Morphological markers are useful tools for identifying off-type (atypical plants) in seed production fields. However, environmental factors can cause changes in certain individuals phenotype, turning molecular markers into useful tools for verification of possible genotypic differences between these individuals and the variety studied. The aim of this study was to evaluate the efficiency of SNP markers in identifying off-type based on genotypic and phenotypic (false positive) discrimination in soybean field production. Ten lines developed by Syngenta Breeding Program located in Cascavel-PR, Uberlândia-MG and Lucas do Rio Verde-MT were used. Each line was planted in its adaptation environment in the summer season / 2009-10. Data was collected from 22 morphological features for each line. After properly describing each line, field increases of these ten lines were carried out in Planura-MG, in the winter season / 2010. In the growth stages R6 and R7 the plants phenotypically atypical for each line were collected and evaluated, to which were considered only characteristics controlled by complex genetics. The DNA of the collected plants was analyzed using SNP markers. Twenty SNP assays were used, where each marker represented one soybean chromosome in order to cover the entire genome. Among the plants considered phenotypic off-type using visual morphological traits analyses, only 27.64% were confirmed by molecular tool as genetically distinct from the standard population, with a confidence interval between 19.7% and 35.5%. The use of molecular tools is effective for the discrimination of off-type genotypic and phenotypic (false positive) process due to environmental factors, preventing the write-off of seed lots that may meet the high genetic standards. / Os marcadores morfológicos são ferramentas úteis no processo de identificação de off-type (plantas atípicas) em campos de produção de sementes, mas fatores ambientais podem gerar alteração no fenótipo de determinados indivíduos, sendo os marcadores moleculares ferramentas úteis no processo de validação da real diferença genotípica entre esses indivíduos e a cultivar em estudo. Objetivou-se nesse trabalho avaliar a eficiência do uso de marcadores moleculares SNP s na discriminação de off-type genotípicos e fenotípicos (falso positivos) em campos de produção de sementes de soja. Foram utilizadas dez linhagens desenvolvidas pelos programas de melhoramento genético da Syngenta Seeds Ltda., situados em Cascavel-PR, Uberlândia-MG e Lucas do Rio Verde-MT. Cada linhagem foi semeada em seu ambiente de adaptação na safra de verão do ano 2009/10. Foram então coletados dados de 22 características morfológicas para cada linhagem. Após devidamente descrita cada linhagem, na safra de inverno do ano 2010 foram implantados campos de multiplicação das dez linhagens, na cidade de Planura-MG. Nos estádios fenológicos R6 e R7 foram coletadas as plantas fenotipicamente avaliadas como atípicas para cada linhagem, para qual foram consideradas características de controle genético complexo. As plantas foram encaminhadas para o Laboratório de Genética Molecular da Syngenta, em Uberlândia-MG, onde suas sementes foram germinadas e o DNA das plântulas analisado com o uso de marcadores moleculares SNP. Foram utilizados 20 SNP assays, sendo que cada marcador representou um cromossomo da soja, visando cobrir todo o genoma. Entre as plantas consideradas off-type fenotípicos por meio da análise visual dos descritores morfológicos, apenas 27,64% foram confirmados pela ferramenta molecular como geneticamente distintos da população padrão, com um intervalo de confiança entre 19,7% e 35,5%. O uso de ferramentas moleculares é útil no processo de distinção de off-type genotípicos e fenotípicos (falso positivos) devido a fatores ambientais, evitando o descarte de lotes de sementes com alto padrão genético. / Mestre em Agronomia

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T06:25:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Koehler_Samantha_D.pdf: 6443365 bytes, checksum: 6a01c884fb24c1fbf015cf1b2ab4e212 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed. / Doutorado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

INTRODUÇÃO: O diagnóstico do câncer de próstata é realizado através da dosagem do PSA sérico e da realização do toque retal. Qualquer alteração dem ambos indicam a necessidade de realização da biópsia de próstata guiado por ultrassom. Contudo, a grande maioria dos pacientes submetidos a biópsia não tem câncer e, portanto, são submetidos a biópsia desnecessariamente. Além disso, muitos casos diagnosticados não precisam ser tratados devido ao comportamento indolente da neoplasia. Portanto, há necessidade de ferramentas mais acuradas no diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata e os marcadores urinários são instrumentos promissores na avaliação dessa neoplasia. OBJETIVO: Avaliar o perfil de expressão de 5 genes (MMP9, PSMA, GREB1, hk3, PCA3) na urina de pacientes portadores de câncer de próstata em comparação com pacientes sem a neoplasia e analisar se há relação com os fatores prognósticos pré e pós-tratamento. MATERIAL/MÉTODOS: O estudo constituiu na análise de 46 