O carcinoma epidermóide cutâneo de tronco e extremidades (CECTE) é doença localizada e tratável na maioria dos casos, com alta prevalência tanto em nosso meio como mundialmente. Apesar disto, pode cursar com progressão local, metastatização regional e distante, com morbidade e mortalidade. Fatores prognósticos relacionados a doença localmente avançada são pouco conhecidos e pesquisados. Este estudo objetiva conhecer a expressão de marcadores moleculares da família HER (EGFR, HER-2, HER-3, HER-4), E-caderina e podoplanina além de fatores clínicos, anatomopatológicos e dos próprios marcadores moleculares relacionados a metástases linfonodais e prognóstico em portadores de CECTE localmente avançado. A análise realizada foi retrospectiva com 63 pacientes de duas instituições Hospital de Câncer de Barretos e Amaral Carvalho de Jaú, portadores de CECTE localmente avançado (T3 e T4), através de pesquisa em prontuário dos pacientes, revisão dos blocos de parafina e lâminas para análise de dados anatomopatológicos e confecção de Tissue Micro Array para análise por técnica de imunohistoquímica da expressão dos marcadores da família HER, E-caderina e podoplanina nos tumores primários e nas metástases linfonodais quando presentes. Como resultados, tivemos no tumor primário EGFR com expressão aumentada (positiva) em 25,5% dos casos, HER-2 negativa em todos, HER-3 positiva em 87,3% e HER-4 em 47,3%, E-caderina positiva na membrana em 47,3% e citoplasma em 29,1%, podoplanina positiva em 29,1%. Nas metástases linfonodais EGFR teve expressão positiva em 40,0%, HER-2 negativa em todos, HER-3 positiva em 84%, HER-4 positiva em 44,0%, E-caderina positiva na xvii membrana em 28,0% e 3,6% no citoplasma, e a podoplanina em 40,0%. O infiltrado linfocitário intratumoral foi o único fator associado a presença de metástases linfonodais (53,3% contra 16,4%; p=0,046). Pacientes com tumores T3 tiveram maior taxa de sobrevida específica por câncer em cinco anos que os T4 (62,5% contra 26,8%; p=0,012) e pacientes sem metástases linfonodais tiveram maior taxa de sobrevida que pacientes com metástases durante o seguimento e metástases à apresentação (79,4% contra 39,6% contra 20,6%; p=0,021). Pacientes com tumores indiferenciados tiveram menor taxa de sobrevida (23,8% contra 82,2%; p=0,010), assim como aqueles portadores de tumores com expressão aumentada de podoplanina (23,5% contra 71,9%; p=0,018). A diferença de sobrevida dos fatores acima relacionados manteve-se na análise multivariada. Nas metástases linfonodais a maior expressão de HER-4 foi relacionada a menor taxa de sobrevida (37,5% contra 53,3%; p=0,038). Como conclusão determinou-se a expressão dos marcadores da família HER, E-caderina e podoplanina no CECTE localmente avançado; O infiltrado linfocitário intratumoral foi associado ao surgimento de metástases linfonodais; portadores de tumores T3, baixo grau histológico, N0 e podoplanina negativos tiveram maiores taxas de sobrevida. Os pacientes com metástases linfonodais HER-4 positivas apresentaram menor taxa de sobrevida. / Cutaneous squamous cell carcinoma of trunk and extremities is a local and easily treatable disease in most of cases, with high prevalence in our community and worldwide. Despite of this, it can present local progression, regional (lymph node) and distant metastasis with morbidity and mortality. Prognostic factors related to locally advanced disease are not well established being reported in few studies. The aim of this study is to determine the expression of molecular markers as HER family (EGFR, HER- 2,HER-3, HER-4), E-cadherin, podoplanin, and clinical and histopathological factors related to lymph node metastasis and prognosis in patients with locally advanced cutaneous squamous cell carcinoma of trunk and extremities (CSCCTE). There were 63 patients studied from two institutions: Hospital Amaral Carvalho de Jaú and Hospital de Câncer de Barretos with locally advanced CSCCTE (T3 and T4), retrospectively analyzed through review of medical records and tumor paraffin blocks and slides, and construction of a Tissue Micro Array for immunohistochemical analysis of molecular markers expression in the primary tumors and lymph node metastasis. The results showed in the primary tumor, EGFR positive (hyperexpression) in 25,5%, HER-2 negative in all, HER-3 positive in 87,3% and HER-4 in 47,3%. E-cadherin was positive in the membrane in 47,3% and in the cytoplasm in 29,1% and podoplanin was positive in 29,1%. Lymph node metastasis expression: EGFR was positive in 40,0%, HER-2 negative in all, HER-3 positive in 84%, HER-4 positive in 44,0%. E-cadherin was positive in the membrane in 28,0% and 3,6% in the cytoplasm. Podoplanin was positive in 40,0%. Intratumoral lymphocytic infiltrate was the only factor related to lymph node metastasis (53,3% contra 16,4%; p=0,046). Patients xix with T3 tumors presented higher cancer specific 5-years survival rate than T4 ones (62,5% contra 26,8%; p=0,012) and patients without lymph node metastasis presented higher cancer survival rate than those presenting initially and during follow-up (79,4% contra 39,6% contra 20,6%; p=0,021). Patients with undifferentiated tumors presented lower survival rate (23,8 % contra 82,2%; p=0,010), as well as patients with podoplanin hyperexpression (23,5% contra 71,9%; p=0,018). All these differences in survival rates were sustained in multivariate analysis. Considering patients with lymph node metastasis, those with HER-4 hyperexpression presented lower survival rate (37,5% contra 53,3%; p=0,038). In conclusion, the expression of HER family, E-cadherin and podoplanin were determinate in this specific patient setting; Intratumoral lymphocytic infiltrate was the only factor related to lymph node metastasis; Patients with T3 tumors, low histological grade, N0 and negative primary tumor expression of podoplanin presented higher survival rates. Metastatic patients to the lymph nodes with metastasis positivity to HER-4 presented lower survival rate.

