Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5780.pdf: 5855646 bytes, checksum: 3d4781dbb847918fa368d7e2bf601d34 (MD5) Previous issue date: 2014-02-14 / Universidade Federal de Minas Gerais / Brazil has a large and dense hydrographic network distributed in eight major basins, with a great diversity of fish species. Erythrinidae is a small family of Characiformes, represented by only three genera: Erythrinus, Hoplerythrinus and Hoplias. Hoplerythrinus has only three species: H. cinereus (Gill, 1858), H. gronovii (Valenciennes, 1847) and H. unitaeniatus (Agassiz, 1829) and only the latter is found in Brazil, besides also occur in Central America and in several other countries in South America. H. cinereus and H. gronovii have a more restricted distribution and occur only in Trinidad and Tobago and Guyana, respectively. Only H. unitaeniatus has cytogenetic studies, proving to be a diverse chromosomally species, indicating it is a complex of species. In order to progress in the knowledge of the genome of H. unitaeniatus, this study aimed to characterize by conventional Giemsa staining, C-banding, impregnation with silver nitrate and fluorescence in situ hybridization (FISH) with probes of DNAr 18S and 5S, telomeric sequence (TTAGGG)n, histones (H3 and H4), and microsatellite (CA)15, (GA)15, (CAC)10, (GAG)10 and (GATA)n, populations of H. unitaeniatus from five hydrographic basin in Brazil (Amazon, Araguaia, Paraguay, Upper Parana and São Francisco). The diploid numbers found were 2n=48 (Paraguay and Upper Parana), 2n=50 (São Francisco) and 2n=52 (Amazon, Araguaia and São Francisco), besides the occurrence of natural hybrids with 2n=51 chromosomes in the São Francisco basin. The C-banding showed heterochromatic blocks located in the interstitial and pericentromeric position in most chromosomes, but some chromosomes also showed heterochromatic blocks in the centromeric and terminal position in all populations. The impregnation with silver nitrate revealed simple AgNORs for populations of the Amazon and Araguaia and multiple AgNORs for the populations of Paraguay, Upper Parana and São Francisco. FISH with 18S and 5S DNAr probes revealed several chromosomes carrying these cistron, besides the occurrence of synteny in all populations. Probes with telomeric sequence (TTAGGG)n detected sites only in the terminal vii portion of all chromosomes. A dispersed pattern was verified to H3 and H4 histones in the chromosomes and only for H4 was observed strongest blocks in the interstitial position. The chromosomal distribution of the microsatellites (CA)15, (GA)15, (CAC)10, (GAG)10 in the genome of H. unitaeniatus shown to be preferentially located in the terminal position of the chromosomes with some interstitial regions marked. The microsatellite (GATA)n shown dispersed in the chromosomes without preferential accumulation in a specific region of the chromosome in all populations analyzed. The data obtained in this study reinforce the hypothesis that H. unitaeniatus it is not a single species, but the specie complex H unitaeniatus. / O Brasil possui uma ampla e densa rede hidrográfica distribuída em oito grandes bacias, com uma grande diversidade de espécies de peixes. Erythrinidae é uma pequena família de Characiformes, representada por apenas três gêneros: Erythrinus, Hoplerythrinus e Hoplias. Hoplerythrinus possui apenas três espécies: H. cinereus (Gill, 1858), H. gronovii (Valenciennes, 1847) e H. unitaeniatus (Agassiz, 1829), sendo que apenas esta última é encontrada em território brasileiro, além de ocorrer também na América Central e em vários outros países da América do Sul. Hoplerythrinus cinereus e H. gronovii possuem uma distribuição mais restrita e ocorrem apenas em Trinidad e Tobago e Guiana Francesa, respectivamente. Somente H. unitaeniatus possui estudos citogenéticos, demonstrando ser uma espécie cromossomicamente diversa e indicando se tratar de um complexo de espécie. Com o intuito de progredir no conhecimento do genoma de H. unitaeniatus, este trabalho teve por objetivo caracterizar, através de coloração convencional por Giemsa, bandamento C, impregnação por nitrato de prata e hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas de DNAr 18S e 5S, seqüência telomérica (TTAGGG)n, histonas (H3 e H4), e microsatélites (CA)15, (GA)15, (CAC)10, (GAG)10 e (GATA)n, populações de H. unitaeniatus provenientes de cincos bacias hidrográficas brasileiras (Amazonas, Araguaia, Paraguai, Alto Paraná e São Francisco). Os números diplóides encontrados foram 2n=48 (Paraguai e Alto Paraná), 2n=50 (São Francisco) e 2n=52 (Amazônia, Araguaia e São Francisco), além da ocorrência de híbridos naturais com 2n=51 cromossomos na bacia do São