Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-26T11:34:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 244166 bytes, checksum: 28b894d0c84b084bd5eff97592beb6a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-26T11:34:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 244166 bytes, checksum: 28b894d0c84b084bd5eff97592beb6a0 (MD5) Previous issue date: 2005-02-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo geral deste trabalho foi piramidar genes de resistência à antracnose em um cultivar de feijoeiro de grão tipo “carioca”. Em uma primeira etapa, 30 linhagens elite de feijoeiro com grãos tipo “carioca”, desenvolvidas por diversos centros de pesquisa do país, e que têm se destacado em ensaios de competição, foram inoculadas com 18 patótipos de Colletotrichum lindemuthianum. Os resultados das inoculações mostraram que a grande parte das linhagens é altamente suscetível à maioria dos patótipos avaliados. No entanto, de certa forma, os programas de melhoramento têm evoluído em relação ao desenvolvimento de cultivares de maior espectro de resistência, pois quatro das linhagens apresentaram resistência a todos os patótipos de ocorrência nacional avaliados. Para piramidar os dois principais genes de resistência à antracnose do cultivar G 2333, duas populações derivadas do cruzamento entre Rudá (recorrente) e G 2333 (doador) foram utilizadas. Uma população RC1F3 foi selecionada com base no marcador molecular OPAB3450C ligado ao gene Co-5, e outra população RC3F5 foi selecionada com base no marcador OPAS13950C ligado ao gene Co-42. Foram feitos testes de progênie por meio de inoculações com C. lindemuthianum; análises moleculares com primers RAPD para determinação das distâncias genéticas. Obteve-se 10 famílias homozigotas para o gene Co-42 e similares ao genitor recorrente, e sete famílias homozigotas para o gene Co-5 e com distância genética relativa em relação ao genitor recorrente variando de 40,9 a 27,8%, com todas as famílias, apresentando características de grãos similares às do cultivar Rudá. Estas 17 famílias foram inoculadas com 12 patótipos de C. lindemuthianum, sendo 10 de ocorrência freqüente no território nacional e outros dois de alta virulência, provenientes de outros países. As linhagens portadoras do gene Co-5 comportaram-se como suscetíveis apenas aos patótipos estrangeiros, enquanto as linhagens portadoras do gene Co-42 apresentaram resistência a todos os patótipos, inclusive ao 2047. Com base nos dados de distância genética e espectro de resistência, as linhagens 1-46-7 (Co-5) e 19-1-1-7 (Co-42) foram selecionadas para serem utilizadas na etapa final da piramidação. Essas duas linhagens foram cruzadas com a linhagem Rudá “R” portadora dos genes Co-4, Co-6, Co-10, Ur- ON e Phg-1. Plantas F1 provenientes de cada cruzamento foram intercruzadas e geraram sementes F1. Das plantas F1 obtidas destas sementes, foi extraído DNA para análise com marcadores moleculares estreitamente relacionados aos genes de resistência (SCAR Y20, AB3, AZ20, F10, BA8, H13 e RAPD AS13). Plantas F1 que apresentaram marcas relacionadas a todos os genes de resistência foram submetidas à autofecundação para gerar sementes F2. Destas, foram obtidas 505 plantas F2, das quais o DNA foi extraído para novas análises moleculares. A partir destas análises, foram selecionadas 52 plantas F2, contendo as sete marcas moleculares. Estas plantas foram autofecundadas, obtendo- se famílias F3 que foram abertas em teste de progênie com o patótipo 2047, a fim de se diferenciar as plantas que possuem o alelo Co-42 das que possuem o alelo Co-4. Das 52 famílias abertas no teste de progênie, 18 apresentaram resistência não segregante ao patótipo 2047, o que permite dizer que estas famílias apresentam o alelo Co-42 fixado. / This work aimed to pyramid anthracnose resistance genes in a "carioca-type" common bean line. Initially, 30 elite “carioca-type” common bean lines developed by several research centers in the country, with outstanding performance in official trials, were inoculated with 18 pathotypes of Colletotrichum lindemuthianum. The inoculation results showed that most of the lines were highly susceptible to most of the pathotypes. They also showed that the breeding programs have advanced lately in the development of lines with larger resistance spectrum. Four lines were resistant to all the pathotypes tested that occur in Brazil. To pyramid the two main anthracnose resistance genes present in cultivar G 2333, two populations derived from crosses between Rudá (recurent parent) and G 2333 (donor parent) were used. One population (BC1F3) underwent selection based on the presence of RAPD molecular marker OPB03450C linked to the allele Co-5. The other population (BC3F5) was selected based on the marker OPAS13950C linked to the allele Co-42. Progeny tests were performed by inoculations with C. lindemuthianum, and molecular analyses were done with RAPD primers for genetic distances determination. Ten homozygous families were obtained for the allele Co-42, all genetically similar to the recurrent parent. Seven homozygous families for the allele Co-5 with relative genetic distance in relation to the recurrent parent varying from 40.9 to 27.8% were also obtained. All the selected families presented “carioca-type” grains like the recurrent parent Rudá. These 17 lines were inoculated with 12 C. lindemuthianum pathotypes, 10 of which frequently detected in several growing regions in Brazil and two highly virulent pathotypes from other countries. The lines bearing the Co-5 allele were susceptible only to the foreign pathotypes, while the lines bearing the Co-42 allele were resistant to all pathotypes, including pathotype 2047. Based on the genetic distance and resistance spectrum data lines 1-46-7 (Co-5) and 19-1-1-7 (Co-42) were selected to be used in the final stage of the pyramiding process. These two lines were crossed with the line Rudá "R" bearing the alleles Co-4, Co-6, Co-10, Ur-ON and Phg-1. F1 plants derived from each cross were intercrossed producing F1 seeds. DNA was extracted from these plants for analyses with molecular markers closely linked to the resistance genes (SCAR Y20, AB3, AZ20, F10, BA8, H13 and RAPD AS13). F1 plants bearing all the markers were selfed and a total of 505 F2 plants were obtained. Molecular analyses of these plants revealed that 52 of them contained the seven molecular markers. These plants were selfed, and the resulting F3 families were inoculated with pathotype 2047, in order to allow the distinction of plants bearing the Co-42 allele from the ones with the Co-4 allele. From 52 F3 families, 18 did not segregate for resistance to pathotype 2047. This result allows to conclude that these families have fixed the Co-42.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-12-02T08:26:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 633408 bytes, checksum: ef63b5983b6ac3dabc7684d97112ecee (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-02T08:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 633408 bytes, checksum: ef63b5983b6ac3dabc7684d97112ecee (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção genômica pode modificar significativamente a forma como é feita a seleção nos programas de melhoramento, aumentando a acurácia do processo seletivo e os ganhos por unidade de tempo. A eficiência da seleção genômica pode ser avaliada por meio da confiabilidade do valor genético (GBV) estimado por modelos de predição em comparação ao valor genético real do indivíduo. Embora a maioria dos estudos sobre a eficiência da seleção genômica considerar em seus modelos de análise apenas uma população e suas gerações, o pesquisador pode estar interessado em selecionar indivíduos de outras subestruturas da população de referência ou até mesmo de outras populações em que o desequilíbrio de ligação (LD) entre marcador e QTL pode ser diferente. No entanto, a obtenção dos GBVs em um contexto de utilização de múltiplas populações ou amostras pode não ser vantajosa, sendo necessário avaliar a perda de acurácia com a estimação e avaliação dos efeitos dos marcadores