Orientadores: Anete Pereira de Souza, Luciana Lasry Benchimol / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T02:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campos_Tatianade_D.pdf: 8389045 bytes, checksum: 6f77299744a0d3b5f2c74f0f37700d38 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O melhoramento genetico do feijoeiro busca responder ou atender demandas especificas dos produtores. Um cultivar de feijoeiro deve atender as caracteristicas de produtividade, de resistencia as principais doencas da cultura, e de qualidade tecnologicas, tais como tempo de cozimento, qualidades nutricionais e tipo de caldo. A escolha de criterios racionais e eficientes para a identificacao de linhagens superiores a serem utilizadas em cruzamentos facilita o trabalho do melhorista. Alem disso, a escolha dos genitores com maior potencial genetico para recombinacao aumenta as chances de obtencao de cultivares mais produtivos e estaveis para o comercio, bem como facilita a selecao dos genotipos nos ensaios de competicao. O feijoeiro e uma das culturas de destaque no Brasil com potencial a ser explorado e requer esforcos para o manejo adequado. Neste sentido, o investimento em tecnicas moleculares pode ser associado ao auxilio no melhoramento classico, como para a realizacao de programas de selecao assistida por marcadores. Os microssatelites sao marcadores moleculares definidos por sequencias repetitivas abundantes nos genomas de eucariotos, transferiveis e informativas. Os microssatelites sao marcadores amplamente utilizados em estudos geneticos e no desenvolvimento de mapas geneticos. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatelites para feijoeiro para a construcao de um mapa genetico molecular. Foram desenvolvidos 488 novos microssatelites, sendo que 183 estao disponiveis em 3 publicacoes sobre caracterizacao destes locos e, 64 estao descritos no artigo referente ao mapa genetico. Os demais locosapresentaram-se monomorficos dentre os genotipos utilizados, mas tambem serao divulgados na forma de manuscrito. O mapa genetico foi estabelecido com base em uma populacao F10 segregante, composta de 380 linhagens endogamicas, derivadas do cruzamento entre IAC-UNA e CAL143. Foram analisados no total 871 microssatelites, entre eles 265 (30,4%) foram polimorficos e 247 (28,4%) apresentaram padrao adequado de leitura de genotipagem. Para a construcao do mapa, alem dos marcadores moleculares, foram utilizados tres marcadores fenotipicos: cor de flor, formato do apice da vagem e habito de crescimento. Foi possivel mapear 198 microssatelites e os 3 marcadores fenotipicos. Dentre os marcadores mapeados, 131 tinham a posicao ate entao desconhecida em grupos de ligacao. O mapa resultante cobre 1865.9 cM, com uma distancia media entre marcadores de 9.4 cM. A cobertura de mapa e considerada de saturacao moderada e pode servir de base para o mapeamento de outras caracteristicas fenotipicas e de QTLs. / Abstract: The common bean breeding programs are meant to attend specific demands of bean producers. A common bean genotype of commercial interest must present desirable productivity characteristics; resistance to the main diseases and technological quality, like cooking time, nutritional value and type of broth. The choice of efficient criteria for identification of superiors inbred lines to be used in crosses supports breeders work. Moreover, the use of genitors with higher genetic potential increases the chances to reach more stable and productive cultivars, as well as facilitates genotypes selection in competitive assays. The common bean is one of the most important crops in Brazil and it has potential to be explored, but, the current productivity is low and requires efforts to improve the field performance. In this way, the search for molecular techniques can be associated to assist the classic breeding, like to perform marker-assisted selection. Microsatellites are repetitive sequences present in eukaryotes genomes, transferable, and informative. The microsatellite markers are widely used in genetic studies, and one of the main uses is to construct genetic maps. The objective of the present work was to develop new microsatellite markers to common bean and to construct a genetic map. Up to new 488 microsatellites were developed, of which 183 are available in 3 articles about loci characterization and, 64 are described