Francisco. O bandamento C evidenciou blocos de heterocromatina localizados em posição intersticial e pericentromérica na maioria dos cromossomos, contudo alguns cromossomos também apresentaram blocos heterocromáticos em posição centromérica e terminal em todas as populações. A impregnação por nitrato de prata revelou AgRONs simples para as populações da Amazônia e Araguaia e AgRONs múltiplas para as populações do Paraguai, Alto Paraná e São Francisco. A FISH com sondas de DNAr 18S e 5S revelou vários cromossomos portadores desses cístrons, além da ocorrência de sintenia em todas as populações. A sonda de seqüência telomérica (TTAGGG)n detectou sítios restritos a porção terminal de todos os cromossomos. Para as histonas H3 e H4, foi verificado um padrão disperso pelo cromossomo, sendo que, principalmente para H4, foi verificado blocos mais fortes em posição intersticial. Já a distribuição cromossômica dos microssatélites (CA)15, (GA)15, (CAC)10, (GAG)10 no genoma de H. unitaeniatus mostrou-se alocado preferencialmente em posição terminal dos cromossomos com algumas regiões intersticiais marcadas. O microssatélite (GATA)n apresentou-se disperso pelos cromossomos de todas as populações analisadas, sem um acúmulo preferencial em uma região cromossômica específica. Os dados obtidos neste trabalho vêm reforçar a hipótese de que H. unitaeniatus não se trata de uma única espécie, mas sim do complexo de espécie H. unitaeniatus.

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-04-09T12:47:51Z : No. of bitstreams: 1 000817867_20160327.pdf: 244238 bytes, checksum: 138a4f9eeffca640708f9f2b8c3597ac (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-28T13:37:38Z: 000817867_20160327.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-28T13:38:43Z : No. of bitstreams: 1 000817867.pdf: 1263525 bytes, checksum: 3a4be59983c22dd3e70c88a764890456 (MD5) / Phyllosticta corresponde a um importante gênero de fungos associados ao reino vegetal. Devido à importância econômica dos prejuízos ocasionados por algumas espécies de Phyllosticta e ao comportamento cosmopolita das espécies endofíticas, várias pesquisas têm sido realizadas no intuito de identificar e reclassificar as espécies desse gênero. Mediante a aplicação do sequenciamento de diferentes regiões gênicas, novas espécies de Phyllosticta foram relatadas recentemente, e concomitante aos novos relatos, surgiram dúvidas acerca da identificação das espécies já relatadas e comumente citadas na literatura. Neste contexto, estudos indicaram que mangueiras são hospedeiras de diferentes espécies endofíticas de Phyllosticta spp. e, que P. capitalensis pode ocasionar lesões em frutos de goiabeiras, cujos sintomas eram até então atribuídos à outra espécie do gênero. Assim, tendo em vista a reclassificação e identificação de novas espécies, fez-se necessário a realização de estudos do complexo de espécies de Phyllosticta ainda não conhecidas, dando continuidade aos trabalhos já realizados no Brasil em mangueiras e goiabeiras, culturas nas quais a identificação do fungo ainda não está bem esclarecida. Para tanto, este trabalho objetivou obter uma coleção atual de isolados de Phyllosticta de folhas assintomáticas de goiabeiras e de mangueiras, e de frutos sintomáticos de goiabeiras. Amostras de folhas de ambas as espécies de plantas foram coletadas em bancos de germoplasma e em áreas de produção comercial. Foram selecionados 102 isolados, segundo suas características fenotípicas em meio de cultura, para serem submetidos ao sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2, e dos genes codificadores da actina (ACT) e do gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GPDH). Ainda, a fim de corroborar os resultados obtidos pelo sequenciamento e objetivando analisar o perfil genético dos indivíduos, foram ... / Phyllosticta corresponds to an important genus of fungi associated with the plant kingdom. Due to the economic importance of damages caused by some species of Phyllosticta and the cosmopolitan behavior of endophytic species, several studies have been conducted in order to identify and reclassify species of this genus. Through the application of sequencing of different gene regions, new species of Phyllosticta were recently reported, and concomitant to the new reports, doubts were raised about the identification of previously reported and commonly cited species in literature. In this context, studies indicated that mango is hosted by different endophytic species of Phyllosticta spp. and that P. capitalensis can cause lesions on guava fruits, whose symptoms were previously attributed to other species of the genus. Thus, because of the reclassification and identification of new species, it