pacientes portadores de câncer de próstata e 28 pacientes sem suspeita da neoplasia (PSA<2,5ng/ml; TR normal; e sem fatores de risco). A urina dos pacientes foi colhida após massagem prostática, armazenada e analisada posteriormente a expressão gênica através de reação em cadeia da polimerase em tempo real. Além da análise do perfil de expressão gênica em relação aos casos sem neoplasia, foram avaliados os perfis de acordo com os fatores prognósticos, como: escore de Gleason, PSA, densidade do PSA, estadiamento clínico e porcentagem do fragmento envolvido na biópsia. Posteriormente, as expressões dos genes foram avaliadas de acordo com as características patológicas da peça operatória, como estadio patológico, escore de Gleason, volume tumoral, comprometimento de vesículas seminais e de linfonodos. RESULTADOS: Foi demonstrada uma superexpressão da MMP9 em 85,7% das amostras com câncer em relação ao grupo controle, com média de 6,4x maior. Os genes PSMA, GREB1, hK3 e PCA3 apresentaram um padrão mais heterogêneo, com tendência a subexpressão nos casos de câncer. Quando avaliados conjuntamente, pode-se evidenciar que a superexpressão simultânea da MMP9 e PSMA estava presente em 100% dos pacientes com PSA >= 10ng/ml (p=0,007) e a superexpressão da MMP9 e GREb1 estava presente em 66,7% dos pacientes com < 50% dos fragmentos positivos (p=0,036). Após avaliação anátomo-patológica, foi possível identificar superexpressão do GREB1 em casos pT2 em comparação com pT3 (p=0,031) e superexpressão do PCA3 em casos com volume tumoral maior (>= 11% x < 11%) (p=0,006). CONCLUSÕES: O estudo demonstrou que os marcadores urinários podem ser uma ferramenta útil no diagnóstico e prognóstico do câncer de próstata. Foi evidenciada a superexpressão da MMP9 nos casos de câncer em relação ao grupo controle. Além disso, a superexpressão da MMP9 e PSMA em conjunto pode estar relacionada a tumores com PSA mais alto e, portanto, com prognóstico mais desfavorável, enquanto que a superexpressão da MMP9 e GREb1 em conjunto pode estar relacionado a tumores de menor volume. Também foi possível correlacionar os genes urinários com os achados anátomo-patológicos, com GREb1 significativamente mais expresso em tumores confinados a próstata, enquanto PCA3 mais expresso em casos de maior volume tumoral / INTRODUCTION: Currently, prostate cancer diagnosis is performed through the measurement of serum PSA and digital rectal examination. Any alteration in one or both indicates the need for ultrasound-guided prostate biopsy. However, the vast majority of patients undergoing biopsy do not have cancer and therefore undergo unnecessary biopsies. Moreover, many prostate cancer cases do not need to be treated due to the indolent behavior. Therefore, more accurate methods for diagnosis and prognosis of prostate cancer are necessary and urinary markers are promising tools in the evaluation of prostate tumors. OBJECTIVES: To evaluate the expression profile of 5 genes (MMP9, PSMA, GREB1, hk3, PCA3) in urine of patients with prostate cancer compared with patients without cancer and to determine whether there is a relationship with the pre and post treatment prognostic factors. MATERIAL/METHODS: The study consisted of the analysis of 46 patients with prostate cancer and 28 patients without cancer (PSA < 2.5 ng/ml, normal DRE, and no risk factors). The urine of patients was collected after prostatic massage, stored and subsequently gene expression analyzed by real time polymerase chain reaction. Besides the analysis of gene expression compared to cases without cancer, the profiles according to prognostic factors were evaluated, like Gleason score, PSA, PSA density, clinical staging and percentage fragment involved in the biopsy. Subsequently, gene expressions were evaluated according to the pathological features, such as pathologic stage, Gleason score, involvement of lymph nodes and seminal vesicles. RESULTS: An over-expression of urinary MMP9 was demonstrated in 85.7% of the samples with cancer compared to non-cancer, with a mean of 6.4x. The PSMA, GREB1, hK3 and PCA3 genes showed a more heterogeneous pattern, with a tendency to under-expression in cancer. When considered together, it can be evidenced that the simultaneous over-expression of MMP9 and PSMA was present in 100% of patients with PSA >= 10ng/ml (p=0.036) and over-expression of MMP9 and GREb1 was present in 66.7% of patients < 50% positive fragments involved (p=0,036). After pathological evaluation were identified over-expression of GREB1 in pT2 cases compared to pT3 (p = 0.031), and over-expression of PCA3 in cases with greater tumor volume ( >= 11% x <11%) (p=0.006). CONCLUSIONS: The study showed that urinary markers can be a useful tool in the diagnosis and prognosis of prostate cancer. Overexpression of MMP9 was observed in cancer cases compared to control cases and can be helpful to avoid unnecessary prostate biopsies. Furthermore, overexpression of PSMA and MMP9 together may be related to higher PSA tumors and therefore more unfavorable prognosis, whereas overexpression of MMP9 and GREb1 together may be related to lower volume tumors. It was also possible to correlate urinary genes with pathologic findings with GREb1 significantly more expressed in tumors confined to the prostate, while PCA3 most expressed in cases of higher tumor volume

