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Desenvolvimento de ferramentas computacionais para o estudo de macromoléculas /Ferreira, Carolina Tatiani Alves. January 2016 (has links)
Orientador: Leandro Cristante de Oliveira / Banca: José Ramon Abrego / Banca: Mario de Oliveira Neto / Resumo: Estudos recentes têm explorado o comportamento de macromoléculas em solução e a implicação das mudanças conformacionais. Apesar da importância deste assunto, há um número limitado de técnicas para observar as alterações nestes sistemas. Isto se deve a complexidade e aos altos custos envolvidos. Uma técnica que apresenta vantagens com relação aos tamanhos das proteínas estudadas e baixos custos em comparação à outras similares é o espalhamento de raios-X à baixo ângulo, ou SAXS - do inglês small angle X-ray scattering. Entretanto, os resultados possuem uma baixa resolução, pois consiste apenas no "envelope" da partícula e não possui nenhuma informação sobre as estruturas secundárias, terciárias ou quaternárias. O objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de uma ferramenta capaz de descrever teoricamente estruturas terciárias em solução, baseado no conhecimento das estruturas secundárias e do perfil de espalhamento de SAXS. As simulações geram novas conformações por um algoritmo de pivot. O critério de Metropolis minimiza a energia potencial formada pela energia de Lennard-Jones e um termo associado à similaridade entre os perfis de espalhamento teórico e experimental. Esta ferramenta obteve resultados iniciais satisfatórios e, após uma fase de calibração, estará disponível online à comunidade científica, no site: http://oliveira.df.ibilce.unesp.br/ / Abstract: Recent studies have been exploring the dynamical behavior of macromolecules in solution and the implication of conformational changes. Despite all the importance revolving this subject, there are a limited number of techniques to observe these system variations. This is due to the complexity and costs involved. One interesting technique that presents no protein size limitations and has relatively low costs is the Small Angle X-ray Scattering (SAXS). However, it provides low-resolution results, consisting only of the particle's "envelope" that does not provide any accuracy on secondary, tertiary or quaternary structures. This work aims the development of a tool to provide theoretical structural description of representative conformations in solution based only on the secondary structure informations and the experimental scattering profile. The simulations generates new conformations by a pivot algorithm. The Metropolis criteria minimizes the potential energy composed by a Lennard-Jones term and an energetic term related to the similarity of the experimental and theoretical scattering profiles. The software achieved some satisfactory initial results and it will be available online to the scientific community, after a calibration phase, at http://oliveira.df.ibilce.unesp.br/ / Mestre
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Estudo por simulação computacional da interação entre polieletrólitos fracos e macroíons esféricos /Oliveira, Vinicius Martins de. January 2013 (has links)
Orientador: Sidney Jurado de Carvalho / Banca: Alexandre Diehl / Banca: Elso Drigo Filho / Resumo: A interação entre polieletrólitos e macro ons de carga oposta é uma area de pesquisa ativa em campos como química, física, biologia, medicina e nanotecnologia. Desse modo, e fundamental conhecer os fatores que determinam a estabilidade de complexos formados por essas macromoléculas. Um aspecto interessante neste sistema e a mudança abrupta de certas propriedades da solução sens veis a formacão do complexo, como a turbidez, quando há variação na concentração de sal ou no pH da solução. Este comportamento e característico de uma transição de fase e pode ter uma grande importância na regulacão do metabolismo celular. O conhecimento dos aspectos termodinâmicos deste comportamento ainda não est a muito claro. Neste trabalho nos investigamos o efeito da concentração de sal, carga da macromolécula e pH na trasição entre o estado adsorvido e livre de polieletrólitos fracos, sujeitos a regulação de carga, e macroíons esféricos de carga oposta. Para tanto, n os usamos simulações de Monte Carlo associadas ao algoritmo de Metropolis e o método de análise de multiplos histogramas. Usando médias da energia livre e do raio de giro nós identicamos transições de fase do tipo de primeira ordem entre o dois estados (complexado e livre). Também analisamos diagramas de estado em função da força iônica e do pH para diferentes valores de carga do macro on e a conformação da cadeia adsorvida foi caracterizada pela m édia do raio de giro e pelo perfil da distribuição dos monômeros / Abstract: The knowledge of factors that determine the stability of biomolecular com-plexes is utmost importance for understanding various biological processes and for many technological applications. An important class of complex are the ones formed by macroions and oppositely charged polyelectrolytes. An interesting aspect here is the abrupt change of certain properties of the solution sensitive to complex formation, as the turbidity, when varying the salt concentration and pH. This behavior characteristic of phase transition may have great importance in the regulation of cellular metabo-lism. The understanding of the thermodynamic aspects of this phase-transition-like behaviour is still not very clear. In this work we investigate the e ect of salt concen-tration, charge of the macromolecule and pH on the adsorption-desorption transition of these polyelectrolytes onto oppositely charged spherical macroions by means of Me-tropolis Monte Carlo simulations and the weighted histogram analysis method. Using the mean binding energy and the radius of gyration as order parameters we identify a rst-order-like transitions between adsorbed and desorbed states. The states diagrams as a function of ionic strenght and pH of are provided for di erent values of macroion charge, and the conformation of the adsorbed chain is characterized by means of radius of gyration and monomer distribution profile / Mestre