A depressao refrataria e caracterizada por ciclos recorrentes de longa duracao de episodios severos, que nao remitem ao utilizar varios tipos de antidepressivos. Ate 20% desses pacientes necessitam de tratamentos com a utilizacao de multiplos antidepressivos e/ou eletroconvulsoterapia (ECT). Para minimizar a duracao da doenca, o surgimento de reacoes adversas a medicamentos e os custos medicos com o tratamento, torna-se util o conhecimento previo da terapia que provavelmente sera mais efetiva e melhor tolerada para cada paciente. Um dos objetivos deste trabalho foi identificar polimorfismos de DNA em genes envolvidos na farmacocinetica e farmacodinamica dos antidepressivos, que poderiam estar envolvidos com a resposta terapeutica na depressao unipolar ou bipolar. Para tanto, avaliamos polimorfismos de DNA tais como: CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, ABCB1, SCL6A2, SLC6A3, HTR1A, HTR2A, TPH1, TPH2, COMT. Desse modo, polimorfismos nos genes selecionados foram genotipados em pacientes com depressao que respondem ao tratamento e em pacientes com os mesmos diagnosticos que sao refratarios ao tratamento medicamentoso e, por esse motivo, sao submetidos a ECT. Em nosso estudo, encontramos somente diferencas significativas no genotipo entre refratarios e respondedores para o gene ABCB1 [aumento da frequencia do genotipo CT em pacientes refratários para o polimorfismo rs1128503 (p=0,007) ] e para o polimorfismo rs6314 no gene HTR2A [ aumento da frequencia do genotipo AG em pacientes respondedores (p=0,042) ]. Para os demais genes nao encontramos diferencas entre as frequencias alelicas e genotipicas. Para realizarmos uma analise mais abrangente, utilizamos o metodo CART (Classification regression tree). Com ele pudemos fazer um modelo de Arvore de Decisao que possibilitou unificar os resultados dos genotipos dos polimorfismos estudados nos genes CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, ABCB1, SCL6A2, SLC6A3, HTR1A, HTR2A, TPH1, TPH2, COMT, afim de identificar o conjunto de genotipos que poderiam mostrar o percentual de chance dos pacientes serem refratarios ou respondedores, ou seja, conseguimos adequar uma metodologia estatistica que avalia os genótipos de diferentes genes em conjunto, identificando assim, qual e a contribuicao dos genotipos para a condicao de refratario ou respondedor. Com isso, criamos um modelo de analise de varios genotipos ao mesmo tempo que seleciona aqueles que melhor classificam os grupos (refratarios e respondedores). O que seria mais eficaz do que fazer associacoes individuais, porque, a arvore de decisao e capaz de encontrar interacao entre os genotipos, alem de evitar colinearidade. Com nossos dados de genotipagem, conseguimos uma arvore que apresenta uma sensibilidade de 81,6%, especificidade de 58,1% e precisao de 71,5%. Acreditamos que futuramente a utilizacao da combinacao de genotipos de um grupo de genes relacionados a farmacocinetica e dinamica de medicamentos utilizados no tratamento de diferentes doencas, possa ser simplesmente inserido em um banco de dados que determine as possibilidades do paciente responda ou nao a determinado tratamento (baseado no modelo da Arvore de Decisao). Acreditamos tambem que a determinacao de um conjunto de polimorfismos relacionados a resposta e refratariedade ao tratamento com antidepressivos pode trazer beneficios clinicos ao paciente, contribuindo para a personalização da terapia, melhorando a eficacia do tratamento da depressao unipolar ou bipolar / Refractory depression is characterized by recurrent cycles of long and severe episodes which did not remit even with the use various classes of antidepressants. Up to 20% of patients need treatments with the use of multiple antidepressants and/or electroconvulsive therapy (ECT). To minimize the duration of the disease, the adverse drug reactions and medical costs with treatment, it is useful to have prior knowledge of the therapy that will probably be more effective and better tolerated for each patient. One of the objectives of the work was to identify DNA polymorphisms in genes involved in pharmacokinetics and pharmacodynamics of antidepressants, which could be involved in the therapeutic response in unipolar or bipolar depression. To this end, we evaluated the DNA polymorphisms on the genes: CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, ABCB1, SCL6A2, SLC6A3, HTR1A, HTR2A, TPH1, TPH2, and COMT. Thus, polymorphisms in selected genes were genotyped in patients with depression who respond to treatment and in patients with the same diagnosis who are refractory to drug treatment and, therefore, are subjected to ECT. In our study, only significant differences between the genotype of refractories and nonrefractory patients were in the ABCB1 gene [increase of the CT genotype frequency in patients refractory to the rs1128503 polymorphism (p=0.007)] and the rs6314 polymorphisms in the HTR2A gene [the increased frequency AG genotype in non-refractory patients (p=0.042)]. For other genes we found no differences between the allele and genotype frequencies. In order to conduct a more comprehensive analysis, we used the CART method (classification regression tree). With it, we could make a decision tree model that made it possible to unify the results of the genotypes of the polymorphisms studied in the CYP2D6, CYP2C19, CYP2C9, ABCB1, SCL6A2, SLC6A3, HTR1A, HTR2A, TPH1, TPH2, COMT genes, in order to identify a set of genotypes that could show the probability of one patient being refractory or non-refractory to treatment, i.e., we can tailor a statistical methodology that evaluates the genotypes of different genes together, thereby identifying which is the contribution of genotypes for the condition of refractory or non-refractory. Therefore, we created a model of analysis of various genotypes at the same time selecting those that best classify groups (refractory and non-refractory), what would be more effective than do individual associations, because the decision tree is able to find interaction between genotypes and avoids collinearity. With our data genotyping, we got a tree that has a sensitivity of 81.6%, specificity of 58.1% and accuracy of 71.5%. We believe that the future use of the combination of genotypes of a group of genes related to pharmacokinetics and dynamics of drugs used to treat different diseases can be simply inserted into a database to determine the chances of the patient to respond or not to the treatment (according to the decision making tree model). We also believe that the determination of a set of polymorphisms related to the response and non-response to treatment with antidepressants can bring clinical benefits to patients, contributing to customize therapy, improving the effectiveness of the treatment of unipolar or bipolar depression

Orientador: Lilian Madi-Ravazzi / Coorientador: Rogério Pincela Mateus / Banca: Maria Tercilia Vilela de Azevedo Oliveira / Banca: Adriana Coletto Morales Corrêa Castro / Banca: Luciana Paes de Barros Machado / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Resumo: Drosophila sturtevanti é uma espécie neotropical com distribuição geográfica extensa que ocorre do México ao sul do Brasil e nas ilhas do Caribe. Na América do Sul é abundante e adaptada a diferentes fitofisionomias da Mata Atlântica. Estudos reprodutivos, cromossômicos, enzimáticos, moleculares e morfológicos indicam a existência de diferenciação entre suas populações. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o nível de diversidade genética e analisar a estrutura das populações de três regiões geográficas do Brasil em áreas da Mata Atlântica do Nordeste, Sudeste e Sul usando microssatélites espécie-específicos. No presente estudo, 126 machos de D. sturtevanti foram coletados em nove fragmentos da Mata Atlântica e analisados para 11 locos de microssatélites espécie-específicos. Um total de 109 alelos foram produzidos, variando de 2 a 16 alelos por loco, e a heterozigosidade média observada foi baixa (0,20 a 0,38). Houve uma diferenciação genética moderada (FST = 0,08) entre populações e alta deficiência heterozigótica. Não houve correlação entre distância genética e geográfica. Mais de 50% das populações apresentaram as frequências alélicas fora do equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os marcadores microssatélites mostraram um polimorfismo considerável e riqueza alélica nas populações de D. sturtevanti, bem como uma estrutura populacional moderada que sugere evidência de fluxo gênico. A maior diferenciação da população de Ribeirão da Ilha, SC pode ser atribuída ao efeito de... / Abstract: Drosophila sturtevanti is a Neotropical species with extensive geographic distribution occurring from Mexico to the south of Brazil and the Caribbean islands. In South America it is abundant and adapted to different phytophysiognomies of the Atlantic Forest. Reproductive, chromosomal, enzymatic, molecular and morphological studies indicate the existence of differentiation among their populations. The objective of the present work was to evaluate the level of genetic diversity and to analyze the structure of the populations of three geographic regions of Brazil in areas of the Atlantic Forest of the Northeast, Southeast and South using species-specific microsatellites. In the present study, 126 males from D. sturtevanti were collected from nine fragments of the Atlantic Forest and analyzed for 11 species-specific microsatellite loci. A total of 109 alleles, ranging from 2 to 16 alleles per polymorphism locus, were produced, and the observed mean heterozygosity was low (0.20 to 0.38). There was a moderate genetic differentiation between populations (FST = 0.08) and high heterozygotus deficiency. Geographical distances did not contribute to genetic differentiation. More than 50% of the populations presented the allelic frequency out of Hardy-Weinberg equilibrium. Microsatellite markers showed a considerable and allelic richness in the populations of D. sturtevanti, as well as a moderate population structure indicating evidence of gene flow. The high differentiation of the ... / Doutor

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB; OMIM #194050) é causada por microdeleções em hemizigose de genes contíguos na região 7q11.23. Fácies típico, estenose aórtica supravalvar (EASV), deficiência intelectual, personalidade amigável e hiperacusia constituem as principais características da SWB. A deleção mais freqüente é de 1,55Mb, porém deleção de 1,84Mb também já foi descrita. Embora a técnica de hibridização in situ por fluorescência (FISH) ser amplamente utilizada na detecção da deleção, os marcadores microssatélites são considerados altamente informativos e de fácil manejo. OBJETIVOS: Testar os marcadores microssatélites para o diagnóstico da SWB, determinar o tamanho e origem parental da microdeleção, comparar as características clínicas entre os pacientes com diferentes tamanhos da deleção e origem parental. MÉTODOS: Foram estudados 97 pacientes com diagnóstico clínico de SWB utilizando cinco marcadores microssatélites: D7S1870, D7S489, D7S613, D7S2476 e D7S489_A. A partir do DNA genômico dos probandos e de seus genitores, foi realizada reação em cadeia da polimerase (PCR), seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante (uréia, com 7,5 M) e os resultados visualizados com coloração de prata. RESULTADOS E DISCUSSÃO: Com cinco marcadores juntos, o resultado foi informativo em todos os pacientes. O marcador mais informativo foi D7S1870 (78,4%), seguido por D7S613 (75,3%), D7S489 (70,1%) e D7S2476 (62,9%). A deleção foi encontrada em 84 (86,6%) pacientes e sua ausência em 13 (13,4%) pacientes. A deleção de 1,55 Mb foi observada em 76/84 pacientes (90,5%) e 1,84 Mb em 8/84 pacientes (9,5%). A