in genetic map article. The remaining loci were monomorphic for the genotypes used, and they will be described in an article too. The genetic map was based on a mapping population F10, formed by 380 recombinant inbred lines derived of IAC-UNAF and CAL143 crosses. We tested 871 microssatellites, of which 265 (30,4%) were polymorphic and 247 (28,4%) presented adequate genotyping standard. Beyond the molecular markers, weevaluated three phenotypic markers: flower color, pod tip shape, and growth habit. It was possible to map 198 microssatellites and the 3 phenotypic markers. Amongst the mapped microsatellite markers, 131 have never been located before in any known linkage group. The resulting map covers a total of 1865.9 cM in length and average distance between markers was 9.4 cM. The coverage of the generated map is considered to have a moderate saturation, which makes it useful for mapping other qualitative traits and QTLs. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2148996 bytes, checksum: 0f782ede5a559058721ff442c36a8c2f (MD5) Previous issue date: 2012-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) is a complex of many species that are important pathogens of a large number of woody and herbaceous plants. One of this hosts is rubber tree (Hevea sp.), that is native to the Amazon and belong to the family Euphorbiacea. Rubber tree is grown in order to produce latex, the main raw material for obtaining natural rubber that is used in many different industries. Ceratocystis fimbriata infects the rubber tree panel, causing gray mold that affects latex production. C. fimbriata is considered now as a "species complex" containing cryptic species, and many of them remain undescribed. Thus, the aim of this work was to determine the morphology and phylogenetic relationships of the fungus that causes gray mold in rubber tree in order to confirm whether it is a new species of fimbriata complex. For this, it was used 20 isolates obtained from rubber tree for analysis of genetic variability. Of these, four isolates were selected for morphological and phylogenetic analysis and of those, two isolates were used for pathogenicity tests. According to the sequences of ITS r-DNA, the isolates of C. fimbriata of rubber tree belong to the Latin American clade, with two ITS genotypes, that is related to their geographical origin. One genotype was originated from the state of Acre and the other one from the state of Bahia, which was also confirmed by microsatellite markers. The inoculations showed no specialization to the host, since they were pathogenic to different host species (mango, crotalaria, acacia, eucalyptus and kiwi). Therefore, according to the results of this work, the isolates of rubber tree belong to the Latin American clade and confirmed as C. fimbriata and not a distinct species. / Espécies do complexo Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) são importantes patógenos de um grande número de plantas arbóreas e herbáceas, dentre elas a seringueira (Hevea sp.), nativa da região amazônica e pertencente a família Euphorbiaceae. A seringueira é cultivada visando a produção do látex, a principal matéria prima para obtenção da borracha natural que é utilizada em diversos setores. Ceratocystis fimbriata infecta o painel da seringueira, causando uma doença conhecida como mofo cinzento que afeta negativamente a produção de látex. Ceratocystis fimbriata s.l. considerado, atualmente, como um complexo de espécies contendo várias espécies crípticas, muitas das quais ainda não descritas. Deste modo, objetivou-se com este trabalho, determinar a morfologia, o relacionamento filogenético e especificidade de hospedeiro do fungo causador do mofo cinzento em seringueira, de modo a confirmar se é uma nova espécie do complexo fimbriata. Para isso, foram utilizados 20 isolados de seringueira para análise de variabilidade genética. Dentre estes, quatro isolados foram selecionados para análises morfológicas e filogenéticas e destes, dois foram utilizados para testes de patogenicidade. De acordo com as sequências de ITS r-DNA analisadas, os isolados de C. fimbriata de seringueira pertencem ao clado da América Latina, com dois genótipos de ITS, de acordo com a origem geográfica, sendo eles originados do Estado do Acre e o outro do Estado da Bahia, também confirmados por análises de microssatélites. As inoculações mostraram que não há especialização, quanto ao hospedeiro, uma vez que foram patogênicos a diferentes espécies hospedeiras (manga, crotalária, acácia, eucalipto e kiwi). Portanto, de acordo com os resultados deste trabalho, os isolados de seringueira pertencem ao clado da América Latina e são confirmados como C. fimbriata e não uma espécie distinta.