As doenças cardiovasculares lideram as causas de morte em vários países, inclusive no Brasil, sendo a insuficiência cardíaca (IC) uma das enfermidades mais frequentes. Estudos epidemiológicos e de genética têm demonstrado associações entre a origem étnica dos indivíduos e o desenvolvimento de diversas doenças cardiovasculares. O presente estudo teve como objetivo avaliar a relação entre haplogrupos mitocondriais e ancestralidade genômica no desenvolvimento da IC. Foram avaliados 503 pacientes com IC e 188 controles saudáveis. Os haplogrupos mitocondriais foram obtidos pela análise da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e o estudo de ancestralidade genômica foi realizado pela análise de 48 marcadores autossômicos informativos de ancestralidade (AIMs) tipo INDEL. As análises estatísticas foram realizadas com o uso de regressão logística, construção de curvas de Kaplan-Meier e utilizando o método estatístico de log-rank (Mantel-Cox). Os resultados dos AIMs evidenciaram contribuições semelhantes de ancestralidade genômica entre os grupos de pacientes e controles, evidenciando a não estratificação populacional da amostra. A comparação dos haplogrupos mitocondriais entre os dois grupos revelou uma associação dos haplogrupos africanos com risco aumentado (p=0,015; OR 1,56) para o desenvolvimento da IC, enquanto que os haplogrupos ameríndios foi associado a um menor risco (p=0,043; OR 0,71). As análises realizadas apenas dentro do grupo de pacientes revelaram que 74,6% dos indivíduos se autodeclararam como brancos. As etiologias encontradas com maior frequência na nossa amostra foram a hipertensiva (28,6%) e a isquêmica (28,4%). A análise de mtDNA evidenciou que pacientes pertencentes aos haplogrupos africano apresentaram risco aumentado para o desenvolvimento da IC nas etiologias chagásica (p=0,012; OR 2,32) e hipertensiva (p=0,003; OR 2,05). Evidenciou também que pacientes dos haplogrupos africanos, principalmente da etiologia isquêmica, desenvolveram IC mais cedo que os demais, e que os pacientes com esses haplogrupos da etiologia valvar apresentaram maior sobrevida no período avaliado. A análise dos AIMs demonstrou que, na etiologia hipertensiva, a maior contribuição da ancestralidade genômica africana conferiu risco aumentado (p=0,002; OR 6,07), enquanto que a maior contribuição de ancestralidade genômica europeia conferiu risco diminuído (p=0,001; OR 0,16) para o desenvolvimento da IC; os pacientes com maior contribuição de ancestralidade genômica ameríndia apresentaram maior sobrevida no período de 4 anos. O uso de marcadores autossômicos e do DNA mitocondrial fornece estimativas mais precisas da ancestralidade de um indivíduo e/ou população, enquanto que a autodeclaração de cor de pele fornece indiretamente informações importantes sobre aspectos socioeconômicos e culturais. Assim, seria interessante a utilização, especialmente em populações miscigenadas, de uma construção tridimensional de análise, que poderia fornecer dados mais informativos e complementares em estudos de associação entre etnia e fenótipos e/ou doenças complexas / Cardiovascular diseases are the leading cause of death in many countries, including Brazil, being the heart failure (HF) one of the most common diseases. Epidemiological and genetic studies have shown associations between the ethnic origin of individuals and the development of various cardiovascular diseases. The aim of this study was to evaluate the relationship between mitochondrial haplogroups and genomic ancestry in the development of HF. We evaluated 503 patients with HF and 188 healthy controls. The mitochondrial haplogroups were obtained by analysing the control region of mitochondrial DNA (mtDNA) and the study of genomic ancestry was conducted by the analysis of 48 autosomal ancestry informative markers (AIMs) INDEL type. Statistical analyzes were performed using logistic regression, construction of the Kaplan-Meier and using the log-rank test (Mantel-Cox). The results of AIMs showed similar contributions of genomic ancestry among the patients and controls groups, indicating no population stratification of the sample. Comparing mitochondrial haplogroups between the groups, we observed that african haplogroups show increased risk (p=0.015, OR 1.56) of development of the HF, while ameridian haplogroup was associated with a reduced risk (p=0.043, OR 0.71). The analysis carried out only within the group of patients showed that 74.6% of individuals self-declared as white. The etiologies found with greater frequency in our sample were hypertension (28.6%) and ischemic (28.4%). Analysis of mtDNA showed that patients belonging to african haplogroup have increased risk of the development of HF in chagasic (p=0.012, OR 2.32) and hypertensive etiologies (p=0.003, OR 2.05). It also showed that patients of african haplogroups, specially of ischemic etiology, developed HF earlier than others, and the patients with this haplogroup of valvular etiology had better survival in the study period. AIMs analysis showed that in hypertensive etiology, the major contribution