was necessary to perform studies of the complex of Phyllosticta species not yet known, by continuing the work already carried out in Brazil with guava and mango crops in which the identification of the fungus is still unclear. Therefore, this study aimed to obtain a current collection of Phyllosticta isolates from asymptomatic leaves of guava and mango, and symptomatic fruits of guava. Leaves samples of both plant species were collected in germplasm banks and in areas of commercial production of the fruits. It were selected 102 isolates, according to their phenotypic characteristics in culture medium, to be submitted to the sequencing of ITS1-5.8S-ITS2, actin (ACT) and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GPDH) genes. Also, in order to corroborate the results obtained by sequencing and aiming to analyze the genetic profile of the isolates, fAFLP markers (fluorescent Amplified Fragment Length Polymorphism) analysis were applied. Both techniques allowed the separation of isolates according to their species, which were identified as ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12Bitstream added on 2015-05-14T16:58:59Z : No. of bitstreams: 1 000826564.pdf: 1316430 bytes, checksum: 3e3722dfa54f8e9617ce84d42c56ae16 (MD5) / Genipa americana L., popularmente conhecida como jenipapo, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de destruição, fragmentação e degradação de seus ambientes naturais. Visando contribuir para a conservação in situ e ex situ dessa espécie, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de reprodução e o fluxo gênico contemporâneo de G. americana em um pequeno remanescente florestal (7,2 ha) localizado na Mata da Figueira, na Estação Ecológica de Mogi-Guaçu, Mogi-Guaçú (SP). Na população estudada foram encontradas 188 árvores adultas e sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em dois eventos reprodutivos consecutivos. Trinta e dois locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 40 indivíduos de G. americana. Destes, dezessete foram polimórficos, revelando de três a sete alelos por loco. Utilizando os genótipos das árvores-matrizes e progênies, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de seis locos isolados de G. americana, não sendo detectado desequilíbrio genotípico. No entanto, foram detectados desvios significativos da segregação mendeliana em 20,4% e 36,7% e ligação genética entre os locos em 53% e 68% dos testes realizados nos eventos reprodutivos de 2010 e 2011, respectivamente. A riqueza alélica média dos adultos foi de 8,8, para os juvenis de 7,0 e para as sementes de 2010 e 2011, de 7,2 e 8,4, respectivamente. A heterozigosidade média esperada para os adultos foi de 0,581, para os juvenis de 0,568 e para as sementes de 2010 e 2011, de 0,576 e 0,735, respectivamente. A heterozigosidade média observada para os adultos foi de 0,499, juvenis de 0,356 e sementes de 2010 e 2011, 0,476 e 0,542, respectivamente. O índice ... / Genipa americana L., popularly known as jenipapo is a neotropical tree species whose survival is threatened due to the processes of destruction, fragmentation and degradation of their natural habitats. To contribute to the conservation in situ and ex situ this species, the objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of G. americana in a small remnant forest (7.2 ha) located in the Mata da Figueira, in Mogi Guaçu Ecological Station, Mogi Guaçú (SP). In the population studied we found 188 adult trees and seeds were collected and sampled hierarchically within and among fruits directly from the tree canopy of 15 seed-trees on two consecutive reproductive events. Thirty-two microsatellite loci were developed and validated in 40 individuals of G. americana. Of these, seventeen were polymorphic, revealing of three to seven alleles per locus. Using the genotypes os seed-trees and progenies, was investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of six loci isolated of G. americana, not detecting genotypic disequilibrium. However, significant deviations from Mendelian segregation were found in 20.4% and 36.7 and genetic linkage between the loci in 53% and 68% of the tests performed in the reproductive events of 2010 and 2011, respectively. The average allelic richness of adults was of 8.8, for juvenile of 7.0 and seeds of 2010 and 2011, 7.2 and 8.4, respectively. The average expected heterozygosity for adults was of 0.581, for juvenile of 0.568 and seeds of 2010 and 2011, 0.576 and 0.735, respectively. The average observed heterozygosity for adults was of 0.499, for juvenile of 0.356 and seeds of 2010 and 2011, 0.476 and 0.542, respectively. The average fixation index was significantly different from zero for