Dissertação apresentada para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Térmica, na Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto, sob a orientação do Prof. Doutor António Restivo

A malha rodoviária brasileira é constituída predominantemente de rodovias de pista simples e boa parte delas encontra-se em regiões montanhosas. Rodovias de pista simples em regiões montanhosas possuem dificuldades de modelagem, porque as rampas elevadas e os raios de curvatura pequenos possuem impacto significativo no desempenho do tráfego. Adicionalmente, existem poucos estudos de simulação de tráfego de veículos em rodovias de pista simples, sobretudo em regiões montanhosas. Sendo assim, a combinação de rodovias de pista simples com região montanhosa é ainda mais restrita para codificação dessas redes em microssimuladores de tráfego. Dados de geometria de rodovias são comumente obtidos por meio de plataformas como o Google Earth, contudo sua precisão pode ser insuficiente para uma boa representação em regiões montanhosas, devido à influência significativa dos perfis planialtimétricos no desempenho do tráfego em rodovias de pistas simples. O presente trabalho desenvolveu uma metodologia para a codificação de rodovias de pista simples em região montanhosa. Esta metodologia foi aplicada em um estudo de simulação de tráfego através do microssimulador de tráfego VISSIM. O trecho de estudo de caso corresponde à 16 km de extensão da ERS-115 entre as cidades de Três Coroas e Gramado na Serra Gaúcha. A partir de dois bancos de dados (Google Earth e levantamento veicular a Laser), foram desenvolvidos três modelos: (i) modelo baseado nos dados originais do Google (Google original), (ii) modelo com perfil altimétrico suavizado (LOESS) e (iii) modelo com perfil planialtimétrico baseado em levantamento de campo a Laser (Laser). A comparação do perfil altimétrico dos três modelos revelou diferenças significativas entre o modelo do Google original em relação aos demais. O perfil altimétrico decorrente dos dados originais do Google Earth apresentou grandes declividades, na prática, incompatíveis com a classe da rodovia. O método proposto de suavização (LOESS) resultou em um modelo bem mais próximo do perfil real da rodovia, representado pelo modelo construído a partir do levantamento a laser. Com o objetivo de avaliar o desempenho através da simulação de tráfego nos 3 modelos foram executados 11 cenários de simulação. Os cenários envolveram 2 níveis de demanda: demanda baixa, compatível com condições de fluxo livre e uma demanda representativa das condições típicas de tráfego verificadas no trecho. Em relação à demanda em fluxo livre, veículos nos modelos Laser e LOESS apresentaram velocidades similares ao longo do estaqueamento, enquanto que o modelo Google original revelou diferenças significativas de velocidades. A análise do desempenho do tráfego nos cenários de demanda típica foi baseada nos tempos de viagem. Cenários nesta análise envolveram a segmentação da rodovia em trechos homogêneos e variações na proporção de veículos por sentido (split direcional). A comparação entre os tempos de viagem dos modelos LOESS e Laser resultou em R²=0,99, enquanto que R² obtidos entre os modelos Google original e Laser variaram no intervalo de 0,04 a 0,99. Os resultados obtidos apontam a importância da metodologia desenvolvida pelo presente trabalho na modelagem de rodovias de pista simples, sobretudo em região montanhosa. / The Brazilian road network consists predominantly of two-lane highways and great part of them are in mountainous regions. Two-lane highways in mountainous regions have modeling difficulties because high slopes and small bend radii have a significant impact on traffic performance. Additionally, there are few simulation studies of vehicle traffic on two-lane highways, especially in mountainous regions. Thus, the combination of two-lane highways and mountainous region is even more restricted for coding these networks into traffic microsimulators. Road geometry data are commonly obtained through platforms such as Google Earth, but their accuracy may be insufficient for good representation in mountainous regions due to significant influence of planialtimetric profiles on traffic performance on two-lane highways. The present work developed a methodology for the codification of two-lane highways in mountainous region. This methodology was applied in a simulation study of traffic through the VISSIM traffic microsymulator. The case study section corresponds to the 16 km extension of the ERS-115 between the cities of Três Coroas and Gramado in the Serra Gaúcha. From two databases (Google Earth and Laser Vehicle Survey), three models were developed: (i) model based on original Google data (Google original), (ii) model with smoothed altimetric profile (LOESS) and (iii) model with planialtimetric profile based on laser field survey (Laser). The comparison of altimetric profiles of the three models revealed significant differences between the Google original model in relation to the others. The altimetric profile derived from the original data of Google Earth presented great slopes, in practice, incompatible with the highway class. The proposed smoothing method (LOESS) resulted in a model that is closer to the actual road profile, represented by the model constructed from the laser survey. In order to evaluate the performance through the simulation of traffic in the three models, 11 simulation scenarios were executed. The scenarios involved two levels of demand: low demand, compatible with free flow conditions and a representative demand of the typical traffic conditions verified in the road segment. Regarding the free-flow demand, vehicles in Laser and LOESS models presented similar speeds along the road, while the Google original model revealed significant differences in speeds. The analysis of traffic performance in typical demand scenarios was based on travel times. Scenarios in this analysis involved the segmentation of the highway in homogeneous segments and variations in the proportion of vehicles by direction (directional split). The comparison of travel times of the LOESS and Laser models resulted in R² = 0.99, while R² obtained between the Google original and Laser models varied in the range of 0.04 to 0.99. The results obtained point out the importance of the methodology developed by the present work in the modeling of two-lane highways, especially in the mountainous region.