em diferentes cenários. Embora o conceito de seleção genômica dependa do LD entre QTL e marcadores, a confiabilidade do valor genético pode ser fortemente influenciada por diversos outros fatores e assim, não apresentar reais vantagens, por exemplo, em relação à seleção fenotípica. Para investigar isso, foram simuladas populações de milho pipoca com diferentes padrões de LD e variância genética. Foram considerados dois caracteres (produção de grãos e capacidade de expansão) determinados por 100 QTLs de mesmo efeito (10 QTLs por grupo de ligação), três densidades de SNPs (um SNP a cada 0,1, 1 e 10cM), duas herdabilidades (0,3 e 0,7) e seis populações representadas na geração 0 e considerando 5 gerações de acasalamento ao acaso, totalizando 144 cenários. Para cada cenário, 30 simulações foram realizadas e 500 plantas foram genotipadas. Em cenário adicional, a fim de avaliar o efeito das relações de parentesco na eficiência da seleção genômica, foram simuladas populações estruturadas em família S1 (FS1), famílias de meios irmãos (FMI), famílias de irmãos completos (FMI) e em população de polinização aberta (OP). A acurácia de predição dos GBVs foi obtida pela correlação entre os valores genéticos paramétricos e os valores genéticos estimados por RR-BLUP. Como resultados, verificamos que a eficiência da seleção genômica em relação à seleção fenotípica é inversamente proporcional a herdabilidade e que para populações com maior LD, menores densidades de marcadores (1SNP/cM) podem ser usadas sem afetar drasticamente a acurácia de predição. No entanto, ao considerar populações de baixo LD e menor variância genética, o uso de maiores densidades de SNP (1SNP/0,1cM) seria necessária a fim de obter acurácia do valor genético maior que 0,55 e 0,70 em herdabilidade de 0,3 e 0,7, respectivamente. Nossos resultados também evidenciaram a necessidade de grande parte dos alelos presentes na população de seleção estejam representados na população de referência. Assim, os modelos de predição do GBV não podem ser usados em populações que apenas possuem estruturas genéticas similares à população onde os efeitos dos marcadores foram estimados, pois a acurácia do GBV tendeu a zero nestes casos. Alem disso, quando diferentes amostras de uma mesma população foram usadas como população de referência e de seleção, houve redução de pelo menos 8 % de acurácia ao considerar a população de seleção em mesma geração da população de referência e redução de no mínimo 22% considerando distanciamento de 5 gerações de acasalamento ao acaso. A estruturação dos indivíduos em famílias de maior relacionamento resultou em maior eficiência da seleção genômica, assim como, um menor tamanho efetivo entre as populações teve impacto positivo sobre os valores de acurácia. Neste caso, a acurácia dos valores genéticos estimados em FS1, para capacidade de expansão em herdabilidade 0,3, foi superior em aproximadamente 15, 30 e 50% em relação à acurácia obtida para FIC, FMI e OP, respectivamente. / Genomic selection can change significantly the way in which the selection is made in breeding programs, by increasing the selective accuracy and earns per unit time. The efficiency of genomic selection can be evaluated through the reliability of the genomic breeding values (GBVs) estimated by prediction models compared to the true breeding values of the individuals. Although most studies about the efficiency of genomic selection consider in the analyses only models with one population and its generations, the researcher may be often interested in individuals from other substructures of the reference population, or even from other populations in which the linkage disequilibrium (LD) between marker and QTL may be different. However, the GBVs prediction in a context of using multiple populations or samples may not be advantageous, being necessary to calculate the decrease in accuracy with estimation and evaluation of the marker effects in different scenarios. Although the concept of genomic selection depends on LD between markers and QTL, the reliability of the breeding value can be strongly influenced by many other factors and thus, do not present real advantage in relation to phenotypic selection, for example. Aiming to investigate these facts, popcorn populations with different patterns of LD and genetic variances were simulated. The dataset refers to grain yield and expansion volume, both controlled by 100 QTLs with the same effect (10 QTLs on each linkage group), three SNP densities (one SNP each 0.1, 1, and 10 cM), two heritabilities (0.3 and 0.7) and six populations represented in generation 0 and considering 5 generations of random mating, totaling 144 scenarios. For each scenario, 30 simulations were carried out and 500 plants were genotyped. To evaluate the effect of family relationships on the efficiency of genomic selection, populations structured in S1, half-sib (HSF), full-sib families (FSF) and open-pollinated (OP) populations were simulated as an additional scenario. The prediction accuracy of the GBVs was obtained through the correlation between the true breeding values and breeding values predicted by RR-BLUP. The results showed that the efficiency of genomic selection in relation to phenotypic selection is inversely proportional to the heritability and low marker densities (1SNP/cM) can be used without affect drastically the prediction accuracy for populations with high LD. However, high SNP density (1SNP/0.1cM) would be required to obtain prediction accuracy greater than 0.55 and 0.70, for the heritabilities of 0.3 and 0.7, respectively, in populations with low LD and genetic variance. Our results also showed that, most of the alleles present in the population under selection must be represented in the reference population. Thus, the prediction model of the GBVs cannot be used in populations who have only similar genetic structures in relation to the population where the marker effects were estimated, because the GBV accuracy tends to zero in these cases. Furthermore, when different samples of the same population were used both as reference and selection populations, there was at least 8% reduction in accuracy when compared to considering the selection population in the same generation of the reference population and, a minimum 22% reduction when considering an interval of five generations of random mating. Individuals structured in families with greater relationship resulted in greater efficiency of genomic selection, as well as, a lower effective size, and had a positive impact on the accuracy. In this case, the prediction accuracy using S1 families was approximately 15, 30 and 50% higher for expansion volume in heritability of 0.3, when compared to the accuracy obtained for FSF, HSP and OP populations, respectively.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-19T08:36:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1103060 bytes, checksum: 2db816e2be5ff856ea3cab2969628d3d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-19T08:36:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1103060 bytes, checksum: 2db816e2be5ff856ea3cab2969628d3d (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A ferrugem asiática da soja causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi é a principal doença da cultura da soja no Brasil. Visando entender a dinâmica da doença no campo e fornecer subsídios para programas de melhoramento visando resistência à doença e estudos de clonagem e caracterização de genes de avirulência do patógeno, esse trabalho teve por objetivo estudar a variabilidade fisiológica e molecular de isolados de P. pachyrhizi coletados em diferentes regiões brasileiras produtoras de soja. Durante os meses de janeiro a setembro de 2014, coletou-se 199 amostras de folhas com sintomas da doença. Deste total, 138 amostras foram recuperadas por meio da inoculação de uredósporos em folíolos destacados. No total, 68 isolados monolesionais de P. pachyrhizi foram multiplicados e armazenados em freezer -80°C e 113 isolados estão sendo multiplicados em folíolos destacados. Dentre os isolados multiplicados, 