No presente trabalho foram desenvolvidos estudos genético-moleculares em três famílias com três síndromes distintas de defeitos dos membros. A ectrodactilia ou SHFM (split-hand/split-foot malformation) é uma malformação congênita da extremidade dos membros caracterizada por fenda mediana profunda das mãos e/ou pés devido à ausência dos raios centrais. A hemimelia tibial é um defeito caracterizado por hipoplasia, aplasia ou agenesia de tíbia, em que a fíbula permanece intacta. A síndrome da hemimelia tibial associada à ectrodactilia é uma condição rara de herança dominante. Em uma publicação do nosso grupo foi mapeado um novo loco (SHFLD3 OMIM #612576) de hemimelia tibial associada à ectrodactilia (Lezirovitz e col. 2008. Am J Hum Genet 123:625-31) na região 17q13.1-17p13.3 em uma família com nove indivíduos afetados por essa síndrome. Nesse estudo foram sequenciados seis genes localizados na região candidata, mas nenhuma mutação patogênica foi encontrada. Em pesquisa colaborativa com grupo no exterior identificou-se uma duplicação de cerca de 114 Kb nessa região cromossômica. Ela estava presente em todos os indivíduos afetados e por meio de PCR de longo alcance e seqüenciamento foi possível identificar os pontos de quebra da duplicação. Os resultados indicaram que essa é a provável causa da síndrome na família. A agenesia/hipoplasia fibular é um defeito que ocorre ao longo do desenvolvimento e extensão da fíbula. Ela é encontrada isolada ou associada com outros sinais clínicos como malformações em membros superiores, como a ectrodactilia, e defeitos na ulna e fêmur. Em uma família em que segrega uma nova síndrome, uma forma de agenesia ou hipoplasia fibular associada à ectrodactilia de aparente herança autossômica dominante (Santos e col. 2008. Am J Med Genet A. 146A: 3126-31) foram realizados estudos de mapeamento por meio de marcadores de microssatélites e sequenciamento dos genes nas regiões candidatas. Após a exclusão de ligação com algumas regiões já conhecidas associadas a defeitos de membros, foram sequenciados alguns genes candidatos selecionados a partir da literatura sobre defeitos de membros (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Dado que mutações não foram identificadas nesses genes, foi realizada a varredura genômica com o kit Affymetrix GeneChip® Human Mapping 50K Array. Foi observado que em quatro cromossomos (5, 6, 10 e 11) não foi possível a exclusão completa de ligação. Nesses cromossomos foram utilizados marcadores de microssatélites próximos às regiões que apresentaram lod score sugestivo de ligação. As análises dos cromossomos 6 e 10 não confirmaram evidências de ligação. No cromossomo 5 e no cromossomo 11 não foi possível a exclusão completa de ligação. A terceira família é composta por três indivíduos afetados por um quadro variável de defeitos de membros, entre eles, polissindactilia, sindactilia, camptodactilia e defeitos ungueais. O heredograma sugere um padrão de herança do defeito compatível com herança autossômica dominante e penetrância completa. Realizaram-se estudos preliminares de ligação com microssatélites próximos as regiões cromossômicas já conhecidas associadas a malformações de membros. Na região candidata 17p13.1-17p13.3 não foi possível a exclusão completa de ligação, já que os lod scores chegaram a mostrar valores positivos e sugestivos. Também foram sequenciados alguns genes candidatos (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Dado que mutações não foram identificadas, foi realizada a varredura genômica com o kit Affymetrix GeneChip® Human Mapping 50K Array. A análise dos SNPs dos cromossomos 19, 20 e 21 permitiu a exclusão completa de ligação com esses cromossomos. Já em relação aos demais cromossomos, não se pode excluir completamente a ligação, já que vários deles apresentaram lod scores muito próximos do lod máximo possível calculado para a família. A dificuldade decorre do fato da família ser pequena e possuir somente duas gerações com indivíduos afetados. As regiões mais interessantes para