of african genomic ancestry conferred increased risk (p=0.002, OR 6.07), while the major contribution of european genomic ancestry conferred decreased risk (p=0.001, OR 0 16) to the development of HF; patients with higher contribution of amerindian genomic ancestry had better survival within 4 years. The use of autosomal markers and mtDNA provides more accurate estimates of ancestry of an individual and/or population, while the self-declared ethnicity, indirectly provides important information about socioeconomic and cultural aspects. Thus, it would be interesting to use, especially in admixed populations, the construction of a three-dimensional analysis, which could provide more informative and complementary data in studies of association between ethnicity and phenotypes and/or complex diseases

Os polimorfismos do gene da paraoxonase 1 (PON1) estão relacionados ao metabolismo lipídico conferindo efeito marginal e modesto nas concentrações séricas das lipropoteínas e sobre o risco de desenvolvimento de doença arterial coronária (DAC). O objetivo primário deste estudo é avaliar se há associação entre os polimorfismos da PON1: R192Q- rs662, R160G: rs13306698, Leu55Met: rs854560, Promoter_161: rs705381 e rs3917464 e eventos cardiovasculares em 5 anos numa sub-população com DAC estável do estudo MASS II (Medical, Angioplasty or Surgery Study II). Como objetivos secundários, investigamos a influência destes polimorfismos nas concentrações lipídicas iniciais e após 5 anos de acompanhamento, e também a sua relação com os desfechos cardiovasculares combinados no grupo randomizado para tratamento clínico exclusivo. Foram randomizados 611 pacientes para o MASS II. A população alvo deste estudo foi constituída por 518 pacientes que tiveram material genético coletado (MASS II Genético). Os polimorfismos avaliados, apesar de estarem associados ao metabolismo do HDL-c, apresentaram baixa associação com os níveis lipídicos e com o seu comportamento ao longo de 5 anos. Houve diferença nas concentrações médias de HDL-c entre os genótipos do Promoter_161, o alelo T associado a concentrações mais baixas de HDL-c (p=0,0369). Análise univariada mostrou que houve associação entre o raro alelo G do polimorfismo R160G (5 pacientes) e aumento da mortalidade, porém quando incluído no modelo ajustado por regressão logística multivariada não se mostrou preditor independente de óbito nesta população. Na análise do grupo randomizado para o tratamento médico, o polimorfismo R192Q está associado de forma independente ao novo infarto agudo do miocárdio, óbito, e eventos combinados. Genótipo GG aumentou o risco de óbito em 7,69 vezes (IC: 1.65- 35.76) e de IAM em 6,58 vezes (IC: 1.39- 30.46) quando comparado ao genótipo AA. Alelo A estava independentemente associado a ocorrência de eventos cardiovasculares combinados com um OR de 3,03 (IC: 1.29- 7.07). Em conclusão, o nosso estudo mostrou associação do alelo G na posição R160G com risco aumentado de óbito em pacientes com DAC estável. Em pacientes mantidos no tratamento clínico a posição R192Q está associada ao maior risco de óbito, IAM e eventos cardiovasculares combinados. / Paraoxonase 1 (PON1) gene polymorphisms have a known relation with lipid metabolism, conferring a marginal and modest effect on serum lipoprotein concentrations and also on development of coronary artery disease (CAD). The primary objective of this study is to investigate the association between PON1 polymorphisms: R192Q- rs662, R160G: rs13306698, Leu55Met: rs854560, Promoter_161: rs705381, and rs3917464 and 5-year follow-up cardiovascular events in a subpopulation with stable CAD from MASS II (Medical, Angioplasty or Surgery Study II). Secondary objectives will be to evaluate the influence of these polymorphisms on baseline and 5-year follow-up lipid concentrations and also its association with combined cardiovascular events in the MASS II group randomized for medical treatment. MASS II had 611 patients randomized. Target population comprises 518 patients who had genetic material sampled. Even though the polymorphisms were linked to HDL-c metabolism, there was a low association with lipid levels and changes over the 5-year follow-up. HDL-c mean concentrations were different in the Promoter_161 genotypes, T-allele was associated with lower levels (p=0.0369). Univariate analysis showed association between the rare G-allele of polymorphism R160G (5 patients) and increased mortality, but when adjusted in the multivariate logistic regression model this variable was not independent predictor of mortality in this population. In the medical treatment group, r192Q is associated with new myocardium infarction (MI), combined events and death. When compared to AA genotype, GG genotype increased the risk of death by 7.69 (CI: 1.65- 35.76) and of MI by 6.58 (CI: 1.39- 30.46). A-allele is independently associated with combined cardiovascular events with a OR of 3.03 (CI: 1.29- 7.07). In conclusion, this study showed association between G-allele on R160G position with increased mortality in patients with stable CAD. R192Q polymorphism is associated with higher risk of death, MI and combined cardiovascular events in patients treated medically.