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Development of chemical process for synthesis of polyunsaturated esters / Desenvolvimento de processos quÃmicos para sÃntese de Ãsteres poli-insaturadosVera LÃcia Viana do Nascimento 05 December 2014 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / This work aimed to develop refining processes, chemical alcoholysis followed by separation of fatty acids using the complexation with urea technique for the synthesis of poly-unsaturated esters from waste of fish oils. The special crude fish oil was purchased from Company Campestre - SÃo Paulo. Initially this oil has undergone a process of physical and chemical refining. From the refined oil, an alcoholysis process was carried out to obtain the mixture of free fatty acids. From the hydrolyzed material were obtained 32.78% p/p of PUFAs against 19.73% p/p of ω-3 concentrates. The free fatty acids were separated using the complexation with urea technique. The best operating conditions for separation of the fatty acids was: ratio 7:1 (urea / oil) and the crystallization temperature at -23ÂC for a time of 20 hours. After treatment of the material, the total PUFAs production was 47.87%, a ω-3 concentration of 27.59% with a saturated fraction of 4.48%. When the temperature was raised to -10ÂC, the PUFAs production was halved, reaching the value of 28.08% and 25.49% of ω-3 which was slightly altered and a saturated fraction of 42.44%. For the ester synthesis was mounted a statistical factor of two levels in order to determine the parameters which optimized the process. In the synthesis phase, the combination of temperature, glycerin concentration and catalyst was significant, and it was observed a greater influence of the glycerin concentration due to the excessive use of glycerin to favor the formation of the ester. After the analysis of the kinetic results was observed that the interactions temperature-glycerin and temperature-glycerin-catalyst were not significant (below 95%). The response interaction graphic showed the least free fatty acids index after one hour of reaction, and that the greater interaction was glycerin (5%)-catalyst (3%). It was concluded that the yields to obtain the polyunsaturated ω-3 and ω -6 from the waste of fish oil were satisfactory (85,3%). Therefore, it is concluded that it is feasible the synthesis of polyunsaturated esters of marine oils from fish waste, because this technology provides important results to avoid environmental impacts, reduce imports of fish oils and, consequently, reduce improper fishing. The aquaculture industry may be stocked with diets enriched with EPA and DHA for shrimp and fish farming, besides contributing to supply ω-3 for nutraceutical purposes. / Este trabalho teve o objetivo de desenvolver os processos de refino, alcoÃlise quÃmica seguida da separaÃÃo dos Ãcidos graxos utilizando a tÃcnica da complexaÃÃo com urÃia para a sÃntese de Ãsteres poli-insaturados a partir de resÃduos de Ãleos de pescado. O Ãleo bruto especial de peixe foi adquirido da Empresa Campestre â SÃo Paulo. Inicialmente este Ãleo sofreu um processo de refino fÃsico e quÃmico. A partir do Ãleo refinado, foi realizado um processo de alcoÃlise para se obter a mistura de Ãcidos graxos livres. Do material hidrolisado, foram obtidos 32,78% p/p de PUFAs contra 19,73% p/p de concentrados de ω-3. Os Ãcidos graxos livres foram separados utilizando-se a tÃcnica da complexaÃÃo com urÃia. As melhores condiÃÃes operacionais para separaÃÃo dos Ãcidos graxos foram: a relaÃÃo 7:1 (urÃia/Ãleo) e a temperatura de cristalizaÃÃo a -23ÂC por um tempo de 20 horas. ApÃs o tratamento do material, a produÃÃo total de PUFAs foi de 47,87%, uma concentraÃÃo de ω-3 de 27,59% com uma fraÃÃo saturada de 4,48%. Quando se elevou a temperatura para -10ÂC, a produÃÃo de PUFAs reduziu pela metade, atingindo o valor de 28,08% e 25,49% de ω-3, que pouco foi alterada e uma fraÃÃo de saturados de 42,44%. Para a sÃntese do Ãster de glicerina foi montado um fatorial estatÃstico de dois nÃveis a fim de se determinar os parÃmetros que otimizaram o processo. Na fase de sÃntese, a conjugaÃÃo de temperatura, concentraÃÃo de glicerina e catalisador foram significantes, tendo sido observado uma maior influÃncia da concentraÃÃo de glicerina, em virtude do uso excessivo de glicerina para favorecer a formaÃÃo do Ãster. ApÃs as anÃlises dos resultados cinÃticos, foi observado que as interaÃÃes temperatura-glicerina e temperatura-glicerina-catalisador nÃo foram significantes (abaixo de 95%). O grÃfico da interaÃÃo para resposta mostrou o menor Ãndice de Ãcidos graxos livres apÃs uma hora de reaÃÃo, e que a maior interaÃÃo foi glicerina (5%)-catalisador (3%). Foi concluÃdo que os rendimentos para obtenÃÃo dos poli-insaturados ω-3 e ω -6 dos resÃduos de Ãleo de pescado foram satisfatÃrios (85,3%). Conclui-se, portanto, que à viÃvel a sÃntese de Ãsteres poli-insaturados de Ãleos marinhos a partir de rejeitos de pescados, pois esta tecnologia proporciona resultados importantes para evitar impactos ambientais, diminuir as importaÃÃes de Ãleos de peixe e, consequentemente, reduzir a pesca indevida. O setor aquÃcola poderà ser abastecido com raÃÃes enriquecidas com EPA e DHA para camarÃes e peixes de cultivo, alÃm de contribuir para oferta de ω-3 para fins nutracÃuticos.