origem parental da deleção foi materna em 44/84 pacientes (52,4%) e paterna em 40/84 pacientes (47,6%). Alterações oculares foram mais freqüentes em pacientes com deleção. Não houve diferença nos achados clínicos entre o tamanho ou a origem parental da deleção, exceto para EASV, presente em maior freqüência nos pacientes com deleção paterna. Os resultados por marcadores microssatélites foram concordantes com FISH positivos, no entanto, em dois pacientes com FISH negativos, a microdeleção foi detectada apenas pelos marcadores. CONCLUSÃO: O uso de cinco marcadores microssatélites selecionados foi informativo em todos os pacientes. Em dois casos, os marcadores foram mais eficientes que FISH, portanto pode ser considerado um método alternativo para o diagnóstico molecular da SWB / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS; OMIM 194050) is caused by hemizygous contiguous gene microdeletions at 7q11.23. Typical facies, supravalvular aortic stenosis (SVAS), mental retardation, overfriendliness and hiperacusis comprise typical symptoms in WBS. The most common deletion is 1.55 Mb, however 1.84 Mb deletion also has been described. Although fluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used in the detection of deletion, microsatellite markers are considered highly informative and easily manageable. PURPOSE: Test the microsatellite markers for the diagnosis of WBS, to determine the size and parental origin of microdeletion, compare the clinical characteristics between patients with different sizes of the deletion and parental origin. METHODS: We studied 97 patients with clinical diagnosis of WBS using five microsatellite markers: D7S1870, D7S489, D7S613, D7S2476 and D7S489_A. From the genomic DNA of probands and their parents was performed polymerase chain reaction (PCR), followed by electrophoresis on denaturing polyacrylamide gel (urea, 7.5 M) and the results visualized with silver staining. RESULTS AND DISCUSSION: Using five markers together, the result was informative in all patients. The most informative marker was D7S1870 (78.4%) followed by D7S613 (75.3%), D7S489 (70.1%) and D7S2476 (62.9%). The deletion was found in 84 (86.6%) patients and absent in 13 (13.4%) patients. The deletion of 1.55 Mb was observed in 76/84 patients (90.5%) and 1.84 Mb in 8 / 84 patients (9.5%). The parental origin was maternal in 44/84 patients (52.4%) and paternal in 40/84 patients (47.6%). Abnormalities ocular were more frequent in the patients with a deletion. There were no clinical differences in relation to either the size or parental origin of the deletion, except for SVAS, present in more frequency in the patients with paternal deletion. The results for microsatellite markers were concordant with FISH positive, however, in two patients with negative FISH, the microdeletion was detected only by the markers. CONCLUSION: Using these five selected microsatellite markers was informative in all patients. In two cases, the markers were more efficient than FISH, thus can be considered an alternative method for molecular diagnosis in SWB

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Marcadores genéticos presentes no cromossomo Y, como os microssatélites (Y-STRs) e polimorfismos de único nucleotídeo (Y-SNPs) são utilizados na caracterização de linhagens masculinas, visto que são transmitidos às gerações seguintes sem alterações, a menos que ocorram mutações (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Por isso, esses marcadores são amplamente empregados em diversas situações, destacando-se o uso constante dos Y-STRs na genética forense por apresentarem alta capacidade de discriminar linhagens. Recentemente, foram descritos 13 marcadores com taxas de mutação substancialmente superiores àquelas verificadas para loci STR do cromossomo Y, denominados Rapidly Mutating (RM) Y-STRs (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). Devido às taxas de mutação elevadas, os RM-YSTRs apresentam maior eficiência na discriminação entre indivíduos proximamente relacionados, pertencentes à mesma linhagem patrilínea. O presente trabalho buscou aprofundar o conhecimento acerca das características populacionais e mutacionais dos loci RM-YSTRs em amostra do Rio de Janeiro, contribuindo com estudos desta natureza na população brasileira. Realizou-se a análise de 13 loci do cromossomo Y em 258 indivíduos do sexo masculino, compondo 129 pares de pais e filhos, nascidos no estado do Rio de Janeiro. O DNA das amostras foi extraído, conforme os protocolos vigentes na rotina do LDD-UERJ. As sequências genéticas de interesse foram amplificadas pela técnica de reação em cadeira da polimerase (PCR) através da realização de três PCR multiplex, cujos produtos de amplificação foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI-3500 (Applied Biosystems). Para os pares pai/filho que apresentaram haplótipos mutados, empregou-se a técnica de sequenciamento para confirmação das mutações. Os loci RM-YSTR geraram um poder de discriminação de 1,0 na amostra analisada, o que significa que todos os 129 indivíduos da amostra populacional apresentaram haplótipos diferentes para tais marcadores, com frequências de 0,0077 e diversidade haplotípica igual a 1. Além disso, foram obtidos valores elevados de diversidade gênica para os 13 marcadores. A análise de distância genética e os resultados de AMOVA baseados nos valores de Fst demonstraram que os RM-YSTR não indicam subdivisão populacional e traços ancestrais comuns. Tais valores estão associados às elevadas taxas de mutação encontradas, cuja média foi de 2,11 x 10-2. Foi possível observar que os loci RM-YSTR são muito discriminativos na amostra miscigenada analisada, além de terem maior capacidade de diferenciar indivíduos do que outros conjuntos de marcadores normalmente usados em estudos populacionais e análises forenses. Sendo assim, é possível concluir que os