A malha rodoviária brasileira é constituída predominantemente de rodovias de pista simples e boa parte delas encontra-se em regiões montanhosas. Rodovias de pista simples em regiões montanhosas possuem dificuldades de modelagem, porque as rampas elevadas e os raios de curvatura pequenos possuem impacto significativo no desempenho do tráfego. Adicionalmente, existem poucos estudos de simulação de tráfego de veículos em rodovias de pista simples, sobretudo em regiões montanhosas. Sendo assim, a combinação de rodovias de pista simples com região montanhosa é ainda mais restrita para codificação dessas redes em microssimuladores de tráfego. Dados de geometria de rodovias são comumente obtidos por meio de plataformas como o Google Earth, contudo sua precisão pode ser insuficiente para uma boa representação em regiões montanhosas, devido à influência significativa dos perfis planialtimétricos no desempenho do tráfego em rodovias de pistas simples. O presente trabalho desenvolveu uma metodologia para a codificação de rodovias de pista simples em região montanhosa. Esta metodologia foi aplicada em um estudo de simulação de tráfego através do microssimulador de tráfego VISSIM. O trecho de estudo de caso corresponde à 16 km de extensão da ERS-115 entre as cidades de Três Coroas e Gramado na Serra Gaúcha. A partir de dois bancos de dados (Google Earth e levantamento veicular a Laser), foram desenvolvidos três modelos: (i) modelo baseado nos dados originais do Google (Google original), (ii) modelo com perfil altimétrico suavizado (LOESS) e (iii) modelo com perfil planialtimétrico baseado em levantamento de campo a Laser (Laser). A comparação do perfil altimétrico dos três modelos revelou diferenças significativas entre o modelo do Google original em relação aos demais. O perfil altimétrico decorrente dos dados originais do Google Earth apresentou grandes declividades, na prática, incompatíveis com a classe da rodovia. O método proposto de suavização (LOESS) resultou em um modelo bem mais próximo do perfil real da rodovia, representado pelo modelo construído a partir do levantamento a laser. Com o objetivo de avaliar o desempenho através da simulação de tráfego nos 3 modelos foram executados 11 cenários de simulação. Os cenários envolveram 2 níveis de demanda: demanda baixa, compatível com condições de fluxo livre e uma demanda representativa das condições típicas de tráfego verificadas no trecho. Em relação à demanda em fluxo livre, veículos nos modelos Laser e LOESS apresentaram velocidades similares ao longo do estaqueamento, enquanto que o modelo Google original revelou diferenças significativas de velocidades. A análise do desempenho do tráfego nos cenários de demanda típica foi baseada nos tempos de viagem. Cenários nesta análise envolveram a segmentação da rodovia em trechos homogêneos e variações na proporção de veículos por sentido (split direcional). A comparação entre os tempos de viagem dos modelos LOESS e Laser resultou em R²=0,99, enquanto que R² obtidos entre os modelos Google original e Laser variaram no intervalo de 0,04 a 0,99. Os resultados obtidos apontam a importância da metodologia desenvolvida pelo presente trabalho na modelagem de rodovias de pista simples, sobretudo em região montanhosa. / The Brazilian road network consists predominantly of two-lane highways and great part of them are in mountainous regions. Two-lane highways in mountainous regions have modeling difficulties because high slopes and small bend radii have a significant impact on traffic performance. Additionally, there are few simulation studies of vehicle traffic on two-lane highways, especially in mountainous regions. Thus, the combination of two-lane highways and mountainous region is even more restricted for coding these networks into traffic microsimulators. Road geometry data are commonly obtained through platforms such as Google Earth, but their accuracy may be insufficient for good representation in mountainous regions due to significant influence of planialtimetric profiles on traffic performance on two-lane highways. The present work developed a methodology for the codification of two-lane highways in mountainous region. This methodology was applied in a simulation study of traffic through the VISSIM traffic microsymulator. The case study section corresponds to the 16 km extension of the ERS-115 between the cities of Três Coroas and Gramado in the Serra Gaúcha. From two databases (Google Earth and Laser Vehicle Survey), three models were developed: (i) model based on original Google data (Google original), (ii) model with smoothed altimetric profile (LOESS) and (iii) model with planialtimetric profile based on laser field survey (Laser). The comparison of altimetric profiles of the three models revealed significant differences between the Google original model in relation to the others. The altimetric profile derived from the original data of Google Earth presented great slopes, in practice, incompatible with the highway class. The proposed smoothing method (LOESS) resulted in a model that is closer to the actual road profile, represented by the model constructed from the laser survey. In order to evaluate the performance through the simulation of traffic in the three models, 11 simulation scenarios were executed. The scenarios involved two levels of demand: low demand, compatible with free flow conditions and a representative demand of the typical traffic conditions verified in the road segment. Regarding the free-flow demand, vehicles in Laser and LOESS models presented similar speeds along the road, while the Google original model revealed significant differences in speeds. The analysis of traffic performance in typical demand scenarios was based on travel times. Scenarios in this analysis involved the segmentation of the highway in homogeneous segments and variations in the proportion of vehicles by direction (directional split). The comparison of travel times of the LOESS and Laser models resulted in R² = 0.99, while R² obtained between the Google original and Laser models varied in the range of 0.04 to 0.99. The results obtained point out the importance of the methodology developed by the present work in the modeling of two-lane highways, especially in the mountainous region.