O desenvolvimento de uma abordagem de estratificação de risco para a doença arterial coronária é certamente uma ferramenta de grande utilidade para o cardiologista clínico ou clínico geral, assim como para o planejamento de saúde pública e organização de ações de saúde pública mais eficazes. No entanto, esse conhecimento deve ser discutido dentro de um cenário de custo-efetividade e de acordo com seu potencial como objeto de valor econômico. O presente estudo tem como objetivo a identificação de fatores de risco genético de eventos cardiovasculares na população brasileira e o desenvolvimento de um algoritmo preditor que utilize essas informações para o diagnóstico. Esse trabalho encontra-se expositivamente dividido em dois módulos. No primeiro, procuramos exemplificar através de um estudo de associação genética nossa capacidade atual de encontrar e caracterizar variantes genéticas com poder de estratificação populacional com relação ao risco cardiovascular. Utilizamos dados obtidos a partir de pacientes com doença coronária multiarterial, analisando a relevância do polimorfismo C242T do gene da p22phox, subunidade protéica da NADPH oxidase, na predição de mortalidade desta população. Nossos dados permitem não apenas associar esse marcador genético a um risco aumentado de mortalidade nessa população, mas também fornecem informações a respeito do provável mecanismo molecular através do qual esse marcador genético age. No segundo módulo, procuramos detalhar as limitações da abordagem previamente exemplificada, avaliando a informação gerada para o paciente individual. Aqui propomos uma nova abordagem de estratificação de risco desta população, capaz de fornecer de maneira individualizada uma estimativa de risco com maior sensibilidade, especificidade e, conseqüentemente, acurácia. Através de uma abordagem analítica de redução de dimensionalidade obtivemos um algoritmo preditor com acurácia maior do que aquela encontrada utilizando-se apenas os fatores de risco clássicos ou fatores de risco genéticos analisados individualmente. O entendimento das bases genéticas do desenvolvimento de doenças cardiovasculares facilitará não apenas o diagnóstico precoce, possibilitando o surgimento de abordagens terapêuticas mais específicas e desenhadas a atender suscetibilidades individuais, mas também poderá levar à identificação de novas vias eficazes de intervenção. / The development of risk stratification approaches in coronary artery disease is certainly an important tool for the clinical cardiologist or internist. It also helps in the planning of public health policies and in the development of effective disease management algorithms. Nevertheless, these tools necessarily have to be developed in a cost-effective scenario and in close relationship with its intrinsic economic value. The present research project aims at the identification of genetic risk factors for cardiovascular events in the Brazilian population and the development of an algorithm with high predictive value for the diagnosis of these events. This thesis is, didactically, divided into 2 modules. Firstly, we have exemplified the used paradigm through the development of a genetic association study conducted in the Brazilian population. Here, we were able to describe and characterize genetic variants with the capacity of risk stratify populations into high and low risk groups. This section was possible with the use of data derived from patients with multi-vessel coronary artery disease and the analysis of the C242T gene variant of the p22phox gene, a subunit of the NADPH oxidase protein complex. Our data show not only a major signal of association between this genetic variant and overall mortality in this population, but also shed light on the potential molecular mechanism of this finding. Secondly, we have described the potential limitations of this approach analyzing information derived for the individual patient. Here, we propose a new risk stratification algorithm for this population with the capacity to provide individual risk with increased sensitivity and specificity. Through the use of a dimensionality reduction analytical approach we were able to find a predictive algorithm with higher accuracy than the one derived with the use of only classical cardiovascular risk factors and no genetic information. The understanding of the genetic basis for cardiovascular disease will improve not only the early diagnosis of these disorders, facilitating the rise of therapeutic approaches more specific and tailored to ones particular genetic susceptibility, but also lead to the identification of new pathways for effective intervention