marcadores RM-YSTR são promissores para discriminar indivíduos da mesma linhagem patrilínea, visto que devido às suas elevadas taxas mutacionais e poder de discriminação, são capazes de diferenciar indivíduos de maneira mais eficiente do que os outros conjuntos de STR. Porém, é necessário maior número de estudos para melhor caracterização destes loci em diferentes populações. / Genetic markers on Y chromosome, as microsatellites (Y-STRs) and single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) are used for the characterization of male lineages, since they are fully transmitted to next generations unless mutations occurs (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Therefore, these markers are widely applied in several situations, highlighting the constant use of Y-STRs in the field of forensic genetics because of their high capacity of discriminate lineages. Recently, 13 rapidly mutating markers were described due to their highly mutation rates in comparison to other common Y-chromosome STRs, being called as Rapidly Mutating Y-STR (RM-YSTR) (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). As a result of their high mutation rates, RM-YSTRs display high efficiency in discriminating paternally related males. The present work aimed to deepen the knowledge about population and mutational RM-YSTR loci characteristics in Rio de Janeiro sample, and then, contribute to other studies with this purpose in Brazilian population. Y chromosome 13 STRs analysis was realized in 258 males born in Rio de Janeiro state, grouped in 129 fathers/sons pairs. The extraction of DNA from biological samples was performed according to routine protocols from LDD-UERJ. Target sequences were amplified by three polimerase chain reactions (PCR) and the amplicons were separated through electrophoresis on automated sequencer ABI-3500 (Applied Biosystems). When mutations were detected, they were confirmed by sequencing. Among the investigated sample, RM-YSTR loci showed a discrimination capacity of 1,0 which means that all 129 analyzed individuals have different haplotypes for these markers, displaying frequencies of 0,0077 and haplotype diversity of 1,0. Moreover, high values of genetic diversities were obtained for the 13 markers. Distance genetic analysis and AMOVA values based on Fst results did not show population substructure and common ancestral traits. These results are associated with high mutation rates found, with an average rate about 2,11 x 10-2. RM-YSTR showed to be very discriminative at this mixed sample, besides proving to be more discriminative than other markers commonly used in population studies and forensic analysis. Thus, it is possible to conclude that RM-YSTR markers are promising to discriminate individuals of the same male strain and due to their high mutation rates and discrimination capacity, they are able to differentiate individuals better than other common markers. Nevertheless, for a better characterization of these loci in different populations more studies are needed.

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB; OMIM #194050) é causada por microdeleções em hemizigose de genes contíguos na região 7q11.23. Fácies típico, estenose aórtica supravalvar (EASV), deficiência intelectual, personalidade amigável e hiperacusia constituem as principais características da SWB. A deleção mais freqüente é de 1,55Mb, porém deleção de 1,84Mb também já foi descrita. Embora a técnica de hibridização in situ por fluorescência (FISH) ser amplamente utilizada na detecção da deleção, os marcadores microssatélites são considerados altamente informativos e de fácil manejo. OBJETIVOS: Testar os marcadores microssatélites para o diagnóstico da SWB, determinar o tamanho e origem parental da microdeleção, comparar as características clínicas entre os pacientes com diferentes tamanhos da deleção e origem parental. MÉTODOS: Foram estudados 97 pacientes com diagnóstico clínico de SWB utilizando cinco marcadores microssatélites: D7S1870, D7S489, D7S613, D7S2476 e D7S489_A. A partir do DNA genômico dos probandos e de seus genitores, foi realizada reação em cadeia da polimerase (PCR), seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante (uréia, com 7,5 M) e os resultados visualizados com coloração de prata. RESULTADOS E DISCUSSÃO: Com cinco marcadores juntos, o resultado foi informativo em todos os pacientes. O marcador mais informativo foi D7S1870 (78,4%), seguido por D7S613 (75,3%), D7S489 (70,1%) e D7S2476 (62,9%). A deleção foi encontrada em 84 (86,6%) pacientes e sua ausência em 13 (13,4%) pacientes. A deleção de 1,55 Mb foi observada em 76/84 pacientes (90,5%) e 1,84 Mb em 8/84 pacientes (9,5%). A origem parental da deleção foi materna em 44/84 pacientes (52,4%) e paterna em 40/84 pacientes (47,6%). Alterações oculares foram mais freqüentes em pacientes com deleção. Não houve diferença nos achados clínicos entre o tamanho ou a origem parental da deleção, exceto para EASV, presente em maior freqüência nos pacientes com deleção paterna. Os resultados por marcadores microssatélites foram concordantes com FISH positivos, no entanto, em dois pacientes com FISH negativos, a microdeleção foi detectada apenas pelos marcadores. CONCLUSÃO: O uso de cinco marcadores microssatélites selecionados foi informativo em todos os pacientes. Em dois casos, os marcadores foram mais eficientes que FISH, portanto pode ser considerado um método alternativo para o diagnóstico molecular da SWB / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS; OMIM 194050) is caused by hemizygous contiguous gene microdeletions at 7q11.23. Typical facies, supravalvular aortic stenosis (SVAS), mental retardation, overfriendliness and hiperacusis comprise typical symptoms in WBS. The most common deletion is 1.55 Mb, however 1.84 Mb deletion also has been described. Although fluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used