Submitted by Diana Alves (ppgdancaufba.adm@gmail.com) on 2016-09-30T13:20:57Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Marta Oliveira.pdf: 9187769 bytes, checksum: 24765e8015b0428cb00de77af8678c26 (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barroso (pbarroso@ufba.br) on 2016-10-03T17:41:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Marta Oliveira.pdf: 9187769 bytes, checksum: 24765e8015b0428cb00de77af8678c26 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-03T17:41:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Marta Oliveira.pdf: 9187769 bytes, checksum: 24765e8015b0428cb00de77af8678c26 (MD5) / A Dança Sensorial Háptica é uma proposta de investigação do movimento baseada nos estudos do corpo em contato com o ambiente natural, sobretudo as experiências desenvolvidas através do evento Dançando nas Montanhas. Tem como premissa observar a si mesmo, em suas multidimensões cognitivas, enquanto toca, dança e interage sensorialmente com a natureza. Em uma abordagem sistêmica, o propósito é entender este diálogo do corpo com o ambiente observando tanto os processos relativos à experiência estética quanto os processos cognitivos, numa perspectiva mais que criativa: inventiva. Tendo como referencial os conceitos relativos à Teoria Geral da Relatividade em consonância com os estudos sobre a cognição inventiva, as principais referências bibliográficas são os físicos David Bohm (2011), Hélio Campos (2009) e a psicóloga Virgínia Kastrup (2007). Em se tratando dos conceitos relativos à natureza do tempo trago algumas citações de Henri Bergson (2006). Humberto Maturana e Francisco Varela (2011) para discutirmos as relações entre a cognição nos processos relacionados aos seres vivos, que servirão para elucidar as questões ligadas ao corpo ambiente, além de outros autores que indiretamente contribuirão nessa investigação. Focada nas qualidades de movimento de Valerie Hunt, nas relações dinâmicas do espaço/tempo e nos estados de corpo multissensoriais essa pesquisa visa fomentar uma proposta de processo criativo capaz de resignificar os sentidos e buscar na dança um tipo de percepção cinestésica, imanente e háptica. Isso significa que além de potencializar a experiência estética e desenvolver um tipo de inteligência proprioceptiva, não reativa, este tipo de prática corporal procura investigar a percepção sensorial, num estado de atenção corporal que coloca o dançarino enquanto observador de seus próprios condicionamentos, suas memórias reativas e seus hábitos sensoriais.

Made available in DSpace on 2016-04-27T12:29:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 monica_chino_ioc_mest_2015.pdf: 4396839 bytes, checksum: 5ab00e786722dcd7034e91ef02840bd9 (MD5) 1_monica_chino_ioc_mest_2015.pdf: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A febre maculosa (Fm) é um grave problema de saúde pública no Brasil e no mundo, apresentando a bactéria Gram- negativa, Rickettsia ricketsii, como seu agente etiológico e transmitida pelo carrapato. Esse patógeno possui em sua superfície um conjunto de proteínas de membranas externas (OMP), sendo a OMP-A, um dos antígenos imunodominantes e exclusiva do grupo da Fm. Portanto, devido a inexistência de testes sorológicos sensíveis e específicos para o diagnóstico da Fm tivemos como objetivo mapear imunologicamente a OMP H6PGA4 usando uma biblioteca de peptídeos e soro de pacientes e cães com a doença e desenvolver testes diagnosticos mais específicos. Uma biblioteca de 84 peptideos com 15 residuos de comprimento cobrindo a extensão de 429 aminoácidos da proteína H6PGA4 e contendo sequências sobrepostas de nove aminoácidos foram sintetizadas pela técnica F-moc. Os peptídeos foram ligados quimicamente a uma membrana celulósica e feitos reagir independentemente com um \201Cpool\201D de soro de pacientes com febre maculosa (SP-Fm) e de soro de cães com febre maculosa (SC-Fm). Oito epitopos IgG foram identificados pelo soro de pacientes e três epitopos IgG pelo SC-Fm Todos os peptídeos foram análisados individualmente por ELISA-peptideo contra um painel de SP-Fm e SC-Fm. A análise realizada através da curva ROC indicou que os peptídeos E4 e E5 foram os mais imunogênicos com SP-Fm (especificidade de 90% e sensibilidade de 94%). Diferentemente os peptídeos E7 e E9 foram os que apresentaram especificidade e sensibilidade (p<0,05) acima de 90% e 94% com SC-Fm, repectivamente. Alternativamente, foi desenvolvido um imunosensor para diagnóstico da doença humana, baseado no peptídeo OMP3 e análise por voltametria cíclica. A acurácia foi demonstrada pela análise de 20 ciclos de varredura e a especificidade contra soros de indivíduos saudáveis. O chip imunosensor-peptideo foi reprodutível com um coeficiente de variação \226410,1% para SP-Fm. A sensibilidade de diluição do soro foi de até 1: 100 / Rocky Mountain spotted fever (Fm) is a serious public health problem in Brazil and in the world, presenting the Gram- negative bacteria, Rickettsia ricketsii, as its etiologic agent and transmitted by the bite of an infected tick. This pathogen has on its surface a set of outer membrane proteins (OMP), being the OMP-A one of the immunodominant and exclusive antigen of the Fm group. Therefore, due to the lack of sensitivity and specificity of the serologic tests for the