Orientador: Marcelo de Carvalho Ramos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T05:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bensi_ElianePicoliAlves_M.pdf: 2299876 bytes, checksum: e1ab5f641e6fc1e9b4c65f3932a9a024 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: As principais espécies de Micobactérias isoladas de 51 pacientes portadores da síndrome de imunodeficiência adquirida (aids), admitidos ao Hospital de Clínicas da UNICAMP no ano de 1996, foram estudadas retrospectivamente, de acordo com o sítio do seu isolamento e seu papel patogênico. Desses isolamentos, 28 (54,9%) dos casos foram de M tuberculosis e 23 (45,1%) do complexo M avium. No caso da tuberculose, os materiais clínicos em que as culturas deram positivas foram, como esperado, escarro e líquor, na sua maioria, enquanto o M avium foi recuperado com maior freqüência do sangue, o que atesta o caráter disseminado da doença. Os resultados mostram que a infecção pelo M avium em pacientes com aids é freqüente e relacionada estritamente com o grau da imunodeticiência (quantidade de células CD4 ). No grupo estudado a freqüência de isolamento de M avium foi semelhante à do M tuberculosis, contradizendo a opinião de que o primeiro tem importância reduzida em países de elevada prevalência de tuberculose. Cepas isoladas de M tuberculosis nos anos de 1996, 1997 ,1998 provenientes de 50 pacientes, também portadores de aids foram' submetidas à pesquisa de sensibilidade à Isoniazida e Rifampicina. Dessas, 41 (82%) foram sensíveis a ambos os quimioterápicos testados, 5 (10%) foram resistentes à lsoniazida e sensíveis à Rifampicina, 2 (4%) foram sensíveis à Isoniazida e resistentes à Rifampicina e 2 (4%) resistentes a ambos, Rifampicina e Isoniazida / Abstract: The main species of mycobacteria isolated in 51 patients with adquired immune deficiency syndrome (aids) admited to the Clinical Hospital of UNICAMP in 1996, were studied retrospectively by recording the isolation site and sings of pathogenesis. Of these isolates, 28 (54,9%) were M tuberculosis and 23 (45,1%) M avium complexo Strains of M tuberculosis isolated in 1996,1997,1998 , originating from 50 patients who had aids were tested for susceptibility to Isoniazid and Rifampicin. Of these, 41 (82%) were susceptible to both drugs tested, 5 (10%) were resistent to Isoniazid and susceptible to Rifampicin, 2(4%) were susceptible to Isoniazid ande resistent to Rifampicin, and 2(4%) were resistent to both Rifampicin and Isoniazid / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Marcelo de Carvalho Ramos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:04:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Calusni_AnaLuciaRoscani_D.pdf: 14978312 bytes, checksum: fabcaa4f8e5f09a9656a39cfb1bb7020 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A tuberculose é um importante problema de saúde pública no Brasil e no mundo e a síndrome da imunodeficiência adquirida (aids) tem um papel importante no agravamento deste quadro. Estima-se que existam de 35 a 45 milhões de pessoas infectadas pelo Mycobacterium tuberculosis no Brasil; este grande número de casos vem despertando o interesse em se investigar melhor a epidemiologia da doença. Esta investigação tem como ferramenta importante as técnicas de biologia molecular, que estão sendo cada vez mais utilizadas. A técnica melhor padronizada e mais utilizada é o RFLP com a 1S6110, por meio da qual podemos demonstrar o número e as posições das seqüências de inserção 1S6110 no cromossomo do Mycobacterium tuberculosis. As amostras foram isoladas de pacientes portadores de tuberculose pulmonar, atendidos no Hospital das Clínicas da Unicamp, no período de janeiro de 1996 a março de 1999. Foram estudados 76 pacientes, a maioria do sexo masculino, com faixa etária entre 20 e 40 anos. O DNA cromossômico das cepas foi obtido através da técnica de extração internacionalmente padronizada. Após análise dos padrões de bandas obtidos e comparação dos dados com um banco internacional, cinqüenta e nove isolados revelaram perfil genotípico único, enquanto que outros dezessete foram agrupados em conglomerados