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Anemia falciforme: crises vaso-oclusivas parecem estar relacionadas à reduÃÃo da concentraÃÃo de proteÃnas na membrana eritrocitÃria / Sickle cell disease: vaso occlusive crisis seems to be related to the reduction of expression protein in erythrocyte membraneIara Veras De AraÃjo 06 April 2015 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / A anemia falciforme à uma doenÃa genÃtica frequente, decorrente de uma modificaÃÃo pontual na posiÃÃo seis do gene da hemoglobina, que resulta em alelos diferentes, que quando transcrito, codifica a hemoglobina S, que leva a formaÃÃo das hemÃcias falcÃmicas. As hemÃcias contendo hemoglobina S adquirem, em condiÃÃes de hipÃxia, a forma de foice, causando crise vaso oclusiva nos portadores. O presente trabalho teve como objetivo isolar proteÃnas da membrana eritrocitÃria de pacientes com anemia falciforme (nas fases sintomÃtica e assintomÃtica) e correlacionar alteraÃÃes identificadas nestes perÃodos, utilizando Cromatografia LÃquida de Alta PressÃo (HPLC)-Troca iÃnica, SDS-PAGE 1D e 2D e Espectrometria de Massa (MS). Foi realizada anÃlise proteÃmica em proteÃnas de membrana eritrocitÃria obtidas de amostras de sangue perifÃrico de trÃs pacientes, colhidas ao longo de dois anos, e separadas de acordo com a presenÃa (PC) ou ausÃncia de crise vaso oclusiva (PSC) no momento da coleta. O grupo controle foi formado por dois indivÃduos sem diagnÃstico de hemoglobinopatia. Foi identificada a presenÃa de maior concentraÃÃo de proteÃnas na membrana de eritrÃcitos falcÃmicos, em especial nos pacientes PSC e evidenciou-se que durante as crises a quantidade de proteÃna presente na membrana do eritrÃcito dos pacientes sofre reduÃÃo (20,7% - PC1; 34,2% - PC3 e 45,2% - PC2). Dentre as 159 proteÃnas extraÃdas da membrana de eritrÃcitos falcÃmicos, 148 foram identificadas, e 11 nÃo foram identificadas, usando-se como parÃmetro a base de dados TagIdent ExPASy. Dentre as proteÃnas nÃo identificadas, seis foram extraÃdas da membrana eritrocitÃria de pacientes PC e cinco de pacientes PSC. A identificaÃÃo da proteÃna PRDX2 (uma peroxirredoxina com massa molecular aparente de 41 kDa) com massa molecular aparente inferior a 30 kDa sugere a alteraÃÃo estrutural desta proteÃna. A nÃo identificaÃÃo de 11 proteÃnas extraÃdas da membrana de eritrÃcitos falcÃmicos sugere alteraÃÃo quantitativa na expressÃo proteica destes pacientes. Nossos resultados sugerem ainda que as crises vaso-oclusivas podem estar relacionadas a uma reduÃÃo na concentraÃÃo total de proteÃnas da membrana eritrocitÃria nos pacientes. / Sickle cell anemia is a common genetic disorder resulting from a specific change in position six of the hemoglobin gene, which results in different alleles, which when transcribed, codes for hemoglobin S which leads to the formation of sickle erythrocytes. Red blood cells containing hemoglobin S acquire in hypoxic conditions, the sickle-shaped, causing vaso-occlusive crisis in patients. This study aimed to isolate erythrocyte membrane proteins of patients with sickle cell anemia (in symptomatic and asymptomatic stages) and to correlate changes identified in these periods, using High Performance Liquid Chromatography (HPLC - ion exchange), SDS-PAGE (1D and 2D) and Mass Spectrometry (MS-ESI)). Was performed proteomic analysis in erythrocyte membrane proteins obtained from peripheral blood samples from three patients, collected over two years, and separated according to the presence (PC) or absence of vaso-occlusive crisis (PSC) at the time of collection. The control group consisted of two individuals with no diagnosis of hemoglobinopathies. We identified the presence of a higher concentration of membrane proteins in sickle cell erythrocytes, particularly in CSP patients and showed that during attacks the amount of protein present in the erythrocyte membrane of patients undergoes reduction (20.7% -PC1; 34 2% - PC3 and 45.2% - PC2). Among the 159 membrane proteins extracted from sickle cell erythrocytes, 148 were identified and 11 were not identified, using as parameter the database ExPASy TagIdent. Among the proteins not identified, six were extracted from the plasma membrane of PC patients and five PSC patients. The identification of PRDX2 protein (peroxiredoxin with an apparent molecular mass of 41 kDa) with an apparent molecular weight below 30 kDa, suggesting the structural change of this protein. Failure to identify 11 proteins extracted membrane of sickle cell erythrocytes suggests quantitative changes in protein expression of these patients. Our results also suggest that the vaso-occlusive crises may be related to a reduction in total protein concentration of the erythrocyte membrane in patients.