all samples, suggesting the occurrence of inbreeding. The multilocus crossing rate ( t m ) in ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834736.pdf: 493833 bytes, checksum: d3f0a12fdefdf3d19b9b37d16148c6b4 (MD5) / Características economicamente importantes, como as características de carcaça, medidas post mortem, não vem sendo incluídas nos programas de melhoramento da raça Nelore devido, dentre outros fatores, aos altos custos e dificuldade de mensuração. Com a genômica, torna-se possível a seleção dos animais sem a necessidade de mensuração de seus próprios fenótipos e/ou de seus parentes, e tem-se, também, a possibilidade da realização da busca por genes ou regiões cromossômicas envolvidas com a expressão das características, por meio do estudo de associação genômica ampla (GWAS). Objetivou-se com o presente trabalho comparar diferentes modelos quanto à habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs), e realizar um estudo de associação genômica ampla para as características: peso de carcaça quente, área de olho de lombo e espessura de gordura subcutânea, visando trazer subsídios para a incorporação da informação genômica nas avaliações genéticas de bovinos de corte no Brasil. Foram utilizados dados fenotípicos e genotípicos de 1.756 animais machos da raça Nelore. Os animais foram genotipados com um painel de alta densidade com 777.962 SNPs. Os GEBVs foram preditos utilizando três modelos: Regressão de cumeeira - (Bayesian Ridge Regression - BRR), BayesC (BC) e Lasso Bayesiano - (Bayesian Lasso - BL) e dois tipos de variáveis resposta: o valor genético tradicional e o fenótipo corrigido para os efeitos fixos. A implementação da GWAS foi realizada através da aplicação de um modelo poligênico-genômico, que considerou, simultaneamente, todas as informações disponíveis (fenótipos, pedigree e SNPs) por meio de um processo que combina a matriz de parentesco aditivo com a matriz de parentesco genômico. No geral, foi verificado que as predições genômicas sofreram influência da herdabilidade das características e do tipo de pseudo-fenótipo utilizado, sendo a... / Economic relevant traits as carcass, measured after slaughter, are not included in the animal breeding program of Nelore breed due to the difficult and high cost to measure. With the advent of genomic selection, it is possible to select animals without the need of recording phenotypic performance of its own or from close relatives, and there is also the possibility of investigating genes or chromosome regions affecting the expression of traits using genome-wide association study (GWAS). The aim of this study was to compare different models on the predictive ability of genomic breeding values (GEBVs), and to perform a GWAS for the following traits: hot carcass weight, rib eye area, and backfat thickness, in order to contribute to the incorporation of genomic information into the genetic evaluation of beef cattle in Brazil. Genotypic and phenotypic information of 1,756 Nelore bulls were used in the analysis. Genotypes were generated based on a panel with 777.962 SNPs. The GEBVs were predicted using three models: Bayesian Ridge Regression (BRR), BayesC (BC) e Bayesian Lasso (BL), and two types of response variables: estimated breeding value and adjusted phenotypes for the fixed effects. GWAS was performed using the singlestep approach which combines all available phenotypic, pedigree and genomic information adjusting a polygenic-genomic model. In general, it was verified that heritability and response variable affected the genomic predictions, where the adjusted phenotype was the most appropriate response variable to perform SNPs estimates. It was also observed that the predictive abilities were similar among the methods (BRR, BC and BL). GWAS study detected potential genome regions that may be affecting the phenotypes. These regions can contribute to understand the genetic control of these traits and can be useful to include them into the genetic process for selecting the animals. The results showed that marker assited selection is ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834573.pdf: 1120548 bytes, checksum: 6eda69f309d7f76c454c3e9103377ea1 (MD5) / O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:46:55Z : No. of bitstreams: 1 000829654.pdf: 834681 bytes, checksum: 535db59e9a7f7c45f16a2a15e22c8fd5 (MD5) / A soja vem assumindo importância crescente em áreas canavieiras do Estado de São Paulo, como opção para cultivo em áreas de rotação/sucessão da cana-de-açúcar e para isso, faz-se necessário que o cultivar de soja possua ciclo curto, além de bons atributos agronômicos e alto teor de óleo visando a produção de biodiesel. O objetivo de presente