distintos. Dez pacientes foram agrupados em conglomerados arbitrariamente designados como se segue: padrão "BE" com 2 pacientes, padrão "BF" com 6 pacientes, padrão "BH" com 2 pacientes e um padrão "AK", descrito em uma contaminação laboratoriaL em um paciente. Nos seis pacientes restantes, foram encontrados padrões anteriormente descritos por um grupo de Houston (EUA), que são: padrão"137" encontrado em Houston com 3 pacientes; padrão "Z" encontrado em EI Paso e Juarez com 1 paciente e padrão "AZ" encontrado em Nova York com 2 isolados. O fato de utilizar uma técnica padronizada por vários centros de pesquisa possibilita a comparação dos padrões obtidos e assim confirmar a transmissão global da tuberculose / Abstract: Tuberculosis is a major concem in developing countries. The contribution of genotyping techniques to trace epidemiological chains is remarkable, IS 6110RFLP being the preferred typing method. AIDS epidemics has had a major impact on the incidence of tuberculosis. Not so many genotyping studies have been made in Brazil in order to check for the number of IS6110 present in local strains of M tuberculosis, as well as the distribution and clustering ofM tuberculosis strains. We performed DNA finger printing using Restriction-Fragment-Length-Polymorphism (RFLP) analysis of at least one isolate from every patient with positive AFB smear, confirmed pulmonary tuberculosis at a major hospital in Campinas, São Paulo, Brazil from January 1996 through July 1999. All fmgerprints were analyzed using proper software, and compared to an international database from the Institute for the Study of Human Bacterial Pathogenesis, Department of Pathology, Baylor College of Medicine. Medical records were reviewed for relevant clinical data. During the study period, 98 patients were included, yelding 76 fingerprints. All M tuberculosis strains had an adequate number of IS6110 (5-21) for the analysis. HIV infection was confirmed in nearly half the patients when it was available. 58 strains exhibited unique patterns whereas 17 others could be grouped in 7 clusters (2 to 6 strains in each cluster). When compared to the mentioned database, 6 strains matched the same genotype from strains originated from El Passo, Juarez, Houston, and New York. Some clustered strains could be recovered during almost all the study period. M tuberculosis strains recovered from patients in Brazil can be genotyped using IS6110 RFLP, since they harbor an adequate number of such sequences. Recently acquired infections could be documented in 19% of cases since the strains could be clustered. The transmission of infection is intense, since some of clustered strains could be recovered during all the study period. The global dissemination of M tuberculosis strains could be evidenced by demonstration of identical fingerprints occurring in a distant country / Doutorado / Ciencias Basicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador : Pablo Agustin Vargas / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:45:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rangel_AnaLuciaCarrinhoAyroza_D.pdf: 1133967 bytes, checksum: 46dc54a52ec7beba5652909ef30444e9 (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado

Orientadores: Maria Cecilia Barisson Vilares, Marcelo de Carvalho Ramos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T20:36:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pavan_EricaMary_M.pdf: 4511784 bytes, checksum: f18e2ccff3e501d32cd9bb36915d1074 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A isoniazida, a rifampicina e a pirazinarnida, têm sido utilizadas no tratamento da Tuberculose em muitos países, inclusive no Brasil. A resistência das cepas de Mycobacterium tuberculosis aos antibióticos tem resultado em falência do tratamento e aumento do custo para o sistema de saúde. As Mycobacterium tuberculosis resistentes às drogas de primeira linha tem emergido e estas tem sido reportadas mundialmente. Nas mutações no gene rpo? têm se evidenciado o mecanismo de resistência prevalente das cepas de Mycobacterium tuberculosis resistentes à rifampicina. A fim de caracterizar