26 foram utilizados neste estudo. Estes isolados são representativos de 24 locais geograficamente distintos, em 6 Estados localizados em três regiões brasileiras: Centro-Oeste, Sudeste e Sul. Apenas o isolado DF 01-1 tem origem no Distrito Federal. Para avaliação da variabilidade fisiológica foi utilizado um conjunto de variedades diferenciadoras de soja, que incluiu oito genótipos com genes de resistência Rpp1 a 6, dois genótipos com genes R desconhecidos e a cultivar Conquista, suscetível. Para a análise molecular, o DNA genômico foi extraído a partir de esporos congelados dos isolados monolesionais, de uredósporos coletados diretamente das amostras e de tecido infectado. Foi utilizado um conjunto de 18 pares de oligonucleotídeos que amplificam locos microssatélites previamente caracterizados. Três tipos de reação ocorreram nas variedades diferenciadoras de soja em resposta à infecção pelos isolados monolesionais de P. pachyrhizi: reação de hipersensibilidade caracterizada por imunidade com flecks necróticos (IF), lesões vermelho-castanhas (RB) e lesões TAN, típicas de reação de suscetibilidade. Todos os isolados produziram lesão TAN com abundante esporulação na cultivar Conquista e nos acessos PI 200492 (Rpp1) e PI 462312 (Rpp3); lesão RB nos genótipos PI 230970 (Rpp2), PI 459025 (Rpp4), PI471904 (Rpp5), PI 567102B (Rpp6) e PI 594767-A (Rpp1?), e reação de imunidade com flecks necróticos nos acessos PI 587880-A (Rpp1?), PI 587905 (Rpp1?) e PI 587886 (Rpp1?). Os isolados diferiram quanto ao nível de esporulação observado nos genótipos PI 230970 (Rpp2), PI 459025 (Rpp4), PI471904 (Rpp5) e PI 567102B (Rpp6). Observou-se ausência de variabilidade molecular nos locos microssatélites analisados, o que pode ser indicativo de um efeito fundador recorrente na população do patógeno, em razão de seleção imposta pelo uso intensivo de fungicidas e da prática do vazio sanitário. Todavia, essa hipótese deverá ser confirmada por uma análise englobando todos os isolados obtidos e novas amostras coletadas na safra 2014/2015. / Asian soybean rust, caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi, is the main soybean disease in Brazil. Aiming to understand the dynamics of the disease in the field and to contribute to breeding programs aiming disease resistance and to studies of characterization of avirulence genes from the pathogen, the objective of this work was to study the physiological and molecular variability of P. pachyrhizi isolates collected in different soybean producing regions in Brazil. Between January and September of 2014, 199 samples of leaves showing symptoms of the disease were collected. One hundred thirty-eigth populations were recovered from these samples through inoculation of detached leaves with urediniospores. A total of 68 single-lesion P. pachyrhizi isolates were multiplied and stored in a freezer at -80oC and 113 isolates are currently being multiplied on detached leaves. Twenty-six out of the total multiplied isolates were used in this study, which are representative of 24 distinct geographic sites, located in six states corresponding to three major soybean production regions: midwest, southeast and south. The isolate DF 01-1 originated from the Distrito Federal. To evaluate physiological variability, a set of differential soybean varieties was used, including eight genotypes carrying the Rpp-1 to -6 resistance genes, two genotypes with uncharacterized resistance genes and the susceptible cultivar Conquista. For the molecular analysis, genomic DNA was extracted directly from frozen spores collected from single-lesion isolates, from urediniospores collected directly from collected leaf samples and from infected leaves. A set of 18 oligonucleotide pairs was used to amplify microsatellite loci previously characterized. Three types of reactions occurred on differential soybean varieties in response to infection by single- lesion P. pachyrhizi isolates: hypersensitive reaction, characterized by immune necrotic flecks (IF), red-brown (RB) lesions, and TAN lesions, typical of a susceptible reaction. All isolates produced TAN lesions with abundant sporulation on cultivar Conquista and on accessions PI 200492 (Rpp1) and PI 462312 (Rpp3); RB lesions on genotypes PI 230970 (Rpp2), PI459025 (Rpp4), PI471904 (Rpp5), PI 567102B (Rpp6) and PI 594767-A (Rpp1?); and immune reaction with necrotic flecks on accessions PI 587880-A (Rpp1?), PI 587905 (Rpp1?) and PI 587886 (Rpp1?). There were differences among isolates in the level of sporulation on genotypes PI 230970 (Rpp2), PI 459025 (Rpp4), PI471904 (Rpp5) and PI 567102B (Rpp6). Absence of molecular variability in the analyzed microsatellite loci was observed, which could be indicative of recent and recurrent founder effects in the pathogen population as a consequence of the selection pressure by the use of fungicides and the host-free period, a period of 60 to 90 days from July to September during which farmers are restricted from planting soybean (so-called vazio sanitário). This hypothesis needs to be confirmed by a more comprehensive analysis using all isolates collected so far, as well as additional samples collected during the 2014/2015 season.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T08:03:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 351964 bytes, checksum: f91834fae1f8b64d3fed68307f2774b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T08:03:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 351964 bytes, checksum: f91834fae1f8b64d3fed68307f2774b1 (MD5) Previous issue date: 2015-08-10 / A podridão radicular de fitóftora (PRF) é uma das doenças mais agressivas para a cultura da soja, causando danos que podem levar a morte das plantas. O uso de cultivares resistentes é a principal estratégia para redução das perdas causadas por Phytophthora sojae. Por este motivo, estudos de identificação de genes e QTLs (Quantitative Trait Loci) associados à resistência parcial à PRF e associação de marcadores moleculares ligados à estes são de extrema importância. Neste trabalho foi realizada a genotipagem ampla de 68 cultivares de soja utilizando 5353 marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), objetivando encontrar marcadores associados a resistência parcial de soja à Phytophthora sojae através de metodologias de genética de associação. Como resultado, neste trabalho foram localizados via metodologia de modelos lineares mistos (MLM) 23 marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF, dispostos em 9 cromossomos e, dentre estes marcadores, destacou-se o Gm16_29528259_T_C, por ser o com maior valor de associação (-log10(p)=2,9175) e os marcadores Gm05_8656389_T_C e Gm05_8695812_A_G, que apresentaram os maiores valores de r3 (0,18769), explicando, individualmente, 18,769% da variação fenotípica. Via metodologia de stepwise foram localizados 5 marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF (Gm10_37469103_C_A, Gm07_5417760_T_C, Gm11_37106045_C_T, Gm09_41620640_G_T e Gm09_45586982_T_C), dispostos em 4 cromossomos. Estes marcadores juntos obtiveram alto valor de r2 (0,6884), explicando 68,84% da variação fenotípica. Os marcadores SNPs associados à resistência parcial à podridão radicular de fitóftora estão distribuídos em dez grupos de ligação, sendo que, os grupos O, M, B1, A1 e A2, ainda não foram descritos como portadores de regiões controladoras da resistência. Os marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF localizados neste trabalho, após devidamente validados, podem ser utilizados para estabelecer um eficiente programa de seleção assistida por marcadores moleculares para resistência parcial de soja à PRF. / Phytopthora root and stem rot (PRSR) is one of the most aggressive diseases for the soybean crop, causing damage that can cause plant death. The uses of resistant cultivars is the main strategy to reduce losses cause by Phytophthora sojae. For this reason, studies for identifying genes or QTLs (Quantitative Trait Loci) associated with the partial resistance between this disease and the association of molecular markers linked to these genes or QTLs are