trabalho foi a detecção e mapeamento de QTL's associados aos conteúdos de óleo na soja, em populações F2 derivadas do cruzamento entre linhagens precoces e adaptadas ao sistema de rotação cana-soja (baixo teor de óleo) e genótipos não adaptados a este sistema (alto teor de óleo), visando a utilização de tais QTL's no processo seletivo de populações segregantes. Além disso, objetivou-se ainda a construção de uma curva de calibração para ser utilizada em leituras de teor de óleo por espectroscopia do infravermelho próximo (NIR), em programas de melhoramento de soja. O mapeamento de QTL's foi realizado por marcadores microssatélites (SSR) em população segregante de soja F2 proveniente do cruzamento bi-parental entre a Linhagem 69 (baixo teor de óleo) e o cultivar Tucunaré (alto teor de óleo), onde as leituras de teor de óleo das progênies foram obtidas por NIR. Os modelos de espectroscopia utilizados apresentaram coeficientes de correlação e os erros quadrático médio (RMSEC) respectivamente, de 76% e 0,33 para umidade e 57% e 1,27 para óleo, indicando a viabilidade da metodologia NIR para predição dos parâmetros de umidade e teor de óleo em sementes de soja. Foram detectados dois QTLs associados ao conteúdo de óleo, nos grupos de ligação K e H. A variação fenotípica explicada pelos QTL variou de 7,8% a 46,75%, para o conteúdo de óleo. Foram detectados novos QTL associados ao conteúdo de óleo, divergindo daqueles previamente relatados em outros estudos / Soy has become increasingly important in sugarcane areas of São Paulo, as an option for cultivation in areas of rotation / succession of cane sugar and for this, it is necessary that the soybean cultivar has a short cycle, as well as good agronomic traits and high oil content in order to produce biodiesel. The aim of this study was the detection and QTL mapping associated with the soybean oil content in F2 populations derived from the cross between early lines and adapted to cane soybean rotation system (low oil content) and genotypes not adapted to this system (high oil content), to the use of such QTL in the selection of segregating populations. In addition, aimed to further the construction of a calibration curve for use in oil content readings by near infrared spectroscopy (NIR) in soybean breeding programs. The QTL mapping was performed by microsatellite markers (SSR) in segregating population from F2 soybean bi-parental cross between Line 69 (low) oil and cultivar Tucunaré (high oil content), where the content of readings oil progenies were obtained by NIR. The models used spectroscopy showed correlation coefficients and root mean square errors (RMSEC) respectively, and 0.33 to 76% moisture and 57% oil and 1.27 for indicating the feasibility of NIR method for predicting the moisture parameters and oil content in soybean seeds. Two QTLs were detected associated with the oil content in linking groups K and H. The phenotypic variation explained by QTLs varied from 7.8% to 46.75%, for oil content. New QTL was associated with the oil content, unlike those previously reported in other studies

Este trabalho teve como meta principal contribuir para elucidar algumas das questões em aberto pertinentes à história evolutiva e antropológica de populações nativas americanas. Para isso investigou-se marcadores uniparentais paternos, ligados à NRY, e materno, mtDNA. Para o cromossomo Y foram investigados 108 indivíduos (85 sulameríndios de 16 tribos, pertencentes a 5 grupos lingüísticos, além de 23 asiáticos (siberianos), compreendendo 6 grupos étnicos distintos). Para o mtDNA foram investigados 160 indivíduos (homens e mulheres), compreendendo 10 tribos sulamericanas, pertencentes a 5 grupos lingüísticos distintos. Para o cromossomo Y foram utilizados 26 marcadores (SNPs). Para o mtDNA a região controladora-RC (HVS-I: da posição 16.024 até 16.569, e HVS-II: da posição 001 até 576) e a região imediatamente 5’ à região controladora foram seqüenciadas. Foi possível determinar para o cromossomo Y que Q1a3a* (autóctone nativo-americano, de provável origem beringiana) está fixado em 63% das tribos; o haplogrupo Q1a3*, que por outro lado também é encontrado na Ásia, foi observado entre os Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) e esquimós asiáticos (17%). Merece destaque que Q1a3* parece ser o que até agora era identificado como sendo apenas “haplogrupo Q*”, ou seja, cromossomo Y portador do alelo derivado no loco M242, mas com alelo ancestral para o M3. Nenhuma das novas mutações mencionadas na atual árvore filogenética do cromossomo Y (com exceção do M346, que define Q1a3*) foram encontradas. O seqüenciamento de regiões do cromossomo Y não revelou nenhuma nova mutação. No caso do