as bases genéticas da resistência às drogas, do Mycobacterium tuberculosis, foram analisadas mutações envolvendo a resistência à rifampicina utilizando os métodos SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) e sequenciamento. As cepas de MTB (Mycobacterium tuberculosis) foram genotipadas e avaliadas quanto à suscetibilidade a rifampicina. Como resultado, foram encontradas 13 cepas sensíveis a rifampicina e 65 resistentes. O DNA genômico foi obtido de cada cepa e um fragmento constando de 157pb do gene rpo? foi amplificado, submetido ao SSCP e ao sequenciamento. As mutações identificadas pertenciam a região do gene rpo? entre o códon 511 e 533. A S531L (44%) foi a mutação de maior prevalência, seguida das mutações H526D (21%), H526Y (3%), L533P (3%), D516V (3%) e a inserção Phe514 e Met515 (3%) / Abstract: Isoniazid, rifampin, and pyrazinamide, have been used as the standard treatment for tuberculosis in many countries, including Brazil. Antimicrobial resistance among Mycobacterium tuberculosis strains results in increased morbidity, mortality and costs of health care. Control of tuberculosis is thus threatened by widespread emergence of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis as reported worldwide. Mutations in the rpo? gene seems to be the most prevalent mechanism involved in rifampin resistance among M. tuberculosis strains. To characterize the genetic basis of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis in Brazil, mutations involved in rifampin resistance were detected using single strand conformation polymorphism (SSCP) and sequencing studies. A sample consisting of 73 isoniazid resistant and 5 isoniazid sensitive isolates recovered from August, 1999 through September, 2000 was screened for susceptibility to rifampin. As a result, 13 susceptible, and 65 resistant strains were detected. Genomic DNA was obtained from each isolate, and a fragment consisting of 157 bp of the rpo? gene was amplified, and submitted to SSCP and sequencing studies. Mutations involving codon 511 through codon 533 were identified. S531L (44%) was the most prevalent mutation found, followed by H526D (21%), and H526Y, L533P, D516V, Ins Phe514, Met515 (3% each). Our study corroborates previous studies done in Brazil which identified S531L as the most prevalent mutation, and several other mutations on the same gene segment (codon 511 through 533) / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Agrarias / Made available in DSpace on 2012-10-16T05:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-26T10:35:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 304258.pdf: 2091210 bytes, checksum: 11b7eef91d19fd27619a139420f1f8ad (MD5) / Introdução: O gênero Mycobacterium compreende mais de 150 espécies, incluindo patogênicas, oportunistas e não patogênicas. As micobactérias pertencentes ao Complexo M. tuberculosis (CMTB) são responsáveis por causar tuberculose (TB), enquanto as Micobactérias Não-Tuberculosas (MNT) podem causar micobacterioses. Embora sejam clinicamente indistinguíveis, micobacterioses e TB diferem em relação ao tratamento. O diagnóstico convencional das micobactérias apresenta limitações quanto ao tempo de execução e à operacionalidade, visto que o resultado pode levar até 60 dias para ser liberado. Entretanto, o diagnóstico rápido e a identificação da espécie são fundamentais para a adoção da terapia adequada e consequente controle da doença. Objetivos: realizar a identificação de MNT e determinar a variabilidade das espécies isoladas no Laboratório de Referência do Estado de Santa Catarina, verificar a ocorrência de MNT em pacientes com diagnóstico de TB internados no Hospital de Referência para Tuberculose do Estado de Santa Catarina e avaliar o rendimento de técnicas moleculares para diagnóstico e identificação de micobactérias. Métodos: Oitenta e oito isolados de MNT, obtidos junto ao Laboratório de Referência do Estado de Santa Catarina, entre agosto de 2009 e agosto de 2011, foram identificados utilizando-se os métodos MMSA e PRA-hsp65. Amostras de escarro foram coletadas de 57 pacientes com diagnóstico de TB, internados no Hospital