Aisla células germinales testiculares de Vicugna pacos, las caracteriza morfológicamente y detecta a nivel transcripcional la expresión de biomarcadores específicos para células madre espermatogoniales en tejido gonadal durante el desarrollo testicular posnatal. Los testículos fueron colectados en estancias alpaqueras de Ayacucho y Huancavelica (Aprox. 4,200 m.s.n.m.) y en el Matadero Municipal de Huancavelica (Aprox. 3,600 m.s.n.m.). La biometría testicular, el aislamiento de espermatogonias y la determinación de viabilidad y rendimiento, así como la citometría de flujo, se hicieron a partir de muestras frescas. Para la extracción de RNA por el método del fenol/cloroformo, los testículos fueron previamente obtenidos por castración del animal vivo, transportados en nitrógeno líquido a -196°C y almacenados en ultracongelación a -80°C.Se diseñaron primers con el Programa Oligo6, a partir de exones rescatados y RNA ensamblados para alpaca, tomando como base los exones codificantes de cada uno de los biomarcadores encontrados en el genoma de Bos taurus, los mismos que fueron sintetizados por Macrogen (Corea del Sur) y utilizados para amplificar el cDNA de alpaca. La viabilidad y el rendimiento fueron superiores enalpacas de 10-12 meses de edad, con valores de 92.15% y 55 x 106 espermatogonias/ml, respectivamente. Las espermatogonias de alpaca tuvieron un diámetro promedio de 16 , las células germinales de alpaca mostraron reactividad frente al conjugado del fluorocromo isotiocianato de fluoresceína con la aglutinina de Dolichos biflorus. A partir de siete biomarcadores positivos para SSC seleccionados (Zbtb16, GFR -1, Stra8, Nanos2, Ngn3, Lin28 y Ecad), tres negativos (Ckit, Sohlh1 y Sohlh2) y tres genes de referencia (Rplp0, Gadph y Actb), se lograron detectar Nanos2, Lin28, Ckit, RPLP0 y Actb en tejido testicular de alpaca. Se concluye que la edad más apropiada para aislar espermatogonias, caracterizarlas morfológicamente y detectar biomarcadores específicos de SSC en alpaca, es de 10-12 meses. / Universidad Nacional de San Cristóbal de Huamanga / Tesis

Made available in DSpace on 2017-03-14T14:10:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-30. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-14T14:42:52Z : No. of bitstreams: 1 000878431.pdf: 1090904 bytes, checksum: 9ac29a02b8e1f613702baf21dcc23948 (MD5) / É sabido que a utilização de marcadores moleculares em programas de melhoramento constitui uma ferramenta importante, pois permite identificar indivíduos superiores em fases juvenis, acelerando o processo de desenvolvimento de cultivares. A ferrugem marrom é uma doença causada pelo fungo Puccinia melancephala responsável por grandes prejuízos no setor canavieiro. Recentemente foram desenvolvidos marcadores moleculares, 9020-F4 e R12H16, os quais flanqueiam o maior gene de resistência à ferrugem marrom, conhecido como Bru1. O presente trabalho objetivou determinar a frequência do gene Bru1 em acessos exóticos de cana-de-açúcar, cultivares brasileiras e clones do Programa IAC bem como avaliar a sua eficiência na identificação de genótipos resistentes. Através da reação de PCR utilizando os marcadores, foi possível inferir a frequência do gene Bru1, e comparar esses resultados com a classificação fenotípica das cultivares brasileiras e clones IAC (IAC, CTC, SP e RB), quanto à suscetibilidade a doença. Além disso, foi conduzido um experimento em casa de vegetação, utilizando acessos de Saccharum spontaneum, Saccharum sinense e Saccharum robustum, os quais foram inoculados artificialmente com o fungo Puccinia melanocephala e avaliados semanalmente visando determinar o grau de suscetibilidade à ferrugem marrom. Posteriormente, os resultados obtidos foram comparados com a presença ou ausência do gene Bru1. Nas cultivares brasileiras a frequência do gene Bru1 foi alta, 75,21%, porém nos acessos exóticos foi de apenas 18 %. Verificou-se que grande parte das cultivares que possuem o gene Bru1 é classificada como resistente. Nos acessos exóticos inoculados artificialmente, a correlação entre a presença dos marcadores indicativos do gene Bru1 com as notas de severidade foi baixa e não significativa, provavelmente devido à presença de outra fonte de resistência... / It is known that