diagnosis of Fm our objective was to map the immunologically OMP H6PGA4_ RICRI using a peptide library and serum of patients and dogs with the disease and develop more specific diagnostic tests. A library of 84 peptides with 15 residues in length covering the extension of 429 amino acids of the H6PGA4 protein and containing overlapping sequences of nine amino acids were synthesized by F-moc technique. The peptides were chemically bound to a cellulose membrane and reacted independently with serum from patients (n=5) with spotted fever (SP-Fm) and serum from dogs (n=5) with spotted fever (SC-Fm). Eight IgG epitopes were identified by the SP-Fm and three by the SC-Fm. All peptides were individually analyzed by ELISA-peptide using a panel of SP-Fm and SC-Fm The analysis of ROC curve indicated that the E4 and E5 peptides were the most immunogenic with a specificity of 90% and sensitivity of 94% for the SP-Fm. Unlike the E7 and E9 peptides were the most reactive for SC-Fm with a specificity of 90% and sensitivity of 94% (p <0.05). Alternatively, it was developed a cyclic voltametry E3 based immunesensor for the diagnosis of the human disease. The accuracy was demonstrated by the analysis of 20 cycles of scanning and the specificity against sera of healthy individuals. The peptide-imunosensor chip was reproducible with a coefficient of variation \2264 10,1% for SP-Fm. The sensitivity of serum dilution was 1: 100 / 2100-12-31

Orientador: Maria Rita Donalísio Cordeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-25T18:23:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nasser_JeanetteTrigo_D.pdf: 2786033 bytes, checksum: 23750912bc3968b79d7338c17041b9d5 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A Febre Maculosa Brasileira (FMB) é uma zoonose de caráter emergente, causada pela bactéria Rickettsia rickettsii do Grupo da Febre Maculosa (GFM), notificada principalmente na região Sudeste do Brasil, destacando-se pela sua alta letalidade. O presente trabalho tem como objetivo estudar o perfil epidemiológico e a distribuição espacial dos casos de FMB e características dos programas de controle municipais na Região Metropolitana de Campinas (19 municípios) no período de 1998 a 2012. Para este fim foram utilizadas informações sobre os casos notificados de FMB e os respectivos locais prováveis de infecção (LPI) obtidas na base de dados do Sistema de Informação sobre Agravos Notificáveis (SINAN), de fichas de investigação epidemiológicas disponibilizados pelo Grupo de Vigilância Epidemiológica (GVE) - Campinas e Superintendência de Controle de Endemias regional ¿ SUCEN - Campinas, relatórios oficiais complementados por informações de técnicos que participaram da investigação dos casos. Variáveis sócio-demográficas e epidemiológicas foram estudadas. Estes dados foram georreferenciados mediante a coleta de coordenadas geográficas com auxílio do Google Earth. Datum: WGS 84 Projeção: UTM. Foram identificadas áreas com maior concentração de casos (clusters) nos municípios da região por meio do estimador de densidade kernel. O município de Valinhos tem se destacado no período pela alta densidade de casos, daí a escolha por estudar seu padrão epidemiológico e a distribuição espacial de casos. Identificou-se uma tendência à urbanização da FMB, a presença frequente da capivara como hospedeiro primário no município e a constante proximidade dos LPIs à coleções hídricas. Foi descrita a atuação dos municípios da Região Metropolitana de Campinas e suas dificuldades no enfrentamento dessa enfermidade por meio da aplicação de um questionário durante a entrevista aos municípios e visita às equipes locais / Abstract: Brazilian Spotted Fever (BSF) is an emerging zoonosis caused by the bacterium Rickettsia rickettsii that belongs to the Spotted Fever Group (SFG), notified mainly in Southeast region, Brazil with a high rate of lethality. This paper aims on the study the epidemiological profile and the spatial distribution of BSF cases and the characteristics of the municipal control programs in the Metropolitan Region of Campinas (19 cities) in the period 1998-2012. For this purpose,,it was used reported cases information of BSF and its likely sites of infection obtained in the database of Notifiable Diseases Information System (SINAN) , epidemiological investigation files available by Epidemiological Surveillance Group - GVE Campinas and Superintendence of Control of regional endemics ¿ SUCEN ¿ Campinas and official reports complemented by technicians who participated in the investigation of cases. Social-demographic and epidemiological variables were studied. These data were geocoded by geografic coordinates with assistance of Google Earth. Datum: WGS 84 Projection: UTM. Areas with the highest concentration of cases (clusters) in municipalities in the region were identified by kernel density estimator. The municipality of Valinhos, starting from the last half of the period, has been highlighted by the density of cases. It was the rason to choose this municipalits to study its epidemiological pattern and the spatial distribution of cases. It was observed an urbanization trend of BSF, the frequent presence of capybara as primary host in the area and the constant proximity of likely sites of infections to water sources. It was described the control actions of the municipalities of the Metropolitan Region of Campinas and their difficulties in facing this disease by visiting the health services and applying of a questionnaire during interviews / Doutorado / Epidemiologia / Doutora em Saúde Coletiva