de Referência do Estado de Santa Catarina entre abril de 2010 e abril de 2011. A identificação das espécies foi realizada pelos métodos MMSA e PRA-hsp65. Estas amostras também foram utilizadas para a avaliação do rendimento das técnicas de PCR convencional, PCR em tempo real, PRA-hsp65 e MMSA, diretamente da amostra clínica. Resultados: Dentre os isolados de MNT recebidos do Laboratório de Referência, M. avium foi a espécie de maior ocorrência (39,8% dos casos), seguida de M. fortuitum (14,8%), M. abscessus (12,5%) e M. kansasii (6,8%). O pulmão foi o principal sítio de isolamento (85,3% dos casos) e 61,4% das amostras eram procedentes das regiões da Grande Florianópolis e do Vale do Itajaí. Do total de isolados de MNT, 34,2% foram associados ao desenvolvimento de doença. O Complexo M. avium foi o principal agente identificado (65,4% dos casos) e o pulmão foi o sítio de infecção mais frequente (88,6% dos casos). Houve predomínio do gênero masculino e de pacientes HIV-soronegativos e a média de idade foi de 46,1 ± 14,6 anos. Dos pacientes internados com diagnóstico de TB no Hospital de Referência, em apenas um foi identificada a presença de MNT. As técnicas de PCR e PCR em tempo real, utilizadas para detecção de micobactérias diretamente de amostras de escarro, apresentaram sensibilidade de 91,2% e 100%, respectivamente, tomando-se como padrão áureo o cultivo em meio sólido. Os métodos MMSA e PRA-hsp65 identificaram a espécie de micobactéria, diretamente de amostras de escarro, em 50,9% e 47,4% dos casos, respectivamente. Quando associados, possibilitaram a identificação em 75,4% das amostras. Conclusão: O presente estudo permitiu uma avaliação da realidade epidemiológica das MNT no Estado de Santa Catarina, que até então não havia sido estudada. Além disso, permitiu a avaliação de técnicas moleculares que podem ser utilizadas como ferramentas para a agilização do diagnóstico e da identificação de micobactérias. / Background: The genus Mycobacterium comprises more than 150 species. The Mycobacterium tuberculosis Complex (MTC) causes tuberculosis (TB), while the Nontuberculous Mycobacteria (NTM) can cause mycobacteriosis. These diseases are clinically indistinguishable, but require different therapeutic regimens. The conventional diagnosis of mycobacteria is time-consuming and may take up 60 days. However, early diagnosis and identification followed by appropriate treatment are essential for an effective control of these diseases. Objectives: to identify and study the variability of NTM species isolated at the Reference Laboratory of Santa Catarina State, to find the occurrence of NTM among patients hospitalized with TB diagnosis in the Reference Hospital of Santa Catarina State and to estimate the yield of molecular techniques to early diagnosis and identification of mycobacteria. Methods: A total of 88 NTM isolates, obtained from Reference Laboratory between August 2009 and August 2011, were identified using MMSA and PRA-hsp65 methods. Sputum samples were collected from 57 patients with TB diagnosis who were hospitalized in the Reference Hospital of Santa Catarina between April 2010 and April 2011. Species identification was performed using MMSA and PRA-hsp65. These samples were also used to estimate the yield of PCR of 16S rRNA gene, real time PCR, PRA-hsp65 and MMSA, directly of the clinical samples. Results: Among the NTM isolates obtained from Reference Laboratory, M. avium was the most common specie (39,8% of cases), followed by M. fortuitum (14,8%), M. abscessus (12,5%) and M. kansasii (6,8%). Pulmonary cases were more frequent (85,3% of cases) and 61.4% of the isolates were from Grande Florianópolis and Vale do Itajaí. Twenty six cases (34.2%) were characterized as mycobacteriosis. Of these cases, 65.4% were attributed to M. avium Complex and 88.6% were characterized as pulmonary disease. The mean age of patients was 46,1 ± 14,6 years. Men and non-HIV patients were more affected by the disease. At the Reference Hospital, NTM was identified in only one patient with TB diagnosis. PCR and real time PCR showed sensitivity of 91.2% and 100%, respectively. MMSA and PRA-hsp65 identified the species, directly of the sputum, in 50.9% and 47.4% of cases, respectively. When associated, these methods identified the specie in75,4% of samples. Conclusions: This study provided the epidemiology of NTM of Santa Catarina State, that had not been studied yet. It also allowed the assessment of molecular techniques that can be used as tools for early diagnosis and identification of mycobacteria.