the use of molecular markers is an important tool which allows the identification of superior individuals in juvenile stages speeding up the cultivar development process. Sugarcane brown rust caused by the fungus Puccinia melanocephala is among the most important sugarcane diseases. Recently, two diagnostic molecular markers (R12H16, 9O20-F4) flanking the Bru1 gene, which is pointed as the major gene conferring brown rust resistance reported for sugarcane today were publish in the literature. The present study aimed to determine the frequency of the Bru1 gene in sugarcane exotic accessions, Brazilian varieties and elite clones from IAC program as well as to evaluate the efficiency of these markers to identify resistant genotypes. By using the Bru1 markers, it was possible to infer the frequency of Bru1 gene, and compare the results with the phenotypic classification of sugarcane Brazilian varieties and IAC clones (IAC, CTC, SP and RB) for susceptibility to the disease. Moreover, S. spontaneum, S. sinense and S. robustum accessions were artificially inoculated with the fungus P. melanocephala and weekly evaluated in greenhouse conditions. The degree of brown rust susceptibility of the accessions was compared with the presence or absence of Bru1 gene markers. The frequency of the Bru1 gene in the Brazilian varieties was high (75.21%) while only 18% of the sugarcane exotic accessions showed the Bru1 gene. Most of the varieties that presented the gene were classified as resistant. Low marker-phenotypic correlation was observed for the artificially inoculated sugarcane exotic accessions, probably due to the presence of other sources of resistance or failure of the sequence complementarity of the primers in the genome of these accesses. Generally these markers proved to be efficient in the selection of genotypes resistant to brown-rust

Orientador: Ney Lemke / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Antônio Sérgio Kimus Braz / Resumo: Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / Abstract: The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / Mestre

Orientador: Dilermando Perecin / Coorientador: Silvana Aparecida Creste Dias de Souza / Banca: Andréia da Silva Meyer / Banca: Paula Macedo Nobile / Resumo: Uma vez que a mecanização possibilita o plantio da cana-deaçúcar em épocas desfavoráveis e também estimula a ocorrência de ferimentos nos toletes, o aumento na utilização desse tipo de plantio favorece algumas podridões, como a podridão abacaxi, a qual pode ser considerada uma das mais importantes doenças da cultura da cana-de-açúcar. No entanto, há poucos estudos sobre a variabilidade genética do seu agente causal, Thielaviopsis paradoxa, fato que dificulta os programas de melhoramento genético da cultura para essa doença. Assim sendo, esse estudo teve como objetivo avaliar, por meio de marcadores AFLP (Polimorfismo de Comprimento de Fragmento Amplificado) a diversidade genética existente em 11 isolados de T. paradoxa provenientes de cinco diferentes regiões produtoras de cana-de-açúcar no Brasil. Foram obtidas 298 bandas polimórficas, mas, excluindo isopolimorfismos restaram 174 bandas com correlações diferentes de (1) ou (-1) nos 11 isolados, evidenciando diversidade entre os isolados de T. paradoxa em estudo, a qual pode ser explicada, principalmente pela característica polífaga do patógeno e sua conseqüente baixa especificidade. Os valores médios de PIC (Conteúdo Informativo de Polimorfismo) de cada combinação de "primers" apresentaram uma média de 0,406, valor que pode ser considerado alto, ou seja, informativo, tratando-se de marcador dominante. O fenograma construído com as 174 bandas reuniu os 11 isolados em três diferentes grupos. O grupo I incluiu cinco isolados e três Estados (BA, GO e SP), o grupo II incluiu cinco isolados e três Estados (SP, PR e MG) e o grupo III incluiu apenas um isolado e um Estado (SP). Portanto, o presente estudo demonstrou haver alto polimorfismo entre os isolados de de T. paradoxa, fato que sinaliza a existência de alta variabilidade genética dessa espécie de fitopatógeno / Abstract: Once mechanization allows sugarcane planting in almost all year and increases mechanical injuries, this type of planting provides the occurrence of