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Estudo dos efeitos de um polissacarÃdeo sulfatado isolado da alga marinha Solieria filiformis sobre os modelos de nocicepÃÃo e inflamaÃÃo / Study of effects of a sulfated polysaccharide isolated from the red seaweed Solieria filiformis on models of nociception and inflammationIanna Wivianne Fernandes de AraÃjo 09 March 2012 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Os polissacarÃdeos sulfatados (PS) de algas marinhas sÃo reconhecidos como molÃculas biologicamente ativas. Este estudo teve como objetivo avaliar os efeitos de uma fraÃÃo polissacarÃdica sulfatada da alga marinha vermelha Solieria filiformis em modelos clÃssicos de nocicepÃÃo e inflamaÃÃo aguda e no modelo experimental de artrite induzida por zymosan na articulaÃÃo temporomandibular de ratos. No fracionamento dos PS totais em coluna de DEAE-celulose foram obtidas duas fraÃÃes de PS (F I-0,5M e F II-0,75M), das quais a fraÃÃo F I mostrou o maior rendimento de PS. A anÃlise por cromatografia de permeaÃÃo em gel das fraÃÃes (F I e F II) apresentou picos heterogÃneos e de elevada massa molar (1,12 x 105 e 2,95 x 105 g/mol, respectivamente). As fraÃÃes foram caracterizadas estruturalmente por espectroscopia na regiÃo do infravermelho e identificadas como kappa- e iota-carragenanas, respectivamente. Camundongos Swiss machos prÃ-tratados com F I (1; 3 ou 9 mg/kg; i.v.), 30 min antes de receberem a injeÃÃo de Ãcido acÃtico (0,8%), formalina (1%) ou 30 min antes do estÃmulo tÃrmico, apresentaram resposta antinociceptiva (p<0,05) nas contorÃÃes induzidas por Ãcido acÃtico e na segunda fase do teste da formalina, mas nÃo aumentou o tempo de reaÃÃo no teste da placa quente, sugerindo que sua aÃÃo antinociceptiva ocorre atravÃs de um mecanismo perifÃrico. F I (1; 3 ou 9 mg/kg; s.c.) nÃo mostrou efeito anti-inflamatÃrio significativo quando administrada, 1h antes dos agentes flogÃsticos carragenana (500 Âg/pata; 100 ÂL) ou dextrana (400 Âg/pata; 100 ÂL), em ratos Wistar machos. AlÃm disso, a atividade da mieloperoxidase revelou uma acumulaÃÃo de neutrÃfilos marcados na pata em resposta ao tratamento com F I (1; 3 ou 9 mg/kg; 100 ÂL/pata). Nos ensaios da artrite induzida por Zy, os animais receberam F I (1; 3 ou 9 mg/kg; s.c.) 1 hora antes da induÃÃo da artrite (2 mg Zy/articulaÃÃo; 40 ÂL) na articulaÃÃo temporomandibular (ATM) esquerda dos ratos. Como grupos controles, os animais receberam salina estÃril (40 ÂL; i.art.) ou indometacina (5 mg/kg; s.c.). A hipernocicepÃÃo mecÃnica na ATM foi avaliada atravÃs do aparelho von Frey elÃtrico nos tempos basal e 4 horas apÃs induÃÃo da artrite. Na 6a hora, os animais foram eutanasiados e suas ATM lavadas para coleta do lavado articular e realizaÃÃo da contagem total de cÃlulas. Posteriormente, as ATM foram removidas para as anÃlises histolÃgicas e extraÃÃo do RNAm de COX-2, TNF-α, IL-1β e HO-1. O prÃ-tratamento com F I (1, 3 ou 9 mg/kg; s.c.) promoveu a reduÃÃo da hiperalgesia facial na ordem de 69; 66,6 e 78,08%, respectivamente, quando comparado ao grupo Zy. Entretanto, F I (1, 3 ou 9 mg/kg; s.c.) nÃo reduziu a inflamaÃÃo na ATM, potencializando a expressÃo relativa do RNAm de COX-2, TNF-α, IL-1β e HO-1. Finalmente, F I (9 mg/kg; i.p.) nÃo apresentou sinais de toxicidade quando administrada em camundongos. Portanto, a F I da alga marinha S. filiformis, mostrou-se como uma importante ferramenta biotecnolÃgica no desenvolvimento de novos agentes farmacolÃgicos, sem efeitos adversos importantes nos modelos experimentais estudados. / The sulfated polysaccharides (SP) of seaweed are recognized as biologically active molecules. This study aimed to evaluate the effects of a sulfated polysaccharide from red seaweed Solieria filiformis in classical models of nociception and acute inflammation in the experimental model of arthritis induced by zymosan in the temporomandibular joint of rats. In fractionation of the total SP by column of DEAE-cellulose were obtained two fractions of SP (F I-0.5 M and F II-0.75 M), in which the fraction F I presented the highest yield of SP. The analysis by gel permeation chromatography of the fractions (F I and F II) showed heterogeneous peaks with high molecular mass (1.12 x 105 and 2.95 x 105 g/mol, respectively). The fractions were structurally characterized by Fourier transformed infrared and identified as kappa - and iota- carrageenans, respectively. Male Swiss mice pretreated with F I (1; 3 or 9 mg/kg; i.v.) 30 min before receiving an injection of 0.8% acetic acid, 1% formalin or 30 min prior to a thermal stimulation showed antinociceptive response (p<0.05) in acetic acid-induced writhing and in the second phase of the formalin test, but did not increase the reaction time in the hot plate test, suggesting that antinociceptive effect occurs through a peripheral mechanism. F I (1; 3 or 9 mg/kg; sc) showed no significant anti-inflammatory effect when administered 1 hour before the flogistic agents carrageenan (500 Âg/paw; 100 ÂL) or dextran (400 Âg/paw; 100 ÂL) in male Wistar rats. In addition, the myeloperoxidase activity revealed a marked neutrophil accumulation in the paw in response to treatment with F I (1, 3 or 9 mg/kg, 100 ÂL/paw). In the assays of arthritis induced by Zy, the animals received F I (1; 3 or 9 mg/kg; s.c.) 1 hour before induction of arthritis (Zy 2 mg/joint; 40 uL) into the left temporomandibular joint (TMJ). As control groups, the animals received saline (40 ÂL; i.art.) or indomethacin (5 mg/kg; s.c.). Mechanical hypernociception in the TMJ was evaluated by von Frey electric apparatus in the basal time and 4 hours after induction of arthritis. At the 6th hour, the rats were euthanized and the TMJ cavity was washed to collect the synovial fluid and excised for histological analysis, and extraction of the mRNA from COX-2, TNF-α, IL-1β and HO-1. Pretreatment with F I (1, 3 or 9 mg/kg; s.c.) caused a reduction of facial hyperalgesia of 69, 66.6 and 78.08% respectively, compared to group Zy. However, F I (1; 3 or 9 mg/kg; s.c.) did not reduce the inflammation in the TMJ, increasing the relative expression of mRNA for COX-2, TNF-α, IL-1β and HO-1. Finally, F I (9 mg/kg; i.p.) did not show significant signs of toxicity when administrated in mice. Therefore, the F I of seaweed S. filiformis, showed to be an important biotechnological tool in the development of new pharmacological agents, without significant adverse effects in experimental models studied.