Orientador: Luiz Sergio Amarante Simões / Coorientador: Alvaro Penteado Crósta / Banca: Claiton Marlon dos Santos Scherer / Banca: Adriana Alves / Banca: Amarildo Salina Ruiz / Banca: Norberto Morales / Resumo: A estrutura do Cerro do Jarau está localizada no Estado do Rio Grande do Sul, nas proximidades da cidade de Quarai, divisa com o Uruguai. A origem de sua feição circular é motivo de indagações há décadas. Neste trabalho foi realizado o aprofundamento do conhecimento geológico dessa estrutura que gerou uma nova compreensão da estratigrafia local e da estruturação das rochas que compõem esse astroblema. A estrutura era interpretada como um domo estrutural formado por tectônica após a deposição dos arenitos da Formação Botucatu e antes dos derrames basálticos da Formação Serra Geral, autores ressaltam que a estrutura circular se destaca na região, com a ocorrência de arenitos da Formação. Botucatu, soerguidos no centro, e basaltos da Formação. Serra Geral, na borda, com estratigrafia com os arenitos por baixo e o basalto por cima. Esta tese apresenta novos dados de cartografia geológica que demonstram que os arenitos da região do Cerro do Jarau encontram-se estruturados na forma de uma bacia, e não de um domo, e que o pacote de arenitos que ocorre na porção central encontra-se sobreposto aos basaltos situados em seu entorno. Foram realizados trabalhos de campo e o mapeamento de detalhe em escala 1:10.000, que permitiu a identificação das atitudes preferenciais dos planos de acamamento que evidenciam o mergulho para o centro da estrutura, configurando uma forma côncava, tipo bacia. Tal interpretação foi possível através das observações diretas no campo e pelo desenho do contato arenito/basalto (regra dos Vs) que evidenciam que o pacote de arenitos encontra-se sobreposto aos basaltos. Análises petrográficas permitiram separar as Unidades Litológicas em três unidades principais, dentre elas Unidades da Formação Serra Geral, com basaltos, brechas ígneas e arenitos intertrapa, Unidade dos Arenitos Homogêneos e Unidade dos Arenitos Laminados. Análises de microscopia eletrônica de varredura permitiram... / Abstract: The Cerro do Jarau structure is located in the Rio Grande do Sul state, nearby the Quaraí city, in the limit with Uruguai. The origin of its circular feature has been a source of question for decades. In this work the deepening of the geological knowledge of this strucuture was done and generated a new understanding of the local stratigraphy and the rock structuring that compose this astroblem. The structure was interpreted as a structural dome formed by tectonic after the Botucatu Formation sandstone deposition and before the basalt flows of the Serra Geral Formation, authors point out that the circular structure is highlighted in the region, with the occurence of the Botucatu Formation sandstones uplifted in the center and Serra Geral Formation basalts on the edge. This Thesis present new geological mapping data that demonstrate that the Cerro do Jarau region sandstones are structured in a basin shape, not a dome, and the sandstone package that occurs in the central portion is superimposed to basalts located in its surroundings. Detailed field and mapping work at 1: 10 000 scale were realized and allowed the identification of the preferred bedding plans attitudes that points the dip to the center of the structure, setting a concave shape, as a basin shape. Such interpretation was possible by the direct field observation and by the drawing of the sediment/basalt contact (V rule) which show that the sandstone package is overlapped to basalts. Petrographic analysis allowed to separate the lithological units in three main units, among them the Serra Geral Formation Unit with basalt, igneous breccias and intertrap sandstones, Homogeneous Sandstone Unit and Laminated Sandstone Unit. Analysis of scanning electron microscopy allowed the characterization of the intragranular fractures in the sandstones and characterization of the veining observed in the basalts. Geochemical analysis of the basalts allowed the comparison of the internal and... / Doutor

Submitted by Ana Paula Macedo (ensino@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-01T00:42:06Z No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-01T00:42:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karla Bitencourth Garcia.pdf: 2108170 bytes, checksum: dc08fd06fd5448e7cada7447c8cb384a (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No Brasil, a principal doença em humanos na qual o carrapato atua como vetor é a Febre Maculosa Brasileira (FMB). No Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense é uma das principais espécies vetoras de um dos bioagentes da FMB, e responsável pelo ciclo epidêmico da doença. A baixa especificidade parasitária de A. cajennense, resistência às adversidades climáticas, ampla distribuição geográfica, variação intra-específica, comportamento trioxêno e antropofílico enfatizam o importante papel dessa espécie na transmissão de patógenos