many diseases, as pineapple disease, which is an economically important sugarcane disease that occurs in almost all sugarcane commercial planting areas. The genetic improvement of sugarcane to this disease is affected because of the lack of studies about genetic diversity of Thielaviopsis paradoxa, causal agent of pineapple disease. Thus, the genetic diversity study of 11 isolates of T. paradoxa from five different sugarcane commercial planting areas was accomplished using AFLP technique. A total of 298 polymorphic bands were obtained, but only 174 polymorphic bands had correlation different than (1) or (-1) in the 11 isolates of T. paradoxa. Based on our result was possible to infer genetic variation among T. paradoxa isolates. Once T. paradoxa is parasitic on a range of economic and food crops, this fact can explain the detected genetic variation among T. paradoxa isolates. The medium values of PIC (Polymorphism Information Content) of each primers combination revealed an average of 0,406, which can be considered high (informative), once the molecular marker is dominant. The phenogram, obtained by 174 polymorphic bands, separated the 11 isolates in three different groups. The group I contained five isolates and three Brazilian States (BA, GO e SP), the group II contained five isolates and three Brazilian States (SP, PR e MG) and the group III contained only one isolate and one Brazilian State (SP). Therefore, this study showed high polymorphism among T. paradoxa isolates, what reveal high genetic variability in this phytopathogenic specie / Mestre

Orientador: Ana Maria Soares Pereira / Coorientador: Bianca Waléria Bertoni / Banca: Giuseppina Pace Pereira Lima / Banca: Elizabeth Orika Ono / Banca: Rosa de Belemdas Neves Alves / Banca: Silvia Helena Taleb Contini / Resumo: Croton antisyphiliticus Mart. ex M. Arg. é uma planta medicinal nativa do Cerrado, utilizada na medicina popular para infecções do aparelho urogenital. Os objetivos deste trabalho foram estabelecer a cultura de calos, avaliar a variabilidade genética e química em populações naturais de C. antisyphiliticus, usando marcadores moleculares AFLP e quantificar por HPLC o ácido ent-kaur-16-en-18-oico em folha, raiz e calos. Para indução de calogênese foi utilizado segmento de caule e folhas, inoculados em meio MURASHIGE e SKOOG suplementenda com auxinas AIB, ANA e 2,4-D. A avaliação da diversidade genética e química foi realizada a partir de acessos coletados nos estados de Minas Gerais, São Paulo, e Goiás. A genotipagem dos indivíduos foi realizada no equipamento 4300 DNA Analyser LI-COR®. O maior rendimento no teor do ácido ent-kaur-16-en-18-oico (38,54%) foi obtido no meio de cultivo suplementado com 4mg/L de 2,4-D no trigésimo sexto dia. O marcador molecular AFLP foi eficiente para caracterizar a variabilidade genética em populações de C. antisyphiliticus, a variabilidade dentro delas foi maior do que entre as mesmas e o valor do Fst foi 0,3830 evidenciando que as populações estão altamente estruturadas. A maior porcentagem de locus polimórficos (92,16%) e a maior diversidade genética foi encontrada nos acessos da população de Pratinha. O fluxo gênico foi considerado restrito (Nm= 1,18) e não houve correlação entre distâncias genéticas e geográficas. A diversidade química encontrada entre e dentro das populações foi relacionada tanto a fatores genéticos, quanto ambientais sendo a produção do ácido ent-kaur-16-en-18-oico mais viável por cultura de tecido do que a partir de plantas coletadas in situ. / Abstract: Croton antisyphiliticus Mart. ex M. Arg. is a medicinal plant native of the Cerrado, used in folk medicine for the urogenital tract infections. The aim of this study were to establish callus culture, evaluate the genetic and chemistry variability in natural populations of C. antisyphiliticus using AFLP molecular markers and quantify by HPLC the ent-kaur-16-en-18-oico acid in leaf, root and callus. For callus induction was used stem segments and leaves, inoculated in Murashige and Skoog supplementend with auxin IBA, NAA and 2,4-D. The genetic diversity and chemistry was performed from accesses collected in the states of Minas Gerais, São Paulo and Goiás. The genotyping of individuals was held in 4300 DNA Analyzer