aprofundar a investigação seriam as do cromossomo 17, pois houve sugestão de ligação também na análise de microssatélites. O gene YWHAE no cromossomo 17 foi sequenciado por se mostrar um bom candidato. No entanto, nenhuma mutação foi encontrada. / Here we report our genetic and molecular studies performed on three different families affected by three different syndromes with limb defects. Ectrodactyly or SHFM (Split Hand/Foot Malformation) is a congenital limb malformation characterized by median cleft of hands or feet (absence of the central rays). Tibial Hemimelia is a malformation characterized by tibial hypoplasia, aplasia or agenesis without fibular involvement. Ectrodactyly associated with tibial hemimelia is a rare autosomal dominant condition. In a previous publication of our team, we reported the mapping of a novel locus (SHFLD3 OMIM #612576) for ectrodactyly associated with tibial hemimelia (Lezirovitz e col. 2008. Am J Hum Genet 123:625-31) to chromosome region 17q13.1-17p13.3 in a large family with nine affected individuals. Six genes in the candidate region were sequenced, but no pathogenic mutation was found. In a collaborative study with another Center, a 114 Kb duplication, detected in all affected individuals, was found in this same region. Duplication breakpoints were identified after long range PCR and sequencing. Our results indicated indicating that this is the causative mutation in the family. Fibular agenesis/hypoplasia is a fibular developmental defect, occurring either as an isolated defect or associated with other clinical signs, such as hand ectrodactyly, ulnar and femoral defects. Mapping studies with microsatellite markers were performed on a family with some affected individuals presenting fibular agenesis or fibular hypoplasia associated with ectrodactyly, a novel defect that segregates with a possible autosomal dominant mode of inheritance (Santos e col. 2008. Am J Med Genet A. 146A:3126-31). Linkage with markers mapped to some well known chromosome regions related with limb malformations was excluded. Some candidates genes possibly related to limb malformations were selected from the literature for sequencing (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Since no mutation was found, we proceeded to genomic scanning with Affymetrix GeneChip Human Mapping 50k Array. Linkage with markers from four chromosomes (5, 6, 10 and 11) could not be completely excluded. Microsatellite markers were used to confirm linkage to regions presenting the higher lod scores and markers on chromosomes 6 and 10 did not confirm linkage. Analyses with markers on chromosomes 5 and 11 (in which there are no good candidate genes reported in the literature) were inconclusive and linkage could not be completely ruled out. There are three affected individuals in the third family here reported, each one of them presenting with a different set of distal limb defects (such as syndactyly, polysyndactyly, camptodactyly, or nail malformation); the defect is transmitted with an autosomal dominant mode and complete penetrance. Linkage studies with microsatellite markers close to well-known limb malformation related regions were performed. Linkage with region 17p13.1-17p.13.3 could not be ruled out since some of the lod scores were positive and suggestive. Some candidates genes have been selected for sequencing (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Since no mutation was found, genomic scanning was performed with the Afflymetrix GeneChip Human Mapping 50k Array. SNP analysis of chromosomes 19, 20 and 21 allowed us to rule out linkage completely. However, linkage could not be excluded for some regions on other chromosomes, since their lod scores were close to the maximum possible score estimated for this small-sized family. The most interesting regions are located in chromosome 17, in which the gene YWHAE, which seemed to be a good candidate, was sequenced, but no mutation was found.