Las micobacterias se pueden detectar por examen microscópico, por demostración de su ADN o rRNA específico tras amplificación del ácido nucleico correspondiente o por cultivo. Para aislarlas por cultivo, hace falta tratar las muestras con flora comensal (esputos, orinas, etc.) con diferentes sustancias, proceso llamado descontaminación.El objetivo de la Tesis ha consistido en evaluar: a) un nuevo método de descontaminación de muestras clínicas con C18-carboxypropilbetaína (CB-18) y compararla con el método de Tacquet-Tison, b) evaluar un sistema de amplificación de ADN por Reacción en Cadena de la Ligasa (sistema LCxMTB de Abbott, USA) con otro de amplificación de rRNA (AMTDT de Gen-Probe, USA) para detectar Mycobacterium tuberculosis en 74 biopsias pleurales parafinadas y c) comparar un nuevo medio de cultivo líquido no radiométrico (MB/BacT) con otro radiométrico BACTEC 12B y el medio sólido de Löwenstein-Jensen (L-J) para aislar micobacterias.Para evaluar el nuevo método CB-18 se procesaron 1201 muestras y se compararon los resultados con los obtenidos por el método de Tacquet-Tison. No hubo diferencias estadísticamente significativas en la detección de micobacterias por tinción. Se aislaron un 14% más de micobacterias tras descontaminar con CB-18, diferencia estadísticamente significativa tanto para el total de micobacterias como para micobacterias ambientales. No hubo diferencias entre los métodos para aislar M.tuberculosis. Este bacilo se detectó 2 días antes tras descontaminar con Tacquet (13 d.) que tras CB-18 (15 d.) Hubo más contaminaciones en los medios de cultivo tras descontaminar con CB-18, predominando los estreptococos del grupo viridans, los estafilococos y las levaduras.Se analizaron 57 biopsias pleurales parafinadas (BPP) de pacientes con tuberculosis pleural y 17 BPP de pacientes sin tuberculosis. Las 70 BPP se desparafinaron con xileno, se digerieron con proteinasa K, se inactivaron a 95ºC, se centrifugaron a 13.000 rpm. El sobrenadante se usó para realizar ambas técnicas de amplificación según los protocolos recomendados por los fabricantes. La sensibilidad para detectar M.tuberculosis fue del 52,6% para el AMTDT y del 63,2% para el LCxMTB, diferencia no significativa. La especificidad de ambas técnicas fue del 100%. Utilizando ambas técnicas conjuntamente se alcanza una sensibilidad del 80,7%. La sensibilidad para diagnosticar tuberculosis pleural mediante la baciloscopia, el cultivo de esputos y de líquidos pleurales había sido del 73,7% y si se añaden los resultados obtenidos por las técnicas de amplificación se eleva hasta el 96,5%. Las reacciones de amplificación aportaron un 22,8% de diagnósticos adicionales de las tuberculosis pleurales.Para evaluar el nuevo sistema de cultivo de micobacterias MB/BacT se descontaminaron 600 muestras por el método de Tacquet-Tison. Se compararon los resultados con los otros sistemas de uso habitual. Se aislaron 79 cepas de M.tuberculosis y 27 cepas de micobacterias ambientales. Se aislaron el 92%, 91% y 94% de las cepas, respectivamente, en L-J, BACTEC 12B y MB/BacT. Al combinar dos de estos medios de cultivo se aislaron prácticamente todas las cepas. De las muestras baciloscopia-negativas se aislaron significativamente más M.tuberculosis en MB/BacT que en BACTEC 12B. Las micobacterias crecieron en una media de 11,7 días en BACTEC, 2,5 días más tarde en MB/BacT y 15 días después en L-J. Las contaminaciones fueron más frecuentes en el MB/BACT, debidas a bacterias gram-positivas, por lo que se recomienda la adición de 1 mcg/mL de vancomicina al MB/BACT.Se concluye que el método CB-18 es adecuado como sistema de descontaminación de muestras clínicas para aislar micobacterias, que ambos sistemas