equipment LI-Cor®. The highest yield the acid content Kaur-ent-16-en-18-oic acid (38,54) was obtained in the culture medium supplemented with 4 mg/l 2,4-D in the thirty-sixth day. The AFLP molecular marker was efficient to characterize the genetic variability in populations of C. antisyphiliticus. The variability within populations was greater than between them and the value of Fst was 0.3830 showing that the populations are highly structured. The highest percentage of polymorphic loci (92.16%) and the greatest genetic diversity was found in the access of the population of Pratinha. Gene flow was considered restricted (Nm = 1.18) and there was no correlation between genetic and geographic distances. The chemical diversity found among and within populations was related both the genetic factors and environmental, and production of ent-kaur-16-en-18-oic acid by tissue culture was most viable than from plants collected in situ. / Doutor

Orientador: Cláudia Regina Bonini Domingos / Banca: Maria Stella Figueiredo / Banca: Sônia Maria Oliani / Banca: Valdecir Farias Ximenes / Banca: Elvira Maria Guerra Shinohara / Resumo: A anemia falciforme (AF) é caracterizada por um curso clínico altamente variável. Essa variabilidade reflet a complexidade de sua fisiopatologia que é afetada por diversos moduladores, como polimorfismos genéticos associados a eventos clínicos e a resposta ao tratamento com hidroxiureia (HU), assim como pelo quadro inflamatório e estresse oxidativo crônico. O presente estudo objetivou avaliar a influência de marcadores genéticos sobre o perfil oxidativo de pessoas com AF, e a sua relação com uso de HU e manifestações fenotípicas; e, verificar possíveis efeitos antioxidantes diretos e indiretos da melatonina (MEL), usando suspensão de células falciformes como modelo experimental. Após consentimento informado, os grupos estudados foram divididos de acordo com o tipo de experimentação a qual foram submetidos. Análises in vivo: composto por 95 indivíduos com AF, independente do gênero, com idade variando de 10 a 59 anos, em acompanhamento clínico regular no Hemocentro do Rio de Janeiro (RJ). Todos os pacientes estudados estavam sob tratamento profilático com ácido fólico (5 mg/dia), enquanto 41 (43,2%) deles estavam sob uso de HU (dose média: 22mg/Kg/dia) por pelo menos 90 dias. Para a confirmação diagnóstica da AF, foram utilizados métodos citológicos, eletroforéticos, cromatográficos e moleculares. Foram investigados polimorfismos genéticos nos genes de enzimas envolvidas em diferentes vias metabólicas : metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR; c.677C>T;rs1801133), cistationina beta-sintese... / Abstract: Sickle cell anemia (SCA) is characterized by a clinical course highly variable. This feature reflects the complex pathophysiology of SCA which can be affected by a number of modifying factors including polymorphisms associated with clinical aspects and with hydroxyurea (HU) treatment response, and chronic inflammation and oxidative states. Thus, this study aimed to evaluate the influence of genetic markers on oxidative profile os SCA patients. We also correlated these results with hydroxyurea (HU) therapy and with phenotypic manifestations. Moreover we verified a potential direct and indirect antioxidant effects of melatonin (MEL), using a sickle cell suspension as experimental model. After informed consent, the studied groups were divided according to the experimentation manner. Analysis in vivo: the group was composed by 95 SCA patients, regardless gender, and age ranging from 10-59 years old. All subjects were regularly in clinical follow-up in the Blood center of Rio de Janeiro (RJ) and received a prophylactic treatment with folic acid of 5 mg/day since the SCA diagnosis, while 41 (43,2%) of them were under HU treatment... / Doutor