para animais, estabelecendo ou mantendo ciclos enzoóticos, epizoóticos e epidêmicos. Apesar do seu impacto na saúde pública, é incipiente o conhecimento sobre os fatores que influenciam seu potencial patogênico e de transmissão de micro-organismos. Os objetivos foram: a) determinar sequências de DNA dos genes mitocondriais Dloop, Citocromo Oxidase II e 12SrDNA de A. cajennense de diferentes regiões do RJ; b) realizar análises filogeográficas e de estrutura de populações das sequências obtidas de cada gene; c) analisar, estatisticamente, se há associação entre a diversidade genética de A. cajennense e os casos de FMB no RJ. Foram processadas 314 amostras de A. cajennense, provenientes de 19 municípios de sete regiões fisiográficas do RJ. Todas as amostras foram submetidas à extração de DNA e amplificação, por PCR, dos três genes. Amostras positivas na PCR foram sequenciadas. As sequências de cada gene foram submetidas a análises filogeográficas e de estrutura de populações. Para verificar a associação entre os haplótipos de A. cajennense, sequências genéticas e a influência sobre o número de casos confirmados de FMB no RJ, foram realizados os cálculos do coeficiente de correlação por postos de Kendall e coeficiente de correlação parcial por postos de Kendall. As análises revelaram que há expressiva diversidade de A. cajennense no RJ, com o foco da diversidade genética nas regiões Serrana e Centro Sul. Entretanto, não há estruturação populacional dessa espécie de acordo com cada região do Estado. Porém, há indícios de estruturação populacional de A. cajennense entre grupos de regiões do RJ. As análises estatísticas revelaram que há associação entre o número de sequências analisadas e diversidade intra-específica. E ainda, quanto maior a diversidade dessa espécie, maior é a probabilidade de ocorrência de casos confirmados de FMB no RJ. / In Brazil, the most important tick-borne disease is Brazilian Spotted Fever (BSF). In Rio de Janeiro (RJ), Amblyomma cajennense is the major vector species of one of BSF bioagents, and responsible for the disease epidemic cycle. The A. cajennense low host specificity, resistance to adverse weather, wide geographic distribution, intraspecific variation, anthropophilic behavior and being a three host tick emphasizes the important role of these species in pathogens transmission to animals, establishing or maintaining enzootic, epizootic and epidemic cycles. Despite its impact on public health, the knowledge about factors that influence its pathogenic potential and transmission of micro-organisms are incipient. The objectives were: a) determine DNA sequences of mitochondrial genes Dloop, Cytochrome Oxidase II and 12SrDNA of A. cajennense from differents regions of RJ; b) perform phylogeographics and population’s structure analysis of sequences obtained for each gene; c) analyze, statistically, if there is an association between A. cajennense genetic diversity and cases of BSF in RJ. 314 samples of A. cajennense, coming from 19 municipalities of seven RJ physiographics regions, were processed. All samples were subjected to DNA extraction and amplification, by PCR, of the three genes. PCR positive samples were sequenced. The sequences of each gene were submitted to phylogeographics and population’s structure analysis. To investigate the association between A. cajennense haplotypes, genetic sequences and the influence on BSF confirmed cases in RJ, were performed calculation of the Kendall posts correlation coefficient and Kendall posts partial correlation coefficient. The analysis revealed that there is substantial diversity of A. cajennense in RJ, with the focus of genetic diversity in South Center and Highland regions. However, there is no population structure of these species according to each region of the State. But, there is evidence of A. cajennense population structure when analyzes are performed considering groups of RJ regions. Statistical analyzes revealed that there is association between the number of sequences analyzed and intraspecific diversity. Also, the greater is the diversity of these species, higher is the probability of BSF confirmed cases occurrence in RJ.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-08T18:37:06Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2424580 bytes, checksum: f8449da6c4bd8299fdf95160067f2702 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-08T18:37:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2424580 bytes, checksum: f8449da6c4bd8299fdf95160067f2702 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os campos de altitude são ecossistemas frágeis, que abrigam muitas espécies vulneráveis e susceptíveis à extinção. Para evitar a perda de espécies e manter o funcionamento destes ecossistemas, é preciso conhecer seus aspectos florísticos e ecológicos, e estimar e mapear a diversidade biológica. No entanto, tais características ainda são pouco investigadas. Assim, os objetivos desta dissertação foram (i) caracterizar a comunidade de plantas (florística e formas-de-vida) em diferentes intervalos altitudinais de uma área de campo de altitude, (ii) detectar espécies associadas a altitudes específicas, (iii) avaliar como a riqueza de espécies se relaciona com a escala espacial considerada, (iv) estimar a contribuição