de amplificación tienen una sensibilidad intermedia para detectar M.tuberculosis en BPP y que MB/BacT es un medio de cultivo líquido, no radiométrico, menos laborioso y alternativa adecuada al BACTEC para el aislamiento de micobacterias de muestras clínicas. / Mycobacteria can be detected by means of a microscopic exam, by recognizing their specific DNA or rRNA after having amplified its nucleic acid or for culture. In order to isolate them for culture, samples with commensal flora (sputum, urine, etc.) have to be treated with different substances, in a process known as decontamination.The objective of this thesis was to evaluate: a) a new method of decontamination of clinical samples using C18-carboxypropylbetaine (CB-18) and compare it with the method of Tacquet-Tison, b) compare a system of amplification of DNA by ligase chain reaction (LCxMTB, Abbott, USA) with an amplification of rRNA (AMTDT, Gen-Probe, USA) to detect Mycobacterium tuberculosis in 74 paraffinized pleural biopsies and c) compare a new liquid non radiometric culture medium (MB/BacT) with the radiometric BACTEC 12B and with the solid medium Löwenstein-Jensen (L-J) to isolate mycobacteriaIn order to evaluate the new CB-18 method, 1201 samples were processed and its results were compared to those obtained using the method of Tacquet-Tison. There were no statistical differences in the detection of mycobacteria by Ziehl-Neelsen staining. A 14% more of mycobacteria were isolated after being decontaminated with CB-18, which represents a significant statistical difference not only for all kinds of mycobacteria but also for nontuberculous mycobacteria. No difference was noticed among the methods used for isolating M.tuberculosis. This species was detected 2 days before in samples decontaminated with Tacquet-Tison(13 d.) than in samples by CB-18 (15 d.). There were more contaminations in culture mediums decontaminated with CB-18 and there was a predominance of group viridans Streptococcus, Staphylococcus spp. and yeasts.Forty-seven paraffin-embedded pleural biopsies (PEB) from patients with plural tuberculosis and 17 PEB from patients without tuberculosis were analysed. They were deparaffinized with xylene, digested with proteinase K, inactivated at 95º and centrifuged at 13,000 rpm. The supernatant was used in both techniques of amplification according to the protocols recommended by the manufacturers. The sensitivities of the AMTDT and LCxMTB were 52.6% and 63.2%, respectively (not stadistically significant). The specificity of both techniques was 100%. A sensitivity of 80.7% was achieved by using both techniques together. In fact, the sensitivity when diagnosing pleural tuberculosis by means of Zeehl-Neelsen staining, the sputum culture and of pleural liquids had been of 73.7%. The overall diagnostic yield with both culture and amplification techniques was 96.5%, with amplification techniques adding 22.8% of the diagnosis.Six hundred samples were decontaminated by using the Tacquet-Tison method in order to evaluate the new culture system of mycobacteria (MB/BacT). Seventy-nine strains on M.tuberculosis and 27 of nontuberculous mycobacteria were isolated, 92%, 91% and 94% respectively in L-J, BACTEC 12-B and MB-BacT. By combining two of these mediums practically all of the strains were isolated. From the Ziehl-Neelsen negative samples more M.tuberculosis were isolated using MB/BacT than using BACTEC 12B. The average number of days to detection of a single mycobacterial isolates was 14.2 days for MB/BacT, 26.1 days for egg-based media and 11.7 days for BACTEC. The contaminations were more frequent in MB/BacT, owing to the gram-positive bacteria; that's why, it seems recommended to add 1 mcg/mL of vancomycin to the MB/BacT. We can therefore conclude firstly that the CB-18 method is appropriate as a system of decontamination of clinical samples in which mycobacteria are supposed to be found; secondly, that both systems of amplification have an intermediate sensitivity to detect M.tuberculosis in PEB and, finally, that the MB/BacT is a reliable, nonradiometric, less labor-intensive alternative to BACTEC 12B for recovery of mycobacteria from clinical samples.