paramount. In this research was carried out wide genotyping of 68 soybean cultivars using 5353 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) markers. The objective of this research was to identify markers associated with partial resistance to Phytophthora sojae, in soybeans through genetic screening methodology. Were located in the mixed linear models (MLM) methodology 23 candidate markers associated with partial resistance to PRSR, arranged on 9 chromosomes. The SNP Gm16_29528259_T_C stands out for being the higher value of association (-log10(p)=2,9175), the SNPs Gm05_8656389_T_C and Gm05_8695812_A_G showed the highest r2 values (0,18769), explained individually 18,769% of the phenotypic variation. Using stepwise methodology 5 markers associated (Gm10_37469103_C_A, with partial resistance to Gm07_5417760_T_C, PRST were located Gm11_37106045_C_T, Gm09_41620640_G_T and Gm09_45586982_T_C), arranged on four chromosomes. These markers together achieve high r2 value (0,6884), explaining 68,84% of the phenotypic variation. SNPs markers associated with partial resistance to PRSR are spread in ten linkage groups, wherein then groups O, F, B1, A1 and A2 have not been described as having the resistance controlling regions. The candidates markers associated with partial resistance to PRSR located in this research, after being properly validated, can be used to establish and effective marker-assisted selection (MAS) program for partial resistance to PRSR in soybean. / Sem lattes e agência de fomento

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-03T09:22:23Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1632475 bytes, checksum: 40e16d694a3dcc12319c7792625a3a4b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-03T09:22:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1632475 bytes, checksum: 40e16d694a3dcc12319c7792625a3a4b (MD5) Previous issue date: 2015-09-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A seleção genômica (SG) e associação genômica ampla (GWAS) são métodos que exploram o desequilíbrio de ligação (LD) entre marcadores e loci de características quantitativas (QTL). Um dos fatores limitantes para a implementação da SG é a necessidade de um grande número de animais genotipados e fenotipados para obtenção de valores genéticos com alta acurácia. Essa limitação pode ser superada combinando dados de múltiplas populações ou utilizando dados de animais cruzados. O objetivo geral desta tese foi caracterizar os padrões de LD de diferentes populações de suínos. Além disso, avaliar em que medida as diferenças de LD se refletem na acurácia da seleção genômica quando utilizadas diferentes metodologias e arranjos para população de referência e validação. Os arranjos testados foram: utilização de subconjuntos da mesma população como referência e validação (within), populações diferentes nos conjuntos de referência e validação (across) e combinação de duas populações na referência (multi). Nessa tese foram utilizados dados de suínos de linhas puras e de animais cruzados, genotipados com o PorcineSNP60 BeadChip. A regressão Loess proporcionou melhor ajuste aos dados de LD, bem como em predições mais acuradas em comparação a regressão não linear. Mostrou-se também, que a regressão Loess pode ser utilizada para realizar uma comparação estatística do LD decay de diferentes populações. A persistência de fase do LD entre animais cruzados e as linhas puras parentais foi alta, o que nos leva a hipotetizar que associações marcador-QTL similares poderiam ser encontradas em animais cruzados e as linhas parentais e, portanto, esperava-se encontrar altas acurácias de predição genômica entre essas populações. Entre as linhas puras a persistência de fase foi baixa, logo painéis de SNPs de maior densidade deveriam ser utilizados para manter a mesma associação marcador-QTL entre essas linhas. Acurácias obtidas na predição genômica utilizando animais cruzados assim como os arranjos across e multi, não seguiram as expectativas baseadas em LD. Portanto, a consistência de fase de ligação entre populações pode não ser tão importante para a acurácia da seleção genômica como se pensava, mas sim a ação combinada de LD, arquitetura genética e frequências alélicas. Portanto, foi desenvolvida uma metodologia que leva em consideração differenças nas frequências alélicas, bem como informações dos GWAS para comtemplar a arquitetura genética da característica. Esta estratégia trouxe alguns benefícios para a predição genônima para os arranjos within e multi. Ponderações obtidas por meio de GWAS em diferentes conjuntos de dados (uma única população e combinando múltiplas populações) nem sempre resultou em aumento da acurácia, sendo dependente da linha que estava sob seleção. O uso de pesos advindos do GWAS ao se utilizar uma população combinada resultou nas melhores acurácias tanto para os arranjos within quanto multi. A avaliação e o entendimento de como diferenças de LD, frequências alélicas e arquitetura genética afetam a acurácia da predição genômica é fundamental para otimizar a inserção da seleção genômica no melhoramento de suínos. / Genomic selection and genomic wide association studies (GWAS) are widely used methods that aim to exploit the linkage disequilibrium (LD) between markers and quantitative trait loci (QTL). Securing a sufficiently large set of genotypes and phenotypes can be a limiting factor when implementing genomic selection that may be overcome by combining data from multiple populations or using crossbred information. The overall objective of this thesis was to characterize LD patterns in different pig populations and to evaluate whether the differences in LD determine the accuracy of genomic predictions when using different reference sets (within-, across- and multi- population) and methodologies. In this thesis I used data from pure lines and crossbred pig populations genotyped with PorcineSNP60 BeadChip. Loess regression provided a better fit to the real LD data, and more accurate LD predictions could be made, compared to nonlinear regression. It was also shown that Loess regression can be used to statistically compare the LD decay of different populations. The persistence of LD phase between crosses and the parental pig lines was found to be high, from which it was hypothesized that similar marker-QTL associations would be found in a cross and in their purebred parent populations and therefore accuracies of genomic prediction across these populations should be high. Between the pure lines the persistence of phase was low, thus higher density panels should be used to have the same marker-QTL associations across these lines. Accuracies obtained from across- and multi-population genomic prediction and from using crossbred data did however not follow the expectations based on LD. Having the same LD phase may therefore not be as important for genomic prediction accuracy as previously thought but rather the interplay between LD, genetic architecture and allele frequencies also plays a major role. Differences in allele frequencies between lines and information from GWAS on the genetic architecture of traits for the different lines were taken into account in analyses developed in the later chapters. The use of weights, based on GWAS results, was expected to lead the GBLUP model towards the real genetic architecture of the traits. This strategy was shown to have some benefit for the genomic predictions with single- and multi-population data sets. Weights obtained from GWAS in different data sets (within and combining populations) did not always lead to increased accuracies of prediction, depending on which lines the weights are applied to. Using weights from GWAS in a combined population was the best approach, resulting in higher accuracy of GBLUP predictions within single- as well as in multi-population analysis. Understanding and evaluating how the accuracy of within-, across- and multi-population genomic prediction is affected by differences in LD, in genetic architecture and in allele frequencies is key to optimize the accuracy of genomic prediction in pig breeding.