Submitted by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-05-23T18:47:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO LORENA FINAL.pdf: 1421059 bytes, checksum: 1a05f733f0860794f3f2113b146dc128 (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-05-23T18:49:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) DISSERTAÇÃO LORENA FINAL.pdf: 1421059 bytes, checksum: 1a05f733f0860794f3f2113b146dc128 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-23T18:49:38Z (GMT). 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Nesse contexto, é importante ressaltar que as informações moleculares influenciam não só no diagnóstico, prognóstico, mas também na conduta terapêutica. Diversas alterações genéticas e epigenéticas do genoma nuclear estão relacionadas a patogênese deste tumor. Entretanto, alterações na fosforilação oxidativa resultantes da disfunção mitocondrial tem sido há muito tempo sugeridas como envolvidas no processo de tumorigênese. Dessa forma, o presente estudo analisou dois genes do DNA mitocondrial (ND1 e ND3) integrantes do complexo I da cadeia respiratória mitocondrial em 66 amostras de tecido pulmonar de pacientes com e sem câncer de pulmão não pequenas células na população do estado do Pará. Após a análise pelo sequenciamento, foram identificadas quatro alterações no gene ND1: C3553T, T3552A, C3595ins e G3666A e apenas duas alterações no gene ND3: A10398G e C10400T. Dentre as alterações encontradas no gene ND1, não foram observadas significância estatística em relação ao desenvolvimento do câncer de pulmão. Entretanto, foi descoberto uma alteração estrutural no gene ND1 na presença de C3595ins, ainda não descrita na literatura. Ao passo que, a presença do alelo A, observada em T3552A no gene ND1, foi associada de forma significativa ao um efeito protetor ao desenvolvimento de câncer de pulmão. Já alterações no gene ND3 (G10398A e T10400C) foram significantemente associadas com o câncer de pulmão, sendo estas alterações em ND3 potenciais para utilização como marcadores em pacientes com câncer de pulmão não pequenas células. / Bronchopulmonary carcinoma is the most frequent in the world, being one of the most aggressive neoplasms, with a mortality / incidence ratio of around 90%, with overall survival in five years low, about 10 to 15%, in most populations of the world. In the Northern Region of Brazil, this pathology is the third most frequent among men and the fourth among women. From the anatomopathological point of view, lung cancer is classified into two main types: small cells and non-small cells, the latter being the most incident, accounting for 75% of cases. Currently, the distinction between subtypes is based on histological, immunohistochemical, and molecular differences. In this context, it is important to emphasize that molecular information influences not only diagnosis, prognosis, but also therapeutic behavior. Several genetic and epigenetic alterations of the nuclear genome are related to the pathogenesis of this tumor. However, changes in oxidative phosphorylation resulting from mitochondrial dysfunction have long been suggested as involved in the process of tumorigenesis. Thus, the present study analyzed two mitochondrial DNA (ND1 and ND3) genes belonging to the I complex of the mitochondrial respiratory chain in 66 lung tissue samples from patients with and without non-small cell lung cancer in the population of the state of Pará. the sequencing analysis identified four alterations in the ND1 gene: C3553T, T3552A, C3595ins and G3666A and only two changes in the ND3 gene: A10398G and C10400T. Among the alterations found in the ND1 gene, no statistical significance was observed in relation to the development of lung cancer. However, a structural alteration in the ND1 gene was found in the presence of C3595ins, not yet described in the literature. Whereas, the presence of the A allele, observed in T3552A in the ND1 gene, was significantly associated with a protective effect on the development of lung cancer. Already changes in the ND3 gene (G10398A and T10400C) were significantly associated with lung cancer, these changes in ND3 being potential for use as markers in patients with non-small cell lung cancer

O vírus da hepatite C (HCV) é uma importante causa de doença hepática crônica e de complicações associadas, tais como cirrose e hepatocarcinoma (HCC). Fatores virais e do hospedeiro são conhecidos preditores da terapia antiviral. Fatores do hospedeiro preditores da resposta viral sustentada (RVS) foram descobertos por estudos de associação genômica ampla (GWAS), correspondendo a polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes IFNL3 e IFNL4 (rs8099917, rs12979860 e rs368234815). O objetivo do presente trabalho foi verificar as frequências genotípicas dos SNPs rs8099917, rs12979860 e rs368234815 e avaliar a associação entre estes SNPs e a evolução clínica e a resposta ao tratamento da infecção pelo HCV tendo em conta a ancestralidade genética da população estudada. Neste estudo, foi observada a associação dos três polimorfismos tanto com o desfecho clínico quanto com a resposta ao tratamento com interferon peguilado (PEG-IFN) e ribavirina (RBV). Os polimorfismos rs12979860 e rs368234815 foram associados com aumento da sensibilidade (respectivamente 97,7%, IC 95% 87,2-100, e 93,3%, IC 95% 81,3-98,3) e com um maior valor preditivo de uma resposta positiva ao tratamento. Na análise multivariada ajustada por sexo, idade e ancestralidade genética, o haplótipo G/T/?G foi relacionado com a não-resposta ao tratamento (OR = 21,09, IC 95% 5,33-83,51; p < 0,001) e com uma chance maior de desenvolver infecção crônica (OR = 5,46, IC 95% 2,06-14,46; p=0,001), quando comparado com haplótipo T/C/TT. Estes resultados podem ajudar a ajustar políticas de tratamento para a infecção por HCV em populações com tais características genéticas, assim como nos permitem conhecer o perfil genético da nossa população em relação a esses polimorfismos / Hepatitis C virus (HCV) infection is a major cause of chronic liver disease and associated complications