in the detection of deletion, microsatellite markers are considered highly informative and easily manageable. PURPOSE: Test the microsatellite markers for the diagnosis of WBS, to determine the size and parental origin of microdeletion, compare the clinical characteristics between patients with different sizes of the deletion and parental origin. METHODS: We studied 97 patients with clinical diagnosis of WBS using five microsatellite markers: D7S1870, D7S489, D7S613, D7S2476 and D7S489_A. From the genomic DNA of probands and their parents was performed polymerase chain reaction (PCR), followed by electrophoresis on denaturing polyacrylamide gel (urea, 7.5 M) and the results visualized with silver staining. RESULTS AND DISCUSSION: Using five markers together, the result was informative in all patients. The most informative marker was D7S1870 (78.4%) followed by D7S613 (75.3%), D7S489 (70.1%) and D7S2476 (62.9%). The deletion was found in 84 (86.6%) patients and absent in 13 (13.4%) patients. The deletion of 1.55 Mb was observed in 76/84 patients (90.5%) and 1.84 Mb in 8 / 84 patients (9.5%). The parental origin was maternal in 44/84 patients (52.4%) and paternal in 40/84 patients (47.6%). Abnormalities ocular were more frequent in the patients with a deletion. There were no clinical differences in relation to either the size or parental origin of the deletion, except for SVAS, present in more frequency in the patients with paternal deletion. The results for microsatellite markers were concordant with FISH positive, however, in two patients with negative FISH, the microdeletion was detected only by the markers. CONCLUSION: Using these five selected microsatellite markers was informative in all patients. In two cases, the markers were more efficient than FISH, thus can be considered an alternative method for molecular diagnosis in SWB

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-06-06T15:09:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoPotenciaisMarcadores.pdf: 1422762 bytes, checksum: 1a0509ef0ea8dba76d7b8c811d02ce39 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-06-12T13:57:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoPotenciaisMarcadores.pdf: 1422762 bytes, checksum: 1a0509ef0ea8dba76d7b8c811d02ce39 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T13:57:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoPotenciaisMarcadores.pdf: 1422762 bytes, checksum: 1a0509ef0ea8dba76d7b8c811d02ce39 (MD5) Previous issue date: 2015-08-27 / O câncer de pulmão é um importante problema de saúde pública, ocupando atualmente a décima posição entre as principais causas de morte no mundo e a principal causa de morte dentre as neoplasias malignas. A predisposição individual ao desenvolvimento de câncer de pulmão pode estar associada a polimorfismos genéticos envolvidos na resposta inflamatória, em mecanismos de ativação ou na detoxificação de carcinógenos, assim como, em defeitos nos mecanismos de identificação e reparo de danos sofridos pelo DNA. O presente estudo teve como objetivo investigar a influência de 13 polimorfismos do tipo inserção/deleção em genes do metabolismo e biotransformação (CYP2E1, CYP19A1 e UGT1A1), genes de controle do sistema imunológico e resposta inflamatória (IL1A e IL4), genes que regulam a função de genes de controle do ciclo celular e do sistema imunológico (MDM2 e NFKB1), genes de reparação do DNA (TYMS e XRCC1), gene regulador da apoptose (CASP 8), gene regulador da hemostasia (PAR1) e gene de controle do ciclo celular (TP53,) quanto a suscetibilidade ao câncer de pulmão. Os polimorfismos foram genotipados por uma reação de PCR multiplex em pacientes com diagnóstico confirmado para câncer de pulmão e em indivíduos da mesma população, sem essa doença. A ancestralidade genética de todos os indivíduos foram estimadas por um painel de marcadores informativos de ancestralidade. Uma análise de regressão logística controlando pelas variáveis idade, gênero e tabagismo foi realizada para determinar a influência dos polimorfismos na susceptibilidade ao câncer. Não foram encontradas diferenças estatisticamente significativas entre os grupos com câncer e sem câncer. Os polimorfismos estudados não estão associados à suscetibilidade ao câncer de pulmão na população do Pará. / Lung cancer is a major public health problem, currently occupying the tenth position among the leading causes of death worldwide and the leading cause of death among cancer. The individual predisposition to developing lung cancer could be associated with genetic polymorphisms related to the inflammatory response, activation mechanisms and detoxification or carcinogens, as well as defects in the mechanisms of the DNA repair. This study aimed to investigate the influence of 13 polymorphisms of the type insertion / deletion in genes of the metabolism and biotransformation (CYP2E1, CYP19A1 and UGT1A1), control genes of the immune system and inflammatory response (IL1A and IL4), genes that regulate control of gene function of the cell cycle and immune system (MDM2 and NFKB1), DNA repair genes (TYMS and XRCC1), regulator of apoptosis gene (CASP 8), regulator of hemostasis gene (PAR1) and control gene cell cycle (TP53) as susceptibility to lung cancer. Polymorphisms were genotyped by a multiplex PCR reaction of patients with a confirmed diagnosis for lung cancer and individuals from the same population without the disease. The genetic ancestry of all individuals were estimated by a panel of ancestry informative markers. A logistic regression analysis controlling for age, gender and smoking was performed to determine the influence of polymorphisms in susceptibility to cancer. No statistically significant differences between the groups with cancer and without cancer were founded. Polymorphisms studied are not associated with susceptibility to lung cancer in the Pará population.