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3889.pdf: 1235045 bytes, checksum: 2746983be0ebda15a37ceeb2635ac9c2 (MD5) Previous issue date: 2011-08-19 / Universidade Federal de Sao Carlos / The Cattle Egret (Bubulcus ibis) is a median sized bird, of African origin, considered as an invasive and exotic species in the American continent. In Brazil, first record was in the north, in 1964. The species have been maintaining a pattern of constant population growth, endangering the reproduction and survivorship of native species, as observed in the archipelago of Fernando de Noronha. The purposes of this work were the isolation of microsatellite loci for the species in question and to genetically characterize Brazilian populations, as a starting point in a study that contributes for the comprehension of the colonization process occurred in the country. Thereafter, two partially enriched genomic libraries were obtained, in which the generated fragments were posteriorly sequenced and analyzed for the presence of microsatellite sequences; being the cloning efficacy of 15.74%. Thirty-two microsatellite loci were selected for the analysis, of which eleven proved to be polymorphic. Content of polymorphic information for these loci varied between 0.079 and 0.453. Fragments of expected size were amplified in the eleven polymorphic loci in other six species from the same family as the Cattle Egret. Six populations from different latitudes in the country were genotyped in seven polymorphic loci. A low variability was found, with mean values of expected heterozigosity in the populations varying between 0.408 and 0.562. The population holding the higher diversity was the northern one, closest to the point of the first historic record of the species in the country. Low genetic structuring by AMOVA was detected, and some values of pairwise Fst and Rst proved to be significant when the pair contained populations from South and North of the country. Effective size (Ne) of the Brazilian population was 6.6 individuals (95% CL: 5.7-7.7). Diversity indices and population parameters analyzed did not show evidence that the dispersion of individuals occurred in a north-south axis, occurring more in an opportunistic and erratic manner. Fernando de Noronha s population, which have been managed by a population control program since 2007, presented diversity levels and population parameters comparable to the mainland populations, what indicates that the species will not be easily eliminated from this area. / A garça-vaqueira (Bubulcus ibis) é uma ave de médio porte, de origem africana, considerada espécie exótica invasora no continente americano. No Brasil, o primeiro registro foi na região norte, em 1964. A espécie vem mantendo um padrão de crescimento populacional constante, ameaçando a reprodução e sobrevivência de outras espécies nativas, como observado no arquipélago de Fernando de Noronha. Os objetivos desse trabalho foram isolar locos de microssatélites específicos para a espécie e caracterizar geneticamente as populações brasileiras, iniciando um estudo que contribui para a compreensão do processo de colonização ocorrido no país. Com esse intuito, foram construídas duas bibliotecas genômicas parciais enriquecidas, cujos fragmentos gerados foram posteriormente sequenciados e analisados quanto à presença de sequências de microssatélites, sendo de 15,74% a eficiência de clonagem. Foram selecionados 32 locos de microssatélites para as análises, dos quais 11 mostraram-se polimórficos. O conteúdo de informação polimórfica para esses locos variou de 0,079 à 0,453. Fragmentos de tamanho esperado foram amplificados nos onze locos polimórficos em outras seis espécies da mesma família. Seis populações de diferentes latitudes do país foram genotipadas em sete locos polimórficos. Uma baixa variabilidade foi encontrada, com valores médios de heterozigosidade esperada variando de 0,408 à 0,562 nas populações. A população detentora de maior diversidade foi a da região norte, mais próxima do ponto do local do primeiro registro histórico da espécie no país. Foi detectada baixa estruturação genética pela AMOVA e alguns valores de Fst e Rst par-a-par se mostraram significativos quando o par incluía populações da região sul e norte do país. O tamanho efetivo (Ne) da população brasileira foi de 6,6 indivíduos (95% CL:5,7-7,7). Os índices de diversidade e os parâmetros populacionais analisados não mostraram evidências de que a dispersão dos indivíduos tenha ocorrido segundo um eixo- norte-sul, mas sim de maneira oportunista e errática. A população de Fernando de Noronha, que vem sendo manejada por um programa de controle populacional desde 2007, apresentou níveis de diversidade e parâmetros populacionais comparáveis às populações do continente, o que indica que a espécie não será facilmente exterminada nessa área.