mtDNA, os indígenas do tronco Ge mostram os haplogrupos B e A como sendo os mais freqüentes, enquanto que nos Tupi esses haplogrupos apresentam freqüências mais elevadas apenas em regiões bastante restritas, ficando o haplogrupo D como o mais freqüente. Cabe salientar que o haplogrupo C apresenta freqüência muito baixa tanto para os Ge quanto para os Tupi, sendo que freqüências um pouco mais elevadas estão quase que geograficamente opostas, ficando no sul do Brasil para os Ge e no norte para os Tupi. Avaliando o modelo de fissão-fusão pôde-se sugerir que: 1) As linhagens mitocondriais tribo-específicas dentro das tribos Kayapó aqui investigadas dificilmente representariam linhagens autóctones, já que o tempo de surgimento de cada tribo por processo de fissão é pequeno para comportar uma rede de novas mutações. As especificidades poderiam estar vinculadas ao modelo de fissão envolvendo grupos de pessoas aparentadas via materna. Nesse caso, grupos de parentes carregariam para fora do grupo parental todas as seqüências pertencentes a uma determinada linhagem. Assim a linhagem estaria presente somente no grupo derivado e não mais no parental; 2) Perda de linhagens parentais na dispersão e/ou por deriva na formação do novo grupo, o que resultaria na diferença encontrada entre os grupos derivados; 3) Embora não se possa excluir alguma fusão posterir a fissão, a quantidade de linhages exclusivas nas tribos Kayapó estaria indicando relativo isolamento dos grupos depois da fissão (ausência ou baixa freqüência de fluxo gênico entre os grupos fissionados levando à relativa baixa freqüência de linhagens compartilhadas), o que denota o fato do fenômeno ser recente (atritos ainda presentes na memória coletiva e/ou familiar dos grupos fissionados) como estabelecido pelos dados históricos (início do século XVII). Esse fato poderia sugerir que a fusão demanda mais tempo para ocorrer; 4) O compartilhamento das linhagens mais comuns, normalmente na raiz das networks, entre os Tupi e os Ge, parece denotar mais ancestralidade comum do que importante fluxo gênico depois da formação desses dois grandes estoques lingüísticos. / This work has as its main aim to elucidate some of the still open questions about the evolutive and anthropological history of the Native American populations. Paternal uniparental markers, in the NRY, and maternal, mtDNA, were investigated to do that. For the Y chromosome, 108 individuals were investigated (85 South-Amerindians from 16 tribes, belonging to 5 linguistic groups, and 23 Asians (Siberians), covering 6 distinct ethnical groups). For the mtDNA, 160 individuals (men and women) were evaluated, covering 10 South-American tribes, belonging to 5 distinct linguistic groups. For the Y chromosome 26 SNPs were tested and some regions sequenced. For the mtDNA the control region-CR (HVS-I: from position 16.024 to 16.569, and HVS-II: from position 001 to 576) and the region immediately 5’ of the control region were sequenced. It was possible to determine that Q1a3a* (a Native American autoctonous chromosome, probably of Beringian origin) is fixed in 63% of the tribes; the haplogroup Q1a3*, which, moreover, is also encountered in Asia, was observed in Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) and Asian Eskimos (17%). It is worth mentioning that Q1a3* appears to be what until now has been identified as “haplogroup Q*” only, that is, Y chromosome carrier of the derived allele in the M242 locus, but with an ancestral allele for M3. Any of the new mutations mentioned in the current Y chromosome phylogenetic tree (except M346, which defines Q1a3*) were encountered. Sequencing of Y chromosome regions hasn’t revealed any new mutation. In the mtDNA’s case, the Ge indians show the haplogroups B and A as the most frequent ones, while in the Tupi indians these haplogroups show high frequencies only in very restrict regions, being haplogroup D the most frequent. It should be noted that haplogroup C shows very low frequency in both Ge and Tupi, the slightly higher frequencies occuping almost geographically opposite locations, at the South of Brazil for the Ge and on the North for the Tupi. On evaluating the fission-fusion model it could be suggested that: 1) Tribe-specific lineages in the Kayapó tribes investigated here would hardly represent autoctonous lineages, since the time of emergence of each tribe by fission process is small to bear a web of new mutations. The specificities could be related to the fission model involving maternally related groups of people. In this case, groups of relatives would carry out of the parental group all the sequences belonging to a determined lineage. Therefore the lineage would be present only