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PurificaÃÃo e caracterizaÃÃo parcial de uma lectina prÃ-inflamatÃria de sementes de Bauhinia bauhinioides MART / Purification and partial characterization of a pro-inflammatory lectin from Bauhinia bauhinoides Mart (Caesalpinoideae) seedsHelton Colares da Silva 22 February 2010 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / As sementes de Bauhinia bauhinioides Mart, uma espÃcie pertencente à FamÃlia Leguminosae, SubfamÃlia Caesalpinoideae, Tribo Cercideae, possuem uma lectina Galactose/Lactose especÃfica, que aglutina eritrÃcitos de coelho e humanos nativos ou tratados com enzimas proteolÃticas. A lectina de sementes de B. bauhinioides foi purificada por precipitaÃÃo com sulfato de amÃnio seguida por cromatografias de trocas iÃnica em DEAE-Sephacel e em HiTrap SP, essa Ãltima acoplada a HPLC. Esse procedimento resultou na lectina purificada, nomeada BBL. O processo de purificaÃÃo da BBL foi monitorado por SDS-PAGE e observou-se que a lectina purificada à caracterizada por um perfil eletroforÃtico composto por uma banda Ãnica, com massa molecular aparente de aproximadamente 31 kDa, tanto na presenÃa quanto na ausÃncia de um agente redutor. A anÃlise por espectrometria de massas indicou que BBL possui massa molecular de 28310 Da e, por cromatografia de exclusÃo molecular, observou-se que a lectina, na sua forma nativa, parece assumir uma estrutura tetramÃrica. A lectina de sementes de B. bauhinioides nÃo à uma glicoproteÃna e demonstra elevada estabilidade, sendo capaz de manter sua atividade hemaglutinante em uma ampla faixa de pH, apÃs exposiÃÃo a temperaturas de atà 60 C por 1 hora e apÃs diÃlise contra EDTA. BBL foi testada quanto a atividade prÃ-inflamatÃria utilizando o modelo de edema de pata em ratos, tendo sido observada uma induÃÃo significativa de edema nos animais tratados com BBL na dose de 1,0 mg/kg sendo esta atividade prÃ-inflamatÃria inibida pela incubaÃÃo prÃvia da lectina com 0,1 M de D-galactose. Foi avaliado tambÃm o efeito prÃ-inflamatÃrio da BBL em presenÃa de bloqueadores farmacolÃgicos de dois importantes mediadores inflamatÃrios e observou-se que o L-NAME, um inibidor nÃo-seletivo da enzima Ãxido NÃtrico Sintase, inibiu significativamente o edema causado pela lectina, sugerindo que a atividade prÃ-inflamatÃria causada por BBL envolve a participaÃÃo do oxido nÃtrico. Esses resultados reforÃam a idÃia da utilizaÃÃo de lectinas vegetais como ferramentas biotecnolÃgicas em estudos sobre os mecanismos implicados na resposta inflamatÃria. / A new galactose-specific lectin, named BBL, was purified from seeds of the Caesalpinoideae plant, Bauhinia bauhinioides, by precipitation with solid ammonium sulfate followed by two steps of ion exchange chromatography, and its pro-inflammatory activity was evaluated. The lectin haemagglutinated rabbit and humans erythrocytes (native and treated with proteolytic enzymes), which occurred independent on presence of divalent cations, was stable at 60 ÂC for 60 min, had an optimum pH between pH 8.0 and 9.0 and was inhibited after incubation with D-galactose and its derivatives, especially α-methyl-D-galactopyranoside. The pure protein was found to have a molecular mass of 31 kDa by SDSâPAGE and 28,305 Da by electrospray ionization mass spectrometry. The s.c. injection of BBL induced dose-dependent paw edema at all doses tested, an effect that occurred via carbohydrate site interaction and that was significantly reduced by L-NAME, indicating the important participation of nitric oxide in the late phase of the edema induced by BBL. These findings indicate that this lectin can be used as a tool to better understand the mechanisms involved in inflammatory responses.