relativa da substituição espacial e do aninhamento de espécies para gerar a diversidade de plantas na região e (v) avaliar a influência da altitude sobre os padrões espaciais de diversidade. As coletas foram realizadas no Parque Nacional do Caparaó, no entorno da trilha que leva até o Pico da Bandeira. Foram definidos quatro intervalos altitudinais para as coletas: de 2100 a 2150 m, de 2300 m a 2350 m, de 2500 m a 2550 m, e de 2700 a 2750 m. Em cada intervalo, foram estabelecidas cinco parcelas (5 x 3 m), nas quais foi realizado o levantamento florístico de todas as espécies presentes com as respectivas abundâncias. A ocorrência de apenas quatro espécies foi inversamente relacionada à altitude, enquanto a ocorrência de 13 espécies apresentou relação direta com a elevação. A maior parte das espécies com maior probabilidade de ocorrência em maiores elevações é restrita a áreas de elevada altitude no Brasil. Rubiaceae e Polygalaceae foram as únicas famílias com maior probabilidade de ocorrência em maiores altitudes, e todos os representantes destas famílias apresentaram traços típicos de adaptação às condições locais, como gemas próximas ou no nível do solo e folhas pequenas e coriáceas. A diversidade de plantas é gerada principalmente pela substituição espacial de espécies, e processos interativos que operam em grandes escalas espaciais parecem ser os mais determinantes para a grande riqueza de espécies amostrada. A comparação dos espectros vegetacionais de cada intervalo altitudinal revelou alterações significativas na estrutura da vegetação em todos os intervalos, porém sem padrão aparente. A extrapolação da riqueza observada pelo índice Bootstrap com 999 permutações apontou maior riqueza de espécies a 2500 m, altitude esta que correspondeu à zona de transição entre duas subcomunidades distribuídas ao longo do gradiente com dissimilaridade superior a 80%. O intervalo altitudinal mais elevado apresentou grande número de espécies indicadoras e menor diversidade do que os outros intervalos altitudinais, o que sugere forte influência das condições ambientais mais restritivas de maiores elevações sobre a composição de espécies e sobre os padrões espaciais de diversidade. / High altitude grasslands are fragile ecosystems that host many vulnerable and extinction-prone species. In order to prevent species loss and maintain these ecosystem’s functioning, one must know, for instance, its floristic and ecological features, and to estimate and map diversity. However, these characteristics are still poorly studied. Accordingly, the main objectives of this study were (i) to characterize the plant community (floristic and life forms) in several altitudinal belts of a high altitude grassland area, (ii) to detect species associated to particular altitudes, (iii) to assess the relationship between species richness and the spatial scale taken into account, (iv) to estimate the relative contribution of turnover and nestedness to generate diversity therein and (v) to evaluate the influence of the altitude upon diversity spatial patterns. Sampling was held on the surroundings of the track that leads to the Flag Peak, in National Park of Caparaó. Plots were established in four altitudinal belts: from 2100 m to 2150 m, from 2300 to 2350 m, from 2500 to 2550 m and from 2700 to 2750 m. In each altitudinal belt, five plots (5 x 3 m) were set to proceed with a floristic survey and abundance records on all species. Only four species’ occurrence was negatively related to the altitude, whilst 13 species had higher occurrence probability in higher elevations. Most of the species with occurrence directly related to the altitude were restricted to high altitude areas in Brazil. Rubiaceae and Polygalaceae were the only families more likely to occur in higher altitudes, and all species belonging to both families had typical adaptation traits to local environmental conditions, such as buds close to the soil or at ground level and small leaves somewhat coriaceous. Species turnover is the main process generating diversity therein and regional processes seem to be the most important to determine the observed species richness, which was higher than expected by chance. Vegetation spectra changed significantly among all altitudinal belts, indicating big variations in vegetation structure all along the studied gradient. Extrapolation of species richness through Bootstrap index with 999 permutations indicated higher expected species richness at 2500 m. This altitudinal belt corresponded to the transition zone between two subcomunities distributed along the gradient with dissimilarity in species composition higher than 80%. The highest altitudinal belt showed a big number of indicator species and smaller diversity then all other belts. These results highlight the influence of limiting environmental conditions predominant in higher altitudes upon species composition and diversity spatial patterns.