in the derived group and not in the parental anymore; 2) Loss of parental lineages in the dispersion and/or by drift in the new group’s formation, which would result in the differences found between the derived groups; 3) Though some fusion posterior to the fission cannot be excluded, the amount of exclusive lineages in the Kayapó tribes would indicate a relative isolation of the groups after the fission (absence or low frequency of gene flow between the fissioned groups leading to relative low frequency of the shared lineages), which denotes the fact of the phenomenon being recent (struggles still present in the collective and/or familiar memories of the fissioned groups) as estabilished by historical data (beginning of the XVII century). This fact could suggest that the fusion demands more time to occur; 4) The sharing of the more common lineages, normally in the networks’ nodes, between Tupi and Ge, appears to denote more common ancestrality than important gene flow after the formation of these two great linguistic stocks.

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / Abstract: In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ... / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:53Z : No. of bitstreams: 1 000865167.pdf: 1042136 bytes, checksum: 98de41633875acc2f639cd4a4336f7ea (MD5) / Croton antisyphiliticus Mart. ex M. Arg. é uma planta medicinal nativa do Cerrado, utilizada na medicina popular para infecções do aparelho urogenital. Os objetivos deste trabalho foram estabelecer a cultura de calos, avaliar a variabilidade genética e química em populações naturais de C. antisyphiliticus, usando marcadores moleculares AFLP e quantificar por HPLC o ácido ent-kaur-16-en-18-oico em folha, raiz e calos. Para indução de calogênese foi utilizado segmento de caule e folhas, inoculados em meio MURASHIGE e SKOOG suplementenda com auxinas AIB, ANA e 2,4-D. A avaliação da diversidade genética e química foi realizada a partir de acessos coletados nos estados de Minas Gerais, São Paulo, e Goiás. A genotipagem dos indivíduos foi realizada no equipamento 4300 DNA Analyser LI-COR®. O maior rendimento no teor do ácido ent-kaur-16-en-18-oico (38,54%) foi obtido no meio de cultivo suplementado com 4mg/L de 2,4-D no trigésimo sexto dia. O marcador molecular AFLP foi eficiente para caracterizar a variabilidade genética em populações de C. antisyphiliticus, a variabilidade dentro delas foi maior do que entre as mesmas e o valor do Fst foi 0,3830 evidenciando que as populações estão altamente estruturadas. A maior porcentagem de locus polimórficos (92,16%) e a maior diversidade genética foi encontrada nos acessos da população de Pratinha. O fluxo gênico foi considerado restrito (Nm= 1,18) e não houve correlação entre distâncias genéticas e geográficas. A diversidade química encontrada entre e dentro das populações foi relacionada tanto a fatores genéticos, quanto ambientais sendo a produção do ácido ent-kaur-16-en-18-oico mais viável por cultura de tecido do que a partir de plantas coletadas in situ. / Croton antisyphiliticus Mart. ex M. Arg. is a medicinal plant native of the Cerrado, used in folk medicine for the urogenital tract infections. The aim of this study were to establish callus culture, evaluate the genetic and chemistry variability in natural populations of C. antisyphiliticus using AFLP molecular markers and quantify by HPLC the ent-kaur-16-en-18-oico acid in leaf, root and callus. For callus induction was used stem segments and leaves, inoculated in Murashige and Skoog supplementend with auxin IBA, NAA and 2,4-D. The genetic diversity and chemistry was performed from accesses collected in the states of Minas Gerais, São Paulo and Goiás. The genotyping of individuals was held in 4300 DNA Analyzer equipment LI-Cor®. The highest yield the acid content Kaur-ent-16-en-18-oic acid (38,54) was obtained in the culture medium supplemented with 4 mg/l 2,4-D in the thirty-sixth day. The AFLP molecular marker was efficient to characterize the genetic variability in populations of C. antisyphiliticus. The variability within populations was greater than between them and the value of Fst was 0.3830 showing that the populations are highly structured. The highest percentage of polymorphic loci (92.16%) and the greatest genetic diversity was found in the access of the population of Pratinha. Gene flow was considered restricted (Nm = 1.18) and there was no correlation between genetic and geographic distances. The chemical diversity found among and within populations was related both the genetic factors and environmental, and production of ent-kaur-16-en-18-oic acid by tissue culture was most viable than from plants collected in situ.