Determina la distribución de las frecuencias alélicas de 20 marcadores STRs autosómicos (CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, VWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, D1S1656, D2S441, D2S1338, D10S1248, D12S391, D19S433, D22S1045) en una muestra poblacional de 200 individuos no emparentados de mestizos peruanos provenientes de diferentes departamentos del Perú, siendo la gran mayoría provenientes de la provincia de Lima. La caracterización se realizó mediante electroforesis capilar usando el Kit de amplificación de PCR VeriFiler Express. Los datos genéticos se analizaron utilizando los programas Arlequín 3.5.2.2., PowerStats V12, PHYLIP 3.695 y MEGA 6.06; con fines de comparación poblacional, se utilizó información de poblaciones obtenidas de la literatura revisada. Todos los locis analizados estuvieron en equilibrio de Hardy-Weinberg, luego de aplicar la corrección de Bonferroni al marcador D19S433 (p=0.0382). Asimismo, la prueba de desequilibrio de ligamiento descartó asociación entre todos los pares de locis luego de aplicar la corrección de Bonferroni. Se determinó la heterocigosidad observada y esperada, así como la frecuencia mínima. La muestra poblacional analizada registró alelos que no han sido descritos en la base de datos del NIST, siendo estos el 12.3 del marcador CSF1PO, 8.2 del marcador TPOX, 9.1 del marcador D2S441, 11.2 del marcador D19S433, 9.2 del marcador D13S317 y 14, 19.1, 20.3 del marcador D12S391. Asimismo, se encontró alelos que no han sido registrados en la población hispanoamericana: los alelos 11 y 12 para el marcador D3S1358, el alelo 13 para el marcador vWA, el alelo 12.3 para el marcador CSF1PO, los alelos 8.2 y 13 para el marcador TPOX, los alelos 34.2 y 35 para el marcador D21S11, el alelo 25 para el marcador D18S51, el alelo 9.1 para el marcador D2S441, los alelos 11.2, 14.1 y 17 para el marcador D19S433, el alelo 19 para el marcador D22S1045, los alelos 9.2 y 17 para el marcador D13S317, el alelo 14 para el marcador D7S820, el alelo 9 para el marcador D10S1248, los alelos 14 y 20.3 para el marcador D12S391. Los parámetros forenses estimados fueron: poder de discriminación (PD), poder de exclusión (PE), índice de contenido polimórfico (PIC) y la probabilidad de coincidencia (PC). El PD y PE combinado para los 20 marcadores microsatélites fue 0.999999999, 0.999999672, respectivamente. La comparación de diferenciación genética a través del estadístico Fst (basada en la distancia genética de Reynolds) con grupos poblacionales de Estados Unidos y otras poblaciones mundiales reveló subdivisión genética entre la muestra poblacional analizada y la hispanoamericana; esta afirmación se corroboró mediante el árbol UPGMA. / Tesis

Estudia la asociación del SNP rs3749166 con la diabetes tipo 2 en una muestra peruana. Este estudio incluyó a 264 individuos (67 pacientes diagnosticados con diabetes tipo 2 y 197 controles). Se identificaron los genotipos mediante la técnica de análisis de alta resolución de fusión. Para determinar las asociaciones de genotipos con la diabetes tipo 2, utilizamos las proporciones de probabilidades de los modelos de regresión logística ajustados y en crudo. Se encontró 2 alelos (A>G) con frecuencias similares. La frecuencia del alelo menos común fue de 0.44 y 0.43 para el grupo control y paciente, respectivamente. También se encontraron 3 genotipos (A/G > A/A > G/G), en equilibrio de Hardy-Weinberg, en ambos grupos; sin embargo, el rs3749166 no mostró ninguna asociación significativa con la diabetes tipo 2, ya sea en los modelos en crudo o ajustado. En conclusión, el SNP rs3749166 no está asociado con la diabetes tipo 2 en la muestra estudiada. Por lo revisado, tal parece que este trabajo sería el primero que ha estudiado la asociación entre rs3749166 con diabetes tipo 2 en una muestra peruana. Se espera que esta investigación proporcione información valiosa acerca del componente genético de esta enfermedad en la población peruana, mediante la muestra de Lima acá estudiada. / Tesis

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Coorientador: Mônica Corrêa Ledur / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: Galinhas são responsáveis por significativa parcela da produção de proteína para o consumo humano no mundo, movimentando a economia de diversos países. Com desenvolvimento de tecnologias de genotipagem de polimorfismos com painéis de alta densidade tornou-se possível a realização de estudos de associação ampla do genoma (GWAS) com características de importância econômica para a indústria avícola e também sua incorporação como ferramenta em estudos de conservação genética e de estrutura populacional em