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003Bitstream added on 2014-06-13T20:01:22Z : No. of bitstreams: 1 sato_dn_dr_araiq.pdf: 232098 bytes, checksum: fef9938402c38520312a4f3268b1687d (MD5) / O aumento de cepas de Mycobacterium tuberculosis resistentes às drogas utilizadas no esquema de tratamento convencional, principalmente por falha terapêutica, têm levado os pesquisadores à busca de novas drogas. Entretanto, faz-se necessário desenvolver novas metodologias para a determinação da atividade bactericida destes compostos. Este estudo descreve a padronização de uma metodologia rápida para triagem de atividade intra e extracelular de novos compostos, empregando Mycobacterium tuberculosis H37Rv ATCC 27294 e Mycobacterium tuberculosis Erdman ATCC 35801, ambas contendo o plasmídio pSMT1 com o gene luxA e luxB proveniente do Vibrio harveyi. A rifampicina e a isoniazida foram empregadas como droga de referência na padronização da técnica da luciferase extracelular, obtendo-se resultados de Concentração Inibitória Mínima de 0,03 μg/mL, para ambas as drogas, valores estes compatíveis com os da técnica de Alamar Blue. Para a padronização da técnica da luciferase intracelular foi utilizado o M. tuberculosis Erdman ATCC 35801 contendo o plasmídio pSMT internalizado em células de macrófagos J774. A droga de referência empregada foi a rifampicina obtendo-se um... / There has been an increase of Mycobacterium tuberculosis strains that are resistant to the current anti-TB agents, mainly through acquired resistance by therapeutic failure. This fact has underscored the need of a quick development of antimycobacterial drugs that are more effective than those currently in use. Moreover, new methodologies to determine the bactericidal activity of these compounds have been proposed. This study describes the use of bioluminescent strains of Mycobacterium tuberculosis H37Rv – ATCC 27974 and Mycobacterium tuberculosis Erdman ATCC 35801 both containing the plasmid pSMT1 constructed with luxA and luxB genes from Vibrio harveyi in a screening to evaluate the antimycobacterial activities of anti-TB agents. Standardization of the technique was performed using isoniazid and rifampicin, as drugs standard. The results of Minimal Inhibitory Concentration (MIC) were 0.03 μg/mL and 0.03 μg/mL, respectively. These values were totally compatible with those obtained by Microplate Alamar Blue Assay (MABA). Standardization of bioluminescence measurements of intracellular antimycobacterial activity was performed using the J774 murine...(Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:11:02Z : No. of bitstreams: 1 gaspar_ja_me_arafcf.pdf: 628810 bytes, checksum: 262deff533c147a80ad92be14c87e9f2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A qualidade da água é muito importante para a saúde e bem-estar do ser humano, e o sistema de abastecimento público deve fornecer água de qualidade e em quantidade suficiente para toda a população. As estações de tratamento de água constituem o principal caminho para obtenção de água de qualidade. Quando isso não ocorre, vários problemas podem afetar a população, pois esta passa a consumir água com qualidade inadequada com o risco constante de surgimento de várias doenças. A potabilidade microbiológica é determinada pela verificação da presença de bactérias do grupo coliformes (totais e termotolerantes) indicadores da possível presença de agentes patogênicos causadores de doenças de veiculação hídrica. Entretanto os coliformes totais e coliformes termotolerantes têm certas limitações, principalmente, no que se refere à predição do risco de infecções por outros microrganismos. A eliminação de microrganismos em água tratada reduz a competição, favorecendo a multiplicação de bactérias resistentes ao cloro como as do gênero Mycobacterium freqüentemente isoladas de águas tratadas e cloradas. Considerando a não indicação da pesquisa de micobactérias nos exames laboratoriais de rotina para controle de qualidade de água para consumo humano e outros usos, o objetivo deste trabalho foi verificar a presença de