No presente trabalho foram desenvolvidos estudos genético-moleculares em três famílias com três síndromes distintas de defeitos dos membros. A ectrodactilia ou SHFM (split-hand/split-foot malformation) é uma malformação congênita da extremidade dos membros caracterizada por fenda mediana profunda das mãos e/ou pés devido à ausência dos raios centrais. A hemimelia tibial é um defeito caracterizado por hipoplasia, aplasia ou agenesia de tíbia, em que a fíbula permanece intacta. A síndrome da hemimelia tibial associada à ectrodactilia é uma condição rara de herança dominante. Em uma publicação do nosso grupo foi mapeado um novo loco (SHFLD3 OMIM #612576) de hemimelia tibial associada à ectrodactilia (Lezirovitz e col. 2008. Am J Hum Genet 123:625-31) na região 17q13.1-17p13.3 em uma família com nove indivíduos afetados por essa síndrome. Nesse estudo foram sequenciados seis genes localizados na região candidata, mas nenhuma mutação patogênica foi encontrada. Em pesquisa colaborativa com grupo no exterior identificou-se uma duplicação de cerca de 114 Kb nessa região cromossômica. Ela estava presente em todos os indivíduos afetados e por meio de PCR de longo alcance e seqüenciamento foi possível identificar os pontos de quebra da duplicação. Os resultados indicaram que essa é a provável causa da síndrome na família. A agenesia/hipoplasia fibular é um defeito que ocorre ao longo do desenvolvimento e extensão da fíbula. Ela é encontrada isolada ou associada com outros sinais clínicos como malformações em membros superiores, como a ectrodactilia, e defeitos na ulna e fêmur. Em uma família em que segrega uma nova síndrome, uma forma de agenesia ou hipoplasia fibular associada à ectrodactilia de aparente herança autossômica dominante (Santos e col. 2008. Am J Med Genet A. 146A: 3126-31) foram realizados estudos de mapeamento por meio de marcadores de microssatélites e sequenciamento dos genes nas regiões candidatas. Após a exclusão de ligação com algumas regiões já conhecidas associadas a defeitos de membros, foram sequenciados alguns genes candidatos selecionados a partir da literatura sobre defeitos de membros (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Dado que mutações não foram identificadas nesses genes, foi realizada a varredura genômica com o kit Affymetrix GeneChip® Human Mapping 50K Array. Foi observado que em quatro cromossomos (5, 6, 10 e 11) não foi possível a exclusão completa de ligação. Nesses cromossomos foram utilizados marcadores de microssatélites próximos às regiões que apresentaram lod score sugestivo de ligação. As análises dos cromossomos 6 e 10 não confirmaram evidências de ligação. No cromossomo 5 e no cromossomo 11 não foi possível a exclusão completa de ligação. A terceira família é composta por três indivíduos afetados por um quadro variável de defeitos de membros, entre eles, polissindactilia, sindactilia, camptodactilia e defeitos ungueais. O heredograma sugere um padrão de herança do defeito compatível com herança autossômica dominante e penetrância completa. Realizaram-se estudos preliminares de ligação com microssatélites próximos as regiões cromossômicas já conhecidas associadas a malformações de membros. Na região candidata 17p13.1-17p13.3 não foi possível a exclusão completa de ligação, já que os lod scores chegaram a mostrar valores positivos e sugestivos. Também foram sequenciados alguns genes candidatos (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Dado que mutações não foram identificadas, foi realizada a varredura genômica com o kit Affymetrix GeneChip® Human Mapping 50K Array. A análise dos SNPs dos cromossomos 19, 20 e 21 permitiu a exclusão completa de ligação com esses cromossomos. Já em relação aos demais cromossomos, não se pode excluir completamente a ligação, já que vários deles apresentaram lod scores muito próximos do lod máximo possível calculado para a família. A dificuldade decorre do fato da família ser pequena e possuir somente duas gerações com indivíduos afetados. As regiões mais interessantes para aprofundar a investigação seriam as do cromossomo 17, pois houve sugestão de ligação também na análise de microssatélites. O gene YWHAE no cromossomo 17 foi sequenciado por se mostrar um bom candidato. No entanto, nenhuma mutação foi encontrada. / Here we report our genetic and molecular studies performed