such as liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). Viral and host factors are known to be predictors for anti-viral therapy. Host factors predictors of sustained viral response (SVR) were discovered by Genome-Wide Association Studies (GWAS), including single nucleotide polymorphisms (SNPs) near or on genes IFNL3 and IFNL4 (rs8099917, rs12979860 and rs368234815). The aim of the present work was verify the genotype frequencies of SNPs rs8099917, rs12979860 and rs368234815, and evaluate the association between these SNPs and HCV infection outcome taking into account the genetic ancestry of the population. In this study, there was an association of the three polymorphisms with both clinical outcome and response to treatment with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV). The polymorphisms rs12979860 and rs368234815 showed increased sensitivity (97.7%, 95% CI 87.2-100, and 93.3%, 95% CI 81.3-98.3 respectively) and greater predictive value of a positive response to treatment. In multivariable analysis adjusted by gender, age and genetic ancestry, the haplotype G/T/?G was related to non-response to treatment (OR = 21.09, 95% CI 5.33-83.51; p < 0.001) and to a higher chance to develop chronic infection (OR = 5.46, 95% CI 2.06-14.46; p=0.001) when compared to haplotype T/C/TT. These findings may help to adjust our treatment policies for HCV infection in populations with such genetic characteristics, as well as allowing us to get to know the genetic profile of our population for these polymorphisms

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 503258 bytes, checksum: 31604e96fb2b70d2540a7ad0128cc921 (MD5) Previous issue date: 2007-03-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Heat stress impacts greatly animal production systems on tropical regions causing economical losses and affects milk production, meat production, physiology, reproduction, calf mortality and utter health. One way to reduce these losses is to use the genetic variation between Bos taurus and Bos indicus breeds for heat tolerance coupled with linked molecular markers as an auxiliary tool in breeding programs to produce thermotolerant and more productive animals. This work aimed to map genomic regions related to heat stress on chromosomes 10, 11 and 12 in a F2 population derived from Holstein x Gyr crosses. The following traits were evaluated: variation of rectal temperature after heat stress (DifTR), variation of skin temperature after heat stress (DifTPele), variation on the rate of respiratory movements after heat stress (DifMR), sweating rate after heat stress (TxSud), fur density (DensidPêlo), fur length (CompPêlo), coat length (CompCapa) and coat thickness (EspessCapa). All traits were evaluated in two seasons (wet-warm and dry-cool) and analyzed separatedly. A total of 17 microsatellite loci were genotyped on 480 animals (31 parents, 73 F1 and 376 F2). Association analysis indicated a QTL (p<0,01) for CompPêlo located at the position 72 cM on chromosome 10 for data collected on the wet-warm season. On chromosome 11 it was found an indication of QTL (p<0,05) for TxSud located at the position 0 cM for data collected on the drycool season. On chromosome 12 it was also found an indication of QTL (p<0,05) for CompPêlo located at the position 28 cM for data collected on the dry-cool season. The strategy of genome scan with microsatellite markers was shown to be effective to identify QTL regions related to heat tolerance traits. These mapped regions need to be refined with additional markers to better understand the QTL effects and to identify candidate genes responsible for the effects on these traits. / O estresse calórico, especialmente nas regiões tropicais, consiste em uma importante fonte de perda econômica na pecuária, tendo efeito adverso sobre a produção de leite, produção de carne, fisiologia de produção, reprodução, mortalidade de bezerros e saúde do úbere. Estes efeitos podem ser amenizados utilizando-se a variação genética existente entre as raças de Bos taurus e Bos indicus para as características associadas à resistência ao calor e os marcadores moleculares associados a esta resistência como um auxílio nos programas de melhoramento, visando a obtenção de animais termotolerantes e, consequentemente, mais produtivos. O desenvolvimento deste trabalho buscou mapear regiões genômicas nos cromossomos 10, 11 e 12 relacionadas à resistência ao estresse calórico em uma população F2 de bovinos (Holandês x Gir). As características avaliadas foram: diferença entre a temperatura retal antes e depois da exposição ao estresse calórico (DifTR), diferença entre a temperatura da pele antes e depois da exposição ao estresse calórico (DifTPele), diferença entre a freqüência de movimentos respiratórios antes e depois da exposição ao estresse calórico (DifMR), taxa de sudação após a exposição ao estresse calórico (TxSud), densidade do pêlo (DensidPêlo), comprimento do pêlo (CompPêlo), comprimento da capa (CompCapa) e espessura de capa (EspessCapa). Todas as medidas foram tomadas no verão e no inverno e os dados foram analisados desta forma. Um total de 17 loci microssatélites foram genotipados para 480 animais, sendo 31 parentais, 73 F1 e 376 F2. O resultado das análises de associação mostrou a existência de QTL (p<0,01) para a característica CompPêlo localizado na posição 72 cM do cromossomo 10, com os dados coletados no verão. No cromossomo 11 foi encontrado um QTL sugestivo (p<0,05) para TxSud localizado a 0 cM, com os dados coletados no inverno. No cromossomo 12 foi encontrado também um QTL sugestivo (p<0,05) para a característica CompPêlo localizado a 28 cM, porém, com os dados coletados no inverno. A estratégia da varredura genômica com marcadores microssatélites se mostrou adequada para a detecção de QTL para características de tolerância ao estresse calórico. Estas regiões mapeadas precisam ser refinadas com a adição de marcadores adicionais para um melhor entendimento do efeito de cada QTL e a identificação de genes candidatos responsáveis pela variação nestas características.