LIMA, E. N. Diversidade genética de clones de aceroleira e reação à Lasiodiplodia theobromae. 2012. 81 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-02T19:34:39Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T20:13:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_enlima.pdf: 1227036 bytes, checksum: 1316c7d2fb1b61d1c496fbfe72e10254 (MD5) Previous issue date: 2012 / The knowledge about genetic variability and relationship among Indian cherry accessions is an important issue to maximize the use of genetic resources in a breeding program. The objectives of this study were to estimate the genetic diversity of 56 Indian cherry genotypes from the seed garden and clone collection of Embrapa Agroindústria Tropical using ISSR as molecular markers and to evaluate their reaction to infection by Lasiodiplodia theobromae. In order to evaluate genetic relationship among Indian cherry genotypes the genetic distance was calculated based on ISSR data. A distance matrix was obtained based on the Jaccard index of arithmetic complement which was used to construct a phylogram tree with all 56 acessions. The tree was constructed using the hierarchical method, the unweight pair-grouped (UPGMA) generated tree and the optimizing Tocher method. To identify resistant/susceptible genotypes to L. theobromae, it was developed a drill method of inoculation the fungus into the woody tissue of the plant stem. The work was carried out under greenhouse conditions with six genotypes. Disease occurrence was observed 15 days after inoculation by observing lesion presence and measuring lesion length. Data on the genetic diversity showed that three genotypes, numbered 36, 46 (Okinawa) and 47 (Barbados) were the most divergent among all 56 studied. Crossings between 36 (12/7/15) x 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) x 31 (68/1/14), 47 (Barbados) x 2 (8/4/8), 47 (Barbados) x 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) x 32 (68/1/15) and 46 (Okinawa) x 36 (12/7/15) may yield favorable genetic combinations allowing a transgressive genotype selection. In the search to identify potentially resistant genotypes, the accessions 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) and 36 (12/7/15) attained high level resistance. As a conclusion, it was possible to estimate genetic variability and resistant genotypes to L. theobromae in the Indian cherry population. These results may provide valuable information for the breeding program in the near future. / O conhecimento da variabilidade e da relação genética entre diferentes acessos de aceroleira é importante para maximizar o uso dos recursos genéticos nos programas de melhoramento. Neste trabalho têm-se como objetivos avaliar a diversidade genética de 56 genótipos de aceroleira pertencentes ao Jardim de Sementes e ao Jardim Clonal da Embrapa Agroindústria Tropical por meio de marcadores moleculares ISSR, e avaliar a reação de genótipos de aceroleira à Lasiodiplodia theobromae. Para a avaliação da relação genética entre os genótipos de aceroleira foi calculada a distância genética entre estes tomando-se como base os dados obtidos por meio dos marcadores moleculares ISSR. Uma matriz de distância foi obtida com base no complemento aritmético do índice de Jaccard, a qual foi usada para a formação de um dendrograma onde os diferentes genótipos foram agrupados. Esse agrupamento foi realizado utilizando-se o método hierárquico, UPGMA e o método de otimização de Tocher. Na identificação de genótipos resistentes/suscetíveis à Lasiodiplodia theobromae, foi utilizado o método de inoculação (Furadeira). A avaliação foi realizada em casa de vegetação, contemplando a avaliação de seis genótipos diferentes. Aos 15 dias após a inoculação (DAI) foi procedida a avaliação externa dos sintomas e a medição do comprimento da lesão. Na avaliação da divergência genética através de marcadores moleculares observou-se que os genótipos 36 (12/7/15), 47 (Barbados) e 46 (Okinawa) foram os mais divergentes entre os 56 genótipos avaliados. Os cruzamentos entre os genótipos 36 (12/7/15) e 32 (68/1/15), 36 (12/7/15) e 31 (68/1/14), 47 (Barbados) e 2 (8/4/8), 47 (Barbados) e 23 (79/10/9), 46 (Okinawa) e 32 (68/1/15) e entre 46 (Okinawa) e 36 (12/7/15) podem resultar em combinações gênicas favoráveis permitindo a seleção de genótipos transgressivos. Buscando identificar clones resistentes os clones 13 (47/5/2), 32 (68/1/15) e 36 (12/7/15) mostraram mais resistentes ao fungo em avaliação. Portanto, foi possível identificar variabilidade genética entre os 56 genótipos de aceroleira, assim como genótipos resistentes à Lasiodiplodia theobromae. Essas informações poderão ser utilizadas em futuros trabalhos de melhoramento genético da cultura da aceroleira.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T21:11:57Z No. of bitstreams: 1 Kathleen Ribeiro SouzaAvaliação de parâmetros moleculares para....pdf: 2252523 bytes, checksum: 982a659125f51498b2c5188068c9718f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T21:11:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kathleen Ribeiro SouzaAvaliação de parâmetros moleculares para....pdf: 2252523 bytes, checksum: 982a659125f51498b2c5188068c9718f (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Apesar do combate recorrente ao mosquito vetor da dengue, o Aedes aegypti, mais de 80% dos estratos da cidade de Salvador-BA apresentam condição de alerta ou risco de surto de dengue. Visto que as abordagens tradicionais para controle do mosquito vetor da dengue não têm produzido os efeitos esperados, o presente estudo avaliou parâmetros moleculares para vigilância entomológica do A. aegypti utilizando ferramentas de geotecnologia e de genética de populações como forma de apoiar o trabalho de campo e ações integradas das instâncias responsáveis pelo controle da dengue. O desenho do estudo apresentou um componente transversal, descrevendo dados sobre a genética de população de larvas de A. aegypti coletadas em Salvador e amostras controle coletadas no ano de 2009 em Jacobina e Vitória da Conquista, além da cepa Rockfeller, e um longitudinal, sobre amostras de quatro áreas (Plataforma, Itapagipe, Tancredo Neves e Itapuã) durante quatro ciclos do LIRAa Salvador entre 2007 a 2009. O DNA de cada larva foi isolado pelo método DNAzol® e genotipado por 5 marcadores SSR através da técnica de PCR e eletroforese capilar. A distribuição espacial dos criadouros foi realizada utilizando-se ortofotos pelo programa Arcview v. 9.3. Para a análise da diferenciação populacional e teste de hipótese foram utilizados os programas GenePop, GenAlEx e Spade, e para inferência populacional utilizamos o programa structure. Os marcadores encontraram-se, em geral, em equilíbrio de H-W e comportaram-se como independentes. Quando utilizamos a estatística