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Análise das proteínas relacionadas a formação de metástase em linhagens de adenocarcinoma gástricoVALENTE, Tárik Olívar de Nunes 11 March 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / O câncer gástrico representa um grave problema de saúde pública mundial. A alta incidência de tumores avançados com baixa sobrevida pelas metástases, sobretudo no norte do país, nos fez realizar o estudo comparativo das linhagens de adenocarcinomas gástricos metastáticos (AGP01) com adenocarcinomas gástricos sem metástases (ACP02) através da avaliação proteômica da via de mobilidade celular, que possam ter relação com a formação dessas metástases. Foi realizado estudo proteômico das linhagens AGP01 e ACP02 através da técnica da cromatografia líquida de alta performance 2D Nanoultra (UPLC) em conjunto com nanoESI-MSE (MudPIT) e análise funcional das proteínas diferencialmente expressas no programa Ingenuity Pathways Analysis (IPA). Observamos 19 proteínas com aumento da expressão na linhagem AGP01 em relação a ACP02, as quais apresentam relação com movimento, organização e morfologia celular, onde podemos sugerir que as proteínas ACTB, ANXA1, LGALS1, IQGAP1, EZR, MSN, MYH9 e S100A11, de acordo com nossos achados e corroborados pela literatura pesquisada, tem associação com a metástase de adenocarcinomas gástricos. Outras proteínas se mostraram em forte expressão em nosso estudo, mas na literatura pesquisada sua expressão tem relação com as vias de disseminação apenas de outros tumores, como: mama (RAB5C), pulmão (PLS1 e CAP1), reto (ACTN1) e GIST (SYNE2). Conflitantes com nosso estudo, as expressões das proteínas CAPZA1, FLNA e FLNC, foram observadas na literatura como um inibidor de avanço tumoral, enquanto que as expressão das proteínas MYL6, MYL6B, e ACTN2, aparecem pela primeira vez como tendo relação com a mobilidade celular, invasão e metástase em câncer. / Gastric cancer is a serious public health problem worldwide. The high incidence of advanced tumors with poor survival by metastasis, especially in the north, made us realize the comparative study of strains of metastatic gastric adenocarcinoma (AGP01) with gastric adenocarcinoma without metastasis (ACP02) by proteomic evaluation of cell motility that may be related to the formation of these metastasis. Proteomic study was conducted strains AGP01 and ACP02 through the technique of high performance liquid chromatography 2D Nanoultra (UPLC) together with nanoESI - (MSE mudpit) and functional analysis of differentially expressed proteins in the Ingenuity Pathways Analysis (IPA) software. We observed 19 proteins with increased expression in AGP01 lineage regarding ACP02, which are related to movement, organization and cell morphology, where we suggest that ACTB, ANXA1, LGALS1, IQGAP1, EZR, MSN, MYH9 and S100A11 proteins, according to our findings and supported by the research literature is associated with metastasis of gastric adenocarcinomas. Other proteins showed strong expression in our study, but its expression in the research literature is related to the dissemination routes only other tumors, such as breast (RAB5C), lung (PLS1 and CAP1), rectum (ACTN1) and GIST (SYNE2). Conflicting with our study, the expressions of CAPZA1, FLNA and FLNC protein, were observed in the literature as an inhibitor of tumor advancement, where the expression of MYL6, MYL6B and ACTN2 proteins first appear as being related to cell motility, invasion and metastasis in cancer.
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Aspectos bioquímicos e morfológicos da matriz extracelular das cartilagens septal e alares do nariz suínoMESSIAS JÚNIOR, Nazário de Souza 02 July 1999 (has links)
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Previous issue date: 1999-07-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho teve por objetivo caracterizar alguns aspectos dos componentes da
matriz extracelular de duas cartilagens do nariz suíno, as alares e a septal, além disso
caracterizar a organização histológica e alguns aspectos histoquimicos. Para extração de
componentes da matriz foi utilizado o agente caotrópico Gu-HCL O glicosaminoglicano
predominante para as duas cartilagens é o condroitim sulfato. Após ultracentriíugação dos
extratos a fração D4 das duas cartilagens foi fracionada em DEAE-Sephacel usando
gradiente de NaCl. A análise em SDS-PAGE, para as duas cartilagens mostrou
semelhanças com a presença de fibromodulim, decorim e proteínas de ligação. Somente a
cartilagem septal apresentou o componente de 115 kDa que possivelmente aparece como
subunidadesde30kDaapósaaçãodeagenteredutor. Para a determinação das
populações de glicosaminoglicanos foi utilizado fracionamento com Sephadex G-75,
seguida de análise em PAGE-Barbital. As duas cartilagens apresentaram uma população
fortemente polidispersa. As populações de proteoglicanos foram analisadas após
fracionamento em Sepharose CL-6B seguida de análise das amostras em gel agarosepoliacrilamida.
As duas cartilagens apresentam uma população fortemente polidispersa,
sendo que a septal é menos uniformemente polidispersa que a alar. O fracionamento de
AD2 em DEAE-Sephacel, e a análise em SDS-PAGE e agarose-poliacrilamida, mostraram
a presença dos pequenos proteoglicanos biglicam e decorim provavelmente associados aos
grandes proteoglicanos.
A cartilagem septal apresenta os condrócitos grosseiramente enfileirados
acompanhando o eixo maior da cartilagem, enquanto em alar os condrocitos estão dispostos
caracteristicamente em grupos isógenos. Para a histoquímica utilizou-se Xylidine
Ponceau para proteínas totais, Picrosirius-Hematoxilina para colágeno. Azul de Toluidina
para glicosaminoglicanos totais e Azul de Alcian em pH 2,5 e 1,0 para glicosaminoglicanos
sulfatados e carboxilados. Os glicosaminoglicanos totais estão mais evidenciados na matriz
territorial ao passo que as proteínas totais são mais evidenciadas na matriz interterritorial. O
colágeno em cartilagem septal está grosseiramente organizado acompanhando o eixo
longitudinal da peça entre as fileiras de condrócitos. / The objective of the present study was to characterize some aspects of the
extracellular matrix components of the alar and septal cartilage of the nose of swine and to
examine the histological and histochemical aspects of the two types of cartilage. The
kaotropic agent Gu-HCl was used to extract the matrix components. The predominant
glycosaminoglycan in the two caitilages was chondroitin sulfate. After ultracentrifugation,
the D4 fraction of the septal and alar cartilages was fractioned on DEAE-Sephacel using na
NaCl gradient. SDS-PAGE analysiys showed similarities between the two cartilages, with
the presence of fíbromodulin, decorin and binding proteins. Only the septal cartilage
presented the 115 kDa component, which possibly appears as 30 kDa subunits after the
action of the reducing agent. The glycosaminoglycan populations were determined by
fractionation on Sepharose CL-6B followed by analysis of the samples on the agarosepolyacrilamide
gel. The two cartilages presented a strongly polydispersed population,
which was less uniformly polydispersed in the septal than in the alar cartilage. AD2
fractionation on DEAE-Sephacel and sample analysis by SDS-PAGE and agarosepolyacrylamide
electrophoresis showed the presence of the small proteoglycans biglycan
and decorin, possible associated with the large proteoglycans.