on three different families affected by three different syndromes with limb defects. Ectrodactyly or SHFM (Split Hand/Foot Malformation) is a congenital limb malformation characterized by median cleft of hands or feet (absence of the central rays). Tibial Hemimelia is a malformation characterized by tibial hypoplasia, aplasia or agenesis without fibular involvement. Ectrodactyly associated with tibial hemimelia is a rare autosomal dominant condition. In a previous publication of our team, we reported the mapping of a novel locus (SHFLD3 OMIM #612576) for ectrodactyly associated with tibial hemimelia (Lezirovitz e col. 2008. Am J Hum Genet 123:625-31) to chromosome region 17q13.1-17p13.3 in a large family with nine affected individuals. Six genes in the candidate region were sequenced, but no pathogenic mutation was found. In a collaborative study with another Center, a 114 Kb duplication, detected in all affected individuals, was found in this same region. Duplication breakpoints were identified after long range PCR and sequencing. Our results indicated indicating that this is the causative mutation in the family. Fibular agenesis/hypoplasia is a fibular developmental defect, occurring either as an isolated defect or associated with other clinical signs, such as hand ectrodactyly, ulnar and femoral defects. Mapping studies with microsatellite markers were performed on a family with some affected individuals presenting fibular agenesis or fibular hypoplasia associated with ectrodactyly, a novel defect that segregates with a possible autosomal dominant mode of inheritance (Santos e col. 2008. Am J Med Genet A. 146A:3126-31). Linkage with markers mapped to some well known chromosome regions related with limb malformations was excluded. Some candidates genes possibly related to limb malformations were selected from the literature for sequencing (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Since no mutation was found, we proceeded to genomic scanning with Affymetrix GeneChip Human Mapping 50k Array. Linkage with markers from four chromosomes (5, 6, 10 and 11) could not be completely excluded. Microsatellite markers were used to confirm linkage to regions presenting the higher lod scores and markers on chromosomes 6 and 10 did not confirm linkage. Analyses with markers on chromosomes 5 and 11 (in which there are no good candidate genes reported in the literature) were inconclusive and linkage could not be completely ruled out. There are three affected individuals in the third family here reported, each one of them presenting with a different set of distal limb defects (such as syndactyly, polysyndactyly, camptodactyly, or nail malformation); the defect is transmitted with an autosomal dominant mode and complete penetrance. Linkage studies with microsatellite markers close to well-known limb malformation related regions were performed. Linkage with region 17p13.1-17p.13.3 could not be ruled out since some of the lod scores were positive and suggestive. Some candidates genes have been selected for sequencing (SHH, ZRS, WNT7a, WNT10b, GREM1). Since no mutation was found, genomic scanning was performed with the Afflymetrix GeneChip Human Mapping 50k Array. SNP analysis of chromosomes 19, 20 and 21 allowed us to rule out linkage completely. However, linkage could not be excluded for some regions on other chromosomes, since their lod scores were close to the maximum possible score estimated for this small-sized family. The most interesting regions are located in chromosome 17, in which the gene YWHAE, which seemed to be a good candidate, was sequenced, but no mutation was found.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:24:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Leticia da Silveira Pinheiro.pdf: 1061417 bytes, checksum: d3b6dccd4e5c363bd8b7c9da2c672cc0 (MD5) Previous issue date: 2008-03-07 / Recurrent Selection is a population inbreed method that is not traditionally used in autogamous species as rice. However, it is still an interesting methodology to the implementation of recurrent selection populations, due to the possibility of obtaining genotypes with wide genetic base and adequate agronomical traits. It is even more attractive when a great genetic variability is easily available, as it is for rice and could be largely used in the development of more productive elite cultivars and with