micobactérias ambientais no sistema de abastecimento de água de origem superficial da cidade de Araraquara – SP e avaliar a água distribuída à população de acordo com os padrões de potabilidade exigidos pela legislação vigente. Foram analisadas 40 amostras de águas, assim distribuídas: dez de água bruta colhidas na Estação de Tratamento de Água (ETA); dez colhidas após filtração; dez colhidas no reservatório após cloração e dez na rede de distribuição. As dez amostras coletadas após tratamento estavam... / Water quality is very important for the health and well being of humankind and the public supply system to provide water quality and quantity sufficient for the entire population. The water treatment is the main way to obtain water quality. When this does not occur several problems can potentially affect the population that is consuming inadequate water with the constant risk of emergence of various diseases for the community.The microbiological potability is mainly determined by verifying the presence of coliform bacteria (total anf fecal), which indicate faecal contamination, one of the most responsible for the transmission of water-borne diseases for the population, however the total coliforms and fecal coliforms have certain limitations especially with regard to predicting the risk of infections by other pathogens. The elimination of microorganisms in treated water reduces competition by favoring the growth of bacteria resistant to chlorine as the genus Mycobacterium frequently isolated from treated and chlorinated water. Given the failure to mention the demonstration of mycobacteria in routine laboratory tests for quality control of drinking water and other uses, this research aims to verify the presence of environmental mycobacteria in the system of water supply, the source surface and groundwater, the city of Araraquara - SP and assess whether the water distribution systems meets the standards of potability required by law.We analyzed 24 water samples from Station Water Treatment (ETA), all of which were after treatment in accordance with the Decree 518/2004 concerning the total coliforms and fecal coliforms(thermotolerant),with respect the parameters of turbidity, pH, apparent color and chlorine residual, only this last was the culprit when analyzed in the distribution network. Of the 24 water samples, 15 (62.5%) were positive for isolation of mycobacteria Recovery... (Complete abstract click electronic access below)

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-23T20:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 262213.pdf: 396387 bytes, checksum: 9262dc7cd74658952de90570f7f5a3e4 (MD5) / Este trabalho teve como objetivo avaliar a contribuição da PCR em cultivos precoces de micobactérias em meio sólido, possibilitando um diagnóstico laboratorial rápido, principalmente nos casos em que a baciloscopia é negativa. E para isso foram coletadas 40 amostras de escarro de pacientes TB+ recém-internados e sem tratamento. Em cada amostra, foi realizado o teste de baciloscopia, PCR do DNA extraído do escarro, cultura em meio Löwenstein-Jensen e PCR do DNA extraído do cultivo precoce diariamente. A baciloscopia apresentou sensibilidade de 68,57%, especificidade de 80% tendo a cultura como padrão-ouro, valor preditivo positivo de 96% e valor preditivo negativo de 26,67%. A cultura em meio sólido de 28 dias foi o que apresentou melhor resultado de sensibilidade (74,29%) e especificidade (100%) e foi o ponto de corte para cultura. Em DNA extraídos de amostras de escarro a PCR com iniciadores MYC, para amplificação do fragmento de 1027 pb do gene 16s RNA, apresentou sensibilidade de 22,86% e especificidade de 60% quando utilizada a cultura como padrão-ouro. E a PCR realizada em DNA extraídos dos cultivos precoces mostrou que a partir do 17º. dia, os valores de sensibilidade (85,71%) e especificidade (60%) se mantém constantes até o 40º. dia. O cultivo precoce de 17 dias se mostrou uma boa alternativa de teste para tuberculose na tentativa de se abreviar o tempo de diagnóstico laboratorial, possibilitando assim intervenção na cadeia de transmissão da doença.