The septal cartilage presents chondrocytes roughly arranged in rows accompanyng
the widest axis of the cartilage, whereas the alar cartilage presents chondrocytes
characteristically arranged in isogenic groups. Histhochemistry was performed usisng
Xylidine Ponceau for total proteins, Picrosirius-Hematoxylin for collagen, Toluidine Blue
for total glycosaminoglycans. And alcian blues, pH 2.5 and pH 1.0, for sulfated and
carboxylated glycosaminoglycans. Total glycosaminoglycans are more cleary visible in the
territorial matrix, whereas total proteins are more cleary visible in the interterritorial matrix.
The collagen of the septal cartilage is roughly organized along the longitudinal axis of the
specimens between the chondrocytes rows.
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Análise imunohistoquímica da ADAMTS-1 e proteoglicanos no ameloblastoma e no tumor odontogênico cístico calcificante / Immunohistochemistry analysis of ADAMTS-1 and proteoglycans in ameloblastoma and calcifying odontogenic tumorSOUZA NETO, Osvaldo Rodrigues de 30 June 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O ameloblastoma e o tumor odontogênico cístico calcificante (TOCC) são tumores
odontogênicos que tem origem do epitélio odontogênico, porém ainda não é
conhecido o estímulo ou gatilho que leva à transformação neoplásica desses
tumores. O comportamento biológico das lesões é distinto, pois o ameloblastoma é
um tumor mais agressivo e com taxa de recorrência significativa. Já o TOCC é um
tumor menos agressivo e raramente há recorrência e por esse motivo foi utilizado
como controle no estudo. Portanto, a elucidação completa dos mecanismos pelos
quais esses tumores odontogênicos apresentam tais comportamentos biológicos continua sendo um desafio para os pesquisadores. As c (A Disintegrin and Metalloproteinase with ThromboSpondin) são metaloendopeptidases que são dependentes de zinco em seu domínio catalítico. Essas enzimas possuem ampla
atividade catalítica contra uma variedade de substratos como os proteoglicanos
(agrecan, brevican e versican), que são proteínas presente na matriz extracelular
(MEC). As ADAMTS exibem características estruturais que lhes conferem um grande
potencial para exibir múltiplas funções. Exibem função crucial em vários processos
como proliferação, adesão, invasão e sinalização celular. As alterações nessas
enzimas estão presentes em diversos tumores, o que sugere que estas proteínas
podem estar envolvidas no processo carcinogênico em diferentes caminhos.
Especificamente a ADAMTS-1 tem sido correlacionada com a tumorigênese de
algumas neoplasias como no câncer de mama, pulmão e pâncreas. Assim como a
ADAMTS, agrecan, brevican e versican são expressos em vários tumores e a
regulação alterada desses proteoglicanos pode contribuir para o desenvolvimento da
carcinogênese. Neste trabalho foram estudadas ADAMTS-1, agrecan, brevican e
versican no ameloblastoma e TOCC. Foram incluídos 20 casos de ameloblastoma e
6 casos de TOCC, utilizados como controle. A expressão de ADAMTS-1, agrecan,
brevican e versican foi avaliada por imunohistoquímica e as áreas de marcação
foram mensuradas e analisadas. Para análise de correlação entre as proteínas
estudadas utilizou-se o teste de Spearman. Todas as amostras de ameloblastoma
expressaram ADAMTS-1, agrecan, brevican e versican. Todas as amostras de
TOCC também expressaram as mesmas proteínas, porém numa quantidade
significativamente menor que no ameloblastoma. A diferença de expressão de
ADAMTS-1 e brevican no epitélio do ameloblastoma e do TOCC foi significante
estatisticamente (p<0,0105). Assim como a expressão de agrecan e versican, no
epitélio do ameloblastoma e do TOCC, também foi estatisticamente significante
(p<0,0067) e (p<0,0148), respectivamente. Não houve correlação entre as proteínas
estudadas. / Ameloblastoma and calcifying cystic odontogenic tumor (CCOT) are odontogenic
tumors with origin odontogenic epithelium, but it is not yet known stimulus or trigger
that lead to neoplastic transformation of tumors. The biological behavior of the
lesions is distinct because the ameloblastoma is more aggressive and significant rate
of tumor recurrence. CCOT is a less aggressive tumor and recurrence rarely there
and therefore was used as a control in the study. Therefore, the complete elucidation
of the mechanisms by which these odontogenic tumors show such biological
behavior remains a challenge for researchers. The ADAMTS (A Disintegrin and
Metalloproteinase with thrombospondin) are metalloendopeptidases who are
dependent on zinc in its catalytic domain. These enzymes have catalytic activity
against a broad range of substrates including proteoglycans (aggrecan, brevican and
versican), which are proteins present in the extracellular matrix (ECM). The ADAMTS
exhibit structural features that confer great potential to display multiple functions.
Exhibit crucial role in various processes such as proliferation, adhesion, invasion and
cell signaling. Changes to these enzymes are present in various tumors, suggesting
that these proteins may be involved in the carcinogenic process in different ways.
