecting a new interest to the territory, a new links to the local communities, necessary to conduce territorial sustainable development projects.

Cette étude sociologique porte sur la Municipalité régionale de comté (MRC) Antoine-Labelle dans la région des Hautes-Laurentides au Québec. Historiquement, depuis le début des années 1900, la forêt a constitué la principale assise économique et sociale de la MRC. Depuis 2005, « la crise forestière » frappe durement cette région québécoise. Un mouvement de la transition s’est installé au sein de la communauté régionale. À l’intersection de la nature et de la culture, le terroir se présente depuis lors comme l’une des voies privilégiées de la résilience. À travers le terroir, c’est le « vivre de » et le « bien vivre ensemble » que les habitants cherchent à repenser dans leur région. Aujourd’hui, plusieurs initiatives mettant en valeur le terroir régional, notamment des projets d’agriculture biologique, sont repérables à l’ensemble du territoire des Hautes-Laurentides. Plus qu’une simple ouverture économique, le terroir est porteur de nouveaux récits sociaux et symboliques dans la région. Dans ce mémoire de maîtrise, notre objectif est précisément de mettre en lumière les représentations sociales du terroir de certains acteurs du domaine agroalimentaire de la MRC Antoine-Labelle. Nous cherchons à comprendre comment le terroir se construit, se pense, se vit et se raconte dans cette région. En interrogeant dix-sept acteurs, notamment des agriculteurs, des artisans du domaine alimentaire, des chefs, des restaurateurs et des représentants de la gouvernance régionale, ceux-ci montrent que ce concept est porteur de valeurs sociales et environnementales qui répondent à de nouvelles aspirations au sein de la communauté. Non sans difficultés, le terroir renvoie pour les acteurs interrogés à des valeurs d’autonomie, de qualité de vie, de convivialité, de conscience écologique, d’éducation et d’espoir pour la relève à venir. Cette étude sociologique du terroir dans les Hautes-Laurentides jette finalement un éclairage nouveau sur le bien-vivre en région rurale au Québec. / This sociological study is about the Regional County Municipality (RCM) of Antoine-Labelle in the Hautes-Laurentides region of Quebec. Since the early 1900s, the forest has been the main economic and social base of the MRC. Since 2005, "the forestry crisis" has heavily affected this region of Quebec. A transition movement has emerged within the regional community. At the intersection of nature and culture, the terroir has appeared as one of the preferred pathways toward resilience. Through the terroir, it’s the ideas of "living" and "living together" that inhabitants are sinking to rethink in their region. Today, several initiatives which highlight the regional terroir, including organic farming projects, have emerged throughout the territory of the Hautes-Laurentides. More than just an economic opportunity, the terroir brings with it new social and symbolic narratives in the region. In this master thesis, our goal is precisely to highlight the social representations of the terroir of some actors in this field of activity in the Antoine-Labelle RCM. We seek to understand how the terroir is constructed, conceptualized, lived and told in this region. By interviewing seventeen actors, including farmers, artisans, chefs and representatives of regional governance, we show that this concept carries social and environmental values that express new aspirations within the community. For the actors interviewed and not without its challenges, the terroir refers to values such as autonomy, quality of life, friendliness, environmental awareness, education and hope for the next generation. This sociological study of the terroir in the Hautes-Laurentides sheds new light on what is meant by “living well” in rural Quebec.