Φpt e RST foi possível discriminar significantemente (p<0,05) populações geneticamente diferenciadas de A. aegypti a nível de município, áreas do município de Salvador e estratos pertencentes a estas áreas. O programa structure indicou K igual a 2 populações como ideal para representar os dados, considerando a população de Salvador uma miscigenação de populações de A. aegypti de outras regiões do estado. Os resultados do estudo longitudinal mostraram uma diferenciação entre os ciclos de 2008.3 e 2009.4. As medidas de Ne variaram consideravelmente por área e ciclo evidenciando o efeito de gargalo de garrafa em diferentes períodos em cada área, apesar de não haver correlação com o IIP. A partir dos resultados obtidos, concluímos que o controle vetorial produz alterações sobre a estrutura populacional do A. aegypti, mas que não são efetivas. O uso do georreferenciamento e de informações genéticas do vetor poderiam contribuir para a definição das áreas de abrangência das populações do A. aegypti e para a tomada de decisões a respeito do manejo do tratamento. / Despite the recurring attempts to combat the mosquito vector of dengue, Aedes aegypti, more than 80% of the strata of the city of Salvador-BA show alert condition or risk of an outbreak of dengue. Since traditional approaches to control the mosquito vector of dengue have not produced the expected results, this study evaluated molecular parameters for entomological surveillance of A. aegypti using tools of geotechnology and population genetics as a way of supporting the fieldwork and integrating the actions of the authorities responsible for integrated dengue control. The design of the study had a transverse component, describing data on the population genetics of larvae of A. aegypti collected in Salvador and control samples collected in 2009 in Jacobina and Vitoria da Conquista, in addition to the Rockefeller strain, and a longitudinal samples from four areas (Plataforma, Itapagipe, Tancredo Neves and Itapuã) for four cycles LIRAa of Salvador between 2007 to 2009. The DNA of each larva was isolated by the DNAzol ® method and genotyped with five STR (short tandem repeat) markers by PCR and capillary electrophoresis. The spatial distribution of breeding sites was performed using ortophotos by the program ArcView v.9.3. For the analysis of population differentiation and hypothesis testing the programs GenePop, GenAlEx Spade were used, and for population inference the program structure was used. The markers were usually found to be in H-W equilibrium and behaved as independent. When we use the statistics Φpt and RST it was possible to discriminate (p <0.05) genetically differentiated populations of A. aegypti at the municipal level, between areas of Salvador and strata within these areas. The program structure indicated K equal to 2 populations as ideal to represent the data, considering the population of Salvador is a mixture of populations of A. aegypti in other regions of the state. The results of the longitudinal study showed a difference between the cycles of 2008.3 and 2009.4 Ne measures varied considerably by area and cycle showing the effect of bottleneck in different periods in each area, although no correlation with the IIP. Given these results we conclude that the vector control produces changes on the population structure of A. aegypti, but are not effective. Tthe use of georeferencing and vector’s genetic information could help define the catchment areas of populations of A. aegypti and for making decisions about the management of treatment.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2012-09-11T14:28:57Z No. of bitstreams: 1 FlaviaCarolinaFaustinoAraujo_Estudo comparativo da variabilidade genetica de plasmodium vivax provenientes de infecções primarias e episódios de recaída após tratamento com Primaquina e Cloroquina_2012.pdf: 1462963 bytes, checksum: ef871e04e689d7f6a46a593ebf6d70a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-11T14:28:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FlaviaCarolinaFaustinoAraujo_Estudo comparativo da variabilidade genetica de plasmodium vivax provenientes de infecções primarias e episódios de recaída após tratamento com Primaquina e Cloroquina_2012.pdf: 1462963 bytes, checksum: ef871e04e689d7f6a46a593ebf6d70a8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa de Minas Gerais (FAPEMIG) Rede malária Pronex – CNPq, MS-DECIT, Fapemig, Fapemat, Faperj Centro de Pesquisas René Rachou / A malária humana é causada por protozoários do gênero Plasmodium. Aproximadamente 40% da população mundial encontra-se em risco de infecção. No Brasil foram registrados 333.339 casos da doença em 2010, sendo 85% deles causados pelo Plasmodium vivax. O P. vivax apresenta uma característica importante em seu ciclo de vida, a possibilidade de desenvolver formas latentes no fígado, os hipnozoítos, que podem causar episódios de recaída. Pouco se sabe a respeito dos mecanismos de latência e ativação dos hipnozoítos. Porém dados da literatura relatam uma correlação entre cepa do parasito e padrão de recaída, sugerindo uma programação genética dos parasitos. A escassez de marcadores genéticos para P. vivax tem dificultado as análises de importantes fenótipos do parasito, tais como os padrões de recaídas. Nesse contexto, o objetivo do presente trabalho foi estudar a variabilidade dos parasitos presentes nas infecções primárias e nos episódios de recaída. Sessenta e cinco amostras pareadas de 30 pacientes foram genotipadas utilizando 10 marcadores moleculares (08 microssatélites e os blocos 2 e 10 da MSP-1) através de eletroforese capilar em sequenciador automático de DNA. Além disso, a presença de infecção múltipla nos pacientes foi confirmada através da clonagem dos fragmentos amplificados e genotipagem a partir de diferentes colônias. Na análise baseada nos alelos predominantes foi demonstrado que os parasitos da recaída são principalmente heterólogos em relação à infecção primária e que geralmente ocorre uma flutuação entre os alelos predominantes nos diferentes episódios do indivíduo. Entretanto, o número de alelos por marcador foi limitado e geralmente os alelos foram idênticos nos diferentes episódios da doença num mesmo paciente. A principal contribuição deste trabalho foi demonstrar uma alta taxa de infecções múltiplas tanto das infecções primárias como nas recaídas, pela primeira vez demonstrada, sendo que infecções múltiplas puderam ser identificadas com apenas 5 marcadores. A presença de repetidas recaídas após o tratamento cloroquina/primaquina pode sugerir presença de parasitos resistentes ao tratamento. Com estes resultados espera-se contribuir para o esclarecimento dos aspectos relacionados à diversidade genética dos parasitos das recaídas do P. vivax, que poderão ajudar no seu