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-12-01. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:51:09Z : No. of bitstreams: 1 000865131.pdf: 520117 bytes, checksum: 91056e3b2cd8c27c469abfbd99f32de1 (MD5) / Uma vez que a mecanização possibilita o plantio da cana-deaçúcar em épocas desfavoráveis e também estimula a ocorrência de ferimentos nos toletes, o aumento na utilização desse tipo de plantio favorece algumas podridões, como a podridão abacaxi, a qual pode ser considerada uma das mais importantes doenças da cultura da cana-de-açúcar. No entanto, há poucos estudos sobre a variabilidade genética do seu agente causal, Thielaviopsis paradoxa, fato que dificulta os programas de melhoramento genético da cultura para essa doença. Assim sendo, esse estudo teve como objetivo avaliar, por meio de marcadores AFLP (Polimorfismo de Comprimento de Fragmento Amplificado) a diversidade genética existente em 11 isolados de T. paradoxa provenientes de cinco diferentes regiões produtoras de cana-de-açúcar no Brasil. Foram obtidas 298 bandas polimórficas, mas, excluindo isopolimorfismos restaram 174 bandas com correlações diferentes de (1) ou (-1) nos 11 isolados, evidenciando diversidade entre os isolados de T. paradoxa em estudo, a qual pode ser explicada, principalmente pela característica polífaga do patógeno e sua conseqüente baixa especificidade. Os valores médios de PIC (Conteúdo Informativo de Polimorfismo) de cada combinação de primers apresentaram uma média de 0,406, valor que pode ser considerado alto, ou seja, informativo, tratando-se de marcador dominante. O fenograma construído com as 174 bandas reuniu os 11 isolados em três diferentes grupos. O grupo I incluiu cinco isolados e três Estados (BA, GO e SP), o grupo II incluiu cinco isolados e três Estados (SP, PR e MG) e o grupo III incluiu apenas um isolado e um Estado (SP). Portanto, o presente estudo demonstrou haver alto polimorfismo entre os isolados de de T. paradoxa, fato que sinaliza a existência de alta variabilidade genética dessa espécie de fitopatógeno / Once mechanization allows sugarcane planting in almost all year and increases mechanical injuries, this type of planting provides the occurrence of many diseases, as pineapple disease, which is an economically important sugarcane disease that occurs in almost all sugarcane commercial planting areas. The genetic improvement of sugarcane to this disease is affected because of the lack of studies about genetic diversity of Thielaviopsis paradoxa, causal agent of pineapple disease. Thus, the genetic diversity study of 11 isolates of T. paradoxa from five different sugarcane commercial planting areas was accomplished using AFLP technique. A total of 298 polymorphic bands were obtained, but only 174 polymorphic bands had correlation different than (1) or (-1) in the 11 isolates of T. paradoxa. Based on our result was possible to infer genetic variation among T. paradoxa isolates. Once T. paradoxa is parasitic on a range of economic and food crops, this fact can explain the detected genetic variation among T. paradoxa isolates. The medium values of PIC (Polymorphism Information Content) of each primers combination revealed an average of 0,406, which can be considered high (informative), once the molecular marker is dominant. The phenogram, obtained by 174 polymorphic bands, separated the 11 isolates in three different groups. The group I contained five isolates and three Brazilian States (BA, GO e SP), the group II contained five isolates and three Brazilian States (SP, PR e MG) and the group III contained only one isolate and one Brazilian State (SP). Therefore, this study showed high polymorphism among T. paradoxa isolates, what reveal high genetic variability in this phytopathogenic specie