frangos de corte. No presente estudo objetivou-se avaliar a estrutura populacional de uma linhagem de frangos de corte por meio da análise conjunta de informações do desequilíbrio de ligação (DL), tamanho efetivo populacional (Ne), coeficiente de endogamia e segmentos de homozigose (ROH) e realizar GWAS com características de eficiência alimentar e crescimento. Para isso foram utilizadas 1.433 aves provenientes da expansão de uma linha paterna de frangos de corte genotipadas com o painel 600K Affymetrix® Axiom® HD (Affymetrix®). No controle de qualidade, foram excluídos SNPs com "call rate" abaixo de 98%, desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (p-valor ≤ 10-6) e cuja frequência do alelo raro foi inferior a 2%, utilizando-se apenas os cromossomos GGA1 ao GGA28 para o estudo da estrutura populacional. Para o estudo de GWAS foram utilizados os cromossomos autossômicos e grupos de ligação (programas SNP1101 e QxPak) e cromossomo sexual Z (programa QxPak). O control... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chickens are responsible for a significant portion of protein production for human consumption in the world, moving the economy of many countries. The development of high-density arrays made possible the genome-wide association study (GWAS) for economic important traits to the poultry industry as well as its incorporation as a tool for genetic conservation and population structure studies in broilers. The present study aimed to evaluate the population structure of a broiler line of through the joint analysis of linkage disequilibrium (LD), effective population size (Ne), inbreeding coefficient and runs of homozygosity (ROH), and performing GWAS with growth and feed efficiency traits in a population from a male broilers line. A total of 1,433 birds were used from an expansion population of a paternal broiler line genotyped with 600K Affymetrix® Axiom® HD array (Affymetrix®). The genotype quality control considered the exclusion of single nucleotide polymorphisms (SNPs) with call rate below 98%, based on the deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (p ≤ 1x10-6), and minor allele frequency was lower than 2%, using only Gallus gallus autosomes (GGA1 to GGA28) for the population structure study, and all autosomes, linkage groups and Z chromosome sex for GWAS. Quality control samples considered the exclusion of individuals who had SNPs call rate below 90%. The LD was calculated by Plink v.1.9 software using the correlation between two consecutive SNPs (r²). From the LD data was calculated Ne up to 200 generations ago using SNP1101 v.1.0 software. The ROH were identified using Plink v.1.9 software, which considered segments of at least 100 SNPs with a minimum length of 1,000 kb, and allowed the presence of a heterozygous SNP and the absence of one SNP in a window 100 SNPs. The GWAS analysis was performed using SNP1101 v.1.0 and QxPak 5.0 softwares ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Evalúa un panel de marcadores genéticos de tipo microsatélite en muestras de ADN de los cuatro tipos de camélidos sudamericanos; alpacas, llamas, vicuñas y guanacos. Así mismo se busca conocer la estructura poblacional de alpacas y llamas y su relación con la vicuña y guanaco (especies silvestres). Para ello se evalúa un panel de 11 marcadores microsatélites y un marcador mitocondrial. Del análisis se confirma la existencia de sólo dos haplotipos para los camélidos sudamericanos (I y II) y la presencia de alpacas y llamas híbridas entre ellas. Además, se confirma las relaciones genéticas entre alpacas con vicuñas y llamas con guanacos, contribuyendo a entender el origen de los camélidos domésticos. Los marcadores microsatélite evaluados permiten confirmar que los dos fenotípos de alpacas (huacaya y suri) constituyen un solo grupo genético y que los dos tipos de llamas evaluadas (Q´ara y ch´aku) son genéticamente distintas. Finalmente los análisis desarrollados permiten identificar alpacas y llamas híbridas, animales que podrían poner en riesgo la conservación de nuestros recursos genéticos animales. / Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Perú) Universidad Nacional Mayor de San Marcos (Lima). Vicerrectorado de Investigación y Posgrado / Tesis