prognóstico, direcionamento o tratamento e auxiliando no controle da doença. / Human malaria is caused by protozoa from the genus Plasmodium. Approximately 40% of world population is at risk of infection. In Brazil, 333,339 cases of the disease were recorded in 2010 and 80% of these are caused by Plasmodium vivax. P. vivax presents an important characteristic in its life cycle which is the possibility to develop latent forms of the parasite, the hypnozoítes which can cause relapses. Little is known about the mechanism of latency and activation. However, the literature reports a correlation between parasite strain and pattern of relapse, suggesting a genetic programming of parasites. The scarcity of genetic markers for P. vivax has hampered the analysis of important parasite phenotypes, such as patterns of relapse.In this context, the aim of this work was to study the variability of the parasites present in primary infections and relapse episodes. Sixty-five paired samples of 30 patients were genotyped using 10 molecular markers (08 microsatellites and blocks 2 and 10 of MSP-1) by capillary electrophoresis on an automated DNA sequencer. Moreover, the presence of multiple infections was confirmed by cloning of amplicons and genotyping of different colonies. We showed that relapse parasites are mainly heterologous compared to the ones of the primary infection and that a change in the alleles composition occurs in the different episodes of the individual. However, the number of alleles per marker was usually limited and the alleles were identical in the different episodes of the disease in the same patient. The main contribution of this work was to demonstrate a high rate of multiple infections both in primary infection and relapse, demonstrated for the first time, and multiple infections could be identified with only five markers. The presence of repeated relapses after treatment chloroquine / primaquine may suggest the presence of parasites resistant to treatment. With these results we hope to contribute to the clarification of aspects of the genetic diversity of parasites in relapses of P. vivax, which may help in the prognostic treatment guidance and ultimately help control disease.

Submitted by Fabieli Loise Braga Feitosa (bifeitosa@hotmail.com) on 2018-09-28T15:30:30Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fabieli_Feitosa.pdf: 5506988 bytes, checksum: 8a7ab208cd6c4f7e30cb5680429f2990 (MD5) / Rejected by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: PORTARIA Nº 206, DE 4 DE SETEMBRO DE 2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES O PRESIDENTE DA COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR, no uso das atribuições que lhe foram conferidas pelo art. 26 do (a) Estatuto, aprovado (a) pelo Decreto nº 8977, de 30/01/2017, e CONSIDERANDO o indicado nos Editais da CAPES, nos Termos de Compromisso de Bolsista, nos regulamentos de bolsas no exterior e de bolsas no país, no Manual de AUXPE, e no termo de adesão ao Portal de Periódicos; CONSIDERANDO o constante dos autos do processo nº 23038.013648/2018-51, resolve: Art. 1º Os trabalhos produzidos ou publicados, em qualquer mídia, que decorram de atividades financiadas, integral ou parcialmente, pela CAPES, deverão, obrigatoriamente, fazer referência ao apoio recebido. Art. 2º Para fins de identificação da fonte de financiamento fica autorizada a utilização do código 001 para todos os financiamentos recebidos. Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 Agradecemos a compreensão on 2018-09-28T16:51:12Z (GMT) / Submitted by Fabieli Loise Braga Feitosa (bifeitosa@hotmail.com) on 2018-09-28T16:56:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fabieli_Feitosa.pdf: 5506988 bytes, checksum: 8a7ab208cd6c4f7e30cb5680429f2990 (MD5) / Rejected by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: PORTARIA Nº 206, DE 4 DE SETEMBRO DE 2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES O PRESIDENTE DA COORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR, no uso das atribuições que lhe foram conferidas pelo art. 26 do (a) Estatuto, aprovado (a) pelo Decreto nº 8977, de 30/01/2017, e CONSIDERANDO o indicado nos Editais da CAPES, nos Termos de Compromisso de Bolsista, nos regulamentos de bolsas no exterior e de bolsas no país, no Manual de AUXPE, e no termo de adesão ao Portal de Periódicos; CONSIDERANDO o constante dos autos do processo nº 23038.013648/2018-51, resolve: Art. 1º Os trabalhos produzidos ou publicados, em qualquer mídia, que decorram de atividades financiadas, integral ou parcialmente, pela CAPES, deverão, obrigatoriamente, fazer referência ao apoio recebido. Art. 2º Para fins de identificação da fonte de financiamento fica autorizada a utilização do código 001 para todos os financiamentos recebidos. Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001 "This study was financed in part by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Finance Code 001" Agradecemos a compreensão on 2018-09-28T17:56:09Z (GMT) / Submitted by Fabieli Loise Braga Feitosa (bifeitosa@hotmail.com) on 2018-09-28T18:41:40Z No. of bitstreams: 1 Tese_Fabieli_Feitosa_2.pdf: 5507005 bytes, checksum: 3602bdd9aaa7e2f1dcb29be2e822d8ff (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-10-01T17:11:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 feitosa_flb_dr_jabo.pdf: 5507005 bytes, checksum: 3602bdd9aaa7e2f1dcb29be2e822d8ff (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-01T17:11:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 feitosa_flb_dr_jabo.pdf: 5507005 bytes, checksum: 3602bdd9aaa7e2f1dcb29be2e822d8ff (MD5) Previous issue date: 2018-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos “missing” e o “phasing” do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo método de FDR. Os haplótipos associados significativamente foram selecionados ao nível de 10% de significância. Para a prospecção dos genes foi utilizado o banco de dados do NCBI na versão UMD3.1 do genoma bovino, Ensembl Genome Browser, DAVID. Foram associados significativamente (p <0,05), 4, 3, 5, 1, 6, 2 e 7 haplótipos com AGS, AGMI, AGPI, AGPI/AGS, n3, n6 e n6/n3, respectivamente. Estes haplótipos significativos abrigam genes envolvidos no metabolismo lipídico, fatores de alongamento e síntese de ácidos graxos de cadeia longa, receptores de hormônios reprodutivos, transporte e uso de ácidos graxos e colesterol, biossíntese e hidrólise de fosfolipídios e constituintes de membrana, constituintes de membranas celulares, metabolismo energético e síntese de proteína quinase. Assim, a identificação desses haplótipos associados pode contribuir para estudos adicionais para validar essas regiões e prospectar genes candidatos que seriam úteis para programas de melhoramento genético para melhorar a qualidade da carne de bovino Nelore. No capítulo 3, o modelo utilizado para estimar componentes de variância, parâmetros genéticos e predizer os valores genômicos incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo e idade ao abate como uma covariável linear, e o efeito genético aleatório aditivo. A acurácia utilizando haplótipos variou de 0,07 a 0,31 e a utilizando SNPs variou de 0,06 a 0,33. O coeficiente de regressão usando os haplótipos variou de 0,07 a 0,74 e utilizando SNPs variou de 0,08 a 1,45. Apesar da precisão de predição não ter sido alta para ambas as abordagens, podemos considerar a utilização da abordagem SNP na seleção genômica, pois é um método computacional mais eficiente. / The aim of this study were genome-wide association (GWAS) and genomic prediction using haplotypes approach for fatty acid profile of intramuscular fat of longissimus dorsi muscle in Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, finished in feedlot (90 days) and slaughter with about two years old. Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m x 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness, Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 469,981 SNPs and 892 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed and genotypes were phased to haplotypes using FImpute software. Haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. In chapter 2, statistical analyzes incorporating the haplotype information were performed using ASREML software implementing the REML method. The model included fixed effects of the contemporary group (62 levels), haplotype (linear regression in number of copies) and age at slaughter as a linear covariate. The p values were adjusted by FDR method. Haplotypes significantly associated were selected at 10% significance level. For the prospection of the genes, the NCBI database was used in the UMD3.1 version of the bovine genome, the Ensembl Genome Browser and DAVID. There were significantly (p <0.05), 4, 3, 5, 1, 6, 2 and 7 haplotypes associated with SFA, MUFA, PUFA, PUFA/SFA ratio, n3, n6 and n6/n3 ratio, respectively. These significant haplotypes harboring genes involved in lipid metabolism elongation factors and long-chain fatty acid synthesis, reproductive hormone receptors, transport and use of fatty acids and cholesterol biosynthesis and hydrolysis of phospholipids and constituents membrane, cell membrane constituent , energetic metabolism and protein kinase synthesis. Thus, the identification of these associated haplotypes may contribute to further studies to validate these regions and prospect candidate genes that would be useful for breeding programs to improve the quality of Nellore beef. In chapter 3, the model used to estimate variance components, genetic parameters and predict the genomic values included fixed effects of contemporary group and age at slaughter as a linear covariate, and the additive random genetic effect. The accuracy using haplotype approach ranged from 0.07 to 0.31 and using SNP approach ranged from 0.06 to 0.33. The regression coefficient using haplotype approach ranged from 0.07 to 0.74 and using SNP approach ranged from 0.08 to 1.45. Despite prediction accuracy was not high for both approach we can consider use SNP approach in genomic selection because is more efficient computational. / FAPESP: 2015/25304-8/Bolsa de doutorado no país / FAPESP: 2016/24085-3/Bolsa de estágio e pesquisa no exterior / CAPES: 001

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:09:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6379_Dissertação Lorena pós-banca3.pdf: 2456714 bytes, checksum: 1ec33587d44854ca62a725e495c04a5d (MD5) Previous issue date: 2013-03-21 / FAPES / Dentre os morcegos filostomídeos, o gênero Sturnira Gray, 1842 é caracterizado como um grupo que contém relações filogenéticas complexas, por apresentar incongruências quando relacionados dados morfológicos e moleculares. São reconhecidas para o gênero 14 espécies, dentre as quais Sturnira lilium está incluída. Esta espécie possui ampla distribuição, desde e México ao Uruguai. Estudos propondo a existência de mais de uma espécie em S. lilium não são novidade devido à ocorrência de plasticidade morfológica no grupo. Esta possibilidade tem sido levantada em trabalhos atuais que utilizam marcadores moleculares para investigar filogeografia e diversidade genética do grupo. Assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a distribuição da diversidade genética em um contexto filogenético e geográfico em S. lilium, e discutir sobre a possibilidade de espécies crípticas. Para tanto, foram utilizadas sequências de três marcadores mitocondriais, gene citocromo oxidase I, COI (205 sequências), gene citocromo b, Cit b (172 sequências) e região controle do DNA mitocondrial, D-loop (101 sequências), para inferir filogenias e história demográfica do grupo. Também foram calculadas as taxas de divergências e parâmetros populacionais de variabilidade genética. Todos os resultados obtidos apontam para um padrão de estruturação geográfica na distribuição da diversidade genética, com a formação de três clados principais com altos valores de divergência entre eles (5-8%). O clado I foi o de distribuição mais norte, incluindo amostras do México e norte da América Central. O clado II, de distribuição intermediária, incluiu amostras do Panamá e noroeste da América do Sul. Dentro deste clado foi observada a formação de dois agrupamentos com sobreposição de distribuição e 2% de divergência entre eles. O clado III teve distribuição mais ao sul, incluindo amostras da Bolívia e do leste do Brasil. Apesar da estruturação dos grupos, as populações dentro de cada grupo mostraram pouca estruturação, evidenciada pelo compartilhamento de haplótipos entre localidades distantes. Há uma correlação geográfica entre os clados II e III com os biomas Amazônia e Mata Atlântica, respectivamente. Uma hipótese para a evolução desses grupos é a do surgimento do grupo III a partir de um ancestral comum ao norte. Esta hipótese é baseada em dados de demografia populacional que indicam estabilidade populacional no grupo II. Essa estabilidade pode ser associada a uma origem mais antiga, o grupo III apresenta sinais de expansão recente. Além disso, é levantada a possibilidade de ocorrência de pseudogenes em amostras do Brasil, que são mais relacionadas ao clado II do que ao clado III. A característica de fóssil genético é atribuída a esses peseudogenes, pois eles podem variar pouco em relação à sequência original, corroborando a hipótese de um ancestral norte para o clado III. Os três clados podem ser associados a unidades taxonômicas distintas baseadas no Conceito Genético de Espécie, uma vez que as distâncias genéticas entre os clados são próximas às observadas entre os clados de S. lilium e a espécie congenérica S. tildae.