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-06T11:29:13Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2670142 bytes, checksum: bacbe4a6f58c3e715c44cb86aea5eb25 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T11:29:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2670142 bytes, checksum: bacbe4a6f58c3e715c44cb86aea5eb25 (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O café é um dos produtos agrícolas mais valiosos exportados em todo o mundo. Em consequência disso, vê-se a necessidade de compreender a influência do meio ambiente (altitude, insolação, temperatura, etc) na qualidade fisiológica da semente e sensorial da bebida, para atender às demandas crescentes dos consumidores do grão e sementes nas diferentes áreas (consumo e insumo agrícola). Para isso, determinou-se as relações entre a atividade do sistema antioxidante e o acúmulo de reservas nas sementes e grãos de café produzidos em condições ambientais contrastantes e seus efeitos na qualidade. Componentes de qualidade fisiológica da semente como porcentagem de germinação total e testes de vigor (primeira contagem da germinação, comprimento total, da raiz principal e dos diferentes diâmetros de raiz, massa seca de raiz, da parte aérea e total, condutividade elétrica e lixiviação de potássio) foram determinados. Atividade do sistema antioxidante, da polifenoloxidase, MDA, teor de sacarose, açucares redutores, solúveis e totais, amido, proteínas e lipídeos e observação anatômica da semente de café foram realizadas. Além disso a qualidade sensorial em cada uma das faces e altitude também foi determinado. A análise centrou-se em determinar o efeito sobre o metabolismo da semente café causado pelo efeito da altitude e a face de insolação ao longo do desenvolvimento e germinação das sementes. Em todos os ensaios com embriões de café, foi detectada a atividade das enzimas do sistema antioxidante. Encontrou-se as maiores atividades das enzimas CAT e SOD nas sementes produzidas nas faces e altitudes de menor qualidade fisiológica (NF>900 e SQ<750). Nos grãos com menor qualidade sensorial encontrou-se maior atividade da PPO (NF<750). Do mesmo modo foram encontradas diferenças no teor das reservas na semente. Houve maior acumulo de proteínas nas altitudes acima de 900 m independentemente da face, o que sugere que o acumulo desta reserva pode ser influenciado pela altitude. A face e altitude de menor qualidade de sementes (SQ<750), apresentam os menores teores de açucares redutores, proteínas e lipídeos. As análises bioquímicas e anatômicas foram a ferramentas eficazes na avaliação e compreensão de alguns dos efeitos da insolação e a altitude na produção de sementes de café com boa qualidade. No entanto, os efeitos do ambiente e altitude nos parâmetros de qualidade avaliados ainda não são completamente compreendidos e há espaço para mais estudos para tentar explicar as contribuições na qualidade (sensorial e fisiológica), que possam aportar as diferentes condições ambientais (altitude e insolação) no melhoramento da qualidade. / Coffee is one of the most valuable agricultural products exported around the world. Consequently, it is necessary to understand the influence of the environment (altitude, insolation, temperature, etc.) on the seed physiological quality and sensorial quality of the drink, in order to meet the growing demands of grain and seed consumers in different areas (consumption and agricultural input). For this, we determined the relations between the activity of the antioxidant system and the accumulation of reserves in the seeds and coffee beans produced in contrasting environmental conditions and their effects on the quality. Physiological seed quality components, such as the percentage of total germination and vigor tests (first germination count, total length, root and root diameters, root, shoot and total dry matter, electrical conductivity and Potassium leaching) were determined. The activity of the antioxidant system, polyphenoloxidase, MDA, sucrose content, reducing, soluble and total sugars, starch, proteins and lipids and anatomical observations of the coffee seed were carried out. In addition, the sensory quality on each face and altitude was determined. The analysis focused on determining the effect on the metabolism of the coffee seed caused by the effect of altitude and the face of insolation along the development and germination of the seeds. In all assays with coffee embryos, the activity of the enzymes of the antioxidant system was detected. The highest activity of the CAT and SOD enzymes in the seeds produced in the faces and altitudes of lower physiological quality (NF> 900 and SQ <750) was found, and in the grains with lower sensory quality, greater PPO activity was found (NF <750). Likewise, differences in the content of the analyzed seed contents were found. There was a higher accumulation of proteins at altitudes above 900 m regardless of the Face, which suggests that the accumulation of this reserve can be influenced by altitude. The face and altitude of lower seed quality (SQ <750), present the lower contents of reducing sugars, proteins and lipids. Biochemical and anatomic analyzes were effective tools to evaluate and understand some of the effects of insolation and altitude on the production of good quality coffee seeds. However, the effects of the environment and altitude on the quality parameters evaluated are not yet fully understood. There is room for further studies to try to explain the contributions in the quality (sensorial and physiological) that can contribute to different environmental conditions (altitude and insolation) in quality improvement.