Orientador: Paulo Câmara Marques Pereira / Resumo: A doença de Chagas (DC), causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), ainda é considerada como um problema de saúde pública em muitos países da América Latina. De acordo com a Organização Mundial da Saúde, estima-se que entre seis a sete milhões de pessoas no mundo estejam infectadas. Indivíduos na fase crônica da doença podem ser classificados como assintomáticos ou sintomáticos (estes, desenvolvendo as formas clínicas cardíaca, digestiva ou mista). Os assintomáticos correspondem a 70% dos indivíduos nessa fase e, embora apresentem sorologia positiva para anticorpos anti T-cruzi, não desenvolvem manifestações clínicas da doença. O motivo pelo qual alguns pacientes permanecem assintomáticos, e outros desenvolvem sintomas severos, ainda é desconhecido. Fatores genéticos do hospedeiro são bastante relevantes e podem explicar a heterogeneidade encontrada em pacientes que vivem com a doença em áreas endêmicas. Diante disso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) no gene TNF-α (rs1800629) e ACAT-1 (rs1044925) em indivíduos com DC crônica e verificar se os mesmos estão relacionados com a susceptibilidade para manifestação de formas clínicas sintomáticas com uso da técnica PCR-RFLP. Foram genotipadas 124 amostras para o gene TNF-α e 135 para o gene ACAT-1. Foi observada associação significativa da presença do alelo A do gene TNF- α em indivíduos sintomáticos em relação aos assintomáticos (p = 0,045). Também houve associação si... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chagas disease (CD), caused by the protozoan Trypanosoma cruzi (T. cruzi), is still considered a public health problem in many Latin America countries. According to the World Health Organization, it is estimated that between six and seven million people worldwide are infected. Disease’s chronic phase individuals may be classified as asymptomatic or symptomatic (these, developing as clinical cardiac, digestive or mixed forms). Asymptomatic individuals account for 70% of the patients at this stage and, although they have positive serology for anti-T-cruzi antibodies, they do not develop it’s clinical manifestations. The reason why some patients remain asymptomatic, and others develop severe symptoms, is still unknown. Host’s genetic factors are quite relevant and may explain the heterogeneity found in patients living with the disease in endemic areas. The objective of this study was to evaluate SNPs in the TNF-α (rs1800629) and ACAT-1 (rs1044925) genes in individuals with chronic CD and to verify if the polymorphisms are related to the susceptibility to manifestation of symptomatic clinical forms using the PCR-RFLP technique. Were genotyped 124 samples for the TNF-α gene and 135 for the ACAT-1 gene. Significant association for the presence of the A allele of the TNF-α gene was observed for symptomatic individuals in relation to the asymptomatic ones (p = 0.045). There was also a significant association between the G allele (p = 0.008) and the GG genotype (p = 0.001) of the TNF-... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T18:39:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2869939 bytes, checksum: 08096f9e604c1fe651e880958476ddb4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:39:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2869939 bytes, checksum: 08096f9e604c1fe651e880958476ddb4 (MD5) Previous issue date: 2004-08-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O principal objetivo deste trabalho foi caracterizar, fenotipicamente, linhagens de feijão do cruzamento Ouro Negro x Pérola, quanto à reação a Colletotrichum lindemuthianum (raças 73, 81 e 89) e Uromyces appendiculatus (mistura das raças 15, 35, 45, 49, 50 e 59) e avaliar, em campo, o desempenho das linhagens que mostraram-se resistentes. Paralelamente, objetivou-se também avaliar a eficiência dos marcadores moleculares SCARF10 1050 (relacionado à resistência à antracnose e à ferrugem) e OPX11 550 (relacionado à resistência à ferrugem), identificados e mapeados em outras populações, com vistas à seleção assistida na população Ouro Negro x Pérola. Inicialmente, 400 linhagens (progênies F 7:8 ) do cruzamento Ouro Negro x Pérola foram inoculadas com a raça 89 de C. lindemuthianum. Dentre as linhagens resistentes, 68 com grãos de boa aceitação comercial foram inoculadas com as raças 73 e 81 de C. lindemuthianum e com a referida mistura de raças de U. appendiculatus. No experimento de campo, foram avaliadas 75 linhagens, que, sob inoculação artificial, mostraram-se resistentes à raça 89 de C. lindemuthianum. As testemunhas, constituídas pelos genitores (Pérola e Ouro Negro), o cultivar Talismã e as linhagens Vi 4899, VC4, e Rudá-Piramidado foram, também, avaliadas em campo. utilizou-se um látice quadrado triplo, com parcelas constituídas de duas linhas com 2m de comprimento cada uma. Na avaliação da eficiência dos marcadores moleculares, foram caracterizadas 150 linhagens do cruzamento Ouro Negro x Pérola, fenotipicamente, por meio de inoculação artificial de C. lindemuthianum (raça 89). Paralelamente, uma planta de cada linhagem foi genotipada, utilizando-se os marcadores SCARF10 1050 e OPX11 550 . A partir da inoculação artificial, foram identificadas 42 linhagens resistentes às raças de C. lindemuthianum e de U. appendiculatus, utilizadas no estudo. Considerando os resultados da caracterização fenotípica e da avaliação de campo, foram identificadas 10 linhagens que apresentaram grãos de bom aspecto comercial, iguais ou superiores àqueles do cultivar Pérola quanto à produtividade de grãos. Estas linhgens mostraram-se resistentes à antracnose e ferrugem, além de, moderadamente resistentes à mancha- angular. Das 150 linhagens avaliadas por meio de inoculação artificial, 61 mostraram-se resistentes às raças 73, 81 e 89 de C. lindemuthianum, sendo que, 42 destas foram resistentes a uma mistura de raças de U. appendiculatus. Vinte e cinco linhagens apresentaram as bandas correspondentes aos marcadores SCARF10 1050 e OPX11 550 . A eficiência de seleção para resistência à antracnose, com base na genotipagem de 150 linhagens utilizando o marcador SCARF10 1050 foi de 78%. Considerando que este marcador encontra-se a uma distância de 19,6 cM do gene de resistência, esperava-se uma eficiência de 72%, portanto, próxima àquela obtida no presente estudo. Para o marcador OPX11 550 , verificou-se uma eficiência de 85%. Esta maior eficiência era esperada, em razão de este marcador localizar-se mais próximo (11,6 cM) dos genes ou do bloco gênico, os quais conferem resistência à antracnose e ferrugem, presentes no cultivar Ouro Negro. Além disso, foi observado que o marcador OPX11 550 também pode ser utilizado no monitoramento do gene de resistência à antracnose. Embora estivessem a uma distância relativamente grande dos genes de resistência, esses marcadores proporcionaram boa eficiência de seleção. / The main objective of this study was to phenotypically characterize the common bean lines from the crossing Ouro Negro x Pérola for the reaction to Colletotrichum lindemuthianum (races 73, 81 and 89) and Uromyces appendiculatus (a mixture of races 15, 35, 45, 49, 50 and 59), as well as to evaluate the performance of the lines showing to be resistant ones. Another target was to evaluate the efficiency of the molecular markers SCARF10 1050 (related to the resistance against anthracnose and rust) and OPX11 550 (associated to the resistance against rust), which were identified and mapped in other populations and targeted to the assisted selection in the population Ouro Negro x Pérola. Initially, all 400 lines (progenies F 7:8 ) from the Ouro Negro x Pérola crossing were inoculated with the race 89 of C. lindemuthianum. Sixty eight lines of the resistant ones, from which the common beans are commercially well accepted, were inoculated with the races 73 and 81 from C. lindemuthianum and with the mixture of races from U. appendiculatus. In the field experiment, the evaluations were performed for 75 lines, which under artificial inoculation showed to be resistant to the race 89 of C. lindemuthianum. The controls constituted by genitors (Pérola and Ouro Negro), the Talisman cv. and the lines Vi 4899, VC4, and Rudá-Piramidado were also inoculated. The triple square lattice design was used with the plots consisting into two rows with 2m each one. When evaluating the efficiency of the molecular markers, 150 lines from the crossing Ouro Negro x Pérola were phenotypically characterized, by artificial inoculation of C. lindemuthianum (race 89). At the same time, one plant of each line was genotyped, by using the markers SCARF10 1050 and OPX11 550 . From the artificial inoculation, 42 lines which were resistant to either races of C. lindemuthianum and U. appendiculatus were identified. Taking into account the results of both the phenotypic characterization and field evaluation, ten 10 lines were identified which were provided with commercially good beans, that were equal or superior to the Pérola cv. for bean productivity. These lines showed to be resistant to either anthracnose and rust, and moderately resistant to the angular leaf spot. From those 150 lines evaluated by artificial inoculation, 61 were resistant to the races 73, 81 and 89 of C. lindemuthianum, and 42 lines from these ones showed to be resistant to the mixture of the U. appendiculatus races. Twenty-five lines exhibited the bands corresponding to the markers SCARF10 1050 and OPX 11550 . The selection efficiency for the resistance to anthracnose, based upon genotyping of 150 lines, using the marker SCARF10 1050 was 78%. By considering this marker is at 19.6 cM distance from the resistance gene, an efficiency of 72% was expected, therefore the obtained value was close to the expected one. An efficiency of 85% was found for the marker OPX11 550 . This higher efficiency was expected because this marker is located near (11.6 cM) the genes or the gene block that confers resistance to both anthracnose and rust in Ouro Negro cv. Moreover, it was shown what this marker can be made useful, in the targeted of the resistance gene to anthracnose. These markers provided good selection efficiency, although they were at a relatively long distance from the resistance genes.