a better production stability even under low input agricultural systems. Two recurrent selection irrigated rice populations, developed by Embrapa Arroz e Feijão, were synthetized using different recombination methods. The CNA-IRAT 4 population was developed in field conditions using male-sterelity, while the CNA 12 population originated from manual crosses in a circulant partial diallel scheme. The aim of this work was the evaluation of the genetic variability among cycles of the two recurrent selection populations using fourteen SSR markers. Hundred and eighty genotypes of the cycles 1, 2 and 5 of CNA-IRAT 4 population and cycles 1 and 2 of CNA 12, were evaluated. The AMOVA did not indicate any genetic structure among the cycles of selection, meaning that the greater variation was attributed between individuals within cycles, in both studied populations. Unexpected alleles, which means alleles that not belong to the genetic pool of the genitors, were identified in both populations and in all cycles evaluated, mostly of these alleles were observed on CNA-IRAT 4 population. These alleles were probably a result of undesired crosses of genotypes which did not belong to both populations. Parameters Fis and Fit of Wright s statistics indicated that the genetic variability of the manually conducted population (CNA 12) were increased while the population using male-sterelity recombination (CNA-IRAT 4) were reduced. The mean reason for this particular situation was due to the directionally crosses that promoted a greater combination between the alleles of all genitors, while male-sterelity methodology pollination the alleles from plants with major height and more capable of producing more pollen were privileged. To avoid the genetic drift in CNA-IRAT 4, genotypes genetically divergent, with more General Capacity of Combination and with good agronomic attributes, should be introduced on this population. / Seleção recorrente é um método de melhoramento populacional ainda pouco empregado em espécies autógamas, como o arroz. Contudo, a possibilidade de obter genótipos de ampla base genética e com bons atributos agronômicos, é um atrativo interessante para a implementação de populações de seleção recorrente, sobretudo pela necessidade de utilizar a grande variabilidade genética disponível para enfrentar o desafio de desenvolver cultivares elite mais produtivas e capazes de manter a estabilidade de produção. Foram utilizadas, neste estudo, duas populações de seleção recorrente de arroz irrigado, desenvolvidas pelo programa de melhoramento genético da Embrapa Arroz e Feijão. A população CNA-IRAT 4 portadora do gene da macho-esterilidade genética, permitindo assim que a sua recombinação seja feita à campo, e a população CNA 12 recombinada manualmente através do esquema de cruzamento em dialelo ciculante por não possuir este gene. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética entre os ciclos de seleção das duas populações por meio de 14 marcadores SSR. Foram avaliados 180 indivíduos dos ciclos 1, 2 e 5 na CNA-IRAT 4, e ciclos 1 e 2 na CNA 12. O estudo da análise de variância molecular (AMOVA) não indicou nenhum tipo de estruturação entre os ciclos de seleção definindo que a maior parte da variação foi encontrada entre os indivíduos dentro dos ciclos do que entre os ciclos em ambas as populações. Foram identificados alelos não provenientes dos genitores nas duas populações, e em todos os ciclos, principalmente para a CNA-IRAT 4. Estes alelos foram provavelmente resultantes da fecundação indesejada a partir de genótipos que não faziam parte das populações. Os parâmetros Fis e Fit da estatística F de Wright indicaram que a recombinação manual está ampliando a variabilidade genética da população CNA 12, enquanto que a recombinação via gene da macho-esterilidade está reduzindo a variabilidade genética da CNA-IRAT 4, e o principal motivo é que os cruzamentos dirigidos estão promovendo uma maior combinação entre os alelos de todos os genitores, enquanto que a polinização via macho-esterilidade vêm privilegiando os alelos dos genótipos com maior porte e capacidade de produção de pólen e do macho-estéril. Para evitar a deriva genética na CNA-IRAT 4, genótipos de arroz geneticamente divergentes das progênies, com maior Capacidade Geral de Combinação e com bons atributos agronômicos, deverão ser introduzidos nesta população.