Specifically, ADAMTS-1 has been correlated with tumorigenesis of some cancers
such as in breast, lung and pancreatic cancer. Like ADAMTS, aggrecan, versican
and brevican are expressed in various tumors and altered regulation of
proteoglycans may contribute to the development of carcinogenesis. In this work
ADAMTS-1, aggrecan, brevican and versican in ameloblastoma and CCOT were
studied, 20 cases of ameloblastoma and 6 cases of TOCC, used as controls were
included. We evaluated the expression of ADAMTS-1, aggrecan, brevican and
versican by immunohistochemical study and the marking areas were measured and
analyzed. To correlation analysis between the studied proteins used the Spearman
test. All samples of ameloblastoma expressed ADAMTS-1, aggrecan, brevican and
versican. All samples TOCC also expressed the same proteins, but in significantly
less than the amount ameloblastoma. The difference in expression of ADAMTS-1
and brevican in the epithelium of ameloblastoma and of TOCC was statistically
significant (p<0.0105). As the expression of aggrecan and versican, between
ameloblastoma and TOCC, in the epithelium was also statistically significant
(p<0.0067) and (p<0.0148), respectively. There was no correlation between the
proteins studied.
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Avaliação da expressão da proteína twist em amostras de carcinoma epidermóide bucal e sua correlação com aspectos clínico-patológicosABREU, Michelle Carvalho January 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-08-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entre as neoplasias malignas que ocorrem na boca, 95% são representadas pelo carcinoma epidermóide de boca (ceb). no brasil, as estimativas para o ano de 2014, segundo o inca, apontam mais de 15.290 novos casos. esses dados mostram que o ceb representa um problema de saúde pública em razão de a morbidade afastar, na maioria dos casos, grande número de cidadãos do mercado de trabalho, além de onerar os custos com a saúde no estado, fruto dos dias de internação e do tratamento aplicado. a patogênese do ceb está relacionada a fatores genéticos além de agentes químicos, como o consumo de tabaco e álcool, físicos e biológicos, considerados carcinogênicos. o fator de transcrição twist foi recentemente apontado como um importante regulador da tem durante a progressão tumoral e metástase e vem se tornando um importante marcador diagnóstico e prognóstico para pacientes devido ao fato de sua sobre-regulação positiva e metilação do gene estarem sendo implicados em vários tipos de câncer. apesar de muitos estudos fornecerem importantes insights sobre a compreensão da biologia dos tumores malignos bem como dos genes envolvidos na tem, os mecanismos de twist na tumorigênese e na transição epitelial-mesenquimal do carcinoma epidermóide bucal ainda precisam ser elucidados. neste estudo nós investigamos o padrão de expressão da proteína twist através da técnica de imuno-histoquímica em 59 amostras carcinoma epidermóide bucal (ceb) provenientes de pacientes usuários do sistema único de saúde do estado do pará e avaliamos a existência de associação dos resultados com características clínico-patológicas dos tumores estudados e com a sobrevida dos pacientes. os resultados mostraram uma associação estatisticamente significante entre o consumo de álcool e os sítios mais afetados pelo ceb, sugerindo que o etanol pode desempenhar um papel potencializador dos agentes do tabaco nos sítios que recebem maior exposição dessas substâncias. a expressão da proteína twist também mostrou uma diminuição na média de sobrevida dos indivíduos. apesar dessa diminuição não ter apresentado significância estatística em nossos estudos, acreditamos que ela deve ser mais amplamente estudada, visando o melhor entendimento do papel desta no carcinoma epidermóide bucal. a positividade de marcação da proteína demonstrou relação com o tabagismo, onde 87,8% dos pacientes fumantes, apresentaram marcação positiva para a proteína, corroborarando o fato de que o fumo pode modular a expressão de marcadores tem incluindo twist. em síntese, os resultados deste estudo evidenciam algumas correlações intrigantes, que no nosso entender merecem especial atenção, no intuito de serem esclarecidas. assim como a localização intracelular da proteína observada neste estudo, que possivelmente está relacionada a algum processo oncogênico ainda não descrito. / Among the malignant neoplasms that occur in the mouth, 95% are represented by oral squamous cell carcinoma (oscc). in brazil, the estimates for the 2014, according to the inca point more than 15,290 new cases. these data show that the oscc represents a public health problem because of the morbidity away a large numbers of patients from de work, and weigh the cost of health care in the state, due the days of hospitalization and the treatment applied. the pathogenesis of the oscc is related to genetic factors as well as chemical agents, such as tobacco and alcohol, physical and biological agents considered carcinogenic. the transcription factor twist was recently appointed as an important regulator of emt during tumor progression and metastasis and has become an important diagnostic and prognostic marker for patients due to the fact its positive upregulation and methylation of the gene are being implicated in several cancers. although many studies provide important insights into understanding the biology of malignant tumors as well as genes involved in emt, twist mechanisms in tumorigenesis and epithelial-mesenchymal transition in oral squamous cell carcinoma remain to be elucidated. in this study we investigated the pattern of expression of twist protein by immunohistochemical technique in 59 oscc samples from patients from the national health system of the state of pará and evaluated the possible association of the results with clinical and pathologic features survival of patients.the results showed a statistically significant association between alcohol consumption and the most sites affected by the oscc, suggesting that ethanol may play a potentiating role of tobacco agents in sites that receive greater exposure of these substances. the expression of twist protein also showed a decrease in average survival of individuals. despite this decline have not shown statistical significance in our studies, we believe that it should be more widely studied, aiming at a better understanding of its role in oral squamous cell carcinoma. the positivity of protein labeling demonstrated relationship to smoking, where 87.8% of smoking patients showed positive staining for protein, corroborating the fact that smoking can modulate the expression of emt markers including twist. in summary, the results of this study show some intriguing correlations, which in our opinion deserve special attention in order to be clarified. as the intracellular localization of the protein observed in this study, is probably related to some oncogenic process is not described
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