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 443777 bytes, checksum: aa47df0593f4494e3ed6277403324b28 (MD5) Previous issue date: 2007-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective of this study was mapping QTL on pig chromosomes 16, 17 and 18 and associate them to performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits. A F2 population was produced by crossing two naturalized Brazilian Piau sires and 18 commercial dams (Landrace x Large White x Pietrain). The population was genotyped for 11 microsatellite markers. After the genotype scoring, it was constructed the linkage map for these markers in the population. The microsatellites markers were considered appropriate for quantitative trait analysis. It was analyzed their values for observed heterogosity (Ho), expected heterozigosity (He) and polymorphic information content (PIC). The evaluation of the four loci amplified in the SSC16 found average values of Ho, He; and PIC of 0,67, 0,57 and 0,50, respectively. In the SSC17 the average values for Ho, He and PIC of 0,72, 0,61 and 0,56, respectively for the four amplified loci. And in the SSC18, average values of Ho, He and PIC were 0,67, 0,63 and 0,59, respectively for each one of three loci. Data were analyzed by multiple regressions by F2 mapping method using the QTLEXPRESS software. Eleven QTL were mapped and not yet described in the literature: teat number, cooking loss, redness, lower backfat thickness after last lumbar vertebrae, bacon depth, heart weight and lung weight on SSC16. QTL for weight at 63 and 77 days of age were assigned on chromosome 17. QTL for weight at 21 days of age and slaughter age were identified on SSC18. Four QTL Already described in another populations were also identified: weight at 21 days of age on SSC16, backfat thickness after last lumbar vertebrae and after the last rib (at 6,5 cm from the midline ) on SSC17 backfat thickness after last lumbar vertebrae and after the last rib (at 6,5 cm from the midline) and total loss on SSC18. The generated information of significant QTL is useful for future studies dealing with fine mapping to identify genes that could provide a better understanding of the production traits in pigs. / O objetivo ao realizar este trabalho foi o mapeamento de QTL nos cromossomo 16,17 e 18 de suínos e a associação destes a característica de desempenho, de carcaça, órgãos internos e vísceras, de cortes de carcaça e de qualidade de carne. Foi construída uma população F2 provenientes do cruzamento de dois varrões da raça naturalizada Brasileira Piau com 18 fêmeas da linha comercial (Landrace x Large White x Pietrain). Foram utilizados onze marcadores microssatélites distribuídos nos SSC16, SSC17 e SSC18. Com o resultado da genotipagem foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores para a população desenvolvida. Os marcadores de microssatélites foram considerados adequados para estudos de características quantitativas, quando foram analisadios os valores de heterozigosidade observada (Ho), heterozigosidade esperada (He) e conteúdo de informação polimórfica (PIC). A avaliação dos quatro locos amplificados no SSC16 forneceu valores das médias da Heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He); e do Conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 67,62%, de 57,71% e 0,50, respectivamente. No SSC17 foram encontrados os resultados das médias de Ho, He e PIC de 72,20%, 61,40% e 0,56, respectivamente para os 4 locos utilizados. E no SSC18, o valor das médias de Ho, He e de PIC foram 67,80% 63,54% e 0,59, respectivamente utilizando 3 locos. Foi utilizado o método de regressão por intervalo de mapeamento, e as análises foram realizadas por meio do programa QTLEXPRESS. Foram detectados 11 QTL não descritos na literatura: número de tetas, índice de vermelho; perda por cozimento, menor espessura de toucinho na região acima da última vértebra lombar na linha dorso-lombar, espessura de bacon, peso do coração e do pulmão no SSC16; peso aos 63 dias de idade e peso aos 77 dias de idade no SSC 17; peso aos 21 dias e idade de abate no SSC18; e quatro QTL já descritos em outras populações foram também identificados, como para peso aos 21 dias de idade no SSC16, espessura de toucinho medida imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorso-lombar no SSC17, espessura de toucinho medida imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorsolombar e perda total no SSC18. As informações dos QTL significativos encontrados servem como base de estudos